Latest documents http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/index/index/ Sun, 06 Sep 2009 16:53:04 +0200 Sun, 06 Sep 2009 16:53:04 +0200 http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/frontdoor/index/index/docId/6591 Shape complementarity is a compulsory condition for molecular recognition [1]. In our 3D ligand-based virtual screening approach called SQUIRREL, we combine shape-based rigid body alignment [2] with fuzzy pharmacophore scoring [3]. Retrospective validation studies demonstrate the superiority of methods which combine both shape and pharmacophore information on the family of peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs). We demonstrate the real-life applicability of SQUIRREL by a prospective virtual screening study, where a potent PPARalpha agonist with an EC50 of 44 nM and 100-fold selectivity against PPARgamma has been identified. SQUIRREL molecular superposition is based on a graph-matching routine [4] and allows partial matching. We used this advantage for searching for bioisosteric replacement suggestions in a database of molecular fragments derived from a collection of drug-like compounds [5]. The bioisosteric groups suggested by our tool SQURRELnovo, can be used for ligand-based de novo design by a human expert. Using the fibrate derivative GW590735 [6] as query, we designed a novel lead structure by substitution of the acidic head group and hydrophobic tail. The synthesis and following testing in a cell-based reporter gene assay [7,8] revealed that the designed structure activates PPARalpha with an EC50 of 510 nM. Ewgenij Proschak; Kerstin Sander; Heiko Zettl; Yusuf Tanrikulu; Petra Schneider; Oliver Rau; Holger Stark; Manfred Schubert-Zsilavecz; Gisbert Schneider article http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/frontdoor/index/index/docId/6591 Tue, 09 Jun 2009 16:53:04 +0200 http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/frontdoor/index/index/docId/6387 Wirkungen von Heilpflanzen, Gewürzen, Tees und Lebensmitteln werden in der Naturheilkunde seit der Antike genutzt. Pharmakologisch wirksam sind in der Regel nur die sekundären Pflanzeninhaltsstoffe. Diese in den oft aus vielen Bestandteilen zusammengesetzten Naturstoffen aufzuspüren und ihren molekularbiologischen Wirkungsmechanismus im Körper aufzuklären, ist das Ziel eines Forschungsnetzwerks am Frankfurter ZAFES (Zentrum für Arzneimittelforschung, -Entwicklung und -Sicherheit). So konnten Pharmazeuten und Kliniker gemeinsam herausfinden, wie ein Bestandteil des Rotweins, das Resveratrol, vor Darmkrebs schützt. Die Inhaltsstoffe von Salbei und Rosmarin bieten vielversprechende Ausgangspunkte für neue Medikamente gegen Altersdiabetes. Weihrauch, Myrte und Johanniskraut enthalten Wirkstoffe, die Schlüsselenzyme für Entzündungsreaktionen – etwa bei rheumatischen Beschwerden – hemmen. Jürgen M. Stein; Manfred Schubert-Zsilavecz; Dieter Steinhilber; Holger Stark; Oliver Werz article http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/frontdoor/index/index/docId/6387 Tue, 28 Apr 2009 08:43:20 +0200