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Characterization of microsatellite loci in the lichen-forming fungus cetraria aculeata (parmeliaceae, ascomycota)

  • Premise of the study: Polymorphic microsatellite markers were developed for the lichen species Cetraria aculeata (Parmeliaceae) to study fine-scale population diversity and phylogeographic structure. Methods and Results: Using Illumina HiSeq and MiSeq, 15 fungus-specific microsatellite markers were developed and tested on 81 specimens from four populations from Spain. The number of alleles ranged from four to 13 alleles per locus with a mean of 7.9, and average gene diversities varied from 0.40 to 0.73 over four populations. The amplification rates of 10 markers (CA01– CA10) in populations of C. aculeata exceeded 85%. The markers also amplified across a range of closely related species, except for locus CA05, which did not amplify in C. australiensis and C. "panamericana," and locus CA10 which did not amplify in C. australiensis. Conclusions: The identified microsatellite markers will be used to study the genetic diversity and phylogeographic structure in populations of C. aculeata in western Eurasia.

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Verfasserangaben:Tetiana Lutsak, Fernando Fernández Mendoza, Bastian Greshake TzovarasORCiDGND, Francesco Dal GrandeORCiD, Ingo EbersbergerORCiDGND, Sieglinde Ott, Christian Printzen
URN:urn:nbn:de:hebis:30:3-422651
URL:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5033364
DOI:https://doi.org/10.3732/apps.1600047
ISSN:2168-0450
Pubmed-Id:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27672520
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch):Applications in plant sciences
Verlag:BioOne
Verlagsort:Washington, DC
Dokumentart:Wissenschaftlicher Artikel
Sprache:Englisch
Datum der Veröffentlichung (online):01.12.2016
Datum der Erstveröffentlichung:19.09.2016
Veröffentlichende Institution:Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg
Datum der Freischaltung:01.12.2016
Freies Schlagwort / Tag:Cetraria aculeata; Parmeliaceae; lichen; microsatellites
Jahrgang:4
Ausgabe / Heft:(9):1600047
Seitenzahl:5
Erste Seite:1
Letzte Seite:4
Bemerkung:
© 2016 Lutsak et al. Published by the Botanical Society of America. This work is licensed under a Creative Commons Attribution License (CC-BY-NC-SA).
HeBIS-PPN:428668976
Institute:Biowissenschaften / Biowissenschaften
Angeschlossene und kooperierende Institutionen / Senckenbergische Naturforschende Gesellschaft
Fachübergreifende Einrichtungen / Biodiversität und Klima Forschungszentrum (BiK-F)
DDC-Klassifikation:5 Naturwissenschaften und Mathematik / 57 Biowissenschaften; Biologie / 570 Biowissenschaften; Biologie
Sammlungen:Universitätspublikationen
Lizenz (Deutsch):License LogoCreative Commons - Namensnennung-Keine kommerzielle Nutzung-Weitergabe unter gleichen Bedingungen