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Eines der 193 bereits im Jahre 2000 gemeldeten FFH-Gebiete (Fauna-Flora-Habitat) des Schutzgebietssystems NATURA 2000 des Landes Sachsen- Anhalt ist die „Untere Muldeaue“ (Nr. 129). In ihm kommen mit dem Unterlauf der Mulde der Lebensraumtyp 3260 „Fließgewässer der planaren bis montanen Stufe mit Vegetation des Ranunculion fluitantis“ nach Anhang I der FFH-Richtlinie und neben Säugetier-, Lurch- und Insektenarten auch vier Fischarten nach Anhang II der FFH-Richtlinie vor (NATURA 2000). Diese Landschaft ist gleichzeitig als Naturschutzgebiet und als Bestandteil des Biosphärenreservats Mittlere Elbe und des Landschaftsschutzgebietes Mittlere Elbe und Mittelelbe geschützt.
