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TreePics: visualizing trees with pictures

  • While many programs are available to edit phylogenetic trees, associating pictures with branch tips in an efficient and automatic way is not an available option. Here, we present TreePics, a standalone software that uses a web browser to visualize phylogenetic trees in Newick format and that associates pictures (typically, pictures of the voucher specimens) to the tip of each branch. Pictures are visualized as thumbnails and can be enlarged by a mouse rollover. Further, several pictures are can be selected and displayed in a separate window for visual comparison. TreePics works either online or in a full standalone version, where it can display trees with several thousands of pictures (depending on the memory available). We argue that TreePics can be particularly useful in a preliminary stage of research, such as to quickly detect conflicts between a DNA-based phylogenetic tree and morphological variation, that may be due to contamination that needs to be removed prior to final analyses, or the presence of species complexes.

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Metadaten
Verfasserangaben:Nicolas PuillandreORCiD, Julien Brisset, Simon Chagnoux, Etienne Cavillier
URN:urn:nbn:de:hebis:30:3-462025
DOI:https://doi.org/10.5852/ejt.2017.353
ISSN:2118-9773
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch):European journal of taxonomy : 353
Schriftenreihe (Bandnummer):European journal of taxonomy : EJT (353)
Verlag:Muséum National d'Histoire Naturelle
Verlagsort:Paris
Dokumentart:Ausgabe (Heft) zu einer Zeitschrift
Sprache:Englisch
Jahr der Fertigstellung:2017
Jahr der Erstveröffentlichung:2017
Veröffentlichende Institution:Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg
Datum der Freischaltung:23.04.2018
Freies Schlagwort / Tag:DNA barcoding; Phylogenetic trees; computer program; voucher pictures
Seitenzahl:7
DDC-Klassifikation:5 Naturwissenschaften und Mathematik / 59 Tiere (Zoologie) / 590 Tiere (Zoologie)
Sammlungen:Sammlung Biologie / Sondersammelgebiets-Volltexte
Lizenz (Deutsch):License LogoCreative Commons - Namensnennung 3.0