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The humanized non-depleting anti-CD4 monoclonal antibody Tregalizumab (BT-061) is able to selectively activate the suppressive function of regulatory T cells and has been investigated up to phase 2b in clinical trials in patients suffering from rheumatoid arthritis (RA).
A pharmacokinetic-pharmacodynamic model, which is based on clinical data from RA and healthy subjects, used the cell surface CD4-down-modulation as marker of the antibodies' activity. This model surprisingly revealed a stronger effect of Tregalizumab in healthy subjects compared to RA patients. This thesis presents a series of experiments performed to understand this phenomenon.
To counteract oxidative stress, which is strongly associated with RA pathophysiology, the organism employs the small oxidoreductase thioredoxin-1 (Trx1). Therefore, augmented expression and secretion of Trx1 was seen in many studies the synovial fluid and plasma of RA patients. Moreover, the binding site of Tregalizumab is in close proximity to a disulfide bond in domain 2 (D2) of CD4, which is a known target for a reduction by Trx1. So, this thesis also evaluated the influence of Trx1 on binding of Tregalizumab to its target CD4.
With the experiments reported herein, it was possible to demonstrate that specific reduction of the D2 disulfide bond of CD4 by Trx1 led to diminished binding of Tregalizumab to recombinant human soluble CD4 (rh sCD4) and membrane-bound CD4 on T cells from a human leukemia cell line and peripheral blood mononuclear cells (PBMC). Moreover, the experiments revealed that this caused changes in the Tregalizumab-induced CD4 signalling pathway via the lymphocyte-specific protein tyrosine kinase p56Lck.
In summary, this thesis provides evidence that high Trx1 levels in RA patients compared to healthy subjects are a potential valid reason for diminished binding of Tregalizumab to CD4-positive T cells and offers an explanation for the observed decreased CD4 down-modulation in RA patients in comparison with healthy subjects. It emphasizes that binding of Tregalizumab is impaired in a particular way in RA patients.
The access to information on the dynamic behaviour of large proteins is usually hindered as spectroscopic methods require the site-specific attachment of biophysical probes. A powerful emerging tool to tackle this issue is amber codon suppression. Till date, its application on large and complex multidomain proteins of MDa size has not been reported. Herein, we systematically investigate the feasibility to introduce different non-canonical amino acids into a 540 kDa homodimeric fatty acid synthase type I by genetic code expansion with subsequent fluorescent labelling. Our approach relies on a microplate-based reporter assay of low complexity using a GFP fusion protein to quickly screen for sufficient suppression conditions. Once identified, these findings were successfully utilized to upscale both the expression scale and the protein size to full-length constructs. These fluorescently labelled samples of fatty acid synthase were subjected to initial biophysical experiments, including HPLC analysis, activity assays and fluorescence spectroscopy. Successful introduction of such probes into a molecular machine such as fatty acid synthases may pave the way to understand the conformational variability, which is a primary intrinsic property required for efficient interplay of all catalytic functionalities, and to engineer them.
Die Entwicklung neuer Formen der Tumortherapie bleibt notwendig, solange die Heilung verschiedener solider metastasierender Tumore nicht möglich ist. Solch ein neuer Ansatz besteht in der Infektion des Tumors mit replikationskompetenten (retroviralen) Vektoren oder Viren. Um die Spezifität dieser Viren für die Tumorzellen zu erhöhen, wird in dieser Arbeit ein Konzept vorgestellt, dass die Tumor-spezifische Expression von Proteasen, im Besonderen von Matrix-Metalloproteasen (MMPs), zur Aktivierung des Maus Leukämievirus (MLV) ausnutzt (Protease-Targeting). Dazu wurde durch eine Blockierungsdomäne (CD40L) Nterminal vom infektionsvermittelnden MLV-Hüllprotein Env die Bindung an die Zelleintrittsrezeptoren verhindert. Eine Spaltstelle zwischen CD40L und Env ermöglicht die Entfernung der Blockierungsdomäne und damit die Aktivierung des Virus. Um eine Spaltstelle zu finden, die optimal auf das Proteasespektrum eines Tumors passt, wurde das zwischen CD40L und Env befindliche Linkerpeptid kombinatorisch diversifiziert und so eine Bibliothek von Retroviren erzeugt. Die Selektion dieser Bibliothek auf zwei unterschiedlichen Tumorlinien (HT1080, Fibrosarkom und U-87 MG, malignes Gliom) führte zur Anreicherung MMP-aktivierbarer Viren. Drei der mehr als 10 identifizierten Linkerpeptide (AKGLYK, PSGLYQ und PAGLHV) wurden im viralen Kontext näher charakterisiert. Für das Spaltmotiv PSGLYQ konnte MMP-2 als aktivierende Protease nachgewiesen werden. Für die Motive AKGLYK und PAGLHV erwies sich eine kummulative Spaltung durch eine Reihe von MMPs als wahrscheinlich. Um die Ausbreitung der Viren in Abhängigkeit der MMP-Expression zu zeigen, wurden verschiedene Zelllinien hinsichtlich ihrer Expression von MMP-2 und MMP-9 charakterisiert und in MMP-positive und MMP-negative Zelllinien eingeteilt. Durch Infektion dieser Zelllinien und anschließende Verfolgung der Virus-Ausbreitung konnte die konditionale Replikation der aktivierbaren Viren ausschließlich auf MMP-positiven Zellen nachgewiesen werden. Daher erreichten die Viren mit selektionierten Spaltmotiven im Gegensatz zum Parental- Virus, welches ein in der Literatur beschriebenes MMP-2-Spaltmotiv aus Kollagen (PLGLWA) präsentierte, die vollständige Infektion der Kulturen. Auch die Titer lagen etwa um das 1000fache höher. Die Replikationsgeschwindigkeit der aktivierbaren Viren mit AKGLYK und PSGLYQ Motiv erreichte annähernd die des unveränderten MLV, das Virus mit PAGLHV Motiv zeigte sogar eine identische Replikationskurve. In einem Tumor-Maus-Modell konnte die Ausbreitung der proteolytisch aktivierbaren Viren auch in der Umgebung eines soliden Tumors gezeigt werden. Sowohl nach Etablierung des Tumors aus zum Teil vorinfizierten Zellen, als auch nach Injektion von Viren in zuvor etablierte Tumore erfolgte sie für die selektionierten Viren genetisch stabil. Um die Verteilung der Viren im Organismus zu bestimmen, wurde ein Modell entwickelt, in dem ein vollständig infizierter Tumor als Virusquelle diente, und nach bestimmten Zeiträumen verschiedene Organe der Maus und ein zweiter aus uninfizierten Zellen etablierter Tumor per PCR auf Infektionen untersucht wurde. Hier zeigte sich, dass WT-MLV bis zu 20.000fach mehr Zellen in den Organen infizierte als die aktivierbaren Viren. Dagegen wurden Zellen in einem sekundären uninfiziert etablierten Tumor vom WT-MLV nur etwa 5fach besser infiziert als durch die aktivierbaren Viren. Das heißt, die selektionierten Viren erreichten ein hohes Maß an Tumortargeting. In der vorliegenden Arbeit wurden durch molekulare Evolution zum ersten Mal replizierende Retroviren hergestellt, die einen eingeschränkten und für Protease-positive Zellen spezifischen Tropismus aufwiesen. Die selektionierten Substrate glichen anderen, mit Hilfe von Peptid-Bibliotheken für MMPs identifizierten Motiven, jedoch konnten durch die Berücksichtigung des gesamten Proteasespektrums einer Zelllinie weitere Motive selektioniert werden, die durch bisherige Systeme nicht ermittelt werden konnten. Damit ergibt sich für die selektionierten MMP-aktivierbaren Viren durch die Kombination aus Targeting beim Zelleintritt und Replikation in der Targetzellpopulation, die für andere beschriebene Targetingsysteme nicht gegeben ist, eine echte Option für neue Wege in der Tumortherapie.
We present a computational method for the reaction-based de novo design of drug-like molecules. The software DOGS (Design of Genuine Structures) features a ligand-based strategy for automated ‘in silico’ assembly of potentially novel bioactive compounds. The quality of the designed compounds is assessed by a graph kernel method measuring their similarity to known bioactive reference ligands in terms of structural and pharmacophoric features. We implemented a deterministic compound construction procedure that explicitly considers compound synthesizability, based on a compilation of 25'144 readily available synthetic building blocks and 58 established reaction principles. This enables the software to suggest a synthesis route for each designed compound. Two prospective case studies are presented together with details on the algorithm and its implementation. De novo designed ligand candidates for the human histamine H4 receptor and γ-secretase were synthesized as suggested by the software. The computational approach proved to be suitable for scaffold-hopping from known ligands to novel chemotypes, and for generating bioactive molecules with drug-like properties.
The adaptor molecule stimulator of IFN genes (STING) is central to production of type I IFNs in response to infection with DNA viruses and to presence of host DNA in the cytosol. Excessive release of type I IFNs through STING-dependent mechanisms has emerged as a central driver of several interferonopathies, including systemic lupus erythematosus (SLE), Aicardi–Goutières syndrome (AGS), and stimulator of IFN genes-associated vasculopathy with onset in infancy (SAVI). The involvement of STING in these diseases points to an unmet need for the development of agents that inhibit STING signaling. Here, we report that endogenously formed nitro-fatty acids can covalently modify STING by nitro-alkylation. These nitro-alkylations inhibit STING palmitoylation, STING signaling, and subsequently, the release of type I IFN in both human and murine cells. Furthermore, treatment with nitro-fatty acids was sufficient to inhibit production of type I IFN in fibroblasts derived from SAVI patients with a gain-of-function mutation in STING. In conclusion, we have identified nitro-fatty acids as endogenously formed inhibitors of STING signaling and propose for these lipids to be considered in the treatment of STING-dependent inflammatory diseases.
Diese Arbeit beschäftigt sich mit der Synthese und Charakterisierung von Inhibitoren der 5-Lipoxygenase (5-LO) und der mikrosomalen Prostaglandin E2 Synthase-1 (mPGES-1) als neue potentielle antientzündliche Wirkstoffe. Beide Enzyme befinden sich innerhalb der Arachidonsäurekaskade und sind einerseits an der Prostaglandin E2 (PGE2) Biosynthese und andererseits an der Biosynthese der Leukotriene (LTs) beteiligt (siehe Abb. 1). Die mPGES-1 ist ein membranständiges
Enzym, das downstream lokalisiert ist, hauptsächlich unterhalb der induzierbaren COX-2, und katalysiert die Reaktion von PGH2 zu PGE2. PGE2 gilt innerhalb der Prostaglandine als prominentester Vertreter bezüglich Entzündungen, Schmerzen und Fieber. Die Leukotriene gehören ebenso wie die Prostaglandine zu den proinflammatorisch wirkenden Lipid-Mediatoren und sind unter anderem beteiligt an der Bronchokonstriktion oder erhöhen auch die vaskuläre Permeabilität. Während dieser Arbeit wurden die Struktur-Wirkungsbeziehungen zweier verschiedener Substanzklassen untersucht. Leitstruktur I entstammt einem Pirinixinsäure-Derivat (siehe Abb. 2). Die Pirinixinsäure (Verbindung 1) selbst ist sowohl an der mPGES-1 als auch an der 5-LO inaktiv. Initiale Arbeiten haben gezeigt, dass eine Einführung eines n-Hexyl Restes in α-Position zu der Carbonsäure zu einer dualen Inhibition der 5-LO und mPGES-1 geführt hat (Verb. 2). Unter Beibehaltung dieses Restes sollte der lipophile Rückraum durch Austausch des 2,3-Xylidin-Gerüsts optimiert werden und hier hat sich insbesondere das 4-(4-Chlorphenyl)-1,3-thiazol-2-amin Gerüst als potent erwiesen (Verb. 3). Mit dieser Erkenntnis sollten verschiedene 2-Aminothiazolhaltige Pirinixinsäurederivate synthetisiert werden, und ihre Struktur-Wirkungsbeziehung als
duale 5-LO/ mPGES-1 Inhibitoren untersucht werden. Leitstruktur II entstammt einem virtuellen Screening Ansatz, in dem neue acidische mPGES-1 Inhibitoren identifiziert werden sollten. Das Benzensulfonamid Derivat FR4 (Verb. 4) stellt dabei eine neuartige Leitstruktur für mPGES-1 Inhibitoren dar, die nicht nur in der Lage sind die humane mPGES-1 zu hemmen, sondern ebenso die murine mPGES-1. Viele in der Literatur beschriebene mPGES-1 Inhibitoren sind zwar in der Lage, die humane mPGES-1 sehr potent zu inhibieren, haben allerdings keinen Effekt gezeigt in ersten präklinischen Versuchen, weil der Spezies Unterschied zwischen der murinen und humanen mPGES-1 zu groß ist. Dementsprechend liefern die Benzensulfonamide einen interessanten Ansatzpunkt für die Entwicklung neuartiger mPGES-1 Inhibitoren, um die Hürde der präklinischen Entwicklung zu überwinden.
In large models of neuronal cell death, there is a tight correlation between Cdk5 deregulation and cell-cycle dysfunction. However, pathways that link Cdk5 to the cell cycle during neuronal death are still unclear. We have investigated the molecular events that precede p25/Cdk5-triggered neuronal death using a neuronal cell line that allows inducible p25 expression. In this system, no sign of apoptosis was seen before 24 hours of p25 induction. Thus, at that time, cell-cycle-regulatory proteins were analysed by immunoblotting and some of them showed a significant deregulation. Interestingly, after time-course experiments, the earliest feature correlated with p25 expression was the phosphorylation of the retinoblastoma protein (Rb). Indeed, this phosphorylation was observed 6 hours after p25 induction and was abolished in the presence of a Cdk5 inhibitor, roscovitine, which does not inhibit the usual Rb cyclin-D kinases Cdk4 and Cdk6. Furthermore, analyses of levels and subcellular localization of Cdk-related cyclins did not reveal any change following Cdk5 activation, arguing for a direct effect of Cdk5 activity on Rb protein. This latter result was clearly demonstrated by in vitro kinase assays showing that the p25-Cdk5 complex in our cell system phosphorylates Rb directly without the need for any intermediary kinase activity. Hence, Rb might be an appropriate candidate that connects Cdk5 to cell-cycle deregulation during neuronal cell death.
Mitochondria are involved in the aging processes that ultimately lead to neurodegeneration and the development of Alzheimer’s disease (AD). A healthy lifestyle, including a diet rich in antioxidants and polyphenols, represents one strategy to protect the brain and to prevent neurodegeneration. We recently reported that a stabilized hexanic rice bran extract (RBE) rich in vitamin E and polyphenols (but unsuitable for human consumption) has beneficial effects on mitochondrial function in vitro and in vivo (doi:10.1016/j.phrs.2013.06.008, 10.3233/JAD-132084). To enable the use of RBE as food additive, a stabilized ethanolic extract has been produced. Here, we compare the vitamin E profiles of both extracts and their effects on mitochondrial function (ATP concentrations, mitochondrial membrane potential, mitochondrial respiration and mitochondrial biogenesis) in PC12 cells. We found that vitamin E contents and the effects of both RBE on mitochondrial function were similar. Furthermore, we aimed to identify components responsible for the mitochondria-protective effects of RBE, but could not achieve a conclusive result. α-Tocotrienol and possibly also γ-tocotrienol, α-tocopherol and δ-tocopherol might be involved, but hitherto unknown components of RBE or a synergistic effect of various components might also play a role in mediating RBE’s beneficial effects on mitochondrial function.
2,2’-Bipyridylboroniumkationen IIA stellen analog dem organischen Elektronenakzeptor Diquat vollständig reversible Zwei-Elektronen-Redoxsysteme dar. Da sie sich darüber hinaus leicht in luft- und wasserstabile Derivate überführen lassen, sind sie potentiell interessante Bausteine für die Entwicklung neuartiger Elektronenspeichermedien. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit galt es, Wege zu Makromolekülen aus 2,2’-Bipyridylboroniumeinheiten zu finden. Dabei sollte die spontane Adduktbildung zwischen bor- und stickstoffhaltigen Bausteinen als zentraler Reaktionsschritt ausgenutzt werden. Um möglichst monodisperse Produkte zu erhalten, befasste sich die Arbeit im Schwerpunkt mit der Synthese von Dendrimeren, für die eine Reihe divergenter Synthesestrategien erarbeitet und auf ihre Praktikabilität hin untersucht wurden. Ein Teilprojekt widmete sich dem Aufbau linearer Polymere durch Kopolymerisation von bor- und stickstoffhaltigen Monomeren. In allen Fällen bildeten borylierte Benzolderivate wesentliche Bausteine, da sie nicht nur als Kernfragmente für Dendrimere sondern auch als Monomere in Polymerisationsreaktionen eingesetzt werden sollten. Über eine Silicium-Bor-Austauschreaktion konnten ausgehend von (Trimethylsilyl)substituierten Arylen und BBr3, die dargestellten Dibromoborylaryle 1 – 4 in guten Ausbeuten synthetisiert und anschließend über etablierte Verfahren in die Derivate 1a – 4a sowie 1b und 2b überführt werden. Erstmals gelang es dabei, die Festkörperstrukturen von 1 – 4 zu bestimmen. Der nächste Teilschritt bestand darin, das Potential borylierter Aryle als Kernfragmente für 2,2’-Bipyridylboronium-Dendrimere zu untersuchen. Zu diesem Zweck wurden 1a – 4a mit käuflichem 4,4’-Dimethyl-2,2’-bipyridyl umgesetzt, um Modellsysteme für Dendrimere der nullten Generation (G0-Dendrimere) zu schaffen. Dabei zeigte sich, dass bis zu drei 2,2’-Bipyridylboroniumeinheiten problemlos um einen Benzolring herum gruppiert werden können. Um schließlich Dendrimere aufzubauen, wurden verschiedene divergente Synthesestrategien angewendet. Umsetzung der borylierten Aromaten mit speziellen 4,4’-disubstituierten 2,2’-Bipyridylderivaten, die in ihrer Peripherie borylierbar sind, führt entsprechend dem oberen Reaktionschritt zu den jeweiligen G0-Dendrimeren. Diese gilt es im folgenden zweiten Reaktionsschritt an den Bipyridylseitenketten zu borylieren. Anschließende Umsetzung der so erhaltenen borylierten Spezies mit weiterem 2,2’-Bipyridyl führt dann zur Bildung von Bipyridylboronium-Dendrimeren der ersten bzw. jeweils höheren Generation. Im Rahmen dieser Doktorarbeit wurden fünf verschiedene 2,2’-Bipyridylliganden entwickelt, die sich durch Umsetzung mit den borylierten Aromaten 1a – 3a in die entsprechenden Dendrimere der nullten Generation überführen lassen und anschließend an ihren Seitenketten durch Anwendung der Hydroborierung (5 und 6) oder des Silicium-Bor-Austausches (7 – 9) boryliert werden können. Zur Synthese von G1-Dendrimeren über die Hydroborierungsroute eignet sich aus HSiEt3 und BBr3 in situ erzeugtes HBBr2 besonders. Umsetzung der olefinischen 2,2’-Bipyridylboroniumkationen 30Br und 31Br mit diesem Reagenz führte schon bei tiefen Temperaturen zur vollständigen Hydroborierung der olefinischen C-C-Doppelbindungen. Die nachfolgende Reaktion mit 4,4’-Dimethyl-2,2’-bipyridyl lieferte die entsprechenden Dendrimere 36Br3 und 37Br3 der ersten Generation, welche nachfolgend mit MeOH / NEt3 behandelt wurden, um alle am Bor verbliebenen Bromosubstituenten durch Methoxygruppen zu ersetzen. Die Bildung von 36Br3 und 37Br3 ließ sich mittels ESI-Massenspektrometrie eindeutig nachweisen. Allerdings gelang es nicht, die G1-Spezies analysenrein zu isolieren, da die Alkyl-2,2’-bipyridylboroniumfragmente unter den Bedingungen der HPLC-Trennung nicht stabil sind. Ein weiterer Nachteil besteht darin, dass die Hydroborierungsreaktion stets Gemische aus Regio- (Edukt 30Br) bzw. Stereoisomeren (Edukt 31Br) liefert. Diese Probleme lassen sich in der Silicium-Bor-Austausch-Variante der Dendrimersynthese unter Einsatz der Liganden 8 und 9 vermeiden. Bei beiden Monokationen 38Br (Ligand 8) und 45Br (Ligand 9) gelang durch Reaktion mit BBr3 der vollständige Austausch der endständigen Trimethylsilylgruppen durch Dibromoborylfunktionen. Nachfolgende Umsetzung dieser borylierten Kationen mit 4,4’-Dimethyl-2,2’-bipyridyl führte zu den entsprechenden G1-Dendrimeren, die durch Behandlung mit MeOH / NEt3 in die luft- und wasserstabilen Derivate 45Br3 und 50Br3 überführt und über HPLC-Trennverfahren isoliert werden konnten. Ein Teilprojekt der vorliegenden Arbeit widmete sich der Synthese linear polymerer Makromoleküle. Im Rahmen dieser Studien wurden dipodale 2,2’-Bipyridyle, bei denen zwei 2,2’-Bipyridyleinheiten über eine Ethylen- bzw. Ethenylenbrücke miteinander verbunden sind, mit dem diborylierten Aryl 2b umgesetzt und so die löslichen Polymere (57Br2)n und (58Br2)n erhalten, welche eine intensiv violette ((57Br2)n) bzw. nahezu schwarze Farbe ((58Br2)n) besitzen. Im Rahmen dieser Doktorarbeit wurden mehrere Wege zu Dendrimeren und Polymeren aus 2,2’-Bipyridylboroniumkationen erschlossen, wobei die spontane B-N-Adduktbildung als zentraler Verknüpfungsschritt eingesetzt wurde. Dieses Synthesekonzept erwies sich als äußerst vielseitig, da durch einfache Derivatisierung der bor- und stickstoffhaltigen Bausteine, die chemischen und physikalischen Eigenschaften der resultierenden Makromoleküle gezielt verändert werden konnten. Beispielsweise zeigen die ausgehend von 9 dargestellen 2,2’-Bipyridylboroniumsalze 45Br und 50Br aufgrund des vergrößerten π-Elektronensystems gegenüber Basissystemen wie 28Br3 bathochrom verschobene Absorptionsbanden und eine intensive Lumineszenz bei einer Wellenlänge von 488 nm.