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Background Fermentation of lignocellulosic biomass is an attractive alternative for the production of bioethanol. Traditionally, the yeast Saccharomyces cerevisiae is used in industrial ethanol fermentations. However, S. cerevisiae is naturally not able to ferment the pentose sugars D-xylose and L-arabinose, which are present in high amounts in lignocellulosic raw materials. Results We describe the engineering of laboratory and industrial S. cerevisiae strains to co-ferment the pentose sugars D-xylose and L-arabinose. Introduction of a fungal xylose and a bacterial arabinose pathway resulted in strains able to grow on both pentose sugars. Introduction of a xylose pathway into an arabinose-fermenting laboratory strain resulted in nearly complete conversion of arabinose into arabitol due to the L-arabinose reductase activity of the xylose reductase. The industrial strain displayed lower arabitol yield and increased ethanol yield from xylose and arabinose. Conclusion Our work demonstrates simultaneous co-utilization of xylose and arabinose in recombinant strains of S. cerevisiae. In addition, the co-utilization of arabinose together with xylose significantly reduced formation of the by-product xylitol, which contributed to improved ethanol production.
The European Strategy on Invasive Alien Species T-PWS(2002) 8 mandates intensified research by member nations on invasive species. This research will not be restricted solely to the biology and remediation of invasive species, but will also evaluate their adverse health effects and economic impact. Previous studies of these issues have only been carried out in the Unites States of America, or in a limited, regional manner. Consequently, 20 plant and animal species from various problem areas (species which pose a threat to public health; losses to agriculture, fisheries, and forestry; damage to public roads and waterways; costs associated with the protection of native species threatened by non-native species as mandated by Recommendation 77 of the Bern Convention were assessed in Germany nation-wide. The accruing costs were sorted into 3 categories: a) direct economic losses, such as those caused by destructive pest species; b) ecological costs, in the form of extra care and protection of native taxa, biotopes, or ecosystems threatened by invasive species; c) costs of measures to combat invasive species. Because of the nature of available data, as well as the different biology and ecology of the invasive species, each had to be treated individually, and the associated costs vary greatly from species to species. Moreover, not all of the species investigated cause economic losses. Accordingly, a nuanced approach to alien species is essential. Cost assessment of losses deriving from ecological damage was only possible in a few cases. Ongoing, multi-year studies incorporating cost/benefit analysis will be necessary to resolve remaining issues.
In dem Entwurf einer European Strategy on Invasive Alien Species T-PVS (2002) 8 werden verstärkte Forschungsaktivitäten der Mitgliedstaaten angeregt, die nicht nur auf den biologischen Bereich oder Bekämpfung invasiver Arten beschränkt bleiben, sondern auch die Bewertung der Auswirkungen auf Gesundheitswesen und Volkswirtschaft untersuchen sollen. Derartige Studien wurden bisher nur für die Vereinigten Staaten von Amerika oder mit eher regionalen Charakter durchgeführt. Aus diesem Grunde wurden 20 Tiere und Pflanzen aus verschiedenen Problemgebieten (Gesundheitsgefährdende Arten, Schäden in Forst-, Land-, und Fischereiwirtschaft, im kommunalen Bereich, an aquatischen und terrestrischen Verkehrswegen sowie Kosten von Arten, die einheimische Spezies gefährden oder in der Empfehlung 77 der Berner Konvention aufgeführt sind) ausgewählt und beispielhaft für das Gebiet Deutschlands bearbeitet. Die entstehenden Kosten wurden in drei Kategorien aufgeschlüsselt: a) direkte ökonomische Schäden, beispielsweise durch Vorratsschädlinge, b) ökologische Schäden, verursacht durch Pflege und Schutz gefährdeter heimischer Arten, Biozönosen oder Ökosysteme und c) Kosten für Maßnahmen zur Bekämpfung invasiver Arten. Es zeigte sich, dass auf Grund der Datenlage sowie der unterschiedlichen Biologie und Ökologie der invasiven Arten jeweils individuelle Ansätze notwendig waren. Die hier ermittelten Kosten unterscheiden sich stark von Art zu Art. Nicht alle untersuchten Arten verursachen ökonomische Schäden. Eine differenzierte Betrachtung von Neobiota ist nach dem Prinzip der Einzelfallbewertung erforderlich. Die Monetisierung von ökologischen Schäden gelang hierbei nur in wenigen Fällen. Weitergehende, mehrjährige Studien sollten willingness to pay-Analysen einbeziehen, um offen gebliebene Fragen zu beantworten.
Im Rahmen dieser Diplomarbeit konnte das Plasmid pB6 isoliert werden, das die MNNG-Hyperresistenz einer rng1-1-Mutante komplementierte. Das komplementierende Gen dieses Plasmids konnte jedoch weder über 17 Subklone noch über Komplementationsanalysen identifiziert werden. Die Sensibilität gegen „Congo red“ konnte als ein weiterer Phänotyp des Stammes Q2rng1 bestimmt werden. Es wurden im Zuge der Subklonierung des Plasmids pB6 pRS424-Derivate gefunden, die unabhängig vom genetischen Hintergrund des transformierten Stammes, heterogenes Wachstum verursachten. Zurückzuführen war dies auf die Überexpression des ORFs YLR112w alleine oder gemeinsam mit dem ORF YLR111w. Neben der bereits beschriebenen MNNG-Hyperresistenz durch die Überexpression von SNG1 in Wildtypen, GSH-Mutanten und Reparaturdefizienten Stämmen, konnte auch in dem bereits gegen MNNG hyperresistenten Stamm Q2rng1 eine Steigerung der Resistenz durch SNG1 gezeigt werden. Des weiteren wurden Anzeichen gefunden, dass die MethioninAuxotrophie des Stammes Q3 auf die Disruption des GSH1-Gens zurückzuführen war. Zudem konnte nachgewiesen werden, dass die funktionierende GSH-Synthese letal auf eine ero1-Delta-Mutante wirkte. Als Auslöser für die Cadmium-Sensibilität der Stämme Q3 und Q4 konnten die bekannten Mutationen dieser Stämme im GSH1- und im LWG1-Gen ausgeschlossen werden.
Das Ziel dieser Arbeit war, Unterschiede bezüglich der Körperbautypen an Elitekarateka zu eruieren. Hierzu wurden die Konstitutionstypologien nach Conrad, Knußmann, Parnell sowie Heath und Carter, Proportionsfiguren, und das Phantom stratagem verwendet, ebenso wie die Hautfettfalten-Dickenmessungen, die Bioelektrische-Impedanz-Analyse (BIA) und der Body-Mass-Index (BMI). Unter der Annahme Großmeisters Funakoshis, dass es durch ständiges Karatetraining zu körperbaulichen Konstitutionstypusänderungen kommt, wurde diese sportanthropologische Studie durchgeführt. Es sollte geklärt werden, ob innerhalb der Karatewettkampfdisziplinen Kata und Kumite unterschiedliche Körperbautypen, unter Einbeziehung des Sexualdimorphismus, zu finden sind. Die 80 untersuchten männlichen und weiblichen Karateka kamen aus den Disziplinen Kata (Schattenboxen) und Kumite (Freikampf). Im Vergleich dazu wurden 62 und 66 Breitensportkarateka als Kontrollgruppe gegenübergestellt. Das Vergleichskollektiv wurde aus zwei Fitnessstudios rekrutiert, in denen die Probanden 2 - 4 mal pro Woche trainierten. Die Messungen wurden unter standardisierten Bedingungen vom Verfasser dieser Arbeit (und einer Kollegin) durchgeführt. Die Ergebnisse wurden statistisch geprüft. Die Konstitutionstypognosen von Conrad, die durch die Betrachtungen der Somatocharts von Parnell bzw. Heath und Carter bestätigt wurden, zeigten Unterschiede der Leistungssportler gegenüber den Kontrollgruppen. Demnach ist der typische Kata- und Kumiteathlet kleiner und wiegt weniger als die Sportler des Vergleichskollektivs der Fitnessprobanden. Er ist athletischer gebaut und weist ein günstiges Verhältnis von aktiver und passiver Körpermasse auf. Des Weiteren sind innerhalb der Karatedisziplinen die Katasportler endomorpher als ihre Kollegen. Die Kumiteathleten nehmen mehr ektomorphe Positionen in den Somatocharts (Parnell, Heath und Carter) ein. Anhand der Ergebnisse lässt sich die ursprüngliche Vermutung Funakoshis nach differenzierten Konstitutionstypen sowohl für die beiden Untersuchungskollektive als auch innerhalb des Karate für die Wettkampfdisziplinen Kata und Kumite bestätigen. Die vorliegende Studie lässt den Schluss zu, dass es sowohl den Kata- als auch den Kumite-Konstitutionstypus im Karate gibt. Weiterer Forschungsbedarf besteht hinsichtlich longitudinaler Datenerhebungen des Konstitutionswandels jugendlicher Karateka im Laufe ihrer Wettkampfkarriere. Die Karriere beeinflussende Faktoren wie Trainingshäufigkeit, „Trainingsalter“ und Verletzungshäufigkeit, bezogen auf das Leistungsniveau, lassen Spielraum für weiterführende Untersuchungen. Dies gilt auch für eventuelle ethnische Körperbauunterschiede und das Leistungsniveau der Athleten.
Herman P. Schwan [1915–2005] was a distinguished scientist and engineer, and a founding father of the field of biomedical engineering. A man of integrity, Schwan influenced the lives of many, including his wife and children, and his many students and colleagues. Active in science until nearly the end of his life, he will be very much missed by his family and many colleagues.
High-throughput gene trapping is a random approach for inducing insertional mutations across the mouse genome. This approach uses gene trap vectors that simultaneously inactivate and report the expression of the trapped gene at the insertion site, and provide a DNA tag for the rapid identification of the disrupted gene. Gene trapping has been used by both public and private institutions to produce libraries of embryonic stem (ES) cells harboring mutations in single genes. Presently,~ 66% of the protein coding genes in the mouse genome have been disrupted by gene trap insertions. Among these, however, genes encoding signal peptides or transmembrane domains (secretory genes) are underrepresented because they are not susceptible to conventional trapping methods. Here, we describe a high-throughput gene trapping strategy that effectively targets secretory genes. We used this strategy to assemble a library of ES cells harboring mutations in 716 unique secretory genes, of which 61% were not trapped by conventional trapping, indicating that the two strategies are complementary. The trapped ES cell lines, which can be ordered from the International Gene Trap Consortium (http://www.genetrap.org), are freely available to the scientific community.
Background: Cancer gene therapy will benefit from vectors that are able to replicate in tumor tissue and cause a bystander effect. Replication-competent murine leukemia virus (MLV) has been described to have potential as cancer therapeutics, however, MLV infection does not cause a cytopathic effect in the infected cell and viral replication can only be studied by immunostaining or measurement of reverse transcriptase activity. Results: We inserted the coding sequences for green fluorescent protein (GFP) into the proline-rich region (PRR) of the ecotropic envelope protein (Env) and were able to fluorescently label MLV. This allowed us to directly monitor viral replication and attachment to target cells by flow cytometry. We used this method to study viral replication of recombinant MLVs and split viral genomes, which were generated by replacement of the MLV env gene with the red fluorescent protein (RFP) and separately cloning GFP-Env into a retroviral vector. Co-transfection of both plasmids into target cells resulted in the generation of semi-replicative vectors, and the two color labeling allowed to determine the distribution of the individual genomes in the target cells and was indicative for the occurrence of recombination events. Conclusions: Fluorescently labeled MLVs are excellent tools for the study of factors that influence viral replication and can be used to optimize MLV-based replication-competent viruses or vectors for gene therapy.
The 5'-terminal cloverleaf (CL)-like RNA structures are essential for the initiation of positive- and negative-strand RNA synthesis of entero- and rhinoviruses. SLD is the cognate RNA ligand of the viral proteinase 3C (3Cpro), which is an indispensable component of the viral replication initiation complex. The structure of an 18mer RNA representing the apical stem and the cGUUAg D-loop of SLD from the first 5'-CL of BEV1 was determined in solution to a root-mean-square deviation (r.m.s.d.) (all heavy atoms) of 0.59 A (PDB 1Z30). The first (antiG) and last (synA) nucleotide of the D-loop forms a novel ‘pseudo base pair’ without direct hydrogen bonds. The backbone conformation and the base-stacking pattern of the cGUUAg-loop, however, are highly similar to that of the coxsackieviral uCACGg D-loop (PDB 1RFR) and of the stable cUUCGg tetraloop (PDB 1F7Y) but surprisingly dissimilar to the structure of a cGUAAg stable tetraloop (PDB 1MSY), even though the cGUUAg BEV D-loop and the cGUAAg tetraloop differ by 1 nt only. Together with the presented binding data, these findings provide independent experimental evidence for our model [O. Ohlenschläger, J. Wöhnert, E. Bucci, S. Seitz, S. Häfner, R. Ramachandran, R. Zell and M. Görlach (2004) Structure, 12, 237–248] that the proteinase 3Cpro recognizes structure rather than sequence.
We have isolated the human protein SNEV as downregulated in replicatively senescent cells. Sequence homology to the yeast splicing factor Prp19 suggested that SNEV might be the orthologue of Prp19 and therefore might also be involved in pre-mRNA splicing. We have used various approaches including gene complementation studies in yeast using a temperature sensitive mutant with a pleiotropic phenotype and SNEV immunodepletion from human HeLa nuclear extracts to determine its function. A human–yeast chimera was indeed capable of restoring the wild-type phenotype of the yeast mutant strain. In addition, immunodepletion of SNEV from human nuclear extracts resulted in a decrease of in vitro pre-mRNA splicing efficiency. Furthermore, as part of our analysis of protein–protein interactions within the CDC5L complex, we found that SNEV interacts with itself. The self-interaction domain was mapped to amino acids 56–74 in the protein's sequence and synthetic peptides derived from this region inhibit in vitro splicing by surprisingly interfering with spliceosome formation and stability. These results indicate that SNEV is the human orthologue of yeast PRP19, functions in splicing and that homo-oligomerization of SNEV in HeLa nuclear extract is essential for spliceosome assembly and that it might also be important for spliceosome stability.