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We here report the complete nucleotide sequence of the 47.9 kb mitochondrial (mt) genome from the obligate aerobic yeast Yarrowia lipolytica. It encodes, all on the same strand, seven subunits of NADH: ubiquinone oxidoreductase (ND1-6, ND4L), apocytochrome b (COB), three subunits of cytochrome oxidase (COX1, 2, 3), three subunits of ATP synthetase (ATP6, 8 and 9), small and large ribosomal RNAs and an incomplete set of tRNAs. The Y. lipolytica mt genome is very similar to the Hansenula wingei mt genome, as judged from blocks of conserved gene order and from sequence homology. The extra DNA in the Y. lipolytica mt genome consists of 17 group 1 introns and stretches of A+Trich sequence, interspersed with potentially transposable GC clusters. The usual mould mt genetic code is used. Interestingly, there is no tRNA able to read CGN (arginine) codons. CGN codons could not be found in exonic open reading frames, whereas they do occur in intronic open reading frames. However, several of the intronic open reading frames have accumulated mutations and must be regarded as pseudogenes. We propose that this may have been triggered by the presence of untranslatable CGN codons. This sequence is available under EMBL Accession No. AJ307410.
Fantastik und Möglichkeitssinn : zur literarischen Organisation des Wissens bei Kafka und Musil
(2007)
Ich möchte mich im Folgenden mit Texten beschäftigen, die alle drei genannten Tendenzen aufweisen, ohne dass sie sich dem Genre der Utopie oder Dystopie zurechnen ließen. Diese literarischen Texte greifen die wissenschaftlichen, technischen, politischen, ökonomischen und verwaltungstechnischen Diskurse ihrer Zeit auf, deformieren sie aber gleichzeitig dadurch, dass sie sie mit poetischen überblenden. Indem die außerliterarischen Diskurse neu organisiert und arrangiert werden, werden sie gleichzeitig verfremdet: Sie erhalten Funktionen, die von ihren ursprünglichen radikal abweichen. Eben durch diese Verschiebungen und Verzerrungen können diese Diskurse überhaupt erst als solche erkannt und reflektiert werden. Franz Kafkas und Robert Musils Werke belegen dies auf ihre je eigene, aber in jedem Fall eindrucksvolle Weise. Sie zeichnen sich dadurch aus, dass sie das Wissen ihrer Zeit in seiner ganzen Vielfalt in sich geradezu aufsaugen, diese Wissenselemente aber auf eine sehr eigenwillige Art zueinander in Beziehung setzen. Wissensbestände dienen ihnen als Materialien für fundamentale Neukonstruktionen. Das soll im Folgenden an einigen markanten Beispielen demonstriert werden.
The shortage of functional information compared to the abundance of sequence information characterizes today’s situation in functional genomics. For many years the knock-down of a gene’s product has been the most powerful way of analysing its function. In addition to the complete knock-out by homologous recombination, several different techniques have been developed to temporarily knock down gene expression through methods based on specific sequence recognition, such as knockdown by antisense oligonucleotides, ribozymes, aptamers or RNAi.
The ESF workshop on ‘Impact of Nucleic Acid Chemistry on Gene Function Analysis’ brought together researchers who use techniques that are different but highly related. It offered an opportunity for an in-depth discussion of recent progress and common problems. Antisense oligonucleotides aptamers and ribozymes are techniques that have been used successfully for many years to validate targets. However, recent developments, such as increased tightness of binding (e.g. locked nucleic acids) or the combination of different methods (e.g. using aptamers to design ribozymes), have continued to improve the existing techniques. RNA interference (RNAi) is a defence mechanism of the cell against viruses. Since the exact mechanism of action within the cell is still unclear, RNAi was a particularly exciting topic at the workshop and was addressed in the largest number of presentations. Predictability of positional effects (accessibility of RNA) is a problem shared by all techniques using sequence-specific recognition and was the subject of quite controversial debates.
The meeting comprised over 50 people from 14 countries (13 European countries and the USA).
Targeting signals direct proteins to their extra- or intracellular destination such as the plasma membrane or cellular organelles. Here we investigated the structure and function of exceptionally long signal peptides encompassing at least 40 amino acid residues. We discovered a two-domain organization ("NtraC model") in many long signals from vertebrate precursor proteins. Accordingly, long signal peptides may contain an N-terminal domain (N-domain) and a C-terminal domain (C-domain) with different signal or targeting capabilities, separable by a presumably turn-rich transition area (tra). Individual domain functions were probed by cellular targeting experiments with fusion proteins containing parts of the long signal peptide of human membrane protein shrew-1 and secreted alkaline phosphatase as a reporter protein. As predicted, the N-domain of the fusion protein alone was shown to act as a mitochondrial targeting signal, whereas the C-domain alone functions as an export signal. Selective disruption of the transition area in the signal peptide impairs the export efficiency of the reporter protein. Altogether, the results of cellular targeting studies provide a proof-of-principle for our NtraC model and highlight the particular functional importance of the predicted transition area, which critically affects the rate of protein export. In conclusion, the NtraC approach enables the systematic detection and prediction of cryptic targeting signals present in one coherent sequence, and provides a structurally motivated basis for decoding the functional complexity of long protein targeting signals.
Wenn man sich Gehirnvorgänge beim Lernen als „Speicherung“ vorstellt, so müßten die Lernprozesse im Anhäufen und Einschaufeln von Wissensportionen bestehen. Schulfach auf Schulfach füllt also Fach auf Fach im Hirn mit möglichst dauerhaften (und bewährten!) Gütern, ruft sie in Testarbeiten noch mal ab und hofft, dass die Güter im-mer dann „gebraucht“ werden, wenn sie dem „Besitzer“ zur Bewältigung seines Lebens dienen können. Das klappte zwar nie so, aber man wunderte sich und machte weiter so. Seit Jahrzehnten wissen Neurologen und Psychologen, dass dieses Bild falsch ist; wir Lehrer könnten es auch wissen, denn in populärwissenschaftlichen Berichten (u.a. in GEO, ZEIT, Spiegel oder Focus) werden die neuen Erkenntnisse seit Jahren verbreitet, und doch bleibt der Schulunterricht davon völlig unberührt.
Exported proteases of Helicobacter pylori (H. pylori) are potentially involved in pathogen-associated disorders leading to gastric inflammation and neoplasia. By comprehensive sequence screening of the H. pylori proteome for predicted secreted proteases, we retrieved several candidate genes. We detected caseinolytic activities of several such proteases, which are released independently from the H. pylori type IV secretion system encoded by the cag pathogenicity island (cagPAI). Among these, we found the predicted serine protease HtrA (Hp1019), which was previously identified in the bacterial secretome of H. pylori. Importantly, we further found that the H. pylori genes hp1018 and hp1019 represent a single gene likely coding for an exported protein. Here, we directly verified proteolytic activity of HtrA in vitro and identified the HtrA protease in zymograms by mass spectrometry. Overexpressed and purified HtrA exhibited pronounced proteolytic activity, which is inactivated after mutation of Ser205 to alanine in the predicted active center of HtrA. These data demonstrate that H. pylori secretes HtrA as an active protease, which might represent a novel candidate target for therapeutic intervention strategies.
Die folgenden Ausführungen konzentrieren sich (aber mit Anschließbarkeit an einige bisherige Interpretationsansätze, wie etwa den von Martel [2004]) gemäß dem narratologischen Analysekonzept auf das Gedicht als Reflexionsprozess (und der schließlich damit verbundenen Reflexion von Dichtung) im Rahmen der Imaginations- und Erinnerungsthematik, die bereits mit der Überschrift „Andenken“ angesprochen wird. Auf eine ausführliche Auseinandersetzung mit anderen (insbesondere primär philosophisch-metaphysischen) Deutungsansätzen wird verzichtet.
Inhalt 1. Humboldts Kritik am Kolonialsystem 2. Zielsetzung der Reise 3. Die Rolle Humboldts als Forschungsreisender 4. Aussagen zum Kolonialismus während der Reise. Beispiele 5. Der inoffizielle und der offizielle Humboldt 6. Der Essai politique sur le royaume de la Nouvelle-Espagne 7. Die Relation historique 8. Wirkung