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Kaon and pion production in centrality selected minimum bias Pb+Pb collisions at 40 and 158A GeV
(2009)
Results on charged kaon and negatively charged pion production and spectra for centrality selected Pb+Pb mininimum bias events at 40 and 158A GeV have been presented in this thesis. All analysis are based on data taken by the NA49 experiment at the accelerator Super Proton Synchrotron (SPS) at the European Organization for Nuclear Research (CERN) in Geneva, Switzerland. The kaon results are based on an analysis of the mean energy loss <dE/dx> of the charged particles traversing the detector gas of the time projection chambers (TPCs). The pion results are from an analysis of all negatively charged particles h- corrected for contributions from particle decays and secondary interactions. For the dE/dx analysis of charged kaons, main TPC tracks with a total momentum between 4 and 50 GeV have been analyzed in logarithmic momentum log(p) and transverse momentum pt bins. The resulting dE/dx spectra have been fitted by the sum of 5 Gaussians, one for each main particle type (electrons, pions, kaons, protons, deuterons). The amplitude of the Gaussian used for the kaon part of the spectra has been corrected for efficiency and acceptance and the binning has been transformed to rapidity y and transverse momentum pt bins. The multiplicity dN/dy of the single rapidity bins has been derived by summing the measured range of the transverse momentum spectra and an extrapolation to full coverage with a single exponential function fitted to the measured range. The results have been combined with the mid-rapidity measurements from the time-of-flight detectors and a double Gaussian fit to the dN/dy spectra has been used for extrapolation to rapidity outside of the acceptance of the dE/dx analysis. For the h- analysis of negatively charged pions, all negatively charged tracks have been analyzed. The background from secondary reactions, particle decays, and gamma-conversions has been corrected with the VENUS event generator. The results were also corrected for efficiency and acceptance and the pt spectra were analyzed and extrapolated where necessary to derive the mean yield per rapidity bin dN/dy. The mean multiplicity <pi-> has been derived by summing up the measured dN/dy and extrapolating the rapidity spectrum with a double Gaussian fit to 4pi coverage. The results have been discussed in detail and compared to various model calculations. Microscopical models like URQMD and HSD do not describe the full complexity of Pb+Pb collisions. Especially the production of the positively charged kaons, which carry the major part of strange quarks, cannot be consistently reproduced by the model calculations. Centrality selected minimum bias Pb+Pb collisions can be described as a mixture of a high-density region of multiply colliding nucleons (core) and practically independent nucleon-nucleon collisions (corona). This leads to a smooth evolution from peripheral to central collisions. A more detailed approach derives the ensemble volume from a percolation of elementary clusters. In the percolation model all clusters are formed from coalescing strings that are assumed to decay statistically with the volume dependence of canonical strangeness suppression. The percolation model describes the measured data for top SPS and RHIC energies. At 40A GeV, the system size dependence of the relative strangeness production starts to evolve from the saturation seen at higher energies from peripheral events onwards towards a linear dependence at SIS and AGS. This change of the dependence on system size occurs in the energy region of the observed maximum of the K+ to pi ratio for central Pb+Pb collisions. Future measurements with heavy ion beam energies around this maximum at RHIC and FAIR as well as the upgraded NA49 successor experiment NA61 will further improve our understanding of quark matter and its reflection in modern heavy ion physics and theories.
Die vorliegende, in kumulativer Schreibweise verfasste Arbeit erläutert die Entwicklung, Charakterisierung und Optimierung zweier unterschiedlicher Leitstrukturen, die als Agonisten von Peroxisomen Proliferator-aktivierten Rezeptoren (PPAR) und gleichsam als duale Inhibitoren der mikrosomalen Prostaglandin E2 Synthase-1 (mPGES-1) und der 5-Lipoxygenase (5-LO) wirken. Chemisch betrachtet sind dies zum ersten die Gruppe der alpha-n-Hexyl-Pirinixinsäurederivate und zum zweiten die Gruppe der 2-(Phenylthio)-hexansäurederivate. Die Publikation zur Synthese und in vitro-pharmakologischen Charakterisierung der alpha-n-Hexyl-Pirinixinsäurederivate an PPAR (Zettl et al., QSAR & Combinatorial Science, 28:576–586, 2009) enthält einerseits die strukturelle Optimierung durch Variation der Aryl-Substitution des zentralen Pyrimidinringes der Leitstruktur und andererseits die durch Docking-Verfahren gestützte Untersuchung des Einflusses der Stereochemie auf die PPAR-Aktivierung. Letztlich konnte durch die Einführung von Biphenyl-Substituenten eine Verbesserung insbesondere der PPARalpha-Aktivität gegenüber der als strukturellen Referenz dienenden alpha-n-Hexyl-Pirinixinsäure (Rau et al., Archiv der Pharmazie, 341:191–195, 2008) erreicht werden. Mit Hilfe von präparativer enantioselektiver HPLC wurde eine ausgewählte Verbindung in ihre beiden Enantiomere getrennt. Deren in vitro-pharmakologische Charakterisierung ergab, dass das (R)-Enantiomer insbesondere bei PPARalpha als Eutomer fungiert. Dieses Ergebnis konnte mit Hilfe von Docking-Studien weiter untermauert werden. Hierbei wurde deutlich, dass die Besetzung der linken proximalen Bindetasche der PPARalpha-Liganden-Bindungs-Domäne durch den alpha-n-Hexyl-Rest lediglich im Fall einer (R)-Konfiguration optimal erfolgen kann. Die Synthese und die in vitro-pharmakologische Charakterisierung der Substanzklasse der 2-(Phenylthio)-hexansäurederivate an PPAR sind in Zettl et al., Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 19: 4421-4426, 2009 zusammengefasst. Bei der Analyse der Struktur-Wirkungs-Beziehungen erwies sich die Leitstruktur als hochaktiv und sehr robust. Je nach Substitutionsmuster des lipophilen Molekülteils wurden potente selektive PPARalpha-Agonisten wie auch PPARalpha-präferenzielle duale PPARalpha/gamma-Agonisten dargestellt. Durch die Synthese von Kohlenstoff-Analoga und alpha-unsubstituierten Verbindungen wurde des Weiteren der Einfluss des Schwefelatoms und des n-Butylrestes in alpha-Position zur Carbonsäure auf die PPAR-Aktivität untersucht. Hierbei konnte gezeigt werden, dass beide Strukturelemente einen großen Beitrag zur hohen PPARalpha-Aktivität der Leitstruktur leisten. Wie auch bei den alpha-n-Hexyl-Pirinixinsäurederivaten wurde eine ausgewählte Verbindung in ihre Enantiomere getrennt und der Einfluss des Stereozentrums in alpha-Position zur Carbonsäure untersucht. Das Ergebnis bestätigte die Resultate der vorangegangenen Studie: Das (R)-Enantiomer wirkte als Eutomer, wobei der stereochemische Einfluss bei PPARalpha besonders deutlich war. Ausgewählte Synthesen und die in vitro-pharmakologische Charakterisierung von Pirinixinsäurederivaten an mPGES-1, 5-LO sowie der Cyclooxygenase (COX) sind in Koeberle und Zettl et al., Journal of Medicinal Chemistry, 51:8068–8076, 2009 publiziert. Die Arbeit beinhaltet eine umfassende Reihe an Pirinixinsäurederivaten mit Strukturvariationen in alpha-Position zur Carbonsäure und im Aryl-Substitutionsmuster des Pyrimidinringes. Hinsichtlich der alpha-Substitution zeigte sich, dass für Alkylreste eine Kettenlänge von mindestens 6 Kohlenstoffatomen für einen dualen Wirkmechanismus erforderlich ist. Als Leitstruktur für duale mPGES-1/5-LO-Inhibitoren ergab sich somit alpha-n-Hexyl-substituierte Pirinixinsäure, deren Aryl-Substitutionsmuster am zentralen Pyrimidin weiter optimiert wurde. Als vorteilhaft erwies sich die Substitution mit Biphenylresten, wodurch die Darstellung von niedrig mikromolar aktiven dualen mPGES-1/5-LO-Inhibitoren gelang. Bei der Analyse der Strukur-Wirkungs-Beziehungen von unterschiedlichen Biphenylresten zeigte sich eine hohe strukturelle Toleranz hinsichtlich der dualen inhibitorischen Aktivität an der mPGES-1 und der 5-LO. Somit stellen die alpha-n-Hexyl-Pirinixinsäurederivate die ersten publizierten dualen mPGES-1/5-LO-Inhibitoren dar.
Durch die vorliegende Arbeit wird die Genese von Nyong- und Ntem-Einzugsgebiet seit der Öffnung des Südatlantiks unter Berücksichtigung neotektonischer Vorgänge nachgezeichnet. Die Ergebnisse unterstützen die Identifikation geeigneter Sedimentfallen als Proxydatenarchive zur Paläoumweltrekonstruktion. Mithilfe von Fernerkundung und Geländearbeit wird der Formenschatz in den Einzugsgebieten hinsichtlich ihrer Morphogenese untersucht. Vier Formengesellschaften werden unterschieden: (1) Rumpfflächen und Inselberge, (2) ‚demi-oranges’ und ‚bas-fonds’, (3) anastomosierender Flusslauf und (4) Rumpfstufe mit Inselgebirge und Kerbtälern. Sie werden morphodynamisch-genetisch interpretiert. (1) Ein Pisolithhorizont unter einer hillwash-Decke wird als Ferricretresiduum einer Paläooberfläche gedeutet und als Ergebnis der Pedimentierung gewertet. Die Morphogenese eines Inselbergs ergänzt die Diskussion zur Einrumpfung. Die Entwicklung zweier Altarme zeigt einen dritten Prozess, der vermutlich LGM-zeitlich die Region veränderte. Die Kuppe eines Inselbergs gibt ein ehemaliges Flächenniveau wieder. Durch die rückschreitende Verlagerung einer Stufe wurde er herauspräpariert. (2) In den oberen Einzugsgebieten liegen zwischen polykonvexen Hügeln breite Auen. Es wird angenommen, dass sich der Formenschatz durch Lateralerosion nach einer initialen Eintiefung gebildet hat. Flussanzapfungen reduzieren das obere Einzugsgebiet des Nyong. Eine Klassifikation in drei Klassen ist anhand der Überformung der Anzapfungen möglich: Die erste ist durch eine Talwasserscheide und Anzapfungsknie definiert. Bei der zweiten ist das Erscheinungsbild überprägt, die Orientierung zum ehemaligen Vorfluter ist jedoch eindeutig zu erkennen. Die dritte Klasse lässt nur noch aufgrund der Flussbettphysiognomie eine Anzapfung vermuten. (3) Im Ntem-Binnendelta wurden weitflächig Schotter und Gesteinsbruchstücke abgelagert und durch Mangan- und Eisenoxid zu einem Fanglomerat ausgehärtet. Das Gewässernetz bildet die geologischen Strukturen ab. Es wird angenommen, dass sich das Binnendelta primär durch eine gestaffelte Abschiebung entlang E-W verlaufender Brüche gebildet hat. Die Sedimentfallen wurden vom Ntem mit spätpleistozänen bis holozänen Sedimenten verfüllt. Ein ursprünglich flächenhaft ausgebildetes Ferricret wurde durch E-W verlaufende Brüche unterteilt. (4) Unterhalb des Binnendeltas überwindet der Ntem in einem Kerbtal entlang einer NNE-SSW-Struktur mit zwei linearen Störungen die Rumpfstufe. Es erinnert an einen Graben mit zwei Transformstörungen. Entlang des Tals wurden weitflächig Gesteinsbruchstücke und Schotter abgelagert, die zu einem Fanglomerat aushärteten. Gesteinsschnitte geben verschiedene Prozesse wieder, die die Bildung des Kerbtals als Graben belegen. Ergänzend wird eine Lineamentanalyse durchgeführt. Es werden vier Cluster herausgearbeitet, die die linearen Einheiten primär der panafrikanischen Orogenese zuordnen. Archaische Strukturen konnten nicht eindeutig zugewiesen werden. In der Synthese wird versucht, die Einzelergebnisse auf die Fläche zu extrapolieren. Die Arbeit bietet einen breiten Einblick in die tropische Geomorphologie mit der genetischen Diskussion unterschiedlicher Formengesellschaften. Es werden primär die strukturellen Richtungen N-S, E-W und NE-SW hervorgehoben, entlang derer eine neotektonische Remobilisation stattfand. Hebungen, die sich seit dem Miozän verstärkt haben, sind Auslöser für geomorphologische Modifikationen und Extensionsbrüche. Die Nähe zur aktiven Cameroon Volcanic Line und die Kompression des Kongokratons durch Riftprozesse lösen die tektonischen Ereignisse aus. Die wiederholte tektonische Erneuerung durch Hebungen des zentralafrikanischen Hinterlands führte zu einer Umgestaltung des Drainagenetzes.
Based on the commonly used and well-established state-of-the-art DNA sequencing method, i. e. Sanger sequencing, the major target of future research is to develop a fast, cost-effective and gelelectrophoresis-free sequencing method. The aim of the new sequencing technologies is to detect DNA mutations faster and more accurate in order to develop individual therapies for patients (personalized medicine). For this purpose, a lot of novel sequencing techniques like pyrosequencing, mass-spectrometry-assisted sequencing, sequencing by hybridization etc. have been put into practice and already led to commercialized sequencers. The sequencing technology we were mostly interested in is the so-called sequencing-by-synthesis method (SBS). This PhD thesis covers the synthesis of modified nucleosides – the so-called reversible terminators – and their evaluation as reversible terminators. These 3′-modified and dye-labeled nucleotides are incorporated by the polymerase into the DNA-template, then the DNA-synthesis is stopped. After detection of the fluorescent signal, the reversible terminator has to be cleavable in a way (i. e. the polymerase-blocking modification) that the DNA-synthesis can continue. As a result of the polymerase-acceptance tests that have been carried out with the two triphosphates cyanoethoxymethyl(CEM)-dTTP and cyanoethyl(CE)-dTTP as substrates it became clear that the latter one was better incorporated than the first one. Based on this knowledge all four key compounds for the whole reversible terminators possessing the cyanoethyl (CE) group where synthesized within this PhD thesis. Additionally to the synthesis of the modified key compounds, the cleavability of the cyanoethyl function had to be evaluated which is an essential requirement of a reversible terminator for SBS. For addressing this issue, three different CE- and CEM modified monophosphates were created. For each of these three monophosphates an individual synthetic strategy has been developed within this PhD work, each of these strategies and subsequent phosphorylation led to the desired modification. These previously unknown model compounds mimicking the solubility of short oligonucleotides were employed the for qualitative cleavage experiments after their purification and spectroscopical characterization. With these three monophosphates suitable cleavage conditions for a quantitative removal of the CE and the CEM group were examined. In case of the CE function we selectively improved the cleavage conditions while varying the solvent, the reaction temperature as well as the amount of cleaving agent used, in order to make the conditions applicable for an SBS experiment. Due to the fact that the CE function was the most important modification for our SBS experiment, we could even optimize the cleavage efficiency by employing co-solvents like DMSO or DMF. An additional cleavage experiment was carried out by using a short CE-modified oligomer which led to further results that were comparable to the ones obtained from the cleavage experiments of the monomers. One big difference is the required amount of TBAF as cleaving agent for the quantitative removal of the CE-modification from the oligomer. In this case, 7500 equivalents of TBAF are needed for complete CE cleavage at 45 °C compared to the amount of 40 to 80 equivalents TBAF for the monomer (monophosphate). As a conclusion of this result we assume that the amount of cleaving agent and the solubility of the oligomer plays an important role in the CE cleavage efficiency. This assumption was already supported by Saneyoshi et al. who demonstrated for CE-modified RNA oligonucleotides that the CE-cleavage rate is strongly lowered with the increasing of the oligomer length. Thus we could demonstrate that the CE function is quantitatively removable from an oligomer without destroying it. With these results in hands we could prove that the CEM and the CE group are quantitatively cleavable and therefore applicable as blocking groups for reversible terminators. The conditions for the CE cleavage are used for the ArraySBS-“proof-of-principle” which is currently under investigation.
In dieser Arbeit wurden zwei Systeme der biologischen Energiewandlung mit verschiedenen spektroskopischen Methoden untersucht und es wurden neue Erkenntnisse über die Funktion und Aktivierung der Proteine Proteorhodopsin und RuBisCO gewonnen. Zusätzlich konnte eine neue methodische Herangehensweise zur Untersuchung von Carboxylierungsreaktionen etabliert werden. Dieser Ansatz bietet in Zukunft breite Anwendungsmöglichkeiten zur Studie dieser biologisch so bedeutenden Reaktionsklasse. Mit Hilfe der Infrarotspektroskopie und vor allem durch den Einsatz von Tieftemperaturmessungen konnte der bisher kontrovers diskutierte Photozyklus von Proteorhodopsin (PR) eingehend charakterisiert werden. Jenseits des gut verstandenen aktiven Transports bei pH 9,0 wurde vor allem der pH 5,1 Photozyklus untersucht. Erstmals konnte auch in Infrarotspektren das M-Intermediat bei pH 5,1 nachgewiesen werden. Dieses Intermediat ist von entscheidender Bedeutung für den aktiven Transport über die Zellmembran und seine Existenz wurde bisher vielfach angezweifelt. Zudem konnte Glu-108 als ein möglicher Protonenakzeptor des Photozyklus bei pH 5,1 identifiziert werden. Durch einen pH-Indikator ließ sich der Nachweis erbringen, dass auch im sauren pH-Bereich Protonen freigesetzt werden. Damit steht fest, dass ein aktiver Protonentransport bei pH 5,1 möglich ist. Zusammen mit Informationen zu protonierbaren Aminosäureseitenketten (vornehmlich Asp und Glu) lässt sich zudem mit Einschränkungen die These unterstützen, dass PR ober- und unterhalb des pKa-Werts von Asp-97 in verschiedene Richtungen Protonen pumpt. Damit ergibt sich ein differenziertes Bild für den pH-abhängigen Photozyklus von PR mit drei pH-Bereichen (pH 9,0, 8,5 bis 5,5 und 5,1) in denen PR unterschiedliche Protonentransportwege zeigt. Als weiteres biologischen System wurde RuBisCO genauer untersucht. Im Fokus der Arbeit war dabei die Aktivierung durch die Bildung eines Lysin-Carbamats im aktiven Zentrum. Obwohl RuBisCO das am häufigsten vorkommende Enzym unseres Planeten ist, in der Kohlenstofffixierung eine bedeutende Rolle spielt und obwohl mehrere Dutzend Kristallstrukturen existieren, gibt es noch immer genügend offene Fragen zur Aktivierung. Mit Hilfe eines Käfig-CO2 konnte die Carbamatbildung im Enzym direkt verfolgt und der Einfluss von Magnesiumionen auf die Aktivierung beobachtet werden. Damit ließ sich ganz klar ausschließen, dass Magnesium bereits für die Carbamatbildung erforderlich ist. Die Koordination von Mg2+ ist erst für die Endiol-Bildung im weiteren Reaktionszyklus essentiell. Zusätzlich wurde gezeigt, dass Azid eine Inhibierung des Enzyms durch die Konkurrenz mit CO2 um die Bindungsstelle auslöst, allerdings verdrängt CO2 das Azidion im Laufe der Zeit. Mit den Ergebnissen für RuBisCO konnte klar gezeigt werden, dass die Kombination aus Käfig-CO2 und Rapid-Scan IR-Spektroskopie ein völlig neues Feld für die Untersuchung von Carboxylierungsreaktionen eröffnet. Gerade die offenen Fragen zu Biotin bindenden Carboxylasen bieten ein breites Anwendungsgebiet für diese Methodik.
Inhaltsverzeichnis 1. Einleitung …………………………………………………………………...3 1.1 Erklärungsversuche und Forschungsergebnisse der Gegenwart ……8 1.2 Zielrichtung und Abgrenzung der aktuellen Arbeit ………………..21 1.3 Intention und Erläuterung der Versuchsreihen ………………….....25 2. Grundlagen und Methodiken bezüglich des subjektiven visuellen Wahrnehmungsraums …………………………………………………........27 2.1 Die nativistische und die empiristische Anschauung ………………27 2.2 Räumliche Anordnungen der wahrgenommenen Objekte …………31 2.3 Über die visuell vermittelte Richtungs- und Lagebestimmung …....33 2.4 Visuelle Auswertungen der korrespondierenden Netzhautstellen …42 2.5 Visuelle Auswertungen der disparaten Netzhautstellen …………...44 2.6 Die Größenkonstanzleistung ………………………………………47 2.7 Psychophysikalische Grundlagen und Schwellenwerte …………...50 2.8 Physiologische Grundlagen ………………………………………..54 3. Experimentelle Untersuchung ……………………………………………..60 3.1 Versuchsaufbau und Ablauf zur Durchführung der Experimente …60 3.1.1 Zusammensetzungen der Versuchsteilnehmer ……………66 3.1.2 Erläuterungen und Ablauf der 2 Versuchsreihen …………66 3.2 Graphische Darstellungen der Messergebnisse ……………………71 3.2.1 I.Versuchsreihe ……………………………………………71 3.2.2 II.Versuchsreihe …………………………………………...93 3.3 Auswertung und Aufbereitung der Messdaten …………………..102 3.3.1 Auswertungen der I.Versuchsreihe ……………………..102 3.3.2 Auswertungen der II.Versuchsreihe …………………….120 3.3.3 Fehlerbetrachtungen der Versuchsreihen I und II ………122 3.4 Diskussion der Messdaten ……………………………………….124 4. Zusammenfassung und Ausblick ………………………………………...135 Begriffsverzeichnis mit kurzer Erklärung.…………………………………...137 Literaturverzeichnis …………………………………………………….........141 Bildquellenverzeichnis ………………………………………………….......143 Als Fazit kann man folgendes zusammenfassend sagen: Die aufgestellte Arbeitshypothese wurde durch die beiden Versuchsreihen verifiziert, denn die Ergebnisse ergaben folgendes: - In den Messreihen der Versuchsreihe I ist jeweils ein Anstieg der eingestellten Größe, je mehr Abstandsinformationen zugelassen wurden, zu verzeichnen. Das bedeutet, der Anstieg wurde umso größer, desto größer die AID wurde. Auch waren in allen Messreihen die monokularen Größeneinstellungen, bei sonst konstanter AID, gegenüber der binokularen Größeneinstellung geringer. Bei Verringerung der Einstellentfernung wurden die Abweichungen zwischen den subjektiven und den objektiven Größen ebenfalls größer. Das heißt also, die subjektive visuelle Wahrnehmungsgröße ist von der AID wie folgt abhängig: Das visuelle System bewertet subjektiv die Wahrnehmungsgröße bei maximaler AID nach oben und relativ dazu, bei minimaler AID nach unten. - Dass die aufgestellten Parameter die AID bedingen, konnte durch die 1. Messreihe gezeigt werden, da der jeweilige Anstieg der eingestellten Größe, nur durch die Variation eines Parameters erfolgte. Die Querdisparation konnte aber hier nicht als Parameter der die AID bedingt isoliert untersucht werden. Bei den meisten Probanden ergaben sich sehr schnell Doppelbilder und erzeugten bei ihnen ein Unbehagen. Aber dennoch floss dieser Parameter als einflussnehmende Größe in den Konvergenzgrad mit ein. Das Netzhautbild konnte nur kombiniert mit dem psychologischen Gefühl der Nähe isoliert betrachtet werden. Damit die Voraussetzungen in beiden Versuchen gleich waren, wurde in der Versuchsreihe II unter gleichen Versuchsbedingungen wie in der Versuchsreihe I gemessen. Auch hier wurden die Abstandsinformationen von minimal bis maximal sukzessive zugelassen. Durch die Messdaten der Versuchsreihe II konnte eindeutig gezeigt werden, dass die Abstandsunterschiedsschwelle umso geringer ausfällt, desto mehr Abstandskriterien hinzukamen, also die AID erhöht wurde. Analog kehren sich die Verhältnisse um, wenn die AID erniedrigt wird. Durch diesen kausalen Zusammenhang zwischen der Abstandsunterschiedsschwelle des visuellen Systems und der Güte der AID bestätigt sich zusätzlich die Annahme, dass die eingeführten Parameter des Abstandes tatsächlich als solche zu betrachten sind und die AID konstituieren. Denn wären sie keine Konstituenten der AID, so müssten die Unterschiedsschwellen der Versuchsreihe II in etwa gleich sein. Da aber die Änderung der Randbedingungen sich auf die verwertbaren Abstandsinformationen bezogen und somit die AID jeweils geändert wurde, ist die aufgestellte Annahme über die Parameter, welche die AID bedingen, berechtigt. - Dass im orthostereoskopischen Bereich die subjektiven Größeneinstellungen gegenüber der Zentralprojektion am weitesten auseinander liegen, bestätigte sich durch alle Messreihen der Versuchsreihe I. In diesem Bereich existiert die maximale Unabhängigkeit der visuellen Wahrnehmungsgröße vom Gesichtswinkel. In diesem Bereich liegt eine sehr hohe Güte in der Größenkonstanzleistung des visuellen Systems vor. Dass die Größenkonstanz qualitativ dem aufgestellten Formalismus aus Annahme 2 genügt und die aufgestellte qualitative Relation sie beschreibt, konnte nicht gezeigt werden. Das begründet sich durch das Zustandekommen der Größenkonstanz. Sie resultiert bekanntlich aus einer Entfernungsänderung. Je nach dem, ob sich ein Objekt dem Beobachter nähert oder entfernt, setzt diese Bildgrößenkompensation ein. Von daher unterliegt sie einem dynamischen Prozess und kann dadurch mit Relation (2´) nicht beschreiben werden. - Mit der Relation 2´ kann man qualitativ die Unbestimmtheit in der visuellen Wahrnehmungsentfernung beschreiben und qualitativ erklären. Der Aspekt der Abstandsunterschiedsschwelle ist etwas verwirrend. Auf der einen Seite handelt es sich um eine Vermögensleistung des visuellen Systems, welches abhängig ist von den vorliegenden Abstandsinformationen, die ihrerseits die AID bedingen. Auf der anderen Seite bedingt die Abstandsunterschiedsschwelle die AID durch ihre Güte und Qualität, beeinflusst also umgekehrt auch die AID. In der Versuchsreihe 2 wurde auf die Vermögensleistung des visuellen Systems und deren Abhängigkeit von den Parametern eingegangen, die auch die AID bedingen. Dies diente dazu, zusätzlich zu zeigen, dass es sich bei diesen Parametern um Parameter handelt, welche die AID bedingen. Die Argumentationskette lautete wie folgt: Die Abstandsunterschiedsschwelle beeinflusst die AID. Die betrachteten Parameter beeinflussten die Abstandsunterschiedsschwelle, dass experimentell verifiziert wurde. Daraus folgte dann, dass eben diese Parameter auch die AID bedingen. Diese Argumentation diente nur als zusätzliches Hilfsmittel. Bei Punkt 4 sollte die Abstandsunterschiedsschwelle und ihr Einfluss auf die Unbestimmtheit hin betrachtet werden. Dies hat aber nur sekundäre Relevanz, da hier die Anwendung der Relation 2´ im Vordergrund stand. - Ob die Fitting-Funktion, welche die Messdaten der Versuchsreihe I approximierte, sich als Algorithmus für die Darstellung einer Bewegungssimulation eignet, kann noch nicht gesagt werden. Es müssen noch Untersuchungen umgesetzt werden, welche die Diagonalbewegung beschreiben. In der stirnfrontalen Vor- und Zurückbewegung ist der simulierte Bewegungsablauf mit der Fitting-Funktion gegenüber der linearen Darstellung realistischer. Dies ist in der ersten 100cm Raumtiefe besonders merklich, da die Fitting-Funktion die Größenkonstanzleistung des visuellen Systems berücksichtigt. Die auf dem konventionellen Computerspielmarkt eingesetzten Algorithmen für die Darstellung von Vor- und Zurückbewegungen sind dagegen nahezu linear, welches dem Beobachter einen etwas unnatürlichen Seheindruck vermittelt. Die Fitting-Funktion könnte auch für die Simulation von Zeichentrickfilmen verwendet werden. Auch dort wird die Größenkonstanzleistung des visuellen Systems nicht berücksichtigt. Aber gerade diese Konstanzleistung gestaltet die Größenvariation der wahrgenommenen Objekte bei Entfernungsänderungen. Dies ist besonders im orthostereoskopischen Bereich merklich.
7 kingdoms of the Litvaks
(2009)
Diffusion of inner membrane proteins is a prerequisite for correct functionality of mitochondria. The complicated structure of tubular, vesicular or flat cristae and their small connections to the inner boundary membrane impose constraints on the mobility of proteins making their diffusion a very complicated process. Therefore we investigate the molecular transport along the main mitochondrial axis using highly accurate computational methods. Diffusion is modeled on a curvilinear surface reproducing the shape of mitochondrial inner membrane (IM). Monte Carlo simulations are carried out for topologies resembling both tubular and lamellar cristae, for a range of physiologically viable crista sizes and densities. Geometrical confinement induces up to several-fold reduction in apparent mobility. IM surface curvature per se generates transient anomalous diffusion (TAD), while finite and stable values of projected diffusion coefficients are recovered in a quasi-normal regime for short- and long-time limits. In both these cases, a simple area-scaling law is found sufficient to explain limiting diffusion coefficients for permeable cristae junctions, while asymmetric reduction of the junction permeability leads to strong but predictable variations in molecular motion rate. A geometry-based model is given as an illustration for the time-dependence of diffusivity when IM has tubular topology. Implications for experimental observations of diffusion along mitochondria using methods of optical microscopy are drawn out: a non-homogenous power law is proposed as a suitable approach to TAD. The data demonstrate that if not taken into account appropriately, geometrical effects lead to significant misinterpretation of molecular mobility measurements in cellular curvilinear membranes.
Anfang 2003 veröffentlichte Ettore Ghibellino erstmals die These einer geheimen Liebesbeziehung zwischen Herzogin Anna Amalia und Johann Wolfgang von Goethe. Als Jurist, ausgebildet u.a. in Tübingen, Oxford und Rom, in Bayreuth im Bereich der Staatstheorie promovierend, führten Ghibellinos literarische Interessen ihn 2001 nach Weimar. Während er das Werk des von ihm wiederentdeckten römischen Dichters Giuseppe Maccari (1840-1867) übersetzte und herausgab, stieß er auf Widersprüche in Goethes Leben, die schließlich zu der These führten, dass eine Liaison zwischen Goethe und Charlotte von Stein wegen der damaligen Standesschranken vorgetäuscht worden sei, während Goethes Liebe in Wirklichkeit Charlottes Herrin, Anna Amalia, gegolten habe. Die Inszenierung habe ein Jahrzehnt gewährt, doch als sie aufzufliegen drohte, habe sich Goethe gezwungen gesehen, seiner Liebe zur Fürstin zu entsagen. Nach Ghibellino erzählen Anna Amalia und Goethe die Geschichte ihrer tragischen Liebe mittels der "stummen Sprache" der Kunst, namentlich in Gemälden, Skulpturen, Parkanlagen, Gebäuden, Partituren und vor allem in Goethes Liebesdichtung, die ab seiner Ankunft in Weimar Anna Amalia gegolten habe.
X-ray structure of the Na+-coupled Glycine-Betaine symporter BetP from Corynebacterium glutamicum
(2009)
Cellular membranes are important sites of interaction between cells and their environment. Among the multitude of macromolecular complexes embedded in these membranes, transporters play a particularly important role. These integral membrane proteins perform a number of vital functions that enable cell adaptation to changing environmental conditions. Osmotic stress is a major external stimulus for cells. Bacteria are frequently exposed to either hyperosmotic or hypoosmotic stress. Typical conditions for soil bacteria, such as Corynebacterium glutamicum, vary between dryness and sudden rainfall. Physical stimuli caused by osmotic stress have to be sensed and used to activate appropriate response mechanisms. Hypoosmotic stress causes immediate and uncontrolled influx of water. Cells counteract by instantly opening mechanosensitive channels, which act as emergency valves leading to fast efflux of small solutes out of the cell, therebydiminishing the osmotic gradient across the cell membrane. Hyperosmotic stress, on the other hand, results in water efflux. This is counterbalanced by an accumulation of small, osmotically active solutes in the cytoplasm, the so-called compatible solutes. They comprise a large variety of substances, including amino acids (proline), amino acid derivatives (betaine, ectoine), oligosaccharides (trehalose), and heterosides (glucosylglycerol). Osmoregulated transporters sense intracellular osmotic pressure and respond to hyperosmotic stress by facilitating the inward translocation of compatible solutes across the cell membrane, to restore normal hydration levels. This work presents the first X-ray structure of a member of the Betaine-Choline-Carnitine-Transporter (BCCT) family, BetP. This Na+-coupled symporter from Corynebacterium glutamicum is a highly effective osmoregulated and specific uptake system for glycine-betaine. X-ray structure determination was achieved using single wavelength anomalous dispersion (SAD) of selenium atoms. Selenium was incorporated into the protein during its expression in methione auxotrophic E. coli cells, grown in media supplemented with selenomethionine. SAD data with anomalous signal up to 5 Å led to the detection of 39 selenium sites, which were used to calculate the initial electron density map of the protein. Medium resolution and high data anisotropy made the structure determination of BetP a challenging task. A specific strategy for data anisotropy correction and a combination of various crystallographic programs were necessary to obtain an interpretable electron density map suitable for model building. The crystal structure of BetP shows a trimer with glycine-betaine bound in a three-fold cation-pi interaction built by conserved tryptophan residues. The bound substrate is occluded from both sides of the membrane and aromatic side chains line its transport pathway. Very interestingly, the structure reveals that the alpha-helical C-terminal domain, for which a chemo- and osmosensory function was elucidated by biochemical methods, interacts with cytoplasmic loops of an adjacent monomer. These unexpected monomer-monomer interactions are thought to be crucial for the activation mechanism of BetP, and a new atomic model combing biochemical results with the crystal structure is proposed. BetP is shown to have the same overall fold as three unrelated Na+-coupled symporters. While these were crystallised in either the outward- or inward-facing conformation, BetP reveals a unique intermediate state, opening new perspectives on the alternating access mechanism of transport.