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The hepatitis B virus is one of the most common causes of virus-related chronic liver disease and remains a major global health problem affecting 296 million people worldwide. Despite an available and highly effective vaccination, hepatitis B infections lead to an annual mortality rate of approximately 0.8 million people. The global prevalence is heterogeneously distributed and reflects a high infections and chronicity, particularly in low-income countries, due to a lack of vaccination strategies, underdiagnosis and low treatment rates. A complete cure remains undiscovered to this day. Based on their genetic makeup, the virus is categorized into nine genotypes with a genetic difference of more than 8% within the sequence. In addition to their geographical distribution, hepatitis B virus genotypes also differ in terms of their clinical outcome, pathogenesis and treatment response.
The viral protein HBx is known to interact with several cellular signaling pathways and is thereby accounted as the driving force in the development of hepatitis B virus-associated pathogenesis and progression of hepatocellular carcinoma. In particular, HBx interacts with mitochondria and induces profound alterations in the mitochondrial morphology and function with a severe impact on the liver’s physiology and with an emerging role in liver-related disease progression.
This study aims to investigate the genotype-related impact of HBx with regard to their interaction with cellular signaling pathways. A particular focus was placed on mitochondria-dependent interactions and signaling pathways in order to broaden the understanding of the genetic diversity of the genotypes.
Differences between genotypes of HBx were examined and compared through in vitro experiments based on a cell culture-based system. Plasmid DNA encoding the HBx protein of the different genotypes was transiently transfected into Huh7 or HepG2 cells and examined for molecular and protein-biochemical effects on the host cell, usually 72 hours after transfection. This study focused on the most common genotypes A, B, C, D, E and G worldwide.
Based on initial kinome profiling analyses, it was found that HBx differs greatly within their genetic variants and suggests different effects on overall cell function and in particular on mitochondrial kinases. Furthermore, confocal laser scanning microscopy reveals profound HBx-mediated changes in the mitochondrial network structure, however with major differences among the different genotypes. In particular, HBx of genotypes A and G causes enormous fragmentation of mitochondrial structures, accompanied by emergent changes in mitochondrial function. Due to an increased interaction with the voltage-dependent anion channel 3, a significant loss of mitochondrial membrane potential was also observed, together with an increased radial oxygen stress level and an induction of central mitochondria-dependent inflammatory mediators. In contrast, the contribution of HBx-genotype B and E reveals only moderate effects in these regards. Using a pH-sensitive reporter system, HBx genotypes which previously indicated a strong distribution in the mitochondrial morphology and function, also showed an elevated mitophagy through the PINK1/Parkin-mediated pathway. This study provides direct evidence that HBx-mediated changes in host cell signaling pathways, especially in mitochondrial-associated pathways, fundamentally dependent on the different genotypes. In addition, the results also indicate an important role of HBx in the process of genotype-dependent liver pathogenesis and provide insight into the underlying cellular mechanisms and signaling pathways.
The attention on the protein PURA has increased recently following the discovery of the rare PURA Syndrome. This neurodevelopmental disorder is caused by de novo mutations in the PURA gene. Notably, our collaborators could show that the protein PURA can bind DNA and RNA in vitro. As a result, I was motivated to explore PURA's cellular RNAbinding activity. Furthermore, I inquired on the connection of PURA-RNA binding to the cellular effect of a reduction of functional PURA as present in PURA Syndrome patients.
To investigate the binding of PURA and the impact of PURA de ciency on cellular RNA and protein expression, I performed an integrative computational analysis of multimodal data from complementary high-throughput experiments. An essential component was the examination of UV Crosslinking and immunoprecipitation (CLIP) experiments, which can query the global RNA-binding behaviour of a given protein in a cellular context. As the processing and analysis of CLIP data are rather complex, I introduce an automated command line tool for the processing of CLIP data named racoon_clip as part of this dissertation. Therefore, this dissertation comprises two major segments. Firstly, I describe the implementation and usage of racoon clip for CLIP data analysis. Secondly, I discuss my research on the protein PURA, demonstrating its global RNA-binding properties, the effects of PURA depletion and its association with neuronal functions and P-bodies, among others.
racoon_clip is a command line application that I have developed for processing of individualnucleotide resolution CLIP (iCLIP) and enhanced CLIP (eCLIP) experiments - two of the most commonly used types of CLIP experiments - in a comparable and user-friendly way.
For this, I built racoon_clip as an automated work how that encompasses all CLIP processing steps from raw data to single-nucleotide resolution crosslink events. racoon_clip is available as a command line tool that users can run with a single command. The work how is implemented with Snakemake work how management providing computational advantage tages including parallelisation, scalability and portability of the work how. The main task of racoon_clip is to extract single-nucleotide crosslink events from iCLIP, iCLIP2, eCLIP and similar data types. To strike a balance between being highly customisable and easy to use, racoon_clip supplies pre-set options for the most common types of experiments.
Additionally, it is possible for users to create a custom setup of barcode and adapter architectures, which allows them to use the software for other types of CLIP data. While accounting for the different architectures in the reads, the performed central processing steps remain the same. This leads to a high degree of comparability between the different experiment types, which I demonstrate in the exemplary processing of U2AF2 iCLIP and eCLIP data. Taken together, I am confident that racoon_clip will be beneficial to numerous researchers interested in RNA-Protein interactions as it offers easily accessible processing for CLIP data and enhances the comparability of multiple CLIP datasets across di erent experiment types.
In the second part of this dissertation, I focus on the cellular function of the RNAbinding protein PURA. Through in-depth computational analysis of one iCLIP data set of endogenous PURA and two iCLIP data sets of overexpressed PURA in HeLa cells, I establish that PURA is a global RNA-binding protein. It preferentially binds RNAs in either the coding sequence (CDS) or the 3' untranslated region (3'UTR) of mature protein-coding transcripts by recognising a Purine-rich degenerated sequence motif. Even though overexpression of PURA results in less specific binding behaviour, the same overall binding patterns as from endogenous PURA persist. Overall characteristics of PURA binding remain similar in three distinct PURA iCLIP data sets with and without PURA overexpression.
To learn about the molecular consequences of a depletion of functional PURA in a cellular context, I used a 50% reduction of PURA in HeLa cells as a model for the heterozygous loss of PURA in PURA Syndrome and evaluated its impact on global RNA and protein expression. The results demonstrate that PURA depletion globally a ects RNA and protein expression. Additionally, I integrate PURA RNA binding with the changes in expression of RNAs and proteins in the context of PURA depletion. This reveals 234 targets of PURA that are bound by PURA and are impacted at both RNA and protein levels by the PURA protein. RNAs that are bound by PURA or change in abundance upon PURA depletion are enriched in neuronal development factors, RNA lifecycle regulators, and mitochondrial factors, among others. Consistent with a possible role of PURA in neuronal transport, there is considerable overlap between PURA bound transcripts and transcripts, that are transported to the dendritic end of neurons.
Notably, there is a link between PURA and P-bodies, as documented by the enrichment of PURA-bound RNAs in both the P-body and stress granule transcriptome. Further, PURA was found by our collaborators to be localised within P-bodies and P-body numbers were strongly reduced in cells that are depleted of PURA. This absence might be attributed to the downregulation of the proteins encoded by the PURA targets LSM14A and DDX6 as both of them were previously identified as essential for P-body formation.
Overall, the reduction of P-body numbers in PURA depletion, the neuronal function of PURA, and its association with mitochondria and RNA lifecycle regulation may indicate the cellular foundation of both PURA Syndrome and related neuronal diseases.
In summary, I present a versatile and user-friendly computational tool for the analysis of CLIP data. Subsequently, I conduct a thorough computational analysis of CLIP and other high-throughput data in the context of the RNA-binding protein PURA, which offers valuable insights into the cellular functions of PURA. These insights advance our understanding of the impact of PURA loss in PURA Syndrome and other disease contexts.
Regelmäßig werden Debatten um Geschlecht geführt, auch mit dem Fokus auf Schule. So regt die PISA-Studie mit ihren Ergebnissen im Jahr 2000 einen Diskurs um Bildungserfolg und Geschlecht an. Jürgen Budde (2009) vermutet beispielsweise einen engen Zusammenhang vom Schulerfolg eines Jungen mit der jeweiligen Schulkultur und konstatiert in diesem Zusammenhang eine Forschungslücke. Die Studie zu GeschlechterSchulKulturen schließt hier in Bezug auf eine Beforschung von Schulkultur mit Fokus auf Geschlechter an.
Anhand eines gegenstandsverankerten Vorgehens in Form einer Kombination von ethnographischem Forschungsstil und Grounded Theory Methodologie werden Interaktionen und verbale Zuschreibungen im Arrangement zweier integrierter Gesamt- und Ganztagsschulen beforscht. Dabei liegen folgende Forschungsfragen zugrunde: Welche Geschlechterkonstruktionen lassen sich am Beispiel zweier Gesamt- und Ganztagsschulen rekonstruieren? Lassen sich über Geschlechterkonstruktionen im schulischen Kontext spezifische GeschlechterSchulKulturen analytisch fassen und unterscheiden sich die beiden Forschungsfelder darin? Im Rahmen dieser Fragestellungen steht insbesondere die Frage danach im Fokus, welche Geschlechterkonstruktionen die Schüler*innen fünfter Klassen selbst vornehmen. Denn den öffentlichen Diskurs um die Ausbildung von Geschlechtsidentität führen Erwachsene, aber wie konstruieren die Schüler*innen Geschlechtlichkeit in ihrem Schulalltag? Welche Geschlechterzuschreibungen nehmen sie vor und welche möglichen Zusammenhänge lassen sich mit den jeweiligen Schulen rekonstruieren?
In der Studie zu GeschlechterSchulKulturen werden verbale Schüler*innen-Zuschreibungen in den Blick genommen, die in einem zweiten Schritt über einen Vergleich der beiden beforschten Schulen betrachtet und darauf folgend mit den jeweiligen Geschlechter(vor)strukturierungen der Schulen kontextualisiert werden, um damit dem Begriff GeschlechterSchulKulturen analytisch auf die Spur zu kommen. Die Studie liefert dabei zahlreiche Einblicke in verbale Schüler*innen-Zuschreibungen. Daran schließt eine Erörterung möglicher Implikationen für die schulische Praxis an. Dabei liefert die Studie zu GeschlechterSchulKulturen Annahmen zu spezifischen schulischen Kulturen, die bestimmte Konstruktionsprozesse gegebenenfalls (be)fördern. Mit der Studie zu GeschlechterSchulKulturen werden zudem methodologische Fragen zu schulischer Geschlechterforschung bearbeitet und ein Beitrag zu der Darstellbarkeit reflexiver Forschung geleistet.
Ziel der vorliegenden Untersuchung war es, die Analytik der Neurotransmitterbestimmung im Liquor zu etablieren und in das vorhandene Leistungsspektrum des Stoffwechsellabors zu integrieren. Die klinische Ausrichtung gilt sowohl der Detektion primärer Neurotransmitterdefekte als auch der Untersuchung der Ursachen und Auswirkungen sekundärer Neurotransmitterstörungen.
Die Messung der Biogenen Amine im Liquor mittels der Hochdruck-Flüssigkeits-Chromatographie in dem hier vorgestellten Verfahren konnte standardisiert und in das vorhandene Leistungsspektrum des Stoffwechsellabors des Zentrums für Kinderheilkunde und Jugendmedizin der J.W. Goethe-Universität, Frankfurt etabliert werden. Es ist nachgewiesenermaßen sensitiv, spezifisch und erlaubt eine schnelle und reproduzierbare Analyse bei minimaler Probenmenge und Probenaufarbeitung.
Meßtechnisch konnte durch den von unserer Arbeitsgruppe verwendeten ESA CoulArray® Detektor (Modell 5600) (im Gegensatz zu den bisher beschriebenen amperometrischen Detektoren) aufgrund seiner 16 einzelnen coulometrischen Sensoren eine enorme Verbesserung der Nachweisqualität der untersuchten Neurotransmittersubstanzen erreicht werden. Aufgrund verschiedener Potentialfelder ist eine spezifische Detektion über einen weiten Einsatzbereich aufgrund der elektrochemischen Unterschiede zu erzielen. Dies ermöglicht eine wesentlich größere Anzahl zu detektierender Substanzen eindeutig zu identifizieren und erlaubt damit nicht nur die eindeutige Zuordnung der zu messenden Endabbauprodukte HVA und 5HIAA, sondern auch des gesamten Spektrums der vorgeschalteten Metabolite. Somit ließ sich mit diesem aufgebauten Analysesystem die komplexe vollständige Abbildung des Stoffwechselwegs der zentralen biogenen Amine verwirklichen.
Die sehr sensible Messung der Parameter stellt große Anforderung an
Probengewinnung, Probenverarbeitung und Meßanalyse. Aufgrund der
Durchführung interner Qualitäskontrolluntersuchungen konnte der Nachweis einer sicheren reproduzierbaren Analytik erbracht werden. Insbesondere die Notwendigkeit der ausreichenden Unterdrückung der weiter ablaufenden chemischen Prozesse durch die unmittelbare Kühlung der Liquorproben auf eine Temperatur von -80°C wurde nachgewiesen. Zusätzlich konnte gezeigt werden, dass die Verwendung von handelsüblichen EDTA-Röhrchen einen ausreichenden antioxidativen Schutz bietet und wir somit eine anwenderfreundliche Probengewinnung empfehlen können. Die strikte Einhaltung des Protokolls zur Gewinnung und weiteren Verarbeitung der Liquorproben ist elementar und stellt insbesondere bei zur Zeit noch bestehenden uneinheitlichen altersabhängigen Referenzwerten die Grundlage zur diagnostischen Bewertung der gemessenen Werte dar. Eine Standardisierung der Referenzwerte auf internationaler Ebene ist unverzichtbar zur korrekten Interpretation der gemessenen Daten und sollte vorrangiges Streben aller beteiligten Laboratorien sein. Ein entsprechender Antrag auf ein erneutes, jährlich stattfindendes externes Qualitätskontrollprogramm (Ringversuch) wurde gestellt.
Mit der Bestimmung der Biogenen Amine im Liquor steht ein potentes Instrument zur Detektion pädiatrischer Neurotransmittererkrankungen zur Verfügung. Es gibt weltweit jedoch nur eine geringe Anzahl von Laboratorien mit diesem Analyseangebot. Somit trägt die Etablierung dieser Analytik im vorhandenen Leistungsspektrum des Stoffwechsellabors des Zentrums für Kinderheilkunde und Jugendmedizin der J.W. Goethe-Universität, Frankfurt dazu bei diese Lücke zu schließen. In der Mehrzahl sind Erkrankungen der zentralen Biogenen Amine ausschließlich nur über eine Messung der Metaboliten im Liquor diagnostizierbar, nur wenige angeborene Neurotransmitterdefekte fallen durch periphere Serumparameter, wie z.B. einer Hyperphenylalaninämie auf. Es ergibt sich der Verdacht, dass diese Erkrankungsformen unterdiagnostiziert sind und auch das Wissen um diese Erkrankungen nicht allgemein vorausgesetzt werden kann.
Mit den Neurotransmittervorstufen (z.B. L-Dopa oder 5OH-Tryptophan) steht betroffenen Patienten eine adäquate Therapieoption zur Verfügung, so dass die Aufdeckung eines spezifischen Defektes in der Synthese der Biogenen Amine vorrangiges Ziel sein müsste. Exemplarisch für die beeindruckende Effektivität der Therapie mittels L-Dopa und 5OH-Tryptophan sei auf den Erfahrungsbericht des von unserer Arbeitsgruppe betreuten Patienten mit 6-PTPS-Defekt verwiesen.
Zusätzlich konnte mit dieser Arbeit gezeigt werden, dass die wiederholenden Messungen dem Therapiemonitoring dienen und eine unverzichtbare Grundlage der individuellen Therapie betroffener Patienten darstellen. Sekundäre Veränderungen der Neurotransmission sind beschrieben, jedoch fehlen weitergehende Untersuchungen zur Einordnung ihrer klinischen Relevanz. Gerade diese große inhomogene Patientengruppe stellt eine zukünftige Herausforderung für weitere wissenschaftliche Anstrengungen in diesem Bereich dar. Wie anhand des Beispiels der Patienten mit mitochondrialer Enzephalopathie dargestellt, kann die vorhandene Analysemethode dazu beitragen das Wissen um die Pathophysiologie bekannter Erkrankungen zu erweitern. Da analog zu den primären Erkrankungen auch hier Therapieoptionen zur Verfügung stehen würden, ist es dringend notwendig die übliche Liquordiagnostik diesbezüglich auszudehnen. Aufgrund der auch im Rahmen dieser Arbeit erhobenen Daten kann gefolgert werden bei ungeklärten neuropädiatrischen Erkrankungen, besonders jenen, welche in der Neonatal- oder frühen Säuglingszeit beginnen und progredient verlaufen, und sich klinisch durch Dyskinesien, Krampfanfälle und Enzephalopathien äußern, eine Liquoruntersuchung auf Biogene Amine zu veranlassen.
Somit dient die erbrachte Arbeit zur Etablierung der Analytik der Neurotransmitterbestimmung im Liquor dem Erkenntnisgewinn neuer metabolischer Erkrankungen, erweitert das Grundlagenwissen bekannter Störungen und dient der Detektion seltener, jedoch oft schwerwiegender Erkrankungen.
In der vorliegenden Arbeit präsentieren wir die Daten von perkutanen Interventionen im Bereich der Beckenstrombahn, welche retrospektiv der Klassifikation der Transatlantic Society Consensus Gruppe (TASC) folgend als TASC C und D kategorisiert wurden. Für TASC D Läsionen wurde von der TASC Gruppe die chirurgische Therapie empfohlen. Für TASC C Läsionen konnte mangels aussagekräftiger Daten keine konkrete Empfehlung bezüglich einer chirurgischen oder interventionellen Behandlung ausgesprochen werden und man berief sich auf die nach wie vor weit verbreitete Anwendung gefäßchirurgischer operativer Therapie im Fall dieser Läsionen.
Ziel dieser Arbeit war es, herauszuarbeiten, ob bei Behandlung von Gefäßläsionen dieser beiden Klassifikationen mit perkutaner transluminaler Angioplastie akzeptable Erfolgs- und Offenheitsraten erreicht werden können und ob eine Empfehlung zu Gunsten der interventionellen Therapie ausgesprochen werden kann.
In einem Zeitraum von Januar 2000 bis Dezember 2002 wurden an unserem Institut 253 Patienten mit 294 Läsionen im Bereich der Beckenarterien interventionell behandelt. Unter ihnen befanden sich 89 Patienten mit 129 klassifizierten TASC C und D Läsionen, 110 Stenosen (65 in der AIC und 45 in der AIE) und 19 Okklusionen (12 in der AIC und 7 in der AIE). Die durchschnittliche Länge der Läsion betrug 49,2±31,2 mm. Zum Einsatz kamen 148 Stents. Der technische Erfolg der Interventionen betrug 96,9%. Komplikationen traten bei 5,6% der Patienten auf, wobei wir in keinem dieser Fälle eine periphere Embolie verzeichneten. Die Nachbehandlung erfolgte über einen Zeitraum von 12-38 Monate, durchschnittlich 25 Monate. Nachuntersuchungen umfassten eine klinische Untersuchung, die Messung des Tibial-Brachialen-Quotienten und eine Duplex-Sonographie am ersten Tag postinterventionell, nach 1, 3, 6 und 12 Monaten und anschließend einmal jährlich.
Aus den Nachuntersuchungen ergab sich gemessen an den Kriterien der AHA ein klinischer Erfolg bei 97,3% der TASC C Patienten und 88,5% der Patienten mit TASC D Läsionen. Im Verlauf der Nachbeobachtungszeit kam es zu 6 Restenosen und einer Reokklusion im behandelten Gefäßsegment, von denen 4 erfolgreich mit Hilfe einer zweiten Intervention therapiert werden konnten. Bei 3 Patienten bedurfte es operativer Eingriffe in Form zweier aortoiliakaler Bypässe und einer Unterschenkelamputation.
Es ergab sich somit nach durchschnittlich 25 Monaten eine primäre Offenheitsrate von 89,9% und eine sekundäre Offenheitsrate von 95,5%. Die von uns präsentierten Daten sind mit den nach Behandlung fokaler, kurzstreckiger (<10 cm) Stenosen publizierten Daten vergleichbar.
Die Ergebnisse dieser Studie zeigen, dass die perkutane Rekanalisation sowohl im Falle der TASC C als auch der TASC D Läsionen mit hohem technischen und hohem klinischen Erfolg, einer niedrigen Komplikationsrate und viel versprechenden Offenheitsraten durchgeführt werden kann. Interventionelle Therapie kann somit durchaus auch für die Behandlung von Läsionen der Klassifikation TASC C und D empfohlen werden.
Bei einer fortgeschrittenen oro-vestibulären Alveolarfortsatzatrophie, die durch einen länger zurückliegenden Zahnverlust, Zahntrauma oder Entzündung bedingt ist, ist die Indikation zu einer Implantation häufig ohne zusätzliche Aufbaumaßnahmen des Alveolarkammes nicht möglich. Osteoplastische Verfahren, die der transversalen Kieferkammerweiterung dienen, können in diesen anatomisch schwierigen Ausgangsbedingungen zur Anwendung kommen.
Die vorliegende Studie sollte die Ergebnisse nach Anwendung eines minimal invasiven chirurgischen Verfahrens (Bone-spreading) mit Hilfe eines speziellen Instrumentensystems bewerten.
Über einen Zeitraum von 8 Jahren wurden bei 53 Patienten (24 Männern, 29 Frauen), die ein primär unzureichendes transversales Knochenangebot aufwiesen, 129 Implantate simultan mit der Bone-spreading-Technik inseriert. Die mittlere Liegedauer der Implantate betrug 3,81 Jahre. Zum Zeitpunkt der letzten Nachuntersuchung standen die Implantate durchschnittlich 3,39 Jahre unter funktioneller Belastung. Die Verteilung der inserierten Implantate erstreckte sich sowohl auf den Oberkiefer (57,36 % der Implantate) als auch den Unterkiefer (42,64 % der Implantate). Die prothetischen Versorgungen der 129 Implantate wurden mit 71 Implantaten als Krone, mit 44 als Brücke und mit jeweils 7 Implantaten als Konus- und Resilienzteleskope zementiert.
Die klinischen Daten (modifizierter Plaque-Index, modifizierter Sulcus-Blutungs-Index, Sondierungstiefe mesial und vestibulär, periimplantäre Mucosa, Breite der Gingiva propria, klinische Mobilität, Periotestwert) und die radiologischen Befunde (horizontaler und vertikaler Knochenabbau) wurden im Rahmen von jährlichen Recalluntersuchungen erhoben und analysiert.
Die Werte der Entzündungs-Indizes waren im allgemeinem stabil. So konnte bei 88 % der Patienten bei der letzten Nachuntersuchung kein höherer Wert von Plaqueindex als 1 (= nicht sichtbar, hauchdünner Belag) beobachtet werden. Auch der Sulcus-Blutungs-Index war zufriedenstellend. Hier wiesen 91 % der Patienten bei der letzten Nachuntersuchung keine Blutung bzw. nur einen Blutungspunkt, aber keine Farbveränderung oder Schwellung der Gingiva auf. Ähnlich verhielten sich die Werte der Sondierungstiefen. Diese Ergebnisse
spiegelten sich in den stabilen periimplantären Verhältnisse wider, die bei 93,81 % der Probanden bei der letzten Nachuntersuchung vorgefunden wurden. Die gemessenen Periotestwerte entsprachen denen eines osseointegrierten Implantates. Sie lagen bei der letzten Nachuntersuchung im Schnitt bei –2,7. Der radiologisch ermittelte periimplantäre Knochenabbau war bei den hier inserierten Implantaten nicht größer als 0,2 mm pro Jahr. So konnte bei 85,27 % der unter Funktion stehenden Implantate kein bzw. nur ein minimaler horizontaler Knochenabbau vorgefunden werden, bei weiteren 13,95 % ging der horizontale Knochenabbau nicht über ein Viertel der Implantatlänge hinaus. Ähnlich verhielt sich der vertikale Knochenabbau. Kein bzw. nur ein minimaler Knochenabbau war bei 59,06 % der Patienten, ein bis zu einem Viertel bei 39,09 % vorzufinden. Ein Implantatverlust ist während der gesamten Beobachtungszeit nicht eingetreten. Das entsprach einer Überlebensrate von 100%.
Die bisherige Untersuchung über 8 Jahre zeigte, daß die orale Rehabilitation mit osseointegrierten Implantaten unter Anwendung der Bone-spreading-Methode sowohl bei einem transversalen Knochenangebot ab einer Alveolarfortsatzbreite von 3 mm als auch in den Knochenklassen D1 und D2, die vornehmlich im Unterkiefer vorzufinden sind, erfolgreich ist.
Background: In the Computer Tomography imaging, examinations for the diagnosis of lesions of the upper abdomen currently use water-soluble, iodinated, non-ionic contrast agents with low molecular weight. One possibility to reduce the time of the examination and X-ray exposure is to increase the injection rate. However, higher injections rates lead to increased hypersensitivity reactions and extravasation rates. Furthermore, cardiac pump function does not always allow for the transportation of such a large volume within one heartbeat. With a contrast agent of higher iodine concentration, the injection rate may be reduced without decreasing the iodine delivery rate while reducing the volume load of the heart.
Aim: to compare the performance and image quality of two injection protocols of contrast medium for multiphasic CT imaging of malignant hepatic lesions; one using Imeron 300 at an injection rate of 5 ml/ sec and the second using Imeron 400 at an injection rate of 3,7 ml/ sec, for multiphasic CT imaging of malignant hepatic lesions, in order to optimise the iodine concentration and injection rate of the contrast agent Imeron in the Multislice Spiral-CT of the upper abdomen.
Materials and methods: the current prospective, single centre, double-blinded, randomised and interindividual comparison study included 50 patients (29 males and 21 females) with a mean age of 63,3 years. Patients were randomised to one of the two injection protocols. Image evaluation included qualitative assessment (technical quality, presence of artefacts and overall contrast quality) and quantitative assessment (measuring the difference in HU between the lesion and the surrounding hepatic tissue). The difference between both protocols was tested for statistical significance using the Wilcoxon-Mann-Whitney test and the Two-Sample t-test.
Results: there was no statistically significant difference between both protocols regarding the technical quality of images, both in the AP (p = 0,46) and in the venous phase (p = 0,48). Additionally, no statistically significant difference was found regarding the presence of artefacts related to the contrast medium, both in the AP (p = 0,46) and in the venous phase (p = 0,46), as well as regarding the overall contrast quality of images both in the AP (p = 0,50) and in the venous phase (p = 0,48). Quantitative assessment showed no statistically significant difference regarding the difference in HU measurement between the hepatic lesion and the surrounding hepatic tissue, both in the AP (p = 0,36) and in the venous phase (p = 0,92).
Conclusion: in the multiphasic CT imaging of the liver, reducing the injection rate of the contrast medium Imeron from 5 ml/ sec to 3,7 ml/ sec while increasing the iodine strength of the agent from 300 to 400 mg/ml, respectively, and thus keeping the iodine injection flow rate constant, produces similar signal intensities and results in similar technical, image and overall contrast qualities..
Keywords: Contrast-medium, injection rate, iodine concentration, hepatic malignancy, multiphasic CT
Molecular concepts for pandemic viruses : membrane fusion assays and targeting of reservoir cells
(2024)
In den letzten Jahren haben verschiedene pandemische Viren zu beträchtlichen Krankheits- und Todesfällen geführt. Um dieser ständigen Bedrohung entgegenzuwirken, ist es wichtig diagnostische Testsysteme und Therapien anzupassen oder neu zu etablieren. Diese Arbeit konzentriert sich auf die pandemischen Viren SARS-CoV-2 und HIV.
Der Zelleintritt von SARS-CoV-2 wird durch das Spike-Protein (S) ausgelöst, welches die Fusion der Virushülle mit der zellulären Membran bewirkt. Erste Studien haben gezeigt, dass das S-Protein eine hohe Fusionsaktivität aufweist. Aus diesem Grund sollten in dieser Arbeit neue Fusionstests etabliert werden, um potenzielle Inhibitoren der Zellfusion zu evaluieren. Im ersten Teil dieser Thesis wird die Etablierung von quantitativen Tests zur Evaluierung der Zell-Zell und Partikel-Zell Fusionsaktivität, welche durch S bewirkt wird, demonstriert.
Trotz jahrelanger Forschung können HIV-Patienten nicht geheilt werden und Virusinfektionen treten weiterhin weltweit auf. Das größte Problem bei der Entwicklung eines Heilmittels ist die frühe Bildung von Reservoirzellen während einer Infektion. Um diese Reservoirzellen zu identifizieren, wurde der Oberflächenmarker CD32a vorgeschlagen. Die Nutzung von Cas9-Nukleasen zur Inaktivierung von HIV ist in vitro erfolgreich, aber der effiziente Transfer in Reservoirzellen bleibt weiterhin herausfordernd. Im zweiten Teil dieser Thesis werden Rezeptor-gerichtete Adeno-assoziierte Vektoren (AAVs) für die HIV-Gentherapie präsentiert, die CD4 und CD32a für den Zelleintritt nutzen.
Zur Charakterisierung der Fusionsaktivität von SARS-CoV-2 wurden drei quantitative Fusionstests etabliert, welche Partikel- und Zell-Zell Fusionen berücksichtigen. Für den Partikel-Zell Fusionstest wurden lentivirale Vektoren (LV) verwendet, welche das S-Protein auf ihrer Oberfläche präsentierten. Die Transduktionseffizienz von S-LV erreichte auf Zellen, die den SARS-CoV-2 Rezeptor ACE2 exprimieren, ein Signal-zu-Hintergrund Verhältnis von über 2000. Durch die Präsentation von S auf leeren LV-Partikeln konnte die Fusion von benachbarten Zellen detektiert und quantifiziert werden („fusion-from-without“ (FFWO)). Für die Quantifizierung wurde ein Reporter-Komplementationstest etabliert. Hierbei wurden die Alpha- und Omega-Fragmente der β-Galaktosidase getrennt in zwei Zielzellpopulationen exprimiert, die beide ACE2 exprimierten. Durch die Zugabe von S-Partikeln kam es zur Fusion der Zielzellen und zur Komplementation der Alpha- und Omega-Fragmente. Die resultierende β-Galaktosidase-Aktivität konnte anschließend quantifiziert werden. Unter optimalen Versuchsbedingungen erreichte dieser Assay ein Signal-zu-Hintergrund Verhältnis von 2,7 Größenordnungen. Anschließend wurde der Komplementationstest für die Messung der Zell-Zell Fusion verwendet. In diesem Test exprimierten Effektorzellen S und das Alpha-Fragment, Zielzellen ACE2 und das Omega-Fragment. Obwohl die S-Expression auf den Effektorzellen sehr gering war, konnte dennoch eine signifikante Fusion nachgewiesen werden. Auch hier konnte unter optimalen Versuchsbedingungen ein hohes Signal-zu-Hintergrund Verhältnis von 2,9 Größenordnungen festgestellt werden. Nach der Etablierung der Testsysteme wurden S-spezifische Inhibitoren verwendet. Im Gegensatz zu Partikel-Zell-Fusionen wurde die Fusionsaktivität von S auf Zellen nur mäßig inhibiert. Dies deutet daraufhin, dass das Eindringen von Partikeln in Zellen wirksamer verhindert werden kann als die Ausbreitung durch Zell-Zell Fusionen.
Um AAVs spezifisch an HIV-Reservoirzellen zu binden, wurden CD4- und CD32a-spezifische DARPins („designed ankyrin repeat proteins“) in Rezeptor-verblindete AAVs eingebaut. Ebenso wurden beide DARPins gleichzeitig auf dem Kapsid präsentiert, um eine höhere Spezifität für doppelt-positive Zellen zu erreichen. Wenn diese Partikel einer Zellmischung aus CD4-, CD32a- und CD4/CD32a-exprimierenden Zellen zugesetzt wurden, transduzierten die bispezifischen Vektoren vorzugsweise doppelt-positive Zellen. Diese Präferenz war am höchsten in Zellkulturen, die stark unterrepräsentierte CD4/CD32a-exprimierende Zellen enthielten. Unter diesen Voraussetzungen erreichten bispezifische Vektoren eine bis zu 66-fach höhere Transduktionseffizienz auf CD4/CD32a-positive Zellen im Vergleich zu CD32a-exprimierenden Zellen. Darüber hinaus zeigten bispezifische AAV eine präferentielle Bindung und Transduktion von isolierten Primärzellen und Zellen in Vollblut. Selbst nach systemischer Injektion in humanisierte Mäuse wurden doppelt-positive Zellen effizienter von bispezifischen als von monospezifischen AAVs transduziert. Schließlich zeigten die generierten Vektoren, welche die Cas9 Nuklease transferierten, eine effiziente Inhibition der HIV-Replikation.
A Large Ion Collider Experiment (ALICE) is a high-energy physics experiment, designed to study heavy ion collisions at the European Organization for Nuclear Research (CERN)Large Hadron Collider (LHC). ALICE is built to study the fundamental properties of matter as it existed shortly after the big bang. This requires reading out millions of sensors with high frequency, enabling high statistics for physics analysis, resulting in a considerable computing demand concerning network throughput and processing power. With the ALICE Run 3 upgrade [14], requirements for a High Throughput Computing
(HTC) online processing cluster increased significantly, due to more than an order of magnitude more data than in Run 2, resulting in a processing input rate of up to 900 GB/s. Online (real-time) event reconstruction allows for the compression of the data stream to 130 GB/s, which is stored on disk for physics analysis.
This thesis presents the implementation of the ALICE Event Processing Node (EPN) compute farm, to cope with the Run 3 online computing challenges. Building a Data Centre tailored to ALICE requirements for the Run 3 and Run 4 EPN farm. Providing the operational conditions for a dynamic compute environment of a High Performance Computing (HPC) cluster, with significant load changes in a short time span, when starting or stopping a data-taking run. EPN servers provide the required computing resources for online reconstruction and data compression. The farm includes network connectivity towards First Level Processors (FLPs), requiring reliable throughput of 900 GB/s between FLPs and EPNs and connectivity from the internal InfiniBand network to the CERN Exabyte Object Storage (EOS) Ethernet network, with more than 100 GB/s.
The results of operating the EPN computing infrastructure during the first year of Run 3 LHC collisions are described in the context of the ALICE experiment. The EPN farm was delivering the expected performance for ALICE data-taking. Data Centre environmental conditions remained stable during the last more than two years, in particular during starting and stopping runs, which include significant changes in IT load. Several unforeseen external circumstances lead to increasing demands for the Online Offline System (O2). Higher data rates than anticipated required network performance to exceed the initial design specifications, for the throughput between FLPs and EPNs. In particular, the high throughput from an internal EPN InfiniBand network towards the storage Ethernet network was one of the challenges to overcome.
Die E3-Ubiquitinligase TRIM25 ist in verschiedenen humanen Tumoren verstärkt exprimiert, was häufig mit einer schlechten Prognose der betroffenen Patienten sowie dem Auftreten von Therapieresistenzen korreliert. Unsere Arbeitsgruppe konnte TRIM25 zuvor als Caspase-2 und -7 mRNA-bindendes Protein und negativen Regulator beider Caspasen in humanen Kolonkarzinomzellen identifizieren. Ein transienter TRIM25 Knockdown führt in Abhängigkeit der erhöhten Expression der jeweiligen Caspasen zur Sensitivierung der Kolonkarzinomzellen gegenüber Chemotherapeutika-induzierter Apoptose. Ein Ziel dieser Arbeit war, die Übertragbarkeit dieser Erkenntnisse auf einen loss-of-function-Ansatz mit stabilen TRIM25 Knockdown Zellen zu überprüfen. Die stabilen Knockdown Zellen sollten der späteren Etablierung eines Xenograftmodells dienen. Da zahlreiche TRIM Proteine bekannterweise eine vielseitige Rolle bei der Regulation sowohl onkogener als auch tumorsuppressiver Prozesse einnehmen, wurde als weitere maßgebliche Fragestellung dieser Arbeit der Einfluss von TRIM25 auf wichtige tumorigene Eigenschaften wie Proliferation, Migration, Zellzyklus und Inflammation untersucht. TRIM25-abhängige Effekte auf das Migrationsver halten von RKO-Zellen wurden im in vitro-Wundheilungsassay mit stabilen TRIM25 Knock down Zellen analysiert. Aufgrund hoher interexperimenteller Unterschiede im Migrations verhalten derselben Zellklone konnte hinsichtlich einer TRIM25-abhängigen Regulation der Migration jedoch keine eindeutige Aussage getroffen werden. Dagegen belegten die gezeigten Proliferationsassays eine signifikant vermehrte Proliferation von RKO-Zellen nach stabilem TRIM25 Knockdown. Dies legt eine tumorsuppressive Rolle von TRIM25 nahe. Durch flusszytometrische Analysen stabiler TRIM25 Knockdown und Kontrollzellen zeigten hinge gen keinen konsistenten Einfluss von TRIM25 auf den Zellzyklus von RKO-Zellen. Eine Sensitivierung von Kolonkarzinomzellen gegenüber Chemotherapeutika-induzierter Apoptose konnte auch in stabilen TRIM25 Knockdown Zellen nachgewiesen werden, während die für transiente Ansätze bekannte, TRIM25 Knockdown-abhängige Hochregulation von Caspase 2 und -7 dagegen deutlich geringer ausgeprägt war. Dies lässt vermuten, dass die Tumorzellen einer Hochregulation Zelltod-induzierender Proteine bei einem konstitutiven TRIM25Knockdown gegenregulieren. Aufgrund der aber nach wie vor nachweisbaren Sensitivierung der TRIM25 Knockdown Zellen gegenüber Apoptose, können zusätzliche, bisher noch nicht bekannte Mechanismen postuliert werden, welche zur Sensitivierung dieser Zellen gegenüber Apoptose beitragen. Die daraus abgeleitete, TRIM25-abhängige Apoptosehemmung spricht für einen „Überlebensmechanismus“, welcher maßgeblich zur Chemotherapieresis tenz von Kolonkarzinomzellen beitragen kann. Hinsichtlich eines Einflusses von TRIM25 auf entzündliche Prozesse wurden RKO-Zellen mit klassischen Aktivatoren des NLRP3-Inflammasoms stimuliert und ausgewählte Marker mittels Western Blot-Analysen nachgewiesen. TRIM25 Knockdown-abhängig war eine verminderte Spaltung der Apoptosemarker Caspase-3, -7 und PARP-1 nachweisbar. Caspase-7 und PARP-1 spielen bekanntermaßen auch im Rahmen Inflammasom-induzierter Signalprozesse eine wichtige Rolle, während die Spaltung von Caspase-3 durch das NLRP3-Inflammasom induziert werden kann und v.a. für apoptotische oder pyroptotische Prozesse verantwortlich gemacht wird. Daher kann postuliert werden, dass der stabile TRIM25 Knockdown zur Hemmung von Inflammasom-induzierten Signalprozessen führt und darüber Kolonkarzinomzellen vor Apoptose/Pyroptose geschützt werden. Umgekehrt deutet dies auf eine Aktivierung von Inflammasom-vermittelten Signalprozessen durch TRIM25 hin.
Aufgrund der hohen Inzidenz und Mortalität, der schlechten Prognose und der Entwicklung von Therapieresistenzen besteht ein dringender Bedarf in der Entwicklung neuer, verbesserter Therapien des kolorektalen Karzinoms sowie der Resensibilisierung der Krebszellen gegenüber gängigen, bereits bestehenden Therapieoptionen. Im Rahmen dieser Arbeit konnte ein onkogener Einfluss von TRIM25 auf Kolonkarzinomzellen durch Hemmung Chemotherapeutika-induzierter Apoptose nachgewiesen werden, während eine mögliche tumorigene Rolle von TRIM25 durch zusätzliche Aktivierung Inflammasom-induzierter Signalprozesse weiterer Untersuchungen bedarf. Zusammenfassend kann TRIM25 als vielversprechender therapeutischer Angriffspunkt für die Entwicklung von sowohl neuen antientzündlichen als auch tumorsuppressiven Therapien betrachtet werden.