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Flechten gehören zu den herausragenden Indikatorgruppen für Veränderungen in Wäldern. Im Rahmen des Forschungsprojektes „Biodiversität und Klima“ (BIOKLIM) wurden im Jahr 2007 im Nationalpark Bayerischer Wald entlang von 4 Forschungslinien 125 baumbewohnende Flechten, 5 lichenicole Pilze sowie 1 nicht lichenisierter Ascomycet festgestellt. Alte Wälder und Prozessschutzwälder wiesen dabei signifikant die größte Artendiversität und die höchste Anzahl an bedrohten Arten im Vergleich mit den noch gemanagten Wäldern auf. Die herausragende Bedeutung von alten Wäldern und Prozessschutzflächen für den Erhalt und die Ausbreitung gefährdeter Flechten und lichenicoler Pilze für den ostbayerischen Mittelgebirgsraum wird dargestellt. Die sehr seltenen und hochgradig gefährdeten lichenicolen Pilze Chaenothecopsis viridialba, Sphinctrina anglica und Sphinctrina turbinata und die Flechte Mycobilimbia sphaeroides werden als Neufunde für den Bayerischen Wald genannt. Der in der Bundesrepublik Deutschland als verschollen geltende Flechtenpilz Sphinctrina tubiformis wurde im „Rachelseeurwald“ wiederentdeckt. Für alte naturnahe Wälder des Bayerischen und Böhmischen Waldes werden folgende Zeigerarten beschrieben: Lecanactis abietina, Pyrenula nitida, Micarea cinerea, Microcalicium disseminatum, Loxospora cismonica und Thelotrema lepadinum. Abschließend werden für das Management montaner und hochmontaner Wälder Mitteleuropas Empfehlungen abgeleitet.