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Our understanding of human biology and disease is based on the last millennia’s gain of knowledge, which has been exponentially accelerated since the invention of optical and "biochemical" microscopes like transcriptomics and other omics technologies.
In order to broaden our knowledge of an important human transcription factor, T-Cell Acute Lymphocytic Leukemia 1 (TAL1), some of these technologies were used.
TAL1’s gene or promoter structure is altered in about 20-30% of T-ALL. In addition, there is an increase in TAL1 expression in ca. 60% of pediatric and about 45% of adult T-ALL. Physiologically, TAL1 is an indispensable factor in hematopoiesis: in the murine knockout model, blood cells vanish in the early embryonic period. In addition, the TF is also relevant in adult erythropoiesis.
Accordingly, the identification of novel TAL1 target genes was significant both for clinical reasons and in order to understand the hematopoietic functions.
We performend a combined RNA- and ChIPseq approach. After a lentiviral mediated knockdown in K562 cells RNAseq was performed using the Illumina high-throughput method. Overall, the RNAseq yielded one billion good quality sequencing fragments. They made identification of up- and downregulated transcripts as well as associated biological processes, cellular components, molecular function and dominant KEGG signaling pathways possible. Furthermore, more than 2-fold altered coding transcripts and lncRNA were analyzed for relevant TAL1-binding in the transcription start area. There were 3205 significantly altered coding transcripts and 5136 significantly altered lncRNA. By integrating an Encode TAL1-ChIPseq in K562 cells (using a cutoff fold change of 2x) a relevant TAL1 binding could be detected with 71 coding and 416 lncRNA genes.
The combination of RNA- and ChIPseq yields a wealth of relevant results. Accordingly, TAL1 has complex pro- and anti-malignant effects in all areas of oncogenesis like described by Hanahan and Weinberg. Various interactions with target genes and signaling cascades in inter alia proliferation (e.g. HEMGN, MYC, AHI1, YPEL3, BTG2), angiogenesis (e.g. EGFL7, LTBP3), apoptosis (e.g. BCL3, BCL2A1, BMF), immune evasion (e.g. CMTM6) and inflammation (e.g. IL23 and PTGS1) have been revealed, thus complementing the knowledge about pro- and anti-oncogenic effects of TAL1. In addition, it was possible to identify target genes relevant for erythropoiesis and possible osteogenesis. Concerning lncRNA, interesting potential effectors have been identified. However, they still need to be functionally characterized. Relating the results to Virchow’s first description of leukemia as "white blood" the role of TAL1 in leukemia’s genesis but also in erythropoiesis has been confirmed and extended, thus contributing to explain Virchow’s observation: "...therefore, when I speak of white blood, I mean in fact a blood in which the proportion between the red and colorless (in white) blood corpuscles is reversed ...” (Virchow R. Weisses Blut. Frorieps Notizen 1845;36:151-156).
Im Rahmen dieser Dissertation sollte der Effekt der Zelldichte auf Proliferation und Apoptose bei der RKO-Rektumkarzinomzelllinie untersucht werden. Neben Invasion, Entdifferenzierung und Metastasierung kann bei Krebserkrankungen auch eine hohe Wachstumsgeschwindigkeit zu den Charakteristika der Malignität gezählt werden. Bei Leukämien, Lymphomen und bestimmten soliden Tumoren, bei denen eine chirurgische Resektion nur eingeschränkt möglich ist, bedeutet jedoch ein langsames Wachstum, d.h. eine geringe Proliferation der Tumorzellen, in der Regel keine verbesserte Prognose, da sie mit schlechterem Ansprechen auf Chemotherapie und Bestrahlung einhergeht. Die molekularen Ursachen dieser Behandlungsresistenz sind bisher nicht vollständig geklärt und wahrscheinlich nicht bei allen Krebserkrankungen auf identischen Mechanismen beruhend. Vorstellbar ist, dass sich das Gesamtsystem der Zelle während des Teilungsprozesses sensibler gegenüber Schädigungen der DNA, wie sie durch Bestrahlung und die meisten Chemotherapeutika ausgelöst werden, präsentiert. Dies kann durch unterschiedlichste molekulare Mechanismen verursacht sein. Um den möglichen Einfluss des Proliferationsverhaltens einer Zellpopulation auf das Apoptose-Verhalten zu untersuchen, wurde im Rahmen dieser Arbeit versucht, die Proliferationsgeschwindigkeit einer Zellkultur mittels Dichte-Arretierung zu senken. Hierzu wurden RKO-Zellen in konfluenter und subkonfluenter Dichte kultiviert. Ebenfalls wurden Unterschiede bei der Verteilung der Zellen auf die verschiedenen Zellzyklusphasen ermittelt. Durch Inkubation mit CD95L konnte dann ein Zusammenhang von Proliferation und Apoptosesensitivität ermittelt werden, d.h. die „Zellzyklusabhängigkeit“ der CD95L-induzierte Apoptose untersucht werden. Hierbei zeigten sich Zellen mit geringerer Proliferationsrate resistenter gegenüber CD95L. Verschiedene Methoden (z.B. Western-Blot-Analyse, FACS-Messungen) wurden zur Aufklärung der molekularen Ursachen genutzt. Die Arbeit zeigte auch das Vorhandensein eines molekular nicht identifizierten, autokrin in das Medium sezernierten Faktors, der zu verstärkter Resistenz gegenüber CD95L führte. Dieser Faktor erhöhte auch die Migration und Invasivität der RKO-Zellen und verstärkte damit die malignen Eigenschaften der Tumorzellen. Die zukünftige molekulare Identifikation dieses Faktors könnte therapeutisch bedeutsam sein.
NK cells are part of the innate immune system, and are important players in the body’s first defence line against virus-infected and malignantly transformed cells. While T cells recognize neoplastic cells in an MHC-restricted fashion, NK cells do not require prior sensitization and education about the target. In leukemia and lymphoma patients undergoing allogeneic hematopoietic stem cell transplantation not only T cells but also NK cells have been found to mediate potent graft-versus-tumor effects. Hence, autologous or donor-derived NK cells hold great promise for cancer immunotherapy. Since the generation of highly purified NK cell products for clinical applications is labor-intensive and time consuming, established human NK cell lines such as NK-92 are also being considered for clinical protocols. NK-92 cells display phenotypic and functional characteristics similar to activated primary NK cells. While NK-92 cells are highly cytotoxic towards malignant cells of hematologic origin, they do not affect healthy human tissues. NK-92 cells can be expanded under GMP-compliant conditions, and can therefore be provided in sufficient numbers with defined phenotypic characteristics for clinical applications. Safety of NK-92 cells for adoptive immunotherapy was already shown in two phase I/II clinical trials...
In der vorliegenden Arbeit soll die selektive Wirkung der Nukleosidanaloga Fludarabin und Cytarabin auf maligne Zellen überprüft werden. Dazu wird die Sensibilität unterschiedlicher Zellen gegenüber den beiden Zytostatika mittels Durchflußzytometrie bestimmt. Außerdem wird als pharmakokinetischer Parameter die intrazelluläre Konzentration des jeweiligen aktiven Metaboliten, F-Ara-ATP und Ara-CTP mit Hilfe der Hochdruckflüssigkeitschromatographie ermittelt. Als Vertreter der gesunden Zellen werden Lymphozyten gesunder Spender sowie in einem einmaligen Versuch hochaufgereinigte CD34+-Stammzellen untersucht. Stellvertretend für maligne Zellen werden die Experimente an Zellen der T-lymphoiden Zelllinie Molt4 und der erythroleukämischen Zelllinie K562 durchgeführt. Anhand der pharmakokinetischen Untersuchungen kann eine höhere Bildung an aktivem Triphosphat in malignen Zellen gegenüber gesunden Lymphozyten sowohl für Fludarabin- als auch für Cytarabininkubation nachgewiesen werden. Stammzellen scheinen eine Stellung zwischen den malignen Zellen und den Lymphozyten einzunehmen. Letztere Ergebnisse bleiben zu verifizieren. Untersuchungen der Sensibilität der malignen Zellen gegenüber Fludarabin und Cytarabin mit Hilfe der Durchflußzytometrie ergeben jeweils eine erhöhte Zytotoxizität gegenüber Molt4-Zellen, nicht jedoch gegenüber K562-Zellen im Vergleich zu gesunden Lymphozyten. Während die pharmakokinetischen Ergebnisse eine erhöhte Sensibilität für maligne Zellen gegenüber Fludarabin und Cytarabin aufgrund höherer intrazellulärer Triphosphatspiegel suggerieren, zeigen die durchflußzytometrischen Messungen, dass sich allein auf dieser Basis keine Aussage über die Sensibilität der Zellen gegenüber dem jeweiligen Zytostatikum machen lässt. Eine selektive Wirkung von Nukleosidanaloga auf maligne Zellen lässt sich anhand der gewonnenen Daten vermuten, aber nicht beweisen. Hierzu sind weitere Untersuchungen unerlässlich.