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Der Große Höckerflohkrebs Dikerogammarus villosus und die Körbchenmuschel Corbicula fluminea zeigen in den Bundeswasserstraßen Rhein, Main, Donau, Neckar und Mosel seit Mitte der 1990er Jahre invasorische Ausbreitungstendenzen. Beide Arten wurden nun auch im Bodensee nachgewiesen. Zwischen Juni und November 2004 wurde ihre Ausbreitung im Rahmen des vorliegenden Untersuchungsprogramms dokumentiert. Mit Hilfe eines dichten Probestellennetzes konnten die aktuellen Verbreitungsgrenzen der beiden Arten unterschiedlich genau abgegrenzt werden. Durch flächenbezogene Proben und Proben aus verschiedenen Wassertiefen wurden Informationen über ihre relative Besiedlungsdichte und Biomasse gewonnen. Die Proben von Uferabschnitten außerhalb der aktuellen Verbreitung der beiden Arten lieferten Referenzdaten zur Zusammensetzung der bisherigen Benthosbiozönose. Die Überprüfung (Screening) bisher noch nicht bearbeiteter Proben von Dauerbeobachtungsstellen des Limnologischen Instituts der Universität Konstanz erbrachte, dass Dikerogammarus villosus bereits im Oktober 2002 bei Immenstaad am nördlichen Bodenseeufer mit wenigen Exemplaren vorkam. Auf der Westseite des Überlingersees (Wallhausen) wurde Dikerogammarus in Uferproben seit August 2003 nachgewiesen; hier wurde er jedoch bereits seit Februar 2003 lokal beobachtet. Dikerogammarus breitete sich seither über den gesamten nordwestlichen Teil des Bodensees aus. Seine westliche Ausbreitungsgrenze lag im November 2004 im Konstanzer Trichter oberhalb des Seerheins. Seit Februar 2004 zeigte diese Krebspopulation eine Arealvergrösserung von rund 4 km Uferlänge. Seine nordöstliche Verbreitungsgrenze liegt bei Langenargen, möglicherweise handelt es sich hier um eine zweite Inizialpopulation. Dikerogammarus zeigte innerhalb seiner Verbreitungsgrenzen eine auffällige Habitatkonkurrenz gegenüber anderen Benthosorganismen, vor allem gegenüber der bisher im See dominierenden Flohkrebsart Gammarus roeseli. Die durchschnittlichen Besiedlungsdichten von Dikerogammarus liegen zwar bisher unter denen der zuvor an gleicher Stelle siedelnden G. roeseli; auf geeignetem Substrat zeigte jedoch auch Dikerogammarus Massenvorkommen mit über 2000 Individuen/m2. Corbicula fluminea besiedelte im September 2004 am vorarlbergischen Rohrspitz einen Flachwasserbereich von rund 5 km Länge. Die Art kommt im ganzen Bodensee bisher nur in diesem Bereich vor und zeigt dort ohne ihre mindestens ebenso häufigen Individuen 2mm zu berücksichtigen, maximale Besiedlungsdichten von rund 600 Individuen/m2. Eine im Rahmen des vorliegenden Programms konzipierte Datenbankstruktur dient künftig dazu, recherchierte, aktuelle und gesammelte Informationen zur Neozoenausbreitung - auch über regionale Grenzen hinweg - zentral zusammenzustellen und mit Hilfe eines geografischen Informationssystems darzustellen. Mit dem Untersuchungsprogramm sollte die Grundlage für Langzeitbeobachtungen invasorischer Neozoen im Bodensee und seinem Einzugsgebiet bereitstellt werden. Neben den Benthosuntersuchungen am Bodenseeufer wurde auch begonnen, weitere Informationen über Bodensee-Neozoen zusammen zu stellen. Ein Informationsaustausch erfolgt seither mit allen namhaften Forschungsinstitutionen und Gewässerschutzfachstellen am Bodensee und in seinem Einzugsgebiet.
Der Karsee bei Wangen im Allgäu war ursprünglich ein von Makrophyten dominierter Klarwassersee. Durch Nährstoffeinträge kam es in der zweiten Hälfte des letzten Jahrhunderts zu deutlichen Eutrophierungserscheinungen. Ab Ende der 1980er Jahre wurden daher erste limnologische und fischereibiologische Untersuchungen durchgeführt. Der See wurde damals als polytroph eingestuft, sein Fischbestand war von kleinwüchsigen Cypriniden dominiert. Als hauptsächliche Belastungsquellen galten ein unzureichender Kläranlagenanschluss der Gemeinden im Einzugsgebiet sowie eine intensive landwirtschaftliche Nutzung hängiger Flächen als Grünland in unmittelbarer Umgebung des Sees. Im Rahmen des „Aktionsprogramms zur Sanierung oberschwäbischer Seen“ wurden ab 1991 kritische landwirtschaftliche Flächen im Einzugsgebiet des Karsees extensiviert. Während einige oberschwäbische Seen wie z. B. Schreckensee und Schleinsee innerhalb weniger Jahre auf vergleichbare Sanierungsmaßnahmen im Umland mit einem Anstieg der Sichttiefe und Verbesserungen weiterer Wasserparameter reagierten, blieb der ökologische Zustand des Karsees unbefriedigend. Es gelang zwar die Nährstoffgehalte zu senken, äußerlich sichtbare positive Effekte im See waren jedoch kaum festzustellen. Die Bemühungen, weitere Flächen im Einzugsgebiet des Karsees zu extensivieren, wurden daher fortgesetzt. Zudem erhielten bis 1998 die noch ausstehenden Haushalte einen zentralen Abwasseranschluss. Um das Ziel eines guten ökologischen Zustands zu erreichen, wurden auch unterstützende seeinterne Maßnahmen, so genannte Restaurierungsmaßnahmen, geprüft. Im Jahr 1995 wurde versucht, die Sanierungsbemühungen am Karsee durch einen Eingriff in den Fischbestand zu unterstützen. Ziel war es, durch eine massive Entnahme zooplanktivorer Fische das tierische Plankton zu fördern, damit den Fraßdruck auf die Plankton-Algen zu erhöhen und so längere Klarwasserphasen zu erreichen. Im Anschluss an die Befischungen konnte zwar zunächst eine Verbesserung einzelner Parameter wie z.B. Sichttiefe oder Chlorophyll-a-Gehalt festgestellt werden, nach Ende der Maßnahme stellte sich jedoch schnell wieder der unbefriedigende Ausgangszustand ein. Im Rahmen des „Aktionsprogramms zur Sanierung oberschwäbischer Seen“ wurde deshalb am Karsee eine Untersuchung zur Auswirkung einer Biomanipulation (Nahrungskettenmanipulation) durch gezielte Befischungen von Massenfischen durchgeführt. Das Vorhaben mit einer Laufzeit von fünf Jahren (1997–2001) wurde aus Mitteln des Ministeriums für Umwelt und Verkehr sowie der Fischereiabgabe finanziert. Im Projekt sollten Erfahrungen gewonnen werden, inwiefern fischereiliche Eingriffe zur Unterstützung von Sanierungsmaßnahmen empfohlen werden können, wie nachhaltig diese wirksam sind und wie diese sich auf die Beschaffenheit und die Zusammensetzung von Teilen der Lebensgemeinschaft See auswirken. Bei den Untersuchungen zeigte sich deutlich, dass bei jeder Seensanierung primär die Nährstoffeinträge im hydrologischen Einzugsgebiet so weit reduziert werden müssen, dass sich die Nährstoffgehalte im Gewässer entsprechend verringern können. Eine deutliche Reduzierung der Nährstoffwerte hat in der Regel auch eine Verbesserung der Wasserqualität zur Folge. In Einzelfällen kann eine Biomanipulation als flankierende Maßnahme zu weiteren Sanierungsbemühungen sinnvoll sein, in dem sie als zeitlich begrenzte Maßnahme eine bereits erfolgte Sanierung unterstützt und den Umschwung von einem Algen zu einem Makrophyten dominierten See fördert. Damit dies möglich ist müssen bestimmte Voraussetzungen erfüllt sein. So muss die jährliche Durchschnittskonzentration für Gesamt-Phosphor im betreffenden Gewässer unter 100 μg/l liegen. Je weiter dieser Wert unterschritten wird, desto höher ist die Erfolgswahrscheinlichkeit. Daneben müssen mindestens 75 % der Fischbiomasse entnommen werden, um mit einem nachhaltigen Effekt rechnen zu können. In Flachseen ist eine langfristige Verbesserung der Wasserqualität nach massiven Befischungsmaßnahmen deutlich aussichtsreicher als in tieferen Seen. Als Sekundäreffekt können sich in flachen Seen mit zunehmender Sichttiefe Makrophyten großflächig ausbreiten und zu einer Stabilisierung des Klarwasserstadiums beitragen. Auch bei günstigen Voraussetzungen ist ein Erfolg nach Biomanipulationsmaßnahmen nicht sicher vorhersagbar. Häufigste Ursache für ein Scheitern ist, dass die angestrebte Entnahmemenge nicht erreicht werden kann.