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Die Koronare Herzkrankheit (KHK) und der Akute Myokardinfarkt (AMI) sind die beiden häufigsten Todesursachen in den westlichen Industrienationen. In der Folge einer chronischen oder akuten ischämischen Schädigung des Herzens kommt es unter anderem zum Umbau insbesondere des linken Ventrikels, dem so genannten „Cardiac Remodeling“, das in den meisten Fällen mitverantwortlich für die Entstehung einer Herzinsuffizienz ist. Diverse Studien haben in den vergangenen Jahren gezeigt, dass die kardiale Stamm- oder Progenitorzelltherapie ein viel versprechender Ansatz ist, die Regeneration eines ischämisch geschädigten Herzens zu unterstützen und das „Cardiac Remodeling“ zu begrenzen. In diesem Zusammenhang wurden sowohl verschiedene Arten von Stammzellen, als auch verschiedene Applikationstechniken eingesetzt. Auf welchen Wegen die eingesetzten Stamm- oder Progenitorzellen ihre Wirkung entfalten ist bislang nicht abschließend geklärt. Eine Grundvoraussetzung um zur Regeneration des Myokards beitragen zu können ist jedoch, dass die Zellen nach der intrakoronaren Applikation in das Gewebe transmigrieren und dort anwachsen. Um neue Erkenntnisse über die Mechanismen, die Abläufe und die prädiktiven Faktoren dieses als „Homing“ bezeichneten Vorgangs zu gewinnen, wurden zwischen 2005 und 2007 am Klinikum der Johann Wolfgang Goethe-Universität 20 Patienten mit 111Inmarkierten autologen ex-vivo-kultivierten endothelialen Progenitorzellen behandelt und in den folgenden drei Tagen mittels Ganzkörperszintigraphie und SPECT nachuntersucht. Dabei zeigte sich, dass die 111In-Aktivität im Herzen innerhalb der ersten 24 Stunden bei der Gruppe der Patienten mit Myokardinfarkt innerhalb der letzten 14 Tag signifikant höher (6,3 + 2,9%) war, als bei der Gruppe, deren Infarkt länger als 14 Tage aber kürzer als ein Jahr zurücklag (4,5 + 3,2%). Die geringste 111In-Aktivität (2,5 + 1,6%) zeigten Patienten mit länger als einem Jahr zurückliegender oder chronischer Ischämie (p = 0,042). In der Gruppe der akuten (< 14 Tage) und subakuten (14 Tage bis 1 Jahr) Ischämien zeigte sich ebenfalls, dass eine geringere Viabilität der betroffenen Areale im durchgeführten 18FDG-PET das Homing der Zellen ebenfalls günstig beeinflusst (p = 0,039), während die Viabilität in der Gruppe der chronischen Ischämien (> 1 Jahr) nicht signifikant mit der 111In-Aktivität korrelierte (p = 0,88). Des Weiteren zeigte sich, dass bei Patienten mit AMI innerhalb der letzten 12 Monate eine eingeschränkte koronare Flussreserve als Ausdruck einer gestörten Mikrozirkulation die Aufnahme 111In-markierter EPCs ebenfalls günstig beeinflusst (p = 0,048). Zusammenfassend erscheinen demnach das Alter des Infarktes, das Ausmaß der entstandenen Gewebsschädigung und der Umfang der verbliebenen mikrozirkulatorischen Funktion des Herzens die Faktoren zu sein, die das „Homing“ intrakoronar applizierter Progenitorzellen wesentlich beeinflussen. Dennoch konnte auch die vorliegende Studie keinen endgültigen Aufschluss darüber geben, auf welche Weise die applizierten Stammzellen ihre Wirkung am Herzen entfalten. Hier werden weiterhin die Vaskulogenese, die Differenzierung in funktionsfähige Kardiomyozyten ebenso wie parakrine Effekte, beispielsweise durch den SDF-1/CXCR4-Mechanismus, oder VEGF diskutiert. Letztlich bietet die vorliegende Studie jedoch eine Datenbasis für künftige Studien, die sich mit der Verbesserung, insbesondere der Technik der kardialen Progenitorzelltherapie, auseinandersetzen.
Gibt es zwischen Rauchern und Nichtrauchern einen Unterschied in der Husteninzidenz nach Fentanyl?
(2009)
Fragestellung: Die Inzidenz von fentanylinduziertem Husten soll von Injektionsgeschwindigkeit und Raucherstatus des Patienten abhängen und bis zu 18% betragen. Wir konnten vorher bei Nichtrauchern zeigen, dass die Inzidenz an fentanylinduziertem Husten lediglich 3% beträgt und unabhängig von der Injektionsgeschwindigkeit ist. In der vorliegenden Untersuchung haben wir die Inzidenz von fentanylinduziertem Husten bei Rauchern im Vergleich zu Nichtrauchern und bei unterschiedlichen Injektionsgeschwindigkeiten geprüft. Material und Methoden: Mit Zustimmung der Ethikkommission erhielten 530 konsekutive ASA l-lll Patienten (Raucheranteil unseres regionalen Patientenkollektivs 25%) randomisiert, einfach blind entweder 0,15 μg.kgKG Fentanyl über 2, 5 oder 10 Sekunden oder Kochsalz intravenös injiziert. Patienten mit akuten Infekten der Luftwege wurden ausgeschlossen. Primärer Endpunkt: Husten innerhalb von 5 Minuten nach Fentanyl-lnjektion. Null-Hypothese: kein signifikanter Unterschied zwischen Rauchern und Nichtrauchern und zwischen Fentanyl und Placebo. Statistik: Faktorielle ANOVA und chi- Quadrat-Test, p < 0,001. Ergebnisse: Unter der Annahme einer Hustenlnzidenz von 5% nach Fentanyl und 0% nach Plazebo errechneten sich 340 Patienten / Gruppe, also 1360 Patienten. Die geplante Zwischenauswertung nach 530 Patienten ergab eine Husteninzidenz von 2% sowohl in der Raucher- (n=176) als auch in der Nicht-Rauchergruppe (n= 356, p= 0,970 Raucher vs. Nichraucher). Die Husteninzidenz wurde weder in der Raucher- noch in der Nichtrauchergruppe durch die Injektionsgeschwindigkeit beeinflusst, betrug zwischen 1 und 3 % (p= 0,999 und 0,848 für Husteninzidenz vs. Injektionsgeschwindigkeit in der Raucher- bzw. Nichrauchergruppe) und unterschied sich nicht von Placebo. Die Rekalkulation der notwendigen Gruppengröße auf der Basis dieser Ergebnisse ergab 10449 Patienten / Gruppe, also 41794 Patienten für einen möglicherweise signifikanten aber klinisch irrelevanten Unterschied, so dass die Untersuchung beendet wurde. Schlussfolgerungen: Im Gegensatz zu den bisherigen Daten bei asiatischen oder chinesischen Patienten konnten wir in unserer Untersuchung keinen Einfluss des Raucherstatus auf die Inzidenz an fentanylinduziertem Husten feststellen. Die Husteninzidenz war bei Rauchern und bei Nichtrauchern unabhängig von der Injektionsgeschwindigkeit und nicht verschieden von Placebo.
Die mitochondriale Atmungskette und insbesondere die Cytochrom c Oxidase als deren terminales Enzym sind essentiell für den Energiestoffwechsel eukaryotischer Zellen. Die Assemblierung der mitochondrialen Cytochrom c Oxidase mit ihren bis zu 13 Untereinheiten ist noch nicht bis ins Detail aufgeklärt, aber es handelt sich um einen geordneten, stark regulierten Prozess, und Defekte der Assemblierung sind häufig Ursache für neurodegenerative und myopathische Erkrankungen. In Eukaryoten sind bisher mehr als 30 Proteine identifiziert worden, die an der Biogenese der Cytochrom c Oxidase beteiligt sind, darunter Surf1. Beim Menschen führt der Verlust von Surf1 zu einer letalen neurodegenerativen, als Leigh-Syndrom bezeichneten Krankheit, wobei die genaue Rolle von Surf1 bei der Assemblierung der Cytochrom c Oxidase unklar ist. Das Bodenbakteriums Paracoccus denitrificans kann als Modellorganismus für die mitochondriale Atmungskette dienen, da seine aeroben Atmungskettenkomplexe eine deutliche Homologie zu denen der Mitochondrien auf weisen. P. dentrificans besitzt zwei homologe Gene für Surf1, die in Operons mit terminalen Oxidasen assoziiert sind: surf1c ist im cta-Operon lokalisiert, das für Untereinheiten der aa3-Cytochrom c Oxidase kodiert, und surf1q im qox-Operon, das die Gene für die ba3-Ubichinoloxidase enthält. Vorrangiges Ziel dieser Arbeit war es, diese beiden Gene und ihre Translationsprodukte zu charakterisieren und auf ihre Funktion hin zu untersuchen. Chromosomale Einzel- und Doppeldeletionen beider surf1-Gene führten zu einem spezifischen Aktivitätsverlust der jeweiligen Oxidase in Membranen, wobei surf1c und surf1q unabhängig von einander für ihre korrespondierenden Oxidasen zuständig sind und keine überlappenden Funktionen besitzen. Dies war der erste experimentelle Hinweis, dass ein Surf1-Protein auch bei der Assemblierung einer Chinoloxidase eine Rolle spielt. Untersuchungen an aufgereinigter aa3-Cytochrom c Oxidase ergaben, dass der Hämgehalt im Fall der surf1c-Deletion stark vermindert ist. Diese Ergebnisse bestätigten frühere Vermutungen, dass Surf1 eine Rolle beim Häm-Einbau in UEI spielt. Diese Arbeit untersuchte zum ersten Mal aufgereinigtes Surf1-Protein und lieferte mit der Charakterisierung weitere Hinweise auf seine Rolle beim Häm a-Einbau in terminale Oxidasen. So konnte gezeigt werden, dass sowohl Surf1c und als auch Surf1q Häm a in vivo binden. Mit Hilfe spektroskopischer Methoden und der isothermen Titrationskalorimetrie konnte die Bindung von Häm a an apo-Surf1c und Apo-Surf1q quantifiziert werden. Beide Proteine binden Häm a mit submikromolaren Affinitäten in einer 1:1 Stöchiometrie. Ligandenbindungspektren wiesen weiterhin darauf hin, dass das Eisenatom des Häm a in Surf1 nur über fünf Liganden koordiniert ist. Über gerichtete Mutagenese konnte der konservierte Histidinrest His193 für Surf1c und His202 für Surf1q als möglicher fünfter Ligand des Eisenatoms identifiziert werden. Untersuchungen zur Wechselwirkung mit anderen Proteinen zeigten eine direkte Interaktion zwischen der Häm a Synthase und den beiden Surf1-Proteinen in vivo und in vitro, die zuvor noch für kein anderes Surf1-Homolog beschrieben war. Zusätzlich konnte ein Transfer von Häm von der Häm a Synthase auf Surf1c bzw. Surf1q in vitro erreicht werden. Für Surf1c ließ sich außerdem eine Interaktion mit Untereinheit I der Cytochrom c Oxidase nachweisen. Obwohl die Funktion von Surf1 im Rahmen der Biogenese der Cytochrom c Oxidase noch nicht abschließend geklärt werden konnte, liefern die Ergebnisse dieser Arbeit nichtsdestotrotz klare Hinweise auf eine direkte Beteiligung von Surf1 beim Einbau der Häm a-Kofaktoren, und ein neues Modell für die Funktion von Surf1 konnte erstellt werden.
Die Fragestellung der vorliegenden Arbeit betrifft die Rolle der spezifisch gegen Adenovirus Typ 5 und 7 sowie gegen das humane Herpesvirus 6 reagiblen CD4+ T-Lymphozyten als Surrogatmarker der virusspezifischen zellulären Immunität bei lungentransplantierten Patienten. Adenoviren und auch das humane Herpesvirus 6 sind wichtige Pathogene nach der Transplantation von soliden Organen und Knochenmark. Bei lungentransplantierten Patienten sind Adenovirusinfektionen mit einer hohen Mortalität verbunden. Die Reaktivierung des humanen Herpesvirus 6 ist ein Risikofaktor für die Entwicklung von CMV-vermittelten Erkrankungen bei Patienten unter immunsuppressiver Therapie. Bei nierentransplantierten Patienten kann die durchflusszytometrische Quantifizierung von spezifisch gegen Adenoviren und gegen CMV reagiblen CD4+ T-Zellen dazu beitragen, Patienten mit einem hohem Risiko für eine unkontrollierte Virusreplikation zu identifizieren. Die zelluläre Immunantwort bezüglich des humanen Herpesvirus 6 bei lungentransplantierten Patienten ist bisher kaum untersucht worden. Zur Klärung der Frage, inwieweit die durchflusszytometrische Analyse der de-novo-Zytokinsynthese von CD4+ T-Zellen Aussagen über die virusspezifische zelluläre Immunantwort zulässt, wurde bei 22 Patienten nach Lungentransplantation während 12 Monaten regelmäßig venöses Blut mit Adenovirus Typ 5 (Ad5)- und 7 (Ad7)- sowie humanem Herpesvirus 6 (HHV-6 )-Antigen inkubiert und der Anteil [%] von CD4+ TLymphozyten welche eine de-novo-Synthese von Interferon (INF)-γ und CD69 durchführten durchflusszytometrisch bestimmt. Bei n=6 Ad5 positiven Patienten ohne Infekt im Beobachtungszeitraum reagierten im Median 0,31% (Spannweite: 0,09-1,47%), bei n=5 Ad7 positiven Patienten ohne Infektion (kein Nachweis von Adenovirus 5-DNA [copies/ml]) im Beobachtungszeitraum im Median 0,34% (Spannweite: 0,08-1,58%) der CD4+ Lymphozyten, bei n=16 Ad5 negativen Patienten reagierten im Median 0,06% (Spannweite: 0,01-0,25%), bei n=16 Ad7 negativen Patienten 0,05% (Spannweite: 0,01-0,28%) der CD4+ T-Lymphozyten auf die Stimulation mit dem entsprechenden Virus-Antigen mit einer de-novo-Synthese von INF-γ und CD69. Im Gegensatz dazu konnte nach Stimulation mit HHV-6-Antigen bei n=4 HHV-6 positiven Patienten ohne Infektion im Beobachtungszeitraum keine INF-γ- und CD69-Neusynthese nachgewiesen werden. Die in dieser Arbeit gewonnenen Ergebnisse zeigen, dass die durchflusszytometrische Untersuchung Adenovirus-spezifischer CD4+ T-Zellen bei lungentransplantierten Patienten möglich ist. Es hat sich im Verlauf dieser Studie gezeigt, dass die Ergebnisse Ausgangspunkt für weitere Untersuchungen der virusspezifischen zellulären Immunantwort bei Transplantationspatienten sein können. In diesem Sinn ist die Untersuchung einer größeren Patientengruppe bei einer zentralen Durchführung der Methode sinnvoll. Im Bezug auf das humane Herpesvirus 6 bleibt es zu klären, ob auf der Basis von Modifikationen des von uns verwendeten durchflusszytometrischen Verfahrens Aussagen zur virusspezifischen Immunität von lungentransplantierten Patieten möglich sind.
Tracer measurements in the tropical tropopause layer during the AMMA/SCOUT-O3 aircraft campaign
(2009)
We present airborne in situ measurements made during the AMMA (African Monsoon Multidisciplinary Analysis)/SCOUT-O3 campaign between 31 July and 17 August 2006 on board the M55 Geophysica aircraft, based in Ouagadougou, Burkina Faso. CO2 and N2O were measured with the High Altitude Gas Analyzer (HAGAR), CO was measured with the Cryogenically Operated Laser Diode (COLD) instrument, and O3 with the Fast Ozone ANalyzer (FOZAN). We analyze the data obtained during five local flights to study the dominant transport processes controlling the tropical tropopause layer (TTL) above West-Africa: deep convection up to the level of main convective outflow, overshooting of deep convection, horizontal inmixing across the subtropical tropopause, and horizontal transport across the subtropical barrier. Except for the flight of 13 August, distinct minima in CO2 indicate convective outflow of boundary layer air in the TTL. The CO2 profiles show that the level of main convective outflow was mostly located between 350 and 360 K, and for 11 August reached up to 370 K. While the CO2 minima indicate quite significant convective influence, the O3 profiles suggest that the observed convective signatures were mostly not fresh, but of older origin. When compared with the mean O3 profile measured during a previous campaign over Darwin in November 2005, the O3 minimum at the main convective outflow level was less pronounced over Ouagadougou. Furthermore O3 mixing ratios were much higher throughout the whole TTL and, unlike over Darwin, rarely showed low values observed in the regional boundary layer. Signatures of irreversible mixing following overshooting of convective air were scarce in the tracer data. Some small signatures indicative of this process were found in CO2 profiles between 390 and 410 K during the flights of 4 and 8 August, and in CO data at 410 K on 7 August. However, the absence of expected corresponding signatures in other tracer data makes this evidence inconclusive, and overall there is little indication from the observations that overshooting convection has a profound impact on TTL composition during AMMA. We find the amount of photochemically aged air isentropically mixed into the TTL across the subtropical tropopause to be not significant. Using the N2O observations we estimate the fraction of aged extratropical stratospheric air in the TTL to be 0.0±0.1 up to 370 K during the local flights, increasing above this level to 0.2±0.15 at 390 K. The subtropical barrier, as indicated by the slope of the correlation between N2O and O3 between 415 and 490 K, does not appear as a sharp border between the tropics and extratropics, but rather as a gradual transition region between 10 and 25° N latitude where isentropic mixing between these two regions may occur.
Die anaerobe Atmung mit Nitrat und Nitrit als terminalen Elektronenakzeptoren bildet einen wichtigen Teil des biologischen Stickstoff-Zyklus. Beispiele sind Denitrifikation und respiratorische Nitrat-Ammonifikation, wobei in beiden Fällen in einem ersten Schritt Nitrat zu Nitrit reduziert wird. In der Denitrifikation entstehen dann verschiedene gasförmige Produkte (NO, N2O, N2), wogegen Nitrit in der Ammonifikation ohne die Freisetzung weiterer Zwischenprodukte direkt zu Ammonium reduziert wird. Während die terminalen Reduktasen dieser Atmungsketten gut untersucht sind, ist das Wissen über die Zusammensetzung kompletter Elektronentransportketten sowie die Interaktion einzelner Proteine als auch zwischen den Proteinen und Chinonen in der Membran begrenzt. Ziel dieser Arbeit war die Charakterisierung der membranständigen Chinol-Dehydrogenasen NapGH und NrfH in der respiratorischen Nitrat-Ammonifikation von Wolinella succinogenes. Dieses Epsilonproteobakterium ist ein etablierter Modellorganismus der anaeroben Atmung und wächst durch respiratorische Nitrat-Ammonifikation mit Formiat oder H2 als Elektronendonoren. Als terminale Reduktasen werden dabei die periplasmatische Nitratreduktase NapA und die Cytochom c-Nitritreduktase NrfA benötigt. Die Genomsequenz weist keine weiteren typischen Nitrat- und Nitritreduktasen auf, und napA- und nrfA-defiziente Mutanten sind nicht in der Lage durch Nitrat- bzw. Nitritatmung wachsen. Das Operon des Nap-Systems (napAGHBFLD) von W. succinogenes kodiert Proteine, die an der Nitrat-Reduktion durch Menachinol beteiligt sind (NapA, -B, -G und -H) und Proteine, die für die Reifung und Prozessierung von NapA benötigt werden (NapF, -L und –D). Im Gegensatz zu vielen anderen Bakterien läuft die Nitrat-Atmung unabhängig von einem NapC-ähnlichen Protein ab, das als membrangebundenes Tetrahäm-Cytochrom c für die Chinol-Oxidation zuständig ist und Elektronen über den Elektronenüberträger NapB an die terminale Reduktase NapA liefert. Zwar sind im Genom zwei NapC-Homologe kodiert (FccC und NrfH), doch die Deletion beider Gene hatte keinen Einfluss auf die Nitrat-Atmung. Es wurde vermutet, dass die Funktion von NapC in W. succinogenes stattdessen durch die beiden Fe/S-Cluster Proteine NapG und NapH übernommen wird. Die Reduktion von Nitrit zu Ammonium wird durch den NrfHA-Komplex katalysiert. Das Pentahäm-Cytochrom c NrfA bildet dabei die katalytische Untereinheit, die über das membranständige Tetrahäm-Cytochrom c auf der periplasmatischen Seite der Membran gebunden ist. NrfH gehört zur NapC/NirT-Familie und überträgt Elektronen von Menachinol auf NrfA. Mittels gerichteter Mutagenese von nrfH wurden in früheren Arbeiten bereits Aminosäure-Reste identifiziert, die essentiell für die Elektronentransportaktivität von Formiat zu Nitrit sind.
Forensische Chemie - mit Chemie auf Verbrecherjagd : eine Einführung für den Chemieunterricht
(2009)
CITIES (Chemistry and Industry for Teachers in European Schools) ist ein COMENIUS-Projekt, in dessen Rahmen Materialien für den Chemieunterricht erstellt und erprobt werden. Diese Materialien sollen Lehrkräften helfen, ihren Unterricht attraktiver zu gestalten, indem der Bezug sowohl zum Alltag und der Lebenswelt als auch zur chemischen Industrie aufgezeigt wird. Forensische Chemie Aber was kann Schülerinnen und Schüler faszinieren? Nicht nur Erwachsene, auch Heranwachsende lösen gerne Rätsel, besonders wenn es sich um die Aufklärung von Kriminalfällen handelt. Nicht umsonst spielen Kriminalromane sowie Filme und Fernsehsendungen, die sich mit solchen Themen beschäftigen, eine große Rolle in der Unterhaltungsindustrie. Das angesprochene Interesse kann genutzt werden: Bei der Sicherung und dem Nachweis von Spuren werden häufig chemische Verfahren eingesetzt, von denen eine ganze Reihe einfach auch im Schulexperiment nachvollzogen werden kann. Es war deshalb naheliegend, die Forensische Chemie als einen Themenschwerpunkt des Moduls zu wählen. Folgende Materialien wurden zusammengestellt: 1. Eine Einführung in die Forensische Chemie dient zur Vorbereitung des Unterrichts und führt in eine Auswahl von Methoden der Spurensicherung und des Spurennachweises ein. 2. Eine Sammlung von einfachen Versuchen zur Forensischen Chemie vermittelt einen praktischen Zugang zu diesem Thema mit einfachen Mitteln. 3. Die Darstellung eines Kriminalfalles, zu dessen Lösung chemisches Wissen eine große Rolle spielt, eröffnet die Möglichkeit, auf spannende Weise Inhalte zu wiederholen und zu vertiefen. s.a. URN: urn:nbn:de:hebis:30-86529 ; URL: http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/volltexte/2010/8652/ 4. In einem weiteren Beispiele wird die Methode des Gruppenpuzzles eingesetzt. Auch hier müssen die Schülerinnen und Schüler einen Kriminalfall lösen, wobei unterschiedliche Methoden, Fingerabdrücke sichtbar zu machen, sowie Gipsabdrücke, ein Blutnachweis und - theoretisch - die Elektrophorese zum Einsatz kommen. s.a. URN: urn:nbn:de:hebis:30-86539 ; URL: http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/volltexte/2010/8653/ 5. Eine kurze Einführung in die Forensische Chemie wird zusätzlich in Form eines Lernprogramms angeboten. Das Lernprogramm „Forensische Chemie - Mit Chemie auf Verbrecherjagd" fasst die wichtigsten Inhalte des Unterrichtmaterials zu 1. - 4. kurz und seitenorientiert zusammen. Das Programm bietet Ihnen neben einer individuellen und nutzerzentrierten Navigation über das angezeigte Pfeilkreuz die Möglichkeit, zwischendurch immer wieder Ihr Wissen zu überprüfen. Die Inhalte werden in jedem gängigen WebBrowser angezeigt. http://cities.eu.org/lernbar/index.htm Die unter den Punkten 1 und 2 aufgeführten Materialien können die Grundlage für einen längeren Kurs sein, oder es können einzelne Aspekte im Zusammenhang mit anderen Themen des Chemieunterrichts erarbeitet werden. Ein Beispiel ist die Verwendung von Cyanacrylat zum Nachweis von Fingerabdrücken. Dieser Inhalt lässt sich sowohl im größeren Zusammenhang der Forensischen Chemie behandeln als auch im Rahmen der Chemie der Kunststoffe.
Pollen-based climate reconstructions were performed on two high-resolution pollen marines cores from the Alboran and Aegean Seas in order to unravel the climatic variability in the coastal settings of the Mediterranean region between 15 000 and 4000 years BP (the Lateglacial, and early to mid-Holocene). The quantitative climate reconstructions for the Alboran and Aegean Sea records focus mainly on the reconstruction of the seasonality changes (temperatures and precipitation), a crucial parameter in the Mediterranean region. This study is based on a multi-method approach comprising 3 methods: the Modern Analogues Technique (MAT), the recent Non-Metric Multidimensional Scaling/Generalized Additive Model method (NMDS/GAM) and Partial Least Squares regression (PLS). The climate signal inferred from this comparative approach confirms that cold and dry conditions prevailed in the Mediterranean region during the Oldest and Younger Dryas periods, while temperate conditions prevailed during the Bølling/Allerød and the Holocene. Our records suggest a West/East gradient of decreasing precipitation across the Mediterranean region during the cooler Late-glacial and early Holocene periods, similar to present-day conditions. Winter precipitation was highest during warm intervals and lowest during cooling phases. Several short-lived cool intervals (i.e. Older Dryas, another oscillation after this one (GI-1c2), Gerzensee/Preboreal Oscillations, 8.2 ka event, Bond events) connected to the North Atlantic climate system are documented in the Alboran and Aegean Sea records indicating that the climate oscillations associated with the successive steps of the deglaciation in the North Atlantic area occurred in both the western and eastern Mediterranean regions. This observation confirms the presence of strong climatic linkages between the North Atlantic and Mediterranean regions.
CITIES (Chemistry and Industry for Teachers in European Schools) ist ein COMENIUS- Projekt, in dessen Rahmen Materialien für den Chemieunterricht erstellt und erprobt werden. Diese Materialien sollen Lehrkräften helfen, ihren Unterricht attraktiver zu gestalten, indem der Bezug sowohl zum Alltag und der Lebenswelt als auch zur chemischen Industrie aufgezeigt wird. Die Diskussion um eine gute Ernährung sowie empfehlenswerte und weniger empfehlenswerte Lebensmittel ist für Schülerinnen und Schüler ein weiteres interessantes Thema, das deshalb oft im Chemieunterricht im Zusammenhang mit den Themen Kohlenhydrate, Fette und Eiweiße behandelt wird. In dem für CITIES ausgewählten Beispiel wird eine ungewöhnliche Sichtweise eingenomen: Ausgangspunkt ist eine Dose mit Ravioli. Es wird nun der Frage nachgegangen, welche Funktion die Konservendose für die Konservierung der Lebensmittel hat und es werden Inhaltsstoffe der Ravioli und der Soße nachgewiesen. Insgesamt eignen sich die Thematik und die Herangehensweise für die Erarbeitung einer großen Spanne von Themenbereichen, die von der Korrosion als bis zu unterschiedlichen Nachweisen für Zucker bzw. Kohlenhydraten reichen. Aber die Chemie rund um die Raviolidose kann auch zur Wiederholung und Vertiefung von vorab erarbeiteten Inhalten etwa am Ende eines Schuljahres eingesetzt werden. Für diesen Themenbereich wurden unterschiedliche Materialien entwickelt: 1. Eine kurze Einführung gibt eine Übersicht über die gesamte Thematik. Hier werden auch historische Aspekte der Lebensmittelkonservierung angesprochen. 2. Experimente zum Thema finden sich in einer separaten Versuchssammlung. Überwiegend handelt es sich dabei um Schülerversuche, die einfach durchgeführt werden können. Die Theorie zu den einzelnen Experimenten wird jeweils kurz aufgeführt. 3. Die Möglichkeit der Umsetzung im Unterricht wird in einem drittel Teil exemplarisch dargestellt. s.a. URN: urn:nbn:de:hebis:30-86517 ; URL: http://publikationen.ub.uni-frankfurt.de/volltexte/2010/8651/
Pollen-based climate reconstructions were performed on two high-resolution pollen – marines cores from the Alboran and Aegean Seas in order to unravel the climatic variability in the coastal settings of the Mediterranean region between 15 000 and 4000 cal yrs BP (the Lateglacial, and early to mid-Holocene). The quantitative climate reconstructions for the Alboran and Aegean Sea records focus mainly on the reconstruction of the seasonality changes (temperatures and precipitation), a crucial parameter in the Mediterranean region. This study is based on a multi-method approach comprising 3 methods: the Modern Analogues Technique (MAT), the recent Non-Metric Multidimensional Scaling/Generalized Additive Model method (NMDS/GAM) and Partial Least Squares regression (PLS). The climate signal inferred from this comparative approach confirms that cold and dry conditions prevailed in the Mediterranean region during the Heinrich event 1 and Younger Dryas periods, while temperate conditions prevailed during the Bølling/Allerød and the Holocene. Our records suggest a West/East gradient of decreasing precipitation across the Mediterranean region during the cooler Late-glacial and early Holocene periods, similar to present-day conditions. Winter precipitation was highest during warm intervals and lowest during cooling phases. Several short-lived cool intervals (i.e., Older Dryas, another oscillation after this one (GI-1c2), Gerzensee/Preboreal Oscillations, 8.2 ka event, Bond events) connected to the North Atlantic climate system are documented in the Alboran and Aegean Sea records indicating that the climate oscillations associated with the successive steps of the deglaciation in the North Atlantic area occurred in both the western and eastern Mediterranean regions. This observation confirms the presence of strong climatic linkages between the North Atlantic and Mediterranean regions.
Neisseria meningitidis is a strictly human pathogen that has two facets since asymptomatic carriage can unpredictably turn into fulminant forms of infection. Meningococcal pathogenesis relies on the ability of the bacteria to break host epithelial or endothelial cellular barriers. Highly restrictive, yet poorly understood, mechanisms allow meningococcal adhesion to cells of only human origin. Adhesion of encapsulated and virulent meningococci to human cells relies on the expression of bacterial type four pili (T4P) that trigger intense host cell signalling. Among the components of the meningococcal T4P, the concomitantly expressed PilC1 and PilC2 proteins regulate pili exposure at the bacterial surface, and until now, PilC1 was believed to be specifically responsible for T4P-mediated meningococcal adhesion to human cells. Contrary to previous reports, we show that, like PilC1, the meningococcal PilC2 component is capable of mediating adhesion to human ME180 epithelial cells, with cortical plaque formation and F-actin condensation. However, PilC1 and PilC2 promote different effects on infected cells. Cellular tracking analysis revealed that PilC1-expressing meningococci caused a severe reduction in the motility of infected cells, which was not the case when cells were infected with PilC2-expressing strains. The amount of both total and phosphorylated forms of EGFR was dramatically reduced in cells upon PilC1-mediated infection. In contrast, PilC2-mediated infection did not notably affect the EGFR pathway, and these specificities were shared among unrelated meningococcal strains. These results suggest that meningococci have evolved a highly discriminative tool for differential adhesion in specific microenvironments where different cell types are present. Moreover, the fine-tuning of cellular control through the combined action of two concomitantly expressed, but distinctly regulated, T4P-associated variants of the same molecule (i.e. PilC1 and PilC2) brings a new model to light for the analysis of the interplay between pathogenic bacteria and human host cells.
Ziel dieser Arbeit war es, zwei Atemtestverfahren in der Diagnostik der bakteriellen Fehlbesiedelung im Dünndarm bei Kindern mit Zystischer Fibrose miteinander zu vergleichen. Der moderne 13C-Xylose-Atemtest wurde dem bisher etablierten H2-Glukose-Atemtest gegenübergestellt. Dabei sollte zusätzlich die Suszeptibilität der CF-Patienten für eine IBF eruiert werden. Die Probanden absolvierten einen kombinierten 13C-Xylose-/H2-Glukose-Atemtest. Retrospektiv wurden zunächst die H2-Ergebnisse der einzelnen Probandengruppen analysiert und dann den maximalen PDR-, cPDR- und den DOB-Werten gegenübergestellt. Die Ergebnisse der aktuellen Studie sprechen für die Prädisposition der CF-Patienten, eine IBF zu entwickeln. Kliniker sollten aber bei der Interpretation der Atemtestergebnisse stets die beeinflussenden Faktoren, die vor allem die Erkrankung der Mukoviszidose mit sich bringt, berücksichtigen und therapeutische Konsequenzen vorsichtig umsetzen. So können die erhöhten Wasserstoffkonzentrationen im H2-Glukose-Atemtest bei CF-Kindern nicht ausschließlich einer IBF zugeschrieben werden. Die hohen Nüchternwerte sind auch Ausdruck der allgemeinen Maldigestion, Malabsorption und der intestinalen Motilitätsstörung, die bei diesen Patienten vorherrschen. Der 13C-Xylose-Atemtest lieferte in den Gruppen der Erwachsenen und Kinder ohne Zystische Fibrose repräsentative Ergebnisse, was für zukünftige Nutzung im Rahmen der Diagnostik einer IBF spricht. Bei heranwachsenden Kindern ist lediglich die altersabhängige endogene CO2-Produktion und orozökale Transitzeit zu berücksichtigen. Für die Diagnostik einer IBF speziell bei Patienten mit Mukoviszidose erscheint uns der 13C-Xylose-Atemtest nicht geeignet, was wir hauptsächlich der krankheitsspezifischen generellen Malassimilation, der Malabsorption und der intestinalen Motilitätsstörung zuschreiben. Wir beführworten daher aktuell weiterhin unter Berücksichtigung der ihn beeinflussenden Faktoren die Anwendung des H2-Glukose-Atemtests in der gastroenterologischen Diagnostik einer IBF wegen der einfachen, preiswerten und nichtinvasiven Anwendbarkeit. Weitere Studien sollen in Zukunft klären, ob der 13C-Xylose-Atemest trotz seiner hohen Kosten regelmäßig mit Nutzen im klinischen Alltag anzuwenden ist. Im Vergleich mit dem Goldstandard des Jejunalaspirates müssen Sensitivität und Spezifität des Isotopen-Atemtests in zukünftigen Studien erarbeitet werden.
Protein catabolism should be reduced and protein synthesis promoted with parenteral nutrion (PN). Amino acid (AA) solutions should always be infused with PN. Standard AA solutions are generally used, whereas specially adapted AA solutions may be required in certain conditions such as severe disorders of AA utilisation or in inborn errors of AA metabolism. An AA intake of 0.8 g/kg/day is generally recommended for adult patients with a normal metabolism, which may be increased to 1.2–1.5 g/kg/day, or to 2.0 or 2.5 g/kg/day in exceptional cases. Sufficient non-nitrogen energy sources should be added in order to assure adequate utilisation of AA. A nitrogen calorie ratio of 1:130 to 1:170 (g N/kcal) or 1:21 to 1:27 (g AA/kcal) is recommended under normal metabolic conditions. In critically ill patients glutamine should be administered parenterally if indicated in the form of peptides, for example 0.3–0.4 g glutamine dipeptide/kg body weight/day (=0.2–0.26 g glutamine/kg body weight/day). No recommendation can be made for glutamine supplementation in PN for patients with acute pancreatitis or after bone marrow transplantation (BMT), and in newborns. The application of arginine is currently not warranted as a supplement in PN in adults. N-acetyl AA are only of limited use as alternative AA sources. There is currently no indication for use of AA solutions with an increased content of glycine, branched-chain AAs (BCAA) and ornithine-α-ketoglutarate (OKG) in all patients receiving PN. AA solutions with an increased proportion of BCAA are recommended in the treatment of hepatic encephalopathy (III–IV).
Bacterial porin disrupts mitochondrial membrane potential and sensitizes host cells to apoptosis
(2009)
The bacterial PorB porin, an ATP-binding beta-barrel protein of pathogenic Neisseria gonorrhoeae, triggers host cell apoptosis by an unknown mechanism. PorB is targeted to and imported by host cell mitochondria, causing the breakdown of the mitochondrial membrane potential (delta psi m). Here, we show that PorB induces the condensation of the mitochondrial matrix and the loss of cristae structures, sensitizing cells to the induction of apoptosis via signaling pathways activated by BH3-only proteins. PorB is imported into mitochondria through the general translocase TOM but, unexpectedly, is not recognized by the SAM sorting machinery, usually required for the assembly of beta-barrel proteins in the mitochondrial outer membrane. PorB integrates into the mitochondrial inner membrane, leading to the breakdown of delta psi m. The PorB channel is regulated by nucleotides and an isogenic PorB mutant defective in ATP-binding failed to induce delta psi m loss and apoptosis, demonstrating that dissipation of delta psi m is a requirement for cell death caused by neisserial infection.
The CUG-binding protein 1 (CUG-BP1) is a member of the CUG-BP1 and ETR-like factors (CELF) family or the Bruno-like family and is involved in the control of splicing, translation and mRNA degradation. Several target RNA sequences of CUG-BP1 have been predicted, such as the CUG triplet repeat, the GU-rich sequences and the AU-rich element of nuclear pre-mRNAs and/or cytoplasmic mRNA. CUG-BP1 has three RNA-recognition motifs (RRMs), among which the third RRM (RRM3) can bind to the target RNAs on its own. In this study, we solved the solution structure of the CUG-BP1 RRM3 by hetero-nuclear NMR spectroscopy. The CUG-BP1 RRM3 exhibited a noncanonical RRM fold, with the four-stranded b-sheet surface tightly associated with the N-terminal extension. Furthermore, we determined the solution structure of the CUG-BP1 RRM3 in the complex with (UG)3 RNA, and discovered that the UGU trinucleotide is specifically recognized through extensive stacking interactions and hydrogen bonds within the pocket formed by the b-sheet surface and the N-terminal extension. This study revealed the unique mechanism that enables the CUG-BP1 RRM3 to discriminate the short RNA segment from other sequences, thus providing the molecular basis for the comprehension of the role of the RRM3s in the CELF/Bruno-like family.
Ein bekanntes Beispiel für regulatorische RNA-Protein-Wechselwirkung stellt der Komplex der TAR-RNA von HIV-1 und dem viralen Protein Tat dar. Dieser Komplex ist wichtig für die effiziente Transkription des viralen Genoms. Essentiell für die Erkennung der Stem-Loop Struktur ist die Wechselwirkung des Tat-Proteins mit dem aus drei Nukleotiden bestehenden Bulge der TAR-RNA. Das Wissen über die Prinzipien der Erkennung von Tat zu TAR-RNA sollte es möglich machen, spezifische Liganden zu designen, die als antivirale Tat Antagonisten angreifen können. Das Ziel dieser Arbeit war die Synthese von RNA Liganden für die Festphasenpeptidsynthese (FPPS) basierend auf heteroaromatischen Bausteinen. Als Strategie wurde gewählt, die heteroaromatischen Reste über Amid-Bindungen an ein Fmoc geschütztes (2-Aminoethyl)glycin-Rückgrat einzufügen. Die peptidomimetischen Bausteine X konnten in der FPPS zur Synthese von Tripeptiden mit der allgemeinen Struktur Arg-X-Arg und Modifikationen mit Lysin eingesetzt werden. Die Bindungsaffinitäten der Tripeptide und kleinen Moleküle zur TAR-RNA von HIV-1 wurden über einen fluoreszenzbasierten Assay bestimmt. Der Assay verwendet ein doppelt endmarkiertes Tat-Peptid mit Fluorescein und Rhodamin als Farbstoff. Durch Verdrängung des Tat-Peptides durch einen konkurrierenden Liganden kommt es zur Konformationsänderung des Peptides, die zur Löschung der Lichtemmission führt. Dabei zeigen die Tripeptide H2N-(D)Arg-Lactam-(D)Arg-CONH2 (154) und H2N-(D)Arg-Amidin-(D)Arg-CONH2 (158) IC50-Werte von 2-3 mikroM, die auch durch Fluoreszenz Korrelations Spektroskopie (FCS) bestätigt wurden. In massenspektrometrischen Untersuchungen von 158 bzw. Tat-Protein mit TAR-RNA konnten bei beiden Peptiden 1:1 und 1:2-Komplexe beobachtet werden. 158 zeigt antivirale Eigenschaften (IC50 = 10-50 mikroM) in HeLa P4-Zellassays. Durch NMR-Untersuchungen und molekulardynamische Berechnungen war es möglich, eine Konformationsänderung der TAR-RNA durch eine Wechselwirkung mit Guanidinium-Gruppen festzustellen. Ein weiteres Ziel der Arbeit war daher ausgehend von den gewonnenen Daten die Untersuchung des Bindungskonzeptes von Diaminopyrazolen und Indazolen. Diaminopyrazole mit kleinen Resten und Triaminopyrazol übertreffen im protonierten Zustand den dikationischen Liganden Argininamid. In Übereinstimmung mit dem Bindungsmodell verhalten sich protonierte Aminopyrazole wie „Super-Guanidine“ hinsichtlich der TAR-RNA. Das Einfügen des Triaminopyrazols in ein Phenazin-Grundgerüst führt zu Verbindungen, die im protonierten und reduzierten Zustand zusätzliche Wasserstoffbrückenbindungen eingehen können und nicht planar, aber lipophil sind. Der Austausch von Stickstoff zu Sauerstoff im Phenazinring sollte den reduzierten Zustand stabilisieren. Die resultierende Struktur ist jedoch zersetzlich, so dass auf weitere Untersuchungen verzichtet wurde.
Jan Marie Lambert Peters
(2009)
Als ein wichtiges Teilgebiet der Organokatalyse hat sich in kurzer Zeit die Wasserstoffbrückenvermittelte Katalyse etabliert. Bisher ist eine breite Palette an strukturell und funktionell unterschiedlichen Wasserstoffbrückendonoren synthetisiert worden. Als priviligierte katalytische Einheiten haben sich dabei diejenigen Donorgruppen erwiesen, die zwei Wasserstoffbrücken simultan ausbilden können. Hierzu gehören vornehmlich (Thio-) Harnstoffe sowie die strukturell verwandten Guanidinium‐ und Amidinium-Ionen. Im Rahmen der vorliegenden Doktorarbeit wurden mehrere neue axial‐chirale Amidine als asymmetrische Katalysatoren synthetisiert. Dazu wurden drei aromatische Fragmente mittels zweier Suzuki‐Kupplungen zu terarylischen Nitrilen verknüpft, welche dann mit einem chiralen Aminoalkohol verethert wurden. Die Amidin-Funktion wurde jeweils durch eine diastereokonvergente Makrocyclisierung erzeugt, bei der das Amin an das Nitril addiert wurde und das Chiralitätszentrum der Seitenkette die Konfiguration der chiralen Achse bestimmte. In der protonierten Form fungieren die Katalysatoren als Lewis-Säuren, die über die Amidinium-Funktion zwei nahezu parallele H-Brücken zum Substrat ausbilden. Weiterhin verfügen sie über eine Hydroxyl-Gruppe, die in der Lage ist, eine dritte H-Brücke einzugehen. Anhand der Festkörperstruktur eines Formiat-Salzes konnte diese Dreifachkoordination bestätigt werden. Außerdem wurde in Kinetik-Experimenten eine signifikante Beschleunigung der mit den neuen Verbindungen katalysierten Reaktion im Vergleich zu der mit anderen axial-chiralen Amidinen beobachtet, bei denen nur zwei H-Brücken ausgebildet werden (können). Es gelang, (+)-Estron enantiomerenrein herzustellen, basierend auf einer asymmetrisch katalysierten Diels-Alder-Reaktion mit einem Diketon als Dienophil. Der benötigte Steroid-Vorläufer wurde mit 80 % ee erhalten. Des weiteren wurden andere Reaktionen auf das katalytische Potential der Amidine hin untersucht. Während etwa für die Umsetzung von N-Methylindolen mit Nitroalkenen drastische Beschleunigungen beobachtet wurden, blieben die Enantiomerenüberschüsse jedoch moderat. Schließlich wurden die Amidine auch in ihrer neutralen Brønsted-basischen Form getestet.
Stanley Cavell
(2009)
Inhalt: Herbert Schwaab: Stanley Cavell Der Philosoph Der Skeptiker Der Filmphilosoph Hans J. Wulff: Stanley Cavell zum Film: Eine Arbeitsbibliographie Bücher zur Filmtheorie, zur Poetologie, zur Methodologie Artikel Über Cavells Arbeiten zum Film Über Cavells philosophischen Arbeiten Autobiographisches
Rockumentary ist ein Kunstwort aus rock und documentary, das wohl zum erstenmal in Rob Reiners Mockumentary This Is Spinal Tap (1984) erwähnt wurde. Die Bezeichnung weist zurück auf die Blütezeit des Direct Cinema, in der nicht nur einige Porträts von Dirigenten und Pianisten sowie Aufzeichnungen klassischer Konzerte entstanden, sondern in der vor allem in den USA Rock-Musiker und ihre Konzerte ein beliebtes dokumentarisches Sujet waren. Die Filme fanden ein hochstrukturiertes vorfilmisches Ereignis vor, in das sie sich nach Art der Programmatik des Direct Cinema einschmiegen konnten. Sie verbanden Bühnenshows, Aufnahmen des Publikums, manchmal Interviews mit Beteiligten und atmosphärische Bilder der Geschehnisse am Rande des Konzerts. Lonely Boy (USA 1961, Roman Kroiter, Wolf Koenig) über Paul Anka ist der wohl erste Film in dieser Art. D.A. Pennebakers Bob-Dylan-Film Don‘t Look Back (USA 1966), sein Konzert-Film Monterey Pop (USA 1967) und vor allem Michael Wadleighs mit großem Aufwand gedrehte Dokumentation Woodstock (USA 1970) brachten einen enormen wirtschaftlichen Erfolg und stießen eine ganze Reihe weiterer Filme an. Dazu rechnet die Dokumentation des desaströsen Auftritts der Rolling Stones 1969 in Altamont, bei dem die Hell‘s Angels einen Besucher erstachen (Gimme Shelter, USA 1971, David Maysles, Albert Maysles, Charlotte Zwering). Äußerst erfolgreich war auch Martin Scorseses Film The Last Waltz (USA 1978) über das Abschiedkonzert von The Band. Obwohl Filme im Stil der Rockumentaries immer noch weiter produziert werden (man denke an Jonathan Demmes Talking-Heads-Film Stop Making Sense, USA 1984), feierte Rob Reiner in der Pseudo-Dokumentation This is Spinal Tap (USA 1984) einen parodistischen Abgesang auf die erste Hochphase des Genres.
Oskar Sala (1910-2002)
(2009)
Oskar Sala wurde am 18.7.1910 in Greiz in Ost-Thüringen geboren; er starb am 27.2.2002 in Berlin. Sala war Komponist und Physiker. Sala bereitete sich zunächst auf eine Laufbahn als Pianist vor, als er nach dem Abitur 1919 das Studium der Musik in Berlin aufnahm. Sein Lehrer war Paul Hindemith, der Sala 1930 mit dem Ingenieur Friedrich Trautwein bekanntmachte, der dabei war, das „Trautonium“ zu entwickeln. Dabei handelte es sich um ein einstimmiges elektrisches Musikinstrument, das einen waagerecht über eine Metallschiene gespannten Draht als Spielmanual hatte. Es war in Klavierhaltung spielbar. Oskar Sala entwickelte die Konstruktion von Trautwein weiter. Seitdem hatte jedes Instrument zwei übereinander liegende Saitenmanuale. Kurz nach der Entstehung des Instruments hatte Paul Hindemith 7 Triostücke für drei Trautonien (1930) und ein Konzertstück für Trautonium komponiert. Ein Trautonium besteht aus einem Spielmanual (eine Art Tastatur), einem elektrischen Schwingkreis, einem Verstärker und einem Lautsprecher. Das Zentrum ist eine im Inneren des Geräts montierten Metallschiene und eine waagerecht darüber gespannte drahtumsponnene Darmsaite; wird die Saite an einer Stelle auf die Metallschiene gedrückt, wird eine elektrische Schwingung freigesetzt, die mittels des Verstärkers als Ton wiedergegeben werden kann. Das Trautonium war eines der ersten elektronischen Instrumente und Vorläufer des Synthesizers. Mit ihm konnte man nicht nur herkömmliche Musikinstrumente nachahmen, sondern Vokale, Tierstimmen und synthetische Klänge (Subharmonische) erzeugen.
We use observations of total particle number concentration at 36 worldwide sites and a global aerosol model to quantify the primary and secondary sources of particle number. We show that emissions of primary particles can reasonably reproduce the spatial pattern of observed condensation nuclei (CN) (R2=0.51) but fail to explain the observed seasonal cycle at many sites (R2=0.1). The modeled CN concentration in the free troposphere is biased low (normalised mean bias, NMB=−88%) unless a secondary source of particles is included, for example from binary homogeneous nucleation of sulfuric acid and water (NMB=−25%). Simulated CN concentrations in the continental boundary layer (BL) are also biased low (NMB=−74%) unless the number emission of anthropogenic primary particles is increased or an empirical BL particle formation mechanism based on sulfuric acid is used. We find that the seasonal CN cycle observed at continental BL sites is better simulated by including a BL particle formation mechanism (R2=0.3) than by increasing the number emission from primary anthropogenic sources (R2=0.18). Using sensitivity tests we derive optimum rate coefficients for this nucleation mechanism, which agree with values derived from detailed case studies at individual sites.
This thesis describes the structural characterization of interactions between biological relevant ribonucleic acid biomacromolecules (RNAs) and selected ligands to optimize the methodologies for the design of pharmacological lead compounds. To achieve this aim, not only the structures of the RNA, the ligand and their complexes need to be known, but also information about the inherent dynamics, especially of the target RNA, are necessary. To determine the structure and dynamics of these molecules and their complexes, liquid state nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR) is a suitable and powerful method. The necessity for these investigations arises from the lack of knowledge in RNA-ligand interactions, e.g. for the development of new medicinal drugs targeting crucial RNA sequences. In the first chapters of this thesis (Chapters II to IV), an introduction into RNA research is given with a focus on RNA structural features (Chapter II), into the interacting molecules, the biology of the specific RNA targets and the further development of their ligands (Chapter III) and into the NMR theory and methodologies used within this thesis (Chapter IV). Chapter II begins with a description of RNA characteristics and functions, placing the focus on the increasing attention that these biomacromolecules have attracted in recent years due to their diverse biological functionalities. This is followed by a detailed description of general structural features of RNA molecules. The biological functions of the RNAs investigated in this thesis (Human immunodeficiency virus PSI- and TAR-RNA and Coxsackievirus B3 Stemloop D in the 5’-cloverleaf element), together with their known structural characteristics are introduced in Chapter III. Furthermore, a description of the investigated ligands is given, focusing on the methods how their affinity and specificity were determined. The introduction is completed in Chapter IV, where the relevant NMR theory and methodologies are explained. First, kinetics and thermodynamics of ligand binding are summarized from an NMR point of view. Subsequently, a detailed description of the resonance assignment procedures for RNAs and peptidic ligands is given. This procedure mainly concentrates on the assignment of the proton resonances, which are essential for the later structure calculation from NMR restraints. The procedure for NMR structure calculation of RNA and its complexes follows with a short introduction into the programs ARIA and HADDOCK. The final part of this chapter explains the relaxation theory and the methodology to extract dynamic information from autocorrelated relaxation rates via the model-free formalism. In the Chapters V to VII of this thesis, the original publications are included and grouped into three topics. Chapter V comprehends the publications on the investigations of HIV PSI-RNA and its hexapeptidic ligand. These three publications[1-3] focus on the characterization of the ligand and its binding properties, its structure and the optimization of its composition aiming to improve its usage for further spectroscopic investigations.
Die Aufklärung der dreidimensionalen Helix-Struktur der DNA, des Trägermoleküls der genetischen Information aller Lebewesen, durch Watson und Crick im Jahre 1953 ermöglichte eine ganz neue Sichtweise auf ihre Eigenschaften und viele zelluläre Prozesse. Von besonderem Interesse sind hier u.a. Mechanismen, bei denen die DNA an den Phosphaten nucleophil substituiert wird, wie dies beispielsweise bei der Rekombination oder der Transkription geschieht. Dies ist daher interessant, weil sich die DNA gegenüber nucleophilen Angriffen in verschiedenen Experimenten als überaus stabil und reaktionsträge gezeigt hat. Spezialisierte Enzyme wie die Staphylokokkennuklease oder Restriktionsendonukleasen nutzen u.a. Metall-Ionen, um Phosphoryltransfer-Reaktionen zu katalysieren und in eine akzeptable Zeitskala zu verschieben. Die Topoisomerase vom Typ I zeigt eindrucksvoll, dass Katalyse solcher Reaktionen auch ohne Metall-Ion möglich ist, womit auch gleichzeitig die Quelle für eine potentielle oxidative Schädigung der DNA entfernt ist. Leider ist die Palette der natürlich vorkommenden Enzyme begrenzt. Die Erforschung und Entwicklung von künstlichen Nukleasen ermöglicht daher potentiell den zukünftigen Einsatz neuer, maßgeschneiderter Werkzeuge für die Biochemie und die Biotechnologie, sowie langfristig die Bereitstellung neuartiger Chemotherapeutika. Vom aktiven Zentrum der Staphylokokkennuklease abgeleitete Moleküle auf Bisguanidinium-Naphthol-Basis bzw. deren Derivate zeigten in der Vergangenheit deutliche Aktivität als metallfreie, unspezifische Spalter von Plasmid-DNA. Die vorliegende Arbeit beschreibt die weitere Entwicklung und Charakterisierung neuer unspezifischer und potentiell sequenzselektiver Bisguanidinium-Naphthol-Derivate. Hierbei wurde eine neue, zuverlässige Synthesestrategie für Bisguanidinium-Naphthole und parallel dazu ein neuer und flexibler Weg der Flüssigphasen-Synthese von DNA-bindenden Polyamiden ausgearbeitet, um daraus DNA-bindende Konjugate herzustellen. Vier unspezifische Moleküle (45, 94, 95, 97) und zwei Konjugate (46 und 140) wurden dann bei physiologischen Bedingungen auf ihre Spaltaktivität gegenüber Plasmid-DNA und linearer Duplex-DNA untersucht. Bei allen oben genannten Verbindungen konnte - verglichen mit der Stamm-Verbindung 36 aus Vorgängerarbeiten - eine erhöhte Aktivität gegenüber Plasmid-DNA bestimmt werden, die im Falle der Konjugate zwischen 4000- und 8000-fach liegt. Zur weiteren Charakterisierung wurden Experimente in Anwesenheit von EDTA oder Mg2+, zur pH-Abhängigkeit und zur Kinetik der Spalt-Reaktion durchgeführt. Erste Testreihen zum Nachweis sequenzselektiver DNA-Spaltung lieferten kein abschließendes Ergebnis, gaben jedoch erste Hinweise auf Selektivität, welche zur Zeit näher untersucht und überprüft werden.
Die vorliegende Arbeit befasst sich mit der Entwicklung von neuen enantioselektiven und diastereoselektiven Brønsted-Säure katalysierten Reaktionen. Das Aktivierungsprinzip entspricht dabei einer klassischen Säure-Base-Reaktion, in der eine Brønsted-Säure einen Elektronenpaar-Donor protoniert, woraus die Bildung eines Ionenpaares resultiert. Erweitert man dieses Konzept durch den Einsatz einer chiralen Protonenquelle und verwendet als Base ein prochirales Substrat, wie ein Imin, so entsteht durch dessen Protonierung ein chirales Ionenpaar, wodurch das Substrat einerseits aktiviert wird und anderseits asymmetrische Induktion über das chirale Anion erfährt. Greift in dem darauf folgenden Schritt ein Nucleophil selektiv über eine Seite des positiv geladenen Elektrophils an, so bildet sich enantioselektiv ein neues Stereozentrum. Die Natur nutzt dieses Prinzip zum Aufbau von optisch reinen α-Aminosäuren. So katalysiert die Glutamatdehydrogenase (GDH) die Darstellung von Glutaminsäure durch Protonierung des entsprechenden α-Iminoglutarats, wodurch der nachfolgende Hydrid-Angriff mittels Nicotinamidadenindinukleotid (NADH) selektiv die (L)-Aminosäure liefert. Dieses Konzept konnte während der eigenen Diplomarbeit auf die enantioselektive Brønsted-Säure katalysierte Transferhydrierung von Ketiminen übertragen werden. Dabei simuliert eine chirale Protonenquelle 1 das Enzym (GDH) und das Reduktionsmittel NADH wird durch ein synthetisches Analogon, das Hantzsch Dihydropyridin 8a ersetzt ... Die vorliegende Arbeit ist kumulativ verfasst. Der größte Teil der hier vorgestellten Ergebnisse ist bereits veröffentlicht oder zur Publikation eingereicht. Die experimentellen Daten sind Bestandteil der in Kapitel 10 aufgeführten Publikationen und werden nicht gesondert diskutiert. Folgende Teile dieser Arbeit wurden bereits veröffentlicht: Highly Enantioselective Organocatalytic Carbonyl-Ene Reaction with strongly Acid, Chiral Brønsted Acids as Efficient Catalysts Rueping M., Theissmann T., Kuenkel A., Koenigs R.M., Angewandte Chemie International Edition 2008, 47, 6798, Angewandte Chemie 2008, 120, 6903. Asymmetric counterion pair catalysis: An enantioselective Brønsted acid-catalyzed protonation Rueping M., Theissmann T., Raja S., Bats J.W., Advanced Synthesis & Catalysis 2008, 350, 1001. An enantioselective chiral brønsted acid catalyzed imino-azaenamine reaction Rueping M., Sugiono E., Theissmann T., Kuenkel A., Köckritz A., Pews-Davtyan A., Nemati N., Beller M., Organic Letters 2007, 9, 1065. Remarkably low catalyst loading in Brønsted acid catalyzed transfer hydrogenations: Enantioselective reduction of benzoxazines, benzothiazines, and benzoxazinones Rueping M., Antonchick A.P., Theissmann T., Angewandte Chemie International Edition 2006, 45, 6751, Angewandte Chemie 2006, 118, 6903. A highly enantioselective brønsted acid catalyzed cascade reaction: Organocatalytic transfer hydrogenation of quinolines and their application in the synthesis of alkaloids Rueping M., Antonchick A.P., Theissmann T., Angewandte Chemie International Edition 2006, 45, 3683, Angewandte Chemie 2006, 118, 3765. Metal-free Brønsted acid catalyzed transfer hydrogenation - New organocatalytic reduction of quinolines Rueping M., Theissmann, T., Atonchick A.P., Synlett 2006, 1071. The twinned crystal structure of diiodobis(triphenylphosphine) palladium(II) dichloromethane disolvate at 173 K Theissmann T., Bolte M., Acta Crystallographica Section E, 2006, E62, 1056. Folgende Manuskripte wurden zur Veröffentlichung eingereicht: First Enantioselective Chiral Brønsted Acid Catalyzed Synthesis of 4´-Substituted Tetrahydroquinolines Rueping M., Theissmann T., Stoeckel M., Atonchick A.P. Asymmetric Organocatalytic Reductions in the Enantioselective Synthesis of Fluoroquinolones, Flumiquine and Levofloxacin Rueping M, Stoeckel M., Theissmann T., Haack K. Synthesis and Structural Investigations of H8-BINOL-derived N-triflylphosphoramides Rueping M., Nachtsheim B.J., Koenigs R., Ieawsuwan W., Theissmann T. Buchbeitrag: Metal-free Brønsted Acid Catalyzed Transfer-Hydrogenation: Enantioselective Synthesis of Tetrahydroquinolines Rueping M., Theissmann T., Atonchick A.P., Catalysts for Fine Chemical Industry, Vol. 5, 2006
Naturschutz-Info 1/2009
(2009)
Klassische Bildmanipulation spielt sich meist im Zweidimensionalen, also in der reinen Bild-ebene ab. So werden beispielsweise Objekte aus Fotos entfernt, indem die dahinterliegende Struktur nachgezeichnet wird, oder es werden mehrere Teilbilder zu einem neuen, verfälschten Motiv zusammengesetzt. Bei der sogenannten Bildretuschierung werden unschöne Bereiche übermalt, um einen besseren Gesamteindruck zu erreichen. All diese Manipulationen haben im Grunde das gleiche Ziel: Das Erstellen einer möglichst realistischen Verfälschung der darge-stellten Szene indem die eigentlich dreidimensionalen Elemente in 2D imitiert werden.
Ziel dieser Arbeit ist es, von der reinen Zweidimensionalität eines Bildes Abstand zu nehmen und ein neues Verfahren zu entwickeln, Manipulationen im wirklichen 3D-Inhalt des Fotogra-fierten vorzunehmen. Dazu wird die klassische Bildmanipulation mit aktuellen Verfahren aus dem Bereich Multi View Stereo verknüpft. In einem ersten Schritt wird aus einer Fotoserie ein 3D-Modell mit passenden Texturen erstellt, welches anschließend nach Belieben manipuliert werden kann. Diese Veränderungen werden schließlich wieder in die Originalbilder übertragen, wodurch eine 3D-unterstützte Bildmanipulation realisiert wird.
Die praktische Umsetzung des vorgestellten Verfahrens basiert teilweise auf bereits vorhan-dener Software, die mit dem Ziel der Bildmanipulation neu kombiniert und durch eigene Um-setzungen ergänzt wird. So entsteht eine funktionierende Implementierung, die den kompletten Weg vom Original bis hin zum manipulierten Bild abdeckt.
Jede erfolgreiche Software muss in einer geeigneten Art und Weise mit der Person, die sie benutzt, in Verbindung treten. Diese Schnittstelle zwischen Mensch und Maschine ist ein zentraler Baustein in der Softwareentwicklung. Eine noch so mächtige und ausgereifte Software kann ihr Potential nicht ausschöpfen, wenn Probleme und Missverständnisse bei der Kommunikation mit dem Anwender auftreten.
Bei graphischen Benutzeroberflächen erfolgt die Interaktion zwischen Benutzer und technischem System mittels graphischer Symbole, die am Bildschirm dargestellt werden. Die Oberfläche setzt sich aus verschiedenen Menüs und Steuerelementen mit dem Ziel zusammen, die zugrunde liegende Software für den Anwender bedienbar zu machen. Als Eingabegeräte dienen vor allem Maus und Tastatur. Für die Human Computer Interaction oder abgekürzt HCI (Mensch-Computer Interaktion) sind spezielle Normierungen und Anforderungen erstellt worden, die den Entwicklungsprozess unterstützten.
In dieser Arbeit wird eine graphische Benutzeroberfläche für einen Shader Viewer entworfen und implementiert. Beginnend bei ersten Skizzen und Prototypen wird der Entwicklungsprozess bis zur fertigen graphischen Oberfläche dargestellt. Probleme bei der Erstellung werden aufgezeigt und Lösungsstrategien entwickelt. Vor allem spielen Design und Usablity eine entscheidende Rolle. Verschiedene Aspekte und Alternativen, die im Entwicklungsprozess zu beachten sind, werden näher beleuchtet.
Shader zur Bildbearbeitung
(2009)
In den letzten Jahren haben Grafikkarten eine starke Veränderung erfahren. Anfangs war lediglich die Darstellung vorberechneter Primitive möglich, mittlerweile lassen sich Vertex- und Pixelshader komplett frei programmieren. Die Spezialisierung auf den Rendervorgang hat die GPUs (Graphics Processing Units) zu massiv-parallelen Prozessoren wachsen lassen, die unter optimaler Ausnutzung ein Vielfaches der Rechenleistung aktueller CPUs erreichen. Die programmierbaren Shader haben Grafikkarten in der letzten Zeit vermehrt als weiteren Prozessor für General Purpose-Programmierung werden lassen.
Aktuelle Bildbearbeitungsprogramme zeigen, dass sich die Tendenz Richtung GPU bewegt, so wird sich auch in dieser Arbeit die enorme Rechenleistung der GPU für die Bildbearbeitung zu nutzen gemacht. Bildfilter lassen sich als Pixelshader realisieren und ermöglichen so die Ausführung direkt auf der GPU. Das vorgestellte Framework SForge wurde mit dem Ziel entwickelt, zu einem bestehenden Framework kompatibel zu sein. Als bestehendes Framework wurde auf AForge zurückgegriffen. Mit SForge können bestehende und eigene Bildfilter direkt auf der GPU ausgeführt werden, aber auch die Konvertierung von Farbräumen und Farbsystemen wurden realisiert. Das Framework arbeitet floatbasierend. Somit können auch HDR-Daten verarbeitet werden, um beispielsweise Tonemapping anzuwenden. Filter mit Parametern lassen sich über einen optionalen Dialog interaktiv ändern und modifizieren das Resultat in Echtzeit.
The use of chemically synthesized short interfering RNAs (siRNAs) is currently the method of choice to manipulate gene expression in mammalian cell culture, yet improvements of siRNA design is expectably required for successful application in vivo. Several studies have aimed at improving siRNA performance through the introduction of chemical modifications but a direct comparison of these results is difficult. We have directly compared the effect of 21 types of chemical modifications on siRNA activity and toxicity in a total of 2160 siRNA duplexes. We demonstrate that siRNA activity is primarily enhanced by favouring the incorporation of the intended antisense strand during RNA-induced silencing complex (RISC) loading by modulation of siRNA thermodynamic asymmetry and engineering of siRNA 3-overhangs. Collectively, our results provide unique insights into the tolerance for chemical modifications and provide a simple guide to successful chemical modification of siRNAs with improved activity, stability and low toxicity.
Chapter 1 contains the general background of our work. We briefly discuss important aspects of quantum chromodynamics (QCD) and introduce the concept of the chiral condensate as an order parameter for the chiral phase transition. Our focus is on the concept of universality and the arguments why the O(4) model should fall into the same universality class as the effective Lagrangian for the order parameter of (massless) two-flavor QCD. Chapter 2 pedagogically explains the CJT formalism and is concerned with the WKB method. In chapter 3 the CJT formalism is then applied to a simple Z2 symmetric toy model featuring a one-minimum classical potential. As for all other models we are concerned with in this thesis, we study the behavior at nonzero temperature. This is done in 1+3 dimensions as well as in 1+0 dimensions. In the latter case we are able to compare the effective potential at its global minimum (which is minus the pressure) with our result from the WKB approximation. In chapter 4 this program is also carried out for the toy model with a double-well classical potential, which allows for spontaneous symmetry breaking and tunneling. Our major interest however is in the O(2) model with the fields treated as polar coordinates. This model can be regarded as the first step towards the O(4) model in four-dimensional polar coordinates. Although in principle independent, all subjects discussed in this thesis are directly related to questions arising from the investigation of this particular model. In chapter 5 we start from the generating functional in cartesian coordinates and carry out the transition to polar coordinates. Then we are concerned with the question under which circumstances it is allowed to use the same Feynman rules in polar coordinates as in cartesian coordinates. This question turns out to be non-trivial. On the basis of the common Feynman rules we apply the CJT formalism in chapter 6 to the polar O(2) model. The case of 1+0 dimensions was intended to be a toy model on the basis of which one could more easily explore the transition to polar coordinates. However, it turns out that we are faced with an additional complication in this case, the infrared divergence of thermal integrals. This problem requires special attention and motivates the explicit study of a massless field under topological constraints in chapter 8. In chapter 7 we investigate the cartesian O(2) model in 1+0 dimensions. We compare the effective potential at its global minimum calculated in the CJT formalism and via the WKB approximation. Appendix B reviews the derivation of standard thermal integrals in 1+0 and 1+3 dimensions and constitutes the basis for our CJT calculations and the discussion of infrared divergences. In chapter 9 we discuss the so-called path integral collapse and propose a solution of this problem. In chapter 10 we present our conclusions and an outlook. Since we were interested in organizing our work as pedagogical as possible within the narrow scope of a diploma thesis, we decided to make extensive use of appendices. Appendices A-H are intended for students who are not familiar with several important concepts we are concerned with. We will refer to them explicitly to establish the connection between our work and the general context in which it is settled.
Of central importance in the whole thesis is the concept of the generating functional and the partition function, respectively. In appendix A.1 we present the general context in which the partition function appears and its general definition within the operator formalism of second quantization. Alternatively, this definition can be rewritten via the path integral formalism. We restrict ourselves to scalar fields in this case. Furthermore, the understanding of the CJT formalism is based on knowledge about n-point functions (connected or disconnected, in the presence or in the absence of sources) and the context in which they arise. In appendix A.2 we give their definition taking account of the different modifications in which these quantities occur in this thesis, i.e., scalar field theory at zero or at nonzero temperature, respectively. From a didactic point of view, we believe that it is helpful if one can establish a relation between special cases and a general framework. Therefore, in appendix A.3 we want to keep an eye on the overall picture. We discuss the general concept of the generating functional for correlation functions, which also covers the partition function. We also briefly comment on the general concept of Feynman rules and we clarify the meaning of the terms Green’s function and propagator.
Die vorliegende Arbeit setzt sich mit dem Einfluss von Tetraquarkzuständen auf den chiralen Phasenübergang auseinander. Das Quarkmodell ist ein wirkungsvolles Instrument zum Verständnis des Verhaltens der Mesonen und Baryonen. Im Bereich von Energien unter 1:8 GeV gibt es in Bezug auf die Mesonen dennoch eine Vielzahl von Problemen. So ist bis dato nicht klar, wie sich die skalaren Resonanzen unter 1:8 GeV zusammensetzen. In der Vergangenheit wurde eine Vielzahl von Möglichkeiten diskutiert, wie beispielsweise die Existenz eines Glueballs, die von mesonischen Molekülen sowie die von Tetraquarkzuständen. Alle diese Ansätze sind mehr oder weniger in der Lage, die Phänomene bei T = 0 zu erklären. Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit dem Ansatz, Tetraquarkzuständen leichte skalare Resonanzen zuzuordnen.
Im Bereich der nichtverschwindenden Temperaturen wurden durch Gitterrechnungen große Erfolge erzielt, die aaffetiven Modellen bei nichtverschwindender Temperatur als Referenz dienen. Gleichwohl fehlt ein affektives Modell bei T <> 0, das einen Tetraquarkzustand beinhaltet. Hier setzt diese Arbeit an und erweitert das Modell, das leichte skalare Resonanzen mittels Tetraquarkzuständen erklärt, zu nichtverschwindenden Temperaturen.
In dieser ersten Studie zum Thema wird das Lineare Sigma-Modell um den leichtesten Tetraquarkzustand ergänzt und sein Einfluss auf den chiralen Phasenübergang untersucht.
Es zeigt sich, dass dieser Ansatz nicht nur Fragen im Bereich der Vakuumphysik lösen kann, sondern auch solche hinsichtlich der Restaurierung der chiralen Symmetrie.
Atmospheric new particle formation is a general phenomenon observed over coniferous forests. So far nucleation is either parameterised as a function of gaseous sulphuric acid concentration only, which is unable to explain the observed seasonality of nucleation events at different measurement sites, or as a function of sulphuric acid and organic molecules. Here we introduce different nucleation parameters based on the interaction of sulphuric acid and terpene oxidation products and elucidate the individual importance. They include basic trace gas and meteorological measurements such as ozone and water vapour concentrations, temperature (for terpene emission) and UV B radiation as a proxy for OH radical formation. We apply these new parameters to field studies conducted at conducted at Finnish and German measurement sites and compare these to nucleation observations on a daily and annual scale. General agreement was found, although the specific compounds responsible for the nucleation process remain speculative. This can be interpreted as follows: During cooler seasons the emission of biogenic terpenes and the OH availability limits the new particle formation while towards warmer seasons the ratio of ozone and water vapour concentration seems to dominate the general behaviour. Therefore, organics seem to support ambient nucleation besides sulphuric acid or an OH-related compound. Using these nucleation parameters to extrapolate the current conditions to prognosed future concentrations of ozone, water vapour and organic concentrations leads to a significant potential increase in the nucleation event number.
Die Gattung Mycobacterium umfasst mehr als einhundert verschiedene Spezies und wird in zwei große Gruppen unterteilt; die Gruppe der typischen Mykobakterien (obligat pathogen) und die Gruppe der atypischen Mykobakterien (fakultativ pathogen, ubiquitär vorkommend). Die Klinik der Mykobakteriosen ist mannigfaltig. Je nach Erreger und Immunstatus des Erkrankten können diese Infektionen, v.a. bei immunkompromittierten Patienten, letal verlaufen. Die frühzeitige Diagnostik und spezifische Therapie kann somit maßgeblich zur Senkung der Letalität der Mykobakteriosen beitragen. Die derzeit zur Verfügung stehenden diagnostischen Methoden sind nicht immer ausreichend um in jedem Einzelfall den Erreger genau zu klassifizieren. Ziel der vorliegenden Promotionsarbeit war die Erarbeitung einer sensitiven und schnellen Methode, zur Identifizierung der typischen und atypischen Mykobakterien. Die Testungen erfolgten zunächst mittels kulturell gewonnenen Mykobakterien-Suspensionen. Anschließend wurde der Methode anhand von, in Formalin-fixierten und in Paraffin eingebetteten, Gewebeproben evaluiert. Methode Im Rahmen der Extraktion wurde ein kommerzieller Kit (Roche High Pure PCR Template Preparation Kit®) durch mehrere Schritte ergänzt. Der Gewebe-Verdau mit Proteinase K wurde durch einen Inkubationsschritt über Nacht bei 72°C erweitert. Zudem wurde die Aufspaltung der Hülle der Mykobakterien durch wiederholende Temperaturwechsel von 300°C (+100°C in kochendem Wasser; -196°C in Flüssigstickstoff) unterstützt. Als Zielsequenz der Nested-PCR wurde die 16S rRNA verwendet. Das äußere Primerpaar, mit dem Primer 285 (5´ GAG AGT TTG ATC CTG GCT CAG 3´) und dem Primer 264 (5´TGC ACA CAG GCC ACA AGG GA 3´), amplifiziert ein 1037 Basenpaar langes Fragment. Bei dem inneren Amplifikat der Nested-PCR kommen die Primer 245 (5´ TAA TAC ATG CAA GTC GAA CG 3´) und Primer 259 (5´ TTT CAC GAA CAA CGC GAC AA 3´) zum Einsatz, welche ein Fragment mit der Länge von 560 Basenpaaren amplifizieren. Zur Verringerung der Kontaminationsgefahr wurde die Nested-PCR durch ein UTP-Verfahren ergänzt. Im Rahmen dessen wurden der Primer 285 um 2 Nukleotide am 3´Ende (5´ GAG AGT TTG ATC CTG GCT C 3‘) und der Primer 264 ebenfalls um 2 Nukleotide am 3´Ende (5´TGC ACA CAG GCC ACA AGG 3´) verkürzt. Ergebnisse Mit Hilfe der standardisierten Mykobakterien-Suspensionen konnte eine Sensitivitäts-Steigerung, alleinig durch die erneuerte DNA-Extraktion, um den Faktor 10 gezeigt werden. Die Etablierung der Nested-PCR, im Vergleich zu einer herkömmlichen PCR, brachte nochmalig eine Sensitivitäts-Steigerung um den Faktor 100. Insgesamt wurden 118 Organbiopsien untersucht. Davon war bei 46 Proben klinisch eine Tuberkulose und bei 42 Proben eine atypischen Mykobakteriose nachgewiesen. Die verbleibenden 30 Proben gehörten dem Vergleichskollektiv (Negativkontrollen) an. Von insgesamt 23 kulturell und/oder mikroskopisch positiven Proben konnte bei 7 Proben (30,4%) M. tuberculosis mittels Nested-PCR nachgewiesen werden. Für die atypischen Mykobakteriosen lag die Zahl bei 6 von 23 Proben (26,1%). Damit ist die Nested-PCR für atypische Mykobakterien nicht signifikant schlechter als für M. tuberculosis. Die Spezifität der Nested-PCR mit anschließender Sequenzierung, sowohl für die Tuberkulose, als auch für die atypischen Mykobakteriosen, beträgt 100%. Der positive Vorhersagewert für die Diagnosesicherung einer Tuberkulose, als auch einer atypischen Mykobakteriose, mittels Nested-PCR ist P = 1. Diskussion Diese Nested-PCR ermöglicht mittels nur einer Methode den Nachweis von typischen und atypischen Mykobakterien. Das Verfahren wurde erfolgreich getestet und evaluiert. Mit Hilfe dieses Verfahrens kann innerhalb von 48 Stunden (und an schließender Sequenzierung) der gezielte und spezifische Erregernachweis aus Organbiopsien erfolgen. Zudem bietet es die Möglichkeit einer routinemäßigen Anwendung. Diese Methode kann demnach in Einzelfällen zu einer eindeutigen und schnellen Diagnosesicherung und zur frühzeitigen und gezielten antimykobakteriellen Therapie beitragen. Darüber hinaus beinhaltet sie die Möglichkeit zur Durchführung von retrospektiven Studien, da der Nachweis der Mykobakterien aus Formalinfixierten und in Paraffin eingebetteten Gewebeproben erfolgte.
Die vorliegende Studie führte einen Vergleich zwischen Lokalanästhesie (LA) und Allgemeinanäthesie (GA) hinsichtlich der Entwicklung früher postoperativer kognitiver Dysfunktion (POCD) nach Carotis-Thrombendarterektomie (Carotis- TEA) durch. Es handelt sich hierbei um eine prospektive, extern randomisierte Studie, die als Teil einer Subgruppenanalyse der europaweiten GALA-Studie (General Anaesthesia versus Local Anaesthesia) durchgeführt wurde. Es wurden insgesamt 40 Patienten in die Studie eingeschlossen (GA n = 23, LA n = 17). Die kognitive Leistungsgeschwindigkeit wurde mittels Zahlen-Verbindungs-Tests (ZVT) und die Befindlichkeit wurde durch die Befindnisskalierung durch Kategorie und Eigenschaftswörter (BSKE(EWL)) zu jeweils vier Messzeitpunkten (MZP) (am Vorabend der Operation, 5, 29 und 77 Stunden postoperativ) bestimmt. Das Ausmaß der neuronalen Schädigung wurde mittels des biochemischen Markers Protein S-100b zu drei MZPs bestimmt (präoperativ, vor Unclamping der A. carotis interna und am Ende der Operation). Die Geschwindigkeit im ZVT nahm in der GA-Gruppe postoperativ signifikant ab (p = 0,0001). Sowohl fünf (p = 0,023) als auch 29 Stunden (p = 0,043) postoperativ zeigten sich signifikante Gruppenunterschiede. Die S-100b-Konzentration zeigte in der GA-Gruppe am zweiten MZP einen signifikanten (p < 0,001) Anstieg von 0,086 ± 0,038 mikro g/l, im Vergleich zum Ausgangswert von 0,061 ± 0,024 mikro g/l. Signifikante Gruppenunterschiede konnten wir hier am Ende der Operation messen (p = 0,006). Bei der Befindlichkeitsskalierung waren keine signifikanten Gruppenunterschiede messbar. Anhand unserer Ergebnisse können wir eindeutig die Thesen widerlegen, dass das verwendete Anästhesieverfahren keinen Einfluss auf die Entwicklung früher POCD hat und dass es nicht das Ausmaß der neuronalen Schädigung beeinflusst. Wir schließen daraus, dass die Lokalanästhesie einen positiven Effekt auf die Entwicklung früher POCD und das Ausmaß der neuronalen Schädigung hat. Eingeschränkt wird die Aussagekraft dieser Ergebnisse durch eine kleine Fallzahl, ein kurzes Follow-up und ein nicht standardisiertes Neuromonitoring und Shunting unter Allgemeinanästhesie.
Critical perspectives have become more visible in German human geography. Drawing on an analysis of the debate around the German reader "Kulturgeographie" published in 2003, we suggest that this case provides new insights into the "geography of critical geography". We briefly discuss the history of critical geography in Germany, leading to a comparison of the conditions of critical geography around 1980 and in recent years. The focus is on two factors in the changed role of critical perspectives in German geography: (1) the growing internationalisation of German geography, which opened new avenues and allowed new approaches to enter the discipline; and (2) the high citation indices of "critical" journals, which leads to an enhanced reputation and a high significance of international critical geography in the German discipline. However, we draw an ambiguous conclusion: the increased role of critical approaches in German geography is linked to a growing neoliberalisation of academia and a decline of critical approaches in other disciplines.
Critical perspectives have become more visible in German human geography. Drawing on an analysis of the debate around the German reader “Kulturgeographie” published in 2003, we suggest that this case provides new insights into the “geography of critical geography”. We briefly discuss the history of left geography in Germany, leading to a comparison of the conditions of left geography around 1980 and in recent years. The focus is on two factors in the changed role of critical perspectives in German geography: (1) the growing internationalisation of German geography, which opened new avenues and allowed new approaches to enter the discipline; and (2) the high citation indices of “critical” journals, which leads to an enhanced reputation and a high significance of international critical geography in the German discipline. However, we draw an ambiguous conclusion: the increased role of critical approaches in German geography is linked to a growing neoliberalisation of academia and a decline of critical approaches in other disciplines.
Abstract: Bcl-2 family proteins including the pro-apoptotic BH3-only proteins are central regulators of apoptotic cell death. Here we show by a focused siRNA miniscreen that the synergistic action of the BH3-only proteins Bim and Bmf is required for apoptosis induced by infection with Neisseria gonorrhoeae (Ngo). While Bim and Bmf were associated with the cytoskeleton of healthy cells, they both were released upon Ngo infection. Loss of Bim and Bmf from the cytoskeleton fraction required the activation of Jun-N-terminal kinase-1 (JNK-1), which in turn depended on Rac-1. Depletion and inhibition of Rac-1, JNK-1, Bim, or Bmf prevented the activation of Bak and Bax and the subsequent activation of caspases. Apoptosis could be reconstituted in Bim-depleted and Bmf-depleted cells by additional silencing of antiapoptotic Mcl-1 and Bcl-XL, respectively. Our data indicate a synergistic role for both cytoskeletal-associated BH3-only proteins, Bim, and Bmf, in an apoptotic pathway leading to the clearance of Ngo-infected cells. Author Summary: A variety of physiological death signals, as well as pathological insults, trigger apoptosis, a genetically programmed form of cell death. Pathogens often induce host cell apoptosis to establish a successful infection. Neisseria gonorrhoeae (Ngo), the etiological agent of the sexually transmitted disease gonorrhoea, is a highly adapted obligate human-specific pathogen and has been shown to induce apoptosis in infected cells. Here we unveil the molecular mechanisms leading to apoptosis of infected cells. We show that Ngo-mediated apoptosis requires a special subset of proapoptotic proteins from the group of BH3-only proteins. BH3-only proteins act as stress sensors to translate toxic environmental signals to the initiation of apoptosis. In a siRNA-based miniscreen, we found Bim and Bmf, BH3-only proteins associated with the cytoskeleton, necessary to induce host cell apoptosis upon infection. Bim and Bmf inactivated different inhibitors of apoptosis and thereby induced cell death in response to infection. Our data unveil a novel pathway of infection-induced apoptosis that enhances our understanding of the mechanism by which BH3-only proteins control apoptotic cell death.
Soziale Ökologie als Wissenschaft von den gesellschaftlichen Naturverhältnissen hat sich in den vergangenen Jahren als ein neues transdisziplinäres Wissenschaftsgebiet in außeruniversitären Forschungsbereichen und mehr und mehr auch im akademischen Feld etabliert. Der strukturelle Wandel der Hochschulen eröffnet neue Chancen für die Soziale Ökologie, auch in der Lehre einen festen Platz zu erhalten. Der Beitrag reflektiert anhand des neuen Masterstudiengangs Umweltwissenschaften an der Frankfurter Goethe-Universität und anhand von umweltwissenschaftlichen Lehrveranstaltungen an der TU Darmstadt die Anforderungen an die Lehre einer transdisziplinären Wissenschaft. Verdeutlicht wird dies am Problem der Integration unterschiedlicher Problemsichten, Fachkulturen und Wissensbestände.
Das Modifizierte Vacciniavirus Ankara (MVA) entstand nach mehr als 500 Passagen des Chorioallantois Vacciniavirus Ankara (CVA) auf Hühnerembryofibroblasten. Mit der Passagierung ging u.a. der Verlust zahlreicher Vacciniavirus Virulenzfaktoren einher, wodurch MVA einen hochattenuierten Phänotyp aufweist. Bei mangelnder Pathogenität für humane Organismen verfügt das MVA jedoch über eine vollständig erhaltene Genexpression inklusive integrierter Fremdgene. Hierdurch bedingt ist MVA ein vielversprechender Kandidat nicht nur als Pockenimpfstoff der dritten Generation, sondern auch als Vektorvakzine gegen zahlreiche Infektionskrankheiten sowie in der Tumor-assoziierten Immunotherapie. Ein wesentliches Charakteristikum der Attenuierung von MVA ist seine fehlende Replikationsfähigkeit in humanen Zellen. Bislang ist es jedoch noch nicht möglich gewesen, die hierfür verantwortlichen genetischen Veränderungen eindeutig zuzuordnen. Vorangegangene Arbeiten wiesen darauf hin, dass sich der beschriebene Effekt zumindest teilweise auf die Zeitspanne zwischen zwei Vorläufern des MVA eingrenzen lässt. So zeigten sich humane HeLa Zellen für das CVA 152 permissiv, während gegenüber dem CVA 386 nur noch eine Semipermissivität bestand. Mit Hilfe einer vergleichenden Sequenzanalyse von CVA 152 und CVA 386 konnten verschiedene Deletionen identifiziert werden, deren Auftreten potentiell verantwortlich für den veränderten Phänotyp von CVA 386 ist. In diesem Zusammenhang wurden im Rahmen dieser Arbeit die Gene C12L, C14L, C15L und C16L der Deletion I und die Gene M1L, M2L und der OLR 037 der Deletion II charakterisiert. Durch Transfektion von Expressionsplasmiden wurden die entsprechenden Proteine bezüglich ihrer Expression und posttranslationalen Modifikation, sowie ihrer subzellulären Verteilung untersucht. So ließ sich für das Protein M2 eine posttranslationale N-Glykosylierung und die Lokalisation innerhalb des trans-medialen Golgiapparats nachweisen. Zusätzlich konnte eine Sekretion des M2 Proteins im Zellüberstand transfizierter 293T-Zellen gezeigt, sowie die bereits publizierte Inhibition der NF-:B-Aktivierung durch extrazellulär zugegebenes M2 Protein eingeleitet werden. Die Proteine C14 und C15 zeigten sich in der Laserscanmikroskopie mitochondrial lokalisiert; C16 dagegen kolokalisierte neben einer hauptsächlich intranukleären Verteilung zusätzlich mit F-Aktin. Ferner ergaben sich für die Proteine C14 und C15 erste Hinweise auf eine inhibitorische Funktion gegenüber Staurosporin-induzierter Apoptose.
Zitrusfrüchte
(2009)
Advents- und Weihnachtsbräuche unterlagen und unterliegen wirtschaftlich mitbedingten soziokulturellen Moden. Zum weihnachtlichen “Bunten Teller” der Nachkriegzeit gehörten neben allerlei Süßwaren und Backwerk auch blank polierte rote Äpfel und vor allem die begehrten und bestaunten Südfrüchte Apfelsinen und Mandarinen. Zu Weihnachten durfte man dieses sonst eher knappe Obst nach Herzenslust genießen. Seit den 1950er Jahren haben sich Anbau und Verzehr von Zitrusfrüchten stetig ausgeweitet und so sind sie heute ein selbstverständlicher Anteil unseres ganzjährigen Obstkorbes. Dies liegt nicht nur an den gewachsenen Einkommen der Konsumenten, sondern auch an der Ausweitung der Anbauflächen und Produktionssteigerungen sowie an den optimierten Transport- bzw. Lagerbedingungen. Erste Zeugnisse von Orangen findet man um 500 v. Chr. bei Konfuzius. Von China aus gelangten die Früchte über die Malaiische Halbinsel nach Indien, zur Ostküste Afrikas und in den Mittelmeerraum. Seit dem 15. Jahrhundert sind Apfelsinen und Zitronen, mit allen weiteren Sorten und Kulturformen als "Agrumen" zusammengefasst, in Europa bekannt, wo sie wie die Oliven als Charakterarten des mediterranen Raumes gelten Bei der Beschäftigung mit der Gattung Citrus begibt man sich “in eines der undurchdringlichsten Dickichte der Kulturpflanzen-Terminologie” (BRÜCHER 1977). Ursächlich dafür ist, dass die Gattung wohl nirgends mehr wild vorkommt, sondern seit gut zwei Jahrtausenden gezüchtet wird. Alle Citrus-Arten und Hybriden lassen sich untereinander kreuzen. Mit der Gattung Fortunella (Kumquat) können selbst Gattungshybriden erzeugt werden, und die Gattung Poncirus (Bitterorange) dient als Propfunterlage für Arten der Gattung Citrus. So wundert man sich kaum noch, dass es mehr als 60 verschiedene Zitrusfruchtarten gibt, etwa ein Duzend davon haben kommerzielle Bedeutung.
Der Hohle Lerchensporn, dessen Name sich auf die Ähnlichkeit des Sporns mit der Zehe einer Haubenlerche bezieht, zählt zu den Frühlingsgeophyten. Er treibt aus einer ausdauernden unterirdischen Knolle aus. Diese entsteht aus der Verdickung des Wurzelhalses (wie beim Radieschen, sog. Hypokotylknollen). Beim Hohlen Lerchensporn stirbt das verbrauchte Speichergewebe jährlich von innen her ab, so dass die Höhle sich vergrößert. Außen lagert sich neues Speichergewebe an.
Die Stiftung Naturschutz Hamburg und Stiftung LOKI SCHMIDT zum Schutze gefährdeter Pflanzen hat zur "Blume des Jahres 2009" die Wegwarte (Cichorium intybus) ausgewählt. Sie bevorzugt einen ähnlichen Lebensraum wie die Nickende Distel, die Blume des Jahres 2008. Die Wegwarte ist aber häufiger zu finden, sie wächst an Weg- und Ackerrändern und auf bäuerlichen Schuttplätzen. Mich hat schon als Kind diese Pflanze fasziniert, deren strahlend blaue Blüten sich morgens öffnen, aber am frühen Nachmittag "schlafen gehen". Die Wegwarte gehört zu der Pflanzenfamilie der Korbblütler (Compositen). Sie kann bis 120 cm hoch werden. Der Stängel ist recht verzweigt. Die dunkelgrünen, etwas rauhaarigen Blätter sind am Grund etwas fiederspaltig, die mittleren und obenstehenden Blätter sind aber fast ganzrandig.