Modulating synthetic pathways in megasynthases

  • Polyketides are highly valuable natural products, which are widely used as pharmaceuticals due to their beneficial characteristics, comprising antibacterial, antifungal, immunosuppressive, and antitumor properties, among others. Their biosynthesis is performed by large and complex multiproteins, the polyketide synthases (PKSs). This study solely focuses on the class of type I PKSs, which arrange all their enzymatic domains on one or more polypeptides. Despite their high medical value, little is known about mechanistic details in PKSs. One central domain is the acyl transferase (AT), which is present in all PKSs and channels small acyl substrates into the enzyme. More precisely, the AT loads the substrates onto the essential acyl carrier protein (ACP), which subsequently shuttles the substrates and all intermediates for condensation and modification to additional domains to build the final polyketide. Some PKSs use their domains several times during biosynthesis and work iteratively – these are called iterative PKSs. Others feature several sets of domains, each being used only once during biosynthesis – these PKSs are called modular PKSs. All PKSs or PKS modules consist of minimum three essential domains to connect the acyl substrates. Three modifying domains are optional and can enlarge the minimal set. According to the domain composition, the acyl substrate is fully reduced, partly reduced, or not reduced at all. This variation of modifying domains accounts for the huge structural and therefore functional variety of polyketides. Even though the structure of fatty acids is not exactly reminiscent of polyketides, their biosynthetic pathways are closely related. Fatty acid biosynthesis is carried out by fatty acid synthases (FASs), which share many similarities with PKSs. Both megasynthases feature the same domains, performing the same reactions to connect and modify small acyl substrates. In contrast to PKSs, FASs always contain one full set of modifying domains which is used iteratively, leading to fully reduced fatty acids. The present thesis extensively analyzes the AT of different PKSs in its substrate selectivity, AT-ACP domain-domain interaction, and enzymatic kinetic properties. The following key findings are revealed through comparison: 1.) ATs of PKSs appear slower than the ones of FASs, which may reflect the different scopes of biosynthetic pathways. Fatty acids as essential compounds in all organisms are needed in high amounts for physiological functions, whereas polyketides as secondary metabolites only require basal concentrations to take effect. 2.) The slower ATs from modular PKSs do not load non-native substrates even in absence of the native substrates. This is different to the faster ATs from iterative PKSs and FASs, which indicates high substrate specificity solely for the ATs from modular PKSs and emphasizes their role as gatekeepers in polyketide synthesis. 3.) The substrate selectivity can emerge in either the first or the second step of the AT-mediated ACP loading and is not assured by a hydrolytic proofreading function. Moreover, a mutational study on the AT-ACP interaction in the modular PKS 6-deoxyerythronolide B synthase (DEBS) shows that single surface point mutations can influence AT-mediated reactions in a complex manner. Data reveals high enzyme kinetic plasticity of the AT-ACP interaction, which was also recently demonstrated for the interaction in a type II FAS. Based on these findings, the mammalian FAS is engineered towards a modular PKS-like as- sembly line with the long-term goal to rationally synthesize new products. Basically, three important aspects need to be considered: 1.) AT’s loading needs to be splitted in specific loading of a priming substrate by a priming AT and in specific loading of an elongation substrate by an elongation AT. 2.) FAS-based elongation modules need to be designed with varying domain compositions for introducing functional groups in the product. 3.) Covalent and non-covalent linkers need to be designed for connection of priming and elongation modules. This study focuses on the first aspect, splitting loading of priming and elongation substrates. An elongation substrate-specific AT is installed in the mammalian FAS via domain swapping. Since ATs from modular PKSs were proven to be substrate specific, these are used to exchange the mammalian FAS AT. This work demonstrates that it is extremely challenging to create stable and functional chimeras, but first essential steps are taken. Proper domain boundaries for AT swapping are established and a stable chimera with 70 % wild type AT activity is created. However, this chimera is only of limited value for application in an elongation module due to the intrinsic slow turnover rate of the wild type AT. Using another PKS AT, a stable elongation module is designed and analyzed in its activity in combination with a priming module. These experiments demonstrate that the loading of priming substrates are successfully suppressed in the elongation module, but nonetheless only minor turnover rates are detected in the assembly line. ...
  • Polyketide sind wichtige Naturstoffe, die aufgrund ihrer Eigenschaften vielfältige medizinische Anwendungen finden. Ihre Biosynthese wird von großen Enzymkomplexen, den Polyketidsynthasen (PKSs), katalysiert. Die vorliegende Thesis beschäftigt sich mit Typ I-PKSs, die ihre enzymatischen Domänen auf einer oder mehreren Polypeptidketten tragen. Trotz ihrer großen medizinischen Bedeutung ist nur wenig über mechanistische Details von PKSs bekannt. Eine wichtige Domäne ist die Acyltransferase (AT), die kleine Acylsubstrate in das System zur Bildung des Polyketids schleust. Hierbei belädt die AT das Acyl-Carrier-Protein (ACP), das die Substrate und Intermediate zu den weiteren Domänen zu deren Kondensation und Modifikation transportiert. Manche PKSs – die iterativen PKSs – nutzen ihre Domänen mehrfach während der Biosynthese. Andere PKSs – die modularen PKSs – bestehen aus mehreren Domänensätzen, sogenannten Modulen, deren Domänen nur genau einmal während der Biosynthese genutzt werden. Alle PKSs oder PKS-Module bestehen aus drei essentiellen Domänen, die die Acylsubstrate zum Polyketid verbinden. Drei Substrat-modifizierende Domänen können diesen Minimalsatz erweitern. Die Domänenzusammensetzung bestimmt den Grad der Substrat-Reduktion und ist somit für die strukturelle sowie funktionelle Variabilität der Polyketide verantwortlich. Auch wenn sich die Strukturen von Polyketiden und Fettsäuren auf den ersten Blick nicht stark ähneln, sind ihre Biosynthesewege dennoch eng miteinander verwandt. Fettsäuren werden wie Polyketide von großen Multienzymkomplexen, den Fettsäuresynthasen (FASs), hergestellt, die viele Eigenschaften mit PKSs teilen. Beide Megasynthasen bestehen aus den gleichen Domänen, die die gleichen Reaktionen katalysieren, um kleine Acylsubstrate zu verbinden und zu modifizieren. Im Gegensatz zu PKSs bestehen FASs aber immer aus dem vollen Domänensatz, der iterativ genutzt wird und zur vollständig reduzierten Fettsäure führt. Die vorliegende Thesis analysiert die AT verschiedener PKSs in ihrer Substratselektivität, der AT-ACP-Interaktion und ihren enzymkinetischen Eigenschaften. Der Vergleich mit FAS-ATs liefert die folgenden Erkenntnisse: 1.) PKS-ATs erscheinen langsamer als FAS-ATs. Dies mag in den Unterschieden ihrer Biosynthesewege begründet sein. Die essentiellen Fettsäuren werden in hohen Mengen für die Erfüllung zahlreicher physiologischer Aufgaben benötigt, während Polyketide als Sekundärstoffe schon bei niedrigeren Konzentrationen wirken können. 2.) Die langsameren ATs der modularen PKSs laden auch in Abwesenheit ihrer nativen Substrate keine nicht-nativen Substrate. Dies unterscheidet sie von den schnelleren ATs der iterativen PKSs und FASs und verdeutlicht ihre Rolle als Selektivitätsfilter in der Polyketid-Biosynthese. 3.) Diese beobachtete Substratselektivität kann im ersten oder zweiten Schritt der AT-vermittelten ACP-Beladung erfolgen und ist nicht über eine hydrolytische Korrekturfunktion sichergestellt. Zusätzlich zeigt eine Mutationsstudie einer AT-ACP-Interaktion in der modularen PKS 6-Desoxyerythronolid B-Synthase (DEBS), dass einzelne Oberflächenpunktmutationen die AT-vermittelten Reaktionen in komplexer Weise beeinflussen können. Hierbei zeigt sich eine hohe enzymkinetische Plastizität der AT-ACP-Interaktion. Aufbauend auf diesen Ergebnissen soll die Säuger-FAS in eine PKS-ähnliche Fertigungsstraße umgewandelt werden, um modifizierte Produkte zu generieren. Hierbei müssen drei Aspekte beachtet werden: 1.) Die Beladung durch die AT muss in spezifische Beladung mit Starter- und spezifische Beladung mit Elongationssubstrat getrennt werden. 2.) Verschiedene FAS-Module mit unterschiedlichem Domänensatz müssen entworfen werden, um den Erhalt funktioneller Gruppen zu ermöglichen. 3.) Starter- und Elongationsmodule müssen mit Linkern verbunden werden. Die vorliegende Studie widmet sich vor allem dem ersten Aspekt, der Einführung einer spezifischen Elongationssubstrat-Ladefunktion in die Säuger-FAS mittels Domänenaustausch. Substratspezifische AT-Domänen modularer PKSs werden hierfür in einem Subkonstrukt der Säuger-FAS installiert. Viele der Chimären weisen eine drastisch verminderte Stabilität auf. Eine Mutationsstudie zeigt jedoch die ausgeprägte Eignung der Säuger-FAS für einen AT-Austausch, die sich durch eine erstaunlich hohe Robustheit gegenüber Mutationen in den Schnittstellen äußert. Schließlich werden geeignete Domänengrenzen in der Säuger-FAS etabliert und eine stabile Chimäre erstellt, die 70 % AT-Aktivität im Vergleich zur Wildtyp-PKS aufweist. Da ihre AT sich aber durch eine intrinsisch niedrige Umsatzrate auszeichnet, ist sie für das Forschungsvorhaben, das eine effiziente Synthese neuer Produkte zum Ziel hat, nur bedingt geeignet. Schließlich wird ein chimäres Minimal-Elongationsmodul mit einer anderen PKS AT erstellt. Erste Versuche zeigen, dass die Beladung mit Startersubstraten erfolgreich verhindert wird. Experimente mit einem Startermodul zeigen, dass das gewünschte Produkt in der Fertigungsstraße hergestellt wird. Allerdings sind die Umsatzraten sehr gering, was verschiedene Ursachen haben kann: intrinsische Eigenschaften der AT, intra- oder intermodulare Kommunikationsprobleme. ...

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Metadaten
Author:Franziska StegemannORCiDGND
URN:urn:nbn:de:hebis:30:3-626601
DOI:https://doi.org/10.21248/gups.62660
Place of publication:Frankfurt
Referee:Martin GriningerORCiDGND, Stefan KnappORCiD
Document Type:Doctoral Thesis
Language:English
Date of Publication (online):2021/09/22
Year of first Publication:2021
Publishing Institution:Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg
Granting Institution:Johann Wolfgang Goethe-Universität
Date of final exam:2021/09/21
Release Date:2021/10/07
Page Number:231
HeBIS-PPN:486109909
Institutes:Biochemie, Chemie und Pharmazie
Dewey Decimal Classification:5 Naturwissenschaften und Mathematik / 57 Biowissenschaften; Biologie / 570 Biowissenschaften; Biologie
Sammlungen:Universitätspublikationen
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