Effect of the ion treatment on an rna hairpin : molecular dynamics study

Molecular dynamics has been employed to study the effect of ion treatment on the stability of 14-nucleotide RNA hairpin of Coxsackievirus B3. Three AMBER force fields were used: AMBER94, AMBER98, and AMBER99, which showe
Molecular dynamics has been employed to study the effect of ion treatment on the stability of 14-nucleotide RNA hairpin of Coxsackievirus B3. Three AMBER force fields were used: AMBER94, AMBER98, and AMBER99, which showed no significant structural difference of the hairpin. Thereafter, we applied two different long-range electrostatic treatments that were reaction field and PME methods, and calculated the distribution of ions around the hairpin. Although the structural stabilities of the MD simulations using both methods were similar in 0.14 M Na+, ion environment around the hairpin was notably different. In particular, structural stabilition of the hairpin with increasing ion concentration and with ion Mg2+ cannot be accommodated by simulations using reaction field method. Furthermore, the MD simulations using PME method suggested the strong similarity in structural and dynamical properties of the hairpin with 0.14 M Na+, 0.50 M Na+, 1,03 M Na+, and 0.08 M Mg2+ concentrations. However, the simulations revealed different ion occupations of Na+ and Mg2+.
show moreshow less
Dinamika molekul telah digunakan untuk mempelajari pengaruh perlakuan ion pada stabilitas 14-nukleotida RNA jepit rambut dari Coxsackievirus B3. Tiga medan gaya AMBER digunakan: AMBER94, AMBER98, dan AMBER99, yang menunj
Dinamika molekul telah digunakan untuk mempelajari pengaruh perlakuan ion pada stabilitas 14-nukleotida RNA jepit rambut dari Coxsackievirus B3. Tiga medan gaya AMBER digunakan: AMBER94, AMBER98, dan AMBER99, yang menunjukkan tidak ada perbedaan struktural yang signifikan dari jepit rambut tersebut. Setelah itu, diterapkan dua perlakuan yang berbeda untuk elektrostatik jarak-panjang menggunakan metode medan reaksi dan PME, dan dihitung distribusi ion di sekitar jepit rambut tersebut. Meskipun stabilitas struktur hasil simulasi MD menggunakan kedua metode adalah serupa pada 0,14 M Na+ , namun lingkungan ion di sekitar jepit rambut tersebut menunjukkan perbedaan. Secara khusus, stabilisasi struktur jepit rambut dengan peningkatan konsentrasi ion dan dengan ion Mg2+, tidak dapat diakomodasi oleh simulasi menggunakan metode medan reaksi. Simulasi MD menggunakan metode PME menunjukkan kesamaan yang kuat untuk sifat struktur dan sifat dinamis dari jepit rambut untuk konsentrasi 0,14 M Na+ , 0,50 M Na+ , 1,03 M Na+ , dan Mg2+ 0,08 M. Namun demikian, hasil simulasi mengungkapkan adanya sifat kerja yang berbeda untuk ion Na+ dan Mg2+ .
show moreshow less

Download full text files

Export metadata

  • Export Bibtex
  • Export RIS
Metadaten
Author:Elisabeth Catherina Widjajakusuma, Alessandra Villa, Gerhard Stock
URN:urn:nbn:de:hebis:30:3-438325
DOI:http://dx.doi.org/10.22146/ijc.21365
ISSN:1411-9420
ISSN:2460-1578
Parent Title (English):Indonesian journal of chemistry
Publisher:Department of Chemistry, Universitas Gadjah Mada
Place of publication:Sekip Utara Yogyakarta, Indonesia
Document Type:Article
Language:English
Date of Publication (online):2017/08/31
Year of first Publication:2012
Publishing Institution:Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg
Release Date:2017/08/31
Tag:Coxsackievirus B3; RNA hairpin; ion treatment; md simulations
Coxsackievirus B3; RNA jepit rambut; perlakuan ion; simulasi DM
Volume:12
Issue:1
Pagenumber:11
First Page:1
Last Page:11
Note:
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License. 
HeBIS PPN:428704042
Institutes:Biochemie und Chemie
Dewey Decimal Classification:570 Biowissenschaften; Biologie
Sammlungen:Universitätspublikationen
Licence (German):License LogoCreative Commons - Namensnennung-Nicht kommerziell - Keine Bearbeitung 4.0

$Rev: 11761 $