570 Biowissenschaften; Biologie
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Im Zusammenhang mit dem agrarstrukturellen Wandel der letzten Jahrzehnte stellt sich aus Sicht des Naturschutzes immer wieder die Frage, wie dem Rückgang traditioneller Landnutzung an Grenzstandorten und in benachteiligten Gebieten begegnet werden kann. Um eine Offenhaltung der Landschaft und Pflege schutzwürdiger Biotope zu gewährleisten, ist die Beweidung mit Rindern oder Schafen eine vielfach eingesetzte Methode. Pferde wurden hingegen unter dem Aspekt von Naturschutz und Landschaftspflege kaum berücksichtigt, obwohl ihre Zahl in den letzten Jahrzehnten aufgrund steigender Freizeitnutzung in Deutschland erheblich zugenommen hat. Das vorliegende Merkblatt richtet sich vor allem an Landwirte und Pferdehalter, soll aber auch den unteren Naturschutzbehörden sowie Gemeindeverwaltungen, Planungsbüros und Verbänden als Arbeitshilfe dienen. Pferdehaltung lässt sich auf verschiedene Weise mit den Zielen von Naturschutz und Landschaftspflege vereinbaren. So wird spät geworbenes Heu extensiv genutzter Wiesen in der Pferdehaltung bereits vielfach und bevorzugt eingesetzt. Naturgemäße Pferdebeweidung trägt ebenso wie die Beweidung mit anderen Tierarten zur Offenhaltung der traditionellen Kulturlandschaft bei. Auch in den in jüngerer Zeit zunehmenden großflächigen Beweidungsprojekten vieler Bundesländer werden neben Rindern gerne ursprüngliche Pferderassen eingesetzt. Um den speziellen Anforderungen des Arten- und Biotopschutzes gerecht zu werden, genügt es jedoch nicht, eine naturverträgliche extensive Landnutzung und eine unter tierhalterischen Aspekten sachgemäße Beweidung durchzuführen. Es ist ein gezieltes Weidemanagement notwendig. Aus diesem Anlass wurde im Auftrag der Landesanstalt für Umweltschutz (heute LUBW Landesanstalt für Umwelt, Messungen und Naturschutz Baden-Württemberg) eine Studie erstellt. Die Ergebnisse wurden in einer umfangreichen Dokumentation im Internet veröffentlicht und bilden die Grundlage dieses Merkblattes.
The C-module-binding factor (CbfA) is a multidomain protein that belongs to the family of jumonji-type (JmjC) transcription regulators. In the social amoeba Dictyostelium discoideum, CbfA regulates gene expression during the unicellular growth phase and multicellular development. CbfA and a related D. discoideum CbfA-like protein, CbfB, share a paralogous domain arrangement that includes the JmjC domain, presumably a chromatin-remodeling activity, and two zinc finger-like (ZF) motifs. On the other hand, the CbfA and CbfB proteins have completely different carboxy-terminal domains, suggesting that the plasticity of such domains may have contributed to the adaptation of the CbfA-like transcription factors to the rapid genome evolution in the dictyostelid clade. To support this hypothesis we performed DNA microarray and real-time RT-PCR measurements and found that CbfA regulates at least 160 genes during the vegetative growth of D. discoideum cells. Functional annotation of these genes revealed that CbfA predominantly controls the expression of gene products involved in housekeeping functions, such as carbohydrate, purine nucleoside/nucleotide, and amino acid metabolism. The CbfA protein displays two different mechanisms of gene regulation. The expression of one set of CbfA-dependent genes requires at least the JmjC/ZF domain of the CbfA protein and thus may depend on chromatin modulation. Regulation of the larger group of genes, however, does not depend on the entire CbfA protein and requires only the carboxy-terminal domain of CbfA (CbfA-CTD). An AT-hook motif located in CbfA-CTD, which is known to mediate DNA binding to A+T-rich sequences in vitro, contributed to CbfA-CTD-dependent gene regulatory functions in vivo.
The CUG-binding protein 1 (CUG-BP1) is a member of the CUG-BP1 and ETR-like factors (CELF) family or the Bruno-like family and is involved in the control of splicing, translation and mRNA degradation. Several target RNA sequences of CUG-BP1 have been predicted, such as the CUG triplet repeat, the GU-rich sequences and the AU-rich element of nuclear pre-mRNAs and/or cytoplasmic mRNA. CUG-BP1 has three RNA-recognition motifs (RRMs), among which the third RRM (RRM3) can bind to the target RNAs on its own. In this study, we solved the solution structure of the CUG-BP1 RRM3 by hetero-nuclear NMR spectroscopy. The CUG-BP1 RRM3 exhibited a noncanonical RRM fold, with the four-stranded b-sheet surface tightly associated with the N-terminal extension. Furthermore, we determined the solution structure of the CUG-BP1 RRM3 in the complex with (UG)3 RNA, and discovered that the UGU trinucleotide is specifically recognized through extensive stacking interactions and hydrogen bonds within the pocket formed by the b-sheet surface and the N-terminal extension. This study revealed the unique mechanism that enables the CUG-BP1 RRM3 to discriminate the short RNA segment from other sequences, thus providing the molecular basis for the comprehension of the role of the RRM3s in the CELF/Bruno-like family.
Background Although current molecular clock methods offer greater flexibility in modelling historical evolutionary events, calibration of the clock with dates from the fossil record is still problematic for many groups. Here we implement several new approaches in molecular dating to estimate evolutionary ages of Lacertidae, an Old World family of lizards with a poor fossil record and uncertain phylogeny. Four different models of rate variation are tested in a new program for Bayesian phylogenetic analysis called TreeTime, based on a combination of mitochondrial and nuclear gene sequences. We incorporate paleontological uncertainty into divergence estimates by expressing multiple calibration dates as a range of probabilistic distributions. We also test the reliability of our proposed calibrations by exploring effects of individual priors on posterior estimates. Results According to the most reliable model, as indicated by Bayes factor comparison, modern lacertids arose shortly after the K/T transition and entered Africa about 45 million years ago, with the majority of their African radiation occurring in the Eocene and Oligocene. Our findings indicate much earlier origins for these clades than previously reported, and we discuss our results in light of paleogeographic trends during the Cenozoic. Conclusions This study represents the first attempt to estimate evolutionary ages of a specific group of reptiles exhibiting uncertain phylogenetic relationships, molecular rate variation and a poor fossil record. Our results emphasize the sensitivity of molecular divergence dates to fossil calibrations, and support the use of combined molecular data sets and multiple, well-spaced dates from the fossil record as minimum node constraints. The bioinformatics program used here, TreeTime, is publicly available, and we recommend its use for molecular dating of taxa faced with similar challenges.
Benthische Algen sind ein wesentlicher Teil des Ökosystems der Fließgewässer. Verschiedene Verfahren nutzen sie zur Bioindikation. Eines davon ist das PHYLIB-Verfahren (SCHAUMBURG et al. 2004, 2005) zur Bewertung des ökologischen Zustandes. In diesem Verfahren wird die Qualitätskomponente Makrophyten und Phytobenthos in drei Teilkomponenten gegliedert. Neben Makrophyten incl. Charales und Diatomeen werden die anderen Algenklassen als "übriges" Phytobenthos einbezogen. Das "übrige" Phytobenthos zeichnet sich in mehrerlei Hinsicht durch eine besondere Vielfalt aus. Dieser Feldführer versucht, eine erste Orientierung zu vermitteln. Dazu gehört eine kurz gehaltene Darstellung der relevanten Algenklassen im systematischtaxonomischen Teil, in dem auch die jeweils wichtigen Bestimmungswerke aufgeführt werden. Dabei werden grundlegende Begriffe erläutert, die für die Verwendung der Bestimmungsliteratur nützlich sind. Der Schwerpunkt liegt jedoch in dem Bemühen, den Blick für das Erkennen der Algen im Gewässer zu schärfen. Die für eine Indikation wichtigen Algenbestände sind oft wenig auffällig und leicht zu übersehen. Erfahrung und Wissen sind erforderlich, um sie zu erkennen. Auch offensichtliche Massenentwicklungen bestehen in der Regel aus Mischbeständen mehrerer Arten, die differenziert betrachtet werden müssen. Der hier vorliegende Feldführer stellt das dafür notwendige "Handwerkszeug" zur Verfügung. Dafür werden zum einen die möglichen Habitate benthischer Algen charakterisiert und mit Bildern vorgestellt. Zum anderen wird die Vielfalt der Lager- bzw. Wuchsformen benthischer Algen mit ihren Charakteristika hinsichtlich Farbe, Konsistenz und mitunter auch Geruch beschrieben. Um diese Vielfalt für die praktische Arbeit zu gliedern, wurden neun Kategorien aufgestellt. Aufgrund der im Gelände sichtbaren Wuchs- bzw. Lagerformen wurden zahlreiche Taxa diesen Kategorien zugeordnet. Die Taxa werden mit zahlreichen Abbildungen dargestellt. Anschließend wird die Vorgehensweise bei der Probenahme entsprechend den Vorgaben des PHYLIB-Bewertungsverfahren erklärt und anhand von zwei Beispielen illustriert. Hinweise auf Verfahren in anderen Ländern und ein Ausblick auf die EN-Norm stellen das PHYLIB-Verfahren in einen größeren Zusammenhang. Damit bietet dieser Feldführer eine gute Orientierung hinsichtlich der Formen- und Farbenvielfalt, der systematischen Vielfalt sowie der entsprechenden Vielfalt der Bestimmungsliteratur der Vertreter des „übrigen“ Phytobenthos. Anwender des PHYLIB-Bewertungsverfahrens finden in diesem Buch hilfreiche Anleitungen für die praktische Arbeit.
Seit 1984 untersucht die Landesanstalt für Umweltschutz Baden-Württemberg auf den Wald-Dauerbeobachtungsflächen des Ökologischen Wirkungskatasters die Schwermetallbelastung von Regenwürmern. Das Ziel dieser Untersuchung ist es, mit Hilfe des Bioindikators "Regenwurm" Schadstoffwirkungen auf den Lebensraum Boden mit seiner Biozönose (Bodenlebewelt) zu ermitteln. Aufgrund ihrer Lebensweise und Akkumulationsfähigkeit für Schwermetalle, ihrer weiten Verbreitung und Häufigkeit in Böden, ihrer relativen Ortstreue und nicht zuletzt wegen ihrer Relevanz für ökosystemare Prozesse eignen sich Regenwürmer grundsätzlich gut als Bioindikatoren. Darüber hinaus ist eine ökotoxikologische Beurteilung der Wald-Dauerbeobachtungsflächen von besonderem Interesse, da bislang nur wenig Informationen über die toxikologische Einschätzung der Metallgehalte und die mögliche Übertragbarkeit (Indikationswert) auf andere Ökosystemkomponenten vorliegen.
Detailed mass balance food web models were constructed to compare ecosystem characteristics for three Alaska regions: the eastern Bering Sea (EBS), the Gulf of Alaska (GOA), and the Aleutian Islands (AI). This paper documents the methods and data used to construct the models and compares ecosystem structure and indicators across models. The common modeling framework, including biomass pool and fishery definitions, resulted in comparable food webs for the three ecosystems which showed that they all have the same apex predator—the Pacific halibut longline fishery. However, despite the similar methods used to construct the models, the data from each system included in the analysis clearly define differences in food web structure which may be important considerations for fishery management in Alaska ecosystems. The results showed that the EBS ecosystem has a much larger benthic influence in its food web than either the GOA or the AI. Conversely, the AI ecosystem has the strongest pelagic influence in its food web relative to the other two systems. The GOA ecosystem appears balanced between benthic and pelagic pathways, but is notable in having a smaller fisheries catch relative to the other two systems, and a high biomass of fish predators above trophic level (TL) 4, arrowtooth flounder and halibut. The patterns visible in aggregated food webs were confirmed in additional more detailed analyses of biomass and consumption in each ecosystem, using both the single species and whole ecosystem indicators developed here.
Drought and salt stress are the major constraint to increase yield in chickpea (Cicer arietinum). Improving drought and high-salinity tolerance is therefore of outmost importance for breeding. However, the complexity of these traits allowed only marginal progress. A solution to the current stagnation is expected from innovative molecular tools such as transcriptome analyses providing insight into stress-related gene activity, which combined with molecular markers and expression (e)QTL mapping, may accelerate knowledge-based breeding. SuperSAGE, an improved version of the serial analysis of gene expression (SAGE) technique, generating genome-wide, high-quality transcription profiles from any eukaryote, has been employed in the present study. The method produces 26bp long fragments (26bp tags) from defined positions in cDNAs, providing sufficient sequence information to unambiguously characterize the mRNAs. Further, SuperSAGE tags may be immediately used to produce microarrays and probes for real-time-PCR, thereby overcoming the lack of genomic tools in non-model organisms.