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Seit 2000 ist die promovierte Geoökologin als Referatsleiterin in der Berliner Senatsverwaltung u.a. für die atomrechtliche Aufsichts- und Genehmigungsbehörde, die Katastrophenschutzbehörde, die Strahlenmessstelle Berlin und das Berliner Luftgütemessnetz zuständig. Seit 2010 ist Heike Kaupp stellvertretende Abteilungsleiterin der Abteilung Integrativer Umweltschutz. Sie ist Fellow des Mercator Science-Policy Fellowship-Programms an den Rhein-Main-Universitäten.