Control of dataset bias in combined affymetrix cohorts of triple negative breast cancer
- Heterogenous subtypes of breast cancer need to be analyzed separately. Pooling of datasets can provide reasonable sample sizes but dataset bias is an important concern. We assembled a combined dataset of 579 Affymetrix microarrays from triple negative breast cancer (TNBC) in Gene Expression Omnibus (GEO) series GSE31519. We developed a method for selecting comparable datasets and to control for the amount of dataset bias of individual probesets.
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| Verfasserangaben: | Thomas Karn, Achim Rody, Volkmar MüllerORCiDGND, Marcus Schmidt, Sven BeckerORCiDGND, Uwe Holtrich, Lajos Pusztai |
|---|---|
| URN: | urn:nbn:de:hebis:30:3-442051 |
| DOI: | https://doi.org/10.1016/j.gdata.2014.09.014 |
| ISSN: | 2213-5960 |
| Pubmed-Id: | https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/26484129 |
| Titel des übergeordneten Werkes (Englisch): | Genomics data |
| Verlag: | Elsevier |
| Verlagsort: | Amsterdam [u. a.] |
| Dokumentart: | Wissenschaftlicher Artikel |
| Sprache: | Englisch |
| Datum der Veröffentlichung (online): | 12.06.2017 |
| Jahr der Erstveröffentlichung: | 2014 |
| Veröffentlichende Institution: | Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg |
| Datum der Freischaltung: | 12.06.2017 |
| Freies Schlagwort / Tag: | Breast cancer; Dataset bias; Gene expression; Microarray; Pooling |
| Jahrgang: | 2 |
| Seitenzahl: | 3 |
| Erste Seite: | 354 |
| Letzte Seite: | 356 |
| Bemerkung: | © 2014 The Authors. Published by Elsevier Inc. This is an open access article under the CC BY-NC-ND license (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/). |
| HeBIS-PPN: | 428607896 |
| Institute: | Medizin / Medizin |
| DDC-Klassifikation: | 6 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften / 61 Medizin und Gesundheit / 610 Medizin und Gesundheit |
| Sammlungen: | Universitätspublikationen |
| Lizenz (Deutsch): |  Creative Commons - Namensnennung-Nicht kommerziell-Keine Bearbeitung 3.0 |
