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The epitranscriptome embodies many new and largely unexplored functions of RNA. A major roadblock in the epitranscriptomics field is the lack of transcriptome-wide methods to detect more than a single RNA modification type at a time, identify RNA modifications in individual molecules, and estimate modification stoichiometry accurately. We address these issues with CHEUI (CH3 (methylation) Estimation Using Ionic current), a new method that concurrently detects N6-methyladenosine (m6A) and 5-methylcytidine (m5C) in individual RNA molecules from the same sample, as well as differential methylation between any two conditions. CHEUI processes observed and expected nanopore direct RNA sequencing signals with convolutional neural networks to achieve high single-molecule accuracy and outperforms other methods in detecting m6A and m5C sites and quantifying their stoichiometry. CHEUI’s unique capability to identify two modification types in the same sample reveals a non-random co-occurrence of m6A and m5C in mRNA transcripts in cell lines and tissues. CHEUI unlocks an unprecedented potential to study RNA modification configurations and discover new epitranscriptome functions.
The epitranscriptome embodies many new and largely unexplored functions of RNA. A major roadblock in the epitranscriptomics field is the lack of transcriptome-wide methods to detect more than a single RNA modification type at a time, identify RNA modifications in individual molecules, and estimate modification stoichiometry accurately. We address these issues with CHEUI (CH3 (methylation) Estimation Using Ionic current), a new method that concurrently detects N6-methyladenosine (m6A) and 5-methylcytidine (m5C) in individual RNA molecules from the same sample, as well as differential methylation between any two conditions. CHEUI processes observed and expected nanopore direct RNA sequencing signals with convolutional neural networks to achieve high single-molecule accuracy and outperforms other methods in detecting m6A and m5C sites and quantifying their stoichiometry. CHEUI’s unique capability to identify two modification types in the same sample reveals a non-random co-occurrence of m6A and m5C in mRNA transcripts in cell lines and tissues. CHEUI unlocks an unprecedented potential to study RNA modification configurations and discover new epitranscriptome functions.
The epitranscriptome embodies many new and largely unexplored functions of RNA. A major roadblock in the epitranscriptomics field is the lack of transcriptome-wide methods to detect more than a single RNA modification type at a time, identify RNA modifications in individual molecules, and estimate modification stoichiometry accurately. We address these issues with CHEUI (CH3 (methylation) Estimation Using Ionic current), a new method that concurrently detects N6-methyladenosine (m6A) and 5-methylcytidine (m5C) in individual RNA molecules from the same sample, as well as differential methylation between any two conditions. CHEUI processes observed and expected nanopore direct RNA sequencing signals with convolutional neural networks to achieve high single-molecule accuracy and outperforms other methods in detecting m6A and m5C sites and quantifying their stoichiometry. CHEUI’s unique capability to identify two modification types in the same sample reveals a non-random co-occurrence of m6A and m5C in mRNA transcripts in cell lines and tissues. CHEUI unlocks an unprecedented potential to study RNA modification configurations and discover new epitranscriptome functions.
Buch des Monats Oktober 2022
(2022)
Kurzvorstellung der folgenden Publikation:
Mann, William Benson: Das Leben und das Bekenntniß sowie die schauderhaften Verbrechen des Anton Probst, des Mörders der Familie Deering : nebst einer wahrheitsgetreuen Geschichte vieler der scheußlichsten und geheimnißvollsten Morde, die hier und in anderen Ländern begangen wurden. - 12 Illustrationen. - Philadelphia : Verlag von Barclay & Co., 1866. - Seiten 39 - 109.
Der Beitrag sucht Georg Christoph Lichtenbergs Position im Sprachdenken der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts zu bestimmen. Diese ist durch eine Kombination von anthropologischen und technisch-pragmatischen, sprachhandwerklichen Überlegungen zur "Wörterfertigung" geprägt, bei der Fragen von Lexik und Nomenklatur im Vordergrund stehen. Zu den Leitkriterien des guten Stils gehören Lichtenberg zufolge Wahrheit und Genauigkeit sowie Natürlichkeit und Individualisierung.
Der Beitrag untersucht den Gebrauch des Tonbegriffs im ästhetischen und poetologischen Diskurs des mittleren und späten 18. Jahrhunderts. Ausgangspunkt dafür ist eine Verhältnisbestimmung der Termini Schreibart, Stil und Ton, aus der die gattungspoetologische Bedeutung des Tons hervorgeht. Entgegen dem seit der romantischen Ästhetik dominanten Verständnis verbindet die Dichtungstheorie des 18. Jahrhunderts (Friedrich Gottlieb Klopstock, Johann Joachim Eschenburg, Johann Jakob Engel, Johann Christoph Adelung) mit dem Begriff nicht nur die klangliche Dimension von Literatur, sondern auch eine affektive Grundierung von Gattungsformen und ein Konzept für die Beschreibung von gattungshybriden Texten.
Am Nachdruck, wie er bei Johann Christoph Gottsched, Johann Jacob Bodmer, Johann Jacob Breitinger, Johann Georg Sulzer und Johann Gottfried Herder diskutiert wird, lässt sich exemplarisch beobachten, wie eine Gruppe von rhetorischen Verfahren zur Kennzeichnung von nationalen Kollektivstilen ausgebaut wird. Eine wichtige Voraussetzung für die Ausweitung des Nachdrucks von einer Stilfigur zu einem 'nachdrücklichen Stil', so die hier verfolgte These, ist der über physikalische Leitvorstellungen von Druck, Stoß und Wurf geleistete metaphorische Anschluss an ästhetische Kraftvorstellungen.
Der Begriff des 'körnigen Stils' steht in der Sprach- und Literaturkritik des 18. Jahrhunderts für eine kurze und gehaltvolle, oft auch als 'nachdrücklich' beschriebene Schreibart. Im Literaturstreit zwischen Johann Christoph Gottsched und den 'Schweizern' erlangte er zugleich programmatische und polemische Bedeutung. Im Zentrum des Aufsatzes steht die für das 'Körnige' konstitutive Konstellation von Kürze, Kraft und Konkretion. Ausgehend von Theodor W. Adornos stilsoziologischer Beobachtung, dass der lakonische Stil in Briefen des 18. Jahrhunderts Ausdruck bürgerlicher Notdurft sei, zeige ich an Texten von Johann Christoph Adelung, Johann Jacob Breitinger, Gottfried Wilhelm Leibniz und Johann Gottfried Herder, dass das Stilideal des Körnigen im 18. Jahrhundert mit dem Streben nach einer Erneuerung und Bereicherung der deutschen Schriftsprache einherging. Zum Kapital, aus dem diese neue Sprache sich speisen sollte, gehörte das ausdifferenzierte Vokabular des Handwerks und des Handels. Der zeitgenössischen Theorie zufolge stellte der körnige Stil also weniger die Notdurft als den Reichtum und die Sprachmächtigkeit des Bürgertums zur Schau.