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Drei Faktorenkomplexe sind von großer Bedeutung für die Qualität eines Fließgewässers als Lebensraum für Fische und Rundmäuler und somit auch für den Grad der Gefährdung vieler Fließgewässerarten : a) die ökomorphologische Strukturvielfalt, z.B. die Diversität der Breiten-, Tiefen- und Strömungsverhältnisse, b) die chemische Beschaffenheit sowie die akute oder chronische Belastung mit Abwässern und toxisch wirkenden Stoffeinträgen, c) die lineare Durchgängigkeit des gesamten Gewässersystems. Querverbauungen der Gewässer und dadurch ausgelöste Lebensraumzerschneidungen und d) Fragmentierungen verursachen häufig starke Störungen in den Fließgewässerlebensgemeinschaften.