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Die Art erreicht eine Körpermasse zwischen 6,5 - 9,2 g, die Unterarmlange liegt zwischen 3,7 - 4,2 cm (Schober & Grimmberger 1998). Auffällig an der Gattung Plecotus sind die langen Ohren, die besonders bei Tageslethargie oder im Winterschlaf zusammengefaltet und nach hinten umgelegt werden können. Es ragt aber immer der lange, lanzettförmige Tragus heraus. Die Augen sind relativ groß. Das Fell des Braunen Langohrs ist locker und lang mit dunkel graubrauner Haarbasis. Die Körperoberseite ist hell braungrau gefärbt, die Unterseite eher hellgrau (z.T. gelblich überhaucht). Die Lippen sind hell fleischfarben, Nase und Augenregion sind hellbraun. Von der Schwesternart Graues Langohr unterscheidet sich das Braune Langohr u.a. durch die größeren Füße, die längeren Daumenkrallen (über 2 mm), die lange Zehenbehaarung und den gelblichweisen Tragus (nur an der Spitze leicht pigmentiert, bei P. austriacus insgesamt grau pigmentiert). Des Weiteren zeichnet sich das Braune Langohr durch ein eher braunes Gesicht aus.
Die mittelgroße Fledermausart weist eine Körpermasse zwischen 13 - 20 g auf. Erwachsene Tiere erreichen eine Unterarmlange zwischen 3,9 - 4,6 cm (Schober & Grimmberger 1998). Die Ohren besitzen den gleichen typischen pilzförmigen Tragus wie die aller Nyctalus-Arten. Das Fell ist kurz, wobei die Haare zweifarbig mit schwarzbrauner Haarbasis sind. Auf der Körperoberseite erscheint das Fell rotbraun, meist etwas dunkler und weniger glänzend als bei Nyctalus noctula. Die Färbung der Unterseite ist gelbbraun, die des Gesichts, der Ohren und der Flughaute schwarzbraun.
Als kleinere Schwesternart der Breitflugelfledermaus besitzt die Nordfledermaus eine Körpermasse zwischen 8 - 17,5 g sowie eine Unterarmlange zwischen 3,8 - 4,2 cm. Die Ohren sind relativ kurz, der Tragus ist ebenfalls kurz, breit und leicht nach innen gebogen. Das Fell ist lang mit dunkelbrauner Haarbasis. Besonders charakteristisch für diese Spezies sind die goldglänzenden Haarspitzen im Fell auf der Körperoberseite und auf dem Scheitel. Bei den Jungtieren ist dieses Merkmal noch geringer ausgeprägt. Der Nacken ist dunkler, die Unterseite gelbbraun. Schnauze, Ohren und Flughaute sind schwarzbraun gefärbt.
Aufgrund der erst vor wenigen Jahren erfolgten Einstufung als eigenständige Art (vgl. Kapitel Zwergfledermaus) ist der Kenntnisstand über Pipistrellus pygmaeus noch vergleichsweise gering. Die Mückenfledermaus ist neben der Zwergfledermaus die kleinste einheimische Art und ähnelt dieser sehr. Die Körperoberseite weist eine hellere Färbung auf als die der Zwergfledermaus. Adulte Männchen besitzen einen orangefarbenen Penis ohne sichtbares weises Mittelband. Die Ohrbasis ist am Grund aufgehellt. Das Rufamplitudenmaximum der Ortungslaute liegt bei ca. 55 kHz, teilweise auch darüber.
Gemas Artikel 11 der FFH-Richtlinie ist ein Monitoring des Erhaltungszustandes der Arten von gemeinschaftlicher Bedeutung durchzufuhren. Weiterhin ist nach Artikel 12 eine fortlaufende Überwachung des unbeabsichtigten Fangs oder Tötens der Anhang IV-Tierarten vorgeschrieben, worauf gegebenenfalls weiterführende Erhaltungsmaßnahmen und Forschung aufbauen sollen. Im § 40 BNatSchG wird dieses Monitoring in die Verantwortung der Bundesländer übergeben.