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The NS5B protein of the hepatitis C virus (HCV) is a RNA-dependent RNA polymerase, which is the key enzyme for viral replication. It is recognized as one of the promising targets for antiviral intervention within the new HCV treatment approach of direct-acting antivirals (DAA). However, several of the known non-nucleoside HCV polymerase inhibitors (NNIs) identified by screening approaches show limitations in the coverage of all six major HCV genotypes (GT). Genotypic profiling therefore has to be implemented early in the screening cascade to discover new broadly active NNIs. This implies knowledge of the specific individual biochemical properties of polymerases from all GTs which is to date limited to GT 1 only. The work submitted here gives a comprehensive overview of the biochemical properties of HCV polymerases derived from all major GTs 1 - 6. Biochemical analysis of polymerases from 38 individual sequences revealed that the optima for monovalent cations, pH and temperature were similar between the GTs, whereas significant differences concerning concentration of the preferred cofactor Mg2+ were identified. Implementing the optimal requirements for the polymerases from each individual GT led to significant improvements in their enzymatic activities. However, the specific activity was distributed unequally across the GTs and could be ranked in the following descending order: 1b, 6a > 2a, 3a, 4a, 5a > 1a. Furthermore, the optimized assay conditions for GT profiling were confirmed by testing the inhibitory activity of four known prototype NNIs, each addressing one of the four NNI binding sites. Additionally, a novel NNI chemotype - identified by screening - is described, the substituted N-phenyl-benzenesulphonamides (SPBS). This inhibitor class showed reversible inhibition of NS5B from HCV 1b Con1 with IC50 values up to 39 nM. Based on the decreased inhibitory activity against a recombinant NS5B protein carrying the mutation L419M, it was assumed that the SPBS inhibitors bound to the thumb site II as it has been described for the carboxy thiophene inhibitors. The postulated binding site was consequently confirmed by analysing a provided co-crystal structure of NS5B in complex with a SPBS analogue. Notably, the two SPBS analogues SPBS-1 and SPBS-2 reported here revealed significant differences in addressing the NH-group of the main chain Y477 by hydrogen-bonds, watermediated or directly, which provoked a shift of the carboxyphenyl group of the inhibitors towards the H475 position for the water-mediated binding mode. Interestingly, the differences observed in the binding mode led to a different cross resistance profile at positions M423 and I482. Using the previously optimized biochemical primer-dependent transcription assay, inhibitory activity of the SPBS could be demonstrated against polymerases from HCV GTs 1a and 1b whereas the inhibitor class failed to inhibit any of the non-GT 1 polymerases. Furthermore, initial antiviral activity for SPBS was demonstrated against the subgenomic replicons of HCV GTs 1a and 1b, respectively, and no considerable cytotoxic potential against a panel of ten different cell types. Finally, concerning a possible future treatment without PEG-IFN α or ribavirin, the SPBS analogues were found to display additive to synergistic effects in combination with the benzothiadiazine, the benzofuran and the indole - representative inhibitors for the binding sites palm I, palm II and thumb I, repectively - in the biochemical assay. Within the same binding site as the SPBS, the reference compound hydroxydihydropyranone displayed additive interactions only with the benzothiadiazine (palm I) in the biochemical assay as well as in cell culture. Hence it could be concluded that, having characterized one individual NNI, no universal predication is possible concerning the combinatory behaviour of NNIs binding to the same binding site. As synergistic, antagonistic or additive interactions are inhibitor-dependent (not binding sitedependent) each novel NNI has to be characterized individually in one-to-one combinations.
Etablierung und Optimierung eines neuartigen Papillomvirus-Tiermodells für pharmakologische Studien
(2001)
Papillomviren sind kleine nicht umhüllte DNA Viren, welche zu der Gruppe der Papovaviren gehören. Bis heute sind über 80 humanpathogene Papillomviren charakterisiert worden, welche spezifisch die Haut oder Schleimhaut infizieren und dort meist Benigne Tumore, wie z. B. vulgäre Warzen, Larynxpapillome oder genitale Warzen (Kondylome), induzieren. Bei langjähriger Persistenz des viralen Genoms und partieller Expression der viralen Gene können die Warzen jedoch maligne entarten und Karzinome bilden. Hurnane Papillomviren sind die am häufigsten sexuell übertragenen Infektionserreger, daher sind vor allem die malignen genitalen Turnore, wie das Zervixkarzinom, eine der häufigsten malignen Erkrankungen der Frau, mit 500.000 neuen Fällen jährlich weltweit, klinisch relevant. Derzeit wird zudem über eine mögliche Rolle der Papillomviren bei der Entstehung von Hautkrebs diskutiert. Der Vermehrungszyklus aller Papillomviren ist eng mit dem Differenzierungsgrad der infizierten Wirtszelle verknüpft. Die Replikation des viralen Genoms und die Synthese der Kapsidproteine findet bevorzugt in den terminal differenzierten Schichten des Epithels statt. Daher enllöglicht die Monolayer-Zellkultur keine Vermehrung von PV und erlaubt lediglich die Untersuchung begrenzter Ausschnitte im viralen Lebenszyklus. Dieser Umstand erschwert die Analyse später viraler Funktionen und ist auch eine Ursache dafiir, dass bis heute noch keine antiviral wirksame Therapie gegen Papillomviren existiert, ebenso wenig wie ein Impfstoff. Die Behandlung von Warzen beschränkt sich auf physikalische Methoden wie chirurgische Entfernung oder den Einsatz von Kryotherapie oder CO2-Laser, ohne dabei die virale DNA vollständig zu eliminieren. Zusätzlich werden fiir die Behandlung von HPV-Läsionen auch Substanzen mit immunmodulierenden Eigenschaften, wie z. B. Interferone und Imiquimod (Aldara TM), eingesetzt. Im Rahmen dieser Arbeit wurde ein Xenograft-Maus-Modell, das SCID-Bo-Modell, etabliert, bei welchem mit Bovinem Papillomvirus Typ 2 (BPV2) infizierte Kälberskrotalhaut auf den Rücken von SCID-Mäusen transplantiert wurde. Dieses Modell kann sowohl der Identifizierung von PV -inhibierenden Substanzen dienen als auch der Untersuchung des viralen Replikationszyklusses. Fünf Monate nach der Infektion bildeten sich Fibropapillome, welche die typische histologische Merkmale einer Papillomvirusinfektion (Akanthose, Papillomatose, Hyperkeratose, Koilocytose und Parakeratose) aufwiesen. Durch den Nachweis von Kapsidproteinen und der Produktion von infektiösen Viruspartikeln konnte zudem gezeigt werden, dass sich die im SCID-Bo-Modell induzierten Tumore nicht von natürlich vorkommenden Rinderwarzen unterschieden. Im Gegensatz zur nativen BPV2-DNA führte die Transfektion von einer gleich großen Menge an rekombinanter BPV2-DNA nur zu der Etablierung einer abortiven Infektion, bei welcher ausschließlich die friihen viralen Gene transkribiert und somit keine Viren produziert wurden. Diese Turnore zeigten außerdem nur einige schwach ausgeprägte morphologische Veränderungen der Epidermis und keine Proliferation der Dermis. Die Tumorbildung mittels rekombinanter virale DNA konnte weder durch die Verwendung eines Transfektions-Reagenzes noch durch die Erhöhung der Input-DNA entscheidend verbessert werden. Das E2-Protein ist das wichtigste Regulatorprotein der Papillomviren. Es ist nicht nur für die Replikation essentiell, sondern es reguliert auch die virale Transkription. Dennoch ist die Funktionen der einzelnen E2-Bindungsstellen (E2BS), welche in mehreren Kopien über das virale Genom verteilt sind, weitgehend unbekannt. Zwei in der nicht kodierenden Region liegende E2BS, E2BSS und E2BS8 wurden mutiert und in Zellkultur sowie im SCID-Bo-Modell getestet. Es konnten jedoch weder in C127-Zellen noch im Tiermodell Unterschiede zwischen Wildtyp und Mutanten in Hinblick auf die untersuchten Merkmale festgestellt werden. Auch in diesem Versuchsansatz konnte durch die Transfektion der rekombinanten viralen DNA nur eine abortive Virusinfektion etabliert werden. Das SCID-Bo-Modell eignet sich daher nur bedingt für genetische Studien mit in Bakterien synthetisierter Papillomvirus-DNA, da in dem bestehenden Modell nur die Auswirkungen auf frühe Ereignisse der Infektion untersucht werden können. Restriktionsanalysen mit den methylierungssensitiven Euzymen Hpall/Mspl und Hhal ergaben, dass die Unterschiede in der Tumorbildung bei Verwendung von rekombinanter und nativer DNA wahrscheinlich auf ein unterschiedliches Methylierungsmuster der CpG-Motive in den BPV2-Genomen zurückzuführen sind. Diese Annahme wird durch die Beobachtung gestützt, dass auch in Cl27-Zellen passagierte rekombinante BPV2-DNA nur zu der Induktion von Tumoren führt, welche keine Fibrombildung zeigten. Das hier auf Grundlage des Xenograft-Maus-Modells etablierte Tiermodellsystem ermöglicht die Untersuchung des viralen Replikationszyklus und die Produktion von Viren. Außerdem bietet das SCID-Bo-Model wegen seiner hohen Reproduzierbarkeit die idealen Bedingungen für die Identifikation antiviraler Substanzen. Für die Untersuchung von Virusmutanten eignet sich dieses Modellsystem jedoch nur bedingt. Weitere Versuche mit dem Ziel, die Tumorinduktion durch rekombinante DNA zu optimieren, und die Aufklärung der Gen-Regulation sind notwendig, um genetische Studien auch im Tiermodell durchführen zu können.
Das Thema der vorliegenden Promotion war die Aufklärung von Neutralisationsmechanismen auf Lymphozyten und Makrophagen unterschiedlicher primärer HIV-1-Subtypen im Verlauf der Krankheitsprogression. Ausgangspunkt für die Experimente war die Tatsache, dass humane Seren von HIV-1 infizierten Patienten bereits kurz nach der Serokonversion autologe Virusisolate auf Makrophagen, nicht aber auf Lymphozyten neutralisieren können (Ruppach et al., 2000). Bei Neutralisationsexperimenten mit einem dem V3-loop des gp120 komplementären P1 -Peptids (Subtyp B), sollte der Nachweis von neutralisierenden Antikörpern im Serum erbracht werden. Weiterhin sollte gezeigt werden, inwieweit die Neutralisation auf Makrophagen durch V3-Antikörper begründet ist. Nach erfolgter Neutralisation auf Makrophagen mit und ohne P1-Peptidvorinkubation konnte gezeigt werden, dass es zu keinen Veränderungen im Neutralisationsverhalten durch Vorinkubation mit einem V3-Peptid gekommen war. Daraus ließ sich folgern, dass es nicht die V3-Antikörper sind, die eine Neutralisation auf Makrophagen hervorrufen können. Als nächstes wurde das Neutralisationsverhalten eines frühen lsolates (8 Monate nach der Infektion) und einer späten Folgeprobe (27 Monate nach der Infektion) durch autologes Serum auf Lymphozyten und auf Makrophagen verglichen. Dabei konnte gezeigt werden, dass sowohl Ursprungs- wie auch Folgeisolat auf Makrophagen eine große Neutralisationsaktivität aufweisen, die auf Lymphozyten fehlt. Um besser eingrenzen zu können, welche Antikörper bei Neutralisationsreaktionen auf Makrophagen eine Rolle spielen, wurden Neutralisationsexperimente mit Serumimmunglobulinen eines frühen Isolates durchgeführt. Als Ergebnis konnte festgehalten werden, dass autologe IgG' s auf Makrophagen eine Neutralisationsreaktion herbeiführen können. Weiterhin stellte sich die Frage, ob autologe Immunglobuline in der Lage sind, heterologe Virusisolate zu neutralisieren. Dabei zeigte sich, dass im Test unterschiedlicher Subtypen, es zu einer hohen Kreuzneutralisationsaktivität gekommen war. Zusammenfassend konnte im Verlauf der Promotion erfolgreich dargestellt werden, dass die Serumimmunglobuline für die Neutralisation auf Makrophagen verantwortlich sind und, dass diese heterologe Eigenschaften besitzen.