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The current pandemic situation caused by the Betacoronavirus SARS-CoV-2 (SCoV2) highlights the need for coordinated research to combat COVID-19. A particularly important aspect is the development of medication. In addition to viral proteins, structured RNA elements represent a potent alternative as drug targets. The search for drugs that target RNA requires their high-resolution structural characterization. Using nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy, a worldwide consortium of NMR researchers aims to characterize potential RNA drug targets of SCoV2. Here, we report the characterization of 15 conserved RNA elements located at the 5′ end, the ribosomal frameshift segment and the 3′-untranslated region (3′-UTR) of the SCoV2 genome, their large-scale production and NMR-based secondary structure determination. The NMR data are corroborated with secondary structure probing by DMS footprinting experiments. The close agreement of NMR secondary structure determination of isolated RNA elements with DMS footprinting and NMR performed on larger RNA regions shows that the secondary structure elements fold independently. The NMR data reported here provide the basis for NMR investigations of RNA function, RNA interactions with viral and host proteins and screening campaigns to identify potential RNA binders for pharmaceutical intervention.
The stem-loop (SL1) is the 5'-terminal structural element within the single-stranded SARS-CoV-2 RNA genome. It is formed by nucleotides 7–33 and consists of two short helical segments interrupted by an asymmetric internal loop. This architecture is conserved among Betacoronaviruses. SL1 is present in genomic SARS-CoV-2 RNA as well as in all subgenomic mRNA species produced by the virus during replication, thus representing a ubiquitous cis-regulatory RNA with potential functions at all stages of the viral life cycle. We present here the 1H, 13C and 15N chemical shift assignment of the 29 nucleotides-RNA construct 5_SL1, which denotes the native 27mer SL1 stabilized by an additional terminal G-C base-pair.
Die Atherosklerose stellt eine der Haupttodesursachen der westlichen Zivilisation dar. Die Karotisbifurkation ist eine der Lokalisationsorte für die Formierung einer atherosklerotischen Läsion, die sich nach Lumeneinengung schliesslich in neurologischen Symptomen bemerkbar machen kann. In einer fortgeschrittenen, symptomatisch gewordenen Karotisplaque kann als charakteristisches Merkmal oftmals ein in der Literatur unter dem Begriff der „Ruptur“ bekannte Oberflächendefekt ausgemacht werden. Es gibt allerdings gehäuft Hinweise über eine Thrombusausbildung auf einer intakten Plaqueoberfläche. Es wird vermutet, dass hier apoptotische Endothelzellen eine entscheidende Rolle bei Veränderungen der Gefässwand spielen, die letzlich für die Thrombusbildung verantwortlich ist. Aus diesen Überlegungen heraus untersuchten wir in der vorliegenden Studie das Ausmaß von Endothelzellapoptosen innerhalb eines Karotisplaque bei symptomatischen und asymptomatischen Patientengruppen. Insgesamt wurden 38 stationäre Patienten mit einer ≥70%-igen ACI-Stenose in die Studie eingeschlossen. Als symptomatisch galten die Patienten, die im Sinne von retinalen oder zerebralen TIA’s oder durch sog. „minor strokes“ in einem Zeitraum von 60 Tagen vor dem Operationstag auffällig geworden waren. Das asymptomatische Patientengut bestand aus den Patienten, bei denen die Karotisstenose als „Zufallsbefund“ aus Routineuntersuchungen in Klinik oder bei niedergelassenen Kollegen entdeckt wurde. Die Plaques wurden “en bloc” exzidiert. In den überwiesenden 33 Fällen wurde die Eversionstechnik durch den Operateur angewendet, bei der das Restlumen unbeschädigt bleibt. Nach Entfernung wurden die Präparate umgehend in 4%-iges Formalin fixiert. Nach Dekalzifizierung erfolgte die transversale Sektionierung in 2mm Scheiben. Jeder 2mm Block wurde in Paraffin eingebettet. Insgesamt wurde dann die Gesamtheit aller 279 Blöcke weiter in 3μm dicke Sektionen geschnitten. Das Vorliegen einer rupturierten Gefässwand wurde als ein intimaler Defekt grösser als 1000μm Breite definiert und für jedes Präparat dokumentiert. Die vitalen Zellen der Endothelschicht wurden durch ein standardisiertes Färbeprotokoll (CD31 Immunhistochemie) sichtbar gemacht. Apoptotische Endothelzellen konnten nach Anwendung der TUNEL-Technik visualisiert werden. Die Färbemethoden wurden jeweils zur Orientierung an angrenzenden Sektionen des Plaques durchgeführt. Die Bilder wurden digitalisiert und bei 40-facher Vergrösserung ausgezählt. Eine Endothelzelle wurde als apoptotisch gewertet, wenn sie jeweils eine positive CD31-Markierung sowie eine positive TUNEL-Färbung in angrenzenden Gewebsschnitten auf sich vereinte. Um das Ausmass der Apoptosen in den Reihen des Endothels zu quantifizieren wurde zunächst die Prozentzahl apoptotischer Endothelzellen pro Plaque Sektion ermittelt und anschliessend durch Berechnung des Medians aller konsekutiven Sektionen die mittlere Prozentzahl apoptotischer Zellen erhoben. Insgesamt war das Auftreten von Apoptose innerhalb des Endothel rar; trotzdem zeigte die symptomatischen Patientengruppe eine signifikant höhere mittlere Prozentsatz apoptotischer Endothelzellen im Vergleich zu dem asymptomatischen Kollektiv. Zwischen den rupturierten und unrupturierten Plaques konnte kein signifikantes Ergebnis erzielt werden, beide Gruppen unterschieden sich kaum. Trotz des möglichen Stellenwerts apoptotischer Endothelzellen bei der fortgeschrittenen Atherosklerose existieren bis heute keine Studien, die das Ausmass derselben in Beziehung zu klinischen Symptomen gebracht haben. Bislang konnte der Nachweis dieser Zellreihe in atherosklerotischen Karotisplaques besonders im poststenotischen Bereich erbracht werden. Veränderungen lokaler Hämodynamik scheinen hier eine Rolle bei der Induktion von Apoptose zu spielen. Da in der hier vorliegenden Arbeit sich der Grad der Stenose kaum unterscheidet müssen alternative Wege bestehen, die Apoptose in atheromatösen Plaques fördert. Apoptotische Endothelien fördern ihrerseits prokoagulatorische Eigenschaften durch vermehrte Expression von thrombogenen Faktoren der Gerinnungskaskade. Das klassische Dogma der Plaqueruptur mit konsekutiver Freilegung des nekrotischen Kerns und Thrombusbildung muss daher erweitert werden, da nicht alle Plaques der vorliegenden Studie diese Oberflächendefekte aufwiesen. Durch das leichte Übergewicht des symptomatischen Kollektivs lassen sich diese Theorien der Apoptose als kritischer Faktor in der Progression atherosklerotischer Herde weiter untermauern, benötigen aber weitere Studien um unter Umständen völlig andere Mechanismen aufzudecken.
We report here the nuclear magnetic resonance 19F screening of 14 RNA targets with different secondary and tertiary structure to systematically assess the druggability of RNAs. Our RNA targets include representative bacterial riboswitches that naturally bind with nanomolar affinity and high specificity to cellular metabolites of low molecular weight. Based on counter-screens against five DNAs and five proteins, we can show that RNA can be specifically targeted. To demonstrate the quality of the initial fragment library that has been designed for easy follow-up chemistry, we further show how to increase binding affinity from an initial fragment hit by chemistry that links the identified fragment to the intercalator acridine. Thus, we achieve low-micromolar binding affinity without losing binding specificity between two different terminator structures.
We report results on the ratio of midrapidity antiproton-to-proton yields in Au+Au collisions at sqrt[sNN] = 130 GeV per nucleon pair as measured by the STAR experiment at RHIC. Within the rapidity and transverse momentum range of | y|<0.5 and 0.4<pt<1.0 GeV/c, the ratio is essentially independent of either transverse momentum or rapidity, with an average of 0.65±0.01(stat)±0.07(syst) for minimum bias collisions. Within errors, no strong centrality dependence is observed. The results indicate that at this RHIC energy, although the p-p-bar pair production becomes important at midrapidity, a significant excess of baryons over antibaryons is still present.
The first measurements of light antinucleus production in Au+Au collisions at the Relativistic Heavy-Ion Collider are reported. The observed production rates for d-bar and 3He-bar are much larger than in lower energy nucleus-nucleus collisions. A coalescence model analysis of the yields indicates that there is little or no increase in the antinucleon freeze-out volume compared to collisions at CERN SPS energy. These analyses also indicate that the 3He-bar freeze-out volume is smaller than the d-bar freeze-out volume.
We present the first measurement of midrapidity vector meson phi production in Au+Au collisions at RHIC (sqrt[sNN]=130 GeV) from the STAR detector. For the 11% highest multiplicity collisions, the slope parameter from an exponential fit to the transverse mass distribution is T=379±50(stat)±45(syst) MeV, the yield dN/dy=5.73±0.37(stat)±0.69(syst) per event, and the ratio N phi /Nh- is found to be 0.021±0.001(stat)±0.004(syst). The measured ratio N phi /Nh- and T for the phi meson at midrapidity do not change for the selected multiplicity bins.
We report the first measurement of inclusive antiproton production at midrapidity in Au+Au collisions at sqrt[sNN] = 130 GeV by the STAR experiment at RHIC. The antiproton transverse mass distributions in the measured transverse momentum range of 0.25<pperp<0.95 GeV/c are found to fall less steeply for more central collisions. The extrapolated antiproton rapidity density is found to scale approximately with the negative hadron multiplicity density.