Doctoral Thesis
Refine
Year of publication
- 2016 (178) (remove)
Document Type
- Doctoral Thesis (178) (remove)
Has Fulltext
- yes (178)
Is part of the Bibliography
- no (178)
Keywords
- Anerkennung (2)
- 19F NMR shifts for fluoroarenes (1)
- AF4 (1)
- ARDS (1)
- Activity (1)
- Acylimin Sulfonylimin (1)
- Adaptation (1)
- Aedes albopictus (1)
- Aktuelle Motivation (1)
- Allergie (1)
Institute
- Biowissenschaften (38)
- Biochemie und Chemie (25)
- Physik (23)
- Medizin (17)
- Geowissenschaften (14)
- Informatik (11)
- Mathematik (9)
- Pharmazie (8)
- Biochemie, Chemie und Pharmazie (5)
- Kulturwissenschaften (5)
RNA-Aptamere sind kurze einzelsträngige Oligonukleotide, die ein Zielmolekül spezifisch erkennen und über ihre 3D-Struktur binden. Die Identifizierung von Aptameren erfolgt mittels in vitro Selektion nach dem Kriterium einer hohen Bindungsaffinität und/oder -spezifität. Das Tetracyclin-bindende Aptamer gehört zu den Aptameren mit der höchsten bekannten Liganden-Affinität. Darüber hinaus gehört es zu den wenigen RNA-Aptameren, die in vivo als artifizieller Riboswitch zur Modulation der Genexpression eingesetzt werden können. Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wurde das Tetracyclin-bindende Aptamer mittels NMR-spektroskopischer und biophysikalischer Methoden im ligandfreien sowie im ligandgebundenen Zustand untersucht, um neben der bereits bekannten Kristallstruktur des RNA-Tetracyclin-Komplexes Aufschlüsse über den dynamischen Ligandenbindungsprozess und die damit verbundene genregulatorische Aktivität des Aptamers zu erhalten. Hierfür wurde der Einfluss von Mg2+-Ionen auf die globale und lokale Strukturausbildung des ligandfreien Aptamers analysiert. Durch die Bindung von Mg2+-Ionen an die RNA wird eine kompakte RNA-Struktur stabilisiert, die neben zahlreichen komplexen Tertiärinteraktionen eine starre Bindungstasche ausbildet, in der der Ligand nach einem „Schlüssel-Schloss-Prinzip“ bindet. Die Ligandbindung zieht nur noch kleinere strukturelle Änderungen nach sich. Mittels der Stopped-Flow-Technik wurden die kinetischen Aspekte der Ligandbindung in Abhängigkeit der Mg2+-Konzentration untersucht. Diese Methode ermöglichte die Analyse der Zusammenhänge zwischen RNA-Faltung und anschließender Komplexbildung in Echtzeit. Die Analyse der Stopped-Flow-Messungen ergab, dass die Geschwindigkeit des Ligandbindungsprozesses wesentlich von der Mg2+-induzierten Strukturausbildung abhängig ist. Die Mg2+-vermittelte globale Organisation der RNA-Struktur ist somit der geschwindigkeitsbestimmende Schritt des Ligandbindungsprozesses. Die RNA-Mg2+-Interaktionen bestimmen also nicht nur die 3D-Struktur des Tetracyclin-bindenden Aptamers, sondern auch die Kinetik des Ligandbindungsprozesses. Der detaillierte Vergleich des Tetracyclin-Aptamers in seiner ligandfreien und ligandgebundenen Form ergab, dass trotz der stark ausgeprägten strukturellen Ähnlichkeit, lediglich die ligandgebundene Form in einer thermisch stabilen Konformation vorliegt. Die signifikante Erhöhung der Thermostabilität durch die Ligandbindung ist die essentielle Voraussetzung für die genregulatorische Funktion des Aptamers. Basierend auf diesen Ergebnissen ist also nicht die Struktur, sondern die strukturelle Stabilität ausschlaggebend für die regulatorische Aktivität des Tetracyclin-bindenden Aptamers.
Ein weiterer Teil dieser Arbeit beschäftigt sich mit der Charakterisierung des Bindungsmodus von GTP an die GTP-bindenden Aptamere 9-4, 10-10, Klasse II und Klasse V. Durch den direkten NMR-spektroskopischen Nachweis von Wasserstoffbrückenbindungen konnte eine intermolekulare G:C-Watson-Crick-Basenpaarung zwischen GTP und den GTP-bindenden Aptameren 9-4, 10-10 und Klasse II gezeigt werden. Basierend auf diesen Ergebnissen konnte durch eine C zu U Mutation die Bindungsspezifität des Aptamers Klasse II von GTP zu 2-Amino-ATP verändert werden.
Weiterhin konnte im Rahmen dieser Arbeit ein intermolekularer G-Quadruplex als Ligandbindungsmodus zwischen GTP und dem GTP-bindenden Aptamer Klasse V beschrieben werden. Hierbei bildet GTP mit sieben Guanin-Basen der RNA eine intermolekulare G-Quadruplexstruktur, bestehend aus zwei übereinanderliegenden Guanin-Tetraden, aus. Durch den Einsatz von 15N-markiertem NH4+ konnte eine spezifische Kaliumbindungsstelle im Zentrum der Quadruplexstruktur lokalisiert werden, die zur Stabilisierung des RNA-Ligand-Komplexes dient. Die beobachteten NOE-Kreuzsignale zwischen den Protonen des gebundenen NH4+ und den Protonen der RNA bestätigten dabei die Ausbildung eines intermolekularen G-Quadruplexes. Zusätzlich ergab die Analyse der NMR-Spektren, dass die G-Quadruplexstruktur erst im Zuge der Ligandbindung ausgebildet wird. Die Bildung eines G-Quadruplexes, in der der Ligand einen integralen Bestandteil der Quadruplexstruktur darstellt, ist ein bislang unbeschriebener Bindungsmechanismus.
Die Inauguraldissertation „Strafrechtsdogmatische und strafprozessuale Probleme bei der Einführung und Umsetzung einer Verbandsstrafbarkeit. Untersuchung des Entwurfs eines Ge-setzes zur Einführung der strafrechtlichen Verantwortlichkeit von Unternehmen und sonstigen Verbänden“ verfasst von Frau Franziska Osterloh, LL.M., befasst sich mit der Einführung einer Verbandsstrafbarkeit. Betreut wurde die Arbeit an der Johann Wolfgang von Goethe – Universität, Frankfurt am Main, von Herrn Prof. Dr. Matthias Jahn. Anlass des aktuellen Auflebens der wissenschaftlichen Diskussion und Anknüpfungspunkt dieser Arbeit war der Entwurf eines Gesetzes zur Einführung der strafrechtlichen Verantwortlichkeit von Unter-nehmen und sonstigen Verbänden, der auf Vorschlag des nordrhein-westfälischen Justiz-ministeriums der Justizministerkonferenz der Länder im November 2013 vorgelegt wurde.
Zu Beginn wird anhand einer kurzen historischen Einführung und einer Darstellung der rechtlichen Grundlagen von Verbandstätigkeit außerhalb des (Kern-)Strafrechts aufgezeigt, dass der Verband als Rechtssubjekt weitestgehend anerkannt und verselbstständigt ist. An-schließend werden die kriminalpolitischen Argumente zur Begründung einer Verbandsstraf-barkeit in ihren wesentlichen Zügen wiedergegeben.
In dem folgenden der Arbeit untersucht die Verfasserin die strafrechtsdogmatischen Probleme der Einführung einer Verbandsstrafbarkeit. Dabei konzentrieren sich die Ausführungen auf die „klassischen“ Eckpunkte des wissenschaftlichen Diskurses, die Handlungs-, Schuld- und Straffähigkeit von Verbänden. Hierbei liegt ein Schwerpunkt auf der Auseinandersetzung mit der Frage der möglichen Schuldfähigkeit eines Verbandes. Als Ergebnis dieses Kapitels wird festgehalten, dass die bloße Zurechnung ebenso wie die selbstständige Verbandsschuld, nicht den Anforderungen des Schuldprinzips genügen kann. Der Bezug zu der natürlichen Hand-lung, die nach außen in Erscheinung tritt, ist mit Hilfe einer Zurechnung erforderlich und dann ausreichend, wenn für den Verband die Möglichkeit bestanden hätte, durch Organi-sationsstrukturen die Ausführung der Handlung zu verhindern.
Anhand dieser Ergebnisse werden die materiell-rechtlichen Aspekte des untersuchten Gesetzesentwurfs näher beleuchtet und insbesondere die in § 2 des Entwurfs enthaltenen Tatbestände, die sich stark an §§ 30, 130 OWiG anlehnen, untersucht. Die Verfasserin kommt zu dem Ergebnis, dass die Tatbestände unter Berücksichtigung einer teleologischen Aus-legung und restriktiven Handhabung nicht gegen Verfassungsrecht verstoßen.
Die Untersuchung der strafprozessualen Aspekte des Gesetzesentwurfs bezieht sich zum einen auf die übergeordneten Verfahrensprinzipien und deren im Ergebnis weitgehende An-wendbarkeit auf Verbände und zum anderen auf die konkreten Normierungen des Entwurfs. Ein Schwerpunkt wird hierbei auf die Beschuldigtenrechte gelegt, die nach Ansicht der Verfasserin noch nicht hinreichend klar normiert sind. Abschließend werden einige strafprozessuale Besonderheiten untersucht, die nicht ausdrücklich oder lediglich beiläufig von dem Gesetzesentwurf aufgefasst werden.
Als Gesamtergebnis der Arbeit wird der untersuchte Gesetzesentwurf zwar als begrüßens-werte Präzisierung und Bereicherung der Diskussion um eine Verbandsstrafbarkeit, jedoch nicht als dessen Schlusspunkt eingeordnet.
Die paravertebralen Grenzstränge entwickeln sich aus Neuralleistenzellen des Rumpf- und Lendenbereichs. Diese sammeln sich im Hühnerembryo an Embryonaltag 2,5-3 an der dorsalen Aorta und formen die primären sympathischen Ganglien. Die dorsale Aorta sezerniert Morphogene, welche einen Teil der Vorläuferzellen zur Differenzierung zu Neuroblasten anregt. Die sympathischen Neuroblasten sind, obgleich sie bereits neurale und noradrenerge Marker exprimieren, zur Zellteilung fähig. Sie unterscheiden sich darin von anderen Neuralleistenderivaten wie beispielsweise den Neuronen der parasympathischen Ziliarganglien und der sensorischen Hinterwurzelganglien. Schließlich wandern die primären sympathischen Ganglien weiter und bilden lateral zum Notochord die paravertebralen Grenzstränge (Rohrer, 2011).
Der Homöodomänen-Transkriptionsfaktor PROX1 wird im Laufe der Entwicklung höherer Vertebraten in vielen Geweben exprimiert. Welche Wirkung PROX1 dabei auf Überleben, Migration, Proliferation und Differenzierung hat, hängt davon ab, in welchem Zelltyp er aktiv ist (Dyer et al., 2003; Lavado et al., 2010). Im peripheren Nervensystem konnte PROX1 embryonal in den Hinterwurzelganglien und den sympathischen Ganglien nachgewiesen werden (Becker et al., 2009; Diplomarbeit Julia Holzmann, 2010). Zielsetzung dieser Dissertation war es, die Expression und die Funktion von PROX1 in sympathischen Ganglien von Hühnerembryonen zu analysieren.
Die Expressionsanalyse von PROX1 zeigte, dass der Anteil der PROX1-positiven Neurone an Embryonaltag 5 (E5) ein Maximum erreicht und danach im Laufe der Entwicklung stetig abnimmt. Dies gilt ebenso für die Population der proliferierenden Neuroblasten, welche ebenfalls im Laufe der Hühnerentwicklung erstmals detailliert untersucht wurde. Diese Korrelation führte zu der Vermutung, dass PROX1 hauptsächlich in proliferierenden Zellen exprimiert wird, welche anschließend experimentell bestätigt werden konnte. Die Population der PROX1-positiven und die der p27-negativen Neuroblasten haben in allen untersuchten Hamburger Hamilton-Stadien (HH-St 21-37) eine vergleichbare Größe. Dennoch ist PROX1 durchgehend in einem kleinen Teil der p27-positiven Neurone enthalten. Diese Population verändert sich im Laufe der Entwicklung kaum und das Fluoreszenzsignal eines oder beider Proteine ist bei doppelpositiven Zellen deutlich schwächer. Diese und andere Daten dieser Arbeit weisen darauf hin, dass es sich um Neuroblasten handelt, welche gerade aus dem Zellzyklus austreten. In postmitotischen Neuronen geht PROX1 verloren. Obwohl PROX1 in allen untersuchten HH-Stadien stark in der Population proliferierender Neurone exprimiert wird, zeichnet sich ab E7 eine kleinere Population von Neuroblasten in S-Phase ab, welche kein PROX1 enthalten.
Die Vorläuferzellen von Ziliarganglien werden, ähnlich wie die der sympathischen Ganglien, durch BMP-Proteine zur Differenzierung angeregt (Müller und Rohrer, 2002). Aufgrund der Ähnlichkeiten in der Entwicklung beider Neuralleistenderivate wurde die Expression von PROX1 in dieser Dissertation auch in Ziliarganglien untersucht: Der Transkriptionsfaktor wird dort nur an E4 und E5 vereinzelt in Neuronen exprimiert und nahezu gar nicht in Vorläuferzellen. In späteren HH-Stadien ist PROX1 in Ziliarganglien nicht mehr nachweisbar.
Ebenfalls konnte hier gezeigt werden, dass PROX1 in primären sympathischen Ganglien an E3 (HH-St 21) in Vorläuferzellen exprimiert wird, welche bereits begonnen haben, sich zu Neuroblasten zu differenzieren. Noch bevor die Differenzierung dieser Zellen jedoch abgeschlossen ist, wird PROX1 transient herunterreguliert. Die entstehenden Neuroblasten treten in dieser Phase kurzzeitig aus dem Zellzyklus aus. Da sich die Größe der p27-negativen und der PROX1-positiven Population auch an E3 stark ähnelt, kann man schließen, dass die Zellteilung in den Neuroblasten erst bei erneuter PROX1-Expression wieder aufgenommen wird. Ab E5 ist PROX1 fast ausschließlich in Neuroblasten nachweisbar.
Eine Funktionsanalyse von PROX1 unter Kulturbedingungen und im Hühnerembryo sollte durch Knockdown und Überexpression zeigen, welchen Einfluss der Transkriptionsfaktor auf die Proliferation der Neuroblasten nimmt. Die Manipulation der PROX1-Expression hatte in vitro einen proproliferativen Effekt. In vivo unterschieden sich Knockdown und Überexpression aber nicht von der Kontrolle.
Zusammenfassend wurde in dieser Doktorarbeit die Expression von PROX1 in sympathischen Ganglien von Hühnerembryonen im Detail analysiert. Der Transkriptionsfaktor ist sowohl in Vorläuferzellen als auch in Neuroblasten nur transient vorhanden. Zwar konnte eine klare Korrelation zwischen der Expression von PROX1 und der Proliferation der sympathischen Neuroblasten festgestellt werden, allerdings konnte eine Wirkung von PROX1 auf die Proliferation durch Funktionsanalysen nur teilweise bestätigt werden. Zusammen weisen die Daten darauf hin, dass PROX1 eine Rolle in der Feinregulation der Proliferation spielt.
Im Rahmen dieser Arbeit wurden zum Vergleich die Strukturen der ATP-Synthasen von Arabidopsis thaliana, Asparagus officinalis, Allium cepa, Helianthus annus, Solanum tuberosum, Bos taurus und Saccharomyces cerevisiae gelöst. Die ATP-Synthase von S. cerevisiae konnte mit einer Auflösung von 19 Å gelöst werden. Der Winkel zwischen den zwei ATP-Synthase-Monomeren in dem ATP-Synthase-Dimer hatte für jede Spezies einen bestimmten Wert. Dieser Winkel änderte sich innerhalb einer Spezies nur wenig im Gegensatz zu Untersuchungen mit Einzelpartikelanalyse.
Die ATP-Synthase-Dimere aus den untersuchten Spezies besitzen unterschiedliche Winkel zwischen 78˚ und 122˚. Der Winkel des ATP-Synthase-Dimers aus S. tuberosum (122˚) viel größer als der in anderen Pflanzen (~98˚), B. taurus (105˚) und S. cerevisiae (78˚). Die Proben von S. tuberosum und B. taurus waren jedoch dünner, was den Winkel eventuell beeinflussen könnte. Um dies auszuschließen müssen in Zukunft weitere Untersuchungen durchgeführt werden.
Des Weiteren wurde im peripheren Stiel der ATP-Synthasen von allen Pflanzenspezies eine Dichte entdeckt, die in B. taurus und S. cerevisiae nicht vorhanden ist. Die Dichte könnte durch eine zusätzliche Untereinheit oder veränderte Untereinheit im Vergleich zu B. taurus und S. cerevisiae kommen.
Weiterhin wurde die Bildung von Reihen aus ATP-Synthase-Dimeren untersucht. Es wurden ATP-Synthase-Dimere von Polytomella sp. gereinigt und in Lipid rekonstituiert. Es wurde das ATP-Synthase-Dimer von Polytomella sp. verwendet, da dieses besonders stabil ist und während der Reinigung nicht zum ATP-Synthase-Monomer zerfällt. Zur Rekonstitution wurde die milde GRecon-Methode verwendet. Hierbei werden Membranproteine in einem Zuckergradienten gleichzeitig in Lipid rekonstituiert und nach ihrer Dichte getrennt. Abhängig von der Dichte der Proteoliposomen ist die Konzentration an Membranproteinen unterschiedlich. In Proteoliposomen mit einer hohen Konzentration bilden sich dünne Schichten in denen die ATP-Synthase-Dimeren Zickzack-Muster formen. Dies deutet darauf hin, dass das ATP-Synthase-Dimer die Membran verformt. In Proteoliposomen mit einer niedrigeren Konzentration an ATP-Synthase-Dimeren wurden runde Vesikel detektiert, in denen die ATP-Synthase-Dimere lange Reihen bilden und die Membran innerhalb jedes ATP-Synthase-Dimer ebenfalls verformt ist. Molekulare Simulationen bestätigen dieses Ergebnis.
Zudem wurde das ATP-Synthase-Dimer in zwei verschiedene Lipide ohne Cardiolipin rekonstituiert, da Cardiolipin ein Lipid ist welches in der bakteriellen und mitochondrialen Membran gefunden wurde und in hohen Konzentrationen in Membrankrümmungen lokalisiert ist (Huang et al., 2006), wie auch die ATP-Synthase-Dimere. Ohne Cardiolipin ist die Rekonstitution nicht geglückt beziehungsweise sind die ATP-Synthase-Dimere weniger gut zueinander angeordnet. Das deutet auf die Wichtigkeit von Cardiolipin in der Stabilisierung der Reihen von ATP-Synthase-Dimeren hin. Weitere Experimente mit verschiedenen ATP-Synthase-Dimeren in verschiedenen Lipiden sind nötig um dies zu untermauern.
Ein weiteres Ziel dieser Arbeit war es ein klonierbares Label zu etablieren, um ein bestimmtes Protein in Kryo-Elektronentomogramme zu identifizieren. Das Label sollte klein sein, um das zu identifizierbare Protein nicht zu beeinflussen und groß genug um in Kryo-Elektronentomogramme identifizierbar zu sein. In Einzelbildern wurde das 6 kDa große Metallothionein gebunden mit Gold identifiziert, wenn zwei Metallothioneine an dem gewünschten Protein kloniert wurden. Metallothionein besteht zu 33 % aus Cysteinen, welche Schwermetalle binden.
In meinen Studien habe ich bewiesen, dass drei Metallothioneine, gebunden mit Gold, in Kryo-Elektronentomogramme detektiert werden können. Jedoch tritt bei der Verwendung von Metallothionein durch die hohe Anzahl an Cysteinen vermehrt Aggregation auf. Bei meinen Untersuchungen fand ich heraus, dass auch das Maltose-Binde-Protein (MBP) ein Signal gleicher Intensität erzeugt. Durch Verwendung von MBP tritt aber keine Aggregation auf und man kann MBP auch zum Reinigen des Proteins verwenden.
Da HRS-Zellen im cHL nur eine Minderheit und CD4+ T-Zellen die Mehrheit im Begleitinfiltrat ausmachen, wurde innerhalb der vorliegenden Dissertation das Begleitinfiltrat und der Tumorzellgehalt von 24 HIV-assoziierten cHL-Fällen mit 15 HIV-negativen cHL-Fällen immunhistochemisch verglichen. Das reaktive Begleitinfiltrat im HIV-assoziierten cHL zeigte eine deutlich geringere Anzahl an CD4+ T-Zellen und einen höheren Gehalt an CD163+ Makrophagen als das HIV-negative cHL. Es konnte kein Unterschied in der Anzahl der CD30+ HRS-Zellen und S100+ dendritischen Zellen zwischen beiden Gruppen festgestellt werden. Mit Kokultur-Versuchen im Labor und darauf folgenden Zellausstrichen dieser Kokulturen konnte bestätigt werden, dass sich CD14+ Monozyten ebenso gut wie CD4+ T-Zellen als Rosetten um HRS-Zellen anordnen können. Im immunkomprimierten HIV-Patienten ersetzen die langlebigen CD163+ Makrophagen die CD4+ T-Zellen. Die Makrophagen werden vermutlich ebenso wie CD4+ T-Zellen mittels Zytokine/Chemokine (z. B. CCL5) zum Tumorgewebe rekrutiert, bilden Rosetten um die Tumorzellen und unterstützen diese in ihrer Proliferation.
Aufgrund der besonderen Zusammensetzung des Begleitinfiltrats sollte das HIV-assoziierte cHL von Pathologen als eigenständiger Subtyp des cHL betrachtet werden.
Des Weiteren wurde das Begleitinfiltrat der typisch knotigen NLPHL Typen A und C mit dem des diffusen NLPHL Typen E (THRLBCL-like NLPHL) und dem THRLBCL immunhistochemisch verglichen. Aufgrund histologischer und klinischer Ähnlichkeiten zwischen dem diffusen NLPHL und dem THRLBCL fällt eine Differenzierung dieser Entitäten schwer. Es konnte festgestellt werden, dass das Begleitinfiltrat im THRLBCL-like NLPHL dem Begleitinfiltrat im THRLBCL mehr ähnelt als dem typischen NLPHL und zwar in Bezug auf Makrophagengehalt und Anzahl der follikulären TFH-Zellen. Es konnten Rosetten im Begleitinfiltrat von THRLBCL nachgewiesen werden, obwohl Rosettenformationen um Tumorzellen im THRLBCL in der Literatur kein charakteristisches Merkmal darstellen. Es ist naheliegend, dass das THRLBCL-like NLPHL und das THRLBCL ein und dieselbe Krankheit ist und möglicherweise eine aggressivere Variante des NLPHL darstellt.
Im Anbetracht aller Ergebnisse kommt dem Immunstatus eines Patienten eine ausschlaggebende Rolle auf das Begleitinfiltrat im Tumorgewebe zu und dieser beeinflusst so auch den klinischen Verlauf der Lymphomerkrankung.
This thesis reports on the results obtained by expression photoactivatable adenylyl cyclase from Beggiatoa spp. (bPAC) in cholinergic neurons from Caenorhabditis elegans (C. elegans) and the characterization of the role of a single neuron, RIS, during locomotion in the adult animal.
Pharmacological activation of adenylyl cyclases through Forskolin is known to induce increased neuronal output in diverse model organisms through a protein kinase A (PKA) dependent mechanism. Nevertheless, pharmacological assays are not spatially restricted, do not allow for precise and acute activation nor to cessation of the signal. Thus, an optogenetic approach for was selected trough the expression of photoactivatable adenylyl cyclase from Beggiatoa spp. (bPAC) in cholinergic neurons of Caenorhabditis elegans (C. elegans). This model organism was chosen due to its transparency, ease of maintenance, fast generation cycles as well as for being an eutelic animal. Further, its genome has been fully sequenced and the connectome of the neuronal network is known, thus allowing for precise analysis of neuronal function. Furthermore, the molecular mechanisms governing neuronal functions are well conserved up to primates. Mainly two optogenetical tools were applied, bPAC and the light gated cation channel channelrhodopsin 2 (ChR2).
Behavioral assays of bPAC photostimulation in cholinergic neurons recapitulated previous work performed with the photoactivatable adenylyl cyclase from Euglena gracilis (EuPACa), in which swimming frequency and speed on solid substrate were increased. Electrophysiological recordings of body wall muscle (BWM) cells by Dr. Jana F. Liewald showed that bPAC photoactivation led to an increase in miniature postsynaptic current (mPSC) rate and, in contrast to ChR2 invoked depolarization, also amplitude. Analysis of mutants deficient in neuropeptidergic signaling (UNC- 31) via electrophysiology performed by Dr. Jana F. Liewald showed that the increase in mPSC amplitude due to bPAC photoactivation requires neuropeptide release. This was confirmed by co-expression of bPAC with the neuropeptide marker NLP-21::Venus and subsequent fluorescence analysis of release, exploiting the fact that released neuropeptides are ultimately degraded by scavenger cells (coelomocytes). These were enriched with NLP-21::Venus after bPAC photostimulation, but no fluorescence could be observed in the UNC-31 mutants.
Additional analysis of the electrophysiological data performed by myself showed no modulation of mPSC kinetics dues to neuropeptidergic release induced by bPAC. Hence, neuropeptide release and action sites were in the cholinergic neurons, the latter including cholinergic motoneurons.
Dr. Szi-chieh Yu provided electron microscopy images of high pressure frozen, bPAC or ChR2 expressing animals. These were tagged by myself for automatic analysis of ultrastructural properties of the cholinergic presynapse, also during photoactivation of both optogenetic tools. Photoactivation of both induced a reduction of synaptic vesicles, with ChR2 showing a more severe effect. In contrast to ChR2, though, bPAC also reduced the amount of dense core vesicles (DCV), the neuropeptide transporters. Additionally, long bPAC photoactivation as well as ChR2 photoactivation led to the appearance of large vesicles (LV), presumably in response to the increased SV fusion rate. bPAC photostimulation also induced an increase in SV size, not observed after ChR2 photostimulation. In UNC-31 mutants, bPAC photostimulation could not lead to the SV size increase, a further argument for the presynaptic effect of the released neuropeptide. Additional analysis of electrophysiology paired with pharmacology, performed by Dr. Jana F. Liewald, showed that mPSC amplitude increase requires the function of the vesicular acetylcholine transporter.
A further effect observed in the ultrastructure of bPAC photostimulated cholinergic presynapses was a shift in the distribution of SV regarding the dense projection. An analysis of cAMP pathway mutants showed that synapsin is required for bPAC induced behavior effects. Synapsin is known to mediate SV tethering to the cytoskeleton. Here, I show evidence for a new role of synapsin in controlling the availability of DCVs for fusion and thus, in neuropeptidergic signaling.
In the second part of my thesis I characterized the function of the GABAergic interneuron RIS in the neuronal network of C. elegans. RIS was shown to induce lethargus, a sleep-like state, during all larval molts, but its function in the adult animal was not yet described. Specific RIS expression of ChR2 achieved by a recombinase based system allowed to acutely depolarize the neuron during locomotion, which led to an acute behavioral stop. Diverse signal transduction pathway mutants were analyzed showing that the phenotype was induced by neuropeptidergic signaling. Through mutagenesis followed by whole genome sequencing data analysis as well as analysis of RIS specific RNA sequencing data further narrowed the signal transduction pathway to mediate the locomotion stop behavior. Since the neuropeptide and, to some extent, the neuron are conserved across nematodes, an argument is outlined in favor of the conservation of this sleep-like state.
In addition, since ChR2 could induce neuropeptidergic signaling from RIS, secretion of vesicles is regulated by variable pathways depending on the neuronal identity. Nevertheless, expression of bPAC in RIS allowed to optogenetically increase the probability of short stops, as observed by expression of a calcium sensor (GCaMP) in RIS and analysis of its intrinsic activity in the adult animal.
This thesis addresses the reconstruction of the topographic evolution and the climate dynamics of the Early Cenozoic North American Cordillera through integrated geochronology, sedimentology, stable isotope, and clumped isotope thermometry studies. It encompasses the scientific disciplines of geochemistry, tectonics, and Earth surface processes.
In Belize, which is well known for the Belize Barrier Reef and its offshore atolls, coastal lagoons are frequent morphological features along the coast. They represent transitional environments between siliciclastic and carbonate settings. In order to shed light into the Holocene evolution of coastal lagoon environments, five localities along the central coast of Belize were selected as coring sites. These include four coastal lagoons and one marsh area, namely Mantatee Lagoon, Mullins River Beach, Colson Point Lagoon, Commerce Bight Lagoon and Sapodilla Lagoon. A total of 26 sediment cores with core lengths ranging from 109 cm to 500 cm, were drilled using a Lanesky-vibracorer. Overall, 73 m of Holocene sediments and Pleistocene soil were recovered. Together with 58 radiocarbon dates the sediments reveal details on the sediment architecture and depositional features of the localities.
Marine inundation of the mainland and coastal lagoon formation started around 6 kyrs cal BP.
As a response to sea-level rise during the Holocene transgression, facies retrograded towards the coast, as seen in marginal marine overlying brackish mollusk faunas. Evidence for late Holocene progradation of facies due to sea-level stagnation is largely lacking. The occurrence of landward thinning sand beds, hiatuses and marine fauna in lagoonal successions are indications of event (overwash) sedimentation. Sediments recovered are largely of Holocene age (<7980 cal BP), overlying Pleistocene sections. Analyses of sediment composition and texture, radiocarbon dating and mollusk shell identification were used to describe and correlate sedimentary facies.
XRD analyses have identified quartz as the dominant mineral, with the Maya Mountains as main source of coastal lagoon sediments. The most common sedimentary facies include peat and peaty sediment, mud, sand, and poorly sorted sediments. Pleistocene soil forms the basement of Holocene sediments. Holocene mud represents lagoon background permanent sedimentation.
Peats and peat-rich sequences were deposited in mangrove swamp environments, whereas sandy facies mainly occur in the shoreface, beach, barriers, bars, barrier spits and overwash deposits. Facies successions could be identified for each locality, but it has proven difficult to correlate the stratigraphic sequences, especially among localities. These differences among the five locations studied suggest that apart from regional influence such as sea-level rise, local environmental factors such as small-scale variation in geomorphology and resulting facies heterogeneity, connectivity of the lagoon with the sea, antecedent topography and river discharge, were responsible for coastal sedimentation and lagoon development in the Holocene of Belize.
Faunal composition and distribution patterns of mollusk assemblages from 20 shell concentrations in cores collected in coastal lagoons, a mangrove-fringed tidal inlet and the marginal marine area (shallow subtidal) show considerable variation due to environmental heterogeneity and the interplay of several environmental factors in the course of the mid-late Holocene (ca. 6000 cal BP to modern). The investigated fauna ≥2 mm comprises 2246 bivalve, gastropod and 11 scaphopod specimens. Fifty-three mollusk species, belonging to 42 families, were identified. The bivalve Anomalocardia cuneimeris and cerithid gastropods are the dominant species and account for 78% of the total fauna. Diversity indices are low in concentrations from lagoons and relatively high in the marginal marine and tidal inlet areas.
Based on cluster analysis and nonmetric multidimensional scaling (NMDS), seven lagoonal assemblages and three marginal marine/tidal inlet assemblages were defined. A separation between lagoonal and marginal marine/tidal inlet assemblages seen in ordination indicates a lagoon-onshore gradient. The statistical separation among lagoonal assemblages demonstrates environmental changes during the Holocene evolution of the coastal lagoons, which is probably related to the formation of barriers and spits. The controlling factors of species distribution patterns are difficult to figure out, probably due to the heterogeneity of the barrier-lagoon systems and the interaction of paleoecological and paleoenvironmental factors. In addition to the taxonomic analysis, a taphonomic analysis of 1827 valves of A. cuneimeris from coastal lagoons was carried out. There is no relationship between depth and age of shells and their taphonomic condition. Size-frequency distributions and right-left valve ratios of A. cuneimeris suggest that valves were not transported over long distances but were deposited parautochthonously in their original habitat. Shells from tidal inlet and marginal marine environments were also predominantly deposited in their original habitats.
Since the Belize coast was repeatedly affected by hurricanes and the paleohurricane record for this region is poor, the sediment cores have been examined in order to identify storm deposits.
The paleohurricane record presented in this study spans the past 8000 years and exhibits three periods with increased evidences of hurricane strikes occurring at 6000-4900 cal yr BP, 4200-3600 cal yr BP and 2200-1500 cal yr BP. Two earlier events around 7100 and 7900 cal yr BP and more recent events around 180 cal yr BP and during modern times have been detected. Sand layers, redeposited corals and lagoon shell concentrations have been used as proxies for storm deposition. Additionally, hiatuses and reversed ages may indicate storm influence. While sand layers and corals represent overwash deposits, the lagoon shell concentrations, which mainly comprise the bivalve Anomalocardia cuneimeris and cerithid gastropods, have been deposited due to changes in lagoon salinity during and after storm landfalls. Comparison with other studies reveals similarities with one record from Belize, but hardly any matches with other published records. The potential for paleotempestology reconstructions of the barrier-lagoon complexes along the central Belize coast differs depending on geomorphology, and deposition of washovers in the lagoon basins is limited, probably due to the interplay of biological, geological and geomorphological processes.
Trotz einer fast 30-jährigen Forschungs- und Umsetzungshistorie stellen Projekte zum Aufbau integrierter Datenhaushalte (Data Warehouses) für Unternehmen immer noch eine große Herausforderung dar. Gerade in Data Warehouse-Projekten bei Finanzdienstleistern führt eine hohe semantische Komplexität häufig zu Projektverzögerungen oder zum Scheitern der Vorhaben. Dies zeigt die Arbeit anhand von explorativen Fallstudien auf und fragt nach den Gründen für diesen typischen Verlauf. Eine mögliche Ursache liegt in einer unzureichenden Kommunikation zwischen den Projektbeteiligten, was zu Missverständnissen in der Konzeption und somit zu Fehlimplementierungen führt, die – gerade wenn sie spät erkannt werden – deutliche Verzögerungen und Budgetüberschreitungen zur Folge haben. Ausgehend von diesen beobachteten Praxisproblemen sucht die vorliegende Arbeit auf der Grundlage des Design-Science-Research nach Lösungsansätzen: unter Übertragung der Erkenntnisse der Kommunikationstheorie wurden drei Artefakte entwickelt, sukzessive verbessert und validiert. Die Paper zeigen auf, dass sich durch den Einsatz formalisierter Templates, eines verbesserten Vorgehensmodells in Verbindung mit einem korrespondieren Softwaretool das Kommunikationsverhalten in den Projekten verbessern lässt und somit eine höhere Projekt-Performance erreicht wird. Hierzu wurden insgesamt sechs Projekte zum Aufbau von Data Warehouses im Finanzdienstleistungsumfeld in Fallstudien analysiert und zudem Experten-Interviews mit den Projektbeteiligten durchgeführt, die im Ergebnis die positive Wirkung der Artefakte unterstützen.