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Im Rahmen der Versorgung von polytraumatisierten (schwerstverletzten) Patienten ist insbesondere die systemische Inflammation zu beachten. Durch das initiale Trauma (“first hit“) kommt es zu einer systemischen Dysregulation der inflammatorischen Kaskaden, wobei sowohl eine überschießende (SIRS/Sepsis) wie auch unterschießende Reaktion (CARS) zu schweren Komplikationen wie Multiorganversagen bis hin zum Tod führen kann. Die notfallmässige chirurgische Versorgung fügt durch multiple Faktoren wie Weichteilverletzung, Blutverlust und Intubation dem Patienten einen “second hit“ zu, welcher sich auf den “first hit“ aufsummieren und besagte Komplikationen induzieren kann. Aufgrund dessen wurden verschiedene Therapiekonzepte entwickelt wie beispielsweise die “Damage control surgery“, welche durch minimalinvasive Techniken die notfallmässig versorgungsbedürftigen Verletzungen temporär stabilisiert/versorgt, bis der Patient sich physiologisch stabilisiert und definitiv versorgt werden kann. Eine weitere Strategie stellt die „Safe Definitive Surgery“ dar, welche eine Synopsis bildet aus zu einen frühzeitiger definitiver Versorgung gepaart mit minimalinvasiven Techniken, um während der Operation multipler Frakturen intraoperativ anhand der Physiologie des Patienten regelmäßig zu reevaluieren und daran zu adjustieren.
Bei der definitiven Versorgung von langen Röhrenknochen im Schaftbereich werden klinisch standardmässig Marknägel verwendet. Hierbei eröffnet man den langen Röhrenkochen am proximalen Eintrittspunkt, bohrt den Knochen intramedullär mittels “Reamer“ auf und führt den Nagel ein, welchen man mittels Schrauben multidimensional in der Corticalis verriegelt. Hierbei stellt die intramedulläre Aufbohrung den kritischsten Schritt dar, da hierbei zum einen Knochenmark austritt und durch den Bohrer Thermonekrosen im Knochen auftreten können sowie auch Knochenpartikel austreten. Um diese Nachteile zu beheben, wurde der “Reamer-Irrigator-Aspirator“ (RIA) entwickelt, welcher nebst der klassischen Bohrfunktion noch eine Spül-Saugfunktion innehat und somit parallel intramedullär eine Kühlung herbeiführt, wie auch das Knochenmark nebst Knochenpartikeln absaugt. Hiervon gibt es eine ältere (RIA 1) und eine neuere (RIA 2) Version, wobei sich diese geringfügig in Grösse des Bohrkopfes und der Saugfunktion wie auch im Handling unterscheiden. Wenig ist jedoch zum aktuellen Zeitpunkt bekannt, welche Auswirkungen diese unterschiedlichen Versionen verglichen mit dem konventionellen “Reamer haben“. Um dies näher zu evaluieren, wurde ein standardisiertes Polytrauma-Modell an 30 Schweinen (Sus scrofa) durchgeführt. Unter konstanter Analgesie wurde nach Erreichen einer standardisierten Baseline an 24 der Tiere ein Polytrauma, bestehend aus unilateraler Femurfraktur, stumpfem Thoraxtrauma inklusive Leberlazeration und hämorrhagischem Schock ausgeübt. Sechs Tiere fungierten als Kontrollgruppe (sham), welche kein Trauma sowie Therapie erhielten, aber sonst gleich behandelt wurden. Die polytraumatisierten Tiere erhielten Therapie nach Schockraum- und ATLS Versorgung nach dem Trauma. Bestehend aus “Abdominal Packing“, Kreislaufstabilisierung und Versorgung der Femurfraktur mittels intramedullärer Nagelung. Die 24 polytraumtisierten Versuchstiere wurden bezüglich der Versorgung der Femurfraktur in drei Gruppen aufgeteilt: 1) Konventionelles Reaming, 2) RIA 1 und 3) RIA 2. An sechs Zeitpunkte (t1 (-1.5h) - t6 (6h)) über 7.5 Stunden erfolgten regelmäßige Blut- wie Urinentnahmen und eine bronchoalveoläre Lavage vor fachgerechtem Exitus am letzen Zeitpunkt. Anschließend wurde mittels ELISA in besagten Proben das Interleukin-6, Interleukin-8, Interleukin-10 und Tumornekrosefaktor-alpha bestimmt und statistische Unterschiede zwischen den Gruppen ermittelt.
Die Ergebnisse legen nahe, dass die Verwendung des Reamer-Irrigator-Aspirator Typ 2 aufgrund spezifischer Modifikationen verglichen mit seinem Vorgänger (RIA Typ 1) eine geringere inflammatorische Immunantwort aufweist. Verglichen mit dem konventionellen Reaming konnte in unserer Versuchsreihe in Hinblick auf entzündliche Mediatoren systemisch wie lokal kein Unterschied zu der Versorgung mittels RIA aufgezeigt werden. Jedoch präsentierte sich bei der Benutzung des konventionellen Reamers auch in unserer Versuchsreihe das Auftreten einer Fett/Lungenembolie, was bereits in der Literatur als eine gängige Komplikation dieses Instrumentariums beschrieben wird. Zusammenfassend ist der Reaming-Irrigator-Aspirator eine modernisierte Version des konventionellem Reamers, welcher multiple Vorteile aufweist, jedoch im Rahmen der Kostensenkung wahrscheinlich erst im weiteren zeitlichen Verlauf regelmäßige Anwendung in der Klinik finden wird.
In this work I investigate two different systems - spin systems and charge-density-waves. The same theoretical method is used to investigate both types of system. My investigations are motivated by experimental investigations and the goal is to describe the experimental results theoretically. For this purpose I formulate kinetic equations starting from the microscopical dynamics of the systems.
First of all, a method is formulated to derive the kinetic equations diagrammatically. Within this method an expansion in equal-time connected correlation functions is carried out. The generating functional of connected correlations is employed to derive the method.
The first system to be investigated is a thin stripe of the magnetic insulator yttrium-iron-garnet (YIG). Magnons are pumped parametrically with an external microwave field. The motivation of my theoretical investigations is to explain the experimental observations. In a small parameter range close to the confluence field strength where confluence processes of two parametrically pumped magnons with the same wave vector becomes kinematically possible the efficiency of the pumping is reduced or enhanced depending on the pumping field strength. Because it is expected that that confluence and splitting processes of magnons are essential for the experimental observations I go beyond the kinetic theories that are conventionally applied in the context of parametric excitations in YIG and investigate the influence of cubic vertices on the parametric instability of magnons in YIG.
Furthermore, the influence of phonons is investigated. Usually in the literature these are taken into account as heat bath. Here, I want to explain experiments where an accumulation of magnetoelastic bosons - magnon-phonon-quasi-particles - has been observed. I employ the method of kinetic equations to investigate this phenomenon theoretically. The kinetic theory is able to reproduce the experimental observations and it is shown that the accumulation of magnetoelastic bosons is purely incoherent.
Finally, charge-density waves (CDW) in quasi-one-dimensional materials will be investigated. Charge-density waves emerge from a Peierls-instability and are a prime example for spontaneous symmetry breaking in solids. Again, the motivation for my theoretical investigations are an experiment where the spectrum of amplitude and phase phonon modes has been measured. Starting from the Fröhlich-Hamiltonian I derive kinetic equations and from these kinetic equations the equations of motion for the CDW order parameter can be derived. The frequencies and damping rates of amplitude and phase phonon modes will be derived from the linearized equations of motion. I compare my theory with existing methods. Furthermore, I also investigate the influence of Coulomb interaction.
Hintergrund und Ziele: Die Hämodialyse ist das am weitesten verbreitete Nierenersatztherapieverfahren und wird auch in den nächsten Jahren von immer mehr Patienten mit akutem und terminalen Nierenversagen beansprucht werden. Ein großlumiger, sicherer und komplikationsarmer Gefäßzugang ist essenziell für die Durchführung einer effizienten Hämodialyse. Während arterio-venöse Zugänge der klar präferierte Gefäßzugang zur chronischen Hämodialyse sind, eignen sie sich aufgrund ihrer Reifungsdauer nicht für Patienten mit akuter Dialysepflichtigkeit oder für Patienten mit untauglichen Gefäßeigenschaften. Für diese Patienten kann die Hämodialyse über einen Vorhofkatheter erfolgen. Die KDOQI Richtlinien (2019) empfehlen die präferierte Punktion der rechten Vena jugularis interna, jedoch muss für Patienten mit thrombosiertem oder obliteriertem Gefäßstatus die Verwendung neuer, unkonventionellerer Zugangswege erwogen werden, um die überlebenswichtige Hämodialyse zu ermöglichen. Ein solcher unkonventioneller Zugangsweg ist der erstmals 2006 von Betz et al. beschriebene Iliakalvenenkatheter, der während seines Beobachtungszeitraums von 1.500 Kathetertagen initial die Sicherheit und Effektivität des Verfahrens vermuten ließ.
Die vorliegende Arbeit stellt eine retrospektive Analyse des Langzeitverlaufs von 95 Iliakalvenenkathetern zur Hämodialyse dar, die in den Jahren 2004 bis 2022 im Universitätsklinikum Frankfurt implantiert wurden. Der nun deutlich längere kumulative Beobachtungszeitraum von 20.252 Tagen soll beurteilen, ob sich die ursprünglich durch Betz et al. beschriebenen Ergebnisse auch im Langzeitverlauf bestätigen und soll weiterführend einordnen, inwieweit der Iliakalvenenkatheter als Option des Zugangsweges zur chronischen Hämodialyse für Patienten mit schwierigem Gefäßstatus in Betracht gezogen werden kann.
Patienten und Methoden: Das Patientenkollektiv bestand aus 79 Patienten (49 Männer und 30 Frauen) eines breiten Altersspektrums zum Zeitpunkt der Implantation (27 bis 84 Jahre), die während des Beobachtungszeitraums einen oder im Verlauf mehrere Dialysekatheter über eine der Iliakalvenen implantiert bekamen. Insgesamt wurden 95 Iliakalvenenkatheter erfasst und im Hinblick auf ihre Liegedauer, Komplikationsraten und Dialyse-Effektivität evaluiert.
Die Datenerhebung erfolgte aus den archivierten Patientenakten und Dialyseprotokollen des Universitätsklinikums Frankfurt und ergänzend mittels Datenanforderung von weiterbehandelnden Zentren, Praxen und Kliniken.
Ergebnisse: Der Iliakalvenenkatheter kam bei einem speziellen Patientenkollektiv zum Einsatz, welches oftmals bereits eine lange nephrologische Krankheitsgeschichte (im Durchschnitt erfolgte die Implantation 895,5 Tage nach der primären Andialyse), mehrere gescheiterte Gefäßzugänge 3,01(±2,97) und keine Alternativen eines sicheren konventionellen Gefäßzugangs zur Hämodialyse aufwiesen. Die Katheter-Anlage verlief bei 98,96% der Implantationsversuche erfolgreich. Alle erfolgreichen Anlagen verliefen komplikationslos. Die durchschnittliche Katheter-Liegedauer betrug 853,7 (± 162,87) Kathetertage und die primary patency der Katheter lag im Mittelwert bei 507,60 (±58,33) Tagen. Die Gesamt-Infektionsrate der Iliakalvenenkatheter lag bei 0,69/1.000 Kathetertage und eine Katheter-Dysfunktion war in acht Fällen der Grund der Katheter- Entfernung (8,4%). Die durchschnittliche Urea Reduction Rate betrug 68,9% (± 7,1). Es bestand kein statistisch signifikanter Zusammenhang zwischen Alter (p=0.37), Geschlecht (p=0,61), BMI (p=0.97) oder Seitenlage des Katheters (p=0.22) und der Katheter-Liegedauer. Im Verlauf erfolgte bei drei Patienten eine erfolgreiche Nierentransplantation.
Schlussfolgerungen: Die Implantation des Iliakalvenenkatheters hat eine hohe Erfolgsrate, ein niedriges Komplikationsrisiko, ist technisch leicht zu erlernen und bedarf keiner aufwendigen interventionellen Rahmenbedingungen. Auch im Verlauf zeigt sich ein Komplikationsprofil, das in Bezug auf Katheter-Infektionen, Katheter-Dysfunktion, Katheter-Thrombosen und Komplikations-bedingten Explantationen den etablierten Zugangswegen mindestens gleichwertig ist. Außerdem konnte gezeigt werden, dass der Iliakalvenenkatheter eine lange Komplikations-freie Liegedauer hat und in Einzelfällen auch über mehrere Jahre hinweg eine suffiziente Hämodialyse gewährleisten kann. Geäußerte Bedenken, nach welchen eine spätere Nierentransplantation nicht möglich sei, konnten ausgeräumt werden. Des Weiteren beschreibt die vorliegende Studie erstmalig den Langzeitverlauf des Iliakalvenenkatheters bei einem Patientenkollektiv eines breiten Altersspektrums und zeigte auch die altersunabhängige Eignung des Zugangsweges.
Einleitung: Frailty (engl. für Gebrechlichkeit) bezeichnet eine mit hohem Alter zunehmende Verschlechterung des körperlichen und kognitiven Zustandes von Individuen, woraufhin der Körper nicht mehr in der Lage ist, adäquat auf äußere und innere Stressoren zu reagieren. Frailty ist mit einer erhöhten Morbiditäts- und Mortalitätsrate sowie längerer Krankenhausverweildauer und erhöhter postoperativer Komplikationsrate verbunden und stellt folglich einen chirurgischen Risikofaktor dar.
Problemstellung: Die Relevanz eines strukturierten Frailty Assessments in der präoperativen Risikostratifizierung führte zur Indikationsstellung, diverse validierte Risk Assessment Tools auf ihre prädiktive Vorhersagekraft bezüglich des Auftretens von postoperativen Komplikationen und postoperativer Sterbewahrscheinlichkeit zu untersuchen.
Methoden: In die vorliegende Studie wurden Patienten, die in dem Zeitraum vom 01.09.2018 und 31.01.2019 in der allgemeinchirurgischen Ambulanz vorstellig waren und einen allgemeinchirurgischen Eingriff erhielten, aufgenommen. Mittels Fragebögen wurden die Scores „Risk Analysis Index“, „Edmonton Frail Scale“ sowie „Charlson Comorbidity Index“ präoperativ erhoben und retrospektiv mit Daten aus der digitalen Patientenakte zusammengeführt. Endpunkte waren die 90-Tages- Mortalität sowie das Auftreten von schweren postoperativen Komplikationen ab Clavien Dindo Grad 3b. Die Analyse erfolgte in SPSS mittels Chi-Quadrat Test, t- Test und ROC-Kurven Analysen.
Ergebnisse: Das durchschnittliche Alter der Studienkohorte lag bei 56 ± 15.9 Jahren und der Anteil männlicher Patienten überwog mit 59.2% (n=282).
Die Fragebögen wurden 739 Patienten vorlegt und 476 Patienten konnten in die Datenanalyse eingeschlossen werden. Die 90-Tages-Mortalität lag bei 2.7% (n=13) und 9% (n=43) erlitten schwere postoperative Komplikationen ab Clavien-Dindo Grad IIIb. Die Einteilung nach der ASA-Klassifikation (p=0.024), maligne Diagnosen -7-(p<0.001) und Majorkomplikationen (p<0.001) stellten präoperative Risikofaktoren für postoperative 90-Tage-Mortalität dar. Von den Risk Assessment Scores zeigte lediglich der Risk Analysis Index eine signifikante Korrelation auf (p=0.013). Ein mittels ROC-Analyse ermittelter Cut-Off Wert von 23 klassifizierte 166 (34.9%) Patienten als frail, die mit 69% Sensitivität und 66% Spezifität (AUC=0.735) ein erhöhtes Risiko für postoperatives Versterben innerhalb von 90 Tagen aufwiesen (p=0.008). Risikofaktoren für das Auftreten schwerer postoperativer Komplikationen waren die ASA-Klassifikation (p=0.041), längere Krankenhausverweildauer (p<0.001) und maligne Diagnosen (p<0.001). Der Charlson Comorbidity Index (p=0.031) und RAI-C Werte ≥ 23 (p<0.001) korrelierten signifikant mit Majorkomplikationen. Das Alter ab 65 Jahren stellte mit 77 % Spezifität und 69 % Sensitivität ebenfalls einen prädiktiven Risikofaktor für postoperative Mortalität dar (AUC=0,787).
Schlussfolgerung: Mithilfe validierter Risk Assessment Tools ist es möglich Patienten, die ein erhöhtes Risiko für postoperative negative Ereignisse aufweisen, bereits präoperativ zu erkennen. Dies ermöglicht eine bessere Beurteilung der chirurgischen Indikationsstellung sowie das rechtzeitige Ergreifen von risikominimierenden Maßnahmen. Es ist notwendig die Ergebnisse dieser Arbeit künftig mit risikominimierenden Maßnahmen zu verknüpfen und zu untersuchen, ob die Implementierung der Risk Assessment Tools zu verbesserten postoperativen Ergebnissen führt, wenn modifizierbare Faktoren verbessert werden.
This thesis investigates exotic phases within effective models for strongly interacting matter.
The focus lies on the chiral inhomogeneous phase (IP) that is characterized by a spontaneous breaking of translational symmetry and the moat regime, which is a precursor phenomenon exhibiting a non-trivial mesonic dispersion relation.
These phenomena are expected to occur at non-zero baryon densities, which is a parameter region that is mostly non-accessible to first-principle investigations of Quantum chromodynamics (QCD).
As an alternative approach, we consider the Gross-Neveu (GN) and Nambu-Jona-Lasinio (NJL) model within the mean-field approximation, which can be regarded as effective models for QCD.
We focus on two aspects of the moat regime and the IP in these models.
First, we investigate the influence of the employed regularization scheme in the (3+1)-dimensional NJL model, which is nonrenormalizable, i.e., the regulator cannot be removed.
We find that the moat regime is a robust feature under change of regularization scheme, while the IP is sensitive to the specific choice of scheme.
This suggests that the moat regime is a universal feature of the phase diagram of the NJL model, while the IP might only be an artifact of the employed regulator.
Second, we study the influence of the number of spatial dimensions on the emergence of the IP.
To this end, we investigate the GN model in noninteger spatial dimensions d.
We find that the IP and the moat regime are present for d < 2, while they are absent for d > 2.
This demonstrates the central role of the dimensionality of spacetime and illustrates the connection of previously obtained results in this model in integer number of spatial dimensions.
Moreover, this suggests that the occurrence of these phenomena in three spatial dimensions is solely caused by the finite regulator.
In summary, this thesis contributes to advancing our understanding of the phase structure of QCD, particularly regarding the existence and characteristics of inhomogeneous phases and the moat regime.
Even though the investigations are performed within effective models, they provide valuable insight into the aspects that are crucial for the formation of an inhomogeneous chiral condensate in fermionic theories.
Unter den weltweit in ständigem Gebrauch befindlichen Chemikalien befinden sich nicht nur Verbindungen mit akuter toxischer Wirkung, sondern auch solche mit Wirkung auf das endokrine System. Eine große Rolle spielt hier vor allem die Störung der Geschlechtsdifferenzierung und der Reproduktion, ausgelöst durch natürliche oder synthetische Chemikalien mit endokrinem Potential, sogenannte endokrine Disruptoren (ED). Diese Chemikalien können über unterschiedliche Eintragspfade in die Umwelt gelangen. Seit Mitte des 20. Jahrhunderts werden mehr und mehr Fälle bekannt, in denen anthropogene Chemikalien die Pflanzen- und Tierwelt belasten, darunter zahlreiche Befunde zu Störungen des Hormonsystems von Mensch und Tier.
Im Rahmen der Gefahren- und Risikobewertung steht bereits eine Vielzahl harmonisierter Prüfrichtlinien für die Identifizierung und Evaluierung der Effekte von (potentiellen) ED zur Verfügung. Um die Gesamtheit aller potentiellen Interaktionen von ED mit dem Hormonsystem detektieren zu können, ist die In-vivo-Untersuchung an Vertebraten in der Chemikalienregistrierung bisher unabdingbar. Bei der Untersuchung endokriner Potentiale in höheren Vertebraten spielen vor allem nager- und vogelbasierte Testsysteme eine wichtige Rolle. Diese bergen jedoch einen hohen zeitlichen, personellen und finanziellen Aufwand und erfordern eine massive Zahl an Versuchstieren, die für diese Tests benötigt werden. Darüber hinaus beinhalten Tierversuche eine Vielzahl von Problemen einschließlich ethischer Bedenken, die sich als Konsequenz der Tierhaltung unter Versuchsbedingungen ergeben. Ein sehr interessanter und vielversprechender Ansatz zur Reduktion von Tierversuchen ist die Entwicklung eines standardisierten Verfahrens für die Untersuchung potentieller ED in Vogelembryonen. Auf Vogelembryonen basierende In-ovo-Modelle stellen einen Mittelweg zwischen In-vitro- und In-vivo-Testsystemen dar. Mit dem Vogeleitest wird der sich entwickelnde Embryo, das für ED sensitivste Entwicklungsstadium im Leben eines Organismus, berücksichtigt.
Das Ziel der vorliegenden Arbeit war die Entwicklung und Eignungsuntersuchung eines auf dem Embryo des Haushuhns (Gallus gallus domesticus) basierenden Testsystems für den Nachweis von ED. Das resultierende Testsystem soll als Alternativmethode zu bisher etablierten nager- und vogelbasierten Testsystemen für die Untersuchung der Effekte hormonell aktiver Substanzen auf die Geschlechtsdifferenzierung in höheren Wirbeltieren eingesetzt werden.
Die im Rahmen der vorliegenden Dissertation durchgeführten Arbeiten umfassten sowohl die Charakterisierung der Normalentwicklung des Hühnerembryos, unbeeinflusst durch ED, als auch die morphologisch-histologischen Veränderungen der Gonaden von substanzexponierten Embryonen. Für die Untersuchung substanzbedingter Effekte, welche den Schwerpunkt der vorliegenden Arbeit darstellen, wurden die Embryonen gegenüber verschiedenen (anti)estrogenen und (anti)androgenen Substanzen exponiert. Unter Einfluss der Estrogene Bisphenol A (BPA) und 17α-Ethinylestradiol (EE2) entwickelten sich die Keimdrüsen der Männchen zu Ovotestes, während Weibchen ein Ovar mit deutlich schmalerem Cortex ausbildeten. Unter Einfluss der Antiestrogene Fulvestrant und Tamoxifen blieben Effekte auf die Gonaden männlicher Embryonen aus, eine durch das potente Estrogen EE2 hervorgerufene Feminisierung männlicher Gonaden konnte durch beide Substanzen jedoch effektiv antagonisiert werden. Weibchen bilden unter Einfluss von Tamoxifen deutlich schmalere linke Gonaden mit einem missgebildeten Cortex aus. Unter Einfluss der Androgene Tributylzinn (TBT) und 17α-Methyltestosteron (MT) blieben die Effekte auf männliche Embryonen aus, während die Weibchen anatomisch virilisierte Gonaden und eine Reduktion des linken gonadalen Cortex aufwiesen. Allein die untersuchten antiandrogenen Versuchssubstanzen Cyproteronacetat (CPA), Flutamid und p,p´-Dichlorodiphenyldichloroethen (p,p´-DDE) hatten keinen Effekt auf die gonadale Geschlechtsdifferenzierung männlicher und weiblicher Hühnerembryonen.
Es konnte gezeigt werden, dass der Embryo von G. gallus domesticus einen sensitiven Organismus innerhalb des Tierreichs darstellt und hinreichend sensitiv auf eine Reihe von endokrin wirksamen und reproduktionstoxischen Chemikalien reagiert. Anatomische und histologische Änderungen der Gonaden können daher als Biomarker für die Wirkung von ED bei Vögeln nützlich sein. Die untersuchten Endpunkte beziehen sich jedoch auf apikale Effekte und liefern keine mechanistischen Informationen zu den untersuchten Substanzen. Der
Hühnereitest ist eine sinnvolle Ergänzung zur bestehenden OECD-Testbatterie und zeichnet sich besonders durch seine kostengünstige und einfache Handhabung im Labor sowie einfach durchzuführende Tests aus. Durch die vergleichsweise kurze Versuchsdauer von nur 19 Tagen ist ein schnelles Substanzscreening möglich, welches zeitlich deutliche Vorteile gegenüber den etablierten nager- und vogelbasierten Testsystemen hat. Als Alternative zu bisherigen Assays könnte der vorgeschlagene Hühnereitest dazu beitragen, im Rahmen der (öko)toxikologischen Gefährdungs- und Risikobewertung von Chemikalien künftig weniger Versuchstiere zu verwenden.
By combining two unique facilities at the Gesellschaft fuer Schwerionenforschung (GSI), the Fragment Separator (FRS) and the Experimental Storage Ring (ESR), the first direct measurement of a proton capture reaction of stored radioactive isotopes was accomplished. The combination of well-defined ion energy, an ultra-thin internal gas target, and the ability to adjust the beam energy in the storage ring enables precise, energy-differentiated measurements of the (p,gamma) cross sections. The new setup provides a sensitive method for measuring (p,gamma) reactions relevant for nucleosynthesis processes in supernovae, which are among the most violent explosions in the universe and are not yet well understood. The cross sections of the 118Te(p,gamma) and 124Xe(p,gamma) reactions were measured
at energies of astrophysical interest. The heavy ions were stored with energies of 6 MeV/nucleon and 7 MeV/nucleon and interacted with a hydrogen gas-jet target.
The produced proton-capture products were detected with a double-sided silicon strip detector. The radiative recombination process of the fully stripped ions and electrons from the hydrogen target was used as a luminosity monitor.
Additionally, post-processing nucleosynthesis simulations within the NuGrid [1] research platform have been performed. The impact of the new experimental results on the p-process nucleosynthesis around 124Xe and 118Te in a core-collapse supernova was investigated. The successful measurement of the proton capture cross sections of radioactive isotopes rises the motivation to proceed with experiments in lower energy regions.
[1] M. Pignatari and F. Herwig, “The nugrid research platform: A comprehensive simulation approach for nuclear astrophysics,” Nuclear Physics News, vol. 22, no. 4, pp. 18–23, 2012.
This dissertation is concerned with the task of map-based self-localization, using images of the ground recorded with a downward-facing camera. In this context, map-based (self-)localization is the task of determining the position and orientation of a query image that is to be localized. The map used for this purpose consists of a set of reference images with known positions and orientations in a common coordinate system. For localization, the considered methods determine correspondences between features of the query image and those of the reference images.
In comparison with localization approaches that use images of the surrounding environment, we expect that using images of the ground has the advantage that, unlike the surrounding, the visual appearance of the ground is often long-term stable. Also, by using active lighting of the ground, localization becomes independent of external lighting conditions.
This dissertation includes content of several published contributions, which present research on the development and testing of methods for feature-based localization of ground images. Our first contribution examines methods for the extraction of image features that have not been designed to be used on ground images. This survey shows that, with appropriate parametrization, several of these methods are well suited for the task.
Based on this insight, we develop and examine methods for various subtasks of map-based localization in the following contributions. We examine global localization, where all reference images have to be considered, as well as local localization, where an approximation of the query image position is already known, which allows for disregarding reference images with a large distance to this position.
In our second contribution, we present the first systematic comparison of state-of-the-art methods for ground texture based localization. Furthermore, we present a method, which is characterized by its usage of our novel feature matching technique. This technique is called identity matching, as it matches only those features with identical descriptors, in contrast to the state-of-the-art that also matches features with similar descriptors. We show that our method is well suited for global and local localization, as it has favorable scaling with the number of reference images considered during the localization process. In another contribution, we develop a variant of our localization method that is significantly faster to compute, as it applies a sampling approach to determine the image positions at which local features are extracted, instead of using classical feature detectors.
Two further contributions are concerned with global localization. The first one introduces a prediction model for the global localization performance, based on an evaluation of the local localization performance. This allows us to quickly evaluate any considered parameter settings of global localization methods. The second contribution introduces a learning-based method that computes compact descriptors of ground images. This descriptor can be used to retrieve the overlapping reference images of a query image from a large set of reference images with little computational effort.
The most recent contribution included in this dissertation presents a new ground image database, which was recorded with a dedicated platform using a downward-facing camera. In addition to the data, we also explain our guidelines for the construction of the platform. In comparison with existing databases, our database contains more images and presents a larger variety of ground textures. Furthermore, this database enables us to perform the first systematic evaluation of how localization performance is affected by the time interval between the point in time at which the reference images are recorded and the point in time at which the query image is recorded. We find out that for outdoor areas all ground texture based localization methods have reliability issues, if the time interval between the recording of the query and reference images is large, and also if there are different weather conditions. These findings point to remaining challenges in ground texture base localization that should be addressed in future work.
Matroids are combinatorial objects that generalize linear independence. A matroid can be represented geometrically by its Bergman fan and we compare the symmetries of these two objects. Sometimes, the Bergman fan has additional automorphisms, which are related to Cremona transformations in projective space. Their existence depends on a combinatorial property of the matroid, as has been shown by Shaw and Werner, and we study the consequences for the structure of such matroids. This allows us to gain a better understanding of the so-called Cremona group of a matroid and we apply our results to root system matroids.
Im Rahmen dieser publikationsbasierten Dissertation wurden drei wissenschaftliche Arbeiten veröffentlicht. Als Erstautorenschaft wurde 2022 die Arbeit “Effectiveness of High-intensity Focused Ultrasound (HIFU) Therapy of Solid and Complex Benign Thyroid Nodules - A Long-term Follow up Two-center Study.” im Journal “Experimental and Clinical Endocrinology & Diabetes” veröffentlicht. Im Folgenden wird der Inhalt dieser Arbeit dargelegt. Ein kurzer Überblick über die Ergebnisse der anderen beiden mitpublizierten Arbeiten findet sich im Kapitel „Weitere Ergebnisse der Arbeitsgruppe“.
Durch die hohe Prävalenz benigner Schilddrüsenknoten sind deren Behandlungsalternativen von großem wissenschaftlichem Interesse. Dabei bildet die nebenwirkungsarme, minimalinvasive Thermoablation mittels high-intensity focused ultrasound (HIFU) eine attraktive Alternative zu herkömmlichen Verfahren wie der Schilddrüsenchirurgie oder der Radioiodtherapie. Bei der HIFU-Echotherapie werden die Schilddrüsenknoten auf 80 - 90 Grad Celsius erhitzt, sodass eine irreversible Koagulationsnekrose entsteht. Um den Therapieprozess und die Indikationsstellung von HIFU bei benignen Schilddrüsenknoten zu optimieren, ist es notwendig, genaue Studien durchzuführen.
Ziel der vorliegenden bizentrischen Langzeitstudie war, die Effektivität von HIFU-Echotherapien bei benignen Schilddrüsenknoten zu evaluieren und erstmalig den Einfluss der Knotenmorphologie auf den Therapieerfolg zu untersuchen. Vor der Therapie und in regelmäßigen Intervallen nach der Therapie wurden die Größe und die Morphologie der Schilddrüsenknoten mittels Ultraschall dokumentiert. In der retrospektiven Studie wurden Daten von 58 Patienten ausgewertet. Dabei wurde die Gesamtpopulation in eine Gruppe mit soliden und in eine Gruppe mit komplexen Knoten eingeteilt. Die durchschnittliche prozentuale Volumenreduktion in jeder Gruppe wurde mit dem Wilcoxon-Signed-Rank Test statistisch analysiert.
Die Gesamtpopulation zeigte eine Volumenreduktion der zuvor abladierten Knoten von 38.86 % nach 3 Monaten (Spannweite: 4.03 % - 91.16 %, p < 0.0001, n = 25), 42.7 % nach 6 Monaten (Spannweite: 7.36 % - 93.2 %, p < 0.0001, n = 18), 62.21 % nach 9 Monaten (Spannweite: 12.88 % - 93.2 %, p = 0.0078, n = 8) und 61.42 % nach 12 Monaten (Spannweite: 39.39 % - 93.2 %, p > 0.05, n = 4). Die soliden Knoten hatten eine Volumenreduktion von 49.98 % nach 3 Monaten (Spannweite: 4.03 % - 91.16 %, p = 0.0001, n = 15), 46.40 % nach 6 Monaten (Spannweite: 7.36 % - 93.2 %, p = 0.001, n = 11), 65.77 % nach 9 Monaten (Spannweite: 39.39 % - 93.2 %, p = 0.0156, n = 7) und 63.88 % nach 12 Monaten (Spannweite: 39.39 % - 93.2%, p > 0.05, n = 2). Komplexe Knoten hatten eine Volumenreduktion von 35.2 % nach 3 Monaten (Spannweite: 5.85 % - 68.63 %, p = 0.002, n = 10), 36.89 % nach 6 Monaten (Spannweite: 12.23 % - 68.63 %, p = 0.0156, n = 7) und 63.64 % nach 12 Monaten (Spannweite: 52,38 % - 73.91 %, p > 0.05, n = 2).
In der vorliegenden bizentrischen Langzeitstudie wurde deutlich, dass HIFU-Echotherapie eine effektive Behandlungsoption benigner Schilddrüsenknoten ist. Erstmalig gezeigt wurde der Trend, dass solide Knoten besser auf HIFU-Echotherapie ansprechen als komplexe Knoten.
Anhand der gewonnenen Ergebnisse und der neuen Erkenntnisse zum Einfluss der Knotenmorphologie auf die HIFU-Echotherapie benigner Schilddrüsenknoten kann HIFU als Therapieoption besser bewertet werden. Eine differenziertere Indikationsstellung in Bezug auf solide und komplexe Knoten wird ermöglicht und die HIFU-Echotherapie kann gegen andere thermoablative Verfahren abgewogen werden.
Diese Promotionsarbeit dient in erster Linie dazu herauszufinden, ob Unterschiede im Gesamt- und rezidivfreien Überleben zwischen dem laparoskopischen und offenen chirurgischen Zugangsweg der radikalen Nephroureterektomie (RNU) bei Patienten mit nicht-metastasiertem Urothelkarzinom des oberen Harntrakts bestehen. Als sekundäres Ziel soll untersucht werden, ob die Durchführung einer präoperativen Ureterorenoskopie (URS) bei Patienten mit nicht-metastasiertem Urothelkarzinom des oberen Harntrakts zu Unterschieden im Gesamt- und rezidivfreien Überleben führt.
Zur Untersuchung der Hypothesen wurden die Daten von Patienten, die zwischen 2010 und 2020 wegen eines Urothelkarzinom des oberen Harntrakts behandelt wurden, retrospektiv aus institutionellen Datenbanken erhoben. Die Studienpopulation bestand aus Patienten, die älter als 18 Jahre waren, sich einer offenen oder laparoskopischen RNU unterzogen und bei denen kein Verdacht auf Metastasen bestand (cM0). Patienten mit Verdacht auf Metastasen bei der Diagnose (cM1) oder anderen Therapien als einer RNU wurden ausgeschlossen. Die Daten wurden tabellarisch dargestellt und, mithilfe von Kaplan-Meier-Kurven, Unterschiede im Gesamt- und rezidivfreien Überleben hinsichtlich des chirurgischen Zugangs (laparoskopisch versus offen) untersucht. In gesonderten Kaplan-Meier-Kurven wurde darüber hinaus der Einfluss der präoperativen URS auf das Gesamt- und rezidivfreie Überleben beider Kohorten untersucht (unabhängig vom Zugangsweg).
Von den 59 Patienten, die sich einer RNU unterzogen, wurden 29% (n=17) laparoskopisch und 71% (n=42) offen operiert. Die Patienten- und Tumormerkmale waren in beiden Gruppen gleichmäßig verteilt (p≥0,2). Das mediane Gesamtüberleben unterschied sich nicht statistisch signifikant zwischen den Kohorten. Es betrug 93 Monate nach einer laparoskopischen RNU im Vergleich zu 73 Monaten nach einer offenen RNU (p=0,46). Das mediane rezidivfreie Überleben wies keine Unterschiede zwischen laparoskopischer und offener RNU auf und betrug für beide Kohorten 73 Monate (p=0,93). Auch das mediane Gesamt- und rezidivfreie Überleben unterschied sich nicht zwischen Patienten mit und ohne präoperativer URS (p=0,1).
Basierend auf den Ergebnissen einer retrospektiven, unizentrischen Studie zeigten die Gesamt- und rezidivfreien Überlebensraten bei Patienten mit nicht-metastasiertem Urothelkarzinom des oberen Harntrakts, die mit laparoskopischer oder offener RNU behandelt wurden, keinen signifikanten Unterschied. Das laparoskopische Verfahren kann dem offenen Verfahren also ebenbürtig angesehen werden. Außerdem führte eine präoperative URS vor der RNU nicht zu verringerten Gesamt- oder rezidivfreien Überlebensraten.
Trotz der nennenswerten Ergebnisse bestehen auch für die vorliegende Studie Einschränkungen. Sie begründen sich einerseits auf dem retrospektiven Studiendesign, was in einer schlechteren Qualität der Daten resultiert sowie andererseits auf der geringen Stichprobengröße, weshalb die Ergebnisse nur eingeschränkt auf die Allgemeinheit anwendbar sind.
Auf der Grundlage dieser Studie sollten multizentrische, randomisierte, prospektive Studien mit einer umfangreicheren Kohortengröße erfolgen, um diese Ergebnisse zu bestätigen und die verbleibenden Unsicherheiten hinsichtlich des onkologisch günstigsten chirurgischen Verfahrens zu klären.
A central concern in genetics is to identify mechanisms of transcriptional regulation. The aim is to unravel the mapping between the DNA sequence and gene expression. However, it turned out that this is extremely complex. Gene regulation is highly cell type-specific and even moderate changes in gene ex- pression can have functional consequences.
Important contributors to gene regulation are transcription factors (TFs), that are able to directly interact with the DNA. Often, a first step in understanding the effect of a TF on the gene’s regulation is to identify the genomic regions a TF binds to. Therefore, one needs to be aware of the TF’s binding preferences, which are commonly summarized in TF binding motifs. Although for many TFs the binding motif is experimentally validated, there is still a large number of TFs where no binding motif is known. There exist many tools that link TF binding motifs to TFs. We developed the method Massif that improves the performance of such tools by incorporating a domain score that uses the DNA binding domain of the studied TF as additional information.
TF binding sites are often enriched in regulatory elements (REMs) such as promoters or enhancers, where the latter can be located megabases away from its target gene. However, to understand the regulation of a gene it is crucial to know where the REMs of a gene are located. We introduced the EpiRegio webserver that holds REMs associated to target genes predicted across many cell types and tissues using STITCHIT, a previously established method. Our publicly available webserver enables to query for REMs associated to genes (gene query) and REMs overlapping genomic regions (region query). We illus- trated the usefulness of EpiRegio by pointing to a TF that occurs enriched in the REMs of differential expressed genes in circPLOD2 depleted pericytes. Further, we highlighted genes, which are affected by CRISPR-Cas induced mutations in non-coding genomic regions using EpiRegio’s region query. Non-coding genetic variants within REMs may alter gene expression by modifying TF binding sites, which can lead to various kinds of traits or diseases. To understand the underlying molecular mechanisms, one aims to evaluate the effect of such genetic variations on TF binding sites. We developed an accurate and fast statistical approach, that can assess whether a single nucleotide polymorphism (SNP) is regulatory. Further, we combined this approach with epigenetic data and additional analyses in our Sneep workflow. For instance, it enables to identify TFs whose binding preferences are affected by the analyzed SNPs, which is illustrated on eQTL datasets for different cell types. Additionally, we used our Sneep workflow to highlight cardiovascular disease genes using regulatory SNPs and REM-gene interactions.
Overall, the described results allow a better understanding of REM-gene interactions and their interplay with TFs on gene regulation.
Das adaptive Immunsystem schützt den Menschen vor extra- wie auch intrakorporal auftretenden Pathogenen und Krebszellen. Die Funktionalität dieses Prozesses geht hierbei auf die Interaktion und Kooperation einer Vielzahl verschiedener Zelltypen des Körpers zurück und ist vorwiegend innerhalb der Lymphknoten lokalisiert. Ist auch nur ein Bestandteil dieses sensiblen Prozesses gestört, kann dies zu einem teilweisen oder vollständigen Verlust der immunologischen Fitness des Menschen führen. Daher war es das Ziel dieser Arbeit, solche Aberrationen des humanen Lymphknotengewebes umfassend digital-pathologisch zu detektieren und zu definieren.
Hierfür wurde zunächst eine digitale Gewebedatenbank etabliert. Diese basiert auf dem im Rahmen dieser Arbeit implementierten Content-Management-System Digital Tissue Management Suite. Weiterhin wurde die Software Feature analysis in tissue histomorphometry entwickelt, welche die Analyse von zweidimensionalen whole slide images ermöglicht. Hierbei werden Methoden aus dem Bereich Computer Vision und Graphentheorie eingesetzt, um morphologische und distributionale Eigenschaften der Zelltypen des Lymphknotens zu charakterisieren. Darüber hinaus enthält diese Software Plug-ins zur Visualisierung und statistischen Analyse der Daten.
Aufbauend auf der eigens implementierten, digitalen Infrastruktur, in Kombination mit der Software Imaris wurden zweidimensional und dreidimensional gescannte, reaktive und neoplastische Gewebeproben digital phänotypisiert. Hierbei konnten neue mechanische Barrieren zur Kompartimentalisierung der Keimzentren aufgeklärt werden. Weiterhin konnte der Erhalt des quantitativen Verhältnisses einzelner Zellpopulationen innerhalb der Keimzentren beschrieben werden. Ausgehend von den reaktiven Phänotypen des Lymphknotens, wurden pathophysiologische Aberrationen in verschiedenen lymphatischen Neoplasien untersucht. Hierbei konnte gezeigt werden, dass speziell die strukturelle Destruktion häufig mit einer morphologischen Veränderung der fibroblastischen Retikulumzellen einhergeht.
Neben strukturellen Veränderungen sind auch zytologische Veränderungen der Tumormikroumgebung zu verzeichnen. Eine besondere Rolle spielen hierbei sogenannte Tumor-assoziierte Makrophagen. Im Rahmen dieser Arbeit konnte gezeigt werden, dass speziell Makrophagen in der Tumormikroumgebung des diffus großzelligen B-Zell-Lymphoms und der chronisch lymphatischen Leukämie spezifische pathophysiologische Veränderungen aufzeigen. Auch konnte gezeigt werden, dass genetische Änderungen neoplastischer B-Zellen mit einer generellen Reduktion der CD20-Antigendichte einhergehen.
Zusammenfassend ermöglichten die Ergebnisse die Generierung eines umfassenden digital-pathologischen Profils des klassischen Hodgkin-Lymphoms. Hierbei konnten morphologische Veränderungen neoplastischer, CD30-positiver Hodgkin-Reed-Sternberg-Zellen validiert und beschrieben werden. Auch konnten pathologische Veränderungen des Konnektoms und der Tumormikroumgebung dieser Zellen parametrisiert und quantifiziert werden. Abschließend wurde unter Anwendung eines Random forest-Klassifikators die diagnostische Potenz digital-pathologischer Profile evaluiert und validiert.
In this thesis, we present a detailed consideration of both qualitative and quantitative properties of static spherically symmetric solutions of the Einstein equations with self-interacting scalar fields. Our focus is on solutions with naked singularities. We study the qualitative properties of the solutions of the Einstein equations with real static self-interacting $N$ scalar fields, making some assumptions on self-interaction. We provide a rigorous proof that the corresponding solutions will be regular up to $r=0$. Furthermore, we find the rigorous form of asymptotic solutions near the singularity and at spatial infinity. We construct some examples of spherical-like naked singularities at $r=r_s\neq0$ in curvature coordinates.
We analyze the stability of the previously considered solutions against odd-parity gravitational perturbations and also examine the fundamental quasi-normal modes spectra. For the general class of the self-interaction potential, we demonstrate well-posedness of the initial problem and stability for positively defined potentials. As an example, we numerically study the case of the scalar field with power-law self-interaction potential and find the fundamental quasi-normal modes frequencies. We demonstrate that they differ from the standard Schwarzschild black hole case.
We study in detail the motion of particles in the vicinity of previously considered solutions. Mainly, we are interested in considering properties of the distribution of stable circular orbits around the corresponding configurations and images of the accretion disk for a distant observer. For all cases, we find possible types of stable circular orbit distributions and domains of parameters where they are realized.
We also demonstrate that the presence of self-interaction can lead to a new type of circular orbit distributions, which is absent in the linear massless scalar field case. We build Keplerian disk images in the plane of a distant observer and demonstrate the possibility to mimic the shadows of black holes.
Der Fokus der Arbeit liegt auf der Untersuchung von Wechselwirkungen zwischen Molekülen in selbst-anordnenden Monolagen (SAMs) auf Goldoberflächen mittels Rastertunnelmikroskopie und komplementären Methoden wie z.B. Infrarot-Reflektions-Absorptions-Spektro-skopie.
In dieser Arbeit wurde das kürzlich etablierte Konzept von eingebetteten Dipolmomenten in aromatischen, SAM-bildenden Molekülen eingehender untersucht. Das Ausmaß des Dipol-moments und die Größe der SAM-bildenden Moleküle wurden synthetisch variiert und der Einfluss auf die Struktur und elektronischen Eigenschaften der SAMs untersucht. Binäre, gemischte Monolagen aus SAM-bildenden Molekülen mit "entgegen gerichteten", Dipolmomenten wurden hergestellt und charakterisiert. Zur Herstellung der binären, gemischten Monolagen wurden zwei Methoden verwendet: die Monolagen wurden a) aus bereits gemischten Lösungen der Moleküle abgeschieden oder b) eine reine SAM in die Lösung des anderen Moleküls eingelegt, so dass ein Austausch stattfand. Der Vergleich der beiden Methoden ermöglicht Rückschlüsse über die Abscheidungsprozesse. Die Charakterisierung der SAMs dieser Mischungsreihen gab Aufschluss über Eigenschaften wie Packungsdichte, Austrittsarbeit, elektronischen Ladungstransport in Monolagen und Orientierung der Moleküle relativ zur Oberfläche und erlaubte Schlussfolgerungen über die Mischbarkeit und das Ausmaß der Dipolwechselwirkungen der Moleküle in der Monolage. In einem ähnlichen Ansatz zu dem oben beschriebenen Vorgehen wurden Quadrupolwechselwirkungen zwischen SAM-bildenen, Benzol-, Naphtalin- und Anthracenderivaten untersucht. In Mischungsreihen wurden SAMs von nicht- und teilweise (hoch)fluorierten, SAM-bildenden Molekülen auf Goldoberflächen charakterisiert. Die Ergebnisse der Untersuchungen können bei der gezielten Einstellung der elektronischen Eigenschaften in elektronischen Bauteilen wie OFETs Anwendung finden.
In einem weiteren Projekt wurde der Einfluss von polaren Endgruppen auf die in situ Abspaltung von Schutzgruppen an Terphenylthiol-Derivaten untersucht, wobei die Ergebnisse zum Aufbau größerer, aus organischer Elektronik bestehender, Netzwerke verwendet werden können.
This cumulative dissertation contains four self-contained chapters on stochastic games and learning in intertemporal choice.
Chapter 1 presents an experiment on value learning in a setting where actions have both immediate and delayed consequences. Subjects make a series of choices between abstract options, with values that have to be learned by sampling. Each option is associated with two payoff components: One is revealed immediately after the choice, the other with one round delay. Objectively, both payoff components are equally important, but most subjects systematically underreact to the delayed consequences. The resulting behavior appears impatient or myopic. However, there is no inherent reason to discount: All rewards are paid simultaneously, after the experiment. Elicited beliefs on the value of options are in accordance with choice behavior. These results demonstrate that revealed impatience may arise from frictions in learning, and that discounting does not necessarily reflect deep time preferences. In a treatment variation, subjects first learn passively from the evidence generated by others, before then making a series of own choices. Here, the underweighting of delayed consequences is attenuated, in particular for the earliest own decisions. Active decision making thus seems to play an important role in the emergence of the observed bias.
Chapter 2 introduces and proves existence of Markov quantal response equilibrium (QRE), an application of QRE to finite discounted stochastic games. We then study a specific case, logit Markov QRE, which arises when players react to total discounted payoffs using the logit choice rule with precision parameter λ. We show that the set of logit Markov QRE always contains a smooth path that leads from the unique QRE at λ = 0 to a stationary equilibrium of the game as λ goes to infinity. Following this path allows to solve arbitrary finite discounted stochastic games numerically; an implementation of this algorithm is publicly available as part of the package sgamesolver. We further show that all logit Markov QRE are ε-equilibria, with a bound for ε that is independent of the payoff function of the game and decreases hyperbolically in λ. Finally, we establish a link to reinforcement learning, by characterizing logit Markov QRE as the stationary points of a game dynamic that arises when all players follow the well-established reinforcement learning algorithm expected SARSA.
Chapter 3 introduces the logarithmic stochastic tracing procedure, a homotopy method to compute stationary equilibria for finite and discounted stochastic games. We build on the linear stochastic tracing procedure (Herings and Peeters 2004), but introduce logarithmic penalty terms as a regularization device, which brings two major improvements. First, the scope of the method is extended: it now has a convergence guarantee for all games of this class, rather than just generic ones. Second, by ensuring a smooth and interior solution path, computational performance is increased significantly. A ready-to-use implementation is publicly available. As demonstrated here, its speed compares quite favorable to other available algorithms, and it allows to solve games of considerable size in reasonable times. Because the method involves the gradual transformation of a prior into equilibrium strategies, it is possible to search the prior space and uncover potentially multiple equilibria and their respective basins of attraction. This also connects the method to established theory of equilibrium selection.
Chapter 4 introduces sgamesolver, a python package that uses the homotopy method to compute stationary equilibria of finite discounted stochastic games. A short user guide is complemented with discussion of the homotopy method, the two implemented homotopy functions logit Markov QRE and logarithmic tracing, and the predictor-corrector procedure and its implementation in sgamesolver. Basic and advanced use cases are demonstrated using several example games. Finally, we discuss the topic of symmetries in stochastic games.
Thomas Bowrey, who was an employee of the British colonial government, visited the Malay-speaking region at the end of the 17th century and published a dictionary of Malay (1701) which consists of 12,683 headwords. It is one of the oldest and largest collections of data on this language, which was the first language of the people he came into contact with while travelling through the Malay Peninsula, spending most of his time in harbours along its west coast. Malay, which was spoken in the various trading centres of this area (e.g. Penang, Malacca), had long previously begun to develop into a form of lingua franca during Bowrey’s stay there due to the fact that traders, especially those from Arabic countries (beginning in the 12th century), China (from the 15th century onwards), Portugal (since 1511), the Netherlands (since 1641), and less so from England, came into contact with Malays speaking their local dialects in the various trading posts in Malaya and probably began to become acquainted with the trade-language variant. Thus, Bowrey must have observed and recorded elements of both.
The data he collected is not limited to Malay variants spoken in coastal areas, but includes material from dialects which he encountered during his travels throughout the Malay Peninsula, though without, however, describing the locations in which he took notes on the lexicon and clauses. Not all of his material was written into manuscript form during his stay in Southeast Asia. A large part of his notes taken in situ were prepared for publication during his long journey home. His notes, which were used to print his dictionary, are in part kept in British libraries. Most of the material accessible to the public was studied during the preparation of this thesis.
Earlier works on this dictionary are quite limited in scope. They deal with very specific aspects such as the meanings of headwords found between the letters A and C (Rahim Aman, 1997 & 1998), and the work of Nor Azizah, who deals with the lexical change found in Bowrey’s dictionary between D and F, and syntactic and sociolinguistic aspects (Mashudi Kader, 2009), and collective nouns by Tarmizi Hasrah (2010). This study will discuss Bowrey’s dictionary as a whole in order to describe its contribution to our knowledge of linguistic and non-linguistic facts in 17th century Malaya. Besides analysing Malay synchronically, this thesis also deals with historical-comparative questions and asks whether Bowrey contributes to our knowledge of the changes to the Malay language between the 17th and 21st centuries.
In order to answer the research questions, this study not only relies on the dictionary in its entirety, but also on the notes found in British libraries as well as other material on early Malay, such as the Pigafetta list (1523), Houtman (1598–1603), and the Wilkinson dictionary (1901) as a complement to Bowrey’s dictionary; at the same time, the Malay Concordance Project (online), the SEAlang Project (online), Kamus Besar Bahasa Indonesia (online), and Kamus Dewan Edisi Keempat (2007) will represent modern Malay. It should be borne in mind that in contrast to the Thomas Bowrey dictionary (TBD), Kamus Dewan Edisi Keempat (KDE4) does not hold information on colloquial forms of Malay, many of which reflect features of lingua franca Malay. This study is divided into two different branches, namely the consideration of synchronic aspects and historical comparative aspects.
Finally, this study concludes that the Malay language in Thomas Bowrey’s dictionary is heavily influenced by both external and internal factors prevalent to the 17th century. The Malay language recorded in the Thomas Bowrey dictionary is very similar to modern Malay. The similarities between the Malay language of the 17th century and the Malay language of today are considerable, even though there are, of course, still some notable variances.
Hintergrund: Amblyopie ist nach Fehlsichtigkeit die häufigste Sehstörung bei Kindern. Sie ist eine wesentliche Ursache für eine lebenslange Minderung der bestkorrigierten Sehschärfe und ist meist unilateral. Eine Asymmetrie in der Qualität des visuellen Eindrucks während der sensiblen Phase führt in der Regel zu einer unzureichenden Entwicklung des binokularen Sehsystems. Die Standardtherapie der Amblyopie besteht aus optimaler optischer Korrektur vorhandener Brechungsfehler und der direkten Okklusion, wobei das funktionsbessere Auge zeitweise mit einem Augenpflaster abgedeckt wird. Bisherige Studien haben gezeigt, dass besonders bei Patienten mit tiefer Amblyopie, die Therapietreue oft mäßig ist. In einigen Fällen kann das amblyope Auge nicht mit der Foveola fixieren. Diese exzentrische Fixation beeinflusst den Therapieerfolg negativ. Unser Ziel war, bei dieser speziellen Patientengruppe die Okklusionsdauer objektiv zu registrieren und deren Auswirkung auf die Visusentwicklung und die Fixationsänderung in Abhängigkeit vom Alter über einen langen Zeitraum zu untersuchen.
Methoden: In unserer prospektiven multizentrischen Pilotstudie untersuchten wir amblyope Kinder mit exzentrischer Fixation im Alter von 3-16 Jahren während 12-monatiger Okklusionsbehandlung. Der Nahvisus wurde mittels Landoltringen und Lea-Symbolen (jeweils Reihenoptotypen) bestimmt. Die Okklusionsdauer wurde kontinuierlich mit einem TheraMon®-Mikrosensor aufgezeichnet, der am Augenpflaster angebracht wurde. Der Fixationsort am Augenhintergrund wurde mit einem direkten Ophthalmoskop bestimmt. Unsere Ziele waren: Evaluierung der Sehfunktion, Therapieadhärenz und Beurteilung des Fixationsortes des amblyopen Auges. Der Anteil des korrigierten Visusdefizits, die Dosis-Wirkungs-Beziehung und die Therapieeffizienz wurden berechnet.
Ergebnisse: In unserer Studie wurden 12 Patienten mit Schiel- und kombinierter Schiel- und Anisometropieamblyopie im Alter von 2,9-12,4 Jahren (im Mittel 6,5 ± 3,4 Jahre) untersucht. Der Anfangsvisus der amblyopen Augen nach 3 Monaten refraktiver Adaptationsphase lag im Mittel bei 1,4 ± 0,4 logMAR (Spannweite 0,9-2,0), und der 5 Führungsaugen bei 0,3 ± 0,3 logMAR (Spannweite -0,1-0,8). Die mittlere interokuläre Visusdifferenz (IOVAD, Visusunterschied zwischen dem amblyopen Auge und dem Führungsauge) zu Beginn betrug im Mittel 1,1 ± 0,4 log Einheiten (Spannweite 0,5-1,8). Die verschriebene Okklusionsdauer lag im Median bei 7,7 Stunden/Tag (Spannweite 6,6-9,9), die tatsächlich erreichte bei 5,2 Stunden/Tag (Spannweite 0,7-9,7). Nach 12 Monaten betrug die mediane Visusbesserung der amblyopen Augen 0,6 log Einheiten (Spannweite 0-1,6), die mediane IOVAD 0,3 log Einheiten (Spannweite 0-1,8). Multiple Regressionsanalyse mit Rückwärtselimination zeigte, dass sowohl das Alter (p=0,0002) als auch die Okklusionsdosis (p=0,046) signifikante Einflussfaktoren für den Visusanstieg waren. Kinder unter 4 Jahren zeigten das beste Ansprechen mit der niedrigsten Rest-IOVAD (Median 0,1 log Einheiten, Spannweite 0-0,3). Die Effizienzberechnung ergab eine Visusbesserung von etwa einer log Visusstufe pro 100 Stunden Okklusion in den ersten zwei Monaten und einer halben log Visusstufe nach 6 Monaten. Die Therapieeffizienz nahm mit zunehmendem Alter ab (p = 0,01). Trotz einer gewissen Visusbesserung auch bei Patienten im Alter von ≥8 Jahren (Median 0,4 log Einheiten), zeigten diese eine geringere Therapieadhärenz sowie -effizienz (mediane Rest-IOVAD 0,8 log Einheiten). Zentrale Fixation wurde von 9 Patienten nach im Median 3 Monaten erreicht (Spannweite 1-4 Monate). Drei Patienten (>6 Jahre) erreichten keine zentrale Fixation.
Schlussfolgerung: Amblyopie mit exzentrischer Fixation stellt auch bei guter Adhärenz eine Herausforderung für den Therapieerfolg dar. Unsere Studie zeigte erstmals prospektive quantitative Daten basierend auf elektronischer Erfassung der Okklusion bei dieser seltenen Patientengruppe. Es konnte die deutliche Abnahme der Therapieeffizienz mit zunehmendem Alter gezeigt werden. Die Visusbesserung wurde viel stärker vom Alter als von der Okklusionsdosis beeinflusst. Nur Kinder, die zum Okklusionsbeginn jünger als 4 Jahre waren, konnten im Studienzeitraum in ihren amblyopen Augen eine für ihr Alter annähernd normale Sehschärfe und eine IOVAD <0,2 log Einheiten erreichen. Demzufolge sind, trotz möglicher geringer Visusbesserung auch bei älteren Patienten, eine frühzeitige Diagnose und Therapie dieser Patientengruppe unerlässlich für den Therapieerfolg.
Förderung: bereitgestellt durch den Forschungspreis des Vereins „Augenstern e.V.“
The role of USP22 in nucleic acid sensing pathways and interferon-induced necroptotic cell death
(2023)
Every day, living organisms are challenged by internal and external factors that threaten to bring imbalance to their tightly regulated systems and disrupt homeostasis, leading to degeneration, and ultimately death. More than ever, we face the challenge of combating diseases such as COVID-19 caused by infection with the SARS-CoV-2 coronavirus. It is therefore crucial to identify host factors that control antiviral defense mechanisms. In addition, in the fight against cancer, it is becoming increasingly important to identify markers that could be used for targeted therapy to influence cellular processes and determine cell fate.
As a deubiquitylating enzyme, ubiquitin specific peptidase 22 (USP22) mediates the removal of the small molecule ubiquitin, which is post-translationally added to target proteins, thereby regulating several important processes such as protein degradation, activation or localization. Through its deubiquitylating function, USP22 controls several biological processes such as cell cycle regulation, proliferation and cancer immunoresistance by modulating key proteins involved in these pathways. Lately, USP22 was reported to positively regulate TNFα-mediated necroptosis, an inflammatory type of programmed cell death, in various human tumor cell lines by affecting RIPK3 phosphorylation. In addition, USP22 as a part of the Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) transcription complex is known to regulate gene expression by removing ubiquitin from histones H2A and H2B. However, little is known about the role of USP22 in global gene expression.
In this study, we performed a genome-wide screen in the human colon carcinoma cell line HT-29 and identified USP22 as a key negative regulator of basal interferon (IFN) expression. We further demonstrated that the absence of USP22 results in increased STING activity and ubiquitylation, both basally and in response to stimulation with the STING agonist 2'3'-cGAMP, thereby affecting IFNλ1 expression and basal expression of antiviral ISGs. In addition, we were able to establish USP22 as a critical host factor in controlling SARS-CoV-2 infection by regulating infection, replication, and the generation of infectious virus particles, which we attribute in part to its role in regulating STING signaling.
In the second part of the study, we connected the findings of USP22-dependent regulation of IFN signaling and TNFα-induced necroptosis and investigated the role of USP22 during necroptosis induced by the synergistic action of IFN and the Smac mimetic BV6 in caspase-deficient settings. We identified USP22 as a negative regulator of IFN-induced necroptosis, which does not depend on STING expression, but relies on a yet unknown mechanism.
In summary, we identify USP22 as an important regulator of IFN signaling with important implications for the defense against viral infections and regulation of the necroptotic pathway that could be exploited for devising targeted therapeutic strategies against viral infections and related diseases like COVID-19, and advancing precision medicine in cancer treatment.
Molecular oxygen (O2) is essential for numerous metabolic processes. Not surprisingly, hypoxia and the resulting adaptations play a pivotal role in pathophysiology, e.g., in cancer or in inflammatory diseases. Of note, myeloid cells are known to accumulate in hypoxic regions such as tumor cores or rheumatoid arthritis joints and may contribute to disease progression. While most studies so far concentrated on transcriptional adaptation by the hypoxia-inducible factors (HIF) 1 and 2 under short term hypoxia, prolonged oxygen deprivation and alternative post-transcriptional regulation are rather poorly investigated.
Consequently, the aim of the study was to generate a comprehensive overview of mRNA de novo synthesis and degradation and its contribution to total mRNA changes in monocytic cells in the course of hypoxia.
To this end, I used thiol-linked alkylation for the metabolic sequencing of RNA (SLAM-Seq) to characterize RNA dynamics under hypoxia. Specifically, I labeled monocytic THP-1 cells under normoxia (N), acute hypoxia (AH; 8 h 1% O2), or chronic hypoxia (CH; 72 h 1% O2) with 4-thiouridine (4sU), which allows for transcriptome-wide identification of de novo synthesized mRNAs and estimation of their half-lives. Total mRNA expression analyses revealed that most changes occurred under CH. Considering that HIF accumulation and resulting transcriptional regulation was shown to decline again under CH, I further analyzed the impact of RNA stability on gene expression. I observed a global reduction in RNA half-lives under hypoxia, indicative for the attenuation of energy-consuming protein synthesis upon oxygen deprivation. Moreover, I observed a subgroup of hypoxic destabilized transcripts with resulting decreased mRNA expression under CH, which consisted of 59 nuclear-encoded mitochondrial mRNAs. This might prevent futile production of new mitochondria under conditions, where mitochondria are even actively degraded to prevent production of detrimental reactive oxygen species.
While stability-regulated transcripts were mainly destabilized under hypoxia, the vast majority of differentially de novo synthesized transcripts were upregulated.
Functional analyses revealed not only hypoxia, but also cholesterol homeostasis and inflammatory response as top enriched terms, corroborating findings on total mRNA level. Focusing on hypoxia-altered cholesterol metabolism, I observed an 9 accumulation of early and a decrease in late cholesterol precursors, which are separated by several oxygen-dependent enzymatic steps. Although total cholesterol levels were only slightly reduced, my data indicate locally lowered endoplasmic reticulum (ER) cholesterol levels under hypoxia, which cause feedback activation of the ER cholesterol-sensing transcription factor sterol regulatory element-binding protein 2 (SREBP2) and induction of cholesterol biosynthesis enzymes. Interestingly, a broad range of interferon-stimulated genes (ISGs), mainly known for their antiviral function, was also induced under hypoxia with similar kinetics as SREBP2 targets, suggesting an immunometabolic crosstalk. While the availability of certain cholesterol biosynthesis intermediates as well as a direct involvement of SREBP2 seemed rather unlikely to cause hypoxic ISG induction, changes in intracellular cholesterol distribution appeared crucial for the hypoxic induction of chemokine-ISGs. Mechanistically, I found that MyD88-dependent toll-like receptor 4 (TLR4) signaling contributes to enhanced hypoxic ISG induction, likely sensitized by changes in cholesterol dynamics. Importantly, hypoxia amplified induction of chemokine-ISGs in monocytes upon treatment with severe acute respiratory syndrome coronavirus type 2 (SARS-CoV-2) spike protein via TLR4 similarly as after addition of infectious virus, which might contribute to systemic inflammation in hypoxemic patients with severe coronavirus disease-2019 (COVID-19).
Taken together, I comprehensively analyzed RNA dynamics in hypoxic monocytes. Specifically, I identified RNA stability as a modulating mechanism to limit production of mitochondria under oxygen-restricted conditions. Moreover, I characterized the immunometabolic crosstalk between disturbed cholesterol homeostasis and spontaneous induction of interferon (IFN)-signaling in hypoxic monocytes, which might contribute to systemic inflammation in severe cases of COVID-19.