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The Republic of Panama currently has 358 recorded species of Trichoptera. Herein we add 25 new country records for Panama. The newly recorded taxa increase Panama’s total known caddisfly fauna to 383 species, distributed among 15 families and 52 genera. These results are part of an ongoing effort to characterize the caddisfly fauna of Panama, and to evaluate that country’s major watersheds (cuencas).
Background: Understanding the location and cell-type specific binding of Transcription Factors (TFs) is important in the study of gene regulation. Computational prediction of TF binding sites is challenging, because TFs often bind only to short DNA motifs and cell-type specific co-factors may work together with the same TF to determine binding. Here, we consider the problem of learning a general model for the prediction of TF binding using DNase1-seq data and TF motif description in form of position specific energy matrices (PSEMs).
Methods: We use TF ChIP-seq data as a gold-standard for model training and evaluation. Our contribution is a novel ensemble learning approach using random forest classifiers. In the context of the ENCODE-DREAM in vivo TF binding site prediction challenge we consider different learning setups.
Results: Our results indicate that the ensemble learning approach is able to better generalize across tissues and cell-types compared to individual tissue-specific classifiers or a classifier applied to the data aggregated across tissues. Furthermore, we show that incorporating DNase1-seq peaks is essential to reduce the false positive rate of TF binding predictions compared to considering the raw DNase1 signal.
Conclusions: Analysis of important features reveals that the models preferentially select motifs of other TFs that are close interaction partners in existing protein protein-interaction networks. Code generated in the scope of this project is available on GitHub: https://github.com/SchulzLab/TFAnalysis (DOI: 10.5281/zenodo.1409697)
Background: Bidirectional promoters (BPs) are prevalent in eukaryotic genomes. However, it is poorly understood how the cell integrates different epigenomic information, such as transcription factor (TF) binding and chromatin marks, to drive gene expression at BPs. Single-cell sequencing technologies are revolutionizing the field of genome biology. Therefore, this study focuses on the integration of single-cell RNA-seq data with bulk ChIP-seq and other epigenetics data, for which single-cell technologies are not yet established, in the context of BPs.
Results: We performed integrative analyses of novel human single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data with bulk ChIP-seq and other epigenetics data. scRNA-seq data revealed distinct transcription states of BPs that were previously not recognized. We find associations between these transcription states to distinct patterns in structural gene features, DNA accessibility, histone modification, DNA methylation and TF binding profiles.
Conclusions: Our results suggest that a complex interplay of all of these elements is required to achieve BP-specific transcriptional output in this specialized promoter configuration. Further, our study implies that novel statistical methods can be developed to deconvolute masked subpopulations of cells measured with different bulk epigenomic assays using scRNA-seq data.
O presente artigo tem como objetivo analisar a construção de imagens discursivas de aprendizes em sumários e em atividades contidas em livros didáticos de Alemão como Língua Estrangeira (ALE), e de que modo essas construções antecipam que tipo de inserção esse aprendiz teria de/poderia ocupar nessa comunidade de produção/circulação de textos na língua alvo. Nesse sentido, o quadro teórico se constrói a partir da articulação entre a perspectiva polifônica da linguagem (BAKHTIN 2011), a noção de práticas discursivas (FOUCAULT 2004; MAINGUENEAU 2008) e o disciplinamento de saberes (FOUCAULT 2002), considerando a relevância de tal articulação para uma crítica à Linguística Aplicada a partir de Rocha e Daher (2015). Por meio das análises de livros didáticos de ALE, observamos a construção de imagens de aprendiz que parece retirá-lo das situações de interação, considerando-o mero espectador, que se ocupará de repetir sentenças e estruturas determinadas por uma simulação artificial de situações comunicativas, mais do que permitir a ele espaços de interação e de inserção nessas situações. Além disso, os materiais comunicam uma imagem de aprendiz-consumidor-turista, interessado em aprender a língua para fazer viagens, realidade essa distante da brasileira.
Dieser Aufsatz widmet sich den Problemen der "Medienphilosophie", die vor allem vom gerade erschienenen Handbuch der Medienphilosophie in aller Schärfe aufgeworfen wurden – auch vom Autor dieser Zeilen, der selbst mit einem Beitrag im Buch vertreten ist. Er ist so etwas wie der Versuch einer Klärung der Probleme, die sich in den letzten 50 Jahren in den Medien angesammelt haben.
Poetic encounter: Rhapsodies from the South is compilation of poems by Southern African Writers from South Africa and Zimbabwe. The poems, were written not only to depict life but also tell tales of socio-political and economic history that Southern African people traversed from colonialism, apartheid to freedom. Therefore, readers from all walks-of-life can identify with themes such as apartheid, economic deprivation, religion and culture, love and so forth that are carefully ensconced in this compilation. The authors invite the readers, to not only indulge the lived injustice and violent nature of both our historic past and trajectory to the current state of affairs, but also appreciate, cry, smile and reminiscence about the life in general as encapsulated in this refreshing and aesthetic work of art - the poetic encounter.
Neurons collect their inputs from other neurons by sending out arborized dendritic structures. However, the relationship between the shape of dendrites and the precise organization of synaptic inputs in the neural tissue remains unclear. Inputs could be distributed in tight clusters, entirely randomly or else in a regular grid-like manner. Here, we analyze dendritic branching structures using a regularity index R, based on average nearest neighbor distances between branch and termination points, characterizing their spatial distribution. We find that the distributions of these points depend strongly on cell types, indicating possible fundamental differences in synaptic input organization. Moreover, R is independent of cell size and we find that it is only weakly correlated with other branching statistics, suggesting that it might reflect features of dendritic morphology that are not captured by commonly studied branching statistics. We then use morphological models based on optimal wiring principles to study the relation between input distributions and dendritic branching structures. Using our models, we find that branch point distributions correlate more closely with the input distributions while termination points in dendrites are generally spread out more randomly with a close to uniform distribution. We validate these model predictions with connectome data. Finally, we find that in spatial input distributions with increasing regularity, characteristic scaling relationships between branching features are altered significantly. In summary, we conclude that local statistics of input distributions and dendrite morphology depend on each other leading to potentially cell type specific branching features.
Landwirtschaft ist der Hauptmotor der westafrikanischen Wirtschaft und Kleinbauern liefern fast 70 % des Nahrungsmittelbedarfs. Traditionell wird hauptsächlich Regenfeldbau betrieben, der durch geringen Agrarinput und die Nutzung von einfachen Werkzeugen wie Hacke und Buschmesser gekennzeichnet ist. Die Ernteerträge sind gering und die Bodenfruchtbarkeit sinkt schnell nach einigen Anbaujahren. Infolgedessen werden Wald- und Weidefläche gerodet und die Landdegradation wird beschleunigt. Dies hat direkte Auswirkungen auf die landwirtschaftliche Produktivität und die Ernährungssicherheit der Kleinbauern.
Die vorliegende Arbeit hat sich das Ziel gesetzt, sozio-ökonomische und geo-ökologische Faktoren, die den Landnutzungswandel in zwei Agrarökosystemen der Atakora Gebirgskette steuern, aufzudecken. Schließlich sollen ortsangepasste Maßnahmen vorgeschlagen werden, um die Agrarökosysteme wiederherzustellen und ihre Dienstleistungen für Kleinbauern zu erhalten.
Haushaltsbefragungen und Gruppendiskussionen wurden während Geländeaufenthalten in den Jahren 2014 und 2015 in den Dörfern der beiden Ethnien durchgeführt. Die Landnutzung und ihr Wandel werden über knapp 30 Jahre anhand von Bildern des Satellitensystems LANDSAT aus den Jahren 1987, 2001 und 2015 ausgewertet. Eine überwachte Klassifikation nach dem „Maximum Likelihood“-Klassifkationsalgorithmus und Veränderungs-analysen wurden durchgeführt. Zum Erfassen der Variabilität der Agrarparameter der Böden wurden Bodenprofile nach dem Catena-Prinzip gegraben. Bodenproben wurden aus jedem Horizont genommen. Anschließend wurden einige physische Parameter und die Nährstoffgehalte vom Fachpersonal des bodenkundlichen Labors des Instituts für Physische Geographie (Geowissenschaften) bestimmt.
Innerhalb der knapp letzten dreißig Jahre (1987-2015) ist die natürliche Vegetation bei den beiden Ethnien zugunsten der Landwirtschaft und der bebauten bzw. vegetationsfreien Flächen zurückgegangen. Über die analysierten Zeiträume liegen mehr Flächen bei den Ditamari (47,24%) unter einer negativen Dynamik als bei den Éwé (36,41%). Die Untersuchung der Steuerungsfaktoren des Landnutzungswandels bringt heraus, dass der höhere Anteil an positiv veränderten Flächen bei den Éwé ist nicht durch bessere Landnutzungsstrategien begründet. Vielmehr stellt das Relief der begrenzende Faktor für die Ausdehnung der Ackerflächen und damit die bessere Erhaltung der natürlichen Vegetation bei den Éwé dar.
Die erste Annahme, dass Veränderungen in der Landnutzung die Landdegradation zur Folge haben, wird in den beiden Untersuchungsgebieten bestätigt. Die abnehmende Dichte der Vegetationsdecke begünstigt Prozesse der Flächen-, Rillen- und Rinnenspülung. Zudem werden die ökologischen Bodenfunktionen vermindert. Erscheinungen der Landdegradation bei den Ditamari sind die Ausdehnung von oberflächlich verkrusteten Arealen und die Verbreitung des Unkrautes Striga hermontica. Bei den Éwés tritt eine starke Profilverkürzung der Böden ein und das anstehende Gestein wird an mehreren Stellen freigelegt.
Die zweite Hypothese wird in Hinsicht auf die räumliche und ethnische Differenzierung der Folgen der Landdegradation bestätigt. Allerdings sind nicht, wie vermutet, die Ditamari verletzbarer als die Éwés. Die beiden Ethnien betreiben eine intensive Subsistenzwirtschaft und die Éwé entwickeln weniger Anpassungsstrategien als die Ditamari. Im Hinblick auf die globale Erwärmung könnte die Landdegradation in den beiden Gebieten fortschreiten und die Folgen auf der Landschaft und den Kleinbauern verschärfen. Die Éwé wären, anders als vermutet, verletzbarer als die Ditamari. Eine Fortschreitung der Landdegradation könnte bei den Kleinbauern Éwés langfristig den Zusammenbruch des Agrarökosystemen hervorrufen. Sie könnten langfristig die Grundlage ihrer Existenzsicherung verlieren.
Die Studie zeigt auf, dass traditionell, zurückgezogen lebende Völker wie die Ditamari das Agrarökosystem nachhaltiger bewirtschaften und angesichts der Landdegradation anpassungsfähiger sind als tief umgewandelte Gesellschaften wie die Éwés. Sie bringt heraus, dass Kleinbauern Westafrikas keinesfalls als eine Einheit betrachtet werden sollten. Jede Ethnie ist durch Merkmale gekennzeichnet, die ihre Gestaltung der Landschaft beeinflussen. Diese Vielfältigkeit und Besonderheiten der kleinbäuerlichen Gesellschaften müssen in der Entwicklungszusammenarbeit stärker berücksichtigt werden.
Im Naturschutzgebiet „Kühkopf-Knoblochsaue“ in der hessischen Rheinaue wurden 2013 121 dreijährige Pflanzen der Wilden Weinrebe in zwei Bereichen der Kühkopfaue angepflanzt. Für diese Anpflanzung standen 65 Genotypen zur Verfügung. 2014 überlebten 86 % der Pflanzen, 79 % wurden als „gut“ oder „durchschnittlich“ bonitiert.
Im 19. und 20. Jahrhundert war Georgien mit Ausnahme der Jahre der kurzlebigen Georgischen Demokratischen Republik (1918–1921) Bestandteil des russischen und später des sowjetischen Imperiums. Als Gegenstand von Hegemonialkämpfen zwischen Nationen und Imperien wurde der politische Raum des georgischen Feudalkönigreiches und der geographische Raum zwischen dem Kaukasus und dem Schwarzen Meer seit der Antike immer wieder symbolisch und affektiv aufgeladen, gedeutet und umgedeutet. Diese Kollektivmonographie rekonstruiert die Wechselwirkung geopoetischer und geopolitischer Verschiebungen seit dem ausgehenden 18. Jahrhundert, die Erfindung des Kaukasus als eines einheitlichen geokulturellen Raumes, die kulturelle Semantisierung des Schwarzen Meeres und der Kolchis erstmalig als einen Dialog zwischen georgischen, abchasischen und russischen Perspektiven.
2018 ist Georgien Ehrengast der Frankfurter Buchmesse. Zum ersten Mal nach der Wende wird die georgische Literatur damit prominent in einer fremden Sprache präsentiert. Gerade die Literaturen kleiner Nationen sind auf internationale Anerkennung dieser Art besonders angewiesen. Doch gibt es einen qualitativen Unterschied zwischen Literaturen 'kleiner' und 'großer Nationen'? Diese Frage ist im Spannungsfeld zweier Konzepte zu diskutieren, die mit dem der Nationalliteratur als lange dominierendem Ordnungsprinzip literarischer Texte konkurrieren: kleine Literatur und Weltliteratur.
The genus of Neotropical frogs Pseudopaludicola Miranda-Ribeiro, 1926 includes 23 species, which occur throughout South America. Herein we describe a new species of Pseudopaludicola from the central region of the state of Minas Gerais (southeastern Brazil). This new species is distinguished by the adult morphology, the advertisement call, and molecular data. It is diagnosed mainly by its small size, terminal phalanges knobbed (lack of any expansion of the digital tips), proportionally short hind limbs, and its advertisement call composed of series of two-pulsed notes, emitted at a high repetition rate. In addition, we report the occurrence of the new species in the southern foothills of the Serra do Cipó National Park, at elevations lower than 800 m above sea level (a.s.l). The sister species of this new taxon is P. mineira Lobo, 1994, which occurs in rupestrian grasslands above 1200 m a.s.l. at the Serra do Cipó National Park and in Serra do Cabral, both in the state of Minas Gerais, Brazil. We also redescribe the advertisement call of P. mineira based on recordings from topotypical males and compare it to calls of related species.
We investigate the characteristics of infrastructure as an asset class from an investment perspective of a limited partner. While non U.S. institutional investors gain exposure to infrastructure assets through a mix of direct investments and private fund vehicles, U.S. investors predominantly invest in infrastructure through private funds. We find that the stream of cash flows delivered by private infrastructure funds to institutional investors is very similar to that delivered by other types of private equity, as reflected by the frequency and amounts of net cash flows. U.S. public pension funds perform worse than other institutional investors in their infrastructure fund investments, although they are exposed to underlying deals with very similar project stage, concession terms, ownership structure, industry, and geographical location. By selecting funds that invest in projects with poor financial performance, U.S. public pension funds have created an implicit subsidy to infrastructure as an asset class, which we estimate within the range of $730 million to $3.16 billion per year depending on the benchmark.
Multiplex families with a high prevalence of a psychiatric disorder are often examined to identify rare genetic variants with large effect sizes. In the present study, we analysed whether the risk for bipolar disorder (BD) in BD multiplex families is influenced by common genetic variants. Furthermore, we investigated whether this risk is conferred mainly by BD-specific risk variants or by variants also associated with the susceptibility to schizophrenia or major depression. In total, 395 individuals from 33 Andalusian BD multiplex families as well as 438 subjects from an independent, sporadic BD case-control cohort were analysed. Polygenic risk scores (PRS) for BD, schizophrenia, and major depression were calculated and compared between the cohorts. Both the familial BD cases and unaffected family members had significantly higher PRS for all three psychiatric disorders than the independent controls, suggesting a high baseline risk for several psychiatric disorders in the families. Moreover, familial BD cases showed significantly higher BD PRS than unaffected family members and sporadic BD cases. A plausible hypothesis is that, in multiplex families with a general increase in risk for psychiatric disease, BD development is attributable to a high burden of common variants that confer a specific risk for BD. The present analyses, therefore, demonstrated that common genetic risk variants for psychiatric disorders are likely to contribute to the high incidence of affective psychiatric disorders in the multiplex families. The PRS explained only part of the observed phenotypic variance and rare variants might have also contributed to disease development.
The semantics of adjectives related to nominals denoting societal roles, such as presidential (from president), have remained understudied. We examine the semantics of what we call role-denoting relational adjectives, providing a formal analysis using the notion of a frame, a unified representation for lexical knowledge, world knowledge, and context. The frames we propose are based on a constructivist philosophical understanding of social roles, leading us to posit a multi-tiered ontology of events and individuals. Using frames and our ontology, we provide a general semantics for role-denoting relational adjectives and roles
In the context of limited donor pool in cardiothoracic transplantation, utilization of organs from high risk donors, such as suicidal hanging donors, while ensuring safety, is under consideration. We sought to evaluate the outcomes of lung transplantations (LTx) that use organs from this group.
Between January 2011 and December 2015, 265 LTx were performed at our center. Twenty-two recipients received lungs from donors after suicidal hanging (group 1). The remaining 243 transplantations were used as a control (group 2). Analysis of recipient and donor characteristics as well as outcomes was performed.
No statistically significant difference was found in the donor characteristics between analyzed groups, except for higher incidence of cardiac arrest, younger age and smoking history of hanging donors (P < .001, P = .022 and P = .0042, respectively). Recipient preoperative and perioperative characteristics were comparable. Postoperatively in group 1 there was a higher incidence of extracorporeal life support (27.3 vs 9.1%, P = .019). There were no significant differences in chronic lung allograft dysfunction-free survival between group 1 and 2: 92.3 vs 94% at 1 year and 65.9 vs 75.5% at 3 years (P = .99). The estimated cumulative survival rate was also similar between groups: 68.2 vs 83.2% at 1 year and 68.2% versus 72% at 3 years (P = .3758).
Hanging as a donor cause of death is not associated with poor mid-term survival or chronic lung allograft dysfunction following transplantation. These results encourage assessment of lungs from hanging donors, and their consideration for transplantation.
Discourses in the historical (or narrative) use of the simple present in English prohibit backshifting, though they allow forward sequencing. Unlike both reference time theories and discourse coherence theories of these temporal inferences, we propose that backshifting has a different source from narrative progression. In particular, we argue that backshifting arises through anaphora to a salient event in the preceding discourse.
Biologische Signalwege bilden komplexe Netzwerke aus, um die Zellantwort sensibel regulieren zu können. Systembiologische Ansätze werden eingesetzt, um biologische Systeme anhand von Computer-gestützten Modellen zu untersuchen. Ein mathematisches Modell erlaubt, neben der logischen Erfassung der Regulation des biologischen Systems, die systemweite Simulation des dynamischen Verhaltens und Analyse der Robustheit und Anfälligkeit.
Der TNFR1-vermittelte Signalweg reguliert essenzielle Zellvorgänge wie Entzündungsantworten,
Proliferation und Zelltod. TNFR1 wird von dem Zytokin TNF-α stimuliert und fördert daraufhin die Bildung verschiedener makromolekularer Komplexe, welche unterschiedliche Zellantworten einleiten, von der Aktivierung des Transkriptionsfaktors NF-κB, welcher die Expression von proliferationsfördernden Genen reguliert, bis zu zwei Formen des Zelltods, der Apoptose und der Nekroptose. Die Regulation der verschiedenen Zellantworten wird auch als molekularer Schalter bezeichnet. Die exakten molekularen Vorgänge, welche die Zellantwort modulieren, sind noch nicht vollständig entschlüsselt. Eine Fehlregulation des Signalwegs kann chronische Entzündungen hervorrufen oder die Entstehung von Tumoren fördern.
In dieser Thesis haben wir die neuesten Erkenntnisse der Forschung des TNFR1-Signalwegs anhand von umfangreichen Interaktionsdaten aus der Literatur erstmals in einem Petrinetz-Modell erfasst und analysiert. Das manuell kuratierte Modell umfasst die sequenziellen Prozesse der NF-κB-Aktivierung, Apoptose und Nekroptose und berücksichtigt den Einfluss posttranslationaler Modifikationen.
Weiterhin wurden Analysemethoden für Signalwegs-Modelle entwickelt, welche die spezifischen Anforderungen dieser biologischen Systeme berücksichtigen und eine biologisch motivierte Netzwerkanalyse ermöglichen. Die Manatee-Invarianten identifizieren Signalflüsse im Gleichgewichtszustand in Modellen, die Zyklen aufweisen, und werden als Linearkombination von Transitions-Invarianten gebildet. Diese Signalflüsse erfassen idealerweise einen Prozess von der Rezeptorstimulation zur Zellantwort in einem Modell eines Signalwegs. Die Bestimmung aller möglichen Signalflüsse in Modellen von Signalwegen ist eine notwendige Voraussetzung für weitere biologisch motivierte Analysen, wie die in silico-Knockout Analyse. Wir haben ebenfalls ein neues Konzept zur Untersuchung von in silico-Knockouts vorgestellt. Die Effekte der in silico-Knockouts auf einzelne Komplexe und Prozesse des Signalwegs werden in der in silico-Knockout-Matrix repräsentiert. Wir haben die Software-Anwendung isiKnock entwickelt, welche beide Konzepte kombiniert und eine systematische Knockout-Analyse von Petrinetz-Modellen unterstützt.
Das Petrinetz-Modell des TNFR1-Signalwegs wurde auf seine elementaren Eigenschaften geprüft und die etablierten Analysen wie Platz-Invarianten und Transitions-Invarianten durchgeführt. Hierbei konnten die Transitions-Invarianten nicht in allen Fällen komplette biologische Signalflüsse beschreiben. Wir haben ebenfalls die neu vorgestellten Methoden auf das Petrinetz-Modell angewandt. Anhand der Manatee-Invarianten konnten wir die zusammenhängenden Signalflüsse identifizieren und nach ihrem biologischen Ausgang klassifizieren sowie die Auswirkungen der Rückkopplungen untersuchen. Wir konnten zeigen, dass die survival-Antwort durch die Aktivierung von NF-κB am häufigsten auftritt, danach die Apoptose, gefolgt von der Nekroptose. Die alternativen Signalflüsse in Form der Manatee-Invarianten spiegeln die Robustheit des biologischen Systems wider. Wir führten eine ausgiebige in silico-Knockout-Analyse basierend auf den Manatee-Invarianten durch, um die Proteine des Signalwegs nach ihrem Einfluss einzustufen und zu gruppieren. Die Proteine des Komplex I wiesen hierbei den größten Einfluss auf, angeführt von der Rezeptorstimulation und RIP1. Wir betrachteten und diskutierten die Regulation des molekularen Schalters anhand der Knockout-Analyse von selektierten Proteinen und deren Auswirkung auf wichtige Komplexe im Modell. Wir identifizierten die Ubiquitinierung in Komplex I sowie die NF-κB-abhängige Genexpression als die wichtigen Kontrollpunkte des TNFR1-Signalwegs. In Komplex II ist die Regulation der Aktivierung der Caspase-Aktivität entscheidend.
Die umfangreiche Netzwerkanalyse basierend auf Manatee-Invarianten und systematischer in silico-Knockout-Analyse verifizierte das Petrinetz-Modell und erlaubte die Untersuchung der Robustheit und Anfälligkeit des Systems. Die neu entwickelten Methoden ermöglichen eine fundierte, biologisch relevante Untersuchung von in silico-Modellen von Signalwegen. Der systembiologische Ansatz unterstützt die Aufklärung der Regulation und Funktion des verflochtenen Netzwerks des TNFR1-Signalwegs.
Im Folgenden soll ein kurzer Überblick gegeben werden über die schiitische Sicht der frühislamischen Geschichte sowie über einige Phänomene, die sich daraus ergeben haben. Sie sind Hindernisse einer islamischen Einheit und müssten, sollte ein ernsthafter Versuch einer solchen verfolgt werden, mit deutlich mehr Mut angegangen werden. Dabei geht es hier weniger darum, alle Unterschiede zwischen Schia und Sunna aufzuzeigen, als sich auf die wirklich problematischen Felder zu konzentrieren, die nicht Folgen späterer, oft zufälliger Entwicklungen sind, sondern Weichenstellungen, die in der Frühgeschichte zu verorten sind. Bisher werden diese neuralgischen Punkte bei den Versuchen einer islamischen Ökumene, um diesen sehr christlich belegten Begriff an dieser Stelle doch einmal zu verwenden, meist umgangen, weil man um ihre Brisanz und Sprengkraft weiß. Doch müsste die Auseinandersetzung mit den unterschiedlichen Geschichtsbildern erfolgen, da sie ein wichtiges innerislamisches Differenzkriterium bilden; zumindest sollte man sich klar darüber sein, dass es unterschiedliche Geschichtsbilder gibt und sie ein Differenzkriterium bilden.