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Introduction: Esophageal atresia with or without tracheoesophageal fistula (EA/TEF) occurs approximately 1 in 3.500 live births representing the most common malformation of the upper digestive tract. Only half a century ago, EA/TEF was fatal among affected newborns suggesting that the steady birth prevalence might in parts be due to mutational de novo events in genes involved in foregut development.
Methods: To identify mutational de novo events in EA/TEF patients, we surveyed the exome of 30 case-parent trios. Identified and confirmed de novo variants were prioritized using in silico prediction tools. To investigate the embryonic role of genes harboring prioritized de novo variants we performed targeted analysis of mouse transcriptome data of esophageal tissue obtained at the embryonic day (E) E8.5, E12.5, and postnatal.
Results: In total we prioritized 14 novel de novo variants in 14 different genes (APOL2, EEF1D, CHD7, FANCB, GGT6, KIAA0556, NFX1, NPR2, PIGC, SLC5A2, TANC2, TRPS1, UBA3, and ZFHX3) and eight rare de novo variants in eight additional genes (CELSR1, CLP1, GPR133, HPS3, MTA3, PLEC, STAB1, and PPIP5K2). Through personal communication during the project, we identified an additional EA/TEF case-parent trio with a rare de novo variant in ZFHX3. In silico prediction analysis of the identified variants and comparative analysis of mouse transcriptome data of esophageal tissue obtained at E8.5, E12.5, and postnatal prioritized CHD7, TRPS1, and ZFHX3 as EA/TEF candidate genes. Re-sequencing of ZFHX3 in additional 192 EA/TEF patients did not identify further putative EA/TEF-associated variants.
Conclusion: Our study suggests that rare mutational de novo events in genes involved in foregut development contribute to the development of EA/TEF.
Das Internet als Informationsmedium ist Plattform für eine nie dagewesene Menge an Information, die für einen einzelnen Menschen nicht mehr zu überblicken ist.
Moderne Web-Suchmaschinen greifen auf die Methoden des Information Retrieval zurück um einem NutzerWerkzeuge anzubieten die zu ihrem Informationsbedürfnis relevanten Dokumente im Internet zu finden. Visualisierungen können diese Dokumentenmenge effektiver durch den Nutzer verarbeitbar machen. Eine komplexe Suchanfrage zu formulieren oder ein Suchergebnis nach bestimmten Kriterien zu filtern ist jedoch heute noch denjenigen vorbehalten die bereit sind, die erweiterten Funktionen der Suchmaschinen zu lernen.
Der in dieser Arbeit vorgestellte Ansatz möchte durch die Kombination der Visualisierung, die einen effektiven Überblick über den Suchergebnisraum gibt, mit den mächtigen Filtermöglichkeiten moderner Suchmaschinen die einfache Filterung von Suchergebnismengen durch ein Direct Maniuplation Interface ermöglichen.