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Derzeit ist die Frage nach der optimalen Therapie der Lyme-Borreliose noch nicht abschließend geklärt. Fälle von Therapieversagen sind aber für fast alle eingesetzten antibiotischen Substanzen beschrieben. Zudem stellen chronische Verläufe die behandelnden Ärzte immer wieder vor Probleme. Eine genauere Charakterisierung der Antibiotikaempfindlichkeit von Borrelien ist daher wünschenswert, zumal bislang nur wenig über die natürliche Resistenz des Erregers und die pharmakodynamischen Wechselwirkungen zwischen Antibiotika und Borrelien in vivo und in vitro bekannt ist. Neuen, einfach zu handhabenden, standardisierten Tests zur Empfindlichkeitsprüfung antibiotischer Substanzen kommt hierbei eine entscheidende Rolle zu. Das in der vorgelegten Arbeit verwendete kolorimetrische Mikrodilutionsverfahren war benutzerfreundlich in der Anwendung und erwies sich als zuverlässig, reproduzierbar und genau. Die für bekannte Standardsubstanzen ermittelten MHK- und MBK-Werte für Borrelien sind in sehr guter Übereinstimmung mit den Ergebnissen anderer Autoren unter ähnlichen experimentellen Bedingungen. Die hier vorgelegten Ergebnisse zeigen eine verbesserte in-vitro-Aktivität neuerer Fluorchinolone gegen Borrelien. Fluorchinolone wie Gatifloxacin, Sitafloxacin und Gemifloxacin (Klasse-IV-Fluorchinolone) waren bezüglich ihrer in-vitro-MHK-Werte mit denen von einigen beta-Lactam-Antibiotika annähernd vergleichbar. Allerdings lagen die MHK- und MBK-Werte von Mezlocillin und Piperacillin noch deutlich unter denen der genannten Chinolone. Insgesamt zeigten Fluorchinolone der Klassen IV und III eine stärkere in-vitro-Aktivität gegen Borrelien als Aminoglykoside, Ansamycine und Monobactame. Für Chinolone mit guter bis sehr guter Wirksamkeit gegen B. burgdorferi ergab sich folgende Rangfolge: Gemifloxacin (MHK90: 0,12 µg/ml) > Sitafloxacin (MHK90: 0,5 µg/ml); Grepafloxacin (MHK90: 0,5 µg/ml) > Gatifloxacin (MHK90: 1 µg/ml); Sparfloxacin (MHK90: 1 µg/ml); Trovafloxacin (MHK90: 1 µg/ml) > Moxifloxacin (MHK90: 2 µg/ml); Ciprofloxacin (MHK90: 2 µg/ml) > Levofloxacin (MHK90: 4 µg/ml). Im Gesamtvergleich aller Substanzen zeigte sich folgende Rangordnung für Antibiotika mit guter bis sehr guter in-vitro-Aktivität: Mezlocillin (MHK90: kleiner/gleich 0,06 µg/ml); Piperacillin + Tazobactam (MHK90: kleiner/gleich 0,06 µg/ml) > Gemifloxacin (MHK90: 0,12 µg/ml) > Penicillin G (MHK90: 0,25 µg/ml); Meropenem (MHK90: 0,25 µg/ml) > Grepafloxacin (MHK90: 0,5 µg/ml); Sitafloxacin (MHK90: 0,5 µg/ml); Amoxicillin + Clavulansäure (MHK90: 0,5 µg/ml); Imipenem (MHK90: 0,5 µg/ml) > Gatifloxacin (MHK90: 1 µg/ml); Sparfloxacin (MHK90: 1 µg/ml); Clinafloxacin (MHK90: 1 µg/ml); Trovafloxacin (MHK90: 1 µg/ml); Vancomycin (MHK90: 1 µg/ml). Die umfassende statistische Analyse aller experimentell bestimmten MHK- und MBK-Werte für die verschiedenen untersuchten Antibiotika ergab z. T. signifikante Genospezies-spezifische Unterschiede bei der Empfindlichkeit der getesteten Isolate des B. burgdorferi-Komplexes gegen Penicillin G, Meropenem, Mezlocillin, Piperacillin, Amoxicillin, Aztreonam, Sitafloxacin, Grepafloxacin, Gemifloxacin, Norfloxacin, Ofloxacin und Pefloxacin. Insgesamt zeigten B. garinii-Isolate dabei interessanterweise signifikant niedrigere MBK- und z. T. auch niedrigere MHK-Werte als die übrigen eingesetzten Borrelia-Genospezies. Die höchsten MBK-Werte wurden hingegen bei den getesteten B. burgdorferi s. s.-Isolaten beobachtet. Vor dem Einsatz von Fluorchinolonen in der Therapie der Lyme-Borreliose müssen aber zunächst die Ergebnisse von klinischen Studien abgewartet werden. Moderne Chinolone sind als möglicher alternativer Therapieansatz bei Lyme-Borreliose insofern interessant, als sie bekanntermaßen auch gegen andere durch Zecken übertragene Krankheitserreger wie den Erreger der Humanen Granulozytären Ehrlichiose (HGE) und manche Rickettsia spp. wirksam sind.
The SARS-CoV-2 (SCoV-2) virus is the causative agent of the ongoing COVID-19 pandemic. It contains a positive sense single-stranded RNA genome and belongs to the genus of Betacoronaviruses. The 5′- and 3′-genomic ends of the 30 kb SCoV-2 genome are potential antiviral drug targets. Major parts of these sequences are highly conserved among Betacoronaviruses and contain cis-acting RNA elements that affect RNA translation and replication. The 31 nucleotide (nt) long highly conserved stem-loop 5a (SL5a) is located within the 5′-untranslated region (5′-UTR) important for viral replication. SL5a features a U-rich asymmetric bulge and is capped with a 5′-UUUCGU-3′ hexaloop, which is also found in stem-loop 5b (SL5b). We herein report the extensive 1H, 13C and 15N resonance assignment of SL5a as basis for in-depth structural studies by solution NMR spectroscopy.
The current pandemic situation caused by the Betacoronavirus SARS-CoV-2 (SCoV2) highlights the need for coordinated research to combat COVID-19. A particularly important aspect is the development of medication. In addition to viral proteins, structured RNA elements represent a potent alternative as drug targets. The search for drugs that target RNA requires their high-resolution structural characterization. Using nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, a worldwide consortium of NMR researchers aims to characterize potential RNA drug targets of SCoV2. Here, we report the characterization of 15 conserved RNA elements located at the 5′ end, the ribosomal frameshift segment and the 3′-untranslated region (3′-UTR) of the SCoV2 genome, their large-scale production and NMR-based secondary structure determination. The NMR data are corroborated with secondary structure probing by DMS footprinting experiments. The close agreement of NMR secondary structure determination of isolated RNA elements with DMS footprinting and NMR performed on larger RNA regions shows that the secondary structure elements fold independently. The NMR data reported here provide the basis for NMR investigations of RNA function, RNA interactions with viral and host proteins and screening campaigns to identify potential RNA binders for pharmaceutical intervention.