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Das Multiple Myelom (MM) macht ungefähr 15 % aller hämatologischen Neoplasien aus. Die Einführung neuer Therapieoptionen wie der Hochdosis-Chemotherapie, der immunmodulatorischen Medikamente und der Proteasominhibitoren (PI) haben die Behandlung des MM revolutioniert. Der PI Bortezomib (BTZ) ist zu einem Grundstein der Therapie des MM geworden, aber auch der neu zugelassene PI Carfilzomib (CFZ) wird inzwischen eingesetzt. Trotz dieser Fortschritte treten Resistenzen gegen PIs zu Therapiebeginn, beziehungsweise fast unweigerlich im Verlauf der Therapie auf und das MM bleibt größtenteils unheilbar. Gegenüber PIs resistente Myelomzellen zeigen Merkmale von Pre-Plasmablasten, welche die Proteasominhibition überleben. Um mit einer Therapie auch diese resistenten Zellen zu erreichen, ist es notwendig, die PIs mit Substanzen zu kombinieren, die sich gegen die gesamte B-Zell-Linie richten. Ein neuer Hoffnungsträger in der Behandlung von B-Zell-Leukämien ist der Bruton’s Tyrosinkinase Inhibitor Ibrutinib (IBR). IBR greift die in der gesamten B-Zell-Linie exprimierte Bruton’s Tyrosinkinase an, die als Teil des B-Zell-Rezeptor Signalweges eine Schlüsselrolle bei der Entwicklung und Funktionalität normaler B-Zellen einnimmt. Die zytotoxische Aktivität von IBR in MM korreliert speziell mit der Hemmung des nachgeschalteten Signalwegs NF-κB. Die Kombination von PIs mit IBR wird bereits in klinischen Studien getestet. Allerdings fehlen zurzeit die molekularen Grundlagen für den therapeutischen Erfolg dieser Kombination. Zielsetzung dieser Dissertation war es deshalb die drei PIs BTZ, CFZ und das experimentelle, β2-selektive LU-102 hinsichtlich deren Wirkung auf den NF-κB Signalweg und in Kombination mit IBR zu untersuchen. Der präklinisch erprobte PI LU-102 wurde hier für den Vergleich mit den aktuell in der MM Therapie verwendeten Inhibitoren BTZ und CFZ hinzugezogen, da er im Gegensatz zu diesen sehr selektiv die β2-Untereinheit des Proteasom hemmt und damit einen alternativen Ansatz verfolgt. Es konnte gezeigt werden, dass der β2-selektive PI LU-102 den NF-κB Signalweg hemmt und so die Wirkung von IBR unterstützt. Im Gegensatz dazu aktivierten BTZ und CFZ diesen Signalweg und antagonisierten in diesem Punkt die Wirkung von IBR. Weiterhin konnte veranschaulicht werden, dass BTZ in Kombination mit IBR antagonistisch auf die Zytotoxizität in MM Zelllinien wirkt, während CFZ einen grenzwertigen Synergismus mit IBR bei MM Zelllinien zeigt. Den deutlich stärksten Synergismus in Kombination mit IBR zeigte sich bei LU-102. Übereinstimmend mit diesen Ergebnissen konnte für die Kombination von IBR mit LU-102 im Vergleich zu den Kombinationen mit BTZ oder CFZ eine deutlich stärkere Hemmung des NF-κB Signalweges, eine deutlichere Hemmung des Proliferationsmarkers p-STAT3 und eine robustere Aktivierung der Apoptose-Kaskade beobachtet werden. Zudem konnte nachgewiesen werden, dass LU-102 in Kombination mit IBR in vitro die Resistenz gegenüber BTZ oder CFZ überwindet; dieses Ergebnis ließ sich auch an primären Myelomzellen dreier BTZ-refraktären Patienten reproduzieren. In der Diskussion wurden Hypothesen zum unterschiedlichen Wirkverhalten von BTZ und CFZ sowie LU-102 auf den NF-κB Signalweg entwickelt: BTZ und CFZ aktivieren den NF-κB Signalweg, da diese durch Hemmung der für die Proteolyse des Proteasoms geschwindigkeitsbestimmenden β5-Untereinheit den Abbau von IκB im kompensatorisch aktivierten lysosomalen System fördern. Das β2-selektive LU-102 hingegen lässt die proteasomale Proteolyse quantitativ weitgehend unangetastet und führt somit nicht zum lysosomalen Abbau von IκB. Zudem sorgt LU-102 über einen bisher unbekannten Mechanismus für eine Hemmung des NF-κB Signalweges.
Zusammenfassend ist durch die vorliegenden Ergebnisse eine weitere klinische Entwicklung der Kombination von β2-inhibierenden Proteasominhibitoren, wie LU-102 oder Carfilzomib, mit Ibrutinib im Gegensatz zur Kombination von Bortezomib, welches die β2-Aktivität nicht inhibiert, mit Ibrutinib für das Multiple Myelom zu empfehlen.
Nach der Revolution 1917 schlossen sich mehrere russische Avantgardekünstler den kollektiven geistigen Anstrengungen ein, um ein revolutionäres Gesamtkunstwerk der neuen Menschheit zu gestalten. Sie nutzten alle Medien der Kunst, um ihre innovativen Ideen in diesem Experimentierfeld zu verwirklichen. Die Keramik wurde von ihnen als eines der bedeutenden Experimentierfelder und eine zukunftsweisende Kunstgattung gesehen, die durch den alltäglichen Gebrauch das Bewusstsein und die Wahrnehmung der Menschen entscheidend revolutionieren sollte.
Die vorliegende Dissertation untersucht erstmals die Keramik der russischen Avantgarde als eigenständiges künstlerisches Phänomen. Alle dokumentarisch belegten Entwürfe und Keramiken der russischen Avantgardisten werden zusammengefasst sowie alle bekannten Marken der Keramik aufgeführt. Die Autorin systematisiert die Formensprache und Dekormotive der avantgardistischen Keramikwerke und hebt Hintergrunde sowie theoretische Grundlagen der jeweiligen avantgardistischen Gruppen im Bereich Keramik hervor.
Die vorliegende vergleichende Analyse der russischen und westeuropäischen Keramikkunst des ersten Drittels des 20. Jahrhunderts deckt zum ersten Mal in der kunsthistorischen Forschung ihre Gemeinsamkeiten sowie die gegenseitigen Einflüsse auf, dabei werden die Unterschiede der russischen und europäischen avantgardistischen Keramikkunst deutlich reflektiert.
Alle lebenden Organismen sind in der Lage, sich an den re-gelmäßigen Wechsel von Licht und Dunkelheit und den zeitli-che Veränderungen im Takt der Jahreszeiten anzupassen. Die-se Synchronisierung der Aktivitäts- und Ruhephasen, sowie von physiologischen Stoffwechselprozessen an die vorgegebe-nen tageszeitlichen und saisonalen Zyklen findet beim Säu-getier in der inneren Uhr im Nucleus Suprachiasmaticus (SCN) statt. Das Licht, als wichtigster Zeitgeber für die Synchronisation der inneren Uhr, findet Eingang zum SCN über die Retina und den retinohypothalamischen Trakt (RTH), der Glutamat als Neurotransmitter nutzt. Ist dieses System fehlerhaft, führt dies zu Störung der oben beschriebenen Anpassungsprozesse. Dies hat eine gestörte Homöostase des Organismus zu Folge, aus denen sich wiederum Veränderungen im Tag/Nacht- Rhythmus, Schlafstörungen und depressive Ver-stimmungen ergeben können. Die genannten Symptome decken sich mit den Frühsymptomen den neurodegenerativen Erkran-kung Morbus Parkinson.
Ziel der vorliegenden Arbeit war es, Störungen im photoneu-roendokrinen System, insbesondere Veränderungen in der Re-tina an den photosensitiven Ganglienzellen mit dem Photo-pigment Melanopsin und dem SCN bei transgene Mäuse mit dem humanen alpha-Synuclein zu untersuchen. Hierbei wurden transgene Mäuse mit dem gesunden humanen alpha-Synuclein (Wildtyp) und transgene Mäuse mit der für Parkinson spezi-fischen Mutation im alpha-Synuclein Ala53Thr (A53T) vergli-chen.
Die immunochemischen Untersuchungen an Retina und SCN zei-gen einen signifikanten Anstieg der alpha-Synuclein Immun-reaktion bei der A53T Maus im Vergleich zum Wildtyp.
Parallel dazu wurden Unterschiede in Bezug auf das Photo-pigment Melanopsin zwischen den beiden Gruppen untersucht. Melanopsin ist lichtsensitiv und trägt, durch Übermittlung der aktuellen Lichtverhältnisse über den retinohypothalami-schen Trakt zum SCN, zur Synchronisation der circadianen Rhythmik bei. Durch den in dieser Arbeit nachgewiesene Me-lanopsindefizit und des deutlich reduzierten Vglut2 im hy-pothalamischen Trakt der A53T Maus lässt sich die Hypothese ableiten, dass möglicherweise die Überexpression des mu-tierten alpha-Synuclein in der Retina einen Untergang von melanopsinhaltigen Ganglienzellen herbeiführt und dadurch die Synchronisation der inneren Uhr durch Licht gestört ist. Diese Hypothese wird durch die Aktivitätsprofile ge-stützt, die durch die Aufzeichnung der lokomotorischen Ak-tivität der Tiere erstellt wurden.
Da in beiden Gruppen unter Dauerdunkel (DD) ein endogener zirkadianer Rhythmus beobachtet werden konnte, lässt dies auf die Funktionstüchtigkeit der inneren Uhr im SCN schlie-ßen. Im anschließenden Versuch die endogene Rhythmik an exogenen Reize anzupassen, zeigte sich bei dem A53T Stamm eine fehlende Synchronisierung an vorgegebene Lichtverhält-nisse mit gesteigerter Tagaktivität und reduzierten Schlaf-phasen. Somit trägt der fehlerhaft verarbeitete Lichtreiz bei A53T Mutanten zur Destabilisierung des zirkadianen Rhythmus der Lokomotion bei. Trotz des gestörten glutama-tergen Signalweges im retinohypothalamischen Trakt konnten keine Unterschiede in der Expression der Homerproteine zwi-schen Wildtyp und A53T unter Standard-Photoperiode und nach Schlafdeprivation nachgewiesen werden.
Die vorliegenden Befunde liefern Erkenntnisse zur Entste-hung der Frühsymptome bei Morbus Parkinson. Dies könnte neue Ansatzpunkte für die Therapie und Linderung von Schlafstörungen sowie Veränderungen im Tag/Nachtrhythmus liefern.
Der Sufi-Meister und Dichter Ken’ân Rifâî gilt als eine der bedeutendsten und einflussreichsten Persönlichkeiten der osmanisch-türkischen Sufi-Tradition im 20. Jahrhundert. Sein Leben zwischen den Jahren 1867-1950, welches die vier Phasen, die Monarchie, die erste und zweite Verfassungsperiode (1876 und 1908), die Republik (1923) und auch die Anfangsphase der Demokratie (1950) umfasst, und seine Lehre reflektieren die Entwicklung, die Umwälzung und den letzten Zustand, die das sufische Leben im letzten Zeitabschnitt des Osmanischen Reiches und nach der Ṭarīqa-Phase in der Periode der Republik erlebt und erreicht hat. Ken’ân Rifâî fungierte zwischen den Jahren 1908-1925 als Tekke-Scheich, und zwar bis 1925, wo alle vorhandenen Tekkes in der Türkei gesetzlich verboten und dementsprechend geschlossen wurden...
This thesis reports on the results obtained by expression photoactivatable adenylyl cyclase from Beggiatoa spp. (bPAC) in cholinergic neurons from Caenorhabditis elegans (C. elegans) and the characterization of the role of a single neuron, RIS, during locomotion in the adult animal.
Pharmacological activation of adenylyl cyclases through Forskolin is known to induce increased neuronal output in diverse model organisms through a protein kinase A (PKA) dependent mechanism. Nevertheless, pharmacological assays are not spatially restricted, do not allow for precise and acute activation nor to cessation of the signal. Thus, an optogenetic approach for was selected trough the expression of photoactivatable adenylyl cyclase from Beggiatoa spp. (bPAC) in cholinergic neurons of Caenorhabditis elegans (C. elegans). This model organism was chosen due to its transparency, ease of maintenance, fast generation cycles as well as for being an eutelic animal. Further, its genome has been fully sequenced and the connectome of the neuronal network is known, thus allowing for precise analysis of neuronal function. Furthermore, the molecular mechanisms governing neuronal functions are well conserved up to primates. Mainly two optogenetical tools were applied, bPAC and the light gated cation channel channelrhodopsin 2 (ChR2).
Behavioral assays of bPAC photostimulation in cholinergic neurons recapitulated previous work performed with the photoactivatable adenylyl cyclase from Euglena gracilis (EuPACa), in which swimming frequency and speed on solid substrate were increased. Electrophysiological recordings of body wall muscle (BWM) cells by Dr. Jana F. Liewald showed that bPAC photoactivation led to an increase in miniature postsynaptic current (mPSC) rate and, in contrast to ChR2 invoked depolarization, also amplitude. Analysis of mutants deficient in neuropeptidergic signaling (UNC- 31) via electrophysiology performed by Dr. Jana F. Liewald showed that the increase in mPSC amplitude due to bPAC photoactivation requires neuropeptide release. This was confirmed by co-expression of bPAC with the neuropeptide marker NLP-21::Venus and subsequent fluorescence analysis of release, exploiting the fact that released neuropeptides are ultimately degraded by scavenger cells (coelomocytes). These were enriched with NLP-21::Venus after bPAC photostimulation, but no fluorescence could be observed in the UNC-31 mutants.
Additional analysis of the electrophysiological data performed by myself showed no modulation of mPSC kinetics dues to neuropeptidergic release induced by bPAC. Hence, neuropeptide release and action sites were in the cholinergic neurons, the latter including cholinergic motoneurons.
Dr. Szi-chieh Yu provided electron microscopy images of high pressure frozen, bPAC or ChR2 expressing animals. These were tagged by myself for automatic analysis of ultrastructural properties of the cholinergic presynapse, also during photoactivation of both optogenetic tools. Photoactivation of both induced a reduction of synaptic vesicles, with ChR2 showing a more severe effect. In contrast to ChR2, though, bPAC also reduced the amount of dense core vesicles (DCV), the neuropeptide transporters. Additionally, long bPAC photoactivation as well as ChR2 photoactivation led to the appearance of large vesicles (LV), presumably in response to the increased SV fusion rate. bPAC photostimulation also induced an increase in SV size, not observed after ChR2 photostimulation. In UNC-31 mutants, bPAC photostimulation could not lead to the SV size increase, a further argument for the presynaptic effect of the released neuropeptide. Additional analysis of electrophysiology paired with pharmacology, performed by Dr. Jana F. Liewald, showed that mPSC amplitude increase requires the function of the vesicular acetylcholine transporter.
A further effect observed in the ultrastructure of bPAC photostimulated cholinergic presynapses was a shift in the distribution of SV regarding the dense projection. An analysis of cAMP pathway mutants showed that synapsin is required for bPAC induced behavior effects. Synapsin is known to mediate SV tethering to the cytoskeleton. Here, I show evidence for a new role of synapsin in controlling the availability of DCVs for fusion and thus, in neuropeptidergic signaling.
In the second part of my thesis I characterized the function of the GABAergic interneuron RIS in the neuronal network of C. elegans. RIS was shown to induce lethargus, a sleep-like state, during all larval molts, but its function in the adult animal was not yet described. Specific RIS expression of ChR2 achieved by a recombinase based system allowed to acutely depolarize the neuron during locomotion, which led to an acute behavioral stop. Diverse signal transduction pathway mutants were analyzed showing that the phenotype was induced by neuropeptidergic signaling. Through mutagenesis followed by whole genome sequencing data analysis as well as analysis of RIS specific RNA sequencing data further narrowed the signal transduction pathway to mediate the locomotion stop behavior. Since the neuropeptide and, to some extent, the neuron are conserved across nematodes, an argument is outlined in favor of the conservation of this sleep-like state.
In addition, since ChR2 could induce neuropeptidergic signaling from RIS, secretion of vesicles is regulated by variable pathways depending on the neuronal identity. Nevertheless, expression of bPAC in RIS allowed to optogenetically increase the probability of short stops, as observed by expression of a calcium sensor (GCaMP) in RIS and analysis of its intrinsic activity in the adult animal.
Die mitochondriale Innenmembran (IM) besteht aus zwei Subkompartimenten. Der
Cristae Membran (CM) und der inneren Grenzmembran (IBM), welche durch die runden und
schlitzartige Strukturen der Christa Junctions (CJs) verbunden werden Der MICOS-Komplex
ist an den CJs lokalisiert und besteht aus mindestens 6 Komponenten, Mic60, Mic27, Mic26,
Mic19, Mic12 und Mic10. Es ist bekannt, dass der MICOS-Komplex essentiell für die Stabilität der CJs ist. Die in dieser Arbeit gezeigten Ergebnisse, geben Aufschluss darüber, wie sich
einzelne MICOS-Komponenten auf die Stabilität von Cristae und CJs im Modellsystem Hefe (S
cerevisiae) auswirken. Zu Beginn dieser Arbeit war zum einen bekannt, dass die MICOSKomponente
Mic60 essentiell für die Bildung von CJs ist. Zum Anderen wurden im Vorfeld
dieser Arbeit Interaktionen von Mic60 mit Proteinen in der mitochondrialen Außenmembran,
vor allem Proteinkomplexe mit ȕ-barrel-Proteinen identifiziert. Diese Interaktionen werden
über den evolutionär, konservierten C-Terminus von Mic60 vermittelt.
ȕ-barrel Proteine besitzen eine charakteristische Peptidsequenz, die ȕ-Sequenz. Diese
dient nach dem Import der ȕ-barrel Proteine in die Mitochondrien als Signalpeptid für den
SAM-/TOB-Komplex, welcher daraufhin die Proteine in die Außenmembran insertiert. In
dieser Arbeit wurde ebenfalls eine ȕ-Sequenz im C-Terminus von Mic60 identifiziert, diese
zeigte einen Einfluss auf die Cristae-Stabilität. Zellen die eine Mic60-Variante mit einer
Deletion oder Punktmutation der ȕ- Domäne exprimieren, zeigten eine reduzierte Anzahl an
CJs. Auch das Verkürzen des C-Terminus von Mic60 hatte diesen Effekt auf die mitochondriale
Ultrastruktur. So konnte gezeigt werden, dass die ȕ-Domäne und die Integrität des C-Terminus
essentiell für die Stabilität von CJs sind.
Der Fokus dieser Arbeit lag in der Charakterisierung der MICOS-Komponenten Mic26
und Mic27. Es konnte bewiesen werden, dass beide Proteine genetisch mit der MICOSKernkomponente
Mic60 interagieren. Die Untersuchung der mitochondrialen Ultrastruktur von
Δmicβ6- und Δmicβ7-Zellen zeigte, dass eine Deletion vom Mic26 keinen Einfluss auf die
Organisation der mitochondrialen Innenmembran hat. Im Gegensatz dazu, ist im Vergleich zum
Wildtyp die Anzahl an CJs in Δmicβ7-Zellen um zwei Drittel reduziert. Auch die
Innenmembranoberfläche ist in diesen Zellen stark vergrößert. Die Untersuchung der
Morphologie der mitochondrialen Innenmembran in Zellen ohne Mic27 durch KryoElektronentomographie
isolierter Mitochondrien, veranschaulichte die Struktur der CJs in
diesen Zellen genauer. Es zeigten sich hier breitere CJs, und der Übergang von der
Cristaemembran in den Bereich der inneren Grenzmembran ist sehr flach und undefiniert. In
Wildtyp-Mitochondrien waren die CJs schmal und schlitzartig und haben einen scharfkantigen
Übergang von der Cristaemembran zur inneren Grenzmembran. Des Weiteren wies die
Cristaemembran in Δmicβ7-Zellen unregelmäßige zackige Strukturelemente auf, was auf eine
Anhäufung an Dimeren der F1FO-ATP Synthase hinweist.
Diese Beobachtungen in den Kryo-Tomogrammen, wurde durch Analysen des sich deutlich weniger höhere Oligomere und vermehrt Dimere. So kann aus diesen Befunden
geschlossen werden, dass Mic27 die Oligomere der F1FO-ATP Synthase stabilisiert.
Um zu untersuchen, wie der MICOS-Komplex mit der F1FO-ATP Synthase in
Verbindung steht, wurde mittels 2D-BNE-Analysen und einem Complexome Profiling die
Komplexierung der nativen Komplexe in Wildtyp- und Δmicβ7-Mitochondrien analysiert. Zum
einen konnte durch diese Untersuchungen gezeigt werden, dass Mic27 neben der F1FO-ATP
Synthase auch stabilisierend auf den MICOS-Komplex wirkt. Die Komplexe im
hochmolekularen Bereich der MICOS-Komponenten zerfielen in Δmicβ7-Zellen, was darauf
hinweist, dass die anderen MICOS-Komponenten hier nicht mehr assemblieren können. Mic10
war die einzige MICOS-Komponente die in Δmicβ7-Zellen noch stabile Komplexe im hohen
Massenbereich ausbildete. Mic10 findet sich zudem nicht nur in Klustern mit anderen MICOSKomponenten
sondern auch mit der F1FO-ATP Synthase.
Die Interaktion von Mic10 und der F1FO-ATP Synthase wurde auch biochemisch,
mittels chemischer Quervernetzern und Ko-Immunpräzipitationsexperimenten bestätigt. Dies
legt nahe, dass Mic10 die CJs mit hoher Wahrscheinlichkeit, durch die Verbindung mit der
F1FO-ATP Synthase, mit der Cristaemembran verbindet und so stabilisiert.
Aufgrund der Erkenntnisse dieser Arbeit konnte ein neuartiges Modell postuliert
werden. Die MICOS-Komponente Mic60 stabilisiert die CJs durch eine Interaktion seines CTerminus
mit Proteinen in der Außenmembran. Mic27 vermittelt über Mic10 die Interaktion
zur F1FO-ATP Synthase. Somit ist diese neu identifizierte Interaktion des MICOS-Komplex zur
F1FO-ATP Synthase essentiell für die Stabilität von CJs ist, indem es den MICOS-Komplex mit
den Oligomeren der F1FO-ATP Synthase verbindet.
Oligomerisierungszustands der F1FO-ATP Synthase in Δmicβ7-Zellen, bestätigt. Hier fanden
sich deutlich weniger höhere Oligomere und vermehrt Dimere. So kann aus diesen Befunden
geschlossen werden, dass Mic27 die Oligomere der F1FO-ATP Synthase stabilisiert.
Um zu untersuchen, wie der MICOS-Komplex mit der F1FO-ATP Synthase in
Verbindung steht, wurde mittels 2D-BNE-Analysen und einem Complexome Profiling die
Komplexierung der nativen Komplexe in Wildtyp- und Δmicβ7-Mitochondrien analysiert. Zum
einen konnte durch diese Untersuchungen gezeigt werden, dass Mic27 neben der F1FO-ATP
Synthase auch stabilisierend auf den MICOS-Komplex wirkt. Die Komplexe im
hochmolekularen Bereich der MICOS-Komponenten zerfielen in Δmicβ7-Zellen, was darauf
hinweist, dass die anderen MICOS-Komponenten hier nicht mehr assemblieren können. Mic10
war die einzige MICOS-Komponente die in Δmicβ7-Zellen noch stabile Komplexe im hohen
Massenbereich ausbildete. Mic10 findet sich zudem nicht nur in Klustern mit anderen MICOSKomponenten
sondern auch mit der F1FO-ATP Synthase.
Die Interaktion von Mic10 und der F1FO-ATP Synthase wurde auch biochemisch,
mittels chemischer Quervernetzern und Ko-Immunpräzipitationsexperimenten bestätigt. Dies
legt nahe, dass Mic10 die CJs mit hoher Wahrscheinlichkeit, durch die Verbindung mit der
F1FO-ATP Synthase, mit der Cristaemembran verbindet und so stabilisiert.
Aufgrund der Erkenntnisse dieser Arbeit konnte ein neuartiges Modell postuliert
werden. Die MICOS-Komponente Mic60 stabilisiert die CJs durch eine Interaktion seines CTerminus
mit Proteinen in der Außenmembran. Mic27 vermittelt über Mic10 die Interaktion
zur F1FO-ATP Synthase. Somit ist diese neu identifizierte Interaktion des MICOS-Komplex zur
F1FO-ATP Synthase essentiell für die Stabilität von CJs ist, indem es den MICOS-Komplex mit
den Oligomeren der F1FO-ATP Synthase verbindet.
Die neuronalen Mechanismen, welche den meisten kognitiven Prozessen zu Grunde liegen, bestehen aus dem Zusammenspiel verschiedener Neuronen-Typen und deren spezifischen Funktionsmechanismen, sowohl in lokalen, als auch in globalen neuronalen Netzwerken. Eine funktionelle Interaktion mit diesen Netzwerken ist unumgänglich um das „kognitive“ Gehirn zu studieren, da neuronale Gruppen in einer hierarchischen, nicht linearen Weise miteinander interagieren, und dabei charakteristische raum-zeitliche Muster aufweisen. In dieser Arbeit untersuchten wir die Struktur und Funktion eines wichtigen Merkmals kortikaler Prozesse: Die neuronale gamma-Band Oszillation.
Kardiovaskuläre Erkrankungen stellen in Deutschland die häufigste Todesursache dar [1]. Eine Schlüsselrolle wird hierbei der koronaren Herzkrankheit (KHK) auf dem Boden einer Atherosklerose zuteil. Die Prävalenz der koronaren Herzkrankheit in Deutschland lag 2012 laut Zahlen des Robert Koch-Instituts bei 8,3 %; dies entspricht 6,64 Millionen Menschen. Die Spitzengruppe bilden die über 65-Jährigen mit einer Erkrankungshäufigkeit von 18,3 % bei Frauen und 27,8 % bei Männern. Oberstes Therapieziel bei der Behandlung der KHK ist die Prävention von Myokardinfarkten und Herzinsuffizienz. Wegweisend für das therapeutische Procedere sind die klinische Situation des Patienten und die Ergebnisse der kardialen Diagnostik. Sind mehrere Koronargefäße betroffen oder bestehen komplizierte Gefäßverengungen ist die Indikation zur operativen Myokardrevaskularisierung gegeben. Im Jahr 2015 unterzogen sich in Deutschland 51.941 Patienten einem solchen Eingriff [2]; weltweit erhalten jährlich fast eine Millionen Patienten eine Bypass-Operation [3]. Für den Therapieerfolg ist postoperativ eine suffiziente Thrombozytenaggregationshemmung von essentieller Bedeutung. Daher wird zur Sekundärprophylaxe eine lebenslange antiaggregatorische Medikation empfohlen; das am häufigsten hierfür genutzte Medikament ist Acetylsalicylsäure (ASS) [4]....
Ziel der vorliegenden Studie war, mittels MEA, die Prävalenz und mögliche Prädiktoren einer ASS-Nonresponse in einer Kohorte kardiochirurgischer Patienten zu analysieren.
Es wurden folgende Nullhypothesen aufgestellt:
- Die tägliche Einnahme von 100 mg ASS ist ausreichend, um bei allen Patienten eine therapeutische Thrombozytenaggregationshemmung zu erreichen.
- Es existieren keine Prädiktoren für die mittels MEA detektierte ASSNonresponse.
RNA-Aptamere sind kurze einzelsträngige Oligonukleotide, die ein Zielmolekül spezifisch erkennen und über ihre 3D-Struktur binden. Die Identifizierung von Aptameren erfolgt mittels in vitro Selektion nach dem Kriterium einer hohen Bindungsaffinität und/oder -spezifität. Das Tetracyclin-bindende Aptamer gehört zu den Aptameren mit der höchsten bekannten Liganden-Affinität. Darüber hinaus gehört es zu den wenigen RNA-Aptameren, die in vivo als artifizieller Riboswitch zur Modulation der Genexpression eingesetzt werden können. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wurde das Tetracyclin-bindende Aptamer mittels NMR-spektroskopischer und biophysikalischer Methoden im ligandfreien sowie im ligandgebundenen Zustand untersucht, um neben der bereits bekannten Kristallstruktur des RNA-Tetracyclin-Komplexes Aufschlüsse über den dynamischen Ligandenbindungsprozess und die damit verbundene genregulatorische Aktivität des Aptamers zu erhalten. Hierfür wurde der Einfluss von Mg2+-Ionen auf die globale und lokale Strukturausbildung des ligandfreien Aptamers analysiert. Durch die Bindung von Mg2+-Ionen an die RNA wird eine kompakte RNA-Struktur stabilisiert, die neben zahlreichen komplexen Tertiärinteraktionen eine starre Bindungstasche ausbildet, in der der Ligand nach einem „Schlüssel-Schloss-Prinzip“ bindet. Die Ligandbindung zieht nur noch kleinere strukturelle Änderungen nach sich. Mittels der Stopped-Flow-Technik wurden die kinetischen Aspekte der Ligandbindung in Abhängigkeit der Mg2+-Konzentration untersucht. Diese Methode ermöglichte die Analyse der Zusammenhänge zwischen RNA-Faltung und anschließender Komplexbildung in Echtzeit. Die Analyse der Stopped-Flow-Messungen ergab, dass die Geschwindigkeit des Ligandbindungsprozesses wesentlich von der Mg2+-induzierten Strukturausbildung abhängig ist. Die Mg2+-vermittelte globale Organisation der RNA-Struktur ist somit der geschwindigkeitsbestimmende Schritt des Ligandbindungsprozesses. Die RNA-Mg2+-Interaktionen bestimmen also nicht nur die 3D-Struktur des Tetracyclin-bindenden Aptamers, sondern auch die Kinetik des Ligandbindungsprozesses. Der detaillierte Vergleich des Tetracyclin-Aptamers in seiner ligandfreien und ligandgebundenen Form ergab, dass trotz der stark ausgeprägten strukturellen Ähnlichkeit, lediglich die ligandgebundene Form in einer thermisch stabilen Konformation vorliegt. Die signifikante Erhöhung der Thermostabilität durch die Ligandbindung ist die essentielle Voraussetzung für die genregulatorische Funktion des Aptamers. Basierend auf diesen Ergebnissen ist also nicht die Struktur, sondern die strukturelle Stabilität ausschlaggebend für die regulatorische Aktivität des Tetracyclin-bindenden Aptamers.
Ein weiterer Teil dieser Arbeit beschäftigt sich mit der Charakterisierung des Bindungsmodus von GTP an die GTP-bindenden Aptamere 9-4, 10-10, Klasse II und Klasse V. Durch den direkten NMR-spektroskopischen Nachweis von Wasserstoffbrückenbindungen konnte eine intermolekulare G:C-Watson-Crick-Basenpaarung zwischen GTP und den GTP-bindenden Aptameren 9-4, 10-10 und Klasse II gezeigt werden. Basierend auf diesen Ergebnissen konnte durch eine C zu U Mutation die Bindungsspezifität des Aptamers Klasse II von GTP zu 2-Amino-ATP verändert werden.
Weiterhin konnte im Rahmen dieser Arbeit ein intermolekularer G-Quadruplex als Ligandbindungsmodus zwischen GTP und dem GTP-bindenden Aptamer Klasse V beschrieben werden. Hierbei bildet GTP mit sieben Guanin-Basen der RNA eine intermolekulare G-Quadruplexstruktur, bestehend aus zwei übereinanderliegenden Guanin-Tetraden, aus. Durch den Einsatz von 15N-markiertem NH4+ konnte eine spezifische Kaliumbindungsstelle im Zentrum der Quadruplexstruktur lokalisiert werden, die zur Stabilisierung des RNA-Ligand-Komplexes dient. Die beobachteten NOE-Kreuzsignale zwischen den Protonen des gebundenen NH4+ und den Protonen der RNA bestätigten dabei die Ausbildung eines intermolekularen G-Quadruplexes. Zusätzlich ergab die Analyse der NMR-Spektren, dass die G-Quadruplexstruktur erst im Zuge der Ligandbindung ausgebildet wird. Die Bildung eines G-Quadruplexes, in der der Ligand einen integralen Bestandteil der Quadruplexstruktur darstellt, ist ein bislang unbeschriebener Bindungsmechanismus.
Die Beobachtung, dass Tumorzellen häufig eine Abhängigkeit gegenüber einer einzelnen und treibenden Mutation entwickeln, obwohl sie zahlreiche Mutationen aufweisen, bildet die Grundlage der mittlerweile etablierten, zielgerichteten Tumortherapie (Weinstein, 2002). Mit der Identifikation verantwortlicher Signalwege sowie beteiligter Signalkomponenten, sind Ansatzpunkte für diese Therapieform geschaffen worden, die bereits zu einigen Erfolgen in der Leukämie-, Brustkrebs- oder Lungenkrebsbehandlung geführt haben (Druker et al., 2001; Slamon et al., 2001; Kwak et al., 2010) . In vielen Fällen stellt sich jedoch ein Rückfall aufgrund der Ausbildung von Resistenzen ein oder auch das Nichtanschlagen der Therapien wird beobachtet (Ramos & Bentires-Alj, 2015).
Verschiedenste Mechanismen kommen dabei in Frage, doch häufig werden kompensatorische Veränderungen in den Signalwegen beobachtet, die schließlich zur Umgehung der Inhibition führen (Holohan et al., 2013). Grundlage hierfür ist die Redundanz und Verknüpfung der Signalwege mit- und untereinander, die es der Zelle im Sinne der Homöostase ermöglichen sich flexibel an ihre Umgebung anzupassen (Rosell et al., 2013; Sun & Bernards, 2014) . Daher ist es von äußerster Wichtigkeit, die Mechanismen der Inhibition im Hinblick auf die Signalwege der Zellen genauer zu verstehen, und dabei nicht nur die direkten, sondern auch die indirekten Effekte der Inhibition zu analysieren. So lassen sich Rückschlüsse auf den Einsatz zielgerichteter Medikamenten ziehen, die in besseren Therapiekombinationen resultieren und dadurch die Entstehung von Resistenzen verhindern.
Eine Hyper-Aktivierung von STAT3 sowie das dadurch induzierte Genmuster sind als starkes onkogenes Signal identifiziert worden, und spielen darüber hinaus an der Vermittlung von Resistenzen gegenüber Tumortherapien eine entscheidende Rolle. Durch seine Rolle in diversen zellulären Prozessen, beeinflusst STAT3 die Proliferation und das Überleben von Tumorzellen, ihr migratorisches und invasives Verhalten sowie ihre Kommunikation mit Stroma- und Immunzellen. (Bromberg et al., 1999; Wake & Watson, 2015) Sehr selten ist die aberrante Aktivierung des Transkriptionsfaktors auf eigene Mutationen zurückzuführen, vielmehr sorgen Treiber überhalb für diese (Johnston & Grandis, 2011; Kucuk et al., 2015).
In der vorliegenden Arbeit wurden verschiedene STAT3-Inhibitionen in unterschiedlichen Modellen verglichen um darüber Rückschlüsse auf Kriterien einer Therapie zu ziehen. In einem Gliommodell aus der Maus, dem eine v-SRC-Expression als Treiber zu Grunde liegt (Smilowitz et al., 2007), wurde eine indirekte, BMX-vermittelte STAT3-Inhibition mit einer zielgerichteten STAT3-Hemmung verglichen. BMX, die zur TEC-Kinase-Familie gehört, wird als STAT3-aktivierende Kinase beschrieben. In letzter Zeit wurde ihr Einfluss bei der Tumorentwicklung immer deutlicher (Dai et al., 2006; Hart et al., 2011; Holopainen et al., 2012). Unter anderem konnte in Glioblastom-Stammzellen eine BMX-vermittelte STAT3-Aktivierung als Treiber für die Selbsterneurungskapazität und das tumorigene Potential identifiziert werden (Guryanova et al., 2011). Mit dem Tyrosinkinase-Inhibitor Canertinib ist es gelungen, in den murinen Tu-2449-Gliomzellen eine BMX-vermittelte STAT3-Aktivierung nachzuweisen und zu inhibieren. Dies ist damit die erste Arbeit, in der Canertinib als BMX-Inhibitor in einem endogenen Zellsystem getestet wurde. Die einmalige Canertinib-Gabe resultierte in einem Zellzyklusarrest der G1-Phase und die Aufrechterhaltung der Inhibitorwirkung im Zelltod. Im Vergleich dazu konnte eine RNAivermittelte STAT3-Stilllegung nicht das Absterben dieser Zellen induzieren. Mit der Suche weiterer Zielstrukturen von Canertinib, die die Grundlage dieser unterschiedlichen Phänotypen bilden, konnte eine zusätzliche AKT-Inhibition identifiziert werden. Sehr wahrscheinlich wird die AKT-Inhibition ebenfalls durch BMX vermittelt, da keine Inhibition der ERBB-Familie bestätigt werden konnte. Um die Effekte weiter abzugleichen wurden Canertinib-Versuche mit einem humanen Brustkrebsmodell durchgeführt, das als Treiber eine Überexpression des EGFR aufweist.
In MDA-MB-468-Zellen, in denen keine BMX-Aktivierung vorliegt, resultierte eine Canertinib-Behandlung in der sehr prominenten Inhibition des ERK-Signalweges und in einer weniger ausgeprägten Verminderung der STAT3- und AKT-Aktivierung. Auch in diesen Zellen führte die Canertinib-Behandlung zum Zelltod. Diese Effekte werden sehr wahrscheinlich durch die Inhibition des EGFR induziert, da Canertinib als pan-ERBBInhibitor beschrieben ist (Slichenmyer et al., 2001; Djerf Severinsson et al., 2011) .
Resultate die früher in der Arbeitsgruppe gewonnen wurden, beweisen, dass eine Herunterregulation von STAT3 in der Brustkrebszelllinie MDA-MB-468 ausreicht um ein Absterben der Zellen zu induzieren (Groner et al., 2008).
Die Ergebnisse dieser Arbeit zeigen, dass eine Canertinib-Behandlung über die Inhibition unterschiedlicher Signalwege den Zelltod in beiden Zelllinien induziert. Obwohl beide Zelllinien Treiber-vermitteltes, konstitutiv aktives STAT3 aufweisen, stellt nur in den Brustkrebszellen seine Inhibition eine ausreichende Therapiebedingung dar. Somit sind die Unterschiede zwischen den beiden Zelllinien essentiell für ein Überleben der Zellen nach einer STAT3-Inhibition. In Zukunft ist es wichtig, diese Unterschiede zu identifizieren um damit zu definieren, in welchen Patientengruppen eine STAT3-Inhibition zum Erfolg führt.
Die mitochondriale Innenmembran (IM) besteht aus zwei Subkompartimenten. Der Cristae Membran (CM) und der inneren Grenzmembran (IBM), welche durch die runden und schlitzartige Strukturen der Christa Junctions (CJs) verbunden werden Der MICOS-Komplex ist an den CJs lokalisiert und besteht aus mindestens 6 Komponenten, Mic60, Mic27, Mic26, Mic19, Mic12 und Mic10. Es ist bekannt, dass der MICOS-Komplex essentiell für die Stabilität der CJs ist. Die in dieser Arbeit gezeigten Ergebnisse, geben Aufschluss darüber, wie sich einzelne MICOS-Komponenten auf die Stabilität von Cristae und CJs im Modellsystem Hefe (S cerevisiae) auswirken. Zu Beginn dieser Arbeit war zum einen bekannt, dass die MICOS-Komponente Mic60 essentiell für die Bildung von CJs ist. Zum Anderen wurden im Vorfeld dieser Arbeit Interaktionen von Mic60 mit Proteinen in der mitochondrialen Außenmembran, vor allem Proteinkomplexe mit β-barrel-Proteinen identifiziert. Diese Interaktionen werden über den evolutionär, konservierten C-Terminus von Mic60 vermittelt.
β-barrel Proteine besitzen eine charakteristische Peptidsequenz, die β-Sequenz. Diese dient nach dem Import der β-barrel Proteine in die Mitochondrien als Signalpeptid für den SAM-/TOB-Komplex, welcher daraufhin die Proteine in die Außenmembran insertiert. In dieser Arbeit wurde ebenfalls eine β-Sequenz im C-Terminus von Mic60 identifiziert, diese zeigte einen Einfluss auf die Cristae-Stabilität. Zellen die eine Mic60-Variante mit einer Deletion oder Punktmutation der β- Domäne exprimieren, zeigten eine reduzierte Anzahl an CJs. Auch das Verkürzen des C-Terminus von Mic60 hatte diesen Effekt auf die mitochondriale Ultrastruktur. So konnte gezeigt werden, dass die β-Domäne und die Integrität des C-Terminus essentiell für die Stabilität von CJs sind.
Der Fokus dieser Arbeit lag in der Charakterisierung der MICOS-Komponenten Mic26 und Mic27. Es konnte bewiesen werden, dass beide Proteine genetisch mit der MICOS-Kernkomponente Mic60 interagieren. Die Untersuchung der mitochondrialen Ultrastruktur von Δmic26- und Δmic27-Zellen zeigte, dass eine Deletion vom Mic26 keinen Einfluss auf die Organisation der mitochondrialen Innenmembran hat. Im Gegensatz dazu, ist im Vergleich zum Wildtyp die Anzahl an CJs in Δmic27-Zellen um zwei Drittel reduziert. Auch die Innenmembranoberfläche ist in diesen Zellen stark vergrößert. Die Untersuchung der Morphologie der mitochondrialen Innenmembran in Zellen ohne Mic27 durch Kryo-Elektronentomographie isolierter Mitochondrien, veranschaulichte die Struktur der CJs in diesen Zellen genauer. Es zeigten sich hier breitere CJs, und der Übergang von der Cristaemembran in den Bereich der inneren Grenzmembran ist sehr flach und undefiniert. In Wildtyp-Mitochondrien waren die CJs schmal und schlitzartig und haben einen scharfkantigen Übergang von der Cristaemembran zur inneren Grenzmembran. Des Weiteren wies die Cristaemembran in Δmic27-Zellen unregelmäßige zackige Strukturelemente auf, was auf eine Anhäufung an Dimeren der F1FO-ATP Synthase hinweist.
Diese Beobachtungen in den Kryo-Tomogrammen, wurde durch Analysen des Oligomerisierungszustands der F1FO-ATP Synthase in Δmic27-Zellen, bestätigt. Hier fanden sich deutlich weniger höhere Oligomere und vermehrt Dimere. So kann aus diesen Befunden geschlossen werden, dass Mic27 die Oligomere der F1FO-ATP Synthase stabilisiert.
Um zu untersuchen, wie der MICOS-Komplex mit der F1FO-ATP Synthase in Verbindung steht, wurde mittels 2D-BNE-Analysen und einem Complexome Profiling die Komplexierung der nativen Komplexe in Wildtyp- und Δmic27-Mitochondrien analysiert. Zum einen konnte durch diese Untersuchungen gezeigt werden, dass Mic27 neben der F1FO-ATP Synthase auch stabilisierend auf den MICOS-Komplex wirkt. Die Komplexe im hochmolekularen Bereich der MICOS-Komponenten zerfielen in Δmic27-Zellen, was darauf hinweist, dass die anderen MICOS-Komponenten hier nicht mehr assemblieren können. Mic10 war die einzige MICOS-Komponente die in Δmic27-Zellen noch stabile Komplexe im hohen Massenbereich ausbildete. Mic10 findet sich zudem nicht nur in Klustern mit anderen MICOS-Komponenten sondern auch mit der F1FO-ATP Synthase.
Die Interaktion von Mic10 und der F1FO-ATP Synthase wurde auch biochemisch, mittels chemischer Quervernetzern und Ko-Immunpräzipitationsexperimenten bestätigt. Dies legt nahe, dass Mic10 die CJs mit hoher Wahrscheinlichkeit, durch die Verbindung mit der F1FO-ATP Synthase, mit der Cristaemembran verbindet und so stabilisiert.
Aufgrund der Erkenntnisse dieser Arbeit konnte ein neuartiges Modell postuliert werden. Die MICOS-Komponente Mic60 stabilisiert die CJs durch eine Interaktion seines C-Terminus mit Proteinen in der Außenmembran. Mic27 vermittelt über Mic10 die Interaktion zur F1FO-ATP Synthase. Somit ist diese neu identifizierte Interaktion des MICOS-Komplex zur F1FO-ATP Synthase essentiell für die Stabilität von CJs ist, indem es den MICOS-Komplex mit den Oligomeren der F1FO-ATP Synthase verbindet.
In this thesis, we study some features of the quantum chromodynamics (QCD) phase diagram at purely imaginary chemical potential using lattice techniques. This is one of the possible methodologies to get insights about the situation at finite density, where the sign problem prevents direct investigations from first principles.
We focus, in particular, on the Roberge-Weiss plane, where the phase structure with two degenerate flavours is studied both in the light and in the heavy quark mass limit. On the lattice, any result is affected by cut-off effects and so are the positions of the two tricritical points m_{tric}^{1,2} separating the second-order intermediate mass region from the first-order triple light and heavy mass regions. Therefore, changing the lattice spacing 'a', the values of m_{tric}^1 and m_{tric}^2 will change. In order to find their position in the continuum limit – i.e. for 'a' going to 0 – they have to be located on finer and finer lattices. Typically, in lattice QCD (LQCD) simulations, the temperature T is tuned through the bare coupling β, on which 'a' depends, while keeping Nt fixed. Hence, it is common to implicitly refer to how fine the lattice is just mentioning its temporal extent.
Using both Wilson and staggered fermions, we simulate Nf=2 QCD on Nt=6 lattices, varying the quark bare mass from the chiral (m_{u,d} going to 0) to the quenched (m_{u,d} going to infinity) limit. For each quark mass, a thorough finite scaling analysis is carried out, taking advantage of two different but consistent methods. In this way we identify the order of the phase transition locating, then, the position of the tricritical points. In order to convert our measurements to physical units we fix the scale measuring the lattice spacing as well as the pion mass corresponding to the quark bare mass used. This allows a comparison between different discretisation, getting a first idea of how serious are cut-off effects.
To be able to make a comparison between two different discretisations, we added an RHMC algorithm with staggered fermions to the CL2QCD software, a GPU code based on OpenCL, which we released in 2014. A considerable part of our work has been invested in ameliorating and optimising CL2QCD, as well as in developing new analysis tools regularly used next to it. Just to mention one, the multiple histogram method has been implemented in a completely general way and we took advantage of it in order to obtain more precise results. Finally, in order to efficiently handle and monitor the hundreds of simulations that are typically concurrently run in finite temperature LQCD, a completely new Bash library of tools has been developed. We plan to release it as a byproduct of CL2QCD in the near future.
In light of the global sea-level rise and climate change of the 21th century, it is important to look back into the recent past in order to understand what the future might hold. A multi-proxy data set was compiled to evaluate the influence of geomorphological and environmental factors, such as antecedent topography, subsidence, sea level and climate, on reef, sand apron and lagoon development in modern carbonate platforms through the Holocene. Therefore, a combination of remote sensing and morphological data from 122 modern carbonate platforms and atolls in the Atlantic, Indian and Pacific Oceans were conducted, along with a case study from the oceanic (Darwinian) barrier-reef system of Bora Bora, French Polynesia, South Pacific.
The influence of antecedent topography and platform size as factors controlling Holocene sand apron development and extension in modern atolls and carbonate platforms is hypothesized. Antecedent topography describes the elevation and relief of the underlying Pleistocene topography (karst) and determines the distance from the sea floor to the rising postglacial sea level. Maximum lagoon depth and marginal reef thickness, when available in literature, were used as proxies for antecedent topography. Sand apron proportions of 122 atolls and carbonate platforms from the Atlantic, Indian and Pacific Oceans were quantified and correlated to maximum lagoon depth, total platform area and marginal reef thickness. This study shows that sand apron proportions increase with decreasing lagoon depths. Sand apron proportions also increase with decreasing platform area. The interaction of antecedent topography and Holocene sea-level rise is responsible for variations in accommodation space and at least determines the extension of the lateral expansion of sand aprons. In general, sand apron formation started when marginal reefs approached relative sea level. Spatial and regional variations in sea-level history let sand apron formation start earlier in the Indo-Pacific region (transgressive-regressive) than in the Western Atlantic Ocean (transgressive).
The influence of sea level, antecedent topography and subsidence of a volcanic island on late Quaternary reef development was evaluated based on six rotary core transects on the barrier and fringing reefs of Bora Bora. This study was designed to revalue the Darwinian model, the subsidence theory of reef development, which genetically connects fringing reef, barrier reef and atoll development by continuous subsidence of the volcanic basement. Postglacial sea-level rise, and to a minor degree subsidence, were identified as major factors controlling Holocene reef development in that they have created accommodation space and controlled reef architecture. Antecedent topography was also an important factor because the Holocene barrier reef is located on a Pleistocene barrier reef forming a topographic high. Pleistocene soil and basalt formed the pedestal of the fringing reef. Uranium-Thorium dating shows that barrier and fringing reefs developed contemporaneously during the Holocene.
In the barrier–reef lagoon of Bora Bora, the influence of environmental factors, such as sea level and climate, tsunamis and tropical cyclones controlling Holocene sediment dynamics was evaluated based on sedimentological, paleontological, geochronological and geochemical data. The lagoonal succession comprises mixed carbonate-siliciclastic sediments overlying peat and Pleistocene soil. The multi-proxy data set shows variations in grain-size, total organic carbon (proxy for primary productivity), Ca and Cl element intensities (proxies for carbonate availability and lagoonal salinity) during the mid-late Holocene. These patterns could result from event sedimentation during storms and correlate to event deposits found in nearby Tahaa, probably induced by elevated cyclone activity. Accordingly, elevated erosion and runoff from the volcanic island and lower lagoonal salinity would be a result of rainfall during repeated cyclone landfall. However, Ti/Ca and Fe/Ca ratios as proxies for terrigenous sediment delivery peaked out in the early Holocene and declined since the mid-Holocene. Benthic foraminifera assemblages do not indicate reef-to-lagoon transport. Alternatively, higher and sustained hydrodynamic energy is probably induced by stronger trade winds and a higher-than-present sea level during the mid-late Holocene. The increase in mid-late Holocene sediment dynamics within the back-reef lagoon is supposed to display sediment-load shedding of sand aprons due to the oversteepening of slopes at sand apron/lagoon edges during their progradation rather than an increase in tropical storm activity during that time.
The influence of sea-level and climate changes on sediment import, composition and distribution in the Bora Bora lagoon during the Holocene is validated. Lagoonal facies succession comprises siderite-rich marly wackestones, foraminifera-siderite wackestones, mollusk-foraminifera marly packstones and mollusk-rich wackestones during the early-mid Holocene, and mudstones since the mid-late Holocene. During the early Holocene, enhanced weathering and iron input from the volcanic island due to wetter climate conditions led to the formation of siderite within the lagoonal sediments. The geochemical composition of these siderites shows that precipitation was driven by microbial activity and iron reduction in the presence of dissolved bicarbonate. Chemical substitutions at grain margins illustrate changes in the oxidation state and probably reflect changes in pore water chemistry due to sea-level rise and climate change (rainfall). In the late Holocene, sediment transport into the lagoon is hampered by motus on the windward side of the lagoon, which led to early submarine lithification within the lagoon.
Anankastic relatives
(2016)
This dissertation investigates a semantic puzzle in German concerning certain sentences with an intensional transitive verb and a modalized relative clause modifying its indefinite object. In their unspecific reading, the modal inside the relative clause seems to lack a semantic contribution and the construal of the relative clause appears spuriously ambiguous between a restrictive and an appositive reading. However, as a thorough discussion of a wide range of data reveals, the embedded modal is actually anaphoric to the matrix attitude and does contribute to the sentence meaning. But then, precisely due to its anaphoricity, this semantic contribution is restricted and in some cases very subtle; in particular, the semantic phenomenon under scrutiny cannot be analyzed as an instance of modal concord. Rather, previous observations on related data involving epistmic anaphoric modals and anankastic conditionals turn out to indicate the direction for an adequate analysis of the relevant semantic observations. For the restrictive construal, a conservative account is developed containing a fine-grained Lewis-Kratzer-style modal semantics, but with a twist: the anaphoricity of the modal is taken care of by restricting the anaphoricity of the modal to the ordering source of the matrix verb; moreover, the embedded modal receives a historical modal base. In this way compositionality issues and problems of cross-identification are avoided. Finally, the non-restrictive construal is analyzed as an instance of modal subordination, exploiting the well-studied parallel between appositive relatives and discourse anaphora.
Modern mobile devices offer a great variety of data that can be recorded. This broad range of information offers the possibility to tailor applications more to the needs of a user. Several context information can be collected, like e.g. information about position or movement. Besides integrated sensors, a broad range of additional sensors are available which can be connected to a mobile device. These additional sensors offer for example the possibility to measure physiological signals of a user.The human body offers a broad range of different signals. These signals have been used in several examples to conclude on the state of a user. The different signals allow to get a deeper insight into emotional or mental state of a user. Electrodermal activity gives feedback about the current arousal level of a user. Heart rate and heart rate variability can give an estimation about valence and mental load of a user. Several models exist to conclude from information like valence and arousal on different emotional states. Russell defined a two dimensional model, using valence and arousal to define affective states. Yerkes and Dodson developed a curve that expresses the relationship between arousal and performance of a user. Different examples exist, that use physiological signals to determine the user state for tailoring and adapting of applications. At the time of this work most of these examples did not address the usage of physiological signals for user state estimation in mobile applications and in mobile scenarios. Mobile scenarios lead to several challenges that need to be addressed. Influencing factors on physiological signals, like e.g. movement have to be controlled. Furthermore a user might be interrupted and influenced by environmental aspects. The combination of physiological data and context information might improve the interpretation of user state in mobile scenarios. In this work, we present a model that addresses the challenges of usage in mobile scenarios to offer an estimation of user state to mobile applications. To address a broad range of mobile applications, affective and cognitive state are provided as output. As input heart rate and electrodermal activity are used, as well as context information about movement and performance. Electrodermal activity is measured by a simple sensor that can be worn as a wristband. Heart rate is measured by a chest strap as used in sports. The input channels are transformed to affective and cognitive state based on a fuzzy rule based approach. With help of fuzzy logic, uncertainty can be expressed and the data continuously being processed. At the start, input channels are fuzzified by defined functions. After a that, a first fuzzy rule set transforms the input signals into values for valence, arousal and mental load. In a second step, these values and context information are transformed with another fuzzy rule set to values for affective and cognitive state. Affective state is based on the model of Russell, where valence and arousal are used to determine different emotional states. The output of the model are eight different affective states (alarmed, excited, happy, relaxed, tired, bored, sad and frustrated), which can have a high, medium, low or very low value as output. Cognitive state is determined based on mental load and context information about performance and movement. The output value can be very high, high, medium or low. The model was implemented as background service for Android devices. Different applications have been used for evaluation of the model. The model has been integrated in a multiplayer space shooter game, called ”Zone of Impulse”, which mainly benefits from the affective state. Cognitive state is more addressed in applications like a simple vocable trainer, which adapts difficulty based on user state. A study to evaluate different aspects of the model has been conducted. The study was designed to investigate the suitability of the model for mobile scenarios. The game ”zone of impulse” and the vocable trainer have been investigated in different configurations. Versions with integrated model have been compared to version of the applications without model, as well as versions of the model without context information. In total 41 participants took part in the study. A part of the participants had to do the tasks of the study in a mobile scenario, walking around several streets. The remaining participants had to do the tasks in a controlled environment in a sitting position. Different aspects were collected with ratings and questionnaires. Overall, participants rated that they did not feel impaired by the sensors they had to wear. The results showed, that the combination of physiological data and context information had an advantage against versions without context information in part of the ratings. A comparison between versions with and without model showed, that the subjective mental load ratings were significantly better for the version with model. Subjective ratings for aspects like fun, overstrain and support were mixed. When comparing the application versions in indoor and outdoor scenarios, no significant difference could be found, which leads to the assumption that there is no loss of interpretation quality in outdoor scenarios. The results also showed that the model seems to be robust enough to compensate the loss of an input channel, as there was no significant difference between application versions with full integrated model and versions with one channel lost. With the model developed in this work, context information and physiological data were combined to improve user state estimation. Furthermore pitfalls of user state estimation in mobile scenarios are overcome with this combination. However, the model has only been evaluated with a limited amount of applications and situations that mobile scenarios offer.
The transition from the marine to the terrestrial realm is one of the most fascinating issues in evolutionary biology for it required the appearance, in different organisms, of several novel adaptations to deal with the demands of the new realm. Adaptations include, for instance, modifications in different metabolic pathways, development of body structures to facilitate movement and respiration, or tolerance to new conditions of stress. The transition to the land also gives an extraordinary opportunity to study whether evolution used similar changes at the genomic level to produce parallel adaptations in different taxa. Mollusks are among taxa that were successful in the conquest of the land. For instance, several lineages of the molluscan clade Panpulmonata (Gastropoda, Heterobranchia) invaded the intertidal, freshwater and land zones from the marine realm. In my dissertation, using tools from bioinformatics, phylogenetics, and molecular evolution, I used panpulmonates as a suitable model group to study the independent invasions into the terrestrial realm and the adaptive signatures in genes that may have favored the realm transitions. My work includes two peer-reviewed published papers and one manuscript under review. In Publication 1 (Romero et al., 2016a), I used mitochondrial and nuclear molecular markers to resolve the phylogeny of the Ellobiidae, a family that possesses intertidal and terrestrial species. The phylogeny provided an improved resolution of the relationships within inner clades and a framework to study the tempo and mode of the land transitions. I showed that the terrestrialization events occurred independently, in different lineages (Carychiinae, Pythiinae) and in different geological periods (Mesozoic, Cenozoic). In addition, the diversification in this group may not have been affected by past geological or climate changes as the Cretaceous-Paleogene (K-Pg) event or the sea-level decrease during the Oligocene. In Publication 2 (Romero et al., 2016b), I generated new mitochondrial genomes from terrestrial species and compared them with other panpulmonates. I used the branch-site test of positive selection and detected significant nonsynonymous changes in the terrestrial lineages from Ellobioidea and Stylommatophora. Two genes appeared under positive selection: cob (Cytochrome b) and nad5 (NADH dehydrogenase 5). Surprisingly, I found that the same amino acid positions in the proteins encoded by these genes were also under positive selection in several vertebrate lineages that transitioned between different habitats (whales, bats and subterranean rodents). This result suggested an adaptation pattern that required parallel genetic modifications to cope with novel metabolic demands in the new realms. In Manuscript 1 (Romero et al., under review), I de novo assembled transcriptomes from several panpulmonate specimens resulting in thousands of genes that were clustered in 702 orthologous groups. Again, I applied the branch-site test of positive selection in the terrestrial lineages from Ellobioidea and Stylommatophora and in the freshwater lineages from Hygrophila and Acochlidia. Different sets of genes appeared under positive selection in land and freshwater snails, supporting independent adaptation events. I identified adaptive signatures in genes involved in gas-exchange surface development and energy metabolism in land snails, and genes involved in the response to abiotic stress factors (radiation, desiccation, xenobiotics) in freshwater snails. My work provided evidence that supported multiple land invasions within Panpulmonata and provided new insights towards understanding the genomic basis of the adaptation during sea-to-land transitions. The results of my work are the first reports on the adaptive signatures at the codon level in genes that may have facilitated metabolic and developmental changes during the terrestrialization in the phylum Mollusca. Moreover, they contribute to the current debate on the conquest of land from the marine habitat, a discussion that has been only based in vertebrate taxa. Future comparative genome-wide analyses would increase the number of genes that may have played a key role during the realm transitions.
Die paravertebralen Grenzstränge entwickeln sich aus Neuralleistenzellen des Rumpf- und Lendenbereichs. Diese sammeln sich im Hühnerembryo an Embryonaltag 2,5-3 an der dorsalen Aorta und formen die primären sympathischen Ganglien. Die dorsale Aorta sezerniert Morphogene, welche einen Teil der Vorläuferzellen zur Differenzierung zu Neuroblasten anregt. Die sympathischen Neuroblasten sind, obgleich sie bereits neurale und noradrenerge Marker exprimieren, zur Zellteilung fähig. Sie unterscheiden sich darin von anderen Neuralleistenderivaten wie beispielsweise den Neuronen der parasympathischen Ziliarganglien und der sensorischen Hinterwurzelganglien. Schließlich wandern die primären sympathischen Ganglien weiter und bilden lateral zum Notochord die paravertebralen Grenzstränge (Rohrer, 2011).
Der Homöodomänen-Transkriptionsfaktor PROX1 wird im Laufe der Entwicklung höherer Vertebraten in vielen Geweben exprimiert. Welche Wirkung PROX1 dabei auf Überleben, Migration, Proliferation und Differenzierung hat, hängt davon ab, in welchem Zelltyp er aktiv ist (Dyer et al., 2003; Lavado et al., 2010). Im peripheren Nervensystem konnte PROX1 embryonal in den Hinterwurzelganglien und den sympathischen Ganglien nachgewiesen werden (Becker et al., 2009; Diplomarbeit Julia Holzmann, 2010). Zielsetzung dieser Dissertation war es, die Expression und die Funktion von PROX1 in sympathischen Ganglien von Hühnerembryonen zu analysieren.
Die Expressionsanalyse von PROX1 zeigte, dass der Anteil der PROX1-positiven Neurone an Embryonaltag 5 (E5) ein Maximum erreicht und danach im Laufe der Entwicklung stetig abnimmt. Dies gilt ebenso für die Population der proliferierenden Neuroblasten, welche ebenfalls im Laufe der Hühnerentwicklung erstmals detailliert untersucht wurde. Diese Korrelation führte zu der Vermutung, dass PROX1 hauptsächlich in proliferierenden Zellen exprimiert wird, welche anschließend experimentell bestätigt werden konnte. Die Population der PROX1-positiven und die der p27-negativen Neuroblasten haben in allen untersuchten Hamburger Hamilton-Stadien (HH-St 21-37) eine vergleichbare Größe. Dennoch ist PROX1 durchgehend in einem kleinen Teil der p27-positiven Neurone enthalten. Diese Population verändert sich im Laufe der Entwicklung kaum und das Fluoreszenzsignal eines oder beider Proteine ist bei doppelpositiven Zellen deutlich schwächer. Diese und andere Daten dieser Arbeit weisen darauf hin, dass es sich um Neuroblasten handelt, welche gerade aus dem Zellzyklus austreten. In postmitotischen Neuronen geht PROX1 verloren. Obwohl PROX1 in allen untersuchten HH-Stadien stark in der Population proliferierender Neurone exprimiert wird, zeichnet sich ab E7 eine kleinere Population von Neuroblasten in S-Phase ab, welche kein PROX1 enthalten.
Die Vorläuferzellen von Ziliarganglien werden, ähnlich wie die der sympathischen Ganglien, durch BMP-Proteine zur Differenzierung angeregt (Müller und Rohrer, 2002). Aufgrund der Ähnlichkeiten in der Entwicklung beider Neuralleistenderivate wurde die Expression von PROX1 in dieser Dissertation auch in Ziliarganglien untersucht: Der Transkriptionsfaktor wird dort nur an E4 und E5 vereinzelt in Neuronen exprimiert und nahezu gar nicht in Vorläuferzellen. In späteren HH-Stadien ist PROX1 in Ziliarganglien nicht mehr nachweisbar.
Ebenfalls konnte hier gezeigt werden, dass PROX1 in primären sympathischen Ganglien an E3 (HH-St 21) in Vorläuferzellen exprimiert wird, welche bereits begonnen haben, sich zu Neuroblasten zu differenzieren. Noch bevor die Differenzierung dieser Zellen jedoch abgeschlossen ist, wird PROX1 transient herunterreguliert. Die entstehenden Neuroblasten treten in dieser Phase kurzzeitig aus dem Zellzyklus aus. Da sich die Größe der p27-negativen und der PROX1-positiven Population auch an E3 stark ähnelt, kann man schließen, dass die Zellteilung in den Neuroblasten erst bei erneuter PROX1-Expression wieder aufgenommen wird. Ab E5 ist PROX1 fast ausschließlich in Neuroblasten nachweisbar.
Eine Funktionsanalyse von PROX1 unter Kulturbedingungen und im Hühnerembryo sollte durch Knockdown und Überexpression zeigen, welchen Einfluss der Transkriptionsfaktor auf die Proliferation der Neuroblasten nimmt. Die Manipulation der PROX1-Expression hatte in vitro einen proproliferativen Effekt. In vivo unterschieden sich Knockdown und Überexpression aber nicht von der Kontrolle.
Zusammenfassend wurde in dieser Doktorarbeit die Expression von PROX1 in sympathischen Ganglien von Hühnerembryonen im Detail analysiert. Der Transkriptionsfaktor ist sowohl in Vorläuferzellen als auch in Neuroblasten nur transient vorhanden. Zwar konnte eine klare Korrelation zwischen der Expression von PROX1 und der Proliferation der sympathischen Neuroblasten festgestellt werden, allerdings konnte eine Wirkung von PROX1 auf die Proliferation durch Funktionsanalysen nur teilweise bestätigt werden. Zusammen weisen die Daten darauf hin, dass PROX1 eine Rolle in der Feinregulation der Proliferation spielt.
Das Hauptziel dieser Dissertation lag in der Verbesserung einzelner Schritte im Prozess der automatischen Proteinstrukturbestimmung mittels Kernmagnetischer Resonanz (NMR). Dieser Prozess besteht aus einer Reihe von sequenziellen Schritten, welche zum Teil bereits erfolgreich automatisiert wurden. CYANA ist ein Programmpaket, welches routinemäßig zur automatischen Zuordnung der chemischen Verschiebungen, der Nuclear Overhauser Enhancement (NOE) Signalen und der Strukturrechnung von Proteinen verwendet wird. Einer der Schritte, der noch nicht erfolgreich automatisiert wurde, stellt die Signalidentifizierung von NMR Spektren dar. Dieser Schritt ist besonders wichtig, da Listen von NMR-Signalen Grundlage aller Folgeschritte sind. Fehler in den Signallisten pflanzen sich in allen Folgeschritten der Datenauswertung fort und können am Ende in falschen Strukturen resultieren. Daher war ein Ziel dieser Arbeit, einen robusten und verlässlichen Algorithmus zur Signalidentifizierung von NMR Spektren in CYANA zu implementieren. Dieser Algorithmus sollte mit dem in FLYA implementierten Ansatz zur automatischen Resonanzzuordnung, der automatischen NOE-Zuordnung und der Strukturrechnung mit CYANA kombiniert werden. Der in CYANA implementierte CYPICK Algorithmus ahmt den von Hand durchgeführten Ansatz nach. Bei der manuellen Methode schaut sich der Wissenschaftler zweidimensionale Konturliniendarstellungen der NMR Spektren an und entscheidet anhand verschiedener Geomtrie- und Ähnlichkeitskriterien, ob es sich um ein Signal des Proteins oder um einen Artefakt handelt. Proteinsignale sind ähnlich zu konzentrischen Ellipsen und erfüllen bestimmte geometrische Kriterien, wie zum Beispiel ungefähr kreisförmiges Aussehen nach entsprechender Skalierung der spektralen Achsen und gänzlich konvexe Formen, die Artefakte nicht aufzeigen. CYPICK bewertet die Konturlinien lokaler Extrema nach diesen Bedingungen und entscheidet anhand dieser, ob es sich um ein echtes Signal handelt oder nicht. Das zweite Ziel dieser Arbeit war es ein Maß zur Quantifizierung der Information von strukturellen NMR Distanzeinschränkungen zu entwickeln. Der sogenannte Informationsgehalt (I) ist vergleichbar mit der Auflösung in der Röntgenkristallographie. Ein weiteres Projekt dieser Dissertation beschäftigte sich mit der strukturbasierten Medikamentenentwicklung (SBDD). SBDD wird meist von der Röntgenkristallographie durchgeführt. NMR hat jedoch einige Vorteile gegenüber der Röntgenkristallographie, welche interessant für SBDD sind. Daher wurden Strategien entwickelt, die NMR für SBDD zugänglicher machen sollen.
The Earth’s surface condition we find today is a result of long exposure to metabolism of life forms. Particularly, molecular oxygen in the atmosphere is a feature which developed over time. The first substantial and lasting rise of atmospheric oxygen level happened ≈ 2.5 Ga ago, but localities are reported where transiently elevated oxygen levels appeared before this time-point. To trace the timing and circumstances of the earliest availability of free oxygen in the atmosphere is important to understand the habitats of early microbial life forms on Earth.
This thesis focuses to obtain information of oxygen levels and the related atmospheric cycling of metals in sediments of the 3.5 to 3.2 Ga Barberton Greenstone Belt. First, as iron was a ubiquitous constituent of Archean seawater, I investigated its isotopic composition in minerals of chemical sediments. Hereby, I tried to resolve the changes within the water basin on small scale sedimentary sequence cycles. Second, I focused on the minor constituents of Archean seawater. The Re-Os geochronologic system and the abundance patterns of the platinum-group elements were chosen to integrate information of oxygen promoted weathering of a large source area. To integrate information of a large time interval, the isotopes of uranium were investigated over a large stratigraphic section.
The two key findings of this thesis are:
• Quantitative oxidation of ferrous iron in surface layers of Paleoarchean seawater occurred during the onset and termination of hydrothermal FeIIaq delivery into shallow waters.
• Paleoarchean sedimentary successions of the Barberton Greenstone Belt lack any evidence of transient basin-scale oxygenation.
The Manzimnyama Iron Formation (IF, Fig Tree Group, Barberton Greenstone Belt, South Africa) has been deciphered to exist of cyclic stacks of lithostratigraphic units with varying amounts of iron oxide and carbonate minerals. In-situ femtosecond-Laser-Ablation ICP-MS iron isotope measurements showed that the majority of siderite (γ56Fe ≈ −0.5 ‰) precipitated directly from seawater of γ56Fe ≈ 0 ‰. Ferric iron from the surface layers is preserved in ≤ 1μ m hematite and in magnetite that has been grown within the consolidated sediment. During FeIIaq events, fine-grained hematite (γ56Fe ≈ 2.2 ‰) and magnetite (γ56Fe 0.5 to 0.8 ‰) indicate oxygen levels in surface waters of lower than 0.0002 μM. Upon onset and termination of iron oxide abundance, magnetite with γ56Fe ≈ 0 ‰ indicates that low concentrations of FeIIaq in surface waters were oxidized quantitatively. These observations demonstrate the existence of iron oxidation in Paleoarchean surface waters independent of FeIIaq concentration. This is the first investigation of Paleoarchean IF showing that lithostratigraphic cyclicity can be traced in iron isotopic composition of oxide minerals.
ID-ICP-MS measurement of Re, Ir, Ru, Pt and Pd, trace element (SF-ICP-MS) and ID-MCICP- MS uranium isotope determination have been applied to carbonaceous shale of the Mapepe Fm. (Fig Tree Group) after inverse Aqua Regia leaching and bulk digestion. The sediments reveal a silicified fraction which exhibits a seawater REE signature and a mixture of detrital and meteoritic PGE. Neither enrichment of the redox-sensitive elements Re or Mo nor fractionated uranium isotopes have been found on a stratigraphic interval of several hundred meters. The non-silica fraction shows no depletion of Re which indicates that the detrital material had no contact to oxidizing fluids. ID-TIMS measurements of Re and Os after the CrO3-SO4 Carius Tube method of two sample intervals showed that the Re-Os isotopic systems of the non-silica fractions are identical to two komatiite occurrences. Weltevreden Fm. and Komati Fm. rocks were uplifted, eroded and transported to the deep part of the sedimentary basin without any change to the Re-Os system. Negative fractionated uranium isotopes (γ238U = −0.41 ± 0.01 ‰) associated with detrital Ba-Cr-U occurrences suggest the existence of distal redox-processes that involve uranium species. This study demonstrates that over the time of exposure and deposition of the Mapepe Fm. sedimentation, free oxygen was not available for weathering in the catchment area.
Human MSCs are currently deployed in a wide range of clinical applications and disease models, because of their regenerative and immune modulatory potential. Unfortunately, the fate of MSCs after systemic administration and the related interactions within the blood circulation are still not fully understood. The majority of i.v. or i.a administered MSCs accumulate in the lungs and loose traceability after 3-4 days in vivo144. Since engraftment rate and long term persistence of injected MSCs seems rather low, we tried to improve in vivo kinetics by using hyperosmolaric injection media (HyperHAES) in order to describe the impact on biodistribution, cell morphology and survival rate. In vitro culture related changes in morphology and surface expression patterns were analysed using flow cytometry and brightfield morphology scan in correlation with calibrated microbeads. In vivo tracking of male PKH67 labeled human MSCs in an immunecompetent mouse model were achieved using SRY-gene qRT-PCR analysis and flow cytometry/fluorescence microscopy at different time points. Kinetics, viability and cell-cell interaction of HyperHAES coinjected MSCs in comparison to NaCl 0.9% injection media were assessed with a combination of altering mitochondrial membrane potential (MMP), caspase 3/7-activity, additional survival and surface markers. Incubation of human MSCs in hyperosmolaric injection media (HyperHAES) shortly before i.v. injection decreased average diameter of culture expanded MSCs about 30% (from 48.7±2.29μm to 34.6±2.04μm) and improved viability and retrieval rate of injected MSCs within 24h. HyperHAES decreased significantly the loss of MMP and the signal intensity of the dead cell marker PI in comparison to isotonic control. HyperHAES treated MSCs are detected at higher frequencies in most murine tissues but didn`t result in alterations of interaction with the host immune system or caspase activation. Additionally, HyperHAES seemed to enable MSCs to reach organs with smaller microcirculation like the spleen. Functional impairment of MSC in HyperHAES was analysed with Phalloidin A staining for cytoskeletal activation and showed no signs of disturbed actin polymerization, whereas nuisance of migration and immunemodulatory characteristics were not addressed. PKH67 labeled MSCs decrease in size after i.v. injection in mice, acquire apoptotic and phagocytic cell markers, and accumulate in lungs and liver. This process could be delayed but not reverted by preincubation of MSCs in HyperHAES. Our findings help to explain the rapid loss of traceable MSCs after systemic delivery.
RNA modifications are widespread in the RNA world. Nevertheless, their functions remain enigmatic. Recent analysis in tRNAs, mRNAs and rRNAs have revealed that apart from enriching their topological potential, these chemical modifications provide an added significant regulatory level to gene expression...
Geoelektrische Methoden sind weit verbreitet und werden häufig zur Erkundung des oberflächennahen Untergrundes eingesetzt. Angewendet werden standardmäßig meist nur linienhafte Anordnungen der Sender- und Empfängerelektroden, die nur wenige Zehner Meter lang sind. Hierdurch haben diese Methoden nur geringe Eindringtiefen. Um größere Eindringtiefen und 3-dimensionale Informationen über den Untergrund zu erhalten, sind in der vorgestellten Studie die Empfänger- und Senderdipole in mehr oder weniger regelmäßigen Abständen über das Untersuchungsgebiet verteilt worden. Mit jeder Empfängerstation sind kontinuierlich die elektrischen Spannungen in bis zu drei Richtungen aufgezeichnet worden. Für die Einspeisungen wurde ein Rechtecksignal verwendet, das sich gut von den Störfrequenzen und den natürlichen Spannungen abhebt. Die Richtungen der Einspeisedipole sind entsprechend den örtlichen Gegebenheiten, jedoch möglichst parallel zu den Messrichtungen, gewählt worden. Zur Auswertung der erhobenen Messdaten wurde ein Programmpaket entwickelt, das eine weitestgehend automatisierte Auswertung der Daten erlaubt. Die Bestimmung der scheinbaren spezifischen Widerstände und ihrer Messfehler wurde an den fouriertransformierten Datenzeitreihen durchgeführt. Hierdurch konnten Störeinflüsse minimiert werden und es wurde möglich selbst stark verrauschte Datensätze auszuwerten. Um die erhobenen Daten interpretieren zu können sind die berechneten scheinbaren spezifischen Widerstände als Grundlage für Inversionen und Modellstudien verwendet worden. Die oben beschriebene Methode wurde im Rahmen der vorliegenden Arbeit in zwei unterschiedlichen Messgebieten angewandt.
Messgebiet im Hohen Vogelsberg
Im Juli 2007 wurde damit begonnen, die Forschungsbohrung Sichenhausen-Eschwald im Hohen Vogelsberg abzuteufen. Ziel war es, Informationen über den strukturellen Aufbau des größten geschlossenen Vulkankomplexes Mitteleuropas zu gewinnen. Die Gesteinsansprache der Tiefbohrung lieferte bereits relativ früh Hinweise darauf, dass ein großer magmatischer Körper aufgeschlossen wurde.Aufgrund der begrenzten räumlichen Aussagekraft der Bohrung und fehlender Geländebefunde war es nicht möglich, den Mechanismus der Platznahme und die Größe des Körpers näher zu beschreiben. Die Kampagne hatte das Ziel diese Lücke zu schließen und ein 3-dimensionales Modell des Untergrundes zu erstellen.In dem annähernd quadratischen Untersuchungsgebiet, das eine Fläche von ca. 25 $km²$ aufweist, wurden 20 Datenlogger zur Aufzeichnung der elektrischen Spannungen aufgebaut. Die Empfängerdipole waren zwischen 20 m und 30 m lang. Insgesamt wurden 36 Stromeinspeisungen mit Stromstärken zwischen 28 A und 40 A an 16 unterschiedlichen Positionen für jeweils 2 bis 3 verschiedene Dipolrichtungen vorgenommen. Die Einspeisedipole waren zwischen 100 m und 300 m lang. Insgesamt konnten 1.439 scheinbare spezifische Widerstände berechnet werden.Die Ergebnisse der Modellierungen und der Inversion der Daten zeigen, dass mit der Forschungsbohrung ein domartiger Körper angebohrt wurde. Anhand der Ergebnisse kann die räumliche Ausdehnung des Körpers eingegrenzt und ein vorher noch nicht kartierter Gang nachgewiesen werden.
Messgebiet im Bereich der Kinzigtalsperre
Das etwa Ost-West verlaufende Kinzigtal bildet die naturräumliche und geologische Grenze zwischen dem vulkanischen Vogelsberg im Norden und dem, in diesem Bereich aus Sedimentgesteinen aufgebauten, Spessart im Süden.Die zwischen Steinau a. d. Str. und Bad Soden-Salmünster befindliche Kinzigtalsperre dient dem Hochwasserschutz und der Regulierung des Pegels der Kinzig bei Dürreperioden. Der aufgestaute See ist relativ flach und weist im Normalstau maximale Tiefen von ca. 6~m auf. Der Stausee ist jedoch über weite Teile etwa 4~m tief. In dieser Kampagne betrug der Abstand zwischen den einzelnen Empfängerstationen etwa 100 m bis 300 m. Es wurde aufgrund der beengten Platzverhältnisse eine Dipollänge von ca. 48 m für die Einspeise- und die Empfängerdipole im Messgebiet gewählt. Insgesamt wurden 14 Empfängerstationen im Messgebiet aufgebaut, von denen sich Neun auf dem Seegrund befanden. Das Messraster orientierte sich am vermuteten Verlauf der Kinzigtalstörung. An 8 Positionen sind in 21 Richtungen elektrische Ströme mit Stärken zwischen 2,2 A und 40 A in den Untergrund eingespeist worden. Es konnten 536 scheinbare spezifische Widerstände berechnet werden. Ziel war es, den Verlauf der Störung näher zu bestimmen und die Tiefe der im Untergrund vorhandenen salinären Grundwässer zu bestimmen. Die Bestimmung des Verlaufs der Kinzigtalstörung sowie die Tiefenbestimmung der salinären Grundwässer war mit den erhobenen Daten jedoch nicht möglich.
To understand neurodegenerative diseases is one of the major challenges of the 21st century. This also includes Alzheimer´s disease (AD), which represents a chronic neurodegenerative disorder, with long preclinical and prodromal phases (approx. 20 years) and an average clinical duration of 8–10 years. In the early phase of this disease, patients show deterioration of memory, difficulties in finding the right words for everyday objects or mood swings. The risk of AD grows exponentially with age, doubling approximately every 5 to 6 years. AD may contribute to 60–70% of all dementia cases, being the most common cause of this disease. Dementia is one of the major causes of disability and dependency among older people worldwide. The causes of the sporadic form of AD with late onset (LOAD) are not yet known, but it seems to be a result of multiple factors. Neuropathological features are extracellular senile plaques, containing beta-amyloid peptides (Aβ) and intracellular neurofibrillary tangles, containing paired helical tau proteins, which have been associated with neuronal loss and atrophy of the cerebral cortex. Thus, misfolded proteins seem to contribute to the pathogenesis, but are not the only players in the disease process. Developing feasible therapies is difficult due to the multifactorial pathology of AD. Currently approved drugs only attenuate symptoms, but do not cure the disease. Research into AD also has had several failures in terms of developing disease-modifying therapies. Thus, new therapeutic targets in order to develop a causal therapy are desperately needed. Since AD starts many years far before the first symptoms occur, new scientific approaches focus on the early stage, which are discussed to be important in aging and the onset of AD. Today, the hypothesis of the advanced mitochondrial cascade becomes more and more the leading model for LOAD, integrating physiological aging as the main risk factor. Thus, new interventions targeting mitochondrial dysfunction are of substantial interest. Accordingly, the efficacy of Dimebon and TRO19622 to ameliorate mitochondrial dysfunction in cellular and murine models of AD were investigated. Dimebon (Latrepirdine) was, originally developed in Russia as an H1-antiallergic drug. It might specifically interfere with mechanisms relevant for the cognitive decline, especially by improving impaired mitochondrial function and/or dynamics in AD. TRO19622 (Olesoxim) has been identified in a phenotypic screening approach to promote the survival of primary motor neurons. Olesoxim is easily absorbed by cells and accumulates in mitochondria. Olesoxim’s mode of action is not fully understood, however it has been shown to modulate mitochondrial membranes and interact with the voltage-dependent anion channel (VDAC) and the translocator protein (TSPO; also known as PBR). Thereby it inhibits mitochondrial permeability transition. In this study, the effects of Aβ overproduction on mitochondrial function were investigated. The effects of Dimebon and Olesoxim were examined, using a HEK cell line stably transfected with the Swedish APP double mutation (HEKsw) and un-transfected control cells (HEKut). Mitochondrial membrane potential, ATP concentrations, and respirometry were measured. Western Blot analysis of marker proteins for fission & fusion, autophagy, mitogenesis and mPTP formation were performed. Confocal laser scanning microscopy was introduced as a novel method to visualize mitochondrial dynamics. Olesoxim was also tested in Thy-1-C57BJ/6-APPSL mice representing a murine model of AD. For the in vivo model mitochondria from brain tissue were isolated and dissociated brain cells were prepared to determine respiration, lipid peroxidation, MMP, and ATP-levels. Both, the in vitro and in vivo models were compared and discussed in relation to human post-mortem data. The research was conducted in frame of the EU-project entitled „MITOTARGET“ (Mitochondrial dysfunction in neurodegenerative diseases: towards new therapeutics) funded under FP7-Health (http://cordis.europa.eu/result/rcn/54471_en.html). HEKsw cells showed an overall reduction in the mitochondrial respiration, a significant lower MMP, and significantly reduced ATP levels compared to HEKut cells. Mitochondrial mass was equal in both cell lines. In addition most mitochondria in HEKsw cells showed truncated morphology, followed by punctuated mitochondria. Levels of the fission related protein Drp were significantly elevated in HEKsw cells whereas protein levels of fusion related OPA were strongly reduced, leading to a shift in the distribution pattern towards shorter mitochondria. Moreover, HEKsw cells showed reduced mitochondrial density. Protein levels of the translocase of the inner mitochondrial membrane (TIMM50) were strongly diminished in HEKsw cells. The OXPHOS machinery is located in the inner membrane, where the MMP is build up and ATP is generated. Reduced TIMM50 levels in HEKsw indicated a reduction of the inner mitochondrial membrane, which could explain the described deficits in OXPHOS, MMP, ATP and mitochondrial morphology and density. Concentration of both mPTP markers, the voltage-depended anion channel (VDAC) and the peripheral benzodiazepine receptor (PBR), were broadly increased in HEKsw cells. Thy1-APPSL transgenic mice were characterized as in vivo model of AD. Those mice are modified to express the human form of APP, containing both, the Swedish (KM670/671NL) and the London (V717L) double mutations under the murine Thy1 promotor. Beginning at the age of 3 months, Thy1-APPSL mice develop elevated Aβ levels and mitochondrial dysfunction. Mitochondria isolated from brains of Thy-1-C57BJ/6-APPSL mice showed significant impaired respiration, resulting in a reduced MMP. However, ATP levels in dissociated brain cells did not differ compared to controls. Protein levels of FIS were unchanged, whereas Drp levels were significantly increased. Levels of the mitochondrial fusion marker optic atrophie-1 (Opa) protein were significantly reduced. Peroxisome proliferation-activated receptor gamma coactivator 1-alpha (PGC1) is a transcription factor, which represents a master regulator of mitochondrial biogenesis. PGC1 expression was significantly elevated in brains of Thy-1-C57BJ/6-APPSL mice. However, mitochondrial mass seemed to be equal in both mouse lines. Both LC3-Isoforms, the cytosolic and the autophagosomal form, were not changed in brains of Thy-1-C57BJ/6-APPSL mice, which indicates equal mitophagic activity. In brain homogenates, isolated from Thy-1-C57BJ/6-APPSL mice, both mPTP marker, VDAC and PBR, were considerably increased, which is in accordance with the findings in HEKsw cells. In conclusion, both, the cellular (HEKsw) and the animal model of AD (Thy1-APPSL) broadly match pathophysiological features, which have been found in post-mortem samples from AD patients. Thus, HEKsw cells and Thy1-APPSL mice seem to be suitable models to study new treatments against AD. Incubation of HEKsw cells with Dimebon resulted in a remarkable increase in respiratory activity and restored the MMP after impairing the cells with rotenon. Dimebon had no effects on ATP levels in both cell lines, neither after challenging cells with rotenon, nor under basal conditions. By adding Dimebon, citrate synthase (CS) activity in HEKsw cells was increased and mitochondrial morphology was shifted to a tubular shape. Dimebon further enhanced protein levels of Drp and resulted in the compensation of reduced OPA levels. Moreover, Dimebon restored the increased expression levels of the mPTP markers VDAC and PBR. Aβ1-40 levels were significantly decreased in HEKsw cells. However, changes in Aβ1-40 levels seemed to be too small, to solely explain the much larger effects of Dimebon on impaired mitochondrial function. In conclusion, Dimebon treatment restored diverse defects in Aβ overexpressing cells: Aβ levels were reduced, autophagy marker were increased, mitophagy as repair and renewal mechanism was elevated, mitochondrial mass and density were increased, OXPHOS capacity was restored, mitochondrial dynamics were balanced, mitochondrial shape showed a normal distribution, expression levels of the mPTP constituents were reduced, TIMM50 levels augmented to control levels and stress induced MMP and ROS levels were reduced. All these effects were observed after incubation of cells with a rather low concentration of 100 nmol/L. Based on these findings and in addition to already existing literature, Dimebon presents a potential therapeutic option for diseases with accompanied mitochondrial dysfunction. Although, clinical findings published so far are inconsistent. Olesoxim induced a general increase in respiratory activity and enhanced the electron transport (ETS) capacity in HEKsw cells. In addition it normalized the OXPHOS activity almost to control levels. However, incubation using different Olesoxim concentrations led to a dose independent decline in the MMP and decreased ATP levels. Adding Olesoxim caused a dose-dependent change in the length of mitochondria strongly shifting the pattern towards longer mitochondria. In HEKsw cells a reduced mitochondrial density was observed which was reversed by Olesoxim dose-dependently. Olesoxim completely compensated the severely reduced expression levels of TIMM50, but had no effects on TOMM22 levels. An unexpected finding was that 10 µM Olesoxim significantly increased Aβ1-40 levels. Effects of Olesoxim were also tested in vivo. Treatment of Thy-1-C57BJ/6-APPSL mice with Olesoxim restored the impaired MMP in dissociated brain cells, but had no effects on ATP-levels. Olesoxim increased the respiratory activity in isolated brain mitochondria and restored impaired respiration complex activities almost to control levels, without having an effect on CS activity. However, treatment with Olesoxim caused an increase of PGC1 protein levels in brains of Thy-1-C57BJ/6-APPSL mice,beyond basal levels of littermate controls. The mPTP marker proteins voltage-depended anion channel (VDAC) and peripheral benzodiazepine receptor (PBR) were significantly reduced. As well as in the cell models, treatment of Thy-1-C57 BJ/6-APPSL mice with Olesoxim significantly enhanced total human, soluble human and soluble mouse Aβ1-40 levels. Further investigation needs the observation that Olesoxim caused partly negative effects in controls. For instance, Olesoxim reduced the OXPHOS capacity and enhanced protein levels of VADAC and PBR in brains of C57BJ/6 littermate control mice, which could limit the applicability of Olesoxim in further preclinical studies.
Bewegung und sportliche Aktivität fördern die Gesundheit des Organismus und senken das Risiko chronischer Krankheiten. Sie bewirken dabei eine Vielzahl von physiologischen und biochemischen Veränderungen in der Skelettmuskulatur, insbesondere Muskelfasertyp-Transformation, Änderungen des Muskelmetabolismus und der Angiogenese. Unter basalen Bedingungen spielen reactive oxygen species (ROS) eine essentielle Rolle für die normale Muskelfunktion. Die Sport-induzierte Produktion von ROS erweist sich als wichtige physiologische Funktion für die Regulierung der Muskelkraft und der Anpassungsreaktion der Muskelfasern auf das Training. Eine der wichtigsten Quellen von ROS im kardiovaskulären System sowie in der Skelettmuskulatur ist die Familie der NADPH-Oxidasen (Nox). Im Unterschied zu anderen NADPHOxidasen ist Nox4 konstitutiv aktiv und produziert Wasserstoffperoxid (H2O2), welches in diversen zellulären Signalkaskaden involviert ist. Gleichzeitig gibt es zahlreiche Hinweise, dass Nox4 über die ROS-Produktion an Sport-induzierten Anpassungsprozessen in Skelettmuskeln beteiligt ist. Vor diesem Hintergrund wurde die Hypothese aufgestellt, dass Nox4 die Sport-induzierte Transformation von langsam- zu schnellkontrahierenden Muskelfasern, die Änderungen des Muskelstoffwechsels sowie die Sport-induzierte und die retinale Angiogenese beeinflusst. Die Untersuchung der Sportinduzierten Fasertyptransformation zeigte, dass die relative Zusammensetzung der Muskelfasern in Nox4-Knockout- und Wildtyp-Mäusen sehr ähnlich und somit von Nox4 unabhängig war. Obwohl das Training die Expression von PGC1α und GLUT4 sowie die AMPK-Aktivierung steigerte, hatte Nox4 nur eine geringe, nicht konstitutive Auswirkung auf den Muskelmetabolismus. Außerdem zeigte die vorliegende Studie, dass Nox4 die Sport-induzierte Angiogenese fördert. Nox4 führte zu einer erhöhten Stretch- und Hypoxie-induzierten Expression von VEGF in Myoblasten, die aus C2C12-Zellen und Satellitenzellen differenziert wurden. Als Folge des Nox4-Knockouts wurde nicht nur eine Reduktion der VEGF-Expression, sondern auch eine Steigerung der Expression von Angiopoietin 1 (Ang1) nachgewiesen, welches die Sport-induzierte Angiogenese hemmte. Das Fehlen von Nox4 schützte außerdem vor der retinalen Neoangiogenese und trug zu einer schnelleren Heilung nach der Oxygen-inducedretinopathy (OIR) bei, indem das Netzwerk neuer Gefäße mittels Ang1 stabilisiert wurde. Somit führt Nox4 zur Sport- und Hypoxie-induzierten Angiogenese durch einen Doppelmechanismus der Induktion und Aufrechterhaltung der VEGF Expression und der Hemmung von Ang1.
Fettsäuresynthasen vom Typ I (FAS I), hier bezeichnet als Fettsäuremegasynthasen,sind Multienzymkomplexe, in denen sämtliche funktionellen Domänen für die de-novo-Synthese von Fettsäuren einen strukturellen Verbund eingehen. Auch das für den Transport von Edukten und Intermediaten nötige Acyl Carrier Protein (ACP) ist kovalent gebundener Teil dieses Komplexes, der so zu einer hocheffizienten molekularen Maschine zur Massenproduktion dieser grundlegend essentiellen Zellbausteine wird. Die FAS I aus Pilzen (fFAS), als Gegenstand dieser Arbeit, mit einer Masse von bis zu 2,7 MDa ist heute in ihrer Struktur durch Röntgenkristallographische sowie elektronenmikroskopische Methoden gut charakterisiert. 48 funktionelle Domänen sind zu einem geschlossenen Reaktionskörper angeordnet, indem sie in einer strukturgebenden Matrix aus Expansionen und Insertionen bzgl. der enzymatischen Kerndomänen eingebettet sind, die 50% des gesamten Proteins ausmacht. Neben den zahlreichen strukturellen Informationen über fFAS ist jedoch noch wenig über ihre Assemblierung verstanden. Dabei ist sie nicht nur als ein Beispiel für das generelle Verständnis von Assemblierungsmechanismen von Multienzymkomplexen interessant, sondern wird hier auch als Ziel eines inhibitorischen Eingriffs betrachtet, um eine neue antimykotische Wirkstrategie abseits des Ausschaltens aktiver Zentren zu evaluieren. Nur wenn die Mechanismen und Wechselwirkungen im Assemblierungsprozess offen gelegt sind, lassen sie sich später gezielt attackieren. Essentielle Sekundärstrukturmotive müssen identifiziert und bewertet werden, um sie einer weiteren Evaluation als Drug-Target-Kandidaten zugänglich zu machen. In dieser Arbeit werden Resultate aus in-vivo-Experimenten an rational mutierten fFAS-Konstrukten unter Zuhilfenahme einer evolutionären Betrachtung der fFAS gemeinsam mit Erkenntnissen aus andernorts geleisteten in-vitro-Experimenten an fFAS-Fragmenten zu einem geordneten Assemblierungsweg der fFAS zusammengeführt. Dabei werden Evidenzen aus den Kausaltäten zentraler Anforderungen an einen Assemblierungsmechanismus der fFAS zu drei konsequenten Schlüsselschritten verdichtet, die (i) eine frühe Interaktion zweier komplementärer Polypeptidketten zu einer Pseudo-Einzelkette, (ii) eine posttranslationale Modifikation von ACP und (iii) die geordnete Reifung zum fertigen Komplex durch Selbstassemblierung der beteiligten Domänen umfassen. Durch rationale Mutationen an den Schnittstellenmotiven für die Pseudo-Einzelkettenbildung, werden diese als Schwachstelle der Assemblierung unterschiedlicher fFAS-Typen charakterisiert, wobei für S. cerevisiae nicht weniger als zwei gezielte Punktmutationen ausreichen, um die Assemblierung des gesamten Komplexes zu verhindern. Darüber hinaus zeigen Experimente mit fFAS-Konstrukten, deren Schnittstellenmotive einer intramolekular kompetitiven Wechselwirkung ausgesetzt sind, prinzipiell die Möglichkeit zur Inhibierung der fFAS-Assemblierung durch Störung der Pseudo-Einzelkettenbildung.
Ziel. Lokoregionäre Rezidive sind der Hauptgrund für ein Therapieversagen nach primärer multimodaler Behandlung von Plattenepithelkarzinomen der Kopf-Hals-Region (SCCHN). Wir verglichen die Effektivität und Toxizität von Cisplatin oder Cetuximab simultan zur Re-Bestrahlung (ReRT) bei inoperablen SCCHN-Rezidiven. Ein prognostischer Score sollte auf Grundlage verschiedener klinischer und pathologischer Faktoren etabliert werden.
Patienten und Methoden. 66 Patienten mit in vorbestrahlten Regionen rezidivierten SCCHN wurden von 2007 bis 2014 simultan mit Cetuximab (n=33) oder cisplatin-basierter Chemotherapie (n=33) re-bestrahlt. Die Toxizität wurde wöchentlich sowie bei jedem Nachsorgetermin erfasst. Klinische Untersuchung, Endoskopie, CT- oder MRT-Untersuchungen wurden zur Beurteilung des Therapieansprechens und der Krankheitskontrolle eingesetzt.
Ergebnisse. Nach einer mittleren Nachbeobachtungszeit von 18,3 Monaten betrug das 1-Jahres-Überleben (OS) für ReRT mit Cetuximab 44,4% und mit cisplatin-basierter Chemotherapie 45,5% (p=0.352). Die lokalen Kontollraten nach einem Jahr waren jeweils 46,4% und 54,2% (p=0.625); die Raten an Metastasenfreiheit 73,6% und 81% (p=0.842). Hämatologische Toxizität ≥ Grad 3 kam in der Cisplatin-Gruppe häufiger vor (p<0.001), dagegen trat Schmerz ≥ Grad 3 in der Cetuximab-Gruppe häufiger auf (p=0.034). Ein physiologischer Hb-Wert und ein längeres Intervall zwischen primärer RT und ReRT erwiesen sich als signifikante prognostische Faktoren für das OS (multivariat: p=0.003 und p=0.002). Die Rezidivlokalisation sowie das GTV zeigten keinen signifikanten Einfluss auf das OS in der multivariaten Analyse (p=0.160 und p=0.167). Ein auf Grundlage dieser Variablen konstruierter Prognose-Score (0 bis 4 Punkte) zeigte signifikante Überlebensunterschiede: 1-Jahres-OS für 0/1/2/3/4 Prognosepunkte: 10%, 38%, 76%, 80% und 100% (p<0.001).
Schlussfolgerung. Sowohl Cetuximab- als auch Cisplatin-basierte ReRT für SCCHN-Rezidive sind gut durchführbare und effektive Behandlungsoptionen mit vergleichbaren Ergebnissen bezüglich Tumorkontrolle und Überleben. Die akuten Nebenwirkungen könnten gering variieren. Unser Prognose-Score könnte zur Identifizierung der für ReRT geeigneten Patienten sowie zur Stratifizierung in künftigen klinischen Studien dienen.
Da HRS-Zellen im cHL nur eine Minderheit und CD4+ T-Zellen die Mehrheit im Begleitinfiltrat ausmachen, wurde innerhalb der vorliegenden Dissertation das Begleitinfiltrat und der Tumorzellgehalt von 24 HIV-assoziierten cHL-Fällen mit 15 HIV-negativen cHL-Fällen immunhistochemisch verglichen. Das reaktive Begleitinfiltrat im HIV-assoziierten cHL zeigte eine deutlich geringere Anzahl an CD4+ T-Zellen und einen höheren Gehalt an CD163+ Makrophagen als das HIV-negative cHL. Es konnte kein Unterschied in der Anzahl der CD30+ HRS-Zellen und S100+ dendritischen Zellen zwischen beiden Gruppen festgestellt werden. Mit Kokultur-Versuchen im Labor und darauf folgenden Zellausstrichen dieser Kokulturen konnte bestätigt werden, dass sich CD14+ Monozyten ebenso gut wie CD4+ T-Zellen als Rosetten um HRS-Zellen anordnen können. Im immunkomprimierten HIV-Patienten ersetzen die langlebigen CD163+ Makrophagen die CD4+ T-Zellen. Die Makrophagen werden vermutlich ebenso wie CD4+ T-Zellen mittels Zytokine/Chemokine (z. B. CCL5) zum Tumorgewebe rekrutiert, bilden Rosetten um die Tumorzellen und unterstützen diese in ihrer Proliferation.
Aufgrund der besonderen Zusammensetzung des Begleitinfiltrats sollte das HIV-assoziierte cHL von Pathologen als eigenständiger Subtyp des cHL betrachtet werden.
Des Weiteren wurde das Begleitinfiltrat der typisch knotigen NLPHL Typen A und C mit dem des diffusen NLPHL Typen E (THRLBCL-like NLPHL) und dem THRLBCL immunhistochemisch verglichen. Aufgrund histologischer und klinischer Ähnlichkeiten zwischen dem diffusen NLPHL und dem THRLBCL fällt eine Differenzierung dieser Entitäten schwer. Es konnte festgestellt werden, dass das Begleitinfiltrat im THRLBCL-like NLPHL dem Begleitinfiltrat im THRLBCL mehr ähnelt als dem typischen NLPHL und zwar in Bezug auf Makrophagengehalt und Anzahl der follikulären TFH-Zellen. Es konnten Rosetten im Begleitinfiltrat von THRLBCL nachgewiesen werden, obwohl Rosettenformationen um Tumorzellen im THRLBCL in der Literatur kein charakteristisches Merkmal darstellen. Es ist naheliegend, dass das THRLBCL-like NLPHL und das THRLBCL ein und dieselbe Krankheit ist und möglicherweise eine aggressivere Variante des NLPHL darstellt.
Im Anbetracht aller Ergebnisse kommt dem Immunstatus eines Patienten eine ausschlaggebende Rolle auf das Begleitinfiltrat im Tumorgewebe zu und dieser beeinflusst so auch den klinischen Verlauf der Lymphomerkrankung.
Ziel:
Vergleich der Veränderung der mütterlichen Einstellung zur Geburt anhand von Hebammen geführten Geburtsvorbereitungskursen oder hypnoreflexogenem Training zur Geburtsvorbereitung.
Methode:
Zu Beginn und nach Beendigung der Kurse wurde die mütterliche Einstellung zur Geburt unter Zuhilfenahme des Osgood-Ertel-Eindrucksdifferenzials gemessen. Der Gießen-Test zur Persönlichkeitsbeurteilung wurde einmalig angewendet.
Ergebnisse:
213 Frauen waren in die Studie eingeschlossen. 155 davon nahmen an, von Hebammen geführten, Geburtsvorbereitungskursen teil. 58 Frauen absolvierten ein hypnoreflexogenes Training. Es waren zu Beginn der Kurse keine statistisch signifikanten Unterschiede feststellbar in Bezug auf die Charakteristiken der Teilnehmerinnen sowie im Gießen-Test und in den Ergebnissen des Osgood-Ertel-Eindrucksdifferenzials. Nach der von Hebammen geführten Geburtsvorbereitung wurde die Geburt negativer wahrgenommen(Freudlosigkeit und Trübung in der Valenz-Dimension [p < 0,05]), während die Geburt nach dem Hypnosetraining emotional positiver bewertet wurde (Freude
und Harmonie in der Valenz-Dimension [p < 0,01] sowie Helligkeit [p < 0,05]).
Zusammenfassung:
Hypnoreflexogenes Selbsthypnosetraining zur Geburtsvorbereitung scheint stärkere und positivere mütterliche emotionale Veränderungen in Bezug auf die
Einstellung zur Geburt auszulösen als konventionelle, von Hebammen geführte Geburtsvorbereitungskurse. Weitere retrospektive randomisierte Studien sind nötig, um diese Ergebnisse zu überprüfen.
Ziel der vorliegenden Arbeit war es, vor- und nachbereitenden Unterricht zu Biodiversitätsführungen an den vier außerschulischen Lernorten Palmengarten, Senckenbergmuseum, Stadtwaldhaus und Zoo Frankfurt zu evaluieren. Durch den Unterricht mithilfe neu entwickelter Arbeitsmaterialien sollte die aktuelle Motivation der Schüler und weitere pädagogisch-psychologische Lernvariablen gefördert werden. Es stellte sich die Frage, ob so eine erhöhte Auseinandersetzung mit dem Themenkomplex Biodiversität erreicht werden kann und welche Einflussfaktoren dabei eine Rolle spielen.
Theoretische Grundlage war dabei das Risikowahlmodell der Leistungsmotivation nach Atkinson, das von Rheinberg zum handlungstheoretischen Modell der Motivation erweitert wurde (Rheinberg & Vollmeyer, 2012). Auf dieses bezieht sich der von Rheinberg et al. (2001) entwickelte und hier eingesetzte Fragebogen zur aktuellen Motivation (FAM).
Die Stichprobe setzte sich aus insgesamt 523 Schülern der Klassen 5 bis 9 zusammen. Davon nahm jeweils die Hälfte mit (Versuchsgruppe) und die andere ohne (Kontrollgruppe) vor- und nachbereitendem Unterricht an den Biodiversitätsführungen teil. Die Erhebung der aktuellen Motivation, des erworbenen Fachwissens und weiterer Variablen erfolgte in einem Pre/Post/Follow-Up-Design mit Fragebögen, deren Auswertung analytisch statistisch durgeführt wurde.
Es zeigte sich, dass in der Gesamtstichprobe die Teilnahme an der Biodiversitätsführung die aktuelle Motivation der Schüler erhöhte. Dauerhafte Lernparameter wie die Biologieeinstellung und die Interessenshandlung wurden jedoch nicht signifikant verändert. Ein eindeutiger Effekt der unterrichtlichen Vorbereitung konnte jedoch nicht ermittelt werden. Einzig beim gemessen Fachwissen zu den Führungsinhalten schnitt die Versuchsgruppe signifikant besser ab. Insgesamt wird angenommen, dass der Effekt des Besuchs des außerschulischen Lernortes an sich den Effekt der Vor- und Nachbereitung überdeckt oder vom Einfluss anderer Parameter beeinflusst wird. Hier stach besonders das Alter der Jugendlichen hervor, das vor allem in der hier evaluierten Schülergruppe bedingt durch die Pubertät eine große Rolle spielt. Weitere Einflussfaktoren waren die Biologieeinstellung und die Unterrichtsvariablen der Führung. In den Stichproben der einzelnen außerschulischen Lernorte zeigten sich leichte Abweichungen von der Gesamtstichprobe. Diese waren meist auf die leicht unterschiedliche Zusammensetzung der Stichproben zurückzuführen. Aber auch Besonderheiten der Lernorte hatten dabei ein bedeutendes Gewicht.
Bezüglich der Lernbedingungen für die Lernorte ließen sich aus den Ergebnissen vor allem zwei Komponenten ermitteln: Zum einen die Architektur/räumliche Struktur der Lernorte. Hier können Faktoren wie drinnen/ draußen, Größe und die räumliche Orientierung unterschieden werden. All dies hat Auswirkungen auf das physische Wohlbefinden der Schüler, was wiederum eine Voraussetzung für eine hohe Lernmotivation ist. Die andere Hauptkomponente ist das am Lernort behandelte Thema. Hier kann grob zwischen Pflanzen und Tieren unterschieden werden. Pflanzen wurden dabei in mehreren Studien von den Schülern als weniger attraktiv eingeschätzt. Trotzdem sollten aber die Möglichkeiten, auch botanische Themen außerhalb der Schule zu behandeln, von den Lehrkräften zur Vermittlung biologischer Vielfalt genutzt werden.
Als Konsequenz der Ergebnisse kann der Besuch eines außerschulischen Lernrotes im Biologieunterricht bezüglich der Förderung der Lernmotivation unbedingt empfohlen werden. Da kein klarer Effekt des vor- und nachbereitenden Unterrichts der Biodiversitätsführungen erkennbar war, wären hier weitere Untersuchungen vonnöten, um genauere Aussagen machen zu können. Hier böten sich Studien mit Schülern anderer Altersgruppen und der Vergleich nur zweier außerschulischer Lernorte an.
Der Nucleus suprachiasmaticus (SCN) ist ein Kerngebiet des Hypothalamus mit der Funktion des zentralen Taktgebers für die Generierung der circadianen Rhythmik. Zahlreiche petale Verbindungen zum SCN dienen der Synchronisierung der circadianen Uhr mit der tatsächlichen Tagesphase. Fugale Verbindungen des SCN dienen der Verteilung der Tageszeiteninformation über das Gehirn, insbesondere in vegetativen Zentren. So werden beispielsweise die physiologischen Vorgänge des Kreislaufsystems, Hormonausschüttung, der Schlaf-Wach-Zyklus etc. kontrolliert und mit Tag-Nacht-Wechsel synchronisiert. Obwohl viele dieser Verbindungen verstanden und beschrieben sind, sind die nahen Verbindungen in der unmittelbaren Nähe des SCN und des-sen intrinsische Verbindung nicht genau untersucht. Zur Darstellung dieser nahen Verbindungen wurden DiI-Tracer-Studien an Gehirnschnitten von Mäusen durchgeführt. Untersucht wurde parallel zu der DiI-Färbung das Neuropeptid Vasopressin innerhalb und außerhalb des SCN bei Mäusen von zwei verschiedenen Mäusestämmen (C3H und C57BL); C57BL ist defizient für das photoperiodische sezernierte Epiphysenhormon Melatonin, C3H-Mäuse er-blinden im frühen Lebensalter. Die immunzytochemische Untersuchung des Vasopressin-Systems belegte einen Unterschied in der Zytoarchitektur des SCN zwischen den C3H und C57BL Mäusen. Obwohl einige Elemente ähnliche Lokalisations- und Reaktivitätscharakteristika aufwiesen z.B. die dorsomediale Verteilung der Vasopressin-Perikaryen im Kerngebiet, so zeigte sich bei den C57BL-Mäusen eine deutlich schwächere Reaktivität des Neuropeptids AVP in diesem Bereich und ferner eine deutliche inhomogenere Verteilung der Vasopressin-Elemente im gesamten Kerngebiet. Die Tracing Untersuchung zeigte bei beiden Mäuse-Stämmen die gleichen Verbindungswege des SCN mit der nahen Periphere. Zum einen zeigen die Ergebnisse, dass der Hauptpassage des SCN im dorsomedialen, also im periventrikulären Bereich lokalisiert ist und das der SCN multiple Zugänge an seiner dorsalen und lateralen Grenze zur subparaventrikulären Zone besitzt. Ferner konnte auch gezeigt werden, dass beide bilateralen SCN-Kerne direkt über ausgeprägte Kommissurfaserverbindungen miteinander kommunizieren. Diese Kommissuren dürften dafür verantwortlich sein, den SCN einer Seite mit dem SCN der kontralateralen Seite zu synchronisieren. Obwohl in der vorliegenden Arbeit der Tracer nur einseitig appliziert wurde, ist dennoch von einer gekreuzten kontralateralen Verbindung auszugehen. Hier liegen Ansätze für weitere Un-tersuchungen. Ein weiterer Aspekt der Untersuchungen zeigen Faserverbin-dungen in die Area hypothalamica lateralis (AHL), die eine wichtige Rolle in der Kontrolle der zentralen Nahrungsaufnahme besitzt. Diese Faserverbin-dungen haben ihren Ursprung im SCN bzw. Nucl. paraventricularis und dem Nucl. arcuatus. Diese Verbindungen dienen am ehesten der Modulation der zentralen Regulation der Nahrungsaufnahme und spielen daher eine besondere Rolle in der Krankheitsentstehung wie Adipositas, Diabetes und Herz-Kreislauf-Erkrankung bei gestörter circadianen Rhythmik. Neu ist der Befund einer beachtlichen Anzahl von suprachiasmaticopetalen Fasern aus der sub-paraventrikulären Zone. Diese könnten die Einbindung des limbischen Systems in die Modulation der inneren Uhr erklären, die darüber hinaus ursächlich für zahlreiche Pathologien sein könnten.
The term superconductivity describes the phenomenon of vanishing electrical resistivity in a certain material, then called a superconductor, below a critical typically very low temperature. Since the discovery of superconductivity in mercury in 1911 many other superconductors have been found and the critical temperature below which superconductivity occurs could recently be raised to the temperatures encountered in a cold antarctic winter.
Superconductors are promising materials for applications. They can serve as nearly loss-free cables for energy transmission, in coils for the generation of high magnetic fields or in various electronic devices, such as detectors for magnetic fields. Despite their obvious advantages, the cost for using superconductors, however, depends a lot on the cooling effort needed to realize the superconducting state. Therefore, the search for a superconductor with critical temperature above room-temperature, which would avoid the need for any specialized cooling system, is one of the main projects of contemporary research in condensed matter physics.
While a theory of superconductivity in simple metals has already been developed in the 1950s, it has meanwhile been recognized that many superconductors are unconventional in the sense that their behavior does not follow the aforementioned theory. Unconventional superconductors differ from conventional superconductors mainly by the momentum- and real-space symmetry of the order parameter, which is associated with the superconducting state. While conventional superconductors have a uniform order parameter, unconventional superconductors can have an order parameter that bears structure. Of course, alternative theoretical descriptions have been suggested, but the discussion on the right theory for unconventional superconductivity has not yet been settled. Ultimately, this lack of a general theory of superconductivity prevents a targeted search for the room-temperature superconductor. Any new theoretical approach must, however, prove its value by correctly predicting the structure of the superconducting order parameter and further material properties.
In this work we participate in the search for a theory of unconventional superconductivity. We discuss the theory of superconductivity mediated by electron-electron interactions, which has been popular in the last few decades due to its success in explaining various properties of the copper-based superconductors that emerged in the 1980s. We give a detailed derivation of the so-called random phase approximation for the Hubbard model in terms of a diagrammatic many-body theory and apply it in conjunction with low-energy kinetic Hamiltonians, which we construct from first principles calculations in the framework of density functional theory. Density functional theory is an established technique for calculating the electronic and magnetic properties of materials solely based on their crystal structure. Its practical implementations in computer codes, however, do for example not describe complicated many-electron phenomena like the superconducting state that we are interested in here. Nevertheless, it can provide important information about the properties of the normal state of the material, which superconductivity emerges from. In our theory we use these information and approach the superconducting state from the normal state.
Such an interfacing of different calculational techniques requires a lot of implementation work in the form of computer code. Inclusion of the computer code into this work would consume by far too much space, but since some of the decisions on approximations in the calculational formalism are guided by the feasibility of the associated computer calculations, we discuss the numerical implementation in great detail.
We apply the developed methods to quasi-two-dimensional organic charge transfer salts and iron-based superconductors. Finally, we discuss implications of our findings for the interpretation of various experiments.
In den vergangen Jahren wurde erkannt, dass eine Quantenfeldtheorie (QFT) namens Quantenchromodynamik (QCD) die richtige Theorie der starken Wechselwirkungen ist. QCD beschreibt erfolgreich die starken Wechselwirkungen, die Quarks zu Nukleonen und Nukleonen zu Atomkernen zusammenbinden. Jedoch ist die theoretische Beschreibung vieler Phänomene der starken Wechselwirkung aufgrund des starken Kopplungsverhaltens bei niedrigen Energien schwierig. Stoßexperimente mit Schwerionen sind ein möglicher Weg, um die charakteristischen Phänomene und Eigenschaften der QCD-Materie zu untersuchen. In Stoßexperimenten mit Schwerionen werden schwere (d.h. große) Atomkerne aufeinander geschossen, beispielsweise Gold (am RHIC) oder Blei (am CERN, LHC), mit einer ultrarelativistischen Energie √s im Schwerpunktsystem. Auf diese Art ist es möglich, eine große Menge von Materie mit hoher Energiedichte hervorzubringen. Das Ziel von Schwerionenkollisionen ist die Erzeugung und Charakterisierung einer makroskopischen Phase von freien Quarks und Gluonen im lokalen thermischen Gleichgewicht. Ein solcher Aggregatzustand kann neue Informationen über das QCD-Phasendiagramm und den QCD-Phasenübergang liefern. Man nimmt an, dass ein solcher Übergang stattfand, als sich die Materie des frühen Universums von einem Plasma aus Quarks und Gluonen (QGP) in ein Gas von Hadronen umwandelte...
The elliptic flow of heavy-flavour decay electrons is measured at midrapidity |eta| < 0.8 in three centrality classes (0-10%, 10-20% and 20-40%) of Pb-Pb collisions at sqrt(sNN) = 2.76TeV with ALICE at LHC. The collective motion of the particles inside the medium which is created in the heavy-ion collisions can be analyzed by a Fourier decomposition of the azimuthal anisotropic particle distribution with respect to the event plane. Elliptic flow is the component of the collective motion characterized by the second harmonic moment of this decomposition. It is a direct consequence of the initial geometry of the collision which is translated to a particle number anisotropy due to the strong interactions inside the medium. The amount of elliptic flow of low-momentum heavy quarks is related to their thermalization with the medium, while high-momentum heavy quarks provide a way to assess the path-length dependence of the energy loss induced by the interaction with the medium.
The heavy-quark elliptic flow is measured using a three-step procedure.
First the v2 coefficient of the inclusive electrons is measured using the event-plane and scalar-product methods. The electron background from light flavours and direct photons is then simulated, calculating the decay kinematics of the electron sources which are initialised by their respective measured spectra. The final result of this work emerges by subtracting the background from the inclusive measurement. A significant elliptic flow is observed after this subtraction. Its value is decreasing from low to intermediate pT and from semi-central to central collisions.
The results are described by model calculations with significant elastic interactions of the heavy quarks with the expanding strongly-interacting medium.
At sufficiently high temperatures and baryon densities, nuclear matter is expected to undergo a transition into the Quark-Gluon-Plasma (QGP) consisting of deconfined quarks and gluons and accompanied by chiral symmetry restoration. Signals of these two fundamental characteristics of Quantum-Chromo-Dynamics (QCD) can be studied in ultra-relativistic heavy-ion collisions producing a relatively large volume of high energy and nucleon densities as existent in the early universe. Dileptons are unique bulk-penetrating sources for this purpose since they penetrate through the surrounding medium with negligible interaction and are created throughout the entire evolution of the initially created fireball. A multitude of experiments at SIS18, SPS and RHIC have taken on the challenging task to measure these rare probes in a heavy-ion environment. NA60's results from high-quality dimuon measurements have identified the broadened ρ spectral function as favorable scenario to explain the low-mass dilepton excess, and partonic sources as dominant at intermediate dilepton masses.
Enabled by the addition of a TOF detector system in 2010, the first phase of the Beam Energy Scan (BES-I) at RHIC allows STAR to conduct an unprecedented energy-dependent study of dielectron production within a homogeneous experimental environment, and hence close the wide gap in the QCD phase diagram between SPS and top RHIC energies. This thesis concentrates on the understanding of the LMR enhancement regarding its invariant mass, transverse momentum and energy dependence. It studies dielectron production in Au+Au collisions at beam energies of 19.6, 27, 39, and 62.4 GeV with sufficient statistics. In conjunction with the published STAR results at top RHIC energy, this thesis presents results on the first comprehensive energy-dependent study of dielectron production.
This includes invariant mass- and transverse momenta-spectra for the four beam energies measured in 0-80% minimum-bias Au+Au collisions with high statistics up to 3.5 GeV/c² and 2.2 GeV/c, respectively. Their comparison with cocktail simulations of hadronic sources reveals a sizeable and steadily increasing excess yield in the LMR at all beam energies. The scenario of broadened in-medium ρ spectral functions proves to not only serve well as dominating underlying source but also to be universal in nature since it quantitatively and qualitatively explains the LMR enhancements measured over the wide range from SPS to top RHIC energies. It shows that most of the enhancement is governed by interactions of the ρ meson with thermal resonance excitations in the late(r)-stage hot and dense hadronic phase. This conclusion is supported by the energy-dependent measurement of integrated LMR excess yields and enhancement factors. The former do not exhibit a strong dependence on beam energy as expected from the approximately constant total baryon density above 20 GeV, and the latter show agreement with the CERES measurement at SPS energy. The consistency in excess yields and agreement with model calculations over the wide RHIC energy regime makes a strong case for LMR enhancements on the order of a factor 2-3.
The extent of the results presented here enables a more solid discussion of its relation to chiral symmetry restoration from a theoretical point of view. High-statistics measurements at BES-II hold the promise to confirm these conclusions along with the LMR enhancment's relation to total baryon density with decreasing beam energy.
Identifizierung des vertebraten-spezifischen Proteins C7orf43 als neue TRAPPII Komplexuntereinheit
(2016)
Bei den transport protein particle (TRAPP) Komplexen handelt es sich um eine Familie von Protein Komplexen, die jeweils aus mehreren Untereinheiten bestehen. In der vorliegenden Arbeit konnte das Protein C7orf43 als neue potenzielle TRAPPII Untereinheit identifiziert werden, die - wie auch die beiden anderen TRAPPII-spezifischen Komponenten TRAPPC9 und TRAPPC10 - sowohl für die Erhaltung von ERGIC, Golgi-Apparat und COPI Vesikel als für den ER zu Golgi Transportweg benötigt wird.
The humanized non-depleting anti-CD4 monoclonal antibody Tregalizumab (BT-061) is able to selectively activate the suppressive function of regulatory T cells and has been investigated up to phase 2b in clinical trials in patients suffering from rheumatoid arthritis (RA).
A pharmacokinetic-pharmacodynamic model, which is based on clinical data from RA and healthy subjects, used the cell surface CD4-down-modulation as marker of the antibodies' activity. This model surprisingly revealed a stronger effect of Tregalizumab in healthy subjects compared to RA patients. This thesis presents a series of experiments performed to understand this phenomenon.
To counteract oxidative stress, which is strongly associated with RA pathophysiology, the organism employs the small oxidoreductase thioredoxin-1 (Trx1). Therefore, augmented expression and secretion of Trx1 was seen in many studies the synovial fluid and plasma of RA patients. Moreover, the binding site of Tregalizumab is in close proximity to a disulfide bond in domain 2 (D2) of CD4, which is a known target for a reduction by Trx1. So, this thesis also evaluated the influence of Trx1 on binding of Tregalizumab to its target CD4.
With the experiments reported herein, it was possible to demonstrate that specific reduction of the D2 disulfide bond of CD4 by Trx1 led to diminished binding of Tregalizumab to recombinant human soluble CD4 (rh sCD4) and membrane-bound CD4 on T cells from a human leukemia cell line and peripheral blood mononuclear cells (PBMC). Moreover, the experiments revealed that this caused changes in the Tregalizumab-induced CD4 signalling pathway via the lymphocyte-specific protein tyrosine kinase p56Lck.
In summary, this thesis provides evidence that high Trx1 levels in RA patients compared to healthy subjects are a potential valid reason for diminished binding of Tregalizumab to CD4-positive T cells and offers an explanation for the observed decreased CD4 down-modulation in RA patients in comparison with healthy subjects. It emphasizes that binding of Tregalizumab is impaired in a particular way in RA patients.
The Hepatitis C virus (HCV) infects more than 170 million individuals worldwide and causes challenging HCV-related diseases. Unfortunately, there is no vaccine available. Therefore, a better understanding of the HCV life cycle is urgently needed to develop more effective and better tolerated therapies.
It has been reported that the secretory pathway plays an essential role for the release of HCV, and the SNARE complexes are a central factor controlling intracellular vesicular trafficking. Recently, our group observed that α-taxilin that binds to free syntaxin 4 prevents the SNARE complex formation and exerts an inhibitory effect on the release of HCV particles. Therefore, it was analyzed whether the t-SNARE protein syntaxin 4 is involved in the HCV life cycle.
An increased intracellular amount of syntaxin 4 was found in HCV-positive cells, while the level of syntaxin 4-specific transcripts was decreased as observed in HCV-positive Huh7.5 cells and in HCV-infected primary human hepatocytes (PHH). Since in HCV-positive cells a significant longer half-life of syntaxin 4 was found, the decreased expression is overcompensated, leading to the elevated amount of syntaxin 4. Overexpression of syntaxin 4 increases the amount of secreted infectious viral particles, while silencing of syntaxin 4 expression decreases the number of released viral particles, which indicates that HCV could use the SNARE-dependent secretory pathway for viral release. Confocal immunofluorescence microscopy and co-immunoprecipitation experiments revealed that syntaxin 4 interacts with HCV core and NS5A. To identify the binding domain, various mutants of syntaxin 4 were generated. Based on these mutants, it was found that the H3 domain of syntaxin 4 interacts with core. These data show that the t-SNARE protein syntaxin 4 is an essential cellular factor for HCV morphogenesis and secretion.
HCV induces autophagy, and in HCV-infected cells a major fraction of the de novo synthesized viral particles is not released but intracellularly degraded. Syntaxin 17 is an autophagosomal SNARE required for the fusion of autophagosomes with lysosomes to form autolysosomes and thereby to deliver the enclosed contents for degradation. Therefore, we aim to investigate whether syntaxin 17 is a relevant factor for the HCV life cycle by regulating the fusion between autophagosomes and lysosomes. It was found that HCV-positive cells possess a decreased amount of syntaxin 17, and HCV reduces the intracellular level of syntaxin 17 by NS5A-mediated interruption of c-Raf signaling, which triggers the syntaxin 17 transcription, and by HCV-dependently induced autophagy. Overexpression of syntaxin 17 decreases the intracellular amount of viral particles and reduces the number of released infectious viral particles by favoring the formation of autolysosomes, in which HCV particles can be degraded. Vice versa, inhibition of syntaxin 17 expression by specific siRNAs results in an elevated amount of intracellular viral particles and increases the number of released viral particles by impaired autophagosome-lysosome fusion. Confocal immunofluorescence microscopy analyses show a fraction of core protein in autophagosomes as stained by lysotracker and the autophagy maker p62. These data identify syntaxin 17 as a novel factor controlling the release of HCV and reveal the autophagosome-autolysosome fusion as an essential step affecting the equilibrium between the release of infectious viral particles and lysosomal degradation of intracellular viral particles.
Taken together, these data identify the t-SNARE proteins syntaxin 4 and syntaxin 17 as essential cellular factors for HCV morphogenesis and secretion.
Der Sufi-Meister und Dichter Ken’ân Rifâî gilt als eine der bedeutendsten und einflussreichsten Persönlichkeiten der osmanisch-türkischen Sufi-Tradition im 20. Jahrhundert. Sein Leben zwischen den Jahren 1867-1950, welches die vier Phasen, die Monarchie, die erste und zweite Verfassungsperiode (1876 und 1908), die Republik (1923) und auch die Anfangsphase der Demokratie (1950) umfasst, und seine Lehre reflektieren die Entwicklung, die Umwälzung und den letzten Zustand, die das sufische Leben im letzten Zeitabschnitt des Osmanischen Reiches und nach der Ṭarīqa-Phase in der Periode der Republik erlebt und erreicht hat. Ken’ân Rifâî fungierte zwischen den Jahren 1908-1925 als Tekke-Scheich, und zwar bis 1925, wo alle vorhandenen Tekkes in der Türkei gesetzlich verboten und dementsprechend geschlossen wurden...
Bartonella Adhäsin A (BadA), das zur Gruppe der TAAs gehört, ist ein essentieller Pathogenitätsfaktor von B. henselae und übernimmt während des Infektionsverlaufs wichtige Funktion wie Autoagglutination, Adhärenz an ECM-Proteine und Endothelzellen. BadA weist die für die für die Proteinklasse der TAAs charakteristische modulare Architektur bestehend aus N-terminaler Kopf-Domäne, Stiel-Domäne, Hals-Domäne und C-terminaler Membrananker-Domäne auf. Der modulare Aufbau des Proteins deutet daraufhin, dass bestimmte Domänen mit bestimmten biologischen Funktionen des Proteins verknüpft sind. Zur Untersuchung dieser Hypothese wurden Deletionsmutanten des BadA generiert.
Die Generierung weiterer BadA-Deletionsmutanten wird durch das langsame Wachstum des Erregers und die geringe Auswahl an molekularbiologischen Werkzeugen zur genetischen Manipulation von B. henselae erschwert. Daher sollte in ersten Teil dieser Arbeit ein Expressionsmodell für Deletionsmutanten des BadA etabliert und charakterisiert werden. Dies sollte am Beispiel des trunkierten BadA, BadA HN23, durchgeführt werden. Hierzu sollten drei Hybrid-Varianten des BadA HN23 erstellt werden: (i) Austausch der BadA-Signalsequenz gegen die E. coli OmpA-Signalsequenz, (ii) Austausch der BadA-Membrananker-Domäne gegen die YadA-Membrananker-Domäne sowie (iii) Austausch von sowohl der BadA-Signalsequenz als auch der BadA-Membrananker-Domäne gegen die bereits genannten Elemente. Danach sollten die konstruierten BadA HN23 Hybride und das BadA HN23 in induzierbare Expressionsvektoren kloniert und spezielle E. coli-Expressionsstämme mit diesen Plasmiden transformiert werden. Bei erfolgreicher Expression sollten die optimalen Bedingungen für die Expression (Temperatur, Induktorkonzentration) ermittelt werden und an-schließend die biologische Funktion der heterolog exprimierten BadA HN23 Hybride überprüft werden.
Der erste Abschnitt der hier vorliegenden Arbeit zeigte folgende Ergebnisse:
1) Die beschrieben BadA HN23 Hybrid Konstrukte wurden durch Austausch von: (i) BadA-Signalsequenz gegen E. coli OmpA-Signalsequenz im BadA HN23,
(ii) BadA-Membrananker-Domäne gegen YadA-Membrananker-Domäne im BadA HN23 und
(iii) Austausch von BadA-Signalsequenz und BadA-Membrananker-Domäne gegen E. coli OmpA-Signalsequenz und YadA-Membrananker-Domäne im BadA HN23 generiert.
Die BadA HN23 Hybride und BadA HN23 wurden in Expressionsvektoren kloniert und E. coli Omp2, E. coli Omp8 und E. coli Omp8ΔdegP transformiert.
2) Alle BadA HN23 Hybrid-Konstrukte und BadA HN23 lagen in einer monomeren und trimeren Form vor.
3) Durch IFT und - Durchflusszytometrie-Untersuchungen wurde die Oberflächenexpression der einzelnen Konstrukte quantifiziert. Es zeigte sich, dass es deutliche Unterschiede in der Menge des auf der Zelloberfläche befindlichen jeweiligen BadA HN23 Proteins gab. Dabei wiesen die Konstrukte, die die YadA-Membrananker-Domäne besaßen (BadA HN23 Hybrid 2 und 3), die stärkste Oberflächenexpression auf.
4) Die biologische Funktion des BadA HN23 wurde mittels des E. coli Omp2 BadA HN23 Hybrid 3 charakterisiert. Heterolog exprimiertes BadA HN23 vermittelt Autoagglutination, die Adhärenz des Expressionsstammes an Kollagen G und Endothelzellen.
5) Die Expression des BadA HN23 führt zur signifikant verstärkten in-vivo-Pathogenität im Galleria mellonella-Infektionsmodell.
6) Das E. coli-Expressionsmodell lieferte keine Aussage über eventuelle immunodominate Funktionen des heterolog exprimierten BadA HN23, da auch mit im IFT als anti- B. henselae negativ eingestuften Patientenseren im WB ein BadA HN23 spezifisches Bandensignal detektiert wurde. Dot Blot-Experimente ermöglichten ebenfalls keine Aussage über eventuelle immunodominate Funktion des nativen BadA HN23, da das verwendete anti-B. henselae-positive Patientenserum unspezifische Reaktion gegenüber dem Kontrollstamm zeigte.
Für verschiedene TAAs ist beschrieben worden, dass sie die Serumresistenz der exprimierenden Spezies vermitteln. Daher sollte im zweiten Teil dieser Arbeit der Einfluss von BadA auf eventuelle Serumresistenz zweier B. henselae-Isolate untersucht werden. Dieser Teil lieferte folgende Ergebnisse:
1) B. henselae zeigte Sensitivität gegenüber normalem humanem Serum.
2) Sowohl BadA-positive als auch BadA-negative B. henselae-Isolate können Komplementinhibitoren wie Faktor H binden. Die dabei gebundene Menge ist relativ klein.
Die Expression von Deletionsmutanten des BadA in E. coli ist ein vielversprechendes Modell zur Analyse der Domänen-Funktionsbeziehung des BadA, da die meisten biologischen Funktionen einer homolog exprimierten BadA-Deletionsmutante reproduziert werden konnten und es sich bei E. coli um ein schnell wachsendes Bakterium, das sich leicht genetisch manipulieren lässt, handelt. Allerdings stellt das zytotoxische LPS des E. coli sowie das schnelle Wachstums der Bakterien eine Limitation des Expressionssystems dar, indem es Untersuchungen zum Einfluss der jeweiligen BadA-Deletionsmutante auf die Induktion der proangiogenetischen Wirtszellantwort verhindert oder Untersuchungen zum Einfluss der jeweiligen BadA-Deletionsmutante auf die Adhärenz an Endothelzellen deutlich erschwert. Außerdem kann eine mögliche Interaktion zwischen BadA bzw. BadA-Deletionsmutanten und dem TIVSS und zwischen BadA bzw. BadA-Deletionsmutanten und weiteren Adhäsinen (wie z.B. dem FHA) mit Hilfe dieses Expressionssystems nicht untersucht werden. Dies wäre nur im B. henselae Wildtyp-Stamm möglich.
Weltweit sind ca. 130–180 Millionen Menschen mit HCV infiziert und jährlich sterben etwa 500.000 Menschen an dessen Folgen. Die neuartigen Therapien versprechen zwar eine sehr hohe Heilungsrate, sind aber aufgrund ihrer enorm hohen Kosten nur in Industrieländern verfügbar. Noch immer gibt es keine prophylaktische Vakzinierung gegen HCV. Deshalb ist es wichtig, den HCV-Lebenszyklus und die Interaktion zwischen Wirtszelle und Virus detailliert zu verstehen, um die Entwicklung von Therapien und Impfungen zu ermöglichen. Außerdem kann ein fundiertes Wissen von HCV translatiert werden und auf neuartige Erreger der Familie der Flaviviridae, wie Denguevirus und Zikavirus, angewendet werden. Während der Zelleintritt und die Replikation von HCV relativ gut charakterisiert sind, bleiben die Assemblierung und Freisetzung der viralen Partikel schlecht verstandene Schritte des HCV-Lebenszyklus. In dieser Arbeit sollte die Rolle des zellulären Proteins α-Taxilin im Lebenszyklus von HCV untersucht werden. In einer späteren Phase der Arbeit wurde der endosomale Freisetzungsweg von HCV untersucht. Dazu wurden HCV Varianten generiert und charakterisiert, die Fluoreszenz-Proteine im NS5A- und E1-Protein enthalten, durch die es möglich ist, den Replikationskomplex und die Viruspartikel zu visualisieren und zu quantifizieren und den viralen Lebenszyklus dadurch besser untersuchen zu können...
FUSE Binding Protein 1 (FUBP1) is a transcriptional regulator, which is overexpressed in various cancer entities, including hepatocellular carcinoma (HCC) and colorectal cancer (CRC). It fulfills pro-proliferative and anti-apoptotic functions in cancer cells, resulting in increased proliferation and reduced sensitivity towards apoptotic stimuli.
Previously, camptothecin (CPT) and its clinically used analog 7-ethyl 10hydroxycamptothecin (SN-38) were shown to inhibit FUBP1 in biophysical interaction displacement assays (AlphaScreen; surface plasmon resonance, SPR), and first insights into the cellular effects of FUBP1 inhibition were obtained. CPT and SN-38 are known to potently inhibit topoisomerase 1 (TOP 1), and until today, these inhibitors were thought to be specific for this target. This could be disproved by our FUBP1 binding studies. An open issue, which is addressed in this thesis, was the contribution of FUBP1 inhibition to SN-38-mediated apoptosis apoptosis.
During this thesis, a low micromolar efficacy of CPT/SN-38-induced inhibition of FUBP1 binding to the Far Upstream Sequence Element (FUSE) oligonucleotide of p21 was determined. Furthermore, FUBP1 was for the first time shown to directly interact with a potential FUSE sequence upstream of the transcription start in pro-apoptotic gene BIK. In proof of-principle experiments, an effective inhibition of the binding of FUBP1 to the FUSE BIK DNA by CPT/SN-38 was verified.
One of the main goals of this thesis was to further elucidate the contribution of cellular FUBP1-inhibition by CPT/SN-38 to the anti-cancer potential of these substances. For this purpose, the TOP 1 mutant and TOP 1 wild type colorectal cancer sub-cell lines HCT116 G7 and HCT116 S were used. CPT/SN-38 was shown to induce apoptosis in single and combinatorial treatments with mitomycin c (MMC), independently of the TOP 1 mutation status of the cells. Furthermore, a prominent induction of a FUBP1 target gene signature was observed upon treatment of both cell lines with CPT/SN-38. Consequently, CPT/SN-38 was able to fulfill its anticancer effects in these cells, although TOP 1 could not be the main target in the mutant cell line.
In a second approach to gain indirect evidence for FUBP1 dependent effects of CPT/SN-38, the TOP 1-specific inhibitors topotecan (TTN) and β lapachone (BL) were used for the treatment of HCC and CRC cell lines. Interestingly, the TOP 1 inhibitors TTN and BL exhibited a reduced potency in apoptosis induction compared to the dual (FUBP1 and TOP 1) inhibitor SN-38.
Finally, two independent screens for a specific FUBP1 inhibitor were performed. In the first approach, a small number of structural and functional CPT-derivatives that exhibited a reduced inhibitory potential against TOP 1, were tested for their ability to interfere with the FUBP1/FUSE binding. Two particular indenoisoquinoline derivatives revealed potent in vitro inhibition of FUBP1 with low micromolar IC50 values.
In a second approach, previously identified candidate FUBP1 inhibitors that had been isolated from the Maybridge Hit Finder library served as lead structures for a structure activity relationship (SAR) study of the inhibition of FUBP1 binding to the FUSE oligonucleotide. After two cycles of optimization, a medium-potent FUBP1 inhibitor was obtained that induced effective deregulation of FUBP1 target genes in cell culture experiments.
This thesis describes the adaptation of Acinetobacter species to dry environments with the soil bacterium A. baylyi and the opportunistic hospital pathogen A. baumanii in its focus. The adaptation of A. baylyi and A. baumannii to osmotic stress was investigated. Compatible solutes that were uptaken from the environment or synthesized de novo to cope with the loss of water at high salinity were identified. The corresponding transporters and enzymes involved were characzerized. In addition, the desiccation resistance of A. baumannii was analyzed to elucidate its survival in hospital environments. The usage of compatible solutes during desiccation stress was analyzed and proteins that were produced were identified.
The availability of water is essential for bacterial life and if environmental conditions are awkward, bacteria have to cope with high salinitiy to prevent loss of water. In this thesis it was shown that A. baylyi synthesizes glutamate and mannitol de novo as compatible solutes in response to osmotic stress to balance the osmotic potential. The pathway for mannitol biosynthesis from Fructose-6-Phosphate (F-6-P) via Mannitol-1-Phosphate (Mtl-1-P) was elucidated and the isolation and characterization of a novel type of biofunctional enzyme was described. Interestingly, the unique bifunctional enzyme MtlD, acting as dehydrogenase and phosphatase, mediates both steps of the mannitol biosynthesis pathway. This enzyme catalyzes the reduction of F-6-P to Mtl-1-P with NADPH as reducing equivalent. The dehydrogenase activity of MtlD was salt dependent and the phosphatase activity was dependent on Mg2+ as cofactor. Phylogenetic analyses revealed that MtlD is broadly distributed among other Acinetobacter strains but not in other phylogenetic tribes.
In this thesis it is also described that, besides de novo synthesis of compatible solutes, A. baylyi takes up glycine betaine (GB) or its precursor choline by different transport systems and uses this solutes as osmoprotectants. The uptake of GB occurs via a secondary transporter (ACIAD3460) of the BCCT family. Choline is taken up as precursor and oxidized to GB by two dehydrogenases. The uptake and use of choline as GB precursor involves two transporters, whose genes are encoded in the bet cluster (BetT1, BetT2), two dehydrogenases (BetA, BetB) and a regulatory protein (BetI). Both transporters differ from each other in structure and function: BetT1 is osmo-independent and active independently of osmotic stress. BetT2 contains - in contrast to BetT1 - a long C-terminal domain for osmo-sensing and its activity highly increases in the presence of high osmolarity. The oxidation of choline occurs independently of the osmolarity of the medium but in the absence of salt stress, GB is exported. In contrast, in the presence of high salinity, GB is accumulated in the cytoplasm to balance the osmotic potential in order to prevent loss of water. The regulation of both transporters, the uptake of choline independently of the osmolarity and the export of GB under isoosmotic conditions are regulated by the transcriptional regulator BetI.
A. baumannii ATCC 19606 was also shown to cope with high salinity. Analogously to A. baylyi, A. baumannii ATCC19606 synthesizes glutamate and mannitol de novo in response to osmotic stress. The genes for the synthesis of these compatible solutes are identical to those found in A. baylyi. This suggests that the solute biosynthesis pathways of A. baumannii and A. baylyi are identical. A. baumannii was also able to take up GB and choline in response to osmotic stress and growth at high salinity was restored upon addition of GB and its precursor choline. The bet cluster was also present in the genome A. baumannii and also contains the two different choline transporters BetT1 and BetT2.
Our suggestion that choline or GB or the utilization of phosphatidylcholine as carbon source led to an increase in the survival under desiccation stress was not confirmed. However, 2D analysis of proteins produced during desiccation stress in A. baumannii led to elevated amounts of proteins implicated in biofilm formation, regulation, cell morphology and general stress response, such as Hsp60 or superoxide dismutase, both might play a role in general stress protection.
Protein synthesis is a central process within every living cell, where information embodied in the nucleotide sequence of the mRNA is translated into the primary sequence of proteins. The translation procedure comprises four steps: initiation, elongation, termination, and recycling. Ribosome recycling orchestrated by the ATP‐binding cassette (ABC) protein ABCE1, renders mRNA translation into a cyclic process, connecting termination with re initiation. In Archaea and Eukarya, the ABC protein ABCE1 catalyzes ribosome recycling by splitting the ribosome (80S/70S) into the small 40S/30S and large 60S/50S subunits, providing them for the next translation round.
The ABC‐type ATPase one of the most conserved proteins, present in all Archaea and Eukarya, but not in Bacteria, is essential for life in all organisms examined so far. ABCE1 was initially identified as RNase L inhibitor (Rli1), involved in the antiviral RNA immunity, and as host protein 68 (HP68) playing a role in HIV capsid assembly. However, the strong sequence conservation of ABCE1 points towards a more fundamental function within cell homeostasis, which was found by its involvement in various translation processes. ABCE1 turned out to be the major ribosome recycling factor indispensable for life in Eukarya and Archaea, being involved in canonical translation, mRNA surveillance, ribosome biogenesis, and translation initiation.
Recent functional and structural data provided first insights into the mechanism of ABCE1 in ribosome recycling. The nucleotide‐binding domains (NBDs) sandwich two ATP molecules in the NBD1‐NBD2 interface causing an NBD engagement, which is released upon ATP hydrolysis. In case of ABCE1, this ATP‐dependent tweezer‐like motion of the NBDs transfers mechanical energy to the ribosome and tears the subunits apart. The FeS‐cluster domain may swing out of the NBD cleft into the inter‐subunit space of the ribosome, which drives the subunits apart either directly or via the bound a/eRF1. Hence, the subunits are released and the post‐splitting complex (PSC, 40S/30S∙ABCE1∙ATP) is available for re‐initiation events, presumably occurring via the known interactions of ABCE1with initiation factors.
One of the most crucial aspects of this model is the nucleotide‐dependent conformational switch of ABCE1, which drives ribosomal subunit splitting. However, the conformational states, which ABCE1 undergoes during ribosome recycling, including their mechanistic importance for its diverse functions, remain unknown. Further, the exact role and movement of the essential FeScluster domain during ribosome recycling are not yet understood. Additional, it remains elusive where ABCE1 is bound in the post‐splitting complex and how the splitting mechanism is regulated concerning the asymmetric NBDs and the coupling of nucleotide binding with NBD closing and ATP hydrolysis.
Thus, in order to monitor the conformational dynamics of the ribosome recycling factor ABCE1 two complementing methods in structural biology, namely single‐molecule based Förster resonance energy transfer (smFRET) and pulsed electron‐electron double resonance (PELDOR) spectroscopy were applied.
Single‐molecule FRET as an integrated biophysical approach based on Förster resonance energy transfer and single‐molecule detection was used to understand the fundamental molecular principles of ABCE1. Contrary to the anticipated two‐state model of ABC proteins, it was shown in this thesis that both nucleotide‐binding sites of ABCE1 are always in a dynamic equilibrium between conformational states with distinct properties: open, intermediate, and closed. The equilibrium in the two nucleotide‐binding sites is distinctly affected when ABCE1 interacts with ribosomal subunits and nucleotides. While ABCE1 can adopt all three conformational states in its free or 30S bound situation, the closed state has the highest affinity for 30S subunit. Further, dissociation of ABCE1 from the small ribosomal subunit, a step that completes the recycling process, is followed by the opening of the NBSs. Hence, the current findings have important implications not only for ribosome recycling but represent a new paradigm for the molecular mechanisms of twin‐ATPases.
The complementing PELDOR measurements provide the advantage of high distance precision and reliability studying macromolecular complexes. Distance distributions of a number of ABCE1 variants even bound to the 1‐MDa post‐splitting complex (30S∙ABCE1∙AMP‐PNP), composed of the 16S rRNA, 28 ribosomal proteins, and ABCE1, was analyzed. Thus, the available crystal structures of ABCE1 in the open state were validated, since all distances of ABCE1 measured in this study perfectly correspond to this crystallized state. Unfortunately, ABCE1 could not be trapped in the closed state under the experimental conditions applied, although plenty different approaches to stabilize this state were performed.
In the second part of this study the architecture yet unknown of the 1‐MDa post splitting complex (40S/30S∙ABCE1∙ATP), concerning especially the ABCE1 binding site and its interactions with translational proteins, was probed by a method, which combines chemical cross linking with mass‐spectrometry (XL‐MS). Following this approach, it was demonstrated that ABCE1 remains bound at the translational GTPase‐binding site after ribosome splitting, contacting the S24e protein of the small subunit. The platform for the intensive contacts to the small ribosomal subunit is thereby provided by the unique helix‐loop‐helix motif of ABCE1. Notably, the FeScluster domain of ABCE1 undergoes a large rotational and translational rearrangement towards the small ribosomal subunit S12 upon nucleotide‐dependent closure of the NBDs. Thus, a key complex in the translational cycle, resembling the link between translation initiation and ribosome recycling processes, was reconstituted and structurally analyzed.
In view of the diverse functionalities of RNA, the search for tools suitable for regulating and understanding RNA grows continuously. Dysfunction of RNA controlled processes can lead to diseases, calling for external regulation mechanisms – a difficult task in view of the complexity of biological systems. One of the recently developed methods that aim to systematically control RNA relates to photoregulation. Here, the RNA functions are triggered by photochromic molecules – for example, azobenzene or spiropyran – which are bound either covalently or non-covalently to the target RNA. This is a flexible approach, which can be improved by using suitably substituted chromophores. However, many issues regarding the details of photocontrol are still open. A detailed understanding of the mechanism of photocontrol is therefore of crucial importance.
The present thesis explores theoretical approaches to the photocontrol of RNA, focussing upon azobenzene chromophores covalently bound to RNA. The aim of the thesis is to characterize, at a molecular level, the effect of trans-to-cis isomerization of the azobenzene chromophore on RNA, and thus understand the mechanism of RNA unfolding triggered by azobenzene isomerization. In particular, we attempt to answer the following questions:
How does azobenzene isomerization happen in an RNA environment, i.e., how is
the isomerization influenced by the local RNA environment?
Conversely, how is RNA dynamics, on a longer time scale, affected by azobenzene attachment and photoisomerization?
Further, can regulation be enhanced by substituted azobenzenes? And, does simulation yield a picture that is consistent with experiment?
Due to the very different times scales of azobenzene isomerization (femtoseconds to picoseconds) and the much slower RNA response (nanoseconds to milliseconds), complementary techniques have been chosen: (i) hybrid quantum-classical approaches, i.e., on-the-fly Quantum Mechanics/Molecular Mechanics (QM/MM), to characterize the isomerization and RNA response on an ultrafast time scale, and (ii) molecular dynamics with enhanced sampling techniques, in particular, Replica Exchange MD (REMD), to explore longer time scales where the effect of RNA unfolding becomes manifest. Furthermore, substituent effects on azobenzene were separately investigated, in collaboration with two experimental groups.
The first part of this thesis is focused on the conformational influence of azobenzene on a small RNA hairpin on longer time scales using REMD simulations. In accordance with experiment, it is found that both the trans and cis form of azobenzene destabilize the RNA system. Trans azobenzene stays stacked in the double strand, whereas the cis form flips out of the RNA. These stacking interactions are the main reason why a trans azobenzene-RNA-complex is more stable than a cis-azobenzene-RNA-complex. Furthermore, the loop region of the RNA hairpin is highly destabilized by the intercalation of azobenzene.
In the second part, on-the-fly QM/MM simulations of the same azobenzene substituted hairpin are undertaken. These simulations use a surface hopping (SH) algorithm in conjunction with hybrid QM/MM electronic structure calculations to give a complete picture of the isomerization process on a picosecond time scale. It is shown that, due to the constraints of the RNA environment, the isomerization time of the azobenzene chromophore is significantly increased (from 300 femtoseconds in the gas phase to around 20 picoseconds in the RNA environment), and the isomerization yield is low. To the best of our knowledge, these are the first QM/MM simulations reported for azobenzene in a nucleic acid environment.
In the third and final part of this thesis, the properties of substituted azobenzenes have been explored, in collaboration with two experimental groups at the department. In particular, para- and meta-hydroxy substituted azobenzenes were suggested as improved photoswitches for the photoregulation of RNA, but spectroscopic investigations showed that isomerization was inefficient in some of the investigated species. Therefore, we investigated the photoisomerisation pathway of the keto/enol-form of para- and meta-hydroxy-azobenzenes by Time-Dependent Density Functional Theory (TDDFT) calculations. These calculations show that the competing keto/enol-tautomerism can result in an unstable cis form, making these substituted chromophores unsuitable as photoswitches.
Overall, the present thesis has contributed to obtaining a molecular-level understanding of photocontrol in azobenzene substituted RNAs, showing that theory and simulations can provide useful guidance for new experiments.
The transporter associated with antigen processing (TAP) is a heterodimeric ATP-binding cassette (ABC) transport complex, which selects peptides for export into the endoplasmic reticulum (ER) and subsequent loading onto major histocompatibility complex class I (MHC I) molecules to trigger adaptive immune responses against virally or malignantly transformed cells. Due to its pivotal role in adaptive immunity, TAP is a target for infectious diseases and malignant disorders, such as bare lymphocyte syndrome type I and cancer. A detailed knowledge about the TAP structure and transport mechanism is fundamental for the development of therapies or drugs against such diseases, but numerous aspects are insufficiently determined to date. The aim of this PhD thesis was to elucidate several structural details of TAP using powerful biochemical and biophysical methods and thereby to contribute to the understanding of the translocation machinery functionality.
High protein yields, an efficient isolation from the lipid environment and subsequent purification of a stoichiometric, stable, and functional TAP complex are prerequisites to get detailed insights into TAP functionality. The natural product digitonin is typically used as detergent to isolate TAP, but suffered from fluctuating purity and high costs. The novel detergent GDN was selected from a number of potential detergents upon their ability to isolate and purify TAP overcoming the limitations of digitonin without compromising on functional integrity. State-of-the-art biophysical techniques, such as solid-state nuclear magnetic resonance (NMR), require highly concentrated protein samples. A new and mild procedure to concentrate TAP was established within this thesis. Freeze drying is superior to conventional concentration techniques, such as ultrafiltration, resulting in TAP inactivation and aggregation already at concentrations of 10 mg/mL. This new procedure enables stabilizing TAP in a condensed glycerol matrix and to concentrate the transport complex up to 30 mg/mL active transporter. The functional integrity of the freeze-dried TAP complex was verified by determining equilibrium dissociation constants, peptide dissociation and ATP-hydrolysis rates as well as long-term stabilities identical to untreated TAP. The combined application of the detergent GDN and the freeze drying procedure facilitates the cost-efficient isolation of functional and highly concentrated TAP and enables to study the structure and mechanism of the peptide transporter TAP using modern analyses methods.
Information on peptide-TAP interactions at atomic level have not been obtained so far. This lack of knowledge hampered the mechanistic understanding of the initial steps of substrate translocation catalyzed by TAP. Dynamic nuclear polarization (DNP) enhanced magic angle spinning (MAS) solid-state NMR on highly concentrated TAP samples prepared with the freeze-drying procedure was used within this thesis to study this challenging membrane protein-substrate complex. The affinity and specificity of peptide binding by TAP are mediated by multiple recognition sites in the N- and C-terminal regions. Side-chains of positions 1, 3, and 9 are most substantially affected upon binding to TAP, revealing recognition principles of the translocation machinery. The nonamer peptide binds to TAP in an extended conformation with an N-to-C terminus distance of ~2.5 nm. Molecular docking revealed that the peptide substrate is locked with its N and C termini between TAP1 and TAP2 and adopts a tilted pose with respect to the membrane plane. The identified contact sites of TAP are consistent with results from earlier crosslinking and mutational analyses on the TAP complex.
The inadequate structure determination and insufficient knowledge about the dynamics of substrate translocation impedes a detailed comprehension of the TAP transport mechanism. Advanced biophysical methods, such as pulsed electron paramagnetic resonance (EPR) or single-molecule Förster resonance energy transfer (FRET), enable to locate the peptide-binding pocket and to elucidate dwell-times, conformational states and dynamics within the translocation cycle of TAP. The specific introduction of spin or fluorescent labels via single cysteines for such studies requires a cysteine-less TAP complex. The endogenous cysteine 213 in TAP2 remained to create a pseudo Cys-less TAP complex within this thesis due to its altered substrate repertoire when mutated to serine as shown in previous studies. Latter complex was used to introduce single-Cys mutations in the cytosolic extensions of transmembrane helices of TAP1. Their functional integrity with respect to peptide binding and translocation was comparable to pseudo Cys-less TAP. All pseudo single cysteines were efficiently labeled, but unintentionally C213TAP2 was labeled as well and TAP concomitantly inactivated. These unsatisfactory initial experiments required the generation of a functional, entirely Cys-less TAP transporter within this thesis. Therefore, C213TAP2 was replaced by all 19 proteinogenic amino acids. All analyzed mutants were capable to bind a high-affinity peptide of TAP, but with varying affinities and binding capacities. The replacement of C213 by isoleucine enabled the generation of a cysteine-less TAP complex with functional characteristics similar to the wild-type transporter and will promote the elucidation of the translocation mechanism of the peptide transporter TAP in future studies using pulsed EPR and single-molecule FRET.
Soil fungal communities are an essential element in the terrestrial ecosystem, however their response to ongoing anthropogenic climate change is currently poorly understood. Fungi are one of the most abundant groups of microbes in soil, they are mainly responsible for the decomposition of organic matter (Baldrian et al., 2012; Buée et al., 2009). By binding carbon in soil, fungi thus maintain an important role in the global carbon cycle (Bardgett et al., 2008). Future climates are likely to influence the communities of belowground microbial organisms (Castro et al., 2010; Deacon et al., 2006). However, how these communities are affected in their diversity, composition, and function after environmental perturbation is insufficiently known.
Molecular techniques using high-throughput sequencing are presently revolutionizing the analysis of complex communities, such as soil fungi. High-throughput metabarcoding enables the recovery of DNA sequence data directly from environmental samples, and DNA sequences from entire communities present in these samples can be simultaneously recovered through massively parallel sequencing reactions (Bik et al., 2012; Taberlet et al., 2012b). This results in more accurate estimation of diversity and community composition and thus provides unprecedented insight into cryptic communities (Lindahl and Kuske, 2014). Yet, challenges associated with these novel techniques include the bioinformatic processing, and the ecological analyses of the large amount of sequence data generated. Most biologists without explicit training in bioinformatics spend a fair amount of time learning how to filter raw sequence data, and customize bioinformatics pipelines specific to their project. To improve the quality of data treatment, and decrease the time needed for the analyses, it is desirable to have bioinformatics pipelines that are easy to use, well explained to researchers not trained in bioinformatics, and adaptable to individual research needs...
Im Rahmen dieser Arbeit wurden Anaylsenmethoden zur Quantifizierung von Ceramiden und Prostanoiden in verschiedenen biologischen Matrices unter Verwendung von Nano-LC gekoppelt mit Tandemmassenspektrometrie entwickelt und bei diversen biologischen Fragestellungen angewendet.
Die analytische Methode zu Quantifizierung der Ceramide ermöglichte deren Bestimmung in einem Probenvolumen von 2 μL CSF. Diese neu entwickelte Methode ist die erste publizierte Nano-LC-MS/MS-Methode zur Quantifizierung der Ceramide in biologischen Proben, gleichzeitig ist es auch diejenige analytische Methode mit der höchsten Empfindlichkeit [171]. Die beschriebene Methode umfasste die Substanzen C8:0, C16:0, C18:1, C18:0, C20:0, C24:1 und C24:0 Ceramid, als interner Standard wurde C17:0 Ce-ramid verwendet. Die Probenaufarbeitung bestand in einer einfachen Proteinfällung und Verdünnung mit Methanol, die chromatografische Trennung der Analyten erfolgte mit einer RP-C8 Säule unter Verwendung eines Gradientenprogramms. Die Methode wurde anhand von FDA-Richtlinien bezüglich Linearität, Bestimmungsgrenze, Präzision, Richtigkeit und Autosampler-Stabilität validiert. Die erreichten Bestimmungsgrenzen betrugen 0,225 pg auf der Säule (2,25 pg/μL CSF) für alle Ceramide außer C24:0 Ceramid, für das der Wert von 0,75 pg auf der Säule (7,5 pg/μL CSF) ermittelt wurde. Mit der durchgeführten Validierung wurde die Zuverlässigkeit der Methode für die Quantifizierung der Ceramide in CSF gezeigt. Mit einem Standardadditionsexperiment konnte belegt werden, dass PBS als Ersatzmatrix für CSF geeignet ist und somit die Ergebnisse der Validierung mit dotierten PBS-Proben auf CSF-Proben übertragbar sind. Das entwickelte Verfahren wurde für die Quantifizierung der Analyten in murinen CSF-Proben im Rahmen eines Projekts zur Erforschung der Rolle der Ceramide bei Multipler Sklerose angewendet. Anhand der Ergebnisse wurde die Hypothese bestätigt, dass die Konzentration von C16:0 Ceramid in CSF von EAE-Mäusen erhöht ist.
Die zweite entwickelte Nano-LC-MS/MS-Methode ermöglichte die Quantifizierung der Prostanoide PGE2, PGD2, 6-keto PGF1α, PGF2α und TXB2 in einer geringen Anzahl Immunzellen. Für eine erfolgreiche Bestimmung der Analyt-Konzentrationen waren nur 5.000 T-Zellen oder 40.000 Mastzellen erforderlich. Damit ist die beschriebene Methode geeignet für die Quantifizierung in Zellen, die durch Isolation aus tierischen Geweben oder Organen erhalten werden, ohne dass das Vereinigen mehrerer Proben erforderlich ist. Durch die Messung dieser bestimmten Zellpopulationen kann, im Unterschied zur Vermessung des gesamten Organs, eine differenziertere Analyse der Lokalisation der gemessenen Analyten erfolgen. Mittels der entwickelten Methode konnten die Prostanoide PGE2, PGD2, 6-keto PGF1α, PGF2α und TXB2 quantifiziert werden. Als interner Standard stand für jedes dieser Prostanoide ein vierfach deuteriertes Strukturanalogon zur Verfügung. Die Aufarbeitung der Immunzell-Proben erfolgte durch Flüssig-Flüssig-Extraktion mit Ethylacetat, die Chromatografie wurde mit einer RP-C8-Säule und einem Gradientenprogramm durchgeführt. Eine Validierung erfolgte für die Quantifizierung in T-Lymphozyten und Mastzellen für die Parameter Linearität, Bestimmungsgrenze, Präzision, Richtigkeit, Wiederfindung, Selektivität und Stabilität. Auch ein Standardadditionsexperiment mit beiden Matrices wurde durchgeführt. Die Bestimmungsgrenzen betrugen 75 fg auf der Säule für PGE2 und PGD2 sowie 112,5 fg für 6-keto PGF1α, PGF2α und TXB2, damit zeichnet sich die Methode durch höchste Empfindlichkeit aus. Die Me-thode wurde zur Messung der Prostanoid-Konzentration in T-Zellen, die im Rahmen eines Kontaktallergie-Modells aus dem Blut von unterschiedlich behandelten Mäusen isoliert worden waren, angewendet. Es konnte kein Unterschied in den Prostanoid-Konzentrationen in den T-Zellen sensibilisierter und nicht-sensibilisierter bzw. provozierter und nicht-provozierter Mäuse festgestellt werden. Bei einer zweiten Anwendung wurden die Prostanoide in murinen Mastzellen, die nach Zymosan-Injektion in die Hinterpfote zu verschiedenen Zeitpunkten nach dem Auslösen der Entzündung aus dem entstandenen Ödem isoliert worden waren, gemessen. Zusätzlich für diese Anwendung wurden einige Leukotriene in die Methode integriert. Es wurde festgestellt, dass die Konzentrationen von PGE2, PGD2 und PGF2α in Mastzellen nach der Injektion von Zymosan-Injektion ansteigen, wobei die gemessenen Konzentrationen für PGE2 48 Stunden nach der Injektion verglichen mit denen nach 24 Stunden, bezogen auf die anderen beiden Prostaglandine, am stärksten ansteigen. Außerdem wurde mittels der für die Immunzellen entwickelten Methode die Prostanoide in murinem Urin, humanem Plasma und humaner Tränenflüssigkeit quantifiziert.
Zusammenfassend ermöglichen die entwickelten Methoden die Analyse geringer Ana-lytkonzentrationen in sehr kleinen Probenmengen und damit eine Reduktion von Versuchstierzahlen und Kosten.
Prognostische Faktoren und das Outcome von Patienten mit einem primären Glioblastom sind in der Fachliteratur gut beschrieben. Im Gegensatz dazu gibt es wenige vergleichbare Informationen zu Patienten mit einem sekundären Glioblastom. Das Ziel dieser Arbeit war es, das Outcome von Patienten mit einem sekundären Glioblastom zu beurteilen und prognostische Faktoren in Be-zug auf das Gesamtüberleben zu identifizieren.
Dazu wurde die interne Datenbank des Universitätsklinikums Frankfurt/Main von Patienten mit Hirntumoren retrospektiv nach klinischen Daten durchsucht. Alle Patienten hatten ein histologisch gesichertes WHO Grad II oder III Gliom und anschließend ein WHO Grad IV sekundäres Glioblastom. Paraffiniertes Hirntumorgewebe wurde auf Mutationen der Isocitrat Dehydrogenase-1 (IDH1) mittels einer immunhistochemischen Färbung mit einem R132H (clone H09) spezifischen Antikörper untersucht. Eine uni- und multivariate statistische Analyse wurde durchgeführt, um Faktoren zu ermitteln, die potentiell das Gesamt-überleben beeinflussen könnten.
Es wurden 45 Patienten mit einem histologisch gesicherten sekundären Glioblastom untersucht. Das mediane Alter betrug 41 Jahre. 14 Patienten unterzogen sich einer radiologisch kompletten Resektion des sekundären Glioblastoms, 31 Patienten wurden subtotal reseziert oder biopsiert. Initial ist bei 37 Patienten ein astrozytärer Tumor nachgewiesen worden und die restlichen Patienten litten an Oligodendrogliomen oder gemischten Gliomen; bei der initialen Diagnose wurden 17 WHO Grad II und 28 WHO Grad III Tumoren fest-gestellt. Die mediane Zeit zwischen Ursprungstumor und dem Auftreten des sekundären Glioblastoms betrug 158,9 Wochen. Das mediane Gesamtüberleben betrug 445 Tage nach der Diagnose eines sekundären Glioblastoms. Mutationen des IDH1 (R132H) Proteins wurden bei 24 Patienten festgestellt und fehlten bei 17 Patienten; bei 4 Patienten konnte keine IDH1 immunhistochemische Färbung durchgeführt werden.
In der univariaten Analyse konnte der Zeitraum zwischen initialer Läsion und dem Progress zu einem sekundären Glioblastom als statistisch signifikanter Einflussfaktor identifiziert werden- Patienten mit einem Zeitraum von mehr als 2 Jahren hatten ein besseres Gesamtüberleben (460 vs. 327 Tage, p = 0,011). Außerdem konnte bei Patienten, die eine kombinierte Radiochemotherapie bekamen, ein besseres Gesamtüberleben nachgewiesen werden als bei Patienten, welche ausschließlich eine Therapieform erhielten (611 vs. 380 Tage, p < 0,001). Weiterhin konnten ein WHO Grad II Ursprungstumor (472 vs. 421 Tage, p = 0,05) und eine Frontalllappenlokalisation des Glioblastoms (472 vs. 425 Ta-ge, p = 0,031) das Überleben steigern.
In der multivariaten Analyse konnte gezeigt werden, dass die Mutation des IDH1 (R132H) Proteins in statistisch signifikanter Weise mit einem längeren Gesamtüberleben assoziiert war (p = 0,012); statistische Signifikanz für ein län-geres Gesamtüberleben bei Patienten mit initial einem WHO Grad II (p = 0,047) und einer Frontallappenlokalisation des Glioblastoms (p = 0,042) stellte sich auch ein. In Bezug auf die Patienten spezifischen Daten wurden zwei Prognosegruppen erstellt; Patienten in der guten Prognosegruppe scheinen einen Benefit von einer totalen Tumorresektion zu haben (p = 0,02), während eine Resektion für die andere Prognosegruppe keine große Rolle spielte (p = 0,926).
Trotz des relativ geringen Erkrankungsalters haben sekundäre Glioblastom Patienten eine schlechte Prognose. Die Ergebnisse dieser Arbeit unterstreichen die Wichtigkeit und den prognostischen Wert der IDH1 Diagnostik, die Notwendigkeit einer kombinierten Radiochemotherapie und eine Risikostratifizierung für eine Prognoseabschätzung anhand der Patienten spezifischen Einflussfaktoren.