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- 5-lipoxygenase; (1)
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Starting from a classical picture of shear viscosity we construct a steady velocity gradient in the partonic cascade BAMPS. Using the Navier-Stokes-equation we calculate the shear viscosity coefficient. For elastic isotropic scatterings we find a very good agreement with the analytic values. For both elastic and inelastic scatterings with pQCD cross sections we find good agreement with previously published calculations.
This paper shows the equivalence of applicative similarity and contextual approximation, and hence also of bisimilarity and contextual equivalence, in the deterministic call-by-need lambda calculus with letrec. Bisimilarity simplifies equivalence proofs in the calculus and opens a way for more convenient correctness proofs for program transformations. Although this property may be a natural one to expect, to the best of our knowledge, this paper is the first one providing a proof. The proof technique is to transfer the contextual approximation into Abramsky’s lazy lambda calculus by a fully abstract and surjective translation. This also shows that the natural embedding of Abramsky’s lazy lambda calculus into the call-by-need lambda calculus with letrec is an isomorphism between the respective term-models. We show that the equivalence property proven in this paper transfers to a call-by-need letrec calculus developed by Ariola and Felleisen. 1998 ACM Subject Classification: F.4.2, F.3.2, F.3.3, F.4.1. Key words and phrases: semantics, contextual equivalence, bisimulation, lambda calculus, call-by-need, letrec.
Twin and family studies in autistic disorders (AD) have elucidated a high heritability of AD. In this literature review, we will present an overview on molecular genetic studies in AD and highlight the most recent findings of an increased rate of copy number variations in AD. An extensive literature search in the PubMed database was performed to obtain English published articles on genetic findings in autism. Results of linkage, (genome wide) association and cytogenetic studies are presented, and putative aetiopathological pathways are discussed. Implications of the different genetic findings for genetic counselling and genetic testing at present will be described. The article ends with a prospectus on future directions. Keywords: Autistic disorder , Linkage , Whole genome association , Copy number variation , Mutation
Mechanismus der Inhibition APOBEC3-vermittelter Restriktion durch das Bet Protein der Foamyviren
(2009)
Der Selektionsdruck seitens der Pathogene führte im Laufe der Evolution zur Entwicklung verschiedener Abwehrmechanismen. Neben der angeborenen und adaptiven Immunabwehr rückte in den letzten Jahren ein neuer Immunitätszweig in den Fokus der Wissenschaft, die sogenannte intrinsische Immunität. Dieser Begriff geht einher mit der Entdeckung zellulärer, antiviral wirkender Deaminasen aus der Familie der APOBEC3 Proteine (A3A, -B, -C, -DE, -F, -G und -H). Diese Proteine übten einen starken Selektionsdruck aus, so dass nur die Viren überleben konnten, die einen Weg gefunden haben diesen zellulären Replikationsblock zu umgehen. Die komplexen Retroviren, wie Lenti- und Foamyviren, haben dazu Proteine entwickelt, welche in der Lage sind die A3 vermittelte, zelluläre Abwehr auszuhebeln. Während das Vif Protein des HI-Virus, das den proteasomalen Abbau des Zielproteins induziert, intensiv erforscht wurde, ist die Wirkungsweise des foamyviralen Bet noch unbekannt und Gegenstand dieser Arbeit. Die Aufklärung der Wirkungsweise des Bet Proteins erforderte zunächst die Etablierung eines experimentellen Systems, das die Messung antiviraler Aktivität verschiedener A3 Proteine, sowie deren Neutralisation durch Bet erlaubt. Bet zeigt sich aktiv gegen die meisten Deaminasen der Primaten, nicht aber gegen die Deaminasen der Katze und der Maus. Da die Aktivität sowohl im homologen (PFV), als auch heterologen (SIV) System bestimmt wurde, wird eine Beteiligung anderer viraler Komponenten ausgeschlossen. Aus dem breiten Spektrum sensitiver A3 Proteine wurden das humane A3B, -C und –G für weitere Untersuchungen verwendet. Durch Titrationsexperimente mit huA3C und –G zeigte sich, dass Bet dosisabhängig agiert und unterschiedliche A3 Proteine unterschiedlich empfänglich sind. Die mittels Immunopräzipitation untersuchte Bindung zwischen Bet und den empfänglichen A3 Proteinen korreliert mit deren Neutralisierung. Die Bindungsstudie mit in vitro hergestelltem huA3C deutet auf eine direkte, RNase unabhängige Interaktion hin. Die Bet-bedingte Inhibition der Dimerisierung von huA3C und -G konnte mittels Immunopräzipitation und chemischer Quervernetzung gezeigt, sowie die Bet-Bindestelle mithilfe eines Rekombinationsansatzes innerhalb der Dimerisierungsfläche von huA3C lokalisiert werden. Fraktionierungen der Proteine nach Löslichkeit bzw. Dichte, sowie Immunofluoreszenzstudien und FRAP (fluorescence recovery after photobleaching) zeigten Bet-abhängige Änderungen der Lokalisierung, Komplexbildung und zytoplasmatischen Beweglichkeit von huA3B, -C und –G. Als Resultat dieser veränderten Eigenschaften Bet-sensitiver A3 Proteine wird ihre Inkorporation in Virionen verhindert, was zum Verlust der antiviralen Aktivität führt. Damit beschreiben die Ergebnisse dieser Arbeit einen neuen Weg, den Viren beschreiten um die A3 vermittelte Immunität auszuschalten.
Introduction: In the large-scale case-control study EPILIFT, we investigated the dose-response relationship between lifestyle factors (weight, smoking amount, cumulative duration of different sports activities) and lumbar disc disease. Methods: In four German study regions (Frankfurt am Main, Freiburg, Halle/Saale, Regensburg), 564 male and female patients with lumbar disc herniation and 351 patients with lumbar disc narrowing (chondrosis) aged 25 to 70 years were prospectively recruited. From the regional population registers, 901 population control subjects were randomly selected. In a structured personal interview, we enquired as to body weight at different ages, body height, cumulative smoking amount and cumulative duration of different sports activities. Confounders were selected according to biological plausibility and to the change-in-estimate criterion. Adjusted, gender-stratified odds ratios with 95% confidence intervals were calculated using unconditional logistic regression analysis. Results: The results of this case-control study reveal a positive association between weight and lumbar disc herniation as well as lumbar disc narrowing among men and women. A medium amount of pack-years was associated with lumbar disc herniation and narrowing in men and women. A non-significantly lowered risk of lumbar disc disease was found in men with high levels of cumulative body building and strength training. Conclusions: According to our multi-center case-control study, body weight might be related to lumbar disc herniation as well as to lumbar disc narrowing. Further research should clarify the potential protective role of body building or strength training on lumbar disc disease.
Background: Descending inhibitory pain control contributes to the endogenous defense against chronic pain and involves noradrenergic and serotonergic systems. The clinical efficacy of antidepressants suggests that serotonin may be particularly relevant for neuropathic pain conditions. Serotonergic signaling is regulated by synthesis, metabolisms, reuptake and receptors. To address the complexity, we used inbred mouse strains, C57BL/6J, 129 Sv, DBA/2J and Balb/c, which differ in brain serotonin levels. Results: Serotonin analysis after nerve injury revealed inter-strain differences in the adaptation of descending serotonergic fibers. Upregulation of spinal cord and midbrain serotonin was apparent only in 129 Sv mice and was associated with attenuated nerve injury evoked hyperalgesia and allodynia in this strain. The increase of dorsal horn serotonin was blocked by hemisectioning of descending fibers but not by rhizotomy of primary afferents indicating a midbrain source. Para-chlorophenylalanine-mediated serotonin depletion in spinal cord and midbrain intensified pain hypersensitivity in the nerve injury model. In contrast, chronic inflammation of the hindpaw did not evoke equivalent changes in serotonin levels in the spinal cord and midbrain and nociceptive thresholds dropped in a parallel manner in all strains. Conclusion: The results suggest that chronic nerve injury evoked hypernociception may be contributed by genetic differences of descending serotonergic inhibitory control.
Auswirkungen einer Mutation des Adhäsionrezeptors PSGL-1 bei humanen neutrophilen Granulozyten
(2009)
Der VNTR Polymorphismus des PSGL-1 ist schon seit längerer Zeit Gegenstand wissenschaftlicher Untersuchungen. Der Rezeptor weist je nach Genotyp eine unterschiedliche Länge auf. Dabei ist der Rezeptor mit dem Allel A der längste, das C-Allel weist phänotypisch den kürzesten Rezeptor auf. Der Rezeptor mit dem B-Allel liegt mit der Länge in der Mitte der drei Rezeptoren. In dieser Studie wurde das Roll- und das Adhäsionsverhalten von Leukozyten mit den Genotypen AA bzw. BB mit Hilfe eines Flusskammermodells untersucht. Dieses Verhalten kommt im Rahmen der Bindung zustande, welche P-Selektin und PSGL-1 miteinander eingehen. Das Blut von acht Probanden wurde untersucht, vier Probanden wiesen den Genotyp AA, die anderen vier den Genotyp BB auf. Die Leukozyten wurden aus dem Vollblut isoliert, verdünnt und in das Flusskammermodell eingespeist. Die verdünnte Zellsuspension wurde mittels einer Pumpe über ein Schlauchsystem durch eine Messkammer befördert, welche im Vorfeld mit P-Selektin beschichtet wurde. Dort konnten die Zellen mikroskopisch untersucht und videotechnisch dokumentiert werden. Anschließend konnte die Rollgeschwindigkeit der neutrophilen Granulozyten und die Anzahl der adhärenten Zellen an der Oberfläche durch Computerprogramme ermittelt werden. Als Resultat ergab sich ein signifikanter Unterschied zwischen der Rollgeschwindigkeit der Zellen des Genotyps AA und der Zellen des Genotyps BB. Dabei wiesen die Zellen mit dem B-Allel wegen der geringeren Länge des PSGL-1 eine höhere Rollgeschwindigkeit auf, als die Zellen mit dem AAllel, deren PSGL-1 länger ist. Zudem blieben signifikant weniger Leukozyten mit dem BAllel an der Oberfläche haften als die Leukozyten der anderen Gruppe. Daraus lässt sich schließen, dass die Bindungskraft zwischen PSGL-1 und PSelektin von der Länge des PSGL-1 abhängig ist. Der kürzere Rezeptor (B-Allel des PSGL-1) weist also eine geringere Bindungskraft auf als der längere Rezeptor (A-Allel des PSGL-1). Die Bindung zwischen PSGL-1 und PSelektin lässt sich wahrscheinlich pharmakologisch beeinflussen. Es wurden Antikörper entwickelt, die in klinischen Studien Erfolg versprechende Ansätze bei der Entzündungshemmung gezeigt haben. Die aktuelle Literatur zu klinisch pharmakologischen Behandlungsansätzen wurde in dieser Arbeit diskutiert.
Tumoren epithelialen Ursprungs weisen häufig eine vermehrte Expression und/oder Mutationen des epidermalen Wachstumsfaktor-Rezeptors (EGFR) auf. Durch die übermäßig starke bzw. permanente Vermittlung von Überlebens- und Proliferationssignalen an die betroffene Zelle trägt dies direkt zum Voranschreiten der Tumorerkrankung bei. Für eine Reihe von Tumorentitäten ist bekannt, dass eine abnorme Expression von EGFR mit einer schlechteren Prognose für den Krankheitsverlauf und die mittlere Überlebenszeit betroffener Krebspatienten korreliert. Begleitend zur systemischen Chemotherapie solcher Tumoren wird eine gerichtete Therapie zur Eindämmung der EGFR-vermittelten Signaltransduktion durch den Einsatz von Tyrosinkinase-Inhibitoren (TKI) oder EGFR-spezifischer monoklonaler Antikörper (mAb) erzielt. Bei der therapeutischen Anwendung monoklonaler anti-EGFR Antikörper wurden in einigen Fällen lediglich milde Nebenwirkungen wie z.B. Hautausschläge beobachtet, wobei das Auftreten dieser Effekte mit dem Therapieerfolg korrelierte. Eine Reihe von monoklonalen Antikörpern, die gegen ErbB Rezeptor-Tyrosinkinasen gerichtet sind, sind mittlerweile zur Tumortherapie zugelassen, darunter der chimäre anti-EGFR Antikörper Cetuximab (Erbitux®, ImClone/BMS/Merck) zur Behandlung von metastasierenden Kolonkarzinomen sowie Karzinomen des Kopf- und Halsbereichs, der humane anti-EGFR Antikörper Panitumumab (Vectibix®, Amgen) bei metastasierenden Kolonkarzinomen, und der humanisierte anti-ErbB2 Antikörper Trastuzumab (Herceptin®, Genentech/Roche) bei Brustkrebs. Weitere Antikörper befinden sich derzeit in fortgeschrittenen Phasen der klinischen Entwicklung, darunter der humanisierte anti-EGFR Antikörper Matuzumab (Merck/Takeda). Klinische Daten zeigen, dass Patienten mit EGFR positiven Tumoren, die gegenüber etablierter Chemotherapie resistent sind, von der Behandlung mit anti-EGFR Antikörpern profitieren. Durch aktivierte EGF-Rezeptoren induzierte mitogene Signale werden vermindert bzw. blockiert, indem die Antikörper mit hoher Affinität an ErbB Rezeptoren auf der Zelloberfläche binden und die Ligandenbindung bzw. die Dimerisierung verhindern, die zur Bildung aktivierter Rezeptor Dimere nötig ist. Auf diese Weise wird die mitogene Signalübertragung aktivierter ErbB-Rezeptor Dimere verhindert und die Proliferation der Tumorzelle wird verlangsamt oder kommt zum Stillstand. Es gibt Hinweise, dass darüber hinaus sekundäre Effektormechanismen des Immunsystems wie die antikörperabhängige zellvermittelte Zytotoxizität (ADCC) oder die komplementabhängige Zytotoxizität (CDC) gegen Antikörper-markierte Tumorzellen die anti-tumorale Wirksamkeit dieser Antikörper noch verstärken. Die lebensverlängernde Wirkung der Behandlung mit diesen Antikörpern ist ein Beispiel für die erfolgreiche Anwendung einer zielgerichteten Krebstherapie durch passive Immuntherapie. Zu Beginn dieser Arbeit waren die genauen Bindungsstellen der therapeutischen anti-EGFR Antikörper Cetuximab und Matuzumab noch unbekannt. Die Kenntnis der Lage der Epitope auf dem EGFR Molekül könnte wichtige Hinweise zur Aufklärung der Wirkungsmechanismen dieser Antikörper liefern und Ansätze zur weiteren Optimierung dieser Therapeutika aufzeigen. Aus vorangegangenen Experimenten war bekannt, dass Cetuximab und Matuzumab Epitope auf dem EGFR erkennen, die eine intakte Raumstruktur des Rezeptors voraussetzen. Diese Beobachtungen konnten in dieser Arbeit bestätigt werden, ferner konnte die Lage der Epitope auf die EGFR Ektodomäne III/L2 eingegrenzt werden. Da sowohl Cetuximab als auch Matuzumab nicht-lineare, konformationelle Epitope erkennen, wurde eine Variante der Phage Display Methode zur Identifizierung von Peptiden gewählt, die mit den hypervariablen Regionen (CDR) dieser Antikörper interagieren, welche die Bindungsspezifität der Antikörper vermitteln. Ziel dieser Experimente war die Identifizierung von Peptiden, welche die konformationellen Epitope von Cetuximab bzw. Matuzumab in linearer bzw. zyklisch restringierter Form nachbilden. Die Aminosäuresequenzen solcher sogenannter Mimotope könnten zur Identifizierung entsprechender Oberflächenstrukturen am EGFR Molekül herangezogen werden. In der vorliegenden Arbeit wurden aus kommerziell erhältlichen Bibliotheken genetisch modifizierter M13 Bakteriophagen, die randomisierte lineare bzw. zyklische Peptide als N-terminale Fusion am Oberflächenprotein pIII exponieren (M13KE), unter Anwendung der „Delayed Infectivity Panning“ (DIP) Methode Peptide angereichert, die von Cetuximab bzw. Maztuzumab erkannt werden. Zur Anreicherung von M13KE Bakteriophagen mit CDR-spezifischen Fusionspeptiden mittels DIP wurde zunächst ein „single-chain“ Antikörperfragment aus der cDNA von Matuzumab konstruiert und in den bakteriellen Expressionsvektor pIB-Tx kloniert. Mit dem resultierenden Konstrukt pIB-Tx-scFv(E72K) bzw. dem bereits vorhandenen analogen Konstrukt pIB-Tx-scFv(225), welches das „single-chain“ Antikörperfragment von Cetuximab enthält, wurden E. coli HB101 Bakterien transformiert, um die bakterielle Oberflächenexpression dieser Antikörperfragmente zum Einsatz in DIP Experimenten zu erreichen. In alternierenden positiven und negativen Selektionsrunden wurden unter Einsatz dieser scFv-exprimierenden E. coli HB101 Bakterien in Biopanning Experimenten Phagen mit solchen Fusionspeptiden angereichert, die selektiv an die „single-chain“ Antikörperfragmente von Cetuximab bzw. Matuzumab binden. Phagen ELISA Experimente mit M13KE Einzelklonen zeigten, dass aus allen eingesetzten Bibliotheken Phagen mit Fusionspeptiden isoliert werden konnten, die an den jeweiligen parentalen Antikörper des zur Selektion eingesetzten „single-chain“ Antikörperfragmentes binden. Ein Teil der Phagenklone wies eine zumindest partielle Kreuzreaktivität zu dem entsprechenden anderen anti-EGFR Antikörper auf, obwohl sie auf Bindung an diesen nicht selektioniert worden waren. Die Sequenzanalyse der Fusionspeptide lieferte keine gemeinsame Consensus Sequenz, es konnten jedoch kurze, gemeinsame Sequenzmotive identifiziert werden. In MTT-Zytotoxizitätsassays wurden diese Klone als mögliche Kompetitoren der Bindung des gegen EGFR gerichteten Immuntoxins scFv(225)-ETA in MTT-Zytotoxizitätsassays eingesetzt. Ein Teil der selektionierten Fusionspeptide war in der Lage, die Bindung der aus dem „single-chain“ Antikörperfragment von Cetuximab scFv(225) bestehenden Zellbindungsdomäne des Immuntoxins scFv(225)-ETA an EGFR exprimierende Zellen zu kompetieren. Auch für einige Fusionspeptide, die zunächst nur auf Bindung an Matuzumab selektioniert worden waren, wurde dies beobachtet. Peptide, welche die Bindung des Immuntoxins an EGFR kompetieren, weisen in ihren pIII-Fusionspeptiden laut Sequenzanalyse die gemeinsamen Sequenzmotive KTL bzw. YPLG auf. Nach einem Abgleich der Sequenzen der kompetierenden, kreuzreaktiven Peptide mit KTL bzw. YPLG Motiven wurden zwei Peptide ausgewählt und zur Immunisierung von Kaninchen eingesetzt. In MTT-Zytotoxizitätsassays wurde zunächst bestätigt, dass die synthetischen Peptide in der Lage sind, durch Kompetition spezifisch die Bindung des gegen EGFR gerichteten Immuntoxins scFv(225)-ETA und dessen zytotoxische Wirkung auf EGFR exprimierende Zellen zu verhindern. Kaninchenseren und aus diesen affinitätsgereinigte anti-Peptid Antikörper zeigten in ELISA Experimenten konzentrationsabhängige Bindung an die immobilisierten synthetischen Peptide. Die Bindung der anti-EGFR Antikörper Cetuximab und Matuzumab an die synthetischen Peptide konnte ebenfalls bestätigt werden. In einer Reihe von Experimenten wurde untersucht, ob die Immunisierung mit potentiellen Mimotopen der anti-EGFR Antikörper eine endogene humorale Immunantwort gegen den humanen EGFR bewirkt hatte. Die Bindung der affinitätsgereinigten anti-Peptid Antikörper an den Rezeptor auf der Oberfläche EGFR-exprimierender Tumorzellen wurde zunächst in Durchflusszytometrie (FACS) Experimenten analysiert. Für die gereinigten anti-Peptid Antikörper wurde spezifische Bindung an murine Renca-lacZ/EGFR Zellen sowie an humane A431 Vulvakarzinomzellen detektiert, die den humanen EGFR auf der Oberfläche exprimieren. Die Bindung an A431 konnte durch Vorinkubation der Antikörper mit einem Überschuss der entsprechenden synthetischen Peptide vollständig verhindert werden. In einer weiteren Serie von FACS Experimenten konnte gezeigt werden, dass die Bindung der Antikörper Cetuximab und Matuzumab an EGFR durch eine Vorinkubation von Renca-lacZ/EGFR Zellen mit den gereinigten anti-Peptid Antikörpern deutlich reduziert werden konnte. Dies ist ein Beweis für die Fähigkeit der in Immunisierungsexperimenten generierten anti-Peptid Antikörper, die Bindungsstellen von Cetuximab und Matuzumab am EGFR zumindest teilweise zu besetzen. Diese Beobachtungen zeigen, dass durch Immunisierung mit den hier ausgewählten synthetischen Peptiden in Versuchstieren die Bildung von Antikörpern mit ähnlichen Eigenschaften wie Cetuximab bzw. Matuzumab und somit eine endogene Immunantwort gegen den humanen EGFR ausgelöst werden konnte. In Immunfluoreszenz Experimenten wurde die Bindung der anti-Peptid Antikörper an Renca-lacZ/EGFR Zellen erneut überprüft und mittels konfokaler Laser Scanning Mikroskopie (CLSM) visualisiert. In diesen Experimenten wurde für gereinigte anti-Peptid Antikörper (KTL Motiv bzw. YPLG Motiv) Bindung an die Zelloberfläche bzw. membrannahe intrazelluläre Strukturen beobachtet, die der Lokalisierung der Bindungssignale der parallel getesteten anti-EGFR Antikörper Cetuximab, Matuzumab und dem murinen anti-EGFR Antikörper R-1 entsprach. Die Bindung der anti-Peptid Antikörper konnte durch Zugabe eines Überschusses der jeweiligen synthetischen Peptide verhindet werden. In einer weiteren Serie von Immunfluoreszenz Experimenten wurde der humane EGFR auf Renca-lacZ/EGFR Zellen gleichzeitig mit anti-KTL bzw. anti-YPLG Peptid Antikörpern aus Kaninchen sowie dem murinen anti-EGFR Antikörper R-1 detektiert. Durch eine Überlagerung der Signale konnte eindeutig eine Kolokalisation nachgewiesen werden. Dies ist ein Beweis dafür, dass es sich bei der Bindung der anti-Peptid Antikörper an die Oberfläche von Renca-lacZ/EGFR um Bindung an den humanen EGFR handelt. In Lysaten von EGFR exprimierenden Zelllinien konnte mit gereinigten anti-Peptid Antikörpern ein Protein detektiert werden, dessen Größe dem humanen EGFR entspricht. Die durch Stimulation des humanen EGFR mit dem natürlichen Peptidliganden EGF hervorgerufene Autophosphorylierung des Rezeptors in A431 Zellen konnte durch Zugabe von anti-Peptid Antikörpern teilweise inhibiert werden, allerdings nicht in dem gleichen Ausmaß, wie dies für die als Positivkontrollen eingesetzten anti-EGFR Antikörper Cetuximab und Matuzumab beobachtet wurde. In MTT-Zytotoxizitätsassays konnte darüber hinaus eine teilweise Kompetition der Bindung des rekombinanten Toxins TGF!-ETA an EGFR-exprimierende A431 Zellen, und somit eine teilweise Kompetition des natürlichen Peptidliganden TGF! an EGFR durch Vorinkubation mit anti-Peptid Antikörpern nachgewiesen werden. Zur näherungsweisen Quantifizierung der Affinitäten der anti-Peptid Antikörper und der anti-EGFR Antikörper Cetuximab und Matuzumab für die synthetischen Peptide (KTL Motiv und YPLG Motiv) bzw. für die gereinigte extrazelluläre Domäne des humanen EGFR (sEGFR) wurden ELISA Bindungstests durchgeführt. Die aus den Bindungskurven berechneten Affinitätswerte zeigen, dass die anti-Peptid Antikörper an sEGFR im nanomolaren Bereich binden und damit ca. 200-fach niedrigere Affinitäten für den Rezeptor besitzen als die affinitätsoptimierten anti-EGFR Antikörper Cetuximab bzw. Matuzumab. Die Affinitäten der anti- Peptid Antikörper für die synthetischen Peptide liegen ebenfalls im nanomolaren Bereich, während Cetuximab und Matuzumab lediglich mikromolare Affinitäten für die Peptide besitzen. Durch „Epitope Mapping“ in silico vorhergesagte mögliche Oberflächenstrukturen auf EGFR, welche die Peptidmimotope mit KTL bzw. YPLG Motiven nachbilden, sind direkt benachbart zu den mittlerweile publizierten Bindungsstellen von Matuzumab und Cetuximab bzw. EGF in der Ektodomäne III/L2 von EGFR (Li et al., 2005; Schmiedel et al., 2008) und zeigten im Falle des Peptides mit KTL Motiv Übereinstimungen mit Teilen beider Epitope. Möglicherweise ist dieses Peptid in der Lage, alternative Strukturen mit KTL bzw. KTI Motiven an der Oberfläche von EGFR nachzubilden, die Gemeinsamkeiten mit beiden Epitopen von Cetuximab bzw. Matuzumab besitzen und daher von beiden Antikörpern erkannt werden können. Eine endgültige Klärung der Bindung der hier identifizierten Peptide an Cetuximab bzw. Matuzumab bzw. der Bindung der anti-Peptid Antikörper an EGFR könnte in nachfolgenden Untersuchungen mittels Röntgenkristallographie bzw. NMR strukturell aufgeklärt werden – die hierzu nötigen Peptide bzw. Proteine liegen bereits in gereinigter Form vor. Eine Optimierung der hier identifizierten Mimotope zur Steigerung der Affinitäten der induzierten anti-Peptid Antikörper für EGFR könnte zur Entwickung von Vakzinen führen, die eine Alternative zur wiederholten, kostenintensiven passiven Immunisierung von Patienten mit EGFR-exprimierenden Tumoren mit monoklonalen Antikörpern darstellen könnte.
Die vorliegende Arbeit beinhaltet die Untersuchung des Schwingungsenergietransfers im N-Methylazetamid (NMA) Molekül und von Wärmetransportprozessen im lichtschaltbaren 310-Aib-Oktapeptid. Dazu unternahmen wir Nichtgleichgewichts-MD-Simulationen und analysierten den zeitlichen Energiefluss in den jeweiligen Biomolekülen. Die Simulationsergebnisse wurden dann im Rahmen der in Kapitel 2 vorgestellten Theorien zum Energietransfer diskutiert. ...
Im Rahmen dieser Arbeit ist es gelungen, eine weltweit einmalige Messapparatur zu entwickeln, mit der Wasserstoffmolekülionen mittels kurzer Laserpulse ionisiert und die Reaktionsprodukte kinematisch vollständig vermessen werden können. Es wird dazu eine an die Coltrims-Technik angelehnte Detektionsmethode genutzt, bei der sowohl Protonen als auch Elektronen über den vollen Raumwinkel nachgewiesen werden können. Die H2+ -Ionen stammen aus einer Hochfrequenz-Ionenquelle und werden auf 400keV beschleunigt. Die Besetzungshäufigkeit der Vibrationsniveaus entspricht daher der Franck-Condon-Verteilung für den Übergang aus dem Grundzustand des neutralen Wasserstoffmoleküls in den elektronischen Grundzustand des Molekülions: H2 (xPg, ν = 0) → H2+ (1sσg, ν′) Dieser Ionenstrahl wird mit einem 780 nm Laserpuls der Pulslänge 40 fs überlappt. Nach der Reaktion fragmentiert das Molekülion entweder über den Dissoziationskanal H2+ + nhν ⇒ H + H+ oder über eine Ionisation gefolgt von einer Coulomb-Explosion: H2+ + nhν ⇒ H+ + H+ + e−. Die Projektile werden nach einer Driftstrecke von etwa 3 m auf einem Ionendetektor nachgewiesen. Für den Nachweis der Elektronen wurde ein spezielles Spektrometer konzipiert, das eine Unterdrückung ungewollter Elektronen erlaubt und so die Messung der Elektronen ermöglicht. Um Elektronen auszublenden, die vom Laser aus dem Restgas ionisiert werden, ist der Elektronendetektor in Flugrichtung der Ionen versetzt angebracht. Durch die unkonventionelle Ausrichtung des Lasers in einem Winkel von 20◦ relativ zur Flugrichtung der Ionen können vom Laser erzeugte Elektronen nur dann den Elektronendetektor erreichen, wenn sie aus dem bewegten Bezugsystem der Projektile stammen. Diese Unterdrückung macht die Messung der Elektronen erst möglich, hat aber auch eine nachteilige Geometrie der Verteilungen gegenüber den Detektorebenen zur Folge. Durch die Ausnutzung der Projektilgeschwindigkeit ist überdies die Benutzung eines B-Feldes zur Verbesserung der Flugzeitauflösung der Elektronen nicht möglich. Um eine Überlappung des Ionenstrahls mit dem Laserfokus zu erreichen, wurde im Bereich der Reaktionszone ein System zur Visualisierung der Strahlpositionen integriert. Dieses kann überdies für eine Intensitätseichung bei linear polarisiertem Licht verwendet werden. Bei der Reaktion kommt es durch die vergleichsweise lange Pulsdauer schon bei relativ niedrigen Intensitäten zu Dissoziationsprozessen. Das dissoziierende Molekül erreicht noch während der ansteigenden Flanke des Laserpulses auf diese Weise Abstände, bei denen der Prozess der Charge-Resonance-Enhanced-Ionization (CREI) stattfinden kann. Auch die in einem sehr engen Winkelbereich um die Polarisationsrichtung des Lasers liegende Winkelverteilung der gemessenen Protonen deutet darauf hin, dass CREI der dominante Ionisationsprozess ist. Durch die vorausgehende Dissoziation nimmt das Molekül schon vor der Ionisation eine kinetische Energie auf, so dass die gemessene KER-Verteilung einer Summe aus KERDissoziation und KERIonisation darstellt. Ein Vergleich mit den KER-Spektren des Dissoziationsprozesses zeigt, dass die aufgenommene Energie durch Dissoziation zu einem überwiegenden Anteil in einem Bereich von 0, 6 ± 0, 35 eV besitzt, während die Gesamt-KER-Verteilung deutlich höhere Werte bis zu 6 eV aufweist. Dies ermöglicht, aus der gemessenen KER-Verteilung den internuklearen Abstand zum Ionisationszeitpunkt näherungsweise zu bestimmen. Die gemessenen Elektronen weisen, ebenso wie die Protonen, eine scharfe Ausrichtung entlang der Laserpolarisation auf, was durch den Einfluss des Lasers auf dieser Achse nicht verwunderlich ist. Bei zirkularer Polarisation dagegen findet eine Netto-Beschleunigung der Elektronen senkrecht zur Richtung des elektrischen Feldes zum Ionisationszeitpunkt statt, sodass die Messung der Elektronenimpulse eine geeignete Messgröße zur Untersuchung des Ionisationsprozesses darstellt. Auf diese Art konnten Winkelverteilungen der Elektronen bezüglich der internuklearen Achse innerhalb der Polarisationsebene gemessen werden. Abhängig von KER und Elektronenergie konnte dabei eine Verdrehung der Verteilung gegenüber den klassisch erwarteten 90◦ relativ zur internuklearen Achse festgestellt werden. Die Winkelverteilung rotiert dabei mit steigendem KER entgegen des Drehsinns. Dies widerspricht der gängigen Vorstellung einer Tunnelionisation, bei der nur die Beschleunigung des Elektrons im Laserfeld eine Rolle spielt und der Einfluss des Coulomb-Potentials vernachlässigt wird. Für höhere Elektronenergien zeigt sich eine zweite konkurrierende Struktur, die für die höchsten Energien die sonst vorherrschende erste Struktur sogar dominiert. Da sich in den Protonenspektren für linear polarisiertes Licht kein Einfluss einer Ionisationsenkrecht zur Polarisationsrichtung findet, erscheint dies als Grund für die zweite Struktur in den Elektron-Winkelverteilungen als unwahrscheinlich. Eine stichhaltige und gestützte Erklärung gibt es bisher weder für die Rotation der ersten Struktur noch für die Herkunft der zweiten. Dies zeigt deutlich, dass es auch für dieses einfachste Molekülsystem noch einen erheblich Handlungsbedarf sowohl auf theoretischer als auch von experimenteller Seite gibt. Da dieses Experiment den ersten experimentellen Zugang für die direkte Untersuchung der Elektronimpulse bei der Ionisation von H2+ -Ionen in kurzen Laserpulsen darstellt, bietet sich hier die bisher einzige Möglichkeit, dieses Verhalten experimentell zu untersuchen.
Im Rahmen dieser Doktorarbeit wurde eine wirksame synthetische und spektroskopische Methode entwickelt, um Abstände in DNA- und RNA-Duplexen mittels Elektronen-Paramagnetische-Resonanz (EPR) zu messen und um in Zukunft die dreidimensionale Struktur biologisch relevanter RNAs bestimmen zu können. Die Synthese von iodierten Nukleotid-Bausteinen für die Oligonukleotidsynthese, an denen mit Hilfe der Palladium katalysierten Sonogashira-Kreuzkupplung sich EPR-aktive Nitroxid-Acetylene einführen lassen, wurde erfolgreich durchgeführt. Diese Phosphoramidite sollten die folgenden Kriterien erfüllen: Alle vier Basen (A, C, G und U) sollten modifiziert werden und das eingeführte Spinlabel 2,2,5,5- Tetramethyl-3-ethinyl-pyrrolin-N-oxyl (TPA) sollte entweder in die minor oder die major groove hineinragen. Im Falle der Pyrimidine (U und C) war nur die Orientierung in die major groove möglich, da das Iodid nur am C5 eingeführt werden kann. Obwohl 5-Iodo-desoxyuridin- und 5-Iodo-uridin-phosphoramidit käuflich sind, wurden diese Bausteine selber hergestellt, wobei die iodierten Bausteine mit hohen Ausbeuten erhalten wurden. Die Synthese von 5-Iodo-cytidin erfolgte aus Cytidin, insbesondere durch die Iodierung mit Iod, Iodsäure in Essigsäure und Tetrachlorkohlenstoff. Die einzige Möglichkeit, dass das Nitroxid eine Orientierung innerhalb der minor groove annimmt, war die Derivatisierung am C2 der Purine. Der Austausch von Iodo gegen eine Aminofunktion für Guanosin war wegen des Verschwindens einer potentiellen Wasserstoffbrücke ungünstig, im Gegensatz zu Adenosin. Die Synthese von 2-Iodo-adenosin-phosphoramidit wurde durchgeführt, wobei die Amino-Gruppe am C2 eines modifizierten Guanosins durch Iod mittels einer radikalischen Reaktion mit Iod, Iodmethan und Kupferiodid substituiert wurde. Die Synthese von 7-Deaza-adenosin (7-Iodo-tubercidin) und von 7-Deaza-guanosin wurde durch eine Lewissäure katalysierte Vorbrüggen-Glykosylierung zwischen der geschützen Nukleobase und der acetylierten Ribofuranose erzielt. Die Iodierung erfolgte für das geschützte Tubercidin mit N-Iodsuccinimid, während sie für Guanosin trotz zahlreicher Versuche leider scheiterte. Da natürlich vorkommende DNA und RNA nicht paramagnetisch sind, müssen sie durch die Einführung eines Spinlabels EPR-fähig gemacht werden. Dafür wurde das Spinlabel TPA ausgewählt, da es sich mit einer hohen Stabilität und Starrheit auszeichnet. Dafür wurde zuerst die Palladium(II) katalysierte Sonogashira-Kupplung in DNA-Strängen wärend der Oligonukleotidsynthese für 5-Iodo-desoxy-uridin optimiert: Sehr reine Proben mit einem oder zwei Spinlabels in einem Strang konnten hergestellt werden. Diese Methode wurde anschließend erfolgreich auf RNA mit geringfügigen Änderungen für U, C und A übertragen, um die Ausbeute der Kupplung zu verbessern. Die benutzte Chemie hat sich als entscheidend erwiesen, da es zu berücksichtigen gilt, wie sich die Reagenzien, die bei der RNA-Festphasensynthese eingesetzt werden, auf das Spinlabel auswirken. Es wurde festgestellt, dass die Oxidationsstufe des klassischen TBDMS-Festphasenzyklus mit Iod, Pyridin und Wasser für die Reduktion eines beträchtlichen Teils des Nitroxids verantwortlich ist, insbesondere im Falle von 2-Iodo-adenosin. Deshalb wurde beschlossen, die patentierte ACE-Chemie zu verwenden, in der das Phosphor-Atom während des Festphasenzyklus mit tert-Butylperoxid in Toluol oxidiert wird. Die Synthese der geeigneten Bausteine wurde hierfür durchgeführt, 5-Iodo-uridin-phosphoramidit ist bei Dharmacon kommerziell erhältlich. Leider scheiterte die Synthese von 7-Iodo-tubercidin-phosphoramidit auf der Stufe der Einführung des Orthoesters. Auf diese Weise wurden sehr reine doppelgelabelte DNA und RNA Duplexe erhalten, deren Stabilität durch UV-Spektroskopie überprüft wurde. Der Unterschied in den Tm-Werten überstieg nicht 3,2°C für DNA und 5,1°C für RNA im Vergleich zu den unmodifizierten Duplexen. CD-Spektren wurden ebenso aufgenommen und zeigten, dass die B- bzw. A-Form erhalten blieb. In Zusammenarbeit mit dem Arbeitskreis Prisner wurden die Abstände zwischen den zwei Nitroxiden in den synthetisierten fünf DNA- und sechs RNA-Duplexen mit Puls-Elektron-Doppel-Resonanz (PELDOR) gemessen. Diese experimentellen Werte wurden mit den theoretischen Werten verglichen, die mit Molecular Dynamics Simulationen erhalten wurden (Arbeitskreis Stock). Die mit beiden Methoden erhaltenen Ergebnisse stimmen überein. Erfolgreich wurde auch die Synthese von reinen spingelabelten biologisch relevanten RNAs wie TAR-RNA, der vier-Wege Kreuzung IIIa,b,c des Hepatitis C Virus und dem U4-U6 Komplex des Spleißosoms im Rahmen dieser Arbeit durchgeführt. Die größte synthetisierte RNA betrug 65 Nukleobasen. Leider konnten wegen zu hoher Flexibilität oder nicht richtiger Faltung der RNA keine definierten Abstände gefunden werden.
This paper discusses the implications of transnational media production and diasporic networks for the cultural politics of migrant minorities. How are fields of cultural politics transformed if Hirschmann’s famous options ‘exit’ and ‘voice’ are no longer constituting mutually exclusive responses to dissent within a nation-state, but modes of action that can combine and build upon each other in the context of migration and diasporic media activism? Two case studies are discussed in more detail, relating to Alevi amateur television production in Germany and to a Kurdish satellite television station that reaches out to a diaspora across Europe and the Middle East. Keywords: migrant media, transnationalism, Alevis, Kurds, Turkey, Germany
Markt- und wettbewerbsorientierte Reformstrategien in den Krankenhaussystemen zahlreicher Industrieländer haben Befürchtungen vor einer kommerzialisierten Krankenhausversorgung hervorgebracht. Dieser Beitrag unterbreitet einen analytischen Interpretationsrahmen zur Erklärung der internationalen Verbreitung dieser Reformstrategien und versucht die behaupteten negativen Effekte von Kommerzialisierungsprozessen auf Versorgungsqualität und Zugänglichkeit zu untersuchen. Gestützt auf einen Vergleich eines idealtypischen Kommerzialisierungsmodells mit dem institutionellen und organisatorischen Wandel im deutschen Krankenhaussystem kommt der Beitrag zu dem Schluss, dass Kommerzialisierungsprozesse in der Krankenhausversorgung bislang noch begrenzt sind. Obwohl ein markt- und wettbewerbsbasierter Umbau der Governancestrukturen zu beobachten ist und Krankenhäuser zu einer Kommerzialisierungsstrategie gedrängt werden, lässt sich aufgrund einer unzureichenden Daten- und Forschungslage bislang nicht empirisch feststellen, ob die Kommerzialisierungsprozesse zu einer Verschlechterung der Qualität und Zugänglichkeit der Krankenhausversorgung geführt haben.
Zusammenfassung - Das Kernanliegen des KredReorgG –die Internalisierung des systemischen Risikos in den Entscheidungsprozess und die Verantwortlichkeit von Bankeignern und –gläubigern – wird im Wesentlichen erreicht. - Die Wirksamkeit des Gesetzes steht und fällt mit der Möglichkeit, jede Bank in systemisch relevante (zu rettende) und systemisch nicht-relevante (abzuwickelnde) Teile zu zerlegen. Dieser Ansatz ist Ziel führend und international „state of the art“ (Bsp. UK). - Unsere Hauptkritik: Um die o.g. Wirksamkeit des Gesetzes überhaupt zu ermöglichen (und eine Unterlaufung der Gesetzesintention zu verhindern), bedarf es einer zusätzlichen und zwingenden Vorgabe, dass jede Bank eine Mindestmenge an Anleihen außerhalb des Kern-Finanzsektors dauerhaft platzieren muss, und dass diese Anleihen zu keinem Zeitpunkt von Banken erworben werden dürfen. - Um dies zu erreichen sind die Anlagevorschriften für Kapitalsammelstellen (Lebensversicherer, Pensionsfonds) und für Banken entsprechend zu ändern bzw. zu verschärfen. - Weitere Kritikpunkte betreffen die vermutete geringe Bedeutung der freiwilligen Verfahren (Sanierung und Reorganisation) und die Gestaltung der Sonderabgabe und der Restrukturierungsfonds.
Nationales Stigma und persönliche Schuld : die Debatte über Kollektivschuld in der Nachkriegszeit
(2009)
Statt die Kollektivschulddebatte der Nachkriegszeit als Abwehr eines nicht erhobenen Vorwurfes zu verurteilen, wird hier vorgeschlagen, im von den Zeitgenossen als Kollektivschuld bezeichneten Phänomen ein nationales Stigma zu sehen. Darunter wird der Ehr- und Ansehensverlust verstanden, der aus den von Deutschen begangenen Verbrechen resultierte. Der mythologisch-archaische Begriff Stigma liefert zugleich einen Schlüssel zur Analyse der Reaktion auf deutscher Seite. Beobachtet wurden Leugnen und Beschweigen als Versuche der Abwehr des Stigmas, das ja durch das Aussprechen und Sichtbarmachen der Verbrechen entsteht. Diesem archaischen Verhaltensmuster wird ein christlich-psychoanalytisches gegenübergestellt, das umgekehrt im Benennen und Bekennen der Schuld den ersten Schritt zur Heilung bzw. Erlösung durch Vergebung sieht.
Die Entwicklung des Verständnisses von globaler Ordnung ist eng mit der Etablierung dessen verbunden, was in den Internationalen Beziehungen gemeinhin als „Westfälisches Staatensystem“ bezeichnet wird. Der Abschluss der Westfälischen Friedensverträge im Jahr 1648, die den Beginn einer auf rechtlicher Gleichheit und Selbstbestimmung basierenden internationalen Ordnung in Europa markieren sollen, wird dabei häufig auch als ein zentraler Meilenstein in der Entstehung der spezifischen politischen Praxis „Außenpolitik“ verstanden. Deren konstitutives Merkmal wird insbesondere im Konzept der „Souveränität“ verortet, eine befähigende Eigenschaft politischer Akteure, frei von Fremdeinfluss in einem größeren Kontext unter Herstellung von Innen-/Außen-Grenzen handeln zu können. Somit ist dieser Begriff einer der Grundprämissen, die in der Vorstellung eines „internationalen Systems“ zum Ausdruck kommt, in dem „souveräne“ Akteure in Beziehungen zu anderen „souveränen“ Akteuren treten – also „Außenpolitik“ betreiben. Nun ist die Denkfigur des Westfälischen Staatensystems bereits aus mehreren disziplinären Perspektiven heraus kritisiert worden, dennoch scheint die Vorstellung eines Systems souveräner Nationalstaaten beachtliche Standfestigkeit zu beweisen. Das Westfälische Staatenmodell – mit seinem „master concept“ Souveränität - verbindet das Konzept von politischer Autorität mit Territorialität und Gruppe und stellt somit ein einschlägiges wie analytisch handliches Ordnungsprinzip internationaler Beziehungen bereit. Oder in Stephen Krasners Worten: „it orders the minds of the policy-makers“.
On the backdrop of the 2008 financial crisis this paper introduces an understanding of societal crises as a reduction in the meaning production of social entities, which can either be internally or externally provoked. The emergence of constitutions and, more generally, constitutional structures, can be understood as responses to both forms of crisis. This is the case because they are double-edged structures which are simultaneously oriented towards the maintenance of internal order and stability within a given social entity at the same time as they frame the transfer of the meaning components between the social entities and their environments. Thus, the 2008 financial crisis indicates a failure of constitutional bonding. When observed from an overall structural perspective, the reasons for this failure can be traced back to an increased discrepancy between the structural composition of world society and the constitutional structures in place. The crisis reflects a failure to respond to two simultaneous, inter-related and mutually re-inforcing structural transformations. First, there is the increased globalisation, which has led to massive dis-locations in the relative centrality of the different national configurations for the reproductive processes of functional systems. Second, there is a structural transformation of the transnational layer of world society through a reduced reliance on the centre/periphery differentiation and an increased reliance on functional differentiation. One of the many consequences of this development is the emergence of new forms of transnational law and politics. A new constitutional architecture which reflects these transformations is needed in order to ensure an adequate constitutional bonding of economic processes, as well as of other social processes.
Background: Haemostasis in liver surgery remains a challenge despite improved resection techniques. Oozing from blood vessels too small to be ligated necessitate a treatment with haemostats in order to prevent complications attributed to bleeding. There is good evidence from randomised trials for the efficacy of fibrin sealants, on their own or in combination with a carrier material. A new haemostatic device is Sangustop(R). It is a collagen based material without any coagulation factors. Pre-clinical data for Sangustop(R) showed superior haemostatic effect. This present study aims to show that in the clinical situation Sangustop(R) is not inferior to a carrier-bound fibrin sealant (Tachosil(R)) as a haemostatic treatment in hepatic resection. Methods: This is a multi-centre, patient-blinded, intra-operatively randomised controlled trial. A total of 126 patients planned for an elective liver resection will be enrolled in eight surgical centres. The primary objective of this study is to show the non-inferiority of Sangustop(R) versus a carrier-bound fibrin sealant (Tachosil(R)) in achieving haemostasis after hepatic resection. The surgical intervention is standardised with regard to devices and techniques used for resection and primary haemostasis. Patients will be followed-up for three months for complications and adverse events. Discussion: This randomised controlled trial (ESSCALIVER) aims to compare the new collagen haemostat Sangustop(R) with a carrier-bound fibrin sealant which can be seen as a "gold standard" in hepatic and other visceral organ surgery. If non-inferiority is shown other criteria than the haemostatic efficacy (e.g. costs, adverse events rate) may be considered for the choice of the most appropriate treatment. Trial Registration: NCT00918619
Current theories of schizophrenia suggest that the pathophysiology of the disorder may be the result of a deficit in the coordination of neural activity within and between areas of the brain, which may lead to impairments in basic cognitive functions such as contextual disambiguation and dynamic grouping (Phillips and Silverstein, 2003). This notion has been supported by recent studies showing that patients with schizophrenia are characterized by reduced synchronous, oscillatory activity in the gamma-frequency band during sensory processing (Spencer et al. 2003, Green et al. 2003, Wynn et al. 2005). However, it is currently unclear to what extent high-frequency gamma-band oscillations (> 60 Hz) contribute to impaired neural synchronization as research has so far focussed on gamma-band oscillations between 30 and 60 Hz. In addition, it is not known whether deficits in high-frequency oscillations are already present at the onset of the disorder and to what extent reductions may be related to the confounding influence of antipsychotic medication. Finally, the neural generators underlying impairments in synchronous oscillatory activity in schizophrenia have not been investigated yet. To address these questions, we recorded MEG activity during a visual closure task (Mooney faces task) in medicated chronic schizophrenia patients, drug-naive first-episode schizophrenia patients and healthy controls. MEG data were analysed for spectral power between 25 and 150 Hz, and beamforming techniques were used to localize the sources of oscillatory gamma-band activity. In healthy controls, we observed that the processing of Mooney faces was associated with sustained high-frequency gamma-band activity (> 60 Hz). A time-resolved analysis of the neural generators underlying perceptual closure revealed a network of distributed sources in occipito-temporal, parietal and frontal regions, which were differentially activated during specific time intervals. In chronic schizophrenia patients, we found a pronounced reduction of high-frequency gamma-band oscillatory activity that was accompanied by an impairment in perceptual organization and involved reduced source power in various brain regions associated with perceptual closure. First-episode patients were also characterized by a deficit in high-frequency gamma-band activity and reductions of source power in multiple areas; these impairments, however, were less pronounced than in chronic patients. Regarding behavioral performance, first-episode patients were not impaired in their ability to detect Mooney faces, but exhibited a loss in specificity of face detection. In conclusion, our results suggest that schizophrenia is associated with a widespread reduction in high-frequency oscillations that indicate local network abnormalities. These dysfunctions are independent of medication status and already present at illness onset, suggesting a possible progressive deficit during the course of the disorder.
Die fragmentierte Verrechtlichung des internationalen Raums, die Proliferation von Regelungsarrangements jenseits des Staates und die Diffusion globaler Normen sowie die daraus resultierenden Geltungs-, Kompetenz- und Autoritätskonflikte sind seit geraumer Zeit ein in der sozialwissenschaftlichen Literatur viel diskutiertes Phänomen. Überlappungen von nationalen Regierungssystemen und von im Völkerrecht verankerten klassischen internationalen Regimen existieren seit der Schaffung des Westfälischen Staatensystems.In jüngerer Zeit verstärkte sich der Pluralismus normativer Ordnungen jedoch global durch neuartige Typen von Regelungsarrangements jenseits des Staates. Auch unter den zwischenstaatlich geschaffenen internationalen Institutionen finden sich solche, die autonome Handlungs- und Entscheidungskompetenzen zugesprochen bekommen haben und diese als Akteure mit eigener Subjektivität ausüben. Hinzu kommt eine immer stärkere Aufnahme von „behind the border issues“ in den Aufgabenkatalog dieser Regime und Organisationen (Zürn 2004). Diese Entwicklungen führen zu einem neuen Grad an Kontestation und Umstrittenheit globaler normativer Ordnungen. Weder die Herstellung einer einheitlichen globalen normativen Ordnung noch eine Re-Nationalisierung des Rechts erscheinen heute als realistische Zukunftsprognosen. Umso wichtiger ist es daher, sich mit den Auswirkungen dieses Pluralismus’ normativer Ordnungen zu beschäftigen.
Die im Rahmen dieser Arbeit durchgeführten Untersuchungen führten zu folgenden Ergebnissen: 1. Eindimensionale Gelelektrophoresen Die Analyse mitochondrialer Proteine aus juvenilen und seneszenten P. anserina-Wildstämmen mit Hilfe von eindimensionalen SDS- und eindimensionalen Blau-Nativen-Gelelektrophoresen zeigt keine deutlichen, seneszenzspezifischen Unterschiede. Im Gegensatz dazu werden in initialen Versuchen der nicht-radioaktiven 2D-PAGE differentiell gebildete Proteine visualisiert. 2. 2D-PAGE mit radioaktiv-markierten, mitochondrialen Proteinen aus jungen und alten P. anserina-Wildstämmen In der ungerichteten Proteomanalyse wurden 29 differentiell-gebildete Proteine identifiziert und zusätzlich zahlreiche Isoformen einiger Proteine gezeigt. Von der ß-ATPase wurden modifizierte Isoformen gefunden. Außerdem wurde eine seneszenspezifisch verringerte Bildung von ROS-Abwehr-Proteinen in den Mitochondrien detektiert. Im Gegensatz dazu wurde eine größere Menge eines Chaperons gefunden, das bei der Proteinsynthese eine Rolle spielt: eine Protein-Disulfid-Isomerase, die die Umlagerung und Neubildung von Di-Sulfid-Brücken bei der Faltung von Proteinen katalysiert. Zusätzlich wurde eine erhöhte Menge des Proteins SSC1 identifiziert. Dieses gehört zur Hsp70-Hitzeschock-Proteinfamilie. Es wurde ebenfalls eine erhöhte Menge des Apoptosefaktors Cyclophilin D in den mitochondrialen Proben aus den seneszenten Wildstämmen identifiziert. Die Identifizierung dieses Proteins in Mitochondrien von P. anserina stellt neben der Charakterisierung der Metacaspasen (Hamann et al., 2007) einen weiteren Ansatzpunkt für die Apoptoseforschung in P. anserina dar. Die molekularbiologische Analyse dieses Proteins wurde aufgrund dieser Proteomanalyse im Arbeitskreis aufgenommen (Dissertation D. Brust). Ein weiteres Protein, das in stark erhöhter Menge in den Proteinisolaten identifiziert wurde, ist PaMTH1. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wurden die Struktur und die Funktion dieser neu identifizierten differentiell-gebildeten Methyltransferase während der Alterung in P. anserina mit Hilfe molekularbiologischer, biochemischer und physiologischen Analysen untersucht. 3. Charakterisierung von PaMTH1 Im Rahmen von Northernblot-Analysen wurde gezeigt, dass die PaMth1-Transkriptmenge in drei unabhängigen alten Wildstämmen im Vergleich zu den entsprechenden jungen Wildtsämmen deutlich erhöht ist. In einer Westernblot-Analyse von Gesamtproteinen und Mitochondrien aus jungen und seneszenten Wildstämmen wird der seneszenzspezifische Anstieg der Proteinmenge verifiziert. Die genauere Einordnung von PaMTH1 in die Klasse I der Methyltransferasen und die Ergebnisse der Analyse der Substratspezifizität geben einen Hinweis auf eine Schutzfunktion durch die Verhinderung einer ROS-Entstehung unter der Beteiligung von Substanzen mit einer Catecholgruppe. Die Ergebnisse der Analyse der Modulation der PaMth1-Expression in P. anserina deuten ebenfalls auf eine Schutzwirkung von PaMTH1 hin: PaMth1-Überexpressionsstämme zeigen eine verbesserte Wuchsrate auf stress-induzierenden Medien, weniger carbonylierte Proteine und vor allem eine verlängerte Lebensspanne ohne physiologische Nachteile im Vergleich zum Wildstamm. Dagegen lebt die PaMth1-Deletionsmutante kürzer und wächst schlechter auf ROS-induzierenden Medien, sie zeigt allerdings keine erhöhte Menge von carbonylierten Proteinen im eindimensionalen „Oxyblot“. Die beobachtete Lebensspannenverkürzung der PaMth1-Deletionsmutante wird jedoch durch die Reversion dieser Stämme wieder aufgehoben, sodass die Hypothese des Schutzes vor der ROS-Generierung durch die Methylierung von Dihydroxylgruppen anhand der erhaltenen Daten unterstützt wird.
Dessins d'enfants (children's drawings) may be defined as hypermaps, i.e. as bipartite graphs embedded in compact Riemann surfaces. They are very important objects in order to describe the surface of the embedding as an algebraic curve. Knowing the combinatorial properties of the dessin may, in fact, help us determining defining equations or the field of definition of the surface. This task is easier if the automorphism group of the dessin is "large". In this thesis we consider a special type of dessins, so-called Wada dessins, for which the underlying graph illustrates the incidence structure of points and of hyperplanes of projective spaces. We determine under which conditions they have a large orientation-preserving automorphism group. We show that applying algebraic operations called "mock" Wilson operations to the underlying graph we may obtain new dessins. We study the automorphism group of the new dessins and we show that the dessins we started with are coverings of the new ones.
The concept of embeddedness plays a central role in the segment of economic sociology and social theory which is inspired by the works of Karl Polanyi. But to the extent that embeddedness is understood in a substantialist manner, implying the existence of a unitary lifeworld, the desire for embeddedness is an impossible aspiration under modern conditions. Throughout the modern era it is however possible to observe the emergence of complex societal stabilization mechanisms, which serve as substitutes to traditional forms of embeddedness. The emergence of function specific cultures, in the form of, for example, legal, political and scientific cultures, establishing a ‘second nature’ in the Hegelian sense, is one example of this. Other examples are (neo-)corporatist institutions which fulfilled a central stabilising role in classical modernity and the kind of network based governance arrangements which fulfil a similar position in today’s radicalised modernity.
Der vorliegende Beitrag versucht in Grundzügen zwei große thematische und theoretische Stränge zu bearbeiten, die im Begriff der Positiven Generalprävention miteinander verwoben sind. Der eine Strang kann dabei nicht mehr leisten, als erst einmal eine Ahnung von den Herausforderungen zu vermitteln, die das Völkerstrafrecht und seine Kriminologie an die im nationalen Strafrecht geläufigen Strafzwecke stellt; der andere Strang arbeitet dann ausführlicher kriminologisch, rechts- und normentheoretisch heraus, was das Völkerstrafrecht mit seinem Verfahren und seinen Sanktionen - immer gemessen an seinen eigenen immanenten und teilweise noch impliziten Ansprüchen - an expliziten Rechtswirkungen jedenfalls dann anstreben muss, wenn es, wie das nationalstaatliche Strafrecht auch, ein dezidiert präventiv ausgerichtetes Schuldstrafrecht sein und bleiben möchte. Beide Stränge treffen sich schließlich in der Überlegung, dass das Völkerstrafecht in vielfacher, hier dann auch näher erläuterter Weise eine „neue Form“ von Strafrecht ist, dessen Zweckbestimmung sich zwar der teleologischen Semantik des nationalen Strafrechts bedienen darf, die aber aus der Natur seines Gegenstandes heraus etwas ganz anderes und auch Neues bedeuten muss.
Leukotrienes (LTs) are pro-inflammatory lipid mediators that belong to the group of eicosanoids, which are oxygenated metabolites of one common precursor, the aracidonic acid (AA). This polyunsaturated fatty acid is esterified at the sn-2 position of cellular membrane phospholipids and can be released by cytosolic phospholipase A2 alpha (cPLA2alpha) enzymatic deacylation. AA can be converted into LTs by the catalytic reaction of 5-lipoxygenase (5-LO). Enzymatic activation of cPLA2alpha as well as of 5-LO is regulated by similar determinants. In response to cellular stimuli that elevate the intracellular Ca2+ level and/or activate MAP kinase pathways, cPLA2alpha and 5-LO comigrate from a soluble cell compartment (mainly the cytosol) to the nuclear membrane, where AA is released und converted into LTs. LTs play a significant role in promoting inflammatory reactions and immune processes. They have been shown to be released from leukocytes in response to bacterial and viral infections and substantially contribute to an effective immune reaction for host defense. Innate immune pathogen recognition is mediated to a substantial part by the Toll-like receptor (TLR) family. So far, 10 human TLR subtypes have been identified, all of which detect distinct highly conserved microbial structures and trigger the induction of signaling pathways that lead to the expression of numerous immune and inflammatory genes. TLR signaling culminates in the activation NF-kappaB and/or MAP kinases, which as well are known to be involved in the regulation of cellular LT biosynthesis. In this regard, it seemed conceivable that the release of LTs might be regulated by TLR activation. Present studies were undertaken in order to verify and characterize a possible influence of TLR activation on the LT biosynthesis, and furthermore to identify the involved signaling pathways and underlying mechanisms. First experiments revealed that pre-incubation of differentiated Mono Mac 6 (MM6) cells with a TLR4 ligand, a TLR5 ligand, as well as with different TLR2 ligands led to an about 2-fold enhancement of Ca2+ ionophore induced LT biosynthesis. Ligands of other TLR subtypes did not show any influence. These observations could also be confirmed in primary human monocytes stimulated with ionophore or fMLP. With focus on TLR2 ligands, further studies were carried out to characterize the observed enhancement of LT biosynthesis in MM6 cells. It was demonstrated that the extent of LT formation was dependent on the ligand concentration used, but was also dependent on the duration of pre-incubation. Ligand pre-incubation of 15 minutes was optimal to maximally enhance LT formation and further prolongation of pre-incubation decreased LT formation again. Moreover, simultaneous addition of TLR2 ligands with ionophore did also not enhance LT formation. These results indicated that TLR2 ligands seemed to prime human monocytes for an enhanced response upon ionophore stimulation, but did not act as costimuli, which per se were not capable of directly stimulating the biosynthesis of LTs. To analyze the underlying mechanism, the impact of TLR2 ligands on the two key enzymes of the LT biosynthesis pathway, cPLA2alpha and 5-LO, was investigated. In this regard, 5-LO could not been shown to be positively regulated by TLR ligand priming. Neither a direct stimulation, nor an enhancement of 5-LO activity by TLR ligands was detectable in MM6 cells. Similarly, TLR2 ligands did also not enhance ionophore induced 5-LO translocation to the nuclear membrane. However, it was shown that TLR2 ligands enhanced ionophore induced release of AA in MM6 cells, which occurred with a similar time course as LT formation, displaying a maximum at 10 minutes of pre-incubation. A direct stimulation of AA release, however, could not been detected. Inhibitor studies revealed cPLA2alpha to be essential for AA release in TLR2 ligand primed, ionophore stimulated MM6 cells, but also sPLA2 was found to be involved. However, the priming effect of TLR2 ligands was mediated exclusively by cPLA2alpha. Western Blot analyses revealed that p38 MAP kinase, as well as ERK1/2, are activated in MM6 cells in response to TLR2 ligands, and also Ser-505 phosphorylation of cPLA2alpha was detected, which is known to be mediated by MAP kinases and to increase cPLA2alpha activity in vitro. Maximal cPLA2alpha phosphorylation occurred after 5-10 minutes of TLR2 ligand incubation, slightly preceding maximal AA release at 10 minutes and maximal LT formation at 15 minutes of priming. The combined use of a specific p38 MAPK inhibitor with an inhibitor of the ERK1/2 signaling pathway resulted in a complete prevention of cPLA2alpha phosphorylation and TLR2 ligand mediated enhancement of AA release. Thus, both MAPK pathways seem to play a role for TLR2 ligand mediated priming effects on the release of AA. An impact of other kinases such as Mnk-1 and CamKII, which can also regulate cPLA2alpha by phosphorylation, was excluded. Finally, an anti-hTLR2 antibody significantly reduced enhanced AA release, confirming the priming effects to be dependent on TLR2 activation. In summary, it was concluded that the increase of LT biosynthesis by TLR2 ligand priming is considerably due to an enhanced cellular AA supply, which arises from a MAPK mediated phosphorylation and up-regulation of cPLA2alpha. TLR dependent enhancement of LT biosynthesis represents an interesting link between activation of innate immune receptors and the rapid formation of pro-inflammatory lipid mediators. On the one hand, this support the role of LTs in host defence and infectious diseases, but may also be relevant in pathophysiological processes, which involve TLRs as well as LTs, as it has been shown for the pathogenesis of atherosclerosis or allergic diseases.
Der Fokus der Dissertation liegt auf der Betrachtung von Items zur Messung von fremdsprachlichem Leseverständnis in verschiedenen europäischen Ländern. Insbesondere wird der Einfluss unterschiedlicher Testkulturen auf die internationale Vergleichbarkeit und Validität dieser Items analysiert. Haupthypothese der Arbeit ist, dass sich Differentielle Item Funktionen (DIF, z.B. Holland & Wainer, 1993), eine durch Gruppenzugehörigkeit verursachte Varianz der Itemschwierigkeit, durch unterschiedliche Profile von Stärken und Schwächen von Gruppen im Hinblick auf sprachliche Teilaspekte vorhersagen lassen sollten. Dem liegt die Annahme zugrunde, dass in unterschiedlichen Bildungskulturen unterschiedliche Schwerpunkte bezüglich der unterrichteten sprachlichen Teilaspekte existieren. Ferner wird angenommen, dass sich dies auf den in einem Land konstruierten Testitems abbilden sollte, indem bestimmte schwierigkeitsbestimmende Charakteristika eines Items (z.B. Schwierigkeit von Vokabular/ Grammatik) mehr oder weniger häufig bei der Itemkonstruktion verwendet wurden. Signifikante Unterschiede dahingehend bei in unterschiedlichen Ländern konstruierten Items sollte demzufolge auf unterschiedliche testkulturelle Profile von Ländern hinweisen. Die Hauptfragestellung der Arbeit lautet: „Existiert ein Zusammenhang zwischen Differentiellen Item Funktionen und Indikatoren nationaler Testkulturen bei Aufgaben zur Messung des fremdsprachlichen Leseverständnissen in englischer und deutscher Sprache?“ Die Analysen wurden am Datensatz der europäischen EBAFLS-Studie (European Bank of Anchor Items for Foreign Language Skills; Fandel et al., 2007) durchgeführt. Im Rahmen der Studie wurden Daten an ca. 10.500 Schülern der 9.-11. Klasse in acht europäischen Ländern in den Sprachen Englisch, Deutsch und Französisch erhoben; die verwendeten Testitems stammten aus den verschiedenen Teilnehmerländern. Experten ordneten die Items hinsichtlich der verschiedenen Itemcharakteristika mit Hilfe des Kategorisierungsinstruments „Dutch Grid“ (Alderson et al., 2006) ein. Für diese Dissertation wurden die EBAFLS Items und Datensätze zur Messung des fremdsprachlichen Leseverständnissen für Englisch (Länder: Frankreich, Deutschland, Spanien, Ungarn) und Deutsch (Länder: Frankreich, Niederlande, Ungarn, Schweden) verwendet. In einem ersten Auswertungsschritt wurden zunächst für die Analysen notwendige Voraussetzungen überprüft: die Rasch-Skalierbarkeit der Items innerhalb der Länder, die Anzahl signifikanter DIF-Parameter zwischen den einzelnen Länderpaarungen, sowie das Vorhandensein unterschiedlicher testkultureller Profile der Teilnehmerländer im Sinne unterschiedlich häufig vorkommender Itemcharakteristika bei den in den unterschiedlichen Ländern konstruierten Items. Es zeigte sich, dass diese Voraussetzungen als gegeben angesehen werden konnten. Des Weiteren wurden anhand der unterschiedlichen testkulturellen Profile Hypothesen hinsichtlich der zu erwartenden Stärken und Schwächen der einzelnen Länder im Hinblick auf Items mit bestimmten kognitiv-linguistischen Charakteristika formuliert. Im zweiten Analyseschritt zeigten sich innerhalb aller Länder korrelative Zusammenhänge zwischen den ausgewählten Itemcharakteristika und der Itemschwierigkeit. Somit konnten die Itemcharakteristika auch für weitere Analysen, d.h. zur Erklärung von Unterschieden der Itemschwierigkeiten zwischen den Ländern, verwendet werden. Im dritten Auswertungsschritt wurden zunächst paarweise DIF-Parameter (zw. jeweils 2 Ländern) berechnet. Zur Analyse von Zusammenhängen zwischen DIF und den Itemcharakteristika wurden dann die Itemcharakteristika mit den DIF-Parametern korreliert sowie im Rahmen einer multiplen Regression als Prädiktoren für DIF eingesetzt. Die Korrelationen lagen zwischen r = -.47 und r = .47. Dabei bedeutet eine negativer Zusammenhang, dass dieses Item aus Sicht der Fokusgruppe eine im Vergleich zur Referenzgruppe niedrigere Itemschwierigkeit aufweist, und somit ein Zusammenhang zwischen einem Itemmerkmal und für diese Gruppe vorteilhaften DIF besteht, bzw. umgekehrt. In einem letzten Schritt wurde überprüft, inwieweit die Richtung der gefundenen Zusammenhänge mit den testkulturellen Profilen einhergeht. Kommt ein Itemmerkmal bei den Items der Fokusgruppe signifikant häufiger vor als beiden Items der Referenzgruppe, sollte dies mit einem negativen, d.h. vorteilhaften, Zusammenhang zwischen diesem Itemmerkmal und DIF einhergehen und umgekehrt. Es zeigte sich, dass 23 von 29 (Englisch) bzw. 25 von 34 (Deutsch) signifikanten Korrelationen ihrer Richtung nach den aufgrund der Testkultur aufgestellten Hypothesen entsprachen. Ferner konnte zwischen 21% und 49% der DIF-Varianz anhand von Prädiktoren erklärt werden, die ihrer Richtung nach den aufgrund der testkulturellen Profile gemachten Annahmen entsprachen. Die Hauptannahme, dass ein Zusammenhang zwischen Differentiellen Item Funktionen und Testkulturen existiert, konnte somit insgesamt beibehalten werden.
Genes coding for membrane proteins make up 25%-30% of the genome in most organisms. Membrane proteins play an important role in cell functioning and their importance is enhanced by the fact that a large number of drugs are targeted at membrane proteins. Paradoxically, experimentally determined structures of membrane protein correspond to only about 1.7% of protein structures deposited in the protein data bank (PDB). This is largely due to the fact that membrane proteins are difficult to deal with owing to their amphipathic nature. The low abundance of membrane proteins in native tissue makes heterologous overexpression of these genes a necessity. This thesis work aimed at heterologous production of several secondary active transporter proteins for structural and functional characterizations and establishing alternative strategies to overcome the obstacles associated with heterologous overproduction. Four members of the heavy metal transporting cation diffusion facilitator (CDF) family from S. typhimurium and A. aeolicus were heterologously overproduced in E. coli and functionally characterized by an in vivo complementation assay using the zinc transport deficient E. coli GG48 strain. Out of these four, Aq_2073 from A. aeolicus was produced in large scale with substantial yield and purity sufficient to carry out structural studies. After extensive stability studies with different detergents, pHs and temperatures, the protein was subjected to 3D and 2D crystallization trials. Several C- terminal truncated constructs were made and the simultaneous crystallization screenings were carried out. These resulted in initial needle like crystals in 3D crystallization trials or optimum sized vesicles with crystalline patches in 2D crystallization trials but no obvious crystal. The protein showed significant increase in melting temperature in the presence of cadmium, when tested by differential scanning calorimetry. Another transporter, STM3880 of the potassium uptake permease (KUP) family from S. typhimurium, was heterologously overproduced in E. coli, purified by affinity chromatography, reconstituted into artificial liposome and functionally characterized by solid supported membrane based electrophysiology. In order to establish alternative expression strategies, continuous exchange cell free expression (CECF) of proteins from four different families was carried out. This method found to be aptly complementing the cell-based production approach. Targets from resistance to homoserine/threonine (RhtB) family not expressing in vivo could be expressed and purified using CECF. STM1781 of the sulfate permease (SulP) family was expressed, purified and characterized for stability while the cell-based production resulted in extensive degradation. PF0780 of multidrug/oligosaccharidyllipid/polysaccharide flippase (MOP) family was also purified to homogeneity and the stability was comparable to in vivo produced protein. Moreover, the effect of maltose binding protein (MBP) fusion at N-terminus on production and membrane integration was tested with three selected targets. The analysis revealed decreased yields in the presence of MBP if the protein had both termini in the cytoplasm. This work succeed in heterologously overproducing and establishing purification protocols for several secondary active transporters aiming at structural and functional characterization in a structural genomics framework. It also showed that integration of alternative strategies, like employing both cell-based and cell-free heterologous expression systems, expands the overall expression space coverage and in turn increases the chance of success of a structural genomics styled project.
In dieser Arbeit wird die Verteilung von zeitlich abhängigen Tasks in einem verteilten System unter den Gesichtspunkten des Organic Computing untersucht. Sie leistet Beiträge zur Theorie des Schedulings und zur selbstorganisierenden Verteilung solcher abhängiger Tasks unter Echtzeitbedingungen. Die Arbeit ist in zwei Teile gegliedert: Im ersten Teil werden Tasks als sogenannte Pfade modelliert, welche aus einer festen Folge von Aufträgen bestehen. Dabei muss ein Pfad ununterbrechbar auf einer Ressource ausgeführt werden und die Reihenfolge seiner Aufträge muss eingehalten werden. Natürlich kann es auch zeitliche Abhängigkeiten zwischen Aufträgen verschiedener Pfade geben. Daraus resultiert die Frage, ob ein gegebenes System S von Pfaden mit seinen Abhängigkeiten überhaupt ausführbar ist: Dies ist genau dann der Fall wenn die aus den Abhängigkeiten zwischen den Aufträgen resultierende Relation <A irreflexiv ist. Weiterhin muss für ein ausführbares System von Pfaden geklärt werden, wie ein konkreter Ausführungsplan aussieht. Zu diesem Zweck wird eine weitere Relation < auf den Pfaden eingeführt. Falls < auf ihnen irreflexiv ist, so kann man eine Totalordnung auf ihnen erzeugen und erhält somit einen Ausführungsplan. Anderenfalls existieren Zyklen von Pfaden bezüglich der Relation <. In der Arbeit wird weiterhin untersucht, wie man diese isoliert und auf einem transformierten Pfadsystem eine Totalordnung und damit einen Ausführungsplan erstellt. Die Größe der Zyklen von Pfaden bezüglich < ist der wichtigste Parameter für die Anzahl der Ressourcen, die für die Ausführung eines Systems benötigt werden. Deshalb wird in der Arbeit ebenfalls ausführlich untersucht, ob und wie man Zyklen anordnen kann, um die Ressourcenzahl zu verkleinern und somit den Ressourcenaufwand zu optimieren. Dabei werden zwei Ideen verfolgt: Erstens kann eine Bibliothek erstellt werden, in der generische Zyklen zusammen mit ihren Optimierungen vorliegen. Die zweite Idee greift, wenn in der Bibliothek keine passenden Einträge gefunden werden können: Hier erfolgt eine zufällige oder auf einer Heuristik basierende Anordnung mit dem Ziel, den Ressourcenaufwand zu optimieren. Basierend auf den theoretischen Betrachtungen werden Algorithmen entwickelt und es werden Zeitschranken für ihre Ausführung angegeben. Da auch die Ausführungszeit eines Pfadsystems wichtig ist, werden zwei Rekursionen angegeben und untersucht. Diese schätzen die Gesamtausführungszeit unter der Bedingung ab, dass keine Störungen an den Ressourcen auftreten können. Die Verteilung der Pfade auf Ressourcen wird im zweiten Teil der Arbeit untersucht. Zunächst wird ein künstliches Hormonsystems (KHS) vorgestellt, welches eine Verteilung unter Berücksichtigung der Eigenschaften des Organic Computing leistet. Es werden zwei Alternativen untersucht: Im ersten Ansatz, dem einstufigen KHS, werden die Pfade eines Systems direkt durch das KHS auf die Ressourcen zu Ausführung verteilt. Zusätzlich werden Mechanismen zur Begrenzung der Übernahmehäufigkeit der Pfade auf den Ressourcen und ein Terminierungs-mechanismus entwickelt. Im zweiten Ansatz, dem zweistufigen KHS, werden durch das KHS zunächst Ressourcen exklusiv für Klassen von Pfaden reserviert. Dann werden die Pfade des Systems auf genau den reservierten Ressourcen vergeben, so dass eine Ausführung ohne Wechselwirkung zwischen Pfaden verschiedener Klassen ermöglicht wird. Auch hierfür werden Methoden zur Beschränkung der Übernahmehäufigkeiten und Terminierung geschaffen. Für die Verteilung und Terminierung von Pfaden durch das einstufige oder zweistufige KHS können Zeitschranken angegeben werden, so dass auch harte Echtzeitschranken eingehalten werden können. Zum Schluss werden beide Ansätze mit verschiedenen Benchmarks evaluiert und ihre Leistungsfähigkeit demonstriert. Es zeigt sich, dass der erste Ansatz für einen Nutzer einfacher zu handhaben ist, da die benötigten Parameter sehr leicht berechnet werden können. Der zweite Ansatz ist sehr gut geeignet, wenn eine geringe Anzahl von Ressourcen vorhanden ist und die Pfade verschiedener Klassen möglichst unabhängig voneinander laufen sollen. Fazit: Durch die in dieser Arbeit gewonnenen Erkenntnisse ist jetzt möglich, mit echtzeitfähigen Algorithmen die Ausführbarkeit von zeitlich abhängigen Tasks zu untersuchen und den Ressourcenaufwand für ihre Ausführung zu optimieren. Weiterhin werden zwei verschiedene Ansätze eines künstlichen Hormonsystems zur Allokation solcher Tasks in einem verteilten System bereit gestellt, die ihre Stärken unter jeweils verschiedenen Randbedingungen voll entfalten und somit ein breites Anwendungsfeld abdecken. Für den Rechenzeitaufwand beider Ansätze können Schranken angegeben werden, was sie für den Einsatz in Echtzeitsystemen qualifiziert.
This dissertation consists of three essays, which study the relation between stock prices and the macroeconomy using vector autoregressions (VARs). The first essay focuses on the link between stock prices and the current account. I find that stock markets provide a channel, in addition to the traditional exchange rate channel, through which external balance for a country with a current account imbalance can be restored. The second essay explores the transmission of U.S. stock price shocks to real activity and prices in G-7 countries. I achieve identification by imposing a small number of sign restrictions on impulse responses, while controlling for monetary policy, business cycle and government spending shocks. The results suggest that stock price movements are important for fluctuations in G-7 real activity and prices, but do not qualify as demand side business cycle shocks. The third essay investigates the impact of monetary and technology shocks on the stock market. I find an important role for technology shocks, but not monetary shocks, in explaining variations in real stock prices. The identification method is flexible enough to study the effects of technology news shocks. The responses are consistent with the idea that news on technology improvements have an immediate impact on stock prices.
Plasticity supports the remarkable adaptability and robustness of cortical processing. It allows the brain to learn and remember patterns in the sensory world, to refine motor control, to predict and obtain reward, or to recover function after injury. Behind this great flexibility hide a range of plasticity mechanisms, affecting different aspects of neuronal communication. However, little is known about the precise computational roles of some of these mechanisms. Here, we show that the interaction between spike-timing dependent plasticity (STDP), intrinsic plasticity and synaptic scaling enables neurons to learn efficient representations of their inputs. In the context of reward-dependent learning, the same mechanisms allow a neural network to solve a working memory task. Moreover, although we make no any apriori assumptions on the encoding used for representing inputs, the network activity resembles that of brain regions known to be associated with working memory, suggesting that reward-dependent learning may be a central force in working memory development. Lastly, we investigated some of the clinical implications of synaptic scaling and showed that, paradoxically, there are situations in which the very mechanisms that normally are required to preserve the balance of the system, may act as a destabilizing factor and lead to seizures. Our model offers a novel explanation for the increased incidence of seizures following chronic inflammation.
Die Entwicklung des Verständnisses von globaler Ordnung ist eng mit der Etablierung dessen verbunden, was in den Internationalen Beziehungen gemeinhin als „Westfälisches Staatensystem“ bezeichnet wird. Der Abschluss der Westfälischen Friedensverträge im Jahr 1648, die den Beginn einer auf rechtlicher Gleichheit und Selbstbestimmung basierenden internationalen Ordnung in Europa markieren sollen, wird dabei häufig auch als ein zentraler Meilenstein in der Entstehung der spezifischen politischen Praxis „Außenpolitik“ verstanden. Deren konstitutives Merkmal wird insbesondere im Konzept der „Souveränität“ verortet, eine befähigende Eigenschaft politischer Akteure, frei von Fremdeinfluss in einem größeren Kontext unter Herstellung von Innen-/Außen-Grenzen handeln zu können. Somit ist dieser Begriff einer der Grundprämissen, die in der Vorstellung eines „internationalen Systems“ zum Ausdruck kommt, in dem „souveräne“ Akteure in Beziehungen zu anderen „souveränen“ Akteuren treten – also „Außenpolitik“ betreiben. Nun ist die Denkfigur des Westfälischen Staatensystems bereits aus mehreren disziplinären Perspektiven heraus kritisiert worden, dennoch scheint die Vorstellung eines Systems souveräner Nationalstaaten beachtliche Standfestigkeit zu beweisen. Das Westfälische Staatenmodell – mit seinem „master concept“ Souveränität - verbindet das Konzept von politischer Autorität mit Territorialität und Gruppe und stellt somit ein einschlägiges wie analytisch handliches Ordnungsprinzip internationaler Beziehungen bereit. Oder in Stephen Krasners Worten: „it orders the minds of the policy-makers“.
The physical and functional borders of transit peptide-like sequences in secondary endosymbionts
(2010)
Background: Plastids rely on protein supply by their host cells. In plastids surrounded by two membranes (primary plastids) targeting of these proteins is facilitated by an N-terminal targeting signal, the transit peptide. In secondary plastids (surrounded by three or four membranes), transit peptide-like regions are an essential part of a bipartite topogenic signal sequence (BTS), and generally found adjacent to a N-terminally located signal peptide of the plastid pre-proteins. As in primary plastids, for which no wealth of functional information about transit peptide features exists, the transit peptide-like regions used for import into secondary ones show some common features only, which are also poorly characterised. Results: We modified the BTS (in the transit peptide-like region) of the plastid precursor fucoxanthin-chlorophyll a/c binding protein D (FcpD) fused to GFP as model substrate for the characterisation of pre-protein import into the secondary plastids of diatoms. Thereby we show that (i) pre-protein import is highly charge dependent. Positive net charge is necessary for transport across the plastid envelope, but not across the periplastid membrane. Acidic net charge perturbs pre-protein import within the ER. Moreover, we show that (ii) the mature domain of the pre-protein can provide intrinsic transit peptide functions. Conclusions: Our results indicate important characteristics of targeting signals of proteins imported into secondary plastids surrounded by four membranes. In addition, we show a self-targeting mechanism, in which the mature protein domain contributes to the transit peptide function. Thus, this phenomenon lowers the demand for pre-sequences evolved during the course of endosymbiosis.
Within the visual cortex, it has been proposed that interhemispheric interactions serve to re-establish the continuity of the visual field across its vertical meridian (VM) by mechanisms similar to those used by intrinsic connections within a hemisphere. However, other specific functions of transcallosal projections have also been proposed, including contributing to disparity tuning and depth perception. Here, we consider whether interhemispheric connections modulate specific response properties, orientation and direction selectivity, of neurons in areas 17 and 18 of the ferret by combining reversible thermal deactivation in one hemisphere with optical imaging of intrinsic signals and single-cell electrophysiology in the other hemisphere. We found interhemispheric influences on both the strength and specificity of the responses to stimulus orientation and direction of motion, predominantly at the VM. However, neurons and domains preferring cardinal contours, in particular vertical contours, seem to receive stronger interhemispheric input than others. This finding is compatible with interhemispheric connections being involved in horizontal disparity tuning. In conclusion, our results support the view that interhemispheric interactions mainly perform integrative functions similar to those of connections intrinsic to one hemisphere. Key words: cooling deactivation , corpus callosum , ferret , optical imaging , orientation selectivity
Background: A number of the deeper divergences in the placental mammal tree are still inconclusively resolved despite extensive phylogenomic analyses. A recent analysis of 200 kbp of protein coding sequences yielded only limited support for the relationships among Laurasiatheria (cow, dog, bat and shrew), probably because the divergences occurred only within a few million years from each other. It is generally expected that increasing the amount of data and improving the taxon sampling enhance the resolution of narrow divergences. Therefore these and other difficult splits were examined by phylogenomic analysis of the hitherto largest sequence alignment. The increasingly complete genome data of placental mammals also allowed developing a novel and stringent data search method. Results: The rigorous data handling, recursive BLAST, successfully removed the sequences from gene families, including those from well-known families hemoglobin, olfactory, myosin and HOX genes, thus avoiding alignment of possibly paralogous sequences. The current phylogenomic analysis of 3,012 genes (2,844,615 nucleotides) from a total of 22 species yielded statistically significant support for most relationships. While some major clades were confirmed using genomic sequence data, the placement of the treeshrew, bat and the relationship between Boreoeutheria, Xenarthra and Afrotheria remained problematic to resolve despite the size of the alignment. Phylogenomic analysis of divergence times dated the basal placental mammal splits at 95–100 million years ago. Many of the following divergences occurred only a few (2–4) million years later. Relationships with narrow divergence time intervals received unexpectedly limited support even from the phylogenomic analyses. Conclusion: The narrow temporal window within which some placental divergences took place suggests that inconsistencies and limited resolution of the mammalian tree may have their natural explanation in speciation processes such as lineage sorting, introgression from species hybridization or hybrid speciation. These processes obscure phylogenetic analysis, making some parts of the tree difficult to resolve even with genome data.
It has often been proposed that regions of the human parietal and/or frontal lobe may modulate activity in visual cortex, for example, during selective attention or saccade preparation. However, direct evidence for such causal claims is largely missing in human studies, and it remains unclear to what degree the putative roles of parietal and frontal regions in modulating visual cortex may differ. Here we used transcranial magnetic stimulation (TMS) and functional magnetic resonance imaging (fMRI) concurrently, to show that stimulating right human intraparietal sulcus (IPS, at a site previously implicated in attention) elicits a pattern of activity changes in visual cortex that strongly depends on current visual context. Increased intensity of IPS TMS affected the blood oxygen level–dependent (BOLD) signal in V5/MT+ only when moving stimuli were present to drive this visual region, whereas TMS-elicited BOLD signal changes were observed in areas V1–V4 only during the absence of visual input. These influences of IPS TMS upon remote visual cortex differed significantly from corresponding effects of frontal (eye field) TMS, in terms of how they related to current visual input and their spatial topography for retinotopic areas V1–V4. Our results show directly that parietal and frontal regions can indeed have distinct patterns of causal influence upon functional activity in human visual cortex. Key words: attention, frontal cortex, functional magnetic resonance imaging, parietal cortex, top--down, transcranial magnetic stimulation
Studying the role of human parietal cortex in visuospatial attention with concurrent TMS-fMRI
(2010)
Combining transcranial magnetic stimulation (TMS) with concurrent functional magnetic resonance imaging (fMRI) allows study of how local brain stimulation may causally affect activity in remote brain regions. Here, we applied bursts of high- or low-intensity TMS over right posterior parietal cortex, during a task requiring sustained covert visuospatial attention to either the left or right hemifield, or in a neutral control condition, while recording blood oxygenation-level–dependent signal with a posterior MR surface coil. As expected, the active attention conditions activated components of the well-described “attention network,” as compared with the neutral baseline. Also as expected, when comparing left minus right attention, or vice versa, contralateral occipital visual cortex was activated. The critical new finding was that the impact of high- minus low-intensity parietal TMS upon these visual regions depended on the currently attended side. High- minus low-intensity parietal TMS increased the difference between contralateral versus ipsilateral attention in right extrastriate visual cortex. A related albeit less pronounced pattern was found for left extrastriate visual cortex. Our results confirm that right human parietal cortex can exert attention-dependent influences on occipital visual cortex and provide a proof of concept for the use of concurrent TMS–fMRI in studying how remote influences can vary in a purely top–down manner with attentional demands. Key words: concurrent TMS--fMRI, posterior parietal cortex, statedependence, visuospatial attention
Gamma synchronization has generally been associated with grouping processes in the visual system. Here, we examine in monkey V1 whether gamma oscillations play a functional role in segmenting surfaces of plaid stimuli. Local field potentials (LFPs) and spiking activity were recorded simultaneously from multiple sites in the opercular and calcarine regions while the monkeys were presented with sequences of single and superimposed components of plaid stimuli. In accord with the previous studies, responses to the single components (gratings) exhibited strong and sustained gamma-band oscillations (30–65 Hz). The superposition of the second component, however, led to profound changes in the temporal structure of the responses, characterized by a drastic reduction of gamma oscillations in the spiking activity and systematic shifts to higher frequencies in the LFP (~10% increase). Comparisons between cerebral hemispheres and across monkeys revealed robust subject-specific spectral signatures. A possible interpretation of our results may be that single gratings induce strong cooperative interactions among populations of cells that share similar response properties, whereas plaids lead to competition. Overall, our results suggest that the functional architecture of the cortex is a major determinant of the neuronal synchronization dynamics in V1. Key words: attention , gamma , gratings , oscillation , visual cortex
Understanding how temperature affects cod (Gadus morhua) ecology is important for forecasting how populations will develop as climate changes in future. The effects of spawning-season temperature and habitat size on cod recruitment dynamics have been investigated across the North Atlantic. Ricker and Beverton and Holt stock–recruitment (SR) models were extended by applying hierarchical methods, mixed-effects models, and Bayesian inference to incorporate the influence of these ecosystem factors on model parameters representing cod maximum reproductive rate and carrying capacity. We identified the pattern of temperature effects on cod productivity at the species level and estimated SR model parameters with increased precision. Temperature impacts vary geographically, being positive in areas where temperatures are <5°C, and negative for higher temperatures. Using the relationship derived, it is possible to predict expected changes in population-specific reproductive rates and carrying capacities resulting from temperature increases. Further, carrying capacity covaries with available habitat size, explaining at least half its variability across stocks. These patterns improve our understanding of environmental impacts on key population parameters, which is required for an ecosystem approach to cod management, particularly under ocean-warming scenarios. Key words: carrying capacity , cod , hierarchical models , North Atlantic , temperature , uncertainty
The massive amount of genomic sequence data that is now available for analyzing evolutionary relationships among 31 placental mammals reduces the stochastic error in phylogenetic analyses to virtually zero. One would expect that this would make it possible to finally resolve controversial branches in the placental mammalian tree. We analyzed a 2,863,797 nucleotide-long alignment (3,364 genes) from 31 placental mammals for reconstructing their evolution. Most placental mammalian relationships were resolved, and a consensus of their evolution is emerging. However, certain branches remain difficult or virtually impossible to resolve. These branches are characterized by short divergence times in the order of 1-4 million years. Computer simulations based on parameters from the real data show that as little as about 12,500 amino acid sites could be sufficient to confidently resolve short branches as old as about 90 million years ago. Thus, the amount of sequence data should no longer be a limiting factor in resolving the relationships among placental mammals. The timing of the early radiation of placental mammals coincides with a period of climate warming some 100 - 80 million years ago and with continental fragmentation. These global processes may have triggered the rapid diversification of placental mammals. However, the rapid radiations of certain mammalian groups complicate phylogenetic analyses, possibly due to incomplete lineage sorting and introgression. These speciation-related processes led to a mosaic genome and conflicting phylogenetic signals. Split network methods are ideal for visualizing these problematic branches and can therefore depict data conflict and possibly the true evolutionary history better than strictly bifurcating trees. Given the timing of tectonics, of placental mammalian divergences, and the fossil record, a Laurasian rather than Gondwanan origin of placental mammals seems the most parsimonious explanation. Key words: continental drift , Cretaceous warming , genome analysis , hybridization , phylogenomics , split decomposition
We examined the neural signatures of stimulus features in visual working memory (WM) by integrating functional magnetic resonance imaging (fMRI) and event-related potential data recorded during mental manipulation of colors, rotation angles, and color–angle conjunctions. The N200, negative slow wave, and P3b were modulated by the information content of WM, and an fMRI-constrained source model revealed a progression in neural activity from posterior visual areas to higher order areas in the ventral and dorsal processing streams. Color processing was associated with activity in inferior frontal gyrus during encoding and retrieval, whereas angle processing involved right parietal regions during the delay interval. WM for color–angle conjunctions did not involve any additional neural processes. The finding that different patterns of brain activity underlie WM for color and spatial information is consistent with ideas that the ventral/dorsal “what/where” segregation of perceptual processing influences WM organization. The absence of characteristic signatures of conjunction-related brain activity, which was generally intermediate between the 2 single conditions, suggests that conjunction judgments are based on the coordinated activity of these 2 streams. Keywords: EEG, fMRI, source analysis, visual, working memory
Fucoxanthin chlorophyll proteins (Fcps), the light-harvesting antennas of heterokont algae, are encoded by a multigene family and are highly similar with respect to their molecular masses as well as to their pigmentation, making it difficult to purify single Fcps. In this study, a hexa-histidine tag was genetically added to the C-terminus of the FcpA protein of the pennate diatom Phaeodactylum tricornutum. A transgenic strain expressing the recombinant His-tagged FcpA protein in addition to the endogenous wild type Fcps was created. This strategy allowed, for the first time, the purification of a specific, stable trimeric Fcp complex. In addition, a pool of various trimeric Fcps was also purified from the wild-type cells using sucrose density gradient ultracentrifugation and gel filtration. In both the His-tagged and the wild-type Fcps, excitation energy coupling between fucoxanthin and chlorophyll a was intact and the existence of a chlorophyll a/fucoxanthin excitonic dimer was demonstrated using circular dichroism spectroscopy. Mass spectrometric analyses of the trimeric His-tagged complex indicated that it is composed of FcpA and FcpE polypeptides. It is confirmed here that a trimer is the basic organizational unit of Fcps in P. tricornutum. From circular dichroism spectra, it is proposed that the organization of the pigments on the polypeptide backbone of Fcps is a conserved feature in the case of chlorophyll a/c containing algae.
I-kappaB-Kinase epsilon - ein neues Zielprotein für die Pharmakotherapie bei Schmerz und Entzündung?
(2010)
Der Transkriptionsfaktor NF-kappaB spielt eine wichtige Rolle bei der Regulation von Immunantworten, Apoptose und Entzündungen sowie bei der Entstehung und Verarbeitung von Schmerzen. Ein pharmakologischer Eingriff in die NF-kappaB-Aktivierungskaskade könnte daher eine Schmerzhemmung bewirken und so Ansätze für die Entwicklung neuer Therapien für pathophysiologische Schmerzen liefern. Die NF-kappaB-Signalübertragungskaskade bietet verschiedene Angriffspunkte für Pharmaka, wobei zurzeit IkappaB Kinasen (IKK) als hoffnungsvolle Zielmoleküle im Fokus der Untersuchungen stehen. Verschiedene IKKs regulieren die Aktivität von NF-kappaB über die Phosphorylierung des inhibitorischen Proteins IkappaB oder über die direkte Phosphorylierung von NF-kappaB. In der vorliegenden Arbeit wurde die Rolle der neu entdeckten IKK epsilon bei der Schmerzentstehung und -verarbeitung sowie deren Eignung als neues Zielmolekül für die Schmerztherapie näher untersucht. Es konnte gezeigt werden, dass IKK epsilon konstitutiv in Geweben der Maus, welche an der Entstehung und Verarbeitung von Schmerzen beteiligt sind, exprimiert ist. Im Rückenmark konnte die Lokalisation von IKK epsilon in den schmerzrelevanten Laminae I und II des Dorsalhorns nachgewiesen werden und auch in den Hinterwurzelganglien (Dorsal Root Ganglia (DRG’s)) war IKK epsilon in kleinen, nozizeptiven Neuronen exprimiert. Nach peripherer entzündlich-nozizeptiver Stimulation mit Formalin oder Zymosan kam es im Lumbalmark und den DRG’s zu einem signifikanten Anstieg der IKK epsilon-Expression sowohl auf mRNA- als auch auf Proteinebene. Diese Beobachtungen machten eine Beteiligung von IKK epsilon an der Prozessierung von Schmerz sehr wahrscheinlich. Um die Rolle von IKK epsilon während der Schmerzentstehung und -verarbeitung besser beurteilen zu können wurde das Verhalten von IKK epsilon defizienten Mäusen in akuten und inflammatorischen Schmerzmodellen charakterisiert. Es konnte gezeigt werden, dass der Knockout von IKK epsilon zu einem signifikant verringerten nozizeptiven Verhalten im Formalintest und einer Hemmung der mechanischen Hyperalgesie nach Zymosaninjektion im Vergleich zu Wildtyp-Mäusen führte. Gleichzeitig konnte kein Unterschied im akut nozizeptiven Verhalten festgestellt werden. Der Knockout von IKK epsilon hatte demnach keine Auswirkung auf den akuten physiologischen Nozizeptorschmerz, zeigte jedoch eine Verbesserung bei pathophysiologischen Schmerzen. Das verringerte nozizeptive Verhalten der IKK epsilon defizienten Mäuse im Formalintest ging mit einer Hemmung der NF-kappaB-Aktivierung im Rückenmark einher. Auch konnte eine verringerte mRNA-Expression der NF-kappaB-abhängigen Gene Cyclooxygenase-2 (COX-2), Matrixmetalloprotease-9 (MMP-9) und induzierbare Stickstoffmonoxid-Synthase (iNOS), die an der Regulation von Entzündungsschmerzen beteiligt sind, im Rückenmark und den DRG’s nachgewiesen werden. Da IKK epsilon bisher hauptsächlich mit der Aktivierung des TypI Interferon-Signalweges in Zusammenhang gebracht wurde, wurde außerdem geprüft, ob es nach Injektion mit Formalin zu einer Aktivierung des Trankriptionsfaktors Interferon-regulierender Faktor (IRF)-3 in Wildtyp-Mäusen kommt, was nicht beobachtet werden konnte. Der Knockout von IKK epsilon scheint demnach seine antinozizeptive Wirkung direkt über eine fehlende Aktivierung von NF-kappaB zu entfalten, wonach IKK epsilon eine bedeutendere Rolle als bisher angenommen bei der Aktivierung von NF-kappaB spielt. Dies konnte durch in vitro Daten untermauert werden. Der Knockdown von IKK epsilon in Makrophagen-Zellkultur mit spezifischer siRNA verhinderte die Phosphorylierung von NF-kappaBp65 am Serinrest 536 nach Stimulation mit LPS. Anhand der vorliegenden Daten lässt sich also schlussfolgern, dass IKK epsilon an der Schmerzentstehung und verarbeitung bei Entzündungen beteiligt zu sein scheint. Eine Hemmung dieser Kinase könnte demnach ein neues, lohnendes Ziel für die Entwicklung neuer Medikamente für die Schmerztherapie sein.
Transcripts of NANOG and OCT4 have been recently identified in human t(4;11) leukemia and in a model system expressing both t(4;11) fusion proteins. Moreover, downstream target genes of NANOG/OCT4/SOX2 were shown to be transcriptionally activated. However, the NANOG1 gene belongs to a gene family, including a gene tandem duplication (named NANOG2 or NANOGP1) and several pseudogenes (NANOGP2-P11). Thus, it was unclear which of the NANOG family members were transcribed in t(4;11) leukemia cells. 5'-RACE experiments revealed novel 5'-exons of NANOG1 and NANOG2, which could give rise to the expression of two different NANOG1 and three different NANOG2 protein variants. Moreover, a novel PCR-based method was established that allows distinguishing between transcripts deriving from NANOG1, NANOG2 and all other NANOG pseudogenes (P2–P11). By applying this method, we were able to demonstrate that human hematopoietic stem cells and different leukemic cells transcribe NANOG2. Furthermore, we functionally tested NANOG1 and NANOG2 protein variants by recombinant expression in 293 cells. These studies revealed that NANOG1 and NANOG2 protein variants are functionally equivalent and activate a regulatory circuit that activates specific stem cell genes. Therefore, we pose the hypothesis that the transcriptional activation of NANOG2 represents a ‘gain-of-stem cell function’ in acute leukemia.
Aptamers that can be regulated with light allow precise control of protein activity in space and time and hence of biological function in general. In a previous study, we showed that the activity of the thrombin-binding aptamer HD1 can be turned off by irradiation using a light activatable "caged" intramolecular antisense-domain. However, the activity of the presented aptamer in its ON state was only mediocre. Here we studied the nature of this loss in activity in detail and found that switching from 5'- to 3'-extensions affords aptamers that are even more potent than the unmodified HD1. In particular we arrived at derivatives that are now more active than the aptamer NU172 that is currently in phase 2 clinical trials as an anticoagulant. As a result, we present light-regulatable aptamers with a superior activity in their ON state and an almost digital ON/OFF behavior upon irradiation.
Recombinase-mediated cassette exchange (RMCE) exploits the possibility to unidirectionally exchange any genetic material flanked by heterotypic recombinase recognition sites (RRS) with target sites in the genome. Due to a limited number of available pre-fabricated target sites, RMCE in mouse embryonic stem (ES) cells has not been tapped to its full potential to date. Here, we introduce a universal system, which allows the targeted insertion of any given transcriptional unit into 85 742 previously annotated retroviral conditional gene trap insertions, representing 7013 independent genes in mouse ES cells, by RMCE. This system can be used to express any given cDNA under the control of endogenous trapped promoters in vivo, as well as for the generation of transposon ‘launch pads’ for chromosomal region-specific ‘Sleeping Beauty’ insertional mutagenesis. Moreover, transcription of the gene-of-interest is only activated upon Cre-recombinase activity, a feature that adds conditionality to this expression system, which is demonstrated in vivo. The use of the RMCE system presented in this work requires one single-cloning step followed by one overnight gateway clonase reaction and subsequent cassette exchange in ES cells with efficiencies of 40% in average.
Durch die Behandlung HIV-positiver Patienten mit einer Kombinationstherapie verschiedener antiviraler Substanzen (HAART = hochaktive antiretrovirale Therapie) kann die Virusreplikation über einen längeren Zeitraum unterdrückt werden. Allerdings hat diese Therapie Limitationen. Die Medikamente verursachen hohe Therapiekosten, haben zum Teil starke Nebenwirkungen und es entstehen mit der Zeit resistente Viren. Eine Alternative besteht in der somatischen Gentherapie der HIV-Infektion. Bei diesen Ansätzen werden Zellen der Patienten genetisch modifiziert, so dass sie ein antivirales Genprodukt exprimieren. In der vorliegenden Arbeit wurde ein membrangebundenes, antivirales C46 Peptid (maC46) sowohl in vitro in Zelllinien und primären humanen T-Zellen als auch in vivo in zwei humanisierten Mausmodellen getestet. Das C46 Peptid entstammt der C-terminalen "heptad repeat" Sequenz des HIV Hüllproteins gp41. C-Peptide wie C46 oder auch T20, welches bereits für die HAART Therapie zugelassen ist, binden während der Fusion des Virus mit der Zielzelle an gp41 und inhibieren so die Fusion. Werden T-Zelllinien oder primäre humane T-Zellen mit einem gammaretroviralen Vektor, der maC46 codiert, transduziert, können sie sehr effizient vor einer Infektion mit HIV geschützt werden [30]. Dieser Vektor wurde bereits in einer klinischen Studie mit T-Zellen von 10 HIV-positiven Patienten getestet [142]. Dabei konnte allerdings kein antiviraler Effekt der Gentherapie beobachtet werden. Hier wurde nun ein lentiviraler Vektor für maC46 (LV-maC46-GFP) verwendet. Lentivirale Vektoren transduzieren im Gegensatz zu gammaretroviralen auch ruhende Zellen, was ein kürzeres ex vivo Aktivierungs- und Transduktionsprotokoll ermöglicht. Außerdem ist für lentivirale Vektoren das Risiko der Transformation der Zelle niedriger als für gammaretrovirale. Für eine mögliche klinische Anwendung sollte es daher tolerierbar sein, für lentivirale Vektoren eine höhere MOI zu verwenden als für gammaretrovirale. Eine höhere Transduktionseffizienz sollte auf der anderen Seite auch eine effektive und langanhaltende Transgenexpression ermöglichen. Zunächst wurde gezeigt, dass sowohl die T-Zelllinie PM-1 als auch primäre humane T-Zellen nach Transduktion mit LV-maC46-GFP vor einer Infektion mit HIV geschützt waren und während der Infektion einer gemischten Kultur einen Selektionsvorteil gegenüber nicht-transduzierten Zellen hatten. Dabei konnte auch durch konfokale Mikroskopie gezeigt werden, dass das Virus die maC46-exprimierenden Zellen nicht injizieren konnte, sondern lediglich auf der Zelloberfläche gebunden wurde. Im Weiteren wurden zwei humanisierte Mausmodelle etabliert, um LV-maC46-GFP in vivo zu testen. Im humanen Immunsystem Mausmodell (HIS-Mausmodell) wurden immundefiziente Mäuse mit humanen Blutstammzellen repopuliert. In den Tieren kam es zu einer de novo Bildung von humanen, reifen T-Lymphozyten durch Thymopoese. Dabei wurden im Blut der Tiere humane, maC46- exprimierende CD4+ T-Zellen detektiert. Nach Infektion der Tiere mit HIV wurden diese T-Zellen depletiert. Es kam allerdings nicht zu einer Anreicherung oder einem selektiven Überleben der genmodifizierten T-Zellen. Eine Erklärung dafür könnte eine gestörte T-Zellhomeostase in den Tieren sein. Das zweite humanisierte Mausmodell (T-Zellmausmodell) verwendete immundefiziente Mäuse, die mit transduzierten humanen T-Zellen repopuliert wurden. Die Infektion mit HIV erfolgte entweder in vitro vor Transplantation der Zellen oder in vivo nach Repopulierung der Tiere. In beiden Fällen konnte ein selektives Überleben maC46-exprimierender CD4+ T-Zellen nach HIV-Infektion beobachtet werden. Im letzten Teil der vorliegenden Arbeit wurde die Weiterentwicklung von maC46, eine sekretierte Variante des C46-Peptids (iSAVE), im T-Zellmausmodell getestet. Ein sekretierter Fusionsinhibitor stellt insofern eine Weiterentwicklung des membrangebundenen dar, als nicht nur die genmodifizierten Zellen, sondern zusätzlich auch nicht-modifizierte Nachbarzellen vor einer Infektion mit HIV geschützt werden könnten. Dadurch erhöht sich auch das Spektrum an möglichen Produzentenzellen für den Fusionsinhibitor. In den hier beschriebenen Experimenten wurden humane T-Zellen entweder mit einem gammaretroviralen (RV-iSAVE) oder einem lentiviralen Vektor (LV-iSAVE) transduziert und die Experssion das iSAVE-Peptids wurde im Serum der Tiere gemessen. In beiden Ansätzen konnte iSAVE Peptid im Serum der Tiere detektiert werden. In weiteren Experimenten sollte nun untersucht werden, ob dieses in vivo sekretierte iSAVE Peptid antiviral aktiv ist und die humanisierten Mäuse vor einer Infektion mit HIV schützen kann.
Human Transformer2-beta (hTra2-beta) is an important member of the serine/arginine-rich protein family, and contains one RNA recognition motif (RRM). It controls the alternative splicing of several pre-mRNAs, including those of the calcitonin/calcitonin gene-related peptide (CGRP), the survival motor neuron 1 (SMN1) protein and the tau protein. Accordingly, the RRM of hTra2-beta specifically binds to two types of RNA sequences [the CAA and (GAA)2 sequences]. We determined the solution structure of the hTra2-beta RRM (spanning residues Asn110–Thr201), which not only has a canonical RRM fold, but also an unusual alignment of the aromatic amino acids on the beta-sheet surface. We then solved the complex structure of the hTra2-beta RRM with the (GAA)2 sequence, and found that the AGAA tetra-nucleotide was specifically recognized through hydrogen-bond formation with several amino acids on the N- and C-terminal extensions, as well as stacking interactions mediated by the unusually aligned aromatic rings on the beta-sheet surface. Further NMR experiments revealed that the hTra2-beta RRM recognizes the CAA sequence when it is integrated in the stem-loop structure. This study indicates that the hTra2-beta RRM recognizes two types of RNA sequences in different RNA binding modes.
We present here a set of 13C-direct detected NMR experiments to facilitate the resonance assignment of RNA oligonucleotides. Three experiments have been developed: (1) the (H)CC-TOCSY-experiment utilizing a virtual decoupling scheme to assign the intraresidual ribose 13C-spins, (2) the (H)CPC-experiment that correlates each phosphorus with the C40 nuclei of adjacent nucleotides via J(C,P) couplings and (3) the (H)CPC-CCH-TOCSY-experiment that correlates the phosphorus nuclei with the respective C10,H10 ribose signals. The experiments were applied to two RNA hairpin structures. The current set of 13C-direct detected experiments allows direct and unambiguous assignment of the majority of the hetero nuclei and the identification of the individual ribose moieties following their sequential assignment. Thus, 13C-direct detected NMR methods constitute useful complements to the conventional 1H-detected approach for the resonance assignment of oligonucleotides that is often hindered by the limited chemical shift dispersion. The developed methods can also be applied to large deuterated RNAs. Keywords: NMR spectroscopy , Direct carbon , detection , RNA
Die Sicherung der Atemwege ist eine der wichtigsten Aufgaben des mit dem Atemwegsmanagement beauftragten Arztes, da eine fehlgeschlagene Intubation und sich über längere Zeit erstreckende Intubationsversuche schnell zu einer kritischen Hypoxie führen können. Gelingt eine endotracheale Intubation mittels konventioneller Larnygoskopie mit dem Macintosh-Spatel unerwartet nicht, stehen verschiedene supraglottische Atemwegshilfen wie z.B. die Larynxmaske zur Atemwegssicherung zur Verfügung. Falls sich jedoch aus verschiedenen Gründen der Einsatz eines supraglottischen Atemwegs verbietet und die Notwendigkeit einer endotrachealen Intubation besteht, muss eine andere Intubationsmethode als die konventionelle Laryngoskopie gewählt werden. Das Standardverfahren für den erwartet schwierigen Atemweg, die Intubation mit dem flexiblen Endoskop am spontan atmenden Patienten, eignet sich nicht für den unerwartet schwierigen Atemweg. Hierfür werden die Intubationslarynxmaske, Videolaryngoskope, Führungsstäbe mit Transillumination und verschiedene starre Fiberoptiken wie das Bonfils Intubationsfiberskop oder das Laryngoskop nach Bullard eingesetzt. Der Erfolg des Bonfils Intubationsfiberskops am unerwartet schwierigen Atemweg und am erwartet schwierigen Atemweg, basierend auf einer Reihe klinischer Faktoren, wurde bereits bewiesen. Es ist jedoch nicht bekannt, ob sich das Instrument für einen klar definierten schwierigen Atemweg im Sinne einer eingeschränkten Mundöffnung und eingeschränkten Beweglichkeit in der Halswirbelsäule eignet. Ziel der vorliegenden Studie war es zu untersuchen, ob sich das Bonfils Intubationsfiberskop für den Einsatz am schwierigen Atemweg, simuliert durch einen Immobilisationskragen, eignet. Nach Einwilligung der Ethikkommission wurde die Studie an 76 Patienten durchgeführt, die sich einem elektiven gynäkologischen Eingriff unterzogen. Nach der Simulation des schwierigen Atemwegs durch Anlegen eines Immobilisationskragens wurden jeweils 38 Patienten randomisiert entweder mittels direkter Laryngoskopie oder dem Bonfils Intubationsfiberskop intubiert. Die erfolgreiche Platzierung des Endotrachealtubus mit dem jeweiligen Instrument war der primäre Zielparameter der Studie. Nach Immobilisierung der Halswirbelsäule betrug die maximale Mundöffnung 2,6 cm ± 0,7 cm in der Macintosh-Gruppe und 2,6 cm ± 0,8 cm in der Bonfils-Gruppe. Mit dem Laryngoskop mit Macintosh-Spatel konnten 15/38 Patienten (39,5%) erfolgreich intubiert werden, mit dem Bonfils Intubationsfiberskop konnten 31/38 Patienten (81,6%) erfolgreich intubiert werden (P<0,05). Die benötigte Zeit bis zur erfolgreichen Platzierung des Endotrachealtubus war mit dem Laryngoskop geringer (53 ± 22 s) als mit dem Bonfils Intubationsfiberskop (64 ± 24 s), dieser Zeitunterschied besitzt jedoch weder statistische, noch klinische Relevanz. In der vorliegenden Studie konnte gezeigt werden, dass das Bonfils Intubationsfiberskop der direkten Laryngoskopie mit Macintosh-Spatel an Patienten mit eingeschränkter Mundöffnung und immobilisierter Halswirbelsäule überlegen ist.
Veränderungen in der akustischen Umwelt sind häufig mit Ereignissen verbunden. Diese wiederum können für ein Tier eine besondere Verhaltensrelevanz haben, im Gegensatz zu einem gleichbleibenden akustischen Hintergrund, der mit keinem positiven oder negativen Ereignis verbunden ist. Es ist also naheliegend zu spekulieren, dass Veränderungen oder neue akustische Reize im zentralen Nervensystem anders repräsentiert werden als der kontinuierliche Hintergrund und dass diese Repräsentation sowohl von der Häufigkeit der Stimuli als auch vom Unterschied zum akustischen Hintergrund abhängt. In Elektroenzaphalografie-Messungen (EEG) am Menschen wurde eine besondere Aktivitätsänderung bei auditorischen Abweichungen erstmals 1978 nachgewiesen. Dabei wurde ein akustischer Reiz über einen längeren Zeitraum regelmäßig wiederholt (Standard) und in einigen, seltenen Fällen durch einen anderen Reiz (Deviant) ersetzt. Dieser Deviant löste eine zusätzliche negative Komponente im EEG aus (Mismatch negativity), die bei den Standard-Stimuli nicht vorhanden war. Eine Voraussetzung, um MMN auszulösen, ist die Präsentation von einigen Standard-Stimuli, sodass eine neuronale Repräsentation des Stimulus aufgebaut werden kann, gegen die jeder weitere Reiz abgeglichen wird. Die zelluläre Basis von MMN und des zugrunde liegenden Mechanismus zur Detektion von auditorischen Veränderungen ist nur wenig erforscht. Als möglicher zellulärer Detektionsmechanismus akustischer Veränderungen wurde die Stimulus-spezifische Adaptation (SSA) vorgeschlagen, die zugleich der Ursprung von MMN im primären auditorischen Kortex sein könnte. SSA beschreibt die Eigenschaft von Neuronen der Hörbahn, auf die Wiederholung von identischen Reizen mit abnehmender Aktivität zu antworten und zugleich die Fähigkeit beizubehalten, andere Stimuli weiterhin mit hoher Aktivität zu repräsentieren. Die veränderte neuronale Repräsentation von Tönen mit niedriger Auftrittswahrscheinlichkeit, im Vergleich zu Tönen mit hoher Auftrittswahrscheinlichkeit, wurde bereits sehr eindrücklich im auditorischen Kortex der anästhesierten Katzen demonstriert. Die vorliegende Arbeit hat es sich zum Ziel gesetzt, bei der Repräsentation von auditorischen Abweichungen die Lücke zwischen der Ebene aufsummierter Potenziale (EEG beim Menschen) und der Ebene einzelner kortikaler Neurone zu schließen. Gleichzeitig sollte dabei erstmalig SSA im auditorischen Kortex des wachen Tieres nachgewiesen und so eine pharmakologische Interaktion der normalerweise eingesetzten Anästhetika mit SSA ausgeschlossen werden. Der experimentelle Ansatz basierte auf elektrophysiologischen Messungen mit chronisch implantierten Mikroelektroden im wachen Tier. Die Elektroden waren im auditorischen Kortex positioniert und ermöglichten eine gleichzeitige Messung der lokalen aufsummierten Potenziale (lokale Feldpotenziale, LFP) und der Aktionspotenziale einzelner Neurone als extrazelluläre Potenzialveränderungen. Das Stimulationsparadigma bestand aus Folgen zweier Reintöne, die mit unterschiedlicher Auftrittwahrscheinlichkeit präsentiert wurden. Der Ton mit hoher Auftrittwahrscheinlichkeit bildete den akustischen Hintergrund, der Ton mit niedriger Auftrittswahrscheinlichkeit (Deviant) die akustische Abweichung. In dieser Arbeit konnte erstmalig nachgewiesen werden, dass Neurone im auditorischen Kortex der wachen Ratte akustische Abweichungen mit einer höheren Aktivität repräsentieren als den auditorischen Hintergrund (bis zu 19,5% Aktivitätsunterschied). Stimulusspezifische Adaptation ist somit auch im wachen Tier Teil der neuronalen Codierung der akustischen Umwelt. Mithilfe der Signalentdeckungstheorie konnte des Weiteren gezeigt werden, dass die unterschiedliche neuronale Repräsentation von häufigen und seltenen Stimuli auch zu einer erhöhten neuronalen Unterscheidbarkeit zwischen beiden Stimuli führte. Auf der Ebene der ereigniskorrelierten LFPs konnte SSA in zwei Komponenten nachgewiesen werden: der ersten, negativen Auslenkung und der folgenden, positiven Auslenkung. Besonders in der ersten, negativen Komponente war SSA systematisch nachzuweisen und sie war zusätzlich starkmit der Aktivität der einzelnen Neuronen korreliert, während die positive Komponente der LFPs keine Korrelation mit den Messungen der einzelnen Nervenzellen zeigte. Der Grad der SSA hing von der Auftrittwahrscheinlichkeit und dem Frequenzabstand der beiden Töne ab. Keine der Messungen hatte die besondere Charakteristik von MMN. Zusammenfassend lässt sich die Aussage treffen, dass SSA auch im wachen Tier nachgewiesen wurde, sowohl auf der Ebene einzelner Neurone als auch in der aufsummierten Aktivität, wenn auch in einer schwächeren Ausprägung als in den bisher veröffentlichten Ergebnissen in anästhesierten Tieren. Ein direkter Beitrag der kortikalen Neurone zu MMN konnte nicht gezeigt werden, es gab aber einen starken Zusammenhang zwischen den einzelnen Neuronen und den LFPs.
Metal-ion binding and metal-ion induced folding of the adenine-sensing riboswitch aptamer domain
(2007)
Divalent cations are important in the folding and stabilization of complex RNA structures. The adenine-sensing riboswitch controls the expression of mRNAs for proteins involved in purine metabolism by directly sensing intracellular adenine levels. Adenine binds with high affinity and specificity to the ligand binding or aptamer domain of the adenine-sensing riboswitch. The X-ray structure of this domain in complex with adenine revealed an intricate RNA-fold consisting of a three-helix junction stabilized by long-range base-pairing interactions and identified five binding sites for hexahydrated Mg2+-ions. Furthermore, a role for Mg2+-ions in the ligand-induced folding of this RNA was suggested. Here, we describe the interaction of divalent cations with the RNA–adenine complex in solution as studied by high-resolution NMR spectroscopy. Paramagnetic line broadening, chemical shift mapping and intermolecular nuclear Overhauser effects (NOEs) indicate the presence of at least three binding sites for divalent cations. Two of them are similar to those in the X-ray structure. The third site, which is important for the folding of this RNA, has not been observed previously. The ligand-free state of the RNA is conformationally heterogeneous and contains base-pairing patterns detrimental to ligand binding in the absence of Mg2+, but becomes partially pre-organized for ligand binding in the presence of Mg2+. Compared to the highly similar guanine-sensing riboswitch, the folding pathway for the adenine-sensing riboswitch aptamer domain is more complex and the influence of Mg2+ is more pronounced.
The Nep1 (Emg1) SPOUT-class methyltransferase is an essential ribosome assembly factor and the human Bowen–Conradi syndrome (BCS) is caused by a specific Nep1D86G mutation. We recently showed in vitro that Methanocaldococcus jannaschii Nep1 is a sequence-specific pseudouridine-N1-methyltransferase. Here, we show that in yeast the in vivo target site for Nep1-catalyzed methylation is located within loop 35 of the 18S rRNA that contains the unique hypermodification of U1191 to 1-methyl-3-(3-amino-3-carboxypropyl)-pseudouri-dine (m1acp3Psi). Specific 14C-methionine labelling of 18S rRNA in yeast mutants showed that Nep1 is not required for acp-modification but suggested a function in Psi1191 methylation. ESI MS analysis of acp-modified Psi-nucleosides in a DeltaNep1-mutant showed that Nep1 catalyzes the Psi1191 methylation in vivo. Remarkably, the restored growth of a nep1-1ts mutant upon addition of S-adenosylmethionine was even observed after preventing U1191 methylation in a deltasnr35 mutant. This strongly suggests a dual Nep1 function, as Psi1191-methyltransferase and ribosome assembly factor. Interestingly, the Nep1 methyltransferase activity is not affected upon introduction of the BCS mutation. Instead, the mutated protein shows enhanced dimerization propensity and increased affinity for its RNA-target in vitro. Furthermore, the BCS mutation prevents nucleolar accumulation of Nep1, which could be the reason for reduced growth in yeast and the Bowen-Conradi syndrome.
High-resolution NMR structure of an RNA model system : the 14-mer cUUCGg tetraloop hairpin RNA
(2009)
We present a high-resolution nuclear magnetic resonance (NMR) solution structure of a 14-mer RNA hairpin capped by cUUCGg tetraloop. This short and very stable RNA presents an important model system for the study of RNA structure and dynamics using NMR spectroscopy, molecular dynamics (MD) simulations and RNA force-field development. The extraordinary high precision of the structure (root mean square deviation of 0.3 Å) could be achieved by measuring and incorporating all currently accessible NMR parameters, including distances derived from nuclear Overhauser effect (NOE) intensities, torsion-angle dependent homonuclear and heteronuclear scalar coupling constants, projection-angle-dependent cross-correlated relaxation rates and residual dipolar couplings. The structure calculations were performed with the program CNS using the ARIA setup and protocols. The structure quality was further improved by a final refinement in explicit water using OPLS force field parameters for non-bonded interactions and charges. In addition, the 2'-hydroxyl groups have been assigned and their conformation has been analyzed based on NOE contacts. The structure currently defines a benchmark for the precision and accuracy amenable to RNA structure determination by NMR spectroscopy. Here, we discuss the impact of various NMR restraints on structure quality and discuss in detail the dynamics of this system as previously determined.
Long-range tertiary interactions determine the three-dimensional structure of a number of metabolite-binding riboswitch RNA elements and were found to be important for their regulatory function. For the guanine-sensing riboswitch of the Bacillus subtilis xpt-pbuX operon, our previous NMR-spectroscopic studies indicated pre-formation of long-range tertiary contacts in the ligand-free state of its aptamer domain. Loss of the structural pre-organization in a mutant of this RNA (G37A/C61U) resulted in the requirement of Mg2+ for ligand binding. Here, we investigate structural and stability aspects of the wild-type aptamer domain (Gsw) and the G37A/C61U-mutant (Gswloop) of the guanine-sensing riboswitch and their Mg2+-induced folding characteristics to dissect the role of long-range tertiary interactions, the link between pre-formation of structural elements and ligand-binding properties and the functional stability. Destabilization of the long-range interactions as a result of the introduced mutations for Gswloop or the increase in temperature for both Gsw and Gswloop involves pronounced alterations of the conformational ensemble characteristics of the ligand-free state of the riboswitch. The increased flexibility of the conformational ensemble can, however, be compensated by Mg2+. We propose that reduction of conformational dynamics in remote regions of the riboswitch aptamer domain is the minimal pre-requisite to pre-organize the core region for specific ligand binding.
Die Genexpression in prokaryotischen Organismen unterliegt einer Vielzahl von Regulationsmechanismen, deren Aufgabe darin besteht, die Zelle an sich ändernde Umweltbedingungen anzupassen, um so das Überleben des prokaryotischen Organismus zu gewährleisten. Eine Reihe von Hitzeschock- und Virulenzgenen unterliegen temperaturabhängiger Regulation, mit dem Ziel, die Zelle an die sich ändernde Umgebung anzupassen. Die Messung der Temperatur erfolgt dabei über temperatursensitive RNA-Elemente, sogenannte RNA-Thermometer, die sich üblicherweise in der 5’-untranslatierten Region der Gene befinden, die sie regulieren. Sie unterdrücken die Translationsinitiation, indem sie die Shine-Dalgarno (SD)-Sequenz bei niedrigen Temperaturen über Basenpaarung blockieren und dadurch die Bindung des Ribosoms verhindern. In Kapitel 2 der vorliegenden Arbeit wurde die thermodynamische Stabilität der temperatursensitiven Haarnadelschleife 2 des Salmonella FourU RNA-Thermometers über einen breiten Temperaturbereich analysiert. Freie Enthalpie-, Enthalpie- und Entropie-Werte für die Basenpaaröffnung der einzelnen Nukleobasen innerhalb der RNA wurden über die temperaturabhängige Messung von Iminoprotonen-Austauschraten mittels NMR-Spektroskopie bestimmt. Die Austauschraten wurden für die Wildtyp-RNA und die A8C-Mutante bestimmt und miteinander verglichen. Es zeigte sich, dass die Wildtyp-RNA durch das außergewöhnlich stabile Basenpaar G14-C25 stabilisiert wird. Dies konnte durch die Untersuchung der Entfaltung der destabilisierenden G14A-C25U-Doppelmutante verifiziert werden. Über CD-spektroskopsiche Untersuchungen konnte der globale Entfaltungsübergang der jeweiligen RNA analysiert werden. Das Mismatch-Basenpaar innerhalb des Wildtyp-RNA-Thermometers (A8-G31) erwies sich als Ursache für die geringere Kooperativität des Entfaltungsübergangs der Wildtyp-RNA im Vergleich zur A8C-Mutante. Enthalpie- und Entropie-Werte für die Basenpaaröffnung einzelner Nukleotide sind für beide RNAs linear korreliert. Die Steigungen dieser Korrelationen stimmen mit den Schmelzpunkten der RNAs überein, die über CD-Spektroskopie bestimmt wurden. Entfaltung der RNA tritt also genau dann auf, wenn alle Nukleotide gleiche thermodynamische Stabilitäten besitzen. Die Resultate sind mit einem Reißverschluss-Mechanismus für die RNA-Helix Entfaltung konsistent und erklärbar, in dem die Stapelinteraktionen der benachbarten Nukleobasen innerhalb der RNA-Helix verantwortlich für die beobachtete Kooperativität sind. Die Ergebnisse weisen auch auf die Wichtigkeit der RNA-Lösungsmittel-Interaktion für die Stabilität der RNA-Struktur hin. So konnten langreichweitige Wechselwirkungen der A8C-Mutation auf die Stabilität der G14-Nukleobase identifiziert werden, die möglicherweise über die Hydrathülle der RNA vermittelt werden. Schließlich konnte für das FourU-Motiv eine Mg2+-Bindestelle identifiziert werden, die die temperaturabhängige Stabilität des RNA-Thermometers beeinflusst. Es besteht also die Möglichkeit, dass Änderungen der intrazellulären Mg2+-Konzentration die Expression des agsA-Gens in vivo modulierend beeinflussen. In Kapitel 3 dieser Arbeit wurden die dynamischen Eigenschaften des Phosphodiesterrückgrats einer perdeuterierten cUUCGg-Tetraloop-14mer-RNA untersucht. Dazu wurden die Relaxationseigenschaften aller 31P-Kerne dieser RNA bei magnetischen Feldstärken von 300, 600 und 900 MHz untersucht. Dipolare Relaxationsbeiträge konnten unterdrückt werden, indem eine perdeuterierte RNA-Probe in einem D2O-Puffer verwendet wurde. Um die 31P-Relaxationsdaten (R1, R2) interpretieren zu können, wurde zusätzlich mittels Festkörper-NMR die Chemische Verschiebungsanisotropie (CSA) der 31P-Kerne des Phosphodiesterrückgrats bestimmt. Die Messungen wurden bei verschiedenen Salzkonzentrationen und unter unterschiedlichen Hydratationsbedingungen durchgeführt. Aus den Daten konnte ein 31P-CSA-Wert von 178.5 ppm im statischen Zustand (S2 = 1) bestimmt werden. Auf der Grundlage der durchgeführten R1- und R2-Messungen wurde eine Modelfree-Analyse durchgeführt, um Informationen über die schnellen Dynamiken des Phosphodiesterrückgrats zu erhalten. Die Resultate zeigen, dass die Dynamiken des Phosphodiesterrückgrats auf der Subnanosekundenzeitskala stärker ausgeprägt sind als die Dynamiken der Ribofuranosylreste und der Nukleobasen. Des Weiteren konnte gezeigt werden, dass die Dynamik einer individuellen Phosphatgruppe zu der jeweiligen 5’-benachbarten Nukleobase korreliert ist. In Kapitel 4 dieser Arbeit wird die Entwicklung neuer Methoden beschrieben, mit denen Torsionswinkelinformation aus der Analyse kreuzkorrelierter Relaxationsraten gewonnen werden können. Im ersten Teil des Kapitels wird die Entwicklung einer neuen NMR-Pulssequenz beschrieben, über die der glykosidische Torsionswinkel Chi in 13C,15N-markierten Oligonukleotiden bestimmt werden kann. Mit dem neuen quantitativen Gamma-HCNCH-Experiment ist es möglich, die dipolaren kreuzkorrelierten Relaxationsraten Gamma-C6H6-C1´H1´ (Pyrimidine) und Gamma-C6H6-C1´H1´ (Purine) zu messen. Die kreuzkorrelierten Relaxationsraten wurden an einer 13C,15N-markierten cUUCGg-Tetraloop-14mer-RNA bestimmt. Die aus den Raten extrahierten Chi-Winkel wurden mit bereits vorhandener Strukturinformation verglichen. Sie stimmen bemerkenswert gut mit den Winkeln der Kristallstruktur des Tetraloops überein. Zusätzlich wurde die neue Methode an einer größeren 30mer-RNA, dem „Stemloop D“ (SLD) aus dem Coxsackievirus-B3-Kleeblatt, getestet. Für die SLD-RNA wurde der Effekt von anisotroper Rotationsdiffusion auf die Relaxationsraten untersucht. Es konnte gezeigt werden, dass die Chi-Winkelbestimmung besonders für Nukleotide in der anti-Konformation sehr genau ist und die Methode eine eindeutige Unterscheidung von syn- und anti-Konformation zulässt. Im zweiten Teil von Kapitel 4 wird die Entwicklung des Gamma-HCCCH-Experiments beschrieben. Hierbei handelt es sich um eine neue NMR-Pulssequenz zur Messung der Gamma-C1´H1´-C3´H3´-Rate in 13C-markierten RNAs. Die Funktionsfähigkeit der neuen Methode wurde an einer cUUCGg-Tetraloop-14mer-RNA demonstriert. Zusätzlich dazu wurden die analytischen Gamma-C1´H1´-C3´H3´(P,nü_max)-, Gamma-C1´H1´-C4´H4´(P,nü_max)- und Gamma-C2´H2´-C4´H4´(P,nü_max)-Abhängigkeiten mathematisch hergeleitet. Die an der 14mer-RNA gemessenen Gamma-C1´H1´-C3´H3´-Raten wurden mit Hilfe der Gamma-C1´H1´-C3´H3´(P,nü_max)-Beziehung analysiert. Die Ergebnisse für die Pseudorotationsphase P sind konsistent mit Referenzwinkeln aus der 14mer-NMR-Struktur und den bereits bekannten (Gamma-C1´H1´-C2´H2´)/(Gamma-C3´H3´-C4´H4´)-Ratenverhältnissen. Die neue Methode liefert zusätzliche Informationen, um Konformation (P, nü_max) und Dynamik S2(C1´H1´-C3´H3´) der Ribosereste in RNA-Molekülen genauer beschreiben zu können. In Kapitel 5 dieser Arbeit wird die Entwicklung des 3D-HNHC-Experiments, einer neuen NMR-Pulssequenz, beschrieben. Dieses Experiment ermöglicht es, die H2-, C2- und N1-Resonanzen in Adenin-Nukleobasen 13C, 15N-markierter RNA-Oligonukleotide miteinander zu korrelieren. Die Funktionsfähigkeit der neuen Methode wurde an einer mittelgroßen, entsprechend markierten 36mer-RNA demonstriert. Die neue Methode vereinfacht die Zuordnung der Kerne der Adenin-Nukleobasen, da Zuordnungsmehrdeutigkeiten aufgrund überlappender Resonanzen in der 1H-Dimension aufgelöst werden können. In Kombination mit dem TROSY-relayed-HCCH-COSY-Experiment liefert das neue 3D-HNHC-Experiment das fehlende Glied für die Zuordnung der Imino-H3-Resonanzen der Uracil-Nukleobasen über das AU-Basenpaar hinweg zu den H8-Resonanzen der Adenin-Nukleobasen.
In prokaryotes, RNA thermometers regulate a number of heat shock and virulence genes. These temperature sensitive RNA elements are usually located in the 5'-untranslated regions of the regulated genes. They repress translation initiation by base pairing to the Shine–Dalgarno sequence at low temperatures. We investigated the thermodynamic stability of the temperature labile hairpin 2 of the Salmonella fourU RNA thermometer over a broad temperature range and determined free energy, enthalpy and entropy values for the base-pair opening of individual nucleobases by measuring the temperature dependence of the imino proton exchange rates via NMR spectroscopy. Exchange rates were analyzed for the wild-type (wt) RNA and the A8C mutant. The wt RNA was found to be stabilized by the extraordinarily stable G14–C25 base pair. The mismatch base pair in the wt RNA thermometer (A8–G31) is responsible for the smaller cooperativity of the unfolding transition in the wt RNA. Enthalpy and entropy values for the base-pair opening events exhibit linear correlation for both RNAs. The slopes of these correlations coincide with the melting points of the RNAs determined by CD spectroscopy. RNA unfolding occurs at a temperature where all nucleobases have equal thermodynamic stabilities. Our results are in agreement with a consecutive zipper-type unfolding mechanism in which the stacking interaction is responsible for the observed cooperativity. Furthermore, remote effects of the A8C mutation affecting the stability of nucleobase G14 could be identified. According to our analysis we deduce that this effect is most probably transduced via the hydration shell of the RNA.
Die vorliegende Arbeit beschäftigt sich mit den Auswirkungen von Feldenkrais-Bewegungsübungen auf ein Klientel, dass aus freien Stücken an Feldenkraiskursen eines niedergelassenen Feldenkraislehrers teilnimmt, wobei insbesondere gesundheitliche und psychosomatische Aspekte betrachtet werden. Feldenkrais formulierte die theoretischen Grundlagen der Methodik auf einem breiten wissenschaftlichen Fundament verschiedener Fachrichtungen, wie Medizin, Neurobiologie, Psychologie, Physik, Systemtheorie und Anthropologie und lieferte damit eine Erklärung, wie die von ihm entwickelte Bewegungsmethodik Ein uss auf die Entwicklung und die Lernfähigkeit eines jeden Individuums nehmen kann. Der Mensch wird dabei, im Gegensatz zur dualistischen Sichtweise, die in der klassischen Schulmedizin vorherrscht, als ein Ganzes gesehen, in dem die Bereiche Körper und Seele nicht zu trennen sind. Die moderne Neurobiologie bestätigt mit der Anwendung neuer Messmethoden, wie dem funktionellen Magnetresonanztomogramm bedeutende Aussagen der Theorie von Feldenkrais. Systemtheorie und Konstruktivismus sind dabei grundlegend für den feldenkrais'schen Denkansatz und für die heutige Psychosomatik, wie sie unter anderem von von Uexküll beschrieben wird. Der Mensch wird hier als autopoietisches System betrachtet, welches sich selbst ständig reguliert. Somit kann er sich wechselnden Umweltein flüssen anpassen und ist zur Selbstheilung fähig, worin Feldenkraislehrer, respektive Psychotherapeuten ihn unterstützen können. Zunehmend suchen Menschen zur Förderung der persönlichen Weiterentwicklung, wie gleichzeitig zur Bewältigung gesundheitlicher und insbesondere psychosomatischer Probleme Feldenkraiskurse auf. Vor diesem Hintergrund wurden in der Praxis eines niedergelassenen Feldenkraislehrers die Kursteilnehmer vor- und direkt nach der Teilnahme an zehn Feldenkraisstunden, sowie im Langzeitverlauf zu den Auswirkungen befragt. Die 82 erwachsenen Probanden der Studie waren zu 2/3 weiblich, bei einem Durchschnittsalter von 46 Jahren. Die Stichprobe glich in ihrem psychosomatischen Beschwerdestatus der durchschnittlichen Allgemeinbevölkerung, wohingegen ein überdurchschnittlich hohes Schulbildungs- und Berufsausbildungsniveau vorlag. Die Motivation der Kursteilnehmer lag gleichermaßen im Wunsch, die Fähigkeit der Körperwahrnehmung und die Beweglichkeit zu steigern, wie verschiedene Beschwerden und Erkrankungen zu verbessern. Anhand zweier standardisierter psychometrischer Fragebögen, dem Giessener Beschwerdebogen und der Symptom-Checkliste SCL-90-R konnte eine signifikante Verbesserung psychosomatischer und somit gesundheitlicher Beschwerden direkt nach dem Kurs, wie auch im Langzeitverlauf ein halbes Jahr nach Kursende beschrieben werden. Dazu zählen im Einzelnen Gliederschmerzen, Herzbeschwerden, Somatisierungstendenz, Zwanghaftigkeit, Depressivität, Aggressivität und die grundsätzliche psychische Belastung. Mithilfe des neu entwickelten Selbsteinschätzungsfragebogens des Verfassers ergaben sich weitere Hinweise auf die positiven Langzeitauswirkungen nicht nur im seelischen Bereich, sondern in weiteren zentralen Bereichen menschlichen Handelns, namentlich dem Wahrnehmungsbereich, dem kognitiven Bereich und der Beweglichkeit. Die Verbesserungen betrafen mehrere Lebensbereiche, den privaten, wie auch den beruflichen Bereich. Die Sicherheit der Feldenkraismethode gegenüber dem Auftreten unerwünschter Nebenwirkungen wurde ebenfalls dokumentiert. Anhand kontrollierter randomisierter Folgestudien sollten die Ergebnisse abgesichert werden. Der kreative Wissensaustausch von Neurobiologen mit moderner Messtechnik und wissenschaftlich arbeitenden Feldenkraislehrern, die zur Entwicklung spezieller Messmethodik einen Beitrag leisten können, kann zu neuen Erkenntnissen auf den Gebieten des Lernverhaltens, der Reifung und der Gesundheit des Menschen führen.
Das vergangene Jahr hat uns ein neues Schuldverschreibungsgesetz beschert. Dadurch wurde das alte „Gesetz betreffend die gemeinsamen Rechte der Besitzer von Schuldverschreibungen“ vom 14. 12. 1899 abgelöst, dem praktisch keine große Bedeutung zukam. Einen Vorläufer haben diese Gesetze im preußischen Schuldverschreibungsgesetz, das Friedrich Wilhelm III. am 17. 6. 1833 für die preußische Monarchie in Kraft gesetzt hat. Dieses Gesetz, das bisher selbst in historischen Darstellungen des Schuldverschreibungsrechts kaum gewürdigt wird, ist aus mehreren Gründen von Interesse. Zum einen hatte die zeitgenössische Geldtheorie die Bedeutung des Papiergeldes und die angemessene Rolle des Staates bei der Schöpfung von Papiergeld und der Kontrolle der Geldmenge noch nicht erfaßt. Verschiedene Konzepte wurden erörtert und waren auch in der Praxis der Staaten anzutreffen. Noten privater Zettelbanken waren ebenso im Umlauf wie staatliche Schatzanweisungen und Schuldverschreibungen ohne und mit Gold- oder Silberdeckung. Mit dem Schuldverschreibungsgesetz von 1833 unterwarf Preußen die Emission von Schuldverschreibungen einschließlich der Noten privater Banken einer Genehmigungspflicht. Parallel hierzu findet sich eine auf wenige Einzelfälle beschränkte Bewilligung an „staatsnahe“ Banken, Banknoten auszugeben, die von staatlichen Stellen als Zahlungsmittel angenommen werden oder mit denen Steuerschulden beglichen werden mußten. Mit diesen parallelen Maßnahmen hat die Staatsführung Preußens im Vormärz den in der Literatur debattierten und politisch vielfach befürworteten Weg eines Wettbewerbs privater Papiergeldemittenten („Zettelbanken“) verworfen. Letzten Endes hat sie sich damit das Emissionsmonopol nicht nur für Metallgeld, sondern auch für Papiergeld und die Steuerung der Geldmenge aus papiergeldähnlichen privaten Banknoten gesichert. Ein weiterer leitender Gesichtspunkt bei der Abfassung des Schuldverschreibungsgesetzes war die Lenkung des privaten Anlagekapitals. Preußen wollte im Wettbewerb mit ausländischen Staaten um anlagesuchendes Kapital nicht ins Hintertreffen geraten und unterstellte deshalb auch die Emission und den Umlauf ausländischer Schuldverschreibungen im Inland der Genehmigungspflicht. Schließlich enthält das Schuldverschreibungsgesetz von 1833 auch privatrechtliche Vorschriften zum Schutz der Investoren. Obwohl seit langem Inhaberpapiere im Umlauf waren und sich auch das preußische ALR von 1794 mit Einzelfragen der Übertragung solcher Papiere, ihrer Vindikation, Amortisation und Funktion als Zahlungsmittel befaßt hatte,5 war bis dahin kein konsistentes Konzept entwickelt worden, das eine überzeugende und bruchfreie Lösung der praktisch auftretenden Fragen zur Rechtsstellung der Beteiligten – Aussteller, erster Nehmer und spätere Investoren – gestattet hätte. Auch das Schuldverschreibungsgesetz von 1833 stellt insoweit nur eine weitere Zwischenetappe dar, die in der Entwicklung dieser Finanzierungsinstrumente erreicht wurde. Die vorliegende Studie versucht, die angedeuteten Linien nachzuzeichnen.
Die Einschaltung einer zentralen Gegenpartei in den Handel mit Derivaten erfüllt zahlreiche wirtschaftliche Funktionen. Neben der Reduktion des Kontrahentenausfallrisikos und systemischer Risiken wird das durch das Erfordernis angemessener Eigenkapitalunterlegung gebundene Eigenkapital bestmöglich freigehalten. Letztlich kann mit ihr auch ein Frühwarnsystem zur Vorbeugung ungewollter Marktentwicklungen implementiert werden. Bei der Frage nach der rechtlichen Konstruktion des Handels mit Derivaten mittels zentraler Gegenpartei sind börslicher und außerbörslicher Handel zu trennen. Im börslichen Derivatehandel kommen die Rechtsgeschäfte zwischen CM und zentraler Gegenpartei durch Angebot und Annahme i.S. der §§ 145 ff. BGB zustande. Das Angebot des CM 1 liegt in der Eingabe der Order in das EDV-System. Das Angebot ist hinreichend bestimmt. Auch handelt CM 1 mit Rechtsbindungswillen. Allerdings besteht ein vertraglich vereinbartes Rücktrittsrecht bis zum Zeitpunkt des Matching. Das Angebot geht der zentralen Gegenpartei zu, indem CM 2 dieses als Passivvertreterin der zentralen Gegenpartei zur Kenntnis nimmt. Die Annahme durch die zentrale Gegenpartei erfolgt antizipiert durch Abschluss der Clearing-Vereinbarung. Ist ein NCM beteiligt, kommt zudem ein Parallelkontrakt zwischen CM und NCM zustande. Da die Ordereingabe des NCM zu zwei Vertragsschlüssen führt, gibt es zum einen ein eigenes Angebot gegenüber dem CM ab, welches antizipiert durch Abschluss der NCM-CM-Vereinbarung angenommen wird. Zum anderen gibt es ein Angebot im Namen des CM gegenüber der zentralen Gegenpartei ab. Der Vertragsschluss entspricht dem zwischen CM und zentraler Gegenpartei. Im OTC-Handel wird das Rechtsgeschäft zunächst zwischen den CM oder den RK geschlossen. Dann wird das Geschäft im Wege der abstrakten Novation aufgespalten. Dadurch wird die zentrale Gegenpartei jeweils Vertragspartner eines CM. Die Novation erhält ihre spezielle Ausprägung durch die CB-Eurex. Der Abschluss der neuen Schuldverhältnisse erfolgt durch Abgabe eines eigenen Angebotes der CM, das durch den anerkannten Anbieter als bloßer Bote an die zentrale Gegenpartei übermittelt wird. Die Annahme erfolgt durch Abschluss der Clearing-Vereinbarung. Ist ein RK involviert, kommt ebenfalls ein Parallelkontrakt zustande. Das Zustandekommen der beiden Rechtsgeschäfte findet auf die gleiche Weise wie im börslichen Handel statt. Das Clearing verläuft für den börslichen und außerbörslichen Derivatehandel gleich. Zunächst werden die fälligen Forderungen und Verbindlichkeiten verrechnet (Netting).208 Diesbezüglich schließen die Clearing-Stelle und das jeweilige CM durch Abschluss der Clearing-Vereinbarung einen Aufrechnungsvertrag zur Begründung einer einseitigen Aufrechnungsbefugnis zugunsten der Eurex Clearing AG. Eine Nettingvereinbarung kann auch im Verhältnis CM und NCM bzw. RK geschlossen werden. Eine Pflicht dazu besteht aber nicht. Die nicht verrechneten fälligen Forderungen und Verbindlichkeiten werden durch Barausgleich oder durch Übereignung von Wertpapieren, Wertrechten oder Wertpapieren im Treuhandgiroverkehr, erfüllt. Die Übereignung von Wertpapieren findet nach sachenrechtlichen Grundsätzen statt. Die dingliche Einigung zwischen CM 1 und CM 2 liegt in der Erstellung der Ist-Lieferliste durch die Eurex Clearing AG, die dabei als Aktiv- und Passivvertreter der beteiligten CMs handelt. Die dingliche Einigung erfolgt unter aufschiebender Bedingung. Die Übergabe der Wertpapiere findet durch Umstellung des Besitzmittlungsverhältnisses nach § 929 S. 1 BGB statt. Die Übertragung von Wertrechten oder Wertpapieren im Treuhandgiroverkehr finden nach den schuldrechtlichen Regelungen zur Aufrechnung (§§ 398 ff. BGB) statt. Dazu tritt CM 1 zunächst den Lieferanspruch gegenüber der Wertpapiersammelbank an die Eurex Clearing AG ab. Diese erwirbt den Lieferanspruch jedoch nur treuhänderisch durch Abschluss eines eigennützigen Treuhandverhältnisses. Erst in einem zweiten Schritt tritt die Eurex Clearing AG den Lieferanspruch unter aufschiebender Bedingung an CM 2 ab, was durch die Erteilung entsprechender Gutschriften nach außen erkennbar wird. Nicht fällige Derivategeschäfte werden saldiert. Ein dabei verbleibender Saldo an offenen Verbindlichkeiten ist durch Sicherheiten zu unterlegen. Im Hinblick auf die Funktionswahrung der Clearing-Stelle sind diese bei Sicherheiten in Wertpapieren und Wertrechten ausnahmslos als Pfandrechte zu qualifizieren.
Ziel der vorliegenden Dissertation war es, die Dynamik des Retinalchromophors in archaealen, bakteriellen sowie eukaryotischen Retinalproteinen zeitaufgelöst zu untersuchen und so Informationen über die unterschiedlichen lichtgesteuerten zyklischen Reaktionen zu erhalten. Für das bakterielle Proteorhodopsin (PR) wurde die Primärdynamik im sichtbaren Spektralbereich unter D2O-Bedingungen bei unterschiedlichen pD-Werten untersucht. Es zeigte sich, dass das isomerisierte K-Photoprodukt mit zwei Zeitkonstanten im Bereich von 1 ps und 20 ps gebildet wird. Der Vergleich mit Messungen in H2O erlaubte es den kinetischen Isotopeneffekt für die Deaktivierung des S1-Zustandes zu berechnen. Die Ergebnisse weisen dabei auf unterschiedliche Wasserstoffbrückenmuster unter sauren und alkalischen Bedingungen hin. Um diesem Resultat weiter nachzugehen, wurde die D97N-Mutante untersucht, bei der der primäre Protonenakzeptors ungeladen vorliegt. Die gefundene Primärdynamik von PR D97N läuft nur unwesentlich langsamer ab als die des Wildtyp-Proteins bei pD 6,4. Um weitergehende Einsichten in die Primärdynamik von PR zu erlangen, wurden am Wildtyp-Protein sowie der D97N-Mutante transiente Absorptionsmessungen im Bereich der C=C- und C=N-Schwingung des Retinals durchgeführt. Es stellte sich heraus, dass die Quantenausbeute der K-Bildung unabhängig vom pD-Wert ist. In einem weiteren Schritt wurde der Einfluss des hochkonservierten His-75 auf die Isomerisierungsdynamik untersucht. Hierfür wurden die Mutanten H75N und H75M verwendet. Die Kurzzeitmessungen lassen keinen ausgeprägten Einfluss auf die Isomerisierungsdynamik erkennen. Auch der nachfolgende Teil des Photozyklus war im Blickpunkt dieser Arbeit. Die Tieftemperaturstudien im sichtbaren Spektralbereich erlaubten das in kinetischen Messungen nicht beobachtete M-Intermediat des sauren Photozyklus nachzuweisen. Um strukturelle Einblicke in den Photozyklus zu erlangen und die am Pumpvorgang beteiligten Aminosäuren zu identifizieren, wurden nachfolgend Tieftemperaturuntersuchungen im infraroten Spektralbereich durchgeführt. Die Implementierung eines Faserspektrometers in den Strahlengang des FTIR-Aufbaus erlaubte hierbei die simultane Aufnahme der lichtinduzierten Änderungen der Bandenposition im sichtbaren Spektralbereich und der Änderungen der Proteinstruktur sowie der Seitenketten. Für den M-Zustand bei pH 5,1 konnte gezeigt werden, dass auch hier eine Aspartat- oder Glutamat-Seitenkette als Protonenakzeptor fungiert. Weiterhin konnte dargelegt werden, dass der Photozyklus von PR nicht nur vom pKa-Wert des Protonen-akzeptors Asp-97 abhängt, sondern von einem Zusammenspiel mehrerer pH-abhängiger Gleichgewichte, da schon kleinste Änderungen des pH-Werts im Bereich des pKa großen Einfluss auf die beobachteten Differenzspektren sowie die Dynamik haben. Auch für das in jüngster Vergangenheit zur optogenetischen Kontrolle neuronaler Netze eingesetzte eukaryotische Retinalprotein Channelrhodopsin-2 (ChR-2) wurden umfangreiche Photozyklusstudien durchgeführt. Mit Hilfe von transienter Absorptionsspektroskopie im Sichtbaren sowie der Fluoreszenz-aufkonvertierung konnte gezeigt werden, dass der angeregte Zustand monoexponentiell mit 0,4 ps zerfällt. Die Reaktion setzt sich mit einem Kühlprozess und kleineren Änderungen der Linienbreite des K-Photoprodukts fort. Durch die schnelle Deaktivierung des angeregten Zustands war es zudem möglich die direkten Auswirkungen der Retinalisomerisierung auf die Proteinumgebung zu beobachten. Die Vielzahl ausgeprägter Differenzbanden zeigte hierbei, dass neben der schnellen Isomerisierung auch der Energietransfer der im Retinal gespeicherten Überschussenergie an das Protein sehr effizient ist. Über Blitzlichtphotolyseexperimente konnte die Langzeitdynamik des ChR-2-Photozyklus erstmals mit einer sub-µs-Zeitauflösung charakterisiert werden. Neben der für Retinalproteine typischen Abfolge von blau- und rot-verschobenen Intermediaten, ist der Photozyklus mit einer Dauer von etwa 5 s signifikant langsamer als der gemeinhin schon langsame Zyklus der sensorischen Retinalproteine. Um die Aktivierungs-barrieren des ChR-2-Photozyklus zu untersuchen, wurden weiterhin temperaturabhängige Messungen durchgeführt. Diese ergaben, dass der Photozyklus durch entropische Faktoren bestimmt wird. In einem letzten Ansatzpunkt wurde die Imidazol-Abhängigkeit der Langzeitdynamik des ChR-2-Photozyklus untersucht. Es zeigte sich, dass die Dynamik um die De- und Reprotonierung stark von diesem externen Donor beeinflusst wird. Es wurde jedoch nicht nur eine Beschleunigung der Reprotonierungsreaktion beobachtet, sondern auch der molekulare Mechanismus scheint sich nach Zugabe von Imidazol geändert zu haben. Diese Effekte können am ehesten durch eine Verstärkung des Histidin-Donor-Effekts durch das strukturell verwandte Imidazol erklärt werden. Genau dieser Einfluss externer Donor-Moleküle stand ebenfalls in einer Kurzzeit-Studie archaealer Retinalproteine im Fokus. Vorausgegangene Studien konnten zeigen, dass die Zugabe von Azid-Anionen die Isomerisierungsdynamik sowie den nachfolgenden spektral stillen Übergang der Protonenakzeptor-mutante von SRII D75N beeinflusst. Die vorliegende Arbeit stellte heraus, dass dieser Effekt ein einzigartiges Merkmal dieser Mutante ist. Abschließend wurde überdies die Bedeutung des in der Zelle in 2:2-Stöchiometrie beobachteten Transducerkomplexes auf die Primärreaktion von SRII untersucht. Es zeigte sich, dass dieser keinen Einfluss auf die Isomerisierungsdynamik aufweist, was eine wichtige Information bezüglich der Signalweitergabe sensorischer Retinalproteine ist.
Obwohl zahlreiche zelluläre Funktionen von RNAs in direktem Zusammenhang mit Proteinen stehen, wurde auch eine Vielzahl von, unter anderem regulatorischen, RNA-Motiven identifiziert, die ihre Funktion ohne eine initiale Beteiligung von Proteinen ausüben. Das detaillierte Verständnis der zu Grunde liegenden Regulationsmechanismen beinhaltet die Charakterisierung von beteiligten RNA-Architekturen und deren funktionaler Stabilitäten, von dynamischen Aspekten der RNA-Faltungsprozesse sowie die Korrelation dieser Charakteristika mit zellulären Funktionen. Im Rahmen dieser Arbeit wurden strukturelle, thermodynamische und kinetische Aspekte der Ligand-bindenden Guanin Riboswitch-RNA Aptamerdomäne des xpt-pbuX Operons aus B. subtilis und eines Cofaktor-abhängigen katalytischen RNA-Motivs, des 'Adenin-abhängigen Hairpin Ribozyms', untersucht. ...
In den vergangenen Jahren wurden zahlreiche Stoffe als Photosensibilisatoren evaluiert, deren photodynamische Aktivität gegenüber den Pioniersubstanzen deutlich verbessert werden konnte. Vielen dieser Moleküle blieb jedoch aufgrund ihrer ungünstigen physikochemischen Eigenschaften oder der auftretenden Toxizität die Marktreife versagt. Nanopartikuläre Trägersysteme sind geeignet, Verträglichkeit und Effektivität der Photodynamischen Therapie zu verbessern sowie die Selektivität bei der Behandlung bestimmter Tumorspezies deutlich zu erhöhen. Um dieses Prinzip auf verschiedene Photosensibilisatoren anwenden zu können, wurden in der vorliegenden Arbeit Nanopartikel aus humanem Serumalbumin (HSA) durch Desolvatation hergestellt und die adsorptive, die inkorporative sowie die kovalente Bindung an das Trägersystem untersucht. ...
Resting egg banks of microcrustaceans have been used to reconstruct the evolutionary and ecological history of species. However, recent studies provided evidence for a discrepancy between dormant propagules in the sediment and the planktonic population. This pattern raises two questions: First, what is the value of data on resting egg banks for population dynamics over time and second, which component of the reproductive cycle causes the observed inconsistency? In our study we focussed on the second question by comparing the taxon composition of a resting egg bank with the reproductive success of ex-ephippial hatchlings. Species and interspecific hybrid identification of dormant and hatched stages was achieved through the application of restriction fragment length polymorphism analysis of an internal transcribed spacer region. We found no significant deviation between the proportion of hatched Daphnia galeata, D. galeata x hyalina and D. hyalina individuals and the observed taxon composition of the resting egg bank. However, species and hybrids differed in their mode and relative success of reproduction. We conclude that the components of reproductive success in Daphnia contribute differentially to the fitness of species and interspecific hybrids. The discrepancy between resting egg banks and "active" planktonic populations results not from differential hatching of species but from the reproductive success of ex-ephippial females and the timing and frequency of sexual reproduction of the different taxa.
Introduction: Acute lung injury (ALI) is an inflammatory disorder of pulmonary or extrapulmonary origin. We have previously demonstrated that netrin-1 dampens murine ALI, and in an attempt to advance this finding into future clinical practice we evaluated whether netrin-1 would reduce alveolar inflammation during porcine ALI. Methods: This was a controlled in vivo experimental study in pigs. We induced ALI through lipoploysaccharide (LPS) infusion (50 micro g/kg) for 2 hours. Following this, we exposed animals to either vehicle, intravenous netrin-1 (netrin-1 i.v.) or inhaled netrin-1 (netrin-1 inh.). Serum samples and bronchoalveolar lavage (BAL) were obtained to determine levels of tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha), interleukin (IL)-1beta, interleukin-6 and interleukin-8 at baseline and 6 hours following treatment. Myeloperoxidase activity (MPO) and protein levels were determined in the BAL, and tissue samples were obtained for histological evaluation. Finally, animals were scanned with spiral CT. Results: Following LPS infusion, animals developed acute pulmonary injury. Serum levels of TNF-alpha and IL-6 were significantly reduced in the netrin-1 i.v. group. BAL demonstrated significantly reduced cytokine levels 6 hours post-netrin-1 treatment (TNF-alpha: vehicle 633 ± 172 pg/ml, netrin-1 i.v. 84 ± 5 pg/ml, netrin-1 inh. 168 ± 74 pg/ml; both P < 0.05). MPO activity and protein content were significantly reduced in BAL samples from netrin-1-treated animals. Histological sections confirmed reduced inflammatory changes in the netrin-1-treated animals. Computed tomography corroborated reduced pulmonary damage in both netrin-1-treated groups. Conclusions: We conclude that treatment with the endogenous anti-inflammatory protein netrin-1 reduces pulmonary inflammation during the initial stages of ALI and should be pursued as a future therapeutic option.
Ziel des Seminars war, sportmedizinische und präventivmedizinische Aspekte zu Fitness und Wellness zu präsentieren und hierbei insbesondere auf die historische Entwicklung der Sportmedizin einzugehen sowie Techniken und Wirkungen verschiedener Massageformen und ganzheitliche asiatische Gesundheitsansätze und Bewegungskünste zu erörtern.
The goal of this project is to develop a framework for a cell that takes in consideration its internal structure, using an agent-based approach. In this framework, a cell was simulated as many sub-particles interacting to each other. This sub-particles can, in principle, represent any internal structure from the cell (organelles, etc). In the model discussed here, two types of sub-particles were used: membrane sub-particles and cytosolic elements. A kinetic and dynamic Delaunay triangulation was used in order to define the neighborhood relations between the sub-particles. However, it was soon noted that the relations defined by the Delaunay triangulation were not suitable to define the interactions between membrane sub-particles. The cell membrane is a lipid bilayer, and does not present any long range interactions between their sub-particles. This means that the membrane particles should not be able to interact in a long range. Instead, their interactions should be confined to the two-dimensional surface supposedly formed by the membrane. A method to select, from the original three-dimensional triangulations, connections restricted to the two-dimensional surface formed by the cell membrane was then developed. The algorithm uses as starting point the three-dimensional Delaunay triangulation involving both internal and membrane sub-particles. From this triangulation, only the subset of connections between membrane sub-particles was considered. Since the cell is full of internal particles, the collection of the membrane particles' connections will resemble the surface to be obtained, even though it will still have many connections that do not belong to the restricted triangulation on the surface. This "thick surface" was called a quasi-surface. The following step was to refine the quasi-surface, cutting out some of the connections so that the ones left made a proper surface triangulation with the membrane points. For that, the quasi-surface was separated in clusters. Clusters are defined as areas on the quasi-surface that are not yet properly triangulated on a two-dimensional surface. Each of the clusters was then re-triangulated independently, using re-triangulation methods also developed during this work. The interactions between cytosolic elements was given by a Lennard-Jones potential, as well as the interactions between cytosolic elements and membrane particles. Between only membrane particles, the interactions were given by an elastic interaction. For each particle, the equation of motion was written. The algorithm chosen to solve the equations of motion was the Verlet algorithm. Since the cytosol can be approximated as a gel, it is reasonable to suppose that the sub-cellular particles are moving in an overdamped environment. Therefore, an overdamped approximation was used for all interactions. Additionally, an adaptive algorithm was used in order to define the size of the time step used in each interaction. After the method to re-triangulate the membrane points was implemented, the time needed to re-triangulate a single cluster was studied, followed by an analysis on how the time needed to re-triangulate each point in a cluster varied with the cluster size. The frequency of appearance for each cluster size was also compared, as this information is necessary to guarantee that the total time needed by to re-triangulate a cell is convergent. At last, the total time spent re-triangulating a surface was plotted, as well as a scaling for the total re-triangulation time with the variation. Even though there is still a lot to be done, the work presented here is an important step on the way to the main goal of this project: to create an agent-based framework that not only allows the simulation of any sub-cellular structure of interest but also provides meaningful interaction relations to particles belonging to the cell membrane.
Contents vii Acknowledgements ix Translator’s Note xi Foreword to the 2009 Edition Steffen Böhm and Campbell Jones xiii Foreword xvii 1 The struggle against liberalism in the totalitarian view of the state 1 2 The concept of essence 31 3 The affirmative character of culture 65 4 Philosophy and critical theory 99 5 On hedonism 119 6 Industrialization and capitalism in the work of Max Weber 151 7 Love mystified: A critique of Norman O. Brown 171 8 Aggressiveness in advanced industrial societies 187 Notes 203 Chapter 1 originally published in German in Zeitschrift für Sozialforschung, vol. III (1934). Chapter 2 originally published in German in Zeitschrift für Sozialforschung, vol. V (1936). Chapter 3 originally published in German in Zeitschrift für Sozialforschung, vol. VI (1937). Chapter 4 originally published in German in Zeitschrift für Sozialforschung, vol. VI (1937). Chapter 5 originally published in German in Zeitschrift für Sozialforschung, vol. VII (1938). Chapter 6 first published in German in Max Weber und die Soziologie heute (1964). This translation is based on a revised form of the essay first published in German in Kultur in Gesellschaft (1965). Chapter 7 (‘Love Mystified’) was first published in Commentary, February 1967. Norman O. Brown’s response (‘A reply to Herbert Marcuse’) was published in Commentary in March 1967. Chapter 8 printed first in Negations (Allen Lane/Penguin Press, 1968).
During a 4-week run in October–November 2006, a pilot experiment was performed at the CERN Proton Synchrotron in preparation for the Cosmics Leaving OUtdoor Droplets (CLOUD) experiment, whose aim is to study the possible influence of cosmic rays on clouds. The purpose of the pilot experiment was firstly to carry out exploratory measurements of the effect of ionising particle radiation on aerosol formation from trace H2SO4 vapour and secondly to provide technical input for the CLOUD design. A total of 44 nucleation bursts were produced and recorded, with formation rates of particles above the 3 nm detection threshold of between 0.1 and 100 cm -3 s -1, and growth rates between 2 and 37 nm h -1. The corresponding H2O concentrations were typically around 106 cm -3 or less. The experimentally-measured formation rates and htwosofour concentrations are comparable to those found in the atmosphere, supporting the idea that sulphuric acid is involved in the nucleation of atmospheric aerosols. However, sulphuric acid alone is not able to explain the observed rapid growth rates, which suggests the presence of additional trace vapours in the aerosol chamber, whose identity is unknown. By analysing the charged fraction, a few of the aerosol bursts appear to have a contribution from ion-induced nucleation and ion-ion recombination to form neutral clusters. Some indications were also found for the accelerator beam timing and intensity to influence the aerosol particle formation rate at the highest experimental SO2 concentrations of 6 ppb, although none was found at lower concentrations. Overall, the exploratory measurements provide suggestive evidence for ion-induced nucleation or ion-ion recombination as sources of aerosol particles. However in order to quantify the conditions under which ion processes become significant, improvements are needed in controlling the experimental variables and in the reproducibility of the experiments. Finally, concerning technical aspects, the most important lessons for the CLOUD design include the stringent requirement of internal cleanliness of the aerosol chamber, as well as maintenance of extremely stable temperatures (variations below 0.1 °C)
Aging of biological systems ultimately leads to death of the individual. In humans, organ failure as the result of functional impairments after stroke, cardio-vascular disease, tumor development, neurodegeneration and other diseases are certainly crucial in bringing life to an end. But what happens in individuals with no obvious disease or disorders?
PaMTH1 is an O-methyltransferase catalysing the methylation of vicinal hydroxyl groups of polyphenols. The protein accumulates during ageing of Podospora anserina in both the cytosol and in the mitochondrial matrix. The construction and characterisation of a PaMth1 deletion strain provided additional evidence about the function of the protein in the protection against metal induced oxidative stress. Deletion of PaMth1 was found to lead to a decreased resistance against exogenous oxidative stress and to a shortened lifespan suggesting a role of PaMTH1 as a longevity assurance factor in a new molecular pathway involved in lifespan control. Key words: Podospora anserina, knock-out, reactive oxygen species, flavonoids, ageing, O-methyltransferase
In previous investigations an impact of cellular copper homeostasis on ageing of the ascomycete Podospora anserina has been demonstrated. Here we provide new data indicating that mitochondria play a major role in this process. Determination of copper in the cytosolic fraction using total reflection X-ray fluorescence spectroscopy analysis and eGfp reporter gene studies indicate an age-related increase of cytosolic copper levels. We show that components of the mitochondrial matrix (i.e. eGFP targeted to mitochondria) become released from the organelle during ageing. Decreasing the accessibility of mitochondrial copper in P. anserina via targeting a copper metallothionein to the mitochondrial matrix was found to result in a switch from a copper-dependent cytochrome-c oxidase to a copper-independent alternative oxidase type of respiration and results in lifespan extension. In addition, we demonstrate that increased copper concentrations in the culture medium lead to the appearance of senescence biomarkers in human diploid fibroblasts (HDFs). Significantly, expression of copper-regulated genes is induced during in vitro ageing in medium devoid of excess copper suggesting that cytosolic copper levels also increase during senescence of HDFs. These data suggest that the identified molecular pathway of age-dependent copper dynamics may not be restricted to P. anserina but may be conserved from lower eukaryotes to humans.
Plasticity resembling spike-timing dependent synaptic plasticity: the evidence in human cortex
(2010)
Spike-timing dependent plasticity (STDP) has been studied extensively in a variety of animal models during the past decade but whether it can be studied at the systems level of the human cortex has been a matter of debate. Only recently newly developed non-invasive brain stimulation techniques such as transcranial magnetic stimulation (TMS) have made it possible to induce and assess timing dependent plasticity in conscious human subjects. This review will present a critical synopsis of these experiments, which suggest that several of the principal characteristics and molecular mechanisms of TMS-induced plasticity correspond to those of STDP as studied at a cellular level. TMS combined with a second phasic stimulation modality can induce bidirectional long-lasting changes in the excitability of the stimulated cortex, whose polarity depends on the order of the associated stimulus-evoked events within a critical time window of tens of milliseconds. Pharmacological evidence suggests an NMDA receptor mediated form of synaptic plasticity. Studies in human motor cortex demonstrated that motor learning significantly modulates TMS-induced timing dependent plasticity, and, conversely, may be modulated bidirectionally by prior TMS-induced plasticity, providing circumstantial evidence that long-term potentiation-like mechanisms may be involved in motor learning. In summary, convergent evidence is being accumulated for the contention that it is now possible to induce STDP-like changes in the intact human central nervous system by means of TMS to study and interfere with synaptic plasticity in neural circuits in the context of behavior such as learning and memory. Keywords: spike-timing dependent plasticity, long-term potentiation, long-term depression, paired associative stimulation, transcranial magnetic stimulation, human, cortex, translational neuroscience
In order to quantitatively analyse the chemical and dynamical evolution of the polar vortex it has proven extremely useful to work with coordinate systems that follow the vortex flow. We propose here a two-dimensional quasi-Lagrangian coordinate system {X i, delta X i}, based on the mixing ratio of a long-lived stratospheric trace gas i, and its systematic use with i = N2O, in order to describe the structure of a well-developed Antarctic polar vortex. In the coordinate system {X i, delta X i} the mixing ratio X i is the vertical coordinate and delta X i = X i(theta) - X i vort(theta) is the meridional coordinate (X i vort(theta) being a vertical reference profile in the vortex core). The quasi-Lagrangian coordinates {X i, delta X i} persist for much longer time than standard isentropic coordinates, potential temperature theta and equivalent latitude Phi e, do not require explicit reference to geographic space, and can be derived directly from high-resolution in situ measurements. They are therefore well-suited for studying the evolution of the Antarctic polar vortex throughout the polar winter with respect to the relevant chemical and microphysical processes. By using the introduced coordinate system {X N2O, delta X N2O} we analyze the well-developed Antarctic vortex investigated during the APE-GAIA (Airborne Polar Experiment – Geophysica Aircraft in Antarctica – 1999) campaign (Carli et al., 2000). A criterion, which uses the local in-situ measurements of X i=X i(theta) and attributes the inner vortex edge to a rapid change (delta-step) in the meridional profile of the mixing ratio X i, is developed to determine the (Antarctic) inner vortex edge. In turn, we suggest that the outer vortex edge of a well-developed Antarctic vortex can be attributed to the position of a local minimum of the X H2O gradient in the polar vortex area. For a well-developed Antarctic vortex, the delta X N2O-parametrization of tracer-tracer relationships allows to distinguish the tracer inter-relationships in the vortex core, vortex boundary region and surf zone and to examine their meridional variation throughout these regions. This is illustrated by analyzing the tracer-tracer relationships X i : X N2O obtained from the in-situ data of the APE-GAIA campaign for i = CFC-11, CFC-12, H-1211 and SF6. A number of solitary anomalous points in the CFC-11 : N2O correlation, observed in the Antarctic vortex core, are interpreted in terms of small-scale cross-isentropic dispersion.
Potentiation of glycine-gated NR1/NR3A NMDA receptors relieves Ca2+-dependent outward rectification
(2010)
Glycine has diverse functions within the mammalian central nervous system. It inhibits postsynaptic neurons via strychnine-sensitive glycine receptors (GlyRs) and enhances neuronal excitation through co-activation of N-methyl-D-aspartate (NMDA) receptors. Classical Ca2+-permeable NMDA receptors are composed of glycine-binding NR1 and glutamate-binding NR2 subunits, and hence require both glutamate and glycine for efficient activation. In contrast, recombinant receptors composed of NR1 and the glycine binding NR3A and/or NR3B subunits lack glutamate binding sites and can be activated by glycine alone. Therefore these receptors are also named “excitatory glycine receptors”. Co-application of antagonists of the NR1 glycine-binding site or of the divalent cation Zn2+ markedly enhances the glycine responses of these receptors. To gain further insight into the properties of these glycine-gated NMDA receptors, we investigated their current-voltage (I–V) dependence. Whole-cell current-voltage relations of glycine currents recorded from NR1/NR3B and NR1/NR3A/NR3B expressing oocytes were found to be linear under our recording conditions. In contrast, NR1/NR3A receptors displayed a strong outwardly rectifying I–V relation. Interestingly, the voltage-dependent inward current block was abolished in the presence of NR1 antagonists, Zn2+ or a combination of both. Further analysis revealed that Ca2+ (1.8 mM) present in our recording solutions was responsible for the voltage-dependent inhibition of ion flux through NR1/NR3A receptors. Since physiological concentrations of the divalent cation Mg2+ did not affect the I–V dependence, our data suggest that relief of the voltage-dependent Ca2+ block of NR1/NR3A receptors by Zn2+ may be important for the regulation of excitatory glycinergic transmission, according to the Mg2+-block of conventional NR1/NR2 NMDA receptors. Keywords: NMDA receptor, excitatory glycine receptor, voltage block, NR3 subunit, supralinear potentiation, Zn2+, NR1 antagonist, ligand-binding domain
Although models based on independent component analysis (ICA) have been successful in explaining various properties of sensory coding in the cortex, it remains unclear how networks of spiking neurons using realistic plasticity rules can realize such computation. Here, we propose a biologically plausible mechanism for ICA-like learning with spiking neurons. Our model combines spike-timing dependent plasticity and synaptic scaling with an intrinsic plasticity rule that regulates neuronal excitability to maximize information transmission. We show that a stochastically spiking neuron learns one independent component for inputs encoded either as rates or using spike-spike correlations. Furthermore, different independent components can be recovered, when the activity of different neurons is decorrelated by adaptive lateral inhibition.
Understanding the dynamics of recurrent neural networks is crucial for explaining how the brain processes information. In the neocortex, a range of different plasticity mechanisms are shaping recurrent networks into effective information processing circuits that learn appropriate representations for time-varying sensory stimuli. However, it has been difficult to mimic these abilities in artificial neural network models. Here we introduce SORN, a self-organizing recurrent network. It combines three distinct forms of local plasticity to learn spatio-temporal patterns in its input while maintaining its dynamics in a healthy regime suitable for learning. The SORN learns to encode information in the form of trajectories through its high-dimensional state space reminiscent of recent biological findings on cortical coding. All three forms of plasticity are shown to be essential for the network's success. Keywords: synaptic plasticity, intrinsic plasticity, recurrent neural networks, reservoir computing, time series prediction
We examined whether positive transfer of cognitive training, which so far has been observed for individual tests only, also generalizes to cognitive abilities, thereby carrying greater promise for improving everyday intellectual competence in adulthood and old age. In the COGITO Study, 101 younger and 103 older adults practiced six tests of perceptual speed (PS), three tests of working memory (WM), and three tests of episodic memory (EM) for over 100 daily 1-h sessions. Transfer assessment included multiple tests of PS, WM, EM, and reasoning. In both age groups, reliable positive transfer was found not only for individual tests but also for cognitive abilities, represented as latent factors. Furthermore, the pattern of correlations between latent change factors of practiced and latent change factors of transfer tasks indicates systematic relations at the level of broad abilities, making the interpretation of effects as resulting from unspecific increases in motivation or self-concept less likely. Keywords: cognitive training, cognitive abilities, transfer, latent factors, working memory
Disruptive behaviour disorders are reflected by a great variety of symptoms ranging from impulsive-hot tempered quarrels to purposeful and goal directed acts of cruelty. A growing body of data indicates that there are neurobiological factors that increase the risk for developing disruptive behaviour disorders. In this review, we give a broad overview of recent studies investigating physiological, neural, genetic factors, and specific neurotransmitter systems. We also discuss the impact of psychosocial risk and consider the effects of gene-environment interactions. Due to the heterogeneity of disruptive behaviour disorders, it is concluded that specific subtypes of disruptive behaviour should be considered both in terms their biological basis and in regard to specific treatment needs.
Die Arbeit untersucht die Herstellung und ökonomische Umsetzung von "ethnischem Anderssein" in sog. Kultur-Kochkursen in Frankfurt am Main. In den beforschten Kultur-Kochkursen vermitteln ethnisch markierte KochkursleiterInnen "ihre Küche und Kultur" einem (multikulturalistisch) interessiertem Publikum. Die Arbeit fokussiert auf die performative Herstellung, Umsetzung und Repräsentation von (vermarktbarem) ethnischen Andersseins durch die KochkursleiterInnen in der Kochkurssituation und überprüft die Annahme, dass Ethnizität primär durch (Selbst-)Othering – die Betonung von unüberbrückbarer, essentieller kultureller Differenz – vermarktet wird. Die Befunde, welche auf Internetrecherchen, teilnehmenden Beobachtungen und narrativen Interviews basieren, zeigen, dass die organisierenden Institutionen die Kulturkochkurse zwar mit dem Verweis auf Authentizität, Tradition und Andersartigkeit bewerben, die Kultur-KochkursleiterInnen selbst in der Kochkurssituation allerdings kein kulturalistisches, exotisierendes und Differenz betonendes Ethnizitätskonzept perfomieren, sondern vielmehr Dynamik, Vielfalt und Vermischungen artikulieren, praktizieren und stark positiv konnotieren.
Leben bedeutet eine fortdauernde Anpassung an Umweltbedingungen durch ein hoch entwickeltes Informationsverarbeitungssystem. Diese Anpassung wird durch das neuroendokrine und autonome Nervensystem gewährleistet. Eine tages- und jahreszeitliche Organisation des neuroendokrinen und autonomen Systems findet durch das Photoneuroendokrine System (PNS) statt. Erst in jüngster Zeit konnte gezeigt werden, dass neben peptidergen Substanzen auch lipiderge Signalmoleküle des Endocannabinoidsystems eine essentielle Rolle bei der interzelluären Kommunikation spielen. Hierbei zählen Anandamid (AEA) und 2-Arachidonoylglycerol (2-AG) zu den umfassend erforschten Endocannabinoiden. ...
Diese Arbeit untersuchte die Epidemiologie und den Einfluss verschiedener Faktoren (Grunderkrankung, empirische Therapie, Schweregrad der Sepsis und Erreger mit Resistenz) auf das Überleben von Patienten mit Septikämien. Die häufigsten Grunderkrankungen dieses Kollektivs waren Leukämien (33%), solide Neoplasien (14%) sowie kardiale Vorerkrankungen (14%). Knapp die Hälfte der Patienten erwarb die Septikämie im Krankenhaus (47%). ...
Tubular carbonate concretions of up to 1 m in length and perpendicular to bedding, occur abundantly in the Upper Pliensbachian (upper Amaltheus margaritatus Zone, Gibbosus Subzone) in outcrops (Fontaneilles section) in the vicinity of Rivière-sûr-Tarn, southern France. Stable isotope analyses of these concretions show negative delta 13C values that decrease from the rim to the center from - 18.8‰ to - 25.7‰ (V-PDB), but normal marine delta 18 O values (- 1.8‰). Carbon isotope analyses of Late Pliensbachian bulk carbonate (matrix) samples from the Fontaneilles section show clearly decreasing C-isotope values across the A. margaritatus Zone, from +1‰ to - 3‰ (V-PDB). Isotope analyses of coeval belemnite rostra do not document such a negative C-isotope trend with values remaining stable around +2‰ (V-PDB). Computer tomographic (CT) scanning of the tubular concretions show multiple canals that are lined or filled entirely with pyrite. Previously, the formation of these concretions with one, two, or more central tubes, has been ascribed to the activity of an enigmatic organism, possibly with annelid or arthropod affinities, known asTisoa siphonalis. Our results suggest tisoan structures are abiogenic. Based on our geochemical analyses and sedimentological observations we suggest that these concretions formed as a combination of the anaerobic oxidation of methane (AOM) and sulfate reduction within the sediment. Fluids rich in methane and/or hydrocarbons likely altered local bulk rock carbon isotope records, but did not affect the global carbon cycle. Interestingly, Tisoa siphonalis has been described from many locations in the Grands Causses Basin in southern France, and from northern France and Luxemburg, always occurring at the same stratigraphic level. Upper Pliensbachian authigenic carbonates thus possibly cover an area of many thousand square kilometers. Greatly reduced sedimentation rates are needed to explain the stabilization of the sulfate-methane transition zone in the sedimentary column in order for the tubular concretions to form. Late Pliensbachian cooling, reducing run-off, and/or the influx of colder water and more vigorous circulation could be responsible for a halt in sedimentation. At the same time (thermogenic) methane may have destabilized during a major phase of Late Pliensbachian sea level fall. As such Tisoa siphonalis is more than a geological curiosity, and its further study could prove pivotal in understanding Early Jurassic paleoenvironmental change.
Background: Abnormalities of 11q23 involving the MLL gene are found in approximately 10% of human leukemias. To date, nearly 100 different chromosome bands have been described in rearrangements involving 11q23 and 64 fusion genes have been cloned and characterized at the molecular level. In this work we present the identification of a novel MLL fusion partner in a pediatric patient with de novo biphenotypic acute leukemia. Methods: Cytogenetics, fluorescence in situ hybridization (FISH), molecular studies (RT-PCR and LDI-PCR), and bioinformatic sequence analysis were used to characterize the CT45A2 gene as novel MLL fusion partner in pediatric acute leukemia. Results: Fluorescence in situ hybridization of the patient G-banded metaphases demonstrated a cryptic insertion of 11q23 in Xq26.3 involving the MLL gene. Breakpoint fusion analysis revealed that a DNA fragment of 653 kb from 11q23, containing MLL exons 1-9 in addition to 16 other 11q23 genes, was inserted into the upstream region of the CT45A2 gene located at Xq26.3. In addition, a deletion at Xq26.3 encompassing the 3' region of the DDX26B gene (exons 9-16) and the entire CT45A1 gene was identified. RNA analysis revealed the presence of a novel MLL-CT45A2 fusion transcript in which the first 9 exons of the MLL gene were fused in-frame to exon 2 of the CT45A2 gene, resulting in a spliced MLL fusion transcript with an intact open reading frame. The resulting chimeric transcript predicts a fusion protein where the N-terminus of MLL is fused to the entire open reading frame of CT45A2. Finally, we demonstrate that all breakpoint regions are rich in long repetitive motifs, namely LINE/L1 and SINE/Alu sequences, but all breakpoints were exclusively identified outside these repetitive DNA sequences. Conclusion: We have identified CT45A2 as a novel spliced MLL fusion partner in a pediatric patient with de novo biphenotypic acute leukemia, as a result of a cryptic insertion of 11q23 in Xq26.3. Since CT45A2 is the first Cancer/Testis antigen family gene found fused with MLL in acute leukemia, future studies addressing its biologic relevance for leukemogenesis are warranted.
Background: The enhancer of zeste homolog 2 (EZH2) gene exerts oncogene-like activities and its (over)expression has been linked to several human malignancies. Here, we studied a possible association between EZH2 expression and prognosis in patients with renal cell carcinoma (RCC). Methods: EZH2 protein expression in RCC specimens was analyzed by immunohistochemistry using a tissue microarray (TMA) containing RCC tumor tissue and corresponding normal tissue samples of 520 patients. For immunohistochemical assessment of EZH2 expression, nuclear staining quantity was evaluated using a semiquantitative score. The effect of EZH2 expression on cancer specific survival (CSS) was assessed by univariate and multivariate Cox regression analyses. Results: During follow-up, 147 patients (28%) had died of their disease, median follow-up of patients still alive was 6.0 years (range 0 - 16.1 years). EZH2 nuclear staining was present in tumor cores of 411 (79%) patients. A multivariate Cox regression analysis revealed that high nuclear EZH2 expression was an independent predictor of poor CSS (>25-50% vs. 0%: HR 2.72, p = 0.025) in patients suffering from non-metastatic RCC. Apart from high nuclear EZH2 expression, tumor stage and Fuhrman's grading emerged as significant prognostic markers. In metastatic disease, nuclear EZH2 expression and histopathological subtype were independent predictive parameters of poor CSS (EZH2: 1-5%: HR 2.63, p = 0.043, >5-25%: HR 3.35, p = 0.013, >25%-50%: HR 4.92, p = 0.003, all compared to 0%: HR 0.36, p = 0.025, respectively). Conclusions: This study defines EZH2 as a powerful independent unfavourable prognostic marker of CSS in patients with metastatic and non-metastatic RCC.
The editorial board of Aging reviews research papers published in 2009,which they believe have or will have a significant impact on aging research.Among many others, the topics include genes that accelerate aging or incontrast promote longevity in model organisms, DNA damage responsesand telomeres, molecular mechanisms of life span extension by calorierestriction and pharmacologic interventions into aging. The emergingmessage in 2009 is that aging is not random but determined by agenetically-regulated longevity network and can be decelerated bothgenetically and pharmacologically.
Im Koalitionsvertrag von Rot-Grün heißt es am Ende einer Präambel zur „Schule der Zukunft“: „Die Diskussion darüber, wie das Schulsystem ausgestaltet werden soll, ist in Nordrhein-Westfalen sehr kontrovers und polarisiert geführt worden. Wir wollen versuchen, mit allen Fraktionen und allen beteiligten Akteurinnen und Akteuren einen Konsens in der Schulpolitik zu erzielen.“ (Koalitionsvertrag zwischen der NRWSPD und Bündnis 90/Die Grünen NRW, Juli 2010, S.7) Wie stehen die Chancen für einen solchen Konsens?
Germany’s educational system has undergone a series of transformations during the last 40 years. In recent years, marked increases in enrolment have occurred. In response, admission requirements have been relaxed and new universities have been established. Academic distance education in the former Federal Republic of Germany (West Germany) was ushered in by the educational radio broadcasts around the end of the 1960s. Aside from the formation of the FernUniversität (Open University) in West Germany in 1975, there were significant developments in distance education occurring at the major universities in the German Democratic Republic (East Germany). After German reunification in 1990, the new unitary state launched programs to advance the development of distance education programs at conventional universities. Germany’s campus-based universities (Präsenzuniversitäten) created various entities, including central units and consortia of universities to design and market distance education programs. Hybridisation provides the necessary prerequisites for dual mode delivery, such as basic and continuing education programs, as well as for the combination of distance and campus-based education (Präsenzstudium). Hybridisation also has also opened the door for the creation of new programs. Following an initial phase in which distance education research is expected to centralize a trend towards decentralisation is likely to follow. The German Association for Distance Education (AG-F) offers a viable research network in distance education. Two dual mode case studies are also be surveyed: The Master of Arts degree, offered by the University of Koblenz-Landau, with Library Science as the second major, and the University of Kaiserslautern, where basic education will continue to be captured within the domain of the Präsenzstudium or campus-based education. The area in which distance education is flourishing most is within the field of academic continuing education, where external experts and authors are broadening the horizon of the campus. Multimedia networks will comprise the third generation of distance education.
Filamentous fungi are of great importance in ecology, agriculture, medicine, and biotechnology. Thus, it is not surprising that genomes for more than 100 filamentous fungi have been sequenced, most of them by Sanger sequencing. While next-generation sequencing techniques have revolutionized genome resequencing, e.g. for strain comparisons, genetic mapping, or transcriptome and ChIP analyses, de novo assembly of eukaryotic genomes still presents significant hurdles, because of their large size and stretches of repetitive sequences. Filamentous fungi contain few repetitive regions in their 30–90 Mb genomes and thus are suitable candidates to test de novo genome assembly from short sequence reads. Here, we present a high-quality draft sequence of the Sordaria macrospora genome that was obtained by a combination of Illumina/Solexa and Roche/454 sequencing. Paired-end Solexa sequencing of genomic DNA to 85-fold coverage and an additional 10-fold coverage by single-end 454 sequencing resulted in ~4 Gb of DNA sequence. Reads were assembled to a 40 Mb draft version (N50 of 117 kb) with the Velvet assembler. Comparative analysis with Neurospora genomes increased the N50 to 498 kb. The S. macrospora genome contains even fewer repeat regions than its closest sequenced relative, Neurospora crassa. Comparison with genomes of other fungi showed that S. macrospora, a model organism for morphogenesis and meiosis, harbors duplications of several genes involved in self/nonself-recognition. Furthermore, S. macrospora contains more polyketide biosynthesis genes than N. crassa. Phylogenetic analyses suggest that some of these genes may have been acquired by horizontal gene transfer from a distantly related ascomycete group. Our study shows that, for typical filamentous fungi, de novo assembly of genomes from short sequence reads alone is feasible, that a mixture of Solexa and 454 sequencing substantially improves the assembly, and that the resulting data can be used for comparative studies to address basic questions of fungal biology.
If insufficiently treated, Lyme borreliosis can evolve into an inflammatory disorder affecting skin, joints, and the CNS. Early innate immunity may determine host responses targeting infection. Thus, we sought to characterize the immediate cytokine storm associated with exposure of PBMC to moderate levels of live Borrelia burgdorferi. Since Th17 cytokines are connected to host defense against extracellular bacteria, we focused on interleukin (IL)-17 and IL-22. Here, we report that, despite induction of inflammatory cytokines including IL-23, IL-17 remained barely detectable in response to B. burgdorferi. In contrast, T cell-dependent expression of IL-22 became evident within 10 h of exposure to the spirochetes. This dichotomy was unrelated to interferon-gamma but to a large part dependent on caspase-1 and IL-1 bioactivity derived from monocytes. In fact, IL-1beta as a single stimulus induced IL-22 but not IL-17. Neutrophils display antibacterial activity against B. burgdorferi, particularly when opsonized by antibodies. Since neutrophilic inflammation, indicative of IL-17 bioactivity, is scarcely observed in Erythema migrans, a manifestation of skin inflammation after infection, protective and antibacterial properties of IL-22 may close this gap and serve essential functions in the initial phase of spirochete infection.
Background: Familial hemophagocytosis (FHL) is a rare disease associated with defects in proteins involved in CD8+ T-cell cytotoxicity. Hyperactivation of immune cells results in a perilous, Th1-driven cytokine storm. We set out to explore the regulation of cytokines in an FHL patient who was clinically stable on low-dose immunosuppressive therapy after bone marrow transplantation over a six-month period. During this period, chimerism analyses showed that the fraction of host cells was between 1 and 10%. Both parents of the patient as well as healthy volunteers were studied for comparison. Methods/Principal Findings: Using ELISA, quantitative real-time PCR, and clinical laboratory methods, we investigated constitutive and inducible cytokines, polymorphisms, and clinical parameters in whole blood and whole blood cultures. Although routine laboratory tests were within the normal range, the chemokines IP-10 and IL-8 as well as the cytokine IL-27p28 were increased up to 10-fold under constitutive and stimulated conditions compared to healthy controls. Moreover, high levels of IFNgamma and TNFalpha were produced upon stimulation. Unexpectedly, IFNgamma induction of IL-18 binding protein (IL-18BP) was markedly reduced (1.6-fold vs 5-fold in controls). The patient's mother featured intermediately increased cytokine levels, whereas levels in the father were similar to those in the controls. Conclusions/Significance: Since IL-18 plays a major role in perpetuating hemophagocytosis, the failure of IFNgamma to induce IL-18BP may constitute a fundamental pathogenetic mechanism. Furthermore, increased production of IL-8 and IL-27 appears to be associated with this disease. Such dysregulation of cytokines was also found in the heterozygous parents, providing a novel insight into genotype-phenotype correlation of FHL which may encourage future research of this rare disease.
We solved the crystal structure of a novel type of c-ring isolated from Bacillus pseudofirmus OF4 at 2.5 Å, revealing a cylinder with a tridecameric stoichiometry, a central pore, and an overall shape that is distinct from those reported thus far. Within the groove of two neighboring c-subunits, the conserved glutamate of the outer helix shares the proton with a bound water molecule which itself is coordinated by three other amino acids of outer helices. Although none of the inner helices contributes to ion binding and the glutamate has no other hydrogen bonding partner than the water oxygen, the site remains in a stable, ion-locked conformation that represents the functional state present at the c-ring/membrane interface during rotation. This structure reveals a new, third type of ion coordination in ATP synthases. It appears in the ion binding site of an alkaliphile in which it represents a finely tuned adaptation of the proton affinity during the reaction cycle. Formal Correction: This article has been formally corrected to address the following errors. 1. The images for Figures S2 and S3 were incorrectly switched. The image that appears as Figure S2 should be Figure S3, and the image that appears as Figure S3 should be Figure S2. The figure legends appear in the correct order. Please view the correct... (read formal correction) 2. The images for Figures S2 and S3 were incorrectly switched. The image that appears as Figure S2 should be Figure S3, and the image that appears as Figure S3 should be Figure S2. The figure legends appear in the correct order. Please view the correct... (read formal correction)
Background: Falciparum Malaria, an infectious disease caused by the apicomplexan parasite Plasmodium falciparum, is among the leading causes of death and morbidity attributable to infectious diseases worldwide. In Gabon, Central Africa, one out of four inpatients have severe malarial anemia (SMA), a life-threatening complication if left untreated. Emerging drug resistant parasites might aggravate the situation. This case control study investigates biomarkers of enhanced hemolysis in hospitalized children with either SMA or mild malaria (MM). Methods and Findings: Ninety-one children were included, thereof 39 SMA patients. Strict inclusion criteria were chosen to exclude other causes of anemia. At diagnosis, erythrophagocytosis (a direct marker for extravascular hemolysis, EVH) was enhanced in SMA compared to MM patients (5.0 arbitrary units (AU) (interquartile range (IR): 2.2–9.6) vs. 2.1 AU (IR: 1.3–3.9), p<0.01). Furthermore, indirect markers for EVH, (i.e. serum neopterin levels, spleen size enlargement and monocyte pigment) were significantly increased in SMA patients. Markers for erythrocyte ageing, such as CD35 (complement receptor 1), CD55 (decay acceleration factor) and phosphatidylserine exposure (annexin-V-binding) were investigated by flow cytometry. In SMA patients, levels of CD35 and CD55 on the red blood cell surface were decreased and erythrocyte removal markers were increased when compared to MM or reconvalescent patients. Additionally, intravascular hemolysis (IVH) was quantified using several indirect markers (LDH, alpha-HBDH, haptoglobin and hemopexin), which all showed elevated IVH in SMA. The presence of both IVH and EVH predicted the need for blood transfusion during antimalarial treatment (odds ratio 61.5, 95% confidence interval (CI): 8.9–427). Interestingly, this subpopulation is characterized by a significantly lowered reticulocyte production index (RPI, p<0.05). Conclusions: Our results show the multifactorial pathophysiology of SMA, whereby EVH and IVH play a particularly important role. We propose a model where removal of infected and non-infected erythrocytes of all ages (including reticulocytes) by EVH and IVH is a main mechanism of SMA. Further studies are underway to investigate the mechanism and extent of reticulocyte removal to identify possible interventions to reduce the risk of SMA development.