Ultrazentrifugen-Untersuchungen an integralen Membran-Proteinen : neue Techniken zur Dichtekompensation von Detergensmizellen und ihre Anwendung
- Die analytische Ultrazentrifuge ist ein unverzichtbares Instrument zur Charakterisierung von schwachen Protein-Protein-Wechselwirkungen und deren funktioneller oder regulatorischer Bedeutung. Eine besondere Gruppe von Untersuchungsobjekten bilden die integralen Membranproteine, die für eine Ultrazentrifugenanalyse solubilisiert, d.h. aus ihrer natürlichen, hydrophoben Umgebung in wäßriges Milieu überführt werden müssen. Diese Aufgabe wird vom Standpunkt der Erhaltung des natürlichen Proteinzustands am besten von nichtionischen Detergenzien erfüllt, wobei das biochemisch optimale Detergens von Protein zu Protein i.A. verschieden ist. Die notwendige Anwesenheit von Detergens während der Zentrifugenanalyse belastet diese andererseits, da freies wie proteingebundenes Detergens zusätzliche unbekannte Größen darstellen. Diese Unbekannten können durch experimentelle Gleichsetzung von Detergensdichte und Lösungsdichte eliminiert werden (Dichtekompensation). Die Möglichkeiten der etablierten Dichtekompensationsverfahren sind allerdings beschränkt, insbesondere Detergenzien mit hoher Dichte sind damit nicht erfaßbar - ein Mangel, der manche Untersuchung be- oder verhindert. Aus diesem Grund wurden neue Dichtekompensationsverfahren entwickelt und bestehende verbessert bzw. erweitert: zum einen die Erhöhung der Lösungsdichte durch Zusatz von Saccharose, Glyzerin oder einer Saccharose-D2O-Kombination, zum anderen die Anpassung der Detergensdichte durch Mischen von Detergenzien mit niedriger und mit hoher Dichte. Die neuen Verfahren wurden überprüft, indem ein integrales Membranprotein mit bekannten Eigenschaften, Cytochrom c-Oxidase von Paracoccus denitrificans, unter Anwendung sowohl der neuen Verfahren als auch der etablierten D2O-Methode im Sedimentationsgleichgewicht analysiert wurde. Der Vergleich der Ergebnisse zeigte zum einen die Äquivalenz der verschiedenen Methoden im Falle der Kompensation von Detergensdichten, die auf herkömmliche Weise kompensierbar sind, zum andern, daß nach Kompensation deutlich höherer Dichten das partialspezifische Volumen des Proteins zu korrigieren ist. Eine derartige Korrektur wurde nötig beim Vorhaben, den oligomeren Zustand des Cytochrom bc1-Komplexes von Paracoccus denitrificans zu bestimmen, da dieses Atmungskettenenzym nur in Gegenwart von DDM, einem Detergens mit hoher Dichte, stabil war. Die Unsicherheit, die sich aus der via Vergleich mit Cytochrom c-Oxidase durchgeführten Korrektur ergab, war nicht relevant, da sich der intakte bc1-Komplex in DDM-Lösung als einheitliche Substanz erwies und er damit ein "einfaches" Problem darstellte. Die Sedimentationsgleichgewichtsuntersuchung des Proteins unter der Bedingung der Dichtekompensation ergab nach Berücksichtigung des Korrekturterms, daß der solubilisierte, enzymatisch aktive bc1-Komplex als Dimer vorliegt. Dieses Ergebnis korreliert mit der aktuellen Vorstellung von der Funktionsweise des Enzyms, derzufolge die dimere Form für den Elektronentransfer notwendig ist. Komplizierter als der oligomere Zustand des bc1-Komplexes ist offenbar das Selbstassoziationsverhalten des Bande 3-Proteins, des Anionenaustauschers aus der menschlichen Erythrozytenmembran: Entgegen der vorherrschenden Meinung, eine in Detergenslösung vorliegende intakte Bande 3 bilde stabile Dimere, weisen die vorliegenden Ergebnisse darauf hin, daß das solubilisierte Protein aus mehreren Oligomeren besteht. So zeigen die vorhandenen Daten neben dimerer Bande 3 die Existenz von monomerem und tetramerem Protein, letztere Form vermutlich in unterschiedlichen Zuständen, und verweisen auf ein Assoziationsgleichgewicht zwischen den Oligomeren, vermutlich überlagert durch stabiles Dimer. Letzteres erscheint als "Grenzfall" eines Bande 3-Präparats, der nach langer Lagerung und/ oder nach suboptimaler Behandlung eintritt. Wegen der Komplexität des Bande 3-Verhaltens konnten die Zentrifugenuntersuchungen nur in Gegenwart von Detergenzien durchgeführt werden, deren Dichte eine Kompensation ohne Korrekturbedarf zuläßt. Darüber hinaus kamen wegen der offensichtlichen Empfindlichkeit der Bande 3 nur sehr milde Detergenzien zum Einsatz: C12E9 und Triton X-100 (reduzierte Form). Aus selbigem Grund wurde die Detergensdichte bevorzugt mit Saccharose oder Glyzerin kompensiert, deren proteinstabilisierende Wirkung bekannt ist.