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The Specialized Information Service Biodiversity Research (BIOfid) has been launched to mobilize valuable biological data from printed literature hidden in German libraries for over the past 250 years. In this project, we annotate German texts converted by OCR from historical scientific literature on the biodiversity of plants, birds, moths and butterflies. Our work enables the automatic extraction of biological information previously buried in the mass of papers and volumes. For this purpose, we generated training data for the tasks of Named Entity Recognition (NER) and Taxa Recognition (TR) in biological documents. We use this data to train a number of leading machine learning tools and create a gold standard for TR in biodiversity literature. More specifically, we perform a practical analysis of our newly generated BIOfid dataset through various downstream-task evaluations and establish a new state of the art for TR with 80.23% F-score. In this sense, our paper lays the foundations for future work in the field of information extraction in biology texts.
Die Hochschulen des landesweiten Verbundprojekts “Eine gemeinsame Strategie: Hessische Forschungsdateninfrastrukturen” (HeFDI)] streben an, den Forschenden ihrer Institution eine Möglichkeit zur Sicherung und Publikation ihrer Forschungsdaten anzubieten. Die lokalen Servicestellen zu Forschungsdaten beraten Forschende im Hinblick auf den Veröffentlichungs- oder Sicherungsort ihrer Daten zunächst stets zu fachspezifischen Angeboten. Gleichwohl sind die Anfragen zur sicheren Ablage und Publikation der Forschungsdaten vielfältig und betreffen oftmals solche Forschungsdaten, die nicht oder noch nicht in einem fachspezifischen Angebot abgelegt werden können. Nachgefragt wird deshalb ein vertrauenswürdiges institutionelles Repositorium, das ‘vor Ort’ genutzt werden kann.
Für den Betrieb einer solchen vertrauenswürdigen Repositoriumslösung, die zugleich effizient angelegt ist, bestanden zunächst folgende Optionen:
* Betrieb durch einen kommerziellen Anbieter; * eine gemeinschaftlich betriebene kooperative Repositoriumslösung, bei der Ressourcen gemeinsam genutzt werden (gemeinsam-kooperativ); * ein verteiltes, aber abgestimmtes System von Repositorien an den jeweiligen Standorten, die in wesentlichen technischen und organisatorischen Aspekten koordiniert betrieben werden (verteilt-koordiniert).
Aufgrund der Ergebnisse des Verifikationsreports kam die Nutzung eines kommerziellen Angebotes (vgl. Rodriguez 2018d) nicht mehr in Betracht, insbesondere deshalb, weil über die Ergebnisse des Reports hinaus die anzunehmenden Kosten den Eigenbetrieb überstiegen hätten. Außerdem wären weder Anpassbarkeit noch lokales Entwicklungspotential für fachliche Angebote ausreichend gegeben. Deshalb hat HeFDI in 2018 eine Erprobungsphase für die beiden Betriebsformen “gemeinsam-kooperativ” sowie “verteilt-koordiniert” gestartet, stets unter Berücksichtigung, dass sich durch die Erfahrungen auch weitere Varianten ergeben könnten.
Das vorliegende Papier verfolgt das Ziel, darzulegen, wie und zu welchen Bedingungen ein jeweils abgestimmter Betrieb einer möglichst geringen Anzahl an technischen Repositoriumslösungen an den HeFDI-Hochschulen erfolgen kann, so dass einerseits ein möglichst hoher Grad an Effizienz erreicht wird und andererseits lokale Anliegen berücksichtigt werden können. Dabei soll einerseits ein Betriebskonzept dafür dargelegt werden, wie ein Hochschulstandort für andere Hochschulstandorte eine institutionelle Repositoriumslösung für Forschungsdaten anbieten kann; das Konzept wird exemplarisch als Betriebsmodell für den gemeinsam-kooperativen Betrieb ausgearbeitet (Kap. 3). Ebenso wird ein Konzept dafür dargelegt, wie im Rahmen eines verteilt-koordinierten Betriebs von Repositorien die Abstimmung und Zusammenarbeit erfolgt (Kap. 4).
Vor 200 Jahren erschien das Hauptwerk des Frankfurter Philosophen Arthur Schopenhauer Die Welt als Wille und Vorstellung. Aus diesem Anlass präsentiert die Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg in Zusammenarbeit mit der Schopenhauer-Gesellschaft e.V. die erste Ausstellung in ihrem neuen SchopenhauerStudio.