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Proteins encoded by small open reading frames (sORFs) have a widespread occurrence in diverse microorganisms and can be of high functional importance. However, due to annotation biases and their technically challenging direct detection, these small proteins have been overlooked for a long time and were only recently rediscovered. The currently rapidly growing number of such proteins requires efficient methods to investigate their structure–function relationship. Herein, a method is presented for fast determination of the conformational properties of small proteins. Their small size makes them perfectly amenable for solution-state NMR spectroscopy. NMR spectroscopy can provide detailed information about their conformational states (folded, partially folded, and unstructured). In the context of the priority program on small proteins funded by the German research foundation (SPP2002), 27 small proteins from 9 different bacterial and archaeal organisms have been investigated. It is found that most of these small proteins are unstructured or partially folded. Bioinformatics tools predict that some of these unstructured proteins can potentially fold upon complex formation. A protocol for fast NMR spectroscopy structure elucidation is described for the small proteins that adopt a persistently folded structure by implementation of new NMR technologies, including automated resonance assignment and nonuniform sampling in combination with targeted acquisition.
Despite recent advances in the treatment of metastatic prostate cancer (PCa), resistance development after taxane treatments is inevitable, necessitating effective options to combat drug resistance. Previous studies indicated antitumoral properties of the natural compound amygdalin. However, whether amygdalin acts on drug-resistant tumor cells remains questionable. An in vitro study was performed to investigate the influence of amygdalin (10 mg/mL) on the growth of a panel of therapy-naïve and docetaxel- or cabazitaxel-resistant PCa cell lines (PC3, DU145, and LNCaP cells). Tumor growth, proliferation, clonal growth, and cell cycle progression were investigated. The cell cycle regulating proteins (phospho)cdk1, (phospho)cdk2, cyclin A, cyclin B, p21, and p27 and the mammalian target of rapamycin (mTOR) pathway proteins (phospho)Akt, (phospho)Raptor, and (phospho)Rictor as well as integrin β1 and the cytoskeletal proteins vimentin, ezrin, talin, and cytokeratin 8/18 were assessed. Furthermore, chemotactic activity and adhesion to extracellular matrix components were analyzed. Amygdalin dose-dependently inhibited tumor growth and reduced tumor clones in all (parental and resistant) PCa cell lines, accompanied by a G0/G1 phase accumulation. Cell cycle regulating proteins were significantly altered by amygdalin. A moderate influence of amygdalin on tumor cell adhesion and chemotaxis was observed as well, paralleled by modifications of cytoskeletal proteins and the integrin β1 expression level. Amygdalin may, therefore, block tumor growth and disseminative characteristics of taxane-resistant PCa cells. Further studies are warranted to determine amygdalin’s value as an antitumor drug.
Background: Misconceptions about ADHD stigmatize affected people, reduce credibility of providers, and prevent/delay treatment. To challenge misconceptions, we curated findings with strong evidence base. Methods: We reviewed studies with more than 2000 participants or meta-analyses from five or more studies or 2000 or more participants. We excluded meta-analyses that did not assess publication bias, except for meta-analyses of prevalence. For network meta-analyses we required comparison adjusted funnel plots. We excluded treatment studies with waiting-list or treatment as usual controls. From this literature, we extracted evidence-based assertions about the disorder. Results: We generated 208 empirically supported statements about ADHD. The status of the included statements as empirically supported is approved by 80 authors from 27 countries and 6 continents. The contents of the manuscript are endorsed by 366 people who have read this document and agree with its contents. Conclusions: Many findings in ADHD are supported by meta-analysis. These allow for firm statements about the nature, course, outcome causes, and treatments for disorders that are useful for reducing misconceptions and stigma.
Background: Differential RNA-Seq (dRNA-Seq) is a recently developed method of performing primary transcriptome analyses that allows for the genome-wide mapping of transcriptional start sites (TSSs) and the identification of novel transcripts. Although the transcriptomes of diverse bacterial species have been characterized by dRNA-Seq, the transcriptome analysis of archaeal species is still rather limited. Therefore, we used dRNA-Seq to characterize the primary transcriptome of the model archaeon Haloferax volcanii.
Results: Three independent cultures of Hfx. volcanii grown under optimal conditions to the mid-exponential growth phase were used to determine the primary transcriptome and map the 5′-ends of the transcripts. In total, 4749 potential TSSs were detected. A position weight matrix (PWM) was derived for the promoter predictions, and the results showed that 64 % of the TSSs were preceded by stringent or relaxed basal promoters. Of the identified TSSs, 1851 belonged to protein-coding genes. Thus, fewer than half (46 %) of the 4040 protein-coding genes were expressed under optimal growth conditions. Seventy-two percent of all protein-coding transcripts were leaderless, which emphasized that this pathway is the major pathway for translation initiation in haloarchaea. A total of 2898 of the TSSs belonged to potential non-coding RNAs, which accounted for an unexpectedly high fraction (61 %) of all transcripts. Most of the non-coding TSSs had not been previously described (2792) and represented novel sequences (59 % of all TSSs). A large fraction of the potential novel non-coding transcripts were cis-antisense RNAs (1244 aTSSs). A strong negative correlation between the levels of antisense transcripts and cognate sense mRNAs was found, which suggested that the negative regulation of gene expression via antisense RNAs may play an important role in haloarchaea. The other types of novel non-coding transcripts corresponded to internal transcripts overlapping with mRNAs (1153 iTSSs) and intergenic small RNA (sRNA) candidates (395 TSSs).
Conclusion: This study provides a comprehensive map of the primary transcriptome of Hfx. volcanii grown under optimal conditions. Fewer than half of all protein-coding genes have been transcribed under these conditions. Unexpectedly, more than half of the detected TSSs belonged to several classes of non-coding RNAs. Thus, RNA-based regulation appears to play a more important role in haloarchaea than previously anticipated.
Polazeći od teorije paralelne arhitekture koja sve jezične razine smatra generativnima, u radu se iznose rezultati istraživanja suodnosa između reda riječi, tj. reda rečeničnih sastavnica na sintaktičkoj i na fonološkoj razini, i informacijske strukture kao sastavnice rečenične gramatike. Analiza u kojoj je informacijska struktura ravnopravna razina, a ne izvanjska, pragmatički uvjetovana sastavnica, omogućuje semantički informirano tumačenje varijacija u redu riječi u hrvatskom jeziku. Istraživanje rezultati kojega se iznose metodološki predstavlja premošćivanje jaza između formalnih i funkcionalnih pristupa. Kao primjer se uzima hrvatski, koji se tradicionalno smatra jezikom u kojem je red sintaktičkih komponenata (relativno) slobodan, dok se za položaj klitika u njemu smatra da je (relativno) ograničen. Na brojnim primjerima u radu pokazuje se kako klitike i grozdovi klitika svojim smještajem unutar linearnog rečeničnog ustrojstva ne predstavljaju nepravilnost sustava, nego oblik dinamiziranja rečeničnoga sadržaja koji izvorni govornici prihvaćaju kao otvorenu mogućnost. U dosadašnjim su se istraživanjima takvoj analizi postavljale dvije ključne prepreke. Prva se tiče bavljenja isključivo tzv. „neutralnim”, kontekstualno neuvjetovanim tipovima rečenica, dakle onima koje uglavnom odgovaraju na pitanje O čemu se radi? Druga se tiče nedostatka empirijskih istraživanja, kako korpusnih, tako i psiholingvističkih, kojima se otvara potpuno nov uvid u jezičnu strukturu i istančane mogućnosti njezine izražajnosti na informacijskoj razini. U radu se bavim obama uočenim problemima.
Die vorliegende Studie von Christine Konecny ist ein umfassendes Sammelwerk, das die internationalen Tendenzen in der Betrachtung von Kollokationen ausführlich erfasst. Der Titel und der Untertitel weisen eindeutig auf die theoretische und analytische Ausrichtung der Arbeit hin. Im ersten Teil werden die Kollokationen linguistisch betrachtet, es werden Auffassungs-, Definitions- und Abgrenzungsprobleme von Kollokationen detailliert geschildert. Eine Schlüsselkomponente im Titel ist jedoch nicht nur das Wort Kollokationen, das das Thema der Studie benennt. Aussagekräftiger ist der Untertitel, konkret sind es die Wörter Versuch und Annäherung. Die Studie ist der Versuch, einerseits die Position der Kollokationen sowohl in der Systemlinguistik als auch auf der Supraebene zu beschreiben, andererseits die Kollokationen nach unterschiedlichen sprachwissenschaftlichen Gesichtspunkten – vor allem unter phraseologischen, korpuslinguistischen, systemlinguistischen, pragmalinguistischen Aspekten - sowie aus der Sicht der kognitiven Psycholinguistik, Fremdsprachendidaktik, Wortbildungslehre, Lexikographie, kontrastiven und konfrontativen Linguistik und Translatologie zu bestimmen. Ein weiterer Versuch betrifft die Abgrenzung und Klassifikation der Kollokationen. Die Autorin hat sich u. a. zum Ziel gesetzt, Kollokationen von festen, teil- und nicht idiomatischen Wortverbindungen zu unterscheiden und sie anhand unterschiedlicher Klassifizierungskriterien hauptsächlich nach syntaktisch-morphologischen und semantisch-begrifflichen Unterscheidungsmerkmalen zu kategorisieren.
HIV ist heutzutage eine gut behandelbare, chronische Erkrankung. Insbesondere bei chronischen Erkrankungen ist es entscheidend, auch die psychischen und physischen Auswirkungen auf die Lebenssituation zu untersuchen und dabei auch geschlechtsspezifische Aspekte in der gesundheitsbezogenen Lebensqualität von PLWH mit einzuschließen.
Ziel dieser monozentrischen Beobachtungsstudie ist es, die gesundheitsbezogene Lebensqualität von Patientinnen und Patienten des HIVCENTERs Frankfurt darzustellen und diesbezügliche Einflussfaktoren zu identifizieren. Im Zuge dessen wurden zusätzlich geschlechtsspezifische Unterschiede ausgewertet. Der Mental Component Score stellte die primäre Zielgröße der Studie dar, der Physical Component Score die sekundäre.
Zur Erhebung der gesundheitsbezogenen Lebensqualität wurde der SF-12v2 Fragebogen verwendet, der insgesamt zwölf Fragen beinhaltet. Inhaltlich gliedert sich der Bogen in acht Skalen und zwölf Items, die den Mental- und Physical Component Score bilden. Zur näheren Erfassung der aktuellen Lebenssituation der Patientinnen und Patientinnen des HIVCENTERs Frankfurt, wurde ein eigens für die Studie entwickelter Fragebogen verwendet. Dieser erfasste mit 19 Fragen unter anderem soziodemographische Daten, sowie Parameter zu Religiosität oder Sexualität. Retrospektive Daten aus der Epidem-Datenbank des HIVCENTERs und aus den Patientinnen- und Patientenakten wurden ebenfalls in die Auswertung einbezogen.
Die statistische Auswertung beinhaltete neben deskriptiven Methoden, einfache Varianzanalysen für geschlechtsunabhängige Zusammenhänge und Varianzanalysen mit Interaktion für das Geschlecht zur Ermittlung von geschlechtsspezifischen Einflussgrößen. Des Weiteren wurden Spearmankorrelationen berechnet und zur Identifikation von potenziellen Prädiktoren Regressionen mit Rückwärtsausschluss durchgeführt. Für beide Zielgrößen wurde identisch verfahren. Alle statistischen Tests waren zweiseitig und nutzen ein Signifikanzniveau von alpha=5%.
Im Zeitraum von September 2016 bis Mai 2017 wurden insgesamt 275 Patientinnen und Patienten in die Studie eingeschlossen, darunter 123 Frauen, 150 Männer und 2 transgender Personen. Letztere wurden aufgrund der geringen Fallzahl nicht über die deskriptive Statistik hinaus in den Berechnungen berücksichtigt. Das durchschnittliche Alter in der Studienpopulation betrug 46 Jahre. Frauen hatten ein Durchschnittsalter von 44, Männer von 48 Jahren. 97% der Patientinnen und Patienten waren zum Erhebungszeitpunkt unter antiretroviraler Therapie. Im Durchschnitt erzielten die Teilnehmerinnen und Teilnehmer im Vergleich mit der Referenzpopulation einen unterdurchschnittlichen Mental Component Score von 46. Die Frauen der Studie erzielten einen signifikant schlechteren MCS als die Männer (45 vs. 48; p=0,02). Im Kontext mit den übrigen Prädiktoren des Regressionsmodells erreichten Frauen einen um durchschnittlich 13 Punkte schlechteren MCS als Männer (B=-13; p=<0,001). Als geschlechtsunabhängige negative Prädiktoren auf den MCS stellten sich unter anderem regelmäßiger Alkohol- und Drogenkonsum heraus, sowie das Unterlassen von regelmäßigem Sport oder eine negative Zukunftsaussicht. Als geschlechtsabhängiger negativer Prädiktor erwies sich bei den Frauen eine afrikanische versus westeuropäische Herkunft (B=-5; p=0,028). Arbeitslosigkeit stellte sich bei Männern als geschlechtsabhängiger negativer Prädiktor heraus (B=-5; p=0,033).
Vorliegende Dissertation macht deutlich, dass PLWH auch heute noch eine unterdurchschnittliche gesundheitsbezogene Lebensqualität aufweisen und darüber hinaus deutliche geschlechtsabhängige Unterschiede existieren. HIV-positive Frauen erreichten in dieser Studie signifikant schlechtere Werte für den Mental Component Score als Männer und waren hinsichtlich negativer Einflussgrößen überrepräsentiert. Anhand der hier verwendeten Fragebögen wird es behandelnden Ärztinnen und Ärzten innerhalb der Routinesprechstunde ermöglicht, ein regelmäßiges Monitoring der HRQoL durchzuführen und auch ihren Verlauf zu beurteilen. Zudem wäre ein Screening nach den in dieser Arbeit ermittelten negativen Prädiktoren der HRQoL möglich, wodurch entsprechenden Patientinnen und Patienten ein zielgruppenspezifisches Angebot erhalten könnten.
Verschiedene sprachwissenschaftliche Denkansätze und Ausgangspunkte bringen von denselben Forschungsansätzen ausgehend unterschiedliche Methoden und theoretische Auffassungen hervor. Als Produkte verschiedener Forschungsverfahren ergeben sich in demselben Teilbereich manchmal auch kontroverse Definitionen. Die Problematik der Kollokationen ist auch eine umstrittene Frage der Linguistik. Die Umstrittenheit betrifft sowohl die Fragen der Deskription des Charakters dieser sprachlichen Erscheinungen als auch deren Abgrenzung, sprachwissenschaftliche Einreihung und Klassifikation.
In dieser Studie befassen wir uns mit der Darstellung der Heterogenität von Kollokationsauffassungen sowohl in der einheimischen als auch in der internationalen Linguistik...