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Zwischen 2000 und 2002 wurde ein phänotypisch intermediärer Hybride aus Gartenrotschwanz Phoenicurus phoenicurus und Hausrotschwanz P. ochruros während der Brutzeit im Nordschwarzwald beobachtet (Ruhestein, 950 m NN; Kreis Freudenstadt; Baden-Württemberg). Solche Rotschwanz-Hybriden wurden schon mehrfach im Freiland nachgewiesen. Angaben zu Habitat, Bruterfolg, Nachwuchs und Fitness von Hybrid-Rotschwänzen im Freiland sind allerdings sehr selten. Es ist wahrscheinlich, dass die enge Nachbarschaft von Bruthabitaten beider Arten das Auftreten von Hybriden begünstigen. Der hier beschriebene Vogel brütete drei Jahre hintereinander erfolgreich mit einem Hausrotschwanz-Weibchen und zog mindestens zwei bis drei Jungvögel pro Brut groß.
Ein Vergleich der Bestände von Zitronenzeisigen an traditionellen, nachbrutzeitlichen Sammelplätzen im Nordschwarzwald ergab signifikante Rückgänge in vier von fünf Gebieten. Bei anhaltendem Rückgang ist mit dem völligen Verschwinden der Art im Nordschwarzwald zu rechnen. Mögliche Ursachen bestehen in der Änderung der Landnutzung durch die Aufgabe der traditionellen Almwirtschaft und durch Wiederbewaldung der Hochlagen. Außerdem ist ein negativer Einfluss durch eine deutliche Klimaveränderung und damit verbundene Veränderung in der Schneeauflage, Vegetation und den Wachstumsperioden wahrscheinlich. Deutliche Populationsrückgänge in benachbarten Gebieten wie den Alpen (Rückgang der Dispersion) könnten ebenfalls ein wichtige Rolle für die Populationsentwicklung des Zitronenzeisiges an der Arealgrenze im Nordschwarzwald spielen.
