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Ein Vergleich der Bestände von Zitronenzeisigen an traditionellen, nachbrutzeitlichen Sammelplätzen im Nordschwarzwald ergab signifikante Rückgänge in vier von fünf Gebieten. Bei anhaltendem Rückgang ist mit dem völligen Verschwinden der Art im Nordschwarzwald zu rechnen. Mögliche Ursachen bestehen in der Änderung der Landnutzung durch die Aufgabe der traditionellen Almwirtschaft und durch Wiederbewaldung der Hochlagen. Außerdem ist ein negativer Einfluss durch eine deutliche Klimaveränderung und damit verbundene Veränderung in der Schneeauflage, Vegetation und den Wachstumsperioden wahrscheinlich. Deutliche Populationsrückgänge in benachbarten Gebieten wie den Alpen (Rückgang der Dispersion) könnten ebenfalls ein wichtige Rolle für die Populationsentwicklung des Zitronenzeisiges an der Arealgrenze im Nordschwarzwald spielen.