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We compute the phase and the modulus of an energy- and pressure-free, composite, adjoint, and
inert field φ in an SU(2) Yang-Mills theory at large temperatures. This field is physically relevant in describing part of the ground-state structure and the quasiparticle masses of excitations. The field φ possesses nontrivial S1-winding on the group manifold S3. Even at asymptotically high temperatures, where the theory reaches its Stefan-Boltzmann limit, the field φ, though strongly power suppressed, is conceptually relevant: its presence resolves the infrared problem of thermal perturbation theory.
Protein translocation across the chloroplast membrane is mediated by molecular machinery composed of protein complexes termed the TOC/TIC (the outer/inner envelope chloroplasts translocases). This translocation process is regulated by metabolic energy in form of GTP and ATP and is influenced by the lipid composition of the membrane. The ability to study the function of a single complex “TOC” in vitro using purified protein or purified chloroplast outer envelope vesicles has been instrumental for our understanding of the mechanism underlying this process.
Indeed, the TOC complex has been purified by previously established procedures. However its functional and structural analyses are impaired by the limited yield of purified protein. Therefore, protocols for native TOC complex purification are described here. The complex isolation is achieved by direct biochemical treatment of biological membrane hosting this complex or by tandem affinity purification of modified protein complex components from generated transgenic plants.
Furthermore, in this thesis, radioactive based in vitro import assays are described, namely those that allow monitoring translocation activity across the outer envelope of chloroplast. Based on the analysis of knock-out plants and isolated complexes it was previously suggested that lipid dependence of protein translocation might exist. Thus, the question was raised whether the lipid composition of the membrane has a direct influence on the behavior and functionality of the TOC translocon, or whether additional components of the chloroplast membrane account for the observed effect in vivo. To answer this question, a technique for vesicle fusion was developed. The principal aim was to explore the effect of an exchange of the lipid environment surrounding the complex translocon. This method helped to demonstrate that the SQDG and PI act stimulatory on the translocation across the outer envelope of chloroplast, whereas DGDG exhibits an inhibitory effect on TOC complex functionality.
Sponges are one of the major components of benthic communities and are considered to be a
key role organism in marine ecosystems. In addition to their importance in terms of
biodiversity, sponges are becoming increasingly attractive to the industry, as they themselves
or associated symbionts, produce various kinds of secondary metabolites of pharmaceutical
properties. Some of them have already been clinically applied.
The taxonomic characters of Porifera are limited to only a few morphological and
histological characters. In addition, sponges of the same species often show a wide
morphological variability, whereas the latter depends on different ecological parameters such
as water depth and current conditions. Thus, the taxonomic classification of sponges often
becomes a scientific challenge.
The fauna of the Yellow Sea rates among the least studied worldwide. At the same time,
according to the UN Atlas of the Ocean, the Yellow Sea is one of the most intensively
exploited marine areas in the world. This is not least due to the dense human population living
in the entire catchment area of the Yellow Sea region. In order to compile medium- and longterm
conclusions about the anthropogenic impact on biota of the Yellow Sea, the knowledge
of species and their distribution is of crucial importance, as these data form the baseline for all
future conservation efforts.
Until now the sponge fauna of the Chinese Yellow Sea is insufficiently investigated.
Thus, there is only one publication on sponges from this region that has been released
hitherto. This paper is dealing with only a view species. However, there is no reference
concerning the present location of the voucher material, on which this publication is based on.
Consequently, no scientific collection on Porifera from the Chinese part of the Yellow Sea
exists to date.
In order to compile a documentation of the recent sponge community of the Chinese
Yellow Sea, 12 study sites along the coast of the Liaoning Peninsula, China, Northeast
Yellow Sea, were investigated with focus on sponge distribution. The corresponding habitats
were characterized in regard to their topographical features, abiotic parameters, and common
composition of benthic megafaunal and macroalgal assemblages.
Due to the lack of comparable studies, a comprehensive literature research on sponges of the
shallow Northwest Pacific Ocean was required. As a result the first compilation of
publications is presented, dealing with sponges from shallow depths of the northwestern
Pacific Ocean.
Abstract
2
In the course of this study, 31 sponge species in total were recorded, which are scientifically
processed. With the exception of four all specimens were determined to species- level.
Twelve out of the total number of species are new to science and are described and classified
according to the recent taxonomic system of the phylum Porifera.
The results of this study indicate considerable differences in species composition between
investigated sites. It is shown that physical factors (particularly current regime, sedimentation,
seasonally related variations in temperatures), as well the availability of suitable substrates are
directly related to the diversity and abundance of investigated sponge communities. In this
context possible adaptation strategies of the corresponding sponges were discussed in detail.
Two sponge species, Clathria (Clathria) asodes and Antho (Acarnia) lithophoenix, formerly
known exclusively from the northeastern Pacific Ocean, are now recorded from the Northwest
Pacific Ocean for the first time. Furthermore, Penares hongdoensis, Clathria (Clathria)
hongdoensis and Celtodoryx girardae were synonymized with Penares cortius, Clathria
(Clathria) acanthostyli, and Celtodoryx ciocalyptoides respectively. Moreover, the occurrence
of eight sponge species, which were known from previous records from the Yellow Sea, could
be confirmed.
As a result of this study the Asian origin of a sponge species that is invasive to the French and
Dutch coasts of the Northeast Atlantic Ocean since the 1990s could be established. Moreover,
it is demonstrated that Celtodoryx girardae from the northeastern Atlantic is in fact
conspecific with Cornulum ciocalyptoides described by Burton (1935) from the Posiet Bay,
Sea of Japan. Apart from taxonomic remarks, variations between populations from both
oceans are examined and discussed thoroughly in regard to possible ecological implications.
The community of documented sponges shows overlapping with the one from the Sea of
Japan. According to the results it is assumed that the endemic degree of the sponges from the
Chinese Yellow Sea is rather low to moderate.
The material obtained in the course of this study was integrated in the collection of the
Senckenbergischen Naturforschenden Sammlungen. Therefore, it is the first scientific
collection of sponges from the Chinese Yellow Sea that can be consulted as a basis for all
further studies on sponges of this region.
The present study is the only investigation of sponges from Dalian and adjacent waters before
the spill occurred in the Dalian harbour in July 2010. Therefore, it provides an essential
baseline needed to assess the impact of the oil spill on benthic communities.
Das Dengue-Fieber, eine durch Flaviviren der Gattung Dengue-Virus hervorgerufene
fieberhafte Infektion, galt lange Zeit als harmlose, auf tropische oder subtropische
Gegenden Afrikas, Asiens und Amerikas beschränkte Krankheitsentität. Vor allem
durch unkontrollierte Urbanisation mit unzureichender Abwasser- und
Abfallentsorgung entstanden in zahlreichen Regionen geeignete Brutbedingungen für
die Hauptvektoren dieser Krankheitserreger, Stechmücken der Gattung Aedes, die
sich nach Ende des Zweiten Weltkriegs vor allem in Südostasien, Nordaustralien,
Süd- und Mittelamerika und den karibischen und pazifischen Inselwelten dramatisch
ausbreiteten und seit den achtziger Jahren des 20. Jahrhunderts immer wieder zu
Explosivepidemien führen. Das Auftreten besonders pathogener Virusvarianten und
die Kozirkulation der vier Serotypen DENV-1 bis DENV-4 hatte nicht nur zu einer
Zuspitzung der Bedrohungslage in quantitativer Hinsicht geführt, sondern auch in
qualitativer, denn in zunehmendem Maß treten die lebensbedrohlichen
Krankheitsbilder, Hämorrhagisches Dengue-Fieber (DHF) und Dengue Schock-
Syndrom (DSS), nun ebenfalls epidemisch auf. In Folge des internationalen
Fernreiseverkehrs häufen sich auch importierte Dengue-Virus-Infektionen in Ländern,
die nicht zu den Endemiegebieten gehören. Infektionen durch Dengue-Viren gehören
damit zu den „emerging infectious diseases“ und zu den wichtigsten
gesundheitspolitischen Herausforderungen unserer Zeit.
Gegenstand dieser Analyse war unter anderem die Frage, ob sich die besondere
Bedeutung dieser Krankheitsentität auch in der Publikationsaktivität der
Wissenschaftswelt widerspiegelt, wo sich die maßgeblichen Forschungszentren
befinden, die sich mit dieser Problematik beschäftigen, und ob die pandemische
Dimension dieser Virusinfektion auch globale oder zumindest international
kooperierende Forschungsanstrengungen nach sich zieht.
Aus den verfügbaren Daten der führenden Online-Literaturdatenbanken ist
ersichtlich, dass das Forschungsinteresse an allen Aspekten der Dengue-Forschung
in den vergangenen Jahrzehnten kontinuierlich zugenommen hat. Sowohl die Zahl
der publizierten Fachartikel wie auch die in Fachbeiträgen genannten Literaturstellen
sind seit den sechziger und siebziger Jahren des 20. Jahrhunderts deutlich
angestiegen und erreichten in der sich bis zum Jahr 2007 erstreckenden Analyse
einen Höhepunkt 2006. Unstrittig ist die Dominanz des Englischen als
Wissenschaftssprache. Veröffentlichungen erfolgen bevorzugt in den weltweit
124
führenden virologischen, tropen- oder präventivmedizinischen sowie infektiologischen
und entomologischen Fachzeitschriften, gelegentlich auch in renommierten
medizinischen Periodika ohne Spezialisierung, z.B. Lancet. In mehr als Dreiviertel
der Fälle ist als Publikationsform der wissenschaftliche Fachbeitrag (article) gewählt
worden; andere Publikationsformen spielen eine deutlich untergeordnete Rolle. Als
führende Wissenschaftsnation erweisen sich die USA, die auch über die meisten
Forschungsinstitutionen verfügen. US-amerikanische Wissenschaftler sind
maßgeblich an der Erarbeitung von wissenschaftlichen Erkenntnissen auf dem
Gebiet der Dengue-Virus-Infektionen beteiligt, und zwar sowohl in quantitativer wie
auch in qualitativer Hinsicht. In quantitativer Hinsicht, weil die USA im Zeitraum 1900
bis 2007 mit 1.816 Veröffentlichungen mehr als ein Drittel aller Publikationen zum
Thema Dengue-Virus-Infektionen erarbeitet haben; unter qualitativen Aspekten, weil
die Vereinigten Staaten sich mit einem H-Index von 83 und Spitzenplätzen bei der
Zitationshäufigkeit einzelner Publikationen und besonders renommierter
Wissenschaftler erkennbar einer herausragenden Resonanz in der Fachwelt
erfreuen. Angehörige und Institutionen der Streitkräfte spielen hier eine nicht
unwesentliche Rolle, beispielsweise in dem sie als Nuklei internationaler
Forschungskooperationen fungieren. Zwar verfügen die USA als wirtschaftliche,
wissenschaftliche und politische Großmacht über die notwendigen Ressourcen, um
sich auch einem Arbeitsgebiet wie der Dengue-Virus-Forschung zuwenden zu
können. Unmittelbar betroffen sind sie von dieser Infektionskrankheit allerdings nur in
vergleichsweise geringem Maß, da es sich bei den in den USA beobachteten
Dengue-Fällen überwiegend um importierte Fälle handelt. Zu beachten ist jedoch,
dass US-amerikanische Staatsbürger in verschiedenen Hyperendemiegebieten
beruflich präsent sind, was auch das Engagement der militärischen
Forschungsinstitutionen erklären könnte. Die USA unterhalten intensive
wissenschaftliche Kontakte zu Staaten, die zu den Hyperendemiegebieten des
Dengue-Fiebers gehören, vor allem zu Thailand, Brasilien, Mexiko und Australien.
Zahlreiche wissenschaftliche Arbeiten wurden als Kooperationsartikel von Autoren
dieser Staaten veröffentlicht. Die genannten Nationen zählen mittlerweile – nicht
zuletzt wegen der offensichtlich durch die Ausbrüche zu Beginn des 21. Jahrhunderts
induzierten Publikationswellen – zu den Ländern mit der größten Expertise auf dem
Gebiet der Dengue-Virus-Forschung. Die Einbindung in ein Autorennetzwerk hat für
die beteiligten Wissenschaftler erkennbar Vorteile, weil sie auf diese Art und Weise
125
bei zahlreichen Artikeln als Autoren registriert werden, ohne die Beiträge selbst
verfasst zu haben, und zudem die Tendenz wechselseitigen Zitation der beteiligten
Verfasser besteht. Derartige Kooperationen wirken sich positiv auf die quantitative
und qualitative Bilanz der partizipierenden Wissenschaftler aus, da die Anzahl der
Publikationen Einfluss auf die Vergabe von Fördermitteln haben kann und höhere
Zitationsraten zum besseren Renommee eines Forschers in der Fachwelt beitragen.
Zitationsraten können auch durch Selbstzitationen positiv beeinflusst werden.
Strukturelle Organisation und Mobilisierung des Primaten-spezifischen Non-LTR-Retrotransposons SVA
(2011)
SVA-Elemente repraesentieren die juengste Familie der Non-LTR-Retrotransposons,
welche das humane Genom fortwaehrend modifizieren. SVA-Elemente zeichnen sich
durch ihre Organisation aus zusammengesetzten repetitiven Elementen aus. Um
Rueckschluesse auf den Assemblierungsprozess, der zur gegenwaertigen Organisation der
SVA-Elemente fuehrte, und ueber transkriptionelle Regulation dieser Elemente zu ziehen,
wurden Unterschiede in der Struktur der 116 SVA-Elemente, die auf humanem
Chromosom 19 lokalisiert sind, detailliert untersucht.
SVA-Elemente konnten in sieben unterschiedliche Strukturvarianten eingeteilt werden,
einschliesslich neuer Varianten wie SVA2, 3`-verkuerzte Elemente und Elemente mit 5`-
flankierenden Transduktionen. Ich habe auch eine extrem erfolgreiche human-spezifische
5`-Transduktionsgruppe identifiziert, SVA_F1, die trotz ihres jungen evolutionaeren Alters
ca. 32% aller Mitglieder der SVA-Subfamilie SVA_F umfasst. Die transkriptionelle
Kontrolle einer retrotransponierten und 5`-verkuerzten SVA_F-Kopie durch den Promotor
des MAST2-Gens diente als urspruengliches Source-Element dieser umfangreichen 5`-
Transduktionsgruppe, die mindestens 84 Elemente einschliesst. Die zusaetzlichen 5`-
sowie 3`-Transduktionsereignisse der vollstaendigen Alu-Sequenzen bei Mitgliedern der
SVA_F1-Transduktionsgruppe 4 weisen auf ihre wichtige Rolle in der erfolgreichen
Expansion im humanen Genom hin. Diese nachtraeglich erworbenen Alu-Sequenzen
machen SVA_F1-Familienmitglieder offensichtlich zum besseren Substrat fuer die Trans-
Mobilisierung durch die L1-Proteinmaschinerie. Die unterschiedlichen konsekutiven 5`-
Tansduktionsereignisse der SVA_F1-Familienmitglieder deuten auf transkriptionelle
Kontrolle ihrer Source-Elemente durch eine Vielzahl externer zellulaerer Promotoren hin,
die im Laufe der Evolution in Keimzellen aktiv waren. Ausserdem zeigt die Existenz von
5`-Transduktionen, dass SVA-Elemente sich die 5`-flankierenden Sequenzen aneignen
koennen. Die Daten zeigen auch, dass SVA-vermittelte 5-Tansduktionsereignisse
alternatives RNA-Spleissen an putativen Spleissstellen involvieren. Aus der EST-
Datenbankanalyse ist ersichtlich, dass Mitglieder der SVA_F1-Subfamilie auch
gegenwaertig transkribiert werden.
SVA-Elemente sind hoch aktiv im humanen Genom, aber der Mechanismus ihrer
Retrotransposition wurde bislang nicht aufgeklaert. Vorangehende Analysen genomischer
SVA-Kopien liessen auf eine L1-vermittelte Mobilisierung schliessen; allerdings wurde
der experimentelle Beweis dieser Hypothese bislang nicht geliefert. Mit Hilfe der
Zellkultur-basierten Trans-Mobilisierungsassays wurde in dieser Arbeit zum ersten Mal
experimentell bewiesen, dass SVA-Elemente tatsaechlich durch die L1-kodierten Proteine
in trans mobilisiert werden. Zu diesem Zweck wurden HeLa-Zellen mit einem
vollstaendigen oder mit einem 5`-verkuerzten SVA-Retrotranspositionsreporterkonstrukt
sowie mit einem L1-Expressionsplasmid bzw. Leervektor kotransfiziert und dann die
jeweiligen Raten der SVA-Retrotransposition anhand Neo-resistenter Kolonien, die
mindestens ein de novo-Retrotranspositionsereignis widerspiegeln, bestimmt. Die
Experimente zeigen, dass die Entstehung der Neo-resistenten Kolonien von der
Koexpression L1-kodierter Proteine abhaengig ist. Ich konnte auch zeigen, dass das
vollstaendige SVA-Testkonstrukt - im Gegensatz zum 5`-verkuerzten SVA-Konstrukt -
mit einer signifikant hoeheren Retrotranspositionsrate als die Kontrollkonstrukte, die zur
Generierung der prozessierten Pseudogenformation eingesetzt wurden, trans-mobilisiert
wird. Die Ergebnisse der Trans-Mobilisierungsassays belegen, dass SVA-Elemente ein
bevorzugtes Substrat fuer die L1-Proteinmaschinerie darstellen, und ihre 5`-Region
einschliesslich der Alu-homologen Sequenz fuer die hohe Retrotranspositionsrate essentiell
ist. Die elf analysierten SVA de novo-Integrationsereignisse weisen Merkmale der L1-
vermittelten Retrotransposition auf, wie Poly(A)-Enden, L1-EN-spezifische Konsensus-
Zielsequenz (NNAUNA), Zielsequenz-Verdoppelungen (TSDs), Mikrohomologien und
zusaetzliche Guanosin-Nukleotide am 5`-UEbergang.
Zusammenfassend demonstrieren die Ergebnisse dieser Studien, dass ein signifikanter Teil
der Mitglieder der human-spezifischen SVA-Subfamilie aus transkriptioneller Kontrolle
ihrer Source-Elemente durch externe Promotoren hervorgeht. Durch die in dieser Arbeit
durchgefuehrten in silico-Analysen wurde auch gezeigt, dass SVA-vermittelte 5`-
Transduktionsereignisse zur strukturellen Vielfalt der SVA-Elemente fuehren, und eine
neue Art von genomischen Umstrukturierungen darstellen, die zur Plastizitaet des
humanen Genoms beitragen. Ausserdem bestaetigen die Ergebnisse der Trans-
Mobilisierungsassays die Hypothese, dass SVA-Elemente tatsaechlich durch die L1-
kodierte Proteinmaschinerie trans-mobilisiert werden. Dabei sind Module am 5`-Ende der
SVA-Elemente fuer diesen Prozess hoechst relevant.
Die Ergebnisse der Dualen-Luciferase-Reportergen-Assays unterstuetzen die Hypothese,
dass innerhalb der SINE-R-Sequenz von SVA H19_27 cis-aktive Elemente vorhanden
sind, die auf aehnliche Weise wie die cis-aktiven Elemente innerhalb der 5`LTR von
HERV-K reguliert werden.
Ausserdem wurde in dieser Arbeit die Existenz interner reguatorischer Sequenzen
innerhalb der SVA-Sequenz bestaetigt. Mit Hilfe der Dualen-Luciferase-Reportergen-
Assays konnte zum ersten Mal gezeigt werden, dass SVA-Elemente cis-aktive Elemente
enthalten, die hauptsaechlich in der SINE-R-Region lokalisiert sind. Diese cis-aktiven
Elemente werden auf aehnliche Weise wie die cis-aktiven Elemente innerhalb der 5`LTR
von HERV-K reguliert. Die starke transkriptionelle Aktivitaet des vollstaendigen SVA-
Testelements und des L1RP-Promotors in den Teratokarzinom-Zelllinien bekraeftigen die
Annahme, dass haeufige SVA-Mobilisierung in Keimzellen durch die gleichzeitig
hochregulierte SVA- und L1-Transkription bedingt sein koennte.
Es konnte gezeigt werden, dass SVA-Elemente cis-aktive Elemente enthalten, die
hauptsaechlich in der SINE-R-Region lokalisiert sind, und auf aehnliche Weise wie die cis-
aktiven Elemente innerhalb der 5`LTR von HERV-K reguliert werden. Die starke
transkriptionelle Aktivitaet des vollstaendigen SVA-Testelements und des L1RP-Promotors
in Teratokarzinom-Zelllinien bestaetigen die Annahme, dass haeufige SVA-
Retrotransposition in Keimzellen durch die gleichzeitig hochregulierte SVA- und L1-
Transkription bedingt sein koennte.
A series of novel mono-1,2,3-triazole and bis-1,2,3-triazole acyclonucleoside analogues of 9-(4-hydroxybutyl)guanine was prepared via copper(I)-catalyzed 1,3-dipolar cycloaddition of N-9 propargylpurine, N-1-propargylpyrimidines/as-triazine with the azido-pseudo-sugar 4-azidobutylacetate under solvent-free microwave conditions, followed by treatment with K2CO3/MeOH, or NH3/MeOH. All compounds studied in this work were screened for their antiviral activities [against human rhinovirus (HRV) and hepatitis C virus (HCV)] and antibacterial activities against a series of Gram positive and negative bacteria.
PaCATB : a secreted catalase protecting Podospora anserina against exogenous oxidative stress
(2011)
A differential mass spectrometry analysis of secreted proteins from juvenile and senescentPodospora anserina cultures revealed age-related differences in protein profiles. Among other proteins with decreased abundance in the secretome of senescent cultures a catalase, termed PaCATB, was identified. Genetic modulation of the abundance of PaCATB identified differential effects on the phenotype of the corresponding strains. Deletion of PaCatB resulted in decreased resistance, over-expression in increased resistance against hydrogen peroxide. While the lifespan of the genetically modified strains was found to be unaffected under standard growth conditions, increased exogenous hydrogen peroxide stress in the growth medium markedly reduced the lifespan of the PaCatB deletion strain but extended the lifespan of PaCatB over-expressors. Overall our data identify a component of the secretome of P. anserina as a new effective factor to cope with environmental stress, stress that under natural conditions is constantly applied on organisms and influences aging processes.
Arrangement of electron transport chain components in bovine mitochondrial supercomplex I1III2IV1
(2011)
The respiratory chain in the inner mitochondrial membrane contains three large multi-enzyme complexes that together establish the proton gradient for ATP synthesis, and assemble into a supercomplex. A 19-Å 3D map of the 1.7-MDa amphipol-solubilized supercomplex I1III2IV1 from bovine heart obtained by single-particle electron cryo-microscopy reveals an amphipol belt replacing the membrane lipid bilayer. A precise fit of the X-ray structures of complex I, the complex III dimer, and monomeric complex IV indicates distances of 13 nm between the ubiquinol-binding sites of complexes I and III, and of 10–11 nm between the cytochrome c binding sites of complexes III and IV. The arrangement of respiratory chain complexes suggests two possible pathways for efficient electron transfer through the supercomplex, of which the shorter branch through the complex III monomer proximal to complex I may be preferred.