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The stem-loop (SL1) is the 5'-terminal structural element within the single-stranded SARS-CoV-2 RNA genome. It is formed by nucleotides 7–33 and consists of two short helical segments interrupted by an asymmetric internal loop. This architecture is conserved among Betacoronaviruses. SL1 is present in genomic SARS-CoV-2 RNA as well as in all subgenomic mRNA species produced by the virus during replication, thus representing a ubiquitous cis-regulatory RNA with potential functions at all stages of the viral life cycle. We present here the 1H, 13C and 15N chemical shift assignment of the 29 nucleotides-RNA construct 5_SL1, which denotes the native 27mer SL1 stabilized by an additional terminal G-C base-pair.
In Deutschland existieren nur wenige Ergebnisse aus der klinischen Forschung, die im Kontext der allgemeinmedizinischen Versorgung gewonnen wurden. Dies ist u.a. damit zu begründen, dass Forschung in der Allgemeinmedizin in den Praxisalltag eingebunden sein muss, worauf die gegenwärtige Versorgungsstruktur nicht ausgelegt ist. Damit für Hausärztinnen und Hausärzte Forschung im Praxisalltag möglich ist, müssen also Strukturen geschaffen werden, die Forschung ermöglichen. Eine solche Struktur bieten Forschungspraxennetze (FPN) wie beispielsweise das Forschungspraxennetz „ForN“. ForN wurde vom Institut für Allgemeinmedizin der Goethe-Universität Frankfurt am Main im Jahr 2011 initiiert. In ForN tätige Forschungspraxen können sich mit einer Gültigkeit von fünf Jahren als „akademische Forschungspraxis“ akkreditieren lassen, wenn sie bestimmte Anforderungen erfüllen. Dazu gehört die Teilnahme an für Forschungsprojekte qualifizierenden Fortbildungen oder an Netz-begleitenden Treffen für Ärztinnen, Ärzte und Medizinische Fachangestellte (MFA) sowie die regelmäßige Teilnahme an Forschungsprojekten. Eine Verlängerung der Akkreditierung nach fünf Jahren ist möglich. Bisherige Publikationen über Forschung zu FPN bieten insbesondere Einblicke in Faktoren, welche den Beitritt in ein FPN fördern oder eher behindern. Forschung, die Faktoren der längerfristigen Mitwirkung der Praxen an FPN (wie Austrittsgründe, aber auch Motivation, eine Re-Akkreditierung anzustreben) untersucht, ist im Gegensatz dazu rar.
Diese Dissertation untersucht diese Faktoren anhand der folgenden Fragen: warum traten Forschungspraxen im Laufe der Zeit aus dem FPN ForN aus (ehemalige Mitglieder) und warum strebten andere eine Re-Akkreditierung an (aktive Mitglieder)? Weitere Unterfragen dieser Arbeit sind: welche Faktoren motivierten oder erschwerten hausärztlichen Teams eine Mitwirkung als Forschungspraxis? Wie wurde die bisherige Zusammenarbeit gesehen und als wie gut machbar wurden die Anforderungen zur Erlangung der Bezeichnung „akademische Forschungspraxis“ eingeschätzt?
Es wurde ein Fragebogen für ehemalige ärztliche ForN-Mitglieder entworfen und eingesetzt. Des Weiteren wurden Daten aus Fragebogenerhebungen von aktiven ForN-Mitgliedern (Hausärztinnen, Hausärzte, MFA) aufbereitetet. Die Daten wurden mithilfe der Datenanalysesoftware SPSS deskriptiv unter Angabe der Häufigkeiten, Mittelwerte, Standardabweichungen und Spannweiten ausgewertet.
Es konnten 14 Fragebögen von ehemaligen ärztlichen ForN-Mitgliedern aus 13 Praxen analysiert werden. Von den aktiven ForN-Mitgliedern wurden Fragebögen von 48 Ärztinnen und Ärzten sowie 57 MFA aus 41 Praxen ausgewertet. Als Gründe für den Austritt wurde von ehemaligen Mitgliedern insbesondere Zeitmangel und eine hohe Arbeitsbelastung angegeben. Weitere erschwerende Umstände waren ein Mangel an MFA, eine große Entfernung zum Standort des Instituts für Allgemeinmedizin und persönliche Gründe. Bis auf letztere Angabe waren dies auch die größten Hürden während der Teilnahme, die von aktiven Mitgliedern beschrieben wurden. Einen Beitrag für die Allgemeinmedizin zu leisten, persönliche Kompetenzen und Kompetenzen des Praxisteams zu erweitern sowie Abwechslung im Praxisalltag zu erleben, waren die wichtigsten motivierenden Faktoren einer Teilnahme im Forschungspraxennetz ForN, sowohl für aktive als auch für ehemalige Mitglieder. Die Anforderungen des FPN ForN an die Akkreditierung als Forschungspraxis wurden aus Perspektive der aktiven Mitglieder überwiegend als machbar empfunden. Nur die Umsetzung zusätzlicher, nicht verpflichtender Aktivitäten wurde als schwieriger erfüllbar bewertet. Bezüglich der Zusammenarbeit mit dem Institut für Allgemeinmedizin gaben ehemalige ärztliche ForN-Mitglieder an, eine gute Vorbereitung auf Forschungsaufgaben erfahren zu haben, dem ForN-Team des Instituts für Allgemeinmedizin vertrauen zu können und dass die Kommunikation allgemein gut war.
Gründe für den Austritt aus dem FPN und Hindernisse während der Teilnahme in ForN waren überwiegend externe Faktoren wie Zeitmangel, eine hohe Arbeitsbelastung oder ein Mangel an MFA. Auf diese Faktoren hat das Institut für Allgemeinmedizin keinen direkten Einfluss, es kann lediglich die administrativen Aufgaben innerhalb eines Forschungsprojektes für das Team einer Forschungspraxis so vorstrukturieren, dass sie möglichst gut im Praxisalltag bewältigt werden können. Ein Vergleich mit Publikationen, die sich mit förderlichen und hinderlichen Faktoren eines Beitritts in ein FPN auseinandersetzen, zeigt, dass ähnliche Gründe auch die längerfristige Mitwirkung beeinflussen.
The highly infectious disease COVID-19 caused by the Betacoronavirus SARS-CoV-2 poses a severe threat to humanity and demands the redirection of scientific efforts and criteria to organized research projects. The international COVID19-NMR consortium seeks to provide such new approaches by gathering scientific expertise worldwide. In particular, making available viral proteins and RNAs will pave the way to understanding the SARS-CoV-2 molecular components in detail. The research in COVID19-NMR and the resources provided through the consortium are fully disclosed to accelerate access and exploitation. NMR investigations of the viral molecular components are designated to provide the essential basis for further work, including macromolecular interaction studies and high-throughput drug screening. Here, we present the extensive catalog of a holistic SARS-CoV-2 protein preparation approach based on the consortium’s collective efforts. We provide protocols for the large-scale production of more than 80% of all SARS-CoV-2 proteins or essential parts of them. Several of the proteins were produced in more than one laboratory, demonstrating the high interoperability between NMR groups worldwide. For the majority of proteins, we can produce isotope-labeled samples of HSQC-grade. Together with several NMR chemical shift assignments made publicly available on covid19-nmr.com, we here provide highly valuable resources for the production of SARS-CoV-2 proteins in isotope-labeled form.