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IHMCIF: an extension of the PDBx/mmCIF data standard for integrative structure determination methods
(2024)
IHMCIF (github.com/ihmwg/IHMCIF) is a data information framework that supports archiving and disseminating macromolecular structures determined by integrative or hybrid modeling (IHM), and making them Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable (FAIR). IHMCIF is an extension of the Protein Data Bank Exchange/macromolecular Crystallographic Information Framework (PDBx/mmCIF) that serves as the framework for the Protein Data Bank (PDB) to archive experimentally determined atomic structures of biological macromolecules and their complexes with one another and small molecule ligands (e.g., enzyme cofactors and drugs). IHMCIF serves as the foundational data standard for the PDB-Dev prototype system, developed for archiving and disseminating integrative structures. It utilizes a flexible data representation to describe integrative structures that span multiple spatiotemporal scales and structural states with definitions for restraints from a variety of experimental methods contributing to integrative structural biology. The IHMCIF extension was created with the benefit of considerable community input and recommendations gathered by the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Task Force for Integrative or Hybrid Methods (wwpdb.org/task/hybrid). Herein, we describe the development of IHMCIF to support evolving methodologies and ongoing advancements in integrative structural biology. Ultimately, IHMCIF will facilitate the unification of PDB-Dev data and tools with the PDB archive so that integrative structures can be archived and disseminated through PDB.
Zentrale Voraussetzung einer differenzierten Bewertung der germanistischen Online-Lehre wäre, zunächst die Rolle der Germanistik in der digitalen Gesellschaft sowie den Wert digitaler Bildung zu bestimmen. Dazu wiederum wäre es wichtig, das Wissen, die Methoden, die Begriffe und Fragestellungen der Germanistik in ein Verhältnis zu den Potenzialen und Problemen der digitalen Gesellschaft zu setzen. Zwar adressieren Arbeitsgruppen in den Fachverbänden diese Aufgabe, die germanistischen Teildisziplinen gehen damit aber unterschiedlich um. Als Teildisziplin hat somit auch eine medienkulturwissenschaftlich ausgerichtete (Gegenwarts-)Literaturwissenschaft die Pflicht, nach den Folgen des Medienwandels und der vernetzten Kommunikation im World Wide Web für die Literatur, ihren Betrieb und für die literaturwissenschaftliche Forschung und Lehre zu fragen. Auf einer Konferenz zum Thema "Während und nach Corona: Digitale Lehre in der Germanistik" erscheinen vor diesem Hintergrund zwei Fragen besonders relevant: 1. Welche digitalen Standards und Erkenntnisse müsste die Germanistik etablieren, um gelungene Lehre in der digitalen Kultur überhaupt bewerten zu können? 2. Wie wäre ein Teilbereich der germanistischen Literaturwissenschaft als Netzliteraturwissenschaft zu konzipieren, der das notwendige Wissen über die vernetzte Kommunikation in der digitalen Gesellschaft bereithält und zur Etablierung von Standards des digitalen germanistischen Lernens beitragen könnte?
Der Mensch ist ein emotionales Tier: Gefühle beeinflussen jedes menschliche Verhalten – auch jenes von Wissenschaftler/innen. Meist wird diese Emotionalität im Dienst wissenschaftlicher Objektivität vermieden oder unterdrückt. Dabei hat sie entscheidenden Anteil an Erkenntnisprozessen sowohl in der Generierung von Daten als auch in deren Interpretation und in der Präsentation von Wissensbeständen. Dies gilt ganz besonders für die Primatologie, gerade dort, wo mit unseren nächsten Artverwandten, den anderen Affen, im Feld geforscht wird. Primatologische Erkenntnisse wiederum affizieren ein großes Publikum und können deswegen leicht popularisiert werden. - Diese Open-Access-Publikation untersucht anhand primatologischer Forschungsmemoiren die Form und Funktion von Emotionen, Affekten und Gefühlen in der Feldforschung, die Affektpoetik und Emotionsregime der Primatologie sowie die Rolle, welche Fiktionen für die Reflexion des Verhältnisses von Mensch, Affe und Affekt spielen. Sie stellt damit die Frage nach der Rolle von Emotionalität in der Primatologie als Frage nach den epistemischen, poetologischen und politischen Grundlagen einer gegenwärtigen Leitwissenschaft der Anthropologie.
This open access book presents a unique collection of practical examples from the field of pharma business management and research. It covers a wide range of topics such as: "Brexit and its Impact on pharmaceutical Law - Implications for Global Pharma Companies", "Implementation of Measures and Sustainable Actions to Improve Employee's Engagement", "Global Medical Clinical and Regulatory Affairs (GMCRA)", and "A Quality Management System for R&D Project and Portfolio Management in a Pharmaceutical Company".
The chapters are summaries of master’s theses by "high potential" Pharma MBA students from the Goethe Business School, Frankfurt/Main, Germany, with 8-10 years of work experience and are based on scientific know-how and real-world experience. The authors applied their interdisciplinary knowledge gained in 22 months of studies in the MBA program to selected practical themes drawn from their daily business.
Digitales Publizieren umfasst eine Vielfalt von Praktiken, die vom Tweet über den wissenschaftlichen Artikel in einer Online-Zeitschrift bis zum Bloggen reicht. Die online technisch vereinfachte Selbstpublikation hat zur Folge, dass die Strukturierung der wissenschaftlichen Landschaft von anderen medialen Voraussetzungen ausgeht, als es in der Printwelt der Fall ist, in der Qualitätskontrolle zwangsläufig vor der Publikation kommt.
In disem Beitrag möchte ich argumentieren, dass die Germanistik diese neuen medialen Bedingungen nicht als Verlust über die Qualitätskontrolle bzw. als Bedrohung wahrnehmen muss und dass im Gegenteil konkrete Vorschläge angebracht sind, damit die Fachgemeinschaft sich diese medialen Voraussetzungen aneignet und sie für sich fruchtbar macht. Die folgenden Überlegungen basieren auf einer Betrachtung der Publikation an sich, die sich nicht in Selbstpublikation einerseits und evaluierter Publikation andererseits gliedert, sondern die öffentliche Verbereitung von Informationen im digitalen Kontextals Grundlage nimmt. Der erste Teil befasst sich mit digitalen Publikationen und deren Bedeutung für die Germanistik, der zweite Teil mit der Philosophie von Open Access und deren möglicher Umsetzung.
Insgesamt ist die mediävistische Germanistik, speziell die Literaturwissenschaft, trotz ›digital turn‹ in der deutschsprachigen Blogosphäre unterrepräsentiert. Linguist*innen sind bei der Gestaltung von Blogs, die nicht an eine Institution angebunden sind, viel aktiver.
Während solche Plattformen und sozialen Medien von Linguist*innen und Historiker*innen häufig zur Fachkommunikation und darüber hinaus genutzt werden, ist für die mediävistische Germanistik eine große Berührungsscheu zu
diagnostizieren. Als Gründe dafür sind eine traditionelle Veröffentlichungsstruktur, Angst vor Prestigeverlust oder Fremdeln mit den Digital Humanities an sich denkbar. Es stellt sich auch die Frage, welchen Wert das Bloggen für die
eigene Publikationsliste haben kann, wenn z.B. ein halb-privat initiiertes Word-Press-Blog keine Qualitätskontrolle der Beiträge außer der die Beiträge verfassenden Person(en) selbst aufweist. Insgesamt ist die Ältere deutsche Literatur
also in diesem ›Limbo‹ so gut wie nicht vertreten. Das interdisziplinäre 'Mittelalterblog' bietet mediävistischen Germanist*innen eine Möglichkeit, diese Bedenken zu reevaluieren. Im Folgenden sollen daher die Entstehung des Projektes, seine Publikationsformate und auch der Bezug zur
Älteren deutschen Literatur- und Sprachwissenschaft beschrieben werden.
Wissenschaftsnahes Publizieren im digitalen Zeitalter : oder: Machen wir es doch einfach selber!
(2019)
Warum publizieren wir Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler unsere Arbeitsergebnisse nicht einfach selber für jeden frei zugänglich im Netz, zum Beispiel auf der Internetseite unseres Instituts oder in einem zentralen Online-Fachrepositorium (wie z.B. GiNDok des Fachinformationsdienstes Germanistik)? Die Digitalisierung macht's möglich, denn sie befreit den Publikationsvorgang von einer Fessel, in die ihn die Erfindung Gutenbergs - der Buchdruck mit beweglichen Lettern - dereinst gelegt hatte: Jahrhundertelang benötigte jeder, der einen Text veröffentlichen wollte, einen Verleger, der ihm den relativ teuren Publikationsvorgang vorfinanzierte und sich den Kapitaleinsatz dann durch einen erheblichen Anteil am Verkaufserlös der gedruckten Exemplare plus saftiger Gewinne wieder zurückholte. Nun aber kosten Reproduktion und Verbreitung so gut wie nichts mehr, Webspace steht in Hülle und Fülle zur Verfügung.
"Digitalisierung" bedeutet für die Germanistik weit mehr als die Entwicklung neuer digitaler Forschungsmethoden und die Identifizierung von Forschungsfeldern im Bereich der "Digital Humanities". Die Digitalisierung verändert das Fach vielmehr grundlegendund geht mit einem tiefgreifenden forschungskulturellen Wandel einher, der weitreichende Konsequenzen sowohl für das Selbstverständnis als auch für die Forschungs- und Kommunikationspraxis in der Germanistik hat.
›Digitalisierung‹ bedeutet für die Germanistik weit mehr als die Entwicklung neuer digitaler Forschungsmethoden und die Identifizierung von Forschungsfeldern im Bereich der ›Digital Humanities‹. Die Digitalisierung verändert das Fach vielmehr grundlegend und geht mit einem tiefgreifenden forschungs-kulturellen Wandel einher, der weitreichende Konsequenzen sowohl für das Selbstverständnis als auch für die Forschungs- und Kommunikationspraxis in der Germanistik hat. Konnte man vor 25 Jahren vielleicht noch glauben, dass >das Internet< lediglich zur Übersetzung altbekannter Arbeitstechniken und Formate in ein neues und deutlich bequemeres Medium führen würde, ist inzwischen evident, dass völlig neue Praktiken und Konzepte entstanden sind und weiterhin entstehen, die zu jenen der analogen Welt in einem komplexen Verhältnis stehen.
In order to consider the effects of online publishing on the career of researchers, as well as to encourage both its recognition and its improved positioning within the field and beyond, the CETAF Membership organized two workshops during which specific questions about scientific publishing in taxonomy were addressed: authorship citation and Open Access. The present opinion paper is the result of those workshops held on 19 October 2016 in Madrid and on 4 October 2017 in Heraklion. The discussions were aimed at reconciling the requirements of the relevant nomenclatural codes with recommendations for best practices that are adapted to the evolving landscape of e-publishing. By evaluating the different policies of a range of journals regarding authorship citation, we were able to recognise the conflicting and incoherent practices related to the citation of taxon authorships; an issue that is important to clarify for scientific (explicit source), practical (findability of source) and reputational (citation index) reasons. A collective policy on authorship citation also fits into the wider challenge faced by researchers and institutions, whereby interoperability and traceability become key priorities, both for facilitating access to scientific resources and for generating metrics that accurately represent the activities and output of the community. Publications resulting from publicly-funded research should be considered as an essential part of the research process and there has been a strong move towards Open Access, which increases visibility, citability, innovation and impact. Diverse models of Open Access have appeared in scientific publishing but while they each promote free access to the end user, they are not always equitable for the authors and funders of the original research. Herein we formulate recommendations for the relevant research communities and outline the advantages behind adopting a collective strategy towards the issues of authorship citation and Open Access.