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Typ-I-Diabetes, Morbus Basedow und Hashimoto-Thyreoiditis zählen zu den multifaktoriellen Autoimmunerkrankungen, bei deren Entstehung genetische, immunologische sowie Umwelt- und psychosoziale Faktoren beteiligt sind. Die immunologischen und genetischen Komponenten werden durch die HLA-Genregion dominiert. Diese ist Teil des Haupthistokompatilitäts-Systems (major histocompatibility complex, MHC) auf dem kurzen Arm von Chromosom 6 und beinhaltet die wichtigsten prädisponierenden Gene für Typ-I-Diabetes und anderer Autoimmunerkrankungen. Innerhalb dieser Genregion befindet sich die DQ-LTR3. In ersten Teil der vorliegenden Arbeit wird ein möglicher Einfluss der endogenen retroviralen LTR-Sequenzen (ERV9 LTR3), die im HLA-DQ/DR-Gen lokalisiert sind, auf Morbus Basedow untersucht. Frequenzanalysen bei Morbus Basedow und Kontrollkollektiven sowie deren möglicher Zusammenhang mit den Risiko-Haplotypen DQA1*0501, DQB1*0201 zeigen keine signifikanten Unterschiede. Ein zweiter Teil dieser Arbeit befasst sich mit dem Polymorphismus des CTLA4-Gens. Dieses auf Chromosom 2q33 liegende Gen zählt zu den „prädisponierenden Gen-Loci“ und weist drei SNPs (single nucleotide polymorphisms) auf. Es wirkt als Repressor der T-Zell-Proliferation. In dieser Arbeit wird die Substitution von Cytosin an Position 318 der Promoterregion des CTLA4-Gens durch Thymin untersucht. In der geschlechtspezifischen Verteilung des CTLA4-Promoterpolymorphismus zeigt sich kein signifikanter Unterschied. Im Rahmen einer Verteilungsanalyse konnte eine Korrelation des CTLA4 Promoterpolymorphismus und der Risikoallele DQ8, DQ2, DQA1*0501/DQA1*0301 und DQB1*0201/DQB1*0302 nicht bestätigt werden. Assoziationsstudien in Familien mit Typ-I-Diabetes, Morbus Basedow oder Hashimoto-Thyreoiditis zeigen keine direkten Korrelationen zu der Vererbung untersuchter Polymorphismen. In Familien mit einem am Morbus Basedow erkrankten Kind dagegen kann ein deutlicher Unterschied bei der parentalen Transmission des CTLA4-Promoterpolymorphismus beobachtet werden. Bei maternaler Transmission gab es keine signifikanten Unterschiede. Haplotypen mit dem Cytosin-Allel an Position 318 werden deutlich häufiger von Vätern an die Patienten vererbt. Sollte sich dies in weiteren Studien mit höherer Anzahl untersuchter Familien bestätigen, so wäre dies ein Indiz für eine parentale Prägung von prädisponierenden Allelen bezüglich Morbus Basedow. Abschließend konnte in dieser Arbeit die Substitution von Cytosin zu Thymin an Position 318 der CTLA4-Promoterregion bei Familien mit Morbus Basedow oder mit Typ-I-Diabetes nicht als ein unabhängiger Risikomarker bestätigt werden. Die unmittelbare Nachbarschaft der drei Polymorphismen lässt allerdings eine Kopplung der einzelnen Polymorphismen vermuten, was in weiteren Arbeiten näher untersucht werden sollte.