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Die Elbe, einmündende Fließgewässer wie Mulde, Saale oder Nuthe und stehende Gewässer im 'Auenbereich stellen wichtige Ökosysteme des Biosphärenreservates "Mittlere Eibe" dar. Eine Auswahl an Gewässern wurde Bestandteil von Naturschutzgebieten. Über die ökologische Situation, z. B. chemische und physikalische Parameter sowie die Zusammensetzung der Zönose, gab es bislang nur wenig ausreichende Informationen. Die Zusammensetzung der Fischfauna insgesamt stellt einen wichtigen Indikator für die Einschätzung der Intaktheit eines Gewässerökosystems dar. Das Ministerium für Umwelt, Naturschutz und Raumordnung des Landes Sachsen-Anhalt vergab einen Auftrag zur Untersuchung der Fischfauna der Eibe und wichtiger Nebengewässer. Dieser wurde in enger Zusammenarbeit mit der Verwaltung des Biosphärenreservates im Zeitraum 1992/93 in gemeinsam ausgewählten Gewässern auch dieses Schutzgebietes durchgeführt.
Drei Faktorenkomplexe sind von großer Bedeutung für die Qualität eines Fließgewässers als Lebensraum für Fische und Rundmäuler und somit auch für den Grad der Gefährdung vieler Fließgewässerarten : a) die ökomorphologische Strukturvielfalt, z.B. die Diversität der Breiten-, Tiefen- und Strömungsverhältnisse, b) die chemische Beschaffenheit sowie die akute oder chronische Belastung mit Abwässern und toxisch wirkenden Stoffeinträgen, c) die lineare Durchgängigkeit des gesamten Gewässersystems. Querverbauungen der Gewässer und dadurch ausgelöste Lebensraumzerschneidungen und d) Fragmentierungen verursachen häufig starke Störungen in den Fließgewässerlebensgemeinschaften.