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IHMCIF: an extension of the PDBx/mmCIF data standard for integrative structure determination methods
(2024)
IHMCIF (github.com/ihmwg/IHMCIF) is a data information framework that supports archiving and disseminating macromolecular structures determined by integrative or hybrid modeling (IHM), and making them Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable (FAIR). IHMCIF is an extension of the Protein Data Bank Exchange/macromolecular Crystallographic Information Framework (PDBx/mmCIF) that serves as the framework for the Protein Data Bank (PDB) to archive experimentally determined atomic structures of biological macromolecules and their complexes with one another and small molecule ligands (e.g., enzyme cofactors and drugs). IHMCIF serves as the foundational data standard for the PDB-Dev prototype system, developed for archiving and disseminating integrative structures. It utilizes a flexible data representation to describe integrative structures that span multiple spatiotemporal scales and structural states with definitions for restraints from a variety of experimental methods contributing to integrative structural biology. The IHMCIF extension was created with the benefit of considerable community input and recommendations gathered by the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Task Force for Integrative or Hybrid Methods (wwpdb.org/task/hybrid). Herein, we describe the development of IHMCIF to support evolving methodologies and ongoing advancements in integrative structural biology. Ultimately, IHMCIF will facilitate the unification of PDB-Dev data and tools with the PDB archive so that integrative structures can be archived and disseminated through PDB.
Der Mensch ist ein emotionales Tier: Gefühle beeinflussen jedes menschliche Verhalten – auch jenes von Wissenschaftler/innen. Meist wird diese Emotionalität im Dienst wissenschaftlicher Objektivität vermieden oder unterdrückt. Dabei hat sie entscheidenden Anteil an Erkenntnisprozessen sowohl in der Generierung von Daten als auch in deren Interpretation und in der Präsentation von Wissensbeständen. Dies gilt ganz besonders für die Primatologie, gerade dort, wo mit unseren nächsten Artverwandten, den anderen Affen, im Feld geforscht wird. Primatologische Erkenntnisse wiederum affizieren ein großes Publikum und können deswegen leicht popularisiert werden. - Diese Open-Access-Publikation untersucht anhand primatologischer Forschungsmemoiren die Form und Funktion von Emotionen, Affekten und Gefühlen in der Feldforschung, die Affektpoetik und Emotionsregime der Primatologie sowie die Rolle, welche Fiktionen für die Reflexion des Verhältnisses von Mensch, Affe und Affekt spielen. Sie stellt damit die Frage nach der Rolle von Emotionalität in der Primatologie als Frage nach den epistemischen, poetologischen und politischen Grundlagen einer gegenwärtigen Leitwissenschaft der Anthropologie.
Seit dem Einzug der digitalen Netzwerktechnologie ist das Urheberrecht zu einem heftig umkämpften Politikum geworden. Dies gilt auch im Hinblick auf „Wissenschaft“ als urheberrechtlichen Schutzgegenstand. Ob das Verhältnis zwischen Urheberrecht und Wissenschaft allerdings überhaupt als problematisch erscheint und welche Lösungsansätze für einen ggf. wahrgenommenen Konflikt präferiert werden, hängt maßgeblich von der Perspektive ab. Der Beitrag unterscheidet insoweit eine urheberrechtliche von einer wissenschaftstheoretisch/-soziologischen Betrachtungsweise. Es zeigt sich, dass nur Letztere geeignet ist, den gegenwärtig stattfindenden, grundlegenden Wandel des wissenschaftlichen Kommunikationssystems zu erklären und adäquate Regulierungsvorschläge zu entwickeln.
Sowohl die exklusive Vermarktung steuerfinanzierter wissenschaftlicher Werke durch Verlage als auch das Wissenschaftsurheberrecht stehen seit längerem in der Kritik. Die Open-Access-Bewegung tritt dafür ein, dass überwiegend öffentlich geförderte wissenschaftliche Ergebnisse frei im Internet verfügbar sein sollen. Die Implementierung dieses Ideals stößt aber auf erhebliche Beharrungskräfte. Deshalb gehen öffentliche Forschungsförderer vermehrt dazu über, Wissenschaftler zu Open-Access-Publikationen zu verpflichten. Der Beitrag skizziert die rechtlichen Maßnahmen, die ergriffen werden müssten, um Open Access zum Goldstandard der wissenschaftlichen Veröffentlichung zu küren. Ferner geht der Beitrag der Frage nach, ob ein solches Regelwerk Grundrechte der Verlage und der Wissenschaftler verletzen würde.
Wird die Welt friedlicher? Welche Brettspiele spielen US-Amerikanische Geheimdienstler? Wie sieht die Weltkarte der Korruption aus und wie wird sie bekämpft? Mit welchen Schwierigkeiten kämpfen Blogger in Kuba, Iran und China? Und was bedeutet es eigentlich ein open-access Journal zu gründen? All das in dieser Netzschau – viel Spaß!
"Digitalisierung" bedeutet für die Germanistik weit mehr als die Entwicklung neuer digitaler Forschungsmethoden und die Identifizierung von Forschungsfeldern im Bereich der "Digital Humanities". Die Digitalisierung verändert das Fach vielmehr grundlegendund geht mit einem tiefgreifenden forschungskulturellen Wandel einher, der weitreichende Konsequenzen sowohl für das Selbstverständnis als auch für die Forschungs- und Kommunikationspraxis in der Germanistik hat.
Wissenschaftsnahes Publizieren im digitalen Zeitalter : oder: Machen wir es doch einfach selber!
(2019)
Warum publizieren wir Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler unsere Arbeitsergebnisse nicht einfach selber für jeden frei zugänglich im Netz, zum Beispiel auf der Internetseite unseres Instituts oder in einem zentralen Online-Fachrepositorium (wie z.B. GiNDok des Fachinformationsdienstes Germanistik)? Die Digitalisierung macht's möglich, denn sie befreit den Publikationsvorgang von einer Fessel, in die ihn die Erfindung Gutenbergs - der Buchdruck mit beweglichen Lettern - dereinst gelegt hatte: Jahrhundertelang benötigte jeder, der einen Text veröffentlichen wollte, einen Verleger, der ihm den relativ teuren Publikationsvorgang vorfinanzierte und sich den Kapitaleinsatz dann durch einen erheblichen Anteil am Verkaufserlös der gedruckten Exemplare plus saftiger Gewinne wieder zurückholte. Nun aber kosten Reproduktion und Verbreitung so gut wie nichts mehr, Webspace steht in Hülle und Fülle zur Verfügung.
Edition und Open Access
(2005)
Der Wiener Kanoniker Ladislaus Sunthaim, einer der um 1500 am historisch-genealogischen Forschungsprojekt Maximilians I. tätigen Gelehrten, wurde von Fritz Eheim - unter anderem in seiner leider ungedruckt gebliebenen Prüfungsarbeit am IfÖG 1950 - als einer jener reisenden Historiker in der Zeit des Humanismus porträtiert, die unter anderem in Klosterarchiven und -bibliotheken nach verborgenen Quellenschätzen fahndeten. Im Zeitalter von Kopie und Mikrofilm ist es wesentlich einfacher geworden, an entlegene handschriftliche Quellen zu kommen. Heutzutage macht sich der reisende Historiker auf den Weg, um in anderen Bibliotheken und Forschungsinstituten umfangreiche kommerzielle Datenbanken und digitale Sammlungen zu konsultieren, die sich die eigene Institution nicht leisten kann oder will, denn ein unkomplizierter Fernzugriff ist aus urheber- und lizenzrechtlichen Gründen nicht möglich.
Insgesamt ist die mediävistische Germanistik, speziell die Literaturwissenschaft, trotz ›digital turn‹ in der deutschsprachigen Blogosphäre unterrepräsentiert. Linguist*innen sind bei der Gestaltung von Blogs, die nicht an eine Institution angebunden sind, viel aktiver.
Während solche Plattformen und sozialen Medien von Linguist*innen und Historiker*innen häufig zur Fachkommunikation und darüber hinaus genutzt werden, ist für die mediävistische Germanistik eine große Berührungsscheu zu
diagnostizieren. Als Gründe dafür sind eine traditionelle Veröffentlichungsstruktur, Angst vor Prestigeverlust oder Fremdeln mit den Digital Humanities an sich denkbar. Es stellt sich auch die Frage, welchen Wert das Bloggen für die
eigene Publikationsliste haben kann, wenn z.B. ein halb-privat initiiertes Word-Press-Blog keine Qualitätskontrolle der Beiträge außer der die Beiträge verfassenden Person(en) selbst aufweist. Insgesamt ist die Ältere deutsche Literatur
also in diesem ›Limbo‹ so gut wie nicht vertreten. Das interdisziplinäre 'Mittelalterblog' bietet mediävistischen Germanist*innen eine Möglichkeit, diese Bedenken zu reevaluieren. Im Folgenden sollen daher die Entstehung des Projektes, seine Publikationsformate und auch der Bezug zur
Älteren deutschen Literatur- und Sprachwissenschaft beschrieben werden.
Interview mit Matthias Fromm: "In Deutschland fehlt es an Grundoffenheit gegenüber Open Science"
(2013)
Matthias Fromm lebt, studiert und arbeitet in Berlin und zu einem nicht geringen Teil im Internet. Beruflich beschäftigt er sich vor allem mit dem Einsatz von Medientechnologien im Bildungssektor und der Kommunikation in den Bereichen IT und Wissenschaft. Privat bloggt und podcastet er neben Wissenschaftskommunikation über verschiedenste andere Themen, seit Januar diesen Jahres betreibt er zum Beispiel das Open Science Radio. Wir sprachen mit ihm über seine Erfahrungen mit dem Wissenschaftsbloggen, Open Science und Wissenschafts-Crowdfunding.