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Das schnelle und unkontrollierte Wachstum von Tumorzellen bedingt beim Glioblastom ein heterogenes Tumormikromilieu, mit lokalem Sauerstoff- und Nährstoffmangel. Lokaler Selektionsdruck bedingt eine Evolution besonders anpassungsfähiger Klone. Die integrierte Stressantwort (integrated stress response, ISR) ist ein zelluläres Programm, das durch zahlreiche Stressoren, wie endoplasmatische Retikulum Stress (ER-Stress), durch die Akkumulation ungefalteter Proteine, Hypoxie, Glukose- oder Aminosäuremangel aktiviert wird. Ein zentraler Schritt zur Aktivierung der ISR ist die Phosphorylierung der alpha Untereinheit des eukaryotischen Translationsinitiationsfaktors 2 (eIF2α) an Serin 51. Die Phosphorylierung von eIF2α führt zur Modulation der Translation mit Induktion des Transkriptionsfaktors ATF4 (Activating Transcription Factor 4), der dann zelluläre Anpassungsvorgänge einleitet.
Unsere Hypothese lautete, dass ATF4-vermittelte molekulare Anpassungsmechanismen menschlicher Glioblastom (GB)-Zellen an die Bedingungen der Tumormikroumgebung (wie z.B. Hypoxie und Nährstoffentzug) maßgeblich zur Therapieresistenz beitragen und auch die Empfindlichkeit gegen TMZ-Chemotherapie beeinflussen. Somit könnte eine Inhibition der integrierten Stressantwort über den zentralen Mediator ATF4 zu einem gesteigerten Ansprechen auf Therapiebedingungen führen.
Um die ISR und ATF4 als mögliche therapeutische Angriffspunkte im Glioblastom zu evaluieren, wurde die ATF4 Induktion in Glioblastomzellen pharmakologisch und genetisch moduliert und im Zusammenhang mit TMZ-Behandlung sowie Glukose- und Sauerstoffentzug untersucht. Unter Glutaminentzug, Hypoxie und TMZ-Behandlung, welche Aspekte der GB-Mikroumgebung widerspiegeln, zeigten sich erhöhte ATF4 Proteinspiegel. ATF4-gensupprimierte GB-Zellen (ATF4sh) exprimierten unter gleicher Behandlung wesentlich weniger ATF4.
Im Einklang mit der Hypothese, dass ATF4 zur Therapieresistenz humaner Glioblastomzellen beiträgt, waren ATF4-gensupprimierte GB-Zellen (ATF4sh) im Vergleich zur Kontrollzelllinie empfindlicher gegen Hypoxie-induzierten Zelltod und zeigten einen erhöhten Sauerstoffverbrauch. Umgekehrt zeigten GB-Zellen nach pharmakologischer ISR Induktion einen verminderten Sauerstoffverbrauch. Auch nach Behandlung mit TMZ war die Überlebensrate in ATF4sh Zellen im Vergleich zur Kontrollgruppe geringer. Zur Hemmung der ISR wurden verschiedenen Inhibitoren der Kinase PERK (Protein kinase R-like endoplasmic reticulum kinase) entwickelt. In unseren Untersuchungen war nach der Behandlung der GB-Zelllinien eine verminderte ATF4 Expression festzustellen. Dabei kam es allerdings gleichzeitig bei der Behandlung mit höheren Inhibitorkonzentrationen zu einer Induktion von ATF4. Für den PERK-Inhibitor GSK 414 wurde in der Literatur auch die Hemmung anderer Kinasen wie KIT und RIPK1 gezeigt. Daher konnte bei den Konzentrationen, die für eine vollständige PERK-Inhibition erforderlich waren, keine selektive Hemmung von PERK mehr gewährleistet werden. Besonders aufgrund ihrer Toxizität auf die Funktion des Pankreas eignen sich diese Inhibitoren nicht für eine in vivo Erprobung. Da aber durch die Inhibition der ISR eine neuroprotektive Wirkung beschrieben ist, besteht die Notwendigkeit, weitere Inhibitoren zur Hemmung der ISR zu entwickeln. ISRIB (Integrated Stress Response Inhibitor) ist ein partieller ISR Inhibitor, der eIF2B angreift, was als Guanidin-Nukleotid-Austauschfaktor im Translationsinitiationsprozess benötigt wird. Für ISRIB wurde bereits in vitro und in vivo eine neuroprotektive, aber keine toxische Wirkung beschrieben.
Zusammenfassend lieferten unsere Untersuchungen Hinweise auf die wichtige Rolle von ATF4 für die Anpassung humaner GB-Zellen an Bedingungen der Tumormikroumgebung und für die Entstehung von TMZ-Resistenzen. Die Hemmung der ISR in GB-Zellen könnte daher ein vielversprechender Therapieansatz sein.
Get3 in Arabidopsis
(2021)
Der guided entry of tail-anchored proteins (GET) Biogenese-Weg vermittelt den Transport und die Insertion von tail-anchor (TA) Proteinen in die Doppellipidschicht des Endoplasmatischen Retikulums (ER). TA Proteine sind dadurch gekennzeichnet, dass sie eine Transmembran Domäne (TMD) in den letzten 50 Aminosäuren ihrer Sequenz beherbergen. Diese TMD enthält die notwendigen Informationen, mit denen die Proteine an ihren jeweiligen subzellulären Zielort transportiert werden können. TA Proteine erfüllen eine Vielzahl von essentiellen biologischen Prozessen, sie fungieren zum Beispiel als Rezeptoren, sind maßgeblich an der Fusion von Vesikeln beteiligt sowie an der Initiation von Apoptose. Durch ihren modularen Aufbau können TA Proteine nicht mit dem Signalerkennungspartikel interagieren und müssen deshalb posttranslational zum ER geleitet werden. Im Modellorganismus Bäckerhefe (Saccharomyces cerevisiae) ist der GET Biogenese-Weg am besten beschrieben und läuft wie folgt ab: Nach der Termination der Translation bindet das Protein SgtA das TA Protein und händigt es über den Adapter-Komplex, bestehend aus Get4 und Get5, an die zytosolische ATPase Get3 aus. Get3 ist der zentrale Zielsteuerungsfaktor des GET Biogenese-Weges. Sobald sich ein Komplex aus Zeilsteuerungsfaktor und TA Protein gebildet hat, wird dieses zur Membran des ERs überführt. Dort wird das TA Protein an den Rezeptorkomplex bestehend aus Get1 und Get2 übergeben, welcher anschließend die Insertion des TA Proteins in die Doppellipidschicht des ERs initiiert.
Get3 hat im zellulären Kontext noch eine weitere Funktion. Unter oxidativem Stress oder Energie depletierenden Bedingungen wird Get3 zu spezifischen Foci rekrutiert, an denen sich noch weitere durch Stress -induzierbare Proteine, wie z.B. die der Familie der Hitze Stress Proteine (HSPs) versammeln. Analysen haben gezeigt, dass Get3 unter den oben genannten Bedingungen, Konformationsänderungen durchläuft und dann als ATP unabhängige Holdase fungiert. Diese kann die exponierten, hydrophoben Anteile von Proteinen binden, um dadurch die Proteostasis aufrechtzuhalten.
Durch die Bedeutsamkeit der TA Proteinen ist die zentrale ATPase Get3 in allen Domänen des Lebens hochgradig konserviert. Phylogenetische Analysen ergaben, dass sich Get3 im Allgemeinen in eine „A“ Gruppe sowie eine „BC“ Gruppe aufspaltet. Im Modellorganismus Arabidopsis thaliana (Ackerschmalwand) wurden drei Orthologe zu Get3 identifiziert. Eins davon gehört zu der „A“ Gruppe und befindet sich im Zytoplasma. Die anderen zwei Orthologe befinden sich in den Organellen endo-symbiotischen Ursprungs und gehören der „BC“ Gruppe an. Untersuchungen an verschiedenen Deletionsmutanten in A. thaliana haben gezeigt, dass die Mutationen einzelner GET Komponenten zu einer signifikanten Verkürzung der Haarwurzeln führen, obwohl der restliche Habitus der Pflanze unverändert bleibt. Diesbezüglich wurde SYP123 als einziges TA Proteine identifiziert, dessen Abundanz durch die Deletion von GET Komponenten beeinflusst werden kann. Von den anderen beiden Orthologen organellären Ursprungs ist, abgesehen von ihrer Lokalisation nichts weiter bekannt
Vier Orthologe Gruppen in Pflanzen
Da bislang nicht mehr als zehn Pflanzenarten für phylogenetische Analysen herangezogen wurden, wurden in dieser Arbeit die taxonomischen Beziehungen von Get3 zu einander in 50 Spezies der Viridiplantae auf Basis der Orthologie sowie Homologie untersucht. Dies führte zur Identifizierung einer zytolischen (AtGet3a), einer plastidären (AtGet3b), einer mitochondriellen (AtGet3c) sowie einer Monokotyledone spezifischen Gruppe (SBGet3). Die Lokalisation der ersten drei Gruppen wurde in selektierten Pflanzen, sowohl homolog als auch heterolog, der unterschiedlichen Spezies mittels saGFP untersucht, und es konnte gezeigt werden, dass mehrere Get3 Orthologe mit unterschiedlichen subzellulären Lokalisationen eine unter Pflanze häufig auftretende Eigenschaft ist. Das Weitern konnte gezeigt werden, dass manche Komponenten des Präzielsteuerungskomplexes (SgtA und Get4) sowie des Rezeptorkomplexes (Get1) in fast allen der 50 untersuchten Pflanzenarten vorhanden sind. Dies weist auf eine Konservierung des gesamten GET Biogenese-Weges in Pflanzen hin.
Get3a in Arabidopsis thaliana
Da die molekulare Zusammensetzung des Präzielsteuerungskomplexes für AtGet3a in A. thaliana nicht bekannt ist, habe ich Co-Immunpräzipitationen mit Zellextrakten aus weißer Zellkultur und einen von mir selbst aufgereinigten Antikörper gegen AtGet3a durchgeführt. Nach anschließender Gelelektrophorese und einer Anfärbung mit Coomassie Brilliant Blue ließ sich ein reproduzierbares Muster aus Proteinbanden erkennen, welche ausgeschnitten und mittels LC-MS/MS analysiert wurden. Dadurch wurde ein putativer Kandidat für Get5 identifiziert sowie eine Assoziation mit Chaperonen und proteasomalen Untereinheiten.
Um die Zielsteuerungseffizienz und Topologie von ER-Membranproteinen zu analysieren habe ich (i) die rekombinante Synthese eines Modell-TA Proteins mit glykosylierbarem opsin bovine glycosylation Tag (OPG) etabliert sowie (ii) eine Methode etabliert um in isolierten Protoplasten die Richtigkeit der Insertion zu überprüfen. Mit Hilfe dieser Methoden können nun verschiedene Mutanten auf ihre Insertions-Wirksamkeit untersucht werden. Desweitern können durch Mutationsanalysen die notwendigen physikochemischen Eigenschaften für die Erkennung des Substrates ermittelt werden.
Eine weit verbreitete Methode im GET Feld ist die tail-anchor translocation (TAT). Bei dieser Methode werden isolierte mikrosomale Fraktionen des rauen ERs mit rekombinanten Komplexen bestehend aus Zielsteuerungsfaktor und TA Protein inkubiert. Durch einen rekombinanten OPG, der im Lumen des ERs post-translational modifiziert werden kann, ist die Beobachtung einer zeitabhängigen Kinetik der Glykosylierung möglich. Dieses System wurde bislang nur für Komponenten aus Säugern oder Hefen benutzt, aber noch nie mit einem System auf pflanzlicher Basis. Um dies zu verwirklichen, habe ich die rekombinante Proteinexpression soweit optimiert, dass der Großteil des synthetisierten Proteins sich im löslichen Anteil des Lysats statt in den Inclusion Bodies befand. Mittels dieser Optimierung konnte ich die Ko-Expression von Zielsteuerungsfaktor mit TA Protein als löslichen Komplex etablieren. Ergänzend zu den löslichen Komplexen habe ich eine geeignete Methode etabliert um mittels Saccharosegradienten mikrosomale Fraktionen aufzutrennen in denen AtGet3a angereichert ist. Leider müssen noch die Parameter der Reaktion optimiert werden, aber die Akquirierung alle nötigen Bestandteile ist etabliert.
Tinnitus is a symptom experienced by most people at least once in their lifetime. In most documented cases, a new onset of chronic tinnitus can be chronologically correlated with hearing loss. However, tinnitus can also occur in people with (apparently) normal hearing and remains without a traceable preceding cause. Despite the frequency of occurrence of tinnitus, the pathophysiological mechanisms are still not fully understood. A currently proposed hypothesis focuses on a "hidden" hearing loss called synaptopathy as a pathomechanism of tinnitus in normal hearing subjects. In the present study, the objective was to test whether finestructure audiometry or measurement of otoacoustic emissions can reveal possibly overlooked hearing impairment in presumed normalhearing individuals with chronic tinnitus. Thus, a hearing loss not audiologically detectable by the usual methods would supplement or replace the presumed synaptopathic pathomechanism. Another objective was to attempt to replicate the existing findings of another research group on synaptopathy as cause for tinnitus in normal hearing people. Schaette and McAlpine (2011) were able to demonstrate a significant difference in wave I amplitudes between groups of normal hearing subjects with and without chronic tinnitus by deriving clickevoked auditory brainstem potentials, thus supporting the hypothesis of synaptopathy18.
For the present study, a cohort of normal-hearing subjects consisting of a group of tinnitus subjects (N = 15) and a control group (N = 14) was tested. Manual puretone audiometry with 11 test frequencies was conducted to determine hearing performance. Inclusion criteria were defined as air conducted hearing thresholds of 10 dB HL or lower. A deviation at a test frequency of 15 dB HL or less was tolerated. Data of tinnitus characteristics, such as pitch and intensity, were collected by presentation and matching of comparative tones, quality and subjective disturbance by questionnaire. Furthermore, data was obtained from both test groups by Békésy gliding frequency audiometry (794 test frequencies), as well as DPOAE measurement (36 test frequencies) and auditory brainstem response (ABR) audiometry (derivation of early auditory evoked potentials). The results showed a correlation of the determined tinnitus comparison pitch with the frequency location of the largest deviation (impairment) from the normal hearing curve in the Békésy gliding frequency audiometry (p = 0.032). All further analyses of the finestructure hearing curve (steepness of hearing loss, slope, number of hearing loss dips) showed no statistically significant relationship between the morphology of the fine-structure hearing curve and tinnitus characteristics. Finestructure measurement revealed areas of hearing loss that were not mapped in manual puretone audiometry. These "undetected" hearing losses would have led to the exclusion of 12 of 29 subjects (41.4 %) if the finestructure hearing curve had been used as an inclusion criterion. A direct comparison of the mean finestructure hearing curves of both test groups showed a statistically significant better mean hearing performance of the tinnitus group (p < 0.05) in 3 different test frequency ranges (1.5 kHz, 3 kHz, 7 kHz) with a maximum of 4 dB HL. Analy-sis of the mean amplitudes of wave I of the ABRs showed, contrary to expectation, a weak trend toward higher amplitudes in the tinnitus group (p = 0.06). According to Schaette and McAlpine (2011), synaptopathy pathogenesis should have resulted in an opposite trend, i.e., a decrease in wave I amplitude in the tinnitus group. As a secondary finding, a weak trend between wave I amplitude and subjectively perceived disturbance of tinnitus was demonstrated (p = 0.06). Statistical analysis of the parameters determined from the DPOAE measurements did not reveal any significant differences between the tinnitus group and control group. Direct comparison of the DPOAE and finestructure hearing curves, revealed a significant difference in the differences of the frequencyspecific measurements around 2.4 kHz (p = 0.007).
The results of the study suggest that in previous studies with supposedly normal hearing tinnitus subjects there were unrecognized hearing losses that either went unrecognized by the screening by manual puretone audiometry, or subjects with previously aboveaverage hearing experienced a subtle spontaneous decrease in their hearing as tinnitus pathogenesis. This assumption is also supported by the fact that there is a significant correlation between the frequency range of the greatest hearing loss in the finestructure hearing curves and the tinnitus frequency.
The suspected pathomechanism of synaptopathy in "normal hearing" subjects with tinnitus could not be confirmed. The correlation between wave I amplitudes and subjectively perceived disturbance by tinnitus, indicated by the data of this study, should be investigated in more detail in future studies. Further research with more accurate measurement methods and larger subject groups is needed to clarify the hypothesis "Genesis of chronic subjective tinnitus without hearing loss".
The impact of the Covid-19 pandemic called for rapid responses in face of unprecedented challenges. In this context, earning more about the causative agent SARS-CoV-2 becomes imperative. Therefore, clinical virus isolates were studied with focus on infectivity, replication kinetic, and caspase activity.
Firstly, clinical specimens collected from patients were tested for infectivity in cell culture. Combined with polymerase chain reaction results, a formula predicting infectivity in cell culture based on abundance of viral RNA was developed. Additionally, analysis of different specimen types, sources, and material, elucidate the question of infectivity. Here, infectivity was demonstrated in specimens derived from different parts of the respiratory tract, including specimens collected from deceased persons. A protocol for virus isolation on human airway epithelium in air-liquid interface culture was established.
Secondly, replication kinetics of 20 clinical isolates were compared, including a subset of seven sequenced isolates. All isolates replicated in the colon epithelial cell culture model. Within the subset, differences between isolates carrying the D614G amino acid exchange and with original spike protein were observed.
Lastly, elevated caspase activity was demonstrated in two cell culture models including human airway epithelium in air-liquid interface culture.
Subsequently, caspase inhibition by small-molecule compound Emricasan and its effects on the cytopathic effect observed in cell culture were studied. Here, increased cell survival in a colon epithelial cell line was shown with unimpaired virus replication. Elevated caspase activity was identified as early marker of infection and validated by testing across 20 clinical virus isolates.
This study offers information on infectivity that can help shape the understanding of transmission risk. As such, parts of the data collected here were used for validation of rapid antigen tests. The insights gained by studying caspase activity contributed in part to the development of a drug screening method by Bojkova et al.,41 thus aiding routine laboratory workflow. It was demonstrated that Emricasan exhibits no antiviral effect, while the finding of increased cell survival in cell culture could give rise to further research on prevention of tissue damage.
Um sich an ändernde Umwelteinflüsse und metabolische Bedürfnisse anpassen zu können, ist es für Zellen essenziell, dass Boten-RNA (engl. messenger RNA, mRNA) stetig und schnell nach der Translation abgebaut wird. In Prokaryoten ist dafür der Proteinkomplex Degradosom verantwortlich, in dem Endo- und Exoribonukleasen RNase E und PNPase das RNA-Transkript in kleinere Fragmente und schließlich einzelne Nukleotide spalten. Die DEAD-Box Helikase RhlB im Komplex dient zusätzlich dazu, mögliche Sekundärstrukturen in der RNA zu entfalten, welche sonst die weitere Degradation behindern würden. Es konnte gezeigt werden, dass RhlB’s sehr geringe katalytische Aktivität – gemessen durch ATP-Verbrauch und Rate an entwundener RNA – signifikant durch die allosterische Bindung an Komplexpartner RNase E erhöht wird. Gleichzeitig deuten andere Studien darauf hin, dass RhlB eine mögliche Selektivität für doppelsträngige RNA-Substrate mit 5‘-Einzelstrang-Überhängen aufweist.
Diese Arbeit liefert neue Erkenntnisse in Bezug auf die Kommunikation zwischen den Degradosom-Komponenten RhlB und RNase E aus E. coli, indem das potenzielle Wechselspiel zwischen RhlBs RNA-Selektivität und der allosterischen Aktivierung durch RNase E untersucht wurde. Der vielseitige Einsatz NMR-spektroskopischer Techniken sowie die Verwendung kurzer RNA-Substrate mit spezifischen Strang-Eigenschaften ermöglicht es, mit einen ungewöhnlichen, RNA-zentrierten Ansatz an diese unzureichend verstandene Protein-Interaktion heranzugehen.
Zunächst wurden hierzu eine Reihe kurzer doppelsträngiger RNA-Konstrukte hergestellt, die sich nicht nur in ihren Einzelstrang-Merkmalen unterscheiden, sondern auch die thermodynamischen Anforderungen eines DEAD-Box Helikase Substrats erfüllen, und gleichzeitig eine ausreichende NMR-spektroskopische Signal-Zuordnung erlauben. Die thermale Stabilität, das Faltungsverhalten sowie die 1H Imino-protonen- und 13C HSQC-Zuordnungen aller geeigneten Konstrukte wurden erfolgreich bestimmt.
Um den Einfluss spezifischer RNA-Substrate sowie die Bindung zweier verschiedener RNase E Fragmente auf RhlBs ATP-Umsatzrate zu untersuchen, wurde sich zunächst eines photometrischen Phosphat-Assays bedient. Damit konnte deutlich gezeigt werden, dass RhlB in Abwesenheit des Komplex-Partners nicht in der Lage ist, signifikante Mengen an ATP umzusetzen, unabhängig davon, welches RNA-Konstrukt eingesetzt wird. Die Bindung der RNase E Fragmente erhöhte signifikant die ATP-Hydrolyse-Rate der Helikase, wobei die größte Aktivierung für den RNA-Duplex mit 5‘-Einzelstrang sowie ein einzelsträngiges Substrat zu beobachten ist. Da diese Ergebnisse deutlich eine RNA-Abhängigkeit beim ATP-Umsatz der Helikase zeigen, wurde untersucht, ob diese Unterschiede ihren Ursprung bereits in der Bindung der spezifischen RNA-Substrate haben. Mittels einer Mischapparatur, die es erlaubt die enzymatische Reaktion direkt im Spektrometer zu initiieren sowie zeitaufgelöster 31P NMR-Experimente konnte die allosterische Aktivierung der ATP-Hydrolyse-Rate von RhlB auch unter NMR-spektroskopischen Messbedingungen nachgewiesen werden.
Da die Ergebnisse des ATPase Assays deutlich eine RNA-Abhängigkeit bei der ATP-Umsatz-Rate der Helikase zeigen, wurde zusätzlich untersucht, ob diese Unterschiede ihren Ursprung in den Affinitäten für die verschiedenen RNA-Substrate haben und ob diese durch die Bindung von RNase E and RhlB beeinflusst werden. Um im gleichen Zuge zu überprüfen, ob die Bindung der RNA an RhlB die RNA-Konformation oder Basenpaarung ändert, werden 1H NMR-Titrationsexperimente durchgeführt. Es konnte erstmals gezeigt werden, dass RhlB eine inhärente Präferenz für Duplexe mit 5‘-Überhang gegenüber Konstrukten mit 3‘-Überhang oder stumpfen Enden besitzt, was sich in einer erhöhten Affinität zeigt. Zusätzlich offenbaren die Messungen, dass RNase Es allosterische Bindung selektiv die Affinität gegenüber Konstrukten mit Einzelstrang-Überhang erhöht, während die Affinität zu RNA Duplexen ohne Überhang sogar verringert wird. Diese Ergebnisse liefern erstmals einen Nachweis, dass RNase E aktiv Einfluss auf RhlBs RNA-Bindung nimmt. Weder die Bindung der RNA and RhlB noch an den RhlB/RNase E Komplex scheint die Basenpaarung oder Konformation der RNA-Substrate zu beeinflussen, da lediglich eine homogene Peak-Verbreitung aller Imino-Protonen-Signale im 1H NMR-Spektrum beobachtet werden konnte.
Chapter I of this work addressed the piggyBac (PB) transposon system, a non-viral genome engineering tool that is capable of efficiently performing stable integration of DNA sequences into a target cells genome and has already been used in clinical trials. However, the PB transposase has the problematic property of preferentially integrating transposons near transcriptional start sites (TSSs). This increases the likelihood of causing genotoxic effects, limiting its potential use as a tool in clinical applications. It has been shown in the past that the PB transposase shows physical interactions with BET proteins (e.g. BRD4) through Co-IP experiments. Representatives of these proteins are part of the transcriptional activation complex and are abundant at TSSs. Accordingly, it was previously proposed that this interaction is the underlying cause for the biased integration preference. For the first chapter of this thesis, the goal was to disrupt this interaction potentially modifying said integration preference. A secondary structure hypothesized to be mainly responsible for said interaction was extensively mutated resulting in several PB variants that were analyzed for their interaction capacity through a series of Co-IP experiments with BRD4. In total, seven substitutions were identified (E380F, V390K, T392Y, M394R, K407C, K407Q, and K407V) which exhibited reduced interaction capacity with BRD4. Each of the aforementioned mutants were used to generate integration libraries and, through NGS, it was determined if the integration preferences of the respective mutants had changed. In the immediate range 200 base pairs up- and downstream from known TSSs all mutants used exhibited a reduced integration bias. At a wider observation window 3 kbp up- and downstream from TSSs, further mutants with the substitutions M394R, T392Y and V390K showed a reduction in integration frequency of 17.3%, 1.5% and 5.4%, respectively, compared to the wildtype. Of particular note was the M394R mutant, which showed a reduction in all window sizes analyzed with a maximum of 65% less integration preference in the immediate vicinity of TSSs, theoretically generating a safety advantage over the wildtype transposase.
Chapter II was dedicated to the overall safety improvement for transposon-based gene modification and addresses the time point after the transgene has already been integrated and serious side effects may not be preventable. With this in mind, the aim was to develop a novel suicide-switch that can be stably introduced into cells via transposition, and reliably leads to cell death of the modified cells once activated. A system based on CRISPR/Cas9 was developed, where single guide RNAs were used to guide the Cas9 nuclease to Alu elements. These are short, repetitive sequences, which are distributed over the human genome in more than one million copies. Inducing double strand breaks within these elements would lead to genomic fragmentation and cell death. To be inducible, a transcriptional as well as post- translational control mechanism was added. Transcription of the Cas9 nuclease was regulated using a tet-on system, making expression dependent on doxycycline (DOX) supplementation. Furthermore, a version of the Cas9 nuclease called arC9 was used that allows double strand break generation only in the presence of 4-Hydroxytamoxifen (4-HT). Together with an expression cassette for the Alu-specific guide RNA and an expression cassette for the reverse tetracycline controlled transactivator all components were arranged between transposase-specific recognition sequences on a plasmid to allow transposon-system based gene transfer. The system was tested in HeLa cells. First, conditional expression of the arC9 nuclease was confirmed by addition of 1 μg/ml DOX. Second, the suicide-switch was further induced by adding 200 nM 4-HT and protein extracts were assayed for the KAP1 phosphorylation. Only upon induction with DOX and 4-HT phosphorylated KAP1 was detected, indicating DNA damage. Further, extensive growth and survival experiments were conducted to determine the effect of suicide-switch induction on cell proliferation and survival. Between 24 and 48 hours after induction, a halt in cell division was detected, after which extensive cell death was observed. Within 5 days post induction, >99% of all cells were eliminated. In the absence of both inducers, no significant differences in survival were observed compared to control cells line lacking Alu-specific guide RNAs. Microscopic examinations of the <1% surviving cell fraction revealed a senescence-associated phenotype and showed no signs of resumption of the cell division process. Accordingly, the second chapter of this thesis also achieved its goal in developing a functional suicide-switch that can be inserted into human cells via transposition, is highly dependent on the necessary induction signals, and exhibits excellent elimination capabilities in the context tested.
Langzeitüberleben und Mortalitätsprädiktoren nach perkutanem
kathetergestütztem Aortenklappenersatz
(2022)
Ziel dieser Studie war die Evaluation von Patienten, die eine transfemorale oder eine transapikale TAVI erhalten haben, in Bezug auf ihre Mortalitätsprädiktoren und ihre Langzeit-Mortalität.
Methoden: Untersucht wurden Patienten mit einer minimalen FU-Zeit von sechs Jahren, welche im Zeitraum von 2006 – 2014 eine TAVI im Herzkatheterlabor des Universitätsklinikums in Frankfurt erhalten haben. Das Patientenkollektiv wurde basierend auf dem Zugangsweg (transfemoral oder transapikal) analysiert.
Ergebnisse: Insgesamt wurden 679 Patienten in die Studie eingeschlossen. 408 Patienten (59,82 %) bekamen eine transfemorale TAVI und 271 Patienten (39,74 %) bekamen eine transapikale TAVI. Der durchschnittliche STS-Score betrug in der transfemoralen Gruppe 4,21 ± 2,4 % und in der transapikalen Gruppe 4,19 ± 2,7 %. Die Mortalität war nach 30 Tagen (15,8 % transapikal versus 8,2 % transfemoral, p = 0,00) sowie im Langzeit-FU (79,5 % transapikal versus 68,3 % transfemoral, p = 0,00) signifikant höher in der transapikalen Gruppe. Viele postinterventionelle Komplikationen waren häufiger in der transfemoralen Gruppe. Postinterventionelle Schrittmacherimplantationen (15,7 % versus 4,1 %, p = 0,00), große und kleine vaskuläre Komplikationen (5,1 % versus 1,1 %, p = 0,01) sowie große und kleine zerebrovaskuläre Insulte (31,8 % versus 9,1 %, p = 0,00) kamen in der transfemoralen Gruppe signifikant häufiger vor. Allerdings war der transfemorale Zugangsweg mit einer besseren Überlebensrate assoziiert (Log Rank Test p = 0,01 und HR 1,33 (1,04 – 1,71), p = 0,03). Patienten mit einem hohen STS-Score (HR 1,09 (1,03 – 1,15), p = 0,00), einem vorbestehenden Diabetes Mellitus (HR 0,75 (0,58 – 0,97), p = 0,03) sowie großen Gefäßkomplikationen (HR 0,60 (0,37 – 0,99), p = 0,04) korrelieren mit einem schlechteren Langzeit-Überleben.
Zusammenfassung: Für den kathetergestützten Aortenklappenersatz weisen beide Zugangswege spezifische Risiken auf, daher sollte die individuell beste Variante für jeden Patienten ausgewählt werden.
This study investigates a historical event that occurred during the Indonesian Revolution as depicted in Indonesian historical films and argues that these films not only attempt to depict the past but also use the past as a means of social commentary, teaching moral insight, and historical reinforcement. The historical films selected are The Long March (Darah dan Do’a) (1950) and Mereka Kembali (1972). Both films deal with the Long March event experienced by the troops of the Siliwangi Division in 1948. These troops were previously assigned to infiltrate Yogyakarta and its surrounding areas. They were instructed to march back to their original base in West Java as a part of the military strategies to confront the Dutch during the Indonesian Revolution, also known as the Indonesian War of Independence. This event became known as the Long March of the Siliwangi Division. This study examines not only the representation of the past or the texts of the films but also the production process, which includes the motivations of the filmmakers and the public reception when the films were screened for the public at the time—in 1950 and 1972, respectively. This approach provides a broader and richer dimension, valuable insights into the behind-the-scenes process of making the selected historical films, and essential information about the public reception of the films. From the production point of view, there are two main reasons for making these historical films: personal reason and social engagement. Further, the military also plays a vital role in these historical film productions. From the historical representation aspect, these two films depict the events of the Long March of the Siliwangi Division as a journey full of various obstacles and difficulties, such as harsh terrain, lack of food, battles against the Dutch, and internal disputes with fellow Indonesians: Darul Islam. From the reception aspect, the audience’s point of view, these films provide several representations that meet their expectations about the Long March of the Siliwangi Division. However, the audience disagrees with some of the other representations. Finally, the study revealed that historical films are potential vehicles for telling, interpreting, entertaining, legitimating and preserving the past. In addition, this study has a vital implication for reopening the tradition of Indonesian film studies and reigniting attention to old films.
Untersuchung zur Sicherheit bei der simultan bilateralen Cochlea-Implantation bei Erwachsenen
(2023)
Schwerhörigkeit ist sowohl für die betroffenen Patienten als auch sozioökonomisch eine relevante Erkrankung. Sie stellt ein Hindernis für die soziale Teilhabe dar, reduziert die Lebensqualität und führt zu direkten und indirekten Gesundheitskosten.
Cochlea-Implantate sind vielkanalige Neuroprothesen, die über einen chirurgisch in die Hörschnecke eingebrachten Elektrodenträger das erste Neuron der Hörbahn direkt elektrisch stimulieren und so eine Hörwahrnehmung induzieren.
Dadurch kann ein Funktionsverlust der Haarzellen, welcher die häufigste Ursache für eine Schwerhörigkeit ist, ersetzt werden. Cochlea-Implantate stellen den Goldstandard der Hörrehabilitation bei hochgradig schwerhörigen oder postlingual ertaubten erwachsenen Patienten sowie in der Versorgung prälingual ertaubter Kinder dar.
Bei vielen schwerhörigen Patienten besteht die Indikation zur beidseitigen Versorgung mit einem Cochlea-Implantat. Prinzipiell besteht die Möglichkeit, diese chirurgische Versorgung beidseits einzeitig (simultan) oder zweizeitig (sequenziell) durchzuführen. Während die Sicherheit der bilateral-simultanen Operation für Kinder durch mehrere Studien belegt wurde, liegen für Erwachsene erst wenige Daten vor.
Die vorliegende Studie untersucht, ob die bilaterale simultane Implantation mit höheren Komplikationsraten als die sequenzielle Operation assoziiert ist und leistet damit einen Beitrag zur Entscheidungsfindung von Patienten und Behandlern.
Es konnten 169 zwischen 2008 und 2017 bilateral implantierte Patienten eingeschlossen werden. Davon wurden 34 simultan (Gruppe 1) und 135 (Gruppe 2) sequenziell versorgt. Es wurde die Dauer der Operation, das Auftreten von Minor- und Major-Komplikationen sowie die Dauer des stationären Aufenthalts erfasst und zwischen beiden Gruppen verglichen.
Die Ergebnisse zeigten, dass die Gesamtzeit der Patienten im Operationssaal in der simultan implantierten Gruppe deutlich kürzer war. Die Häufigkeit chirurgischer Major- und Minor-Komplikationen unterschied sich hingegen nicht signifikant. Bezüglich einer letalen nicht-chirurgischen Komplikation in der simultan implantierten Gruppe erfolgte eine umfangreiche Aufarbeitung, ohne dass ein kausaler Zusammenhang mit der gewählten Behandlungsmethode nachgewiesen werden konnte. Die Dauer des Krankenhausaufenthalts war in der simultanen Gruppe 0,7 Tage länger als bei unilateraler Implantation, aber 2,8 Tage kürzer als bei beiden sequenziellen Operation zusammen.
In der Zusammenschau aller berücksichtigten Komplikationen und der komplikationsrelevanten Faktoren ist die Sicherheit der simultan bilateralen Operation gegenüber dem sequenziellen Vorgehen als gleichwertig zu bewerten.
Jedoch muss individuell auf mögliche Risikokonstellationen des Patienten eingegangen werden, die bei der längeren Operationszeit der simultanen Implantation relevant sein kann. Daher ist eine sorgfältige Auswahl der Patienten
unter besonderer Berücksichtigung bestehender Komorbiditäten unerlässlich.
Global analysis of halogenated trace gases in the UTLS: from long-lived to short-lived substances
(2023)
In this dissertation, the distribution of chlorinated and brominated substances in the upper troposphere and lower stratosphere is investigated. These substances contribute significantly to the catalytic decomposition of ozone and are involved in the recurrent formation of the polar ozone hole in the Antarctic winter and spring. The Montreal Protocol, a multilateral environmental treaty to protect the ozone layer, has successfully reduced emissions of long-lived chlorine- and bromine-containing substances. Short-lived chlorinated and brominated substances, some of which are natural and anthropogenic in origin, are not regulated by the Montreal Protocol and it can be assumed that their relative contribution to the stratospheric halogen budget will increase, while the contribution of long-lived compounds will steadily decrease. The distribution of long- and short-lived halogenated substances are part of current research. For the upper troposphere and lower stratosphere, the very short-lived substances are particularly important. The lower stratosphere needs special investigation in this respect, since its composition is influenced by different transport processes. The influences on ozone trends in the lower stratosphere are subject to great uncertainties. Especially in the Southern Hemisphere, the number of observations is very limited.
In this work, the GhOST (Gas chromatograph for Observational Studies using Tracers) instrument was used during the SouthTRAC measurement campaign on the German HALO (High Altitude and LOng range) research aircraft, providing observations of halogenated hydrocarbons in Antarctic late winter to early spring 2019, a generally poorly sampled region. The polar vortex was, compared to previous years, significantly weaker and shifted towards the eastern South Pacific and South America. From the airborne measurements of chlorinated source gases, inorganic chlorine (the sum of active chlorine and reservoir gases; Cly) could be inferred with the result that Cly within the vortex increased up to 1687 ± 19 ppt at 385 K potential temperature, accounting for about 50 % of the total chlorine within the vortex and only 15 % of the total chlorine in the southern mid-latitudes. A comparison with the Northern Hemisphere could be made using the PGS measurement campaign in the Arctic winter 2015/2016. Under comparable conditions (season and distance from the tropopause), only 40 % of the total chlorine was in the inorganic form within the Arctic polar vortex and about 20 % was found in the mid-latitudes of the Northern Hemisphere. In addition, about 540 ppt more Cly was present in the Antarctic vortex than in the Arctic vortex, exceeding the annual variations previously reported for Antarctica.
The mean age of air plays an essential role in the derivation of Cly via the organic source gases, as was done in this work. A new method for determining the mean age of air from observational data has been introduced that accounts for extra-tropical input to the stratosphere in addition to tropical input. This new method was compared with the previously used method, which considered only the tropical input. The new method shows more realistic values especially near the tropopause. On average, the air of the lower stratosphere in the Northern Hemisphere was older than in the Southern Hemisphere by about 0.5 ± 0.3 years. About 65 K above the tropopause, the pattern changed with older air in the mid-latitudes of the Northern Hemisphere, but older air in high latitudes of the Southern Hemisphere, which implies differences in the strength and isolation of the respective polar vortex as well as the wave forcing in the shallow branch of the Brewer-Dobson circulation of the respective hemisphere. This is in good agreement with the distribution of Cly. The difference in the lower stratosphere was not clearly evident with the old method and it can be assumed that investigations of the differences in Cly of Northern and Southern Hemisphere will benefit from the new method.
Finally, the global and seasonal distribution of the two most important representatives of the short-lived brominated substances, CH2Br2 and CHBr3, was investigated. For this purpose, two additional HALO measurement campaigns have been used, the 2012 TACTS measurement campaign and the 2017 WISE measurement campaign, as well as the HIAPER Pole-to-Pole Observations (HIPPO) and Atmospheric Tomography (ATom) measurement campaigns. Observations of CH2Br2 show a pronounced seasonality in the free and upper troposphere of both hemispheres with slightly larger values in the Northern Hemisphere. CHBr3, on the other hand, shows a generally higher variability and lower seasonality with larger mixing ratios at mid and high latitudes in the northern hemispheric winter and autumn. A comparison of the lower stratosphere is limited to autumn and spring of both hemispheres due to the limited data basis of the observations. The distributions in each spring are similar (less than 0.1 ppt differences for e.g., CH2Br2). In hemispheric autumn, larger differences are evident with substantially smaller mixing ratios in the southern hemispheric lower stratosphere. This suggests that the transport processes of the two hemispheres may be different and implies that the input of tropospheric air (flushing) to the Northern Hemisphere lowest stratosphere is more efficient than in the Southern Hemisphere. Vertical profiles of CH2Br2 and CHBr3 in the mid-latitudes of both hemispheres and resulting vertical gradients support this conjecture. However, the Southern Hemisphere data set is insufficient to quantify this difference and further measurements are needed.