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Fraßschäden des Erbsenwicklers Cydia nigricana (Lepidoptera: Tortricidae) verursachen im Anbau von Gemüse- und Saaterbsen erhebliche wirtschaftliche Schäden. Im Gemüseerbsenanbau waren in ganzen Regionen Erbsenflächen aufgrund der Überschreitung der Toleranzschwelle von 0,5 % angefressenen Erbsen nicht vermarktungsfähig. Im Saaterbsenanbau verursacht C. nigricana verminderte Keim- und Triebkraft, das Anhaften von Unkrautsamen am Saatgut und Mykosen wie Ascochyta und Fusarium. Zur Befallsreduzierung wurden in den Versuchsjahren 2004-2006 Untersuchungen zum Einsatz von Pheromon zur Paarungsstörung des Schädlings durchgeführt.
Der Typ I Interferonrezeptor, der aus den Transmembranproteinen ifnar1 und ifnar2 besteht, nimmt eine wichtige Rolle bei der angeborenen und erworbenen Immunantwort ein. Durch Bindung von Typ I Interferonen werden antivirale, antiproliferative und immunmodulatorische Aktivitäten in der Zelle induziert. Die Wirkung der Interferone wird bereits bei der Behandlung einer Vielzahl von Krankheiten eingesetzt. Es ist bislang nicht bekannt, wie die verschiedenen Typ I Interferone nach Bindung an einen gemeinsamen Rezeptor, unterschiedliche Zellantworten induzieren. So unterscheiden die Typ I Interferone sich nicht hinsichtlich ihrer Bindungsstelle oder der Stöchiometrie der Bindung an ifnar1 bzw. ifnar2. Sie weisen jedoch unterschiedliche Affinitäten zu den Rezeptoruntereinheiten auf, wobei ihnen eine niedrigere Affinität zu ifnar1 gemeinsam ist. Bislang konnte keine Interaktion zwischen den Rezeptoruntereinheiten nachgewiesen werden. Es wird angenommen, dass bei der Rezeptorassemblierung das Interferon zunächst an ifnar2 bindet und anschließend ifnar1 rekrutiert. Es wird postuliert, dass die unterschiedlichen Zellantworten für verschiedene Typ I Interferone auf Unterschieden in der Stabilität der ternären Komplexe beruhen könnten. Im Rahmen dieser Arbeit wurden daher die Struktur und Dynamik des Interferonrezeptors in vitro für die Typ I Interferone IFNa2 und IFNb charakterisiert. Die Struktur des ternären Komplexes aus den extrazellulären Domänen von ifnar1 und ifnar2 mit IFNa2 wurde mittels Elektronenmikroskopie untersucht. Über Einzelpartikelanalyse aufgereinigter Komplexe von IFN mit den extrazellulären Domänen von ifnar1 (ifnar1-EC) und ifnar2 (ifnar2-EC) konnte ein Strukturmodell des ternären Komplexes erstellt werden. Dieses zeigte eine Verschiebung der membranproximalen Domänen von ifnar1-EC und ifnar2-EC wie sie bereits für den Rezeptor für Erythropoietin und den Wachstumsfaktor beobachtet wurden, welche zu den Typ I Zytokinrezeptoren gehören. Die Struktur des ternären Komplexes ermöglicht als erste Struktur eines Typ II Zytokinrezeptors einen Einblick in die Architektur des Komplexes und mögliche Aktivierungsmechanismen. Die Strukturen der Komplexe für die verschiedenen Typ I Interferone IFNa2 und IFNb wiesen keine fundamentalen Unterschiede auf, was auf einen gemeinsamen Aktivierungsmechanismus hinweist. Temperatur-abhängige Messungen von Bindungskinetik und –affinität ergaben sehr unterschiedliche Energiehyperflächen für die Ligandenbindung an ifnar1- und ifnar2-EC, und wiesen auf einen mehrstufigen Prozess und mögliche Konformationsänderungen bei der Bindung an ifnar1-EC hin. Zur Analyse der Dynamik von ifnar1-EC wurden daher verschiedene fluoreszenzbasierte Assays etabliert. Eine besondere Herausforderung bestand darin, das Protein ortsspezifisch und stöchiometrisch mit zwei verschiedenen Fluorophoren zu koppeln. Ifnar1-EC wurde an verschiedenen Stellen kovalent mit Fluoreszenzfarbstoffen markiert. Es wurde gezeigt, dass nach Bindung eines geeigneten tris-NTA-Fluorophor-Konjugats an den C-terminalen His-Tag die Fluoreszenz abstandsabhägig durch Förster-Resonanz-Energie-Transfer gelöscht wurde. Für ifnar1-EC wurde eine ligandeninduzierte Abstandsänderung detektiert. Die detaillierte Analyse ergab nach Bindung von IFNa2 eine Abstandszunahme von 13 A vom N- zum C-Terminus. Durch die Interferonbindung nimmt demnach ifnar1-EC eine gestrecktere Konformation ein. Ähnliche Ergebnisse wurden auch in Anwesenheit von ifnar2-EC und für IFNb erhalten. Die Einzelmolekülanalysen mittels Fluoreszenz Korrelationsspektroskopie (FCS) zeigten sowohl einen Verlust der Flexibilität von ifnar1-EC nach Ligandenbindung als auch ein ligandeninduziertes Rearangement der Ig-ähnlichen Domänen. Die Änderung der Flexibilität wurde durch Messungen der Fluoreszenzlebensdauer bestätigt. Untersuchungen der Kinetik der Ligand-induzierten Konformationsänderung mittels Stopped-Flow Messungen bestätigten eine mehrstufige Umorientierung der Ig-ähnlichen Domänen nach Ligandenbindung. Zusätzlich konnte gezeigt werden, dass sich nach Ligandenbindung die Zugänglichkeit des Tryptophans in der membranproximalen Domäne von ifnar1-EC ändert. Da die membranproximale Domäne nicht bei der Ligandenbindung beteiligt ist, deutet dieser Effekt auf eine Propagation der Ligand-induzierten Konformationsänderung in diese Domäne hin. Das Tryptophan könnte mit der Membran interagieren, was auf eine wichtige Rolle der membranproximalen Domäne für die korrekte Orientierung von ifnar1 in der Membran hindeut. Die Stopped-Flow Analyse zeigte, dass es sich hierbei um einen einstufigen Prozess handelt, der mit der Interferonbindung korreliert. Die Ergebnisse wiesen insgesamt auf eine Ligand-induzierte Flexibilitätsänderung und Umorientierung der Ig-ähnlichen Domänen bei ifnar1-EC hin. Vermutlich wird nach Ligandenbindung das Signal in die membranproximale Domäne von ifnar1-EC propagiert. Die Strukturen der ternären Komplexe mit den verschiedenen Typ I Interferonen wiesen keine fundamentalen Unterschiede auf. Auch die Ergebnisse der fluoreszenzbasierten Assays zeigten keine Unterschiede für IFNa2 und IFNb, was die Hypothese stützt, dass die differentielle Aktivität der Interferone nicht auf grundsätzlichen Unterschieden in der Architektur des ternären Komplexes beruht, sondern in der unterschiedlichen Dynamik der Komplexe codiert sein könnte.
Der Typ I Interferonrezeptor, der aus den Transmembranproteinen ifnar1 und ifnar2 besteht, nimmt eine wichtige Rolle bei der angeborenen und erworbenen Immunantwort ein. Durch Bindung von Typ I Interferonen werden antivirale, antiproliferative und immunmodulatorische Aktivitäten in der Zelle induziert. Die Wirkung der Interferone wird bereits bei der Behandlung einer Vielzahl von Krankheiten eingesetzt. Es ist bislang nicht bekannt, wie die verschiedenen Typ I Interferone nach Bindung an einen gemeinsamen Rezeptor, unterschiedliche Zellantworten induzieren. So unterscheiden die Typ I Interferone sich nicht hinsichtlich ihrer Bindungsstelle oder der Stöchiometrie der Bindung an ifnar1 bzw. ifnar2. Sie weisen jedoch unterschiedliche Affinitäten zu den Rezeptoruntereinheiten auf, wobei ihnen eine niedrigere Affinität zu ifnar1 gemeinsam ist. Bislang konnte keine Interaktion zwischen den Rezeptoruntereinheiten nachgewiesen werden. Es wird angenommen, dass bei der Rezeptorassemblierung das Interferon zunächst an ifnar2 bindet und anschließend ifnar1 rekrutiert. Es wird postuliert, dass die unterschiedlichen Zellantworten für verschiedene Typ I Interferone auf Unterschieden in der Stabilität der ternären Komplexe beruhen könnten. Im Rahmen dieser Arbeit wurden daher die Struktur und Dynamik des Interferonrezeptors in vitro für die Typ I Interferone IFNa2 und IFNb charakterisiert. Die Struktur des ternären Komplexes aus den extrazellulären Domänen von ifnar1 und ifnar2 mit IFNa2 wurde mittels Elektronenmikroskopie untersucht. Über Einzelpartikelanalyse aufgereinigter Komplexe von IFN mit den extrazellulären Domänen von ifnar1 (ifnar1-EC) und ifnar2 (ifnar2-EC) konnte ein Strukturmodell des ternären Komplexes erstellt werden. Dieses zeigte eine Verschiebung der membranproximalen Domänen von ifnar1-EC und ifnar2-EC wie sie bereits für den Rezeptor für Erythropoietin und den Wachstumsfaktor beobachtet wurden, welche zu den Typ I Zytokinrezeptoren gehören. Die Struktur des ternären Komplexes ermöglicht als erste Struktur eines Typ II Zytokinrezeptors einen Einblick in die Architektur des Komplexes und mögliche Aktivierungsmechanismen. Die Strukturen der Komplexe für die verschiedenen Typ I Interferone IFNa2 und IFNb wiesen keine fundamentalen Unterschiede auf, was auf einen gemeinsamen Aktivierungsmechanismus hinweist. Temperatur-abhängige Messungen von Bindungskinetik und –affinität ergaben sehr unterschiedliche Energiehyperflächen für die Ligandenbindung an ifnar1- und ifnar2-EC, und wiesen auf einen mehrstufigen Prozess und mögliche Konformationsänderungen bei der Bindung an ifnar1-EC hin. Zur Analyse der Dynamik von ifnar1-EC wurden daher verschiedene fluoreszenzbasierte Assays etabliert. Eine besondere Herausforderung bestand darin, das Protein ortsspezifisch und stöchiometrisch mit zwei verschiedenen Fluorophoren zu koppeln. Ifnar1-EC wurde an verschiedenen Stellen kovalent mit Fluoreszenzfarbstoffen markiert. Es wurde gezeigt, dass nach Bindung eines geeigneten tris-NTA-Fluorophor-Konjugats an den C-terminalen His-Tag die Fluoreszenz abstandsabhägig durch Förster-Resonanz-Energie-Transfer gelöscht wurde. Für ifnar1-EC wurde eine ligandeninduzierte Abstandsänderung detektiert. Die detaillierte Analyse ergab nach Bindung von IFNa2 eine Abstandszunahme von 13 A vom N- zum C-Terminus. Durch die Interferonbindung nimmt demnach ifnar1-EC eine gestrecktere Konformation ein. Ähnliche Ergebnisse wurden auch in Anwesenheit von ifnar2-EC und für IFNb erhalten. Die Einzelmolekülanalysen mittels Fluoreszenz Korrelationsspektroskopie (FCS) zeigten sowohl einen Verlust der Flexibilität von ifnar1-EC nach Ligandenbindung als auch ein ligandeninduziertes Rearangement der Ig-ähnlichen Domänen. Die Änderung der Flexibilität wurde durch Messungen der Fluoreszenzlebensdauer bestätigt. Untersuchungen der Kinetik der Ligand-induzierten Konformationsänderung mittels Stopped-Flow Messungen bestätigten eine mehrstufige Umorientierung der Ig-ähnlichen Domänen nach Ligandenbindung. Zusätzlich konnte gezeigt werden, dass sich nach Ligandenbindung die Zugänglichkeit des Tryptophans in der membranproximalen Domäne von ifnar1-EC ändert. Da die membranproximale Domäne nicht bei der Ligandenbindung beteiligt ist, deutet dieser Effekt auf eine Propagation der Ligand-induzierten Konformationsänderung in diese Domäne hin. Das Tryptophan könnte mit der Membran interagieren, was auf eine wichtige Rolle der membranproximalen Domäne für die korrekte Orientierung von ifnar1 in der Membran hindeut. Die Stopped-Flow Analyse zeigte, dass es sich hierbei um einen einstufigen Prozess handelt, der mit der Interferonbindung korreliert. Die Ergebnisse wiesen insgesamt auf eine Ligand-induzierte Flexibilitätsänderung und Umorientierung der Ig-ähnlichen Domänen bei ifnar1-EC hin. Vermutlich wird nach Ligandenbindung das Signal in die membranproximale Domäne von ifnar1-EC propagiert. Die Strukturen der ternären Komplexe mit den verschiedenen Typ I Interferonen wiesen keine fundamentalen Unterschiede auf. Auch die Ergebnisse der fluoreszenzbasierten Assays zeigten keine Unterschiede für IFNa2 und IFNb, was die Hypothese stützt, dass die differentielle Aktivität der Interferone nicht auf grundsätzlichen Unterschieden in der Architektur des ternären Komplexes beruht, sondern in der unterschiedlichen Dynamik der Komplexe codiert sein könnte.
This book is about emerging informal responses to unemployment in Malawi. To the bicycle taxi and handcart operators who are at the centre of the book, informality is a means for negotiating newer experiences and challenges associated with urbanisation. Jimu richly documents how informal economy activities continue to represent grassroots responses to widespread poverty, unavailability of meaningful employment opportunities and the failure of the state as well as the private and the non-state sectors to respond to escalating demand for formal sector jobs. Multiplicity of activities and straddling urban and rural opportunities are strategies employed to deal with opportunity impermanence and maximize returns from various low paying tasks and jobs. While these activities have grown without state support, state involvement is necessary to regulate and promote the welfare of the workers in the sector as well as that of the users of their service and the general public. This will require constructive engagement among the operators, users of their services, local government, and various state agencies.
Anhand der Daten von 2394 Ureterorenoskopien, die innerhalb von 12 Jahren zur Diagnostik und Therapie von Erkrankungen des Harnleiters und des Nierenhohlsystems in der urologischen Klinik des Klinikums Fulda und der urologischen Klinik des St. Elisabethen-Krankenhauses in Frankfurt durchgeführt wurden, wurden in unserer Studie retrospektiv die Effektivität und die Risiken dieses Verfahrens untersucht. Aus den Ergebnisse und der zur Verfügung stehenden Literatur wurden die Gefahren im Detail identifiziert und zur Prävention von Komplikationen jeweils Strategien angeboten. Die Effektivität belief sich auf insgesamt 74% bei der Entfernung von Harnleitersteinen unabhängig von Lage und Größe des Steines und 69% bei der Diagnostik von Neoplasien im Harnleiter. Die größten Erfolge bei niedrigstem Risiko ließen sich bei Steinen im distalen Harnleiterdrittel erreichen (89%), während bei Steinen im mittleren und proximalen Harnleiterdrittel bei höherem operativen Risiko die Erfolgraten bei (80%) lagen. Die Risiken wurden anhand der aufgetretenen Komplikationen beurteilt. Die Gesamtkomplikationsrate unserer Untersuchung beläuft sich auf 18,5% und entspricht der in der zur Verfügung stehenden Literatur. Sie umfasst intraoperative sowie frühe und späte postoperative Komplikationen. Wir haben in der vorliegenden Studie die Ergebnisse und die entstandenen Komplikationen genau analysiert und die Gefahren aufgezeigt und kommen zur Schlussfolgerung: Die Ureterorenoskopie hat sich als effektives und kostengünstiges Verfahren zur Diagnostik und Therapie von Erkrankungen des Harnleiters und des Nierenhohlsystems etabliert. Eine noch kritischere Indikationsstellung, eine sorgfältige Vorbereitung des Patienten und des Operateurs samt OP- Personals, den ausschließlichen Einsatz von Miniscopen und ein bis ins Detail standardisiertes Vorgehen sind geeignet die Komplikationsrate der Ureterorenoskopie in Zukunft deutlich zu senken und die Sicherheit weiter zu erhöhen.
Using molecular tools to differentiate closely related blackfly species of the genus Simulium
(2008)
Biodiversity data are the foundation for conservation and managemet and taxonomy provides the reference system, skills and tools used to identify organisms. Species level data such as species richness, composition and diversity are common metrics. However, species level identification of organisms tends to be neglected within ecological work, especially within monitoring programmes, but also in conservation biology (Giangrande, 2003). This is because collection of species level data is time consuming, with identification of species-specific characteristics traditionally involving lengthy examination of samples using microscopy. In addition it is costly and species level data is almost impossible to collect if the taxa involved are species rich and difficult to identify (Báldi 1999). Other reasons why species level identification is neglected include the fact that sample collection can damage organisms, so diagnostic morphological features are lost, or that individuals may be in a life history stage or of a sex that does not have diagnostic morphological characteristics. Furthermore, the numbers of available expert taxonomists needed for species identification are in decline and have been for several decades. Species identification using molecular taxonomy where DNA is used as a marker is championed as a tool for resolving a range of morphological problems, such as the association of all life history stages, correlating male and female specimens to the same species and identifying partial specimens. Traditional taxonomy is built around morphological variations between species, with systematic inferences based upon shared physical characters. In molecular taxonomy on the other hand, proteins and genes are used to determine evolutionary relationships. ’DNA barcoding’ aims to provide an efficient method for species-level identification and it is thought that it will provide a powerful tool for taxonomic and biodiversity research (Hajibabaei et al. 2007). Cited strengths of a molecular based approach to species identification include the potential universality and objective nature of DNA data as taxonomic information, the usefulness of molecular data in animal groups characterized by morphological cryptic characters and the use of DNA sequence information to determine otherwise ‘unidentifiable’ biological material (such as incomplete specimens or immature specimens). Its aim is to increase the speed, precision and efficiency of field studies involving diverse and difficult to identify taxa and it has the potential to be automated to provide a rapid and consistently accurate supplementary identification system to traditional taxonomy. This project was a proof-of-concept study that investigated the feasibility of using DNA barcodes to differentiate closely related blackfly species of the genus Simulium. The longer term objective would be to apply such molecular approaches to organisms used in water quality monitoring and to biodiversity studies to provide a quick, robust but practical and cost effective tool for species identification. Great Britain is currently home to 33 morphospecies of blackfly many of which are morphologically close to other species and have been the cause of much systematic revision. In addition to evaluating the use of DNA barcodes in species identification, a non-destructive DNA extraction method was developed to preserve voucher pecimens that will allow a complete morphological classification to be carried after DNA extraction. Using molecular tools to differentiate closely related blackfly species of the genus Simulium v Finding an effective DNA barcode for an individual species involves accurate taxonomic identification and the retention of voucher specimens for future morphological studies. A rapid non-destructive method for DNA extraction from small insects was developed where no clean-up step was required prior to amplification and it was possible to extract DNA of sufficient quality in minutes retaining diagnostic morphological characteristics. For any molecular tool used for species discrimination, an important consideration is defining the specific genetic loci (e.g. the position of genes on a chromosome) to be monitored. All blackfly species in this study were successfully amplified with the standard barcoding coxI gene primer pair LCO1490 5'-GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG G-3' and HCO2198 5'-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3' (Folmer et al. 1994) and we did not need to optimise or redesign the primer sequence.
This paper investigates the value of observed river discharge data for global-scale hydrological modeling of a number of flow characteristics that are e.g. required for assessing water resources, flood risk and habitat alteration of aquatic ecosystems. An improved version of the WaterGAP Global Hydrology Model (WGHM) was tuned against measured discharge using either the 724-station dataset (V1) against which former model versions were tuned or an extended dataset (V2) of 1235 stations. WGHM is tuned by adjusting one model parameter (γ) that affects runoff generation from land areas in order to fit simulated and observed long-term average discharge at tuning stations. In basins where γ does not suffice to tune the model, two correction factors are applied successively: the areal correction factor corrects local runoff in a basin and the station correction factor adjusts discharge directly the gauge. Using station correction is unfavorable, as it makes discharge discontinuous at the gauge and inconsistent with runoff in the upstream basin. The study results are as follows. (1) Comparing V2 to V1, the global land area covered by tuning basins increases by 5% and the area where the model can be tuned by only adjusting γ increases by 8%. However, the area where a station correction factor (and not only an areal correction factor) has to be applied more than doubles. (2) The value of additional discharge information for representing the spatial distribution of long-term average discharge (and thus renewable water resources) with WGHM is high, particularly for river basins outside of the V1 tuning area and in regions where the refined dataset provides a significant subdivision of formerly extended tuning basins (average V2 basin size less than half the V1 basin size). If the additional discharge information were not used for tuning, simulated long-term average discharge would differ from the observed one by a factor of, on average, 1.8 in the formerly untuned basins and 1.3 in the subdivided basins. The benefits tend to be higher in semi-arid and snow-dominated regions where the model is less reliable than in humid areas and refined tuning compensates for uncertainties with regard to climate input data and for specific processes of the water cycle that cannot be represented yet by WGHM. Regarding other flow characteristics like low flow, inter-annual variability and seasonality, the deviation between simulated and observed values also decreases significantly, which, however, is mainly due to the better representation of average discharge but not of variability. (3) The choice of the optimal sub-basin size for tuning depends on the modeling purpose. While basins over 60 000 km2 are performing best, improvements in V2 model performance are strongest in small basins between 9000 and 20 000 km2, which is primarily related to a low level of V1 performance. Increasing the density of tuning stations provides a better spatial representation of discharge, but it also decreases model consistency, as almost half of the basins below 20 000 km2 require station correction.
We show that the use of correlations for modeling dependencies may lead to counterintuitive behavior of risk measures, such as Value-at-Risk (VaR) and Expected Short- fall (ES), when the risk of very rare events is assessed via Monte-Carlo techniques. The phenomenon is demonstrated for mixture models adapted from credit risk analysis as well as for common Poisson-shock models used in reliability theory. An obvious implication of this finding pertains to the analysis of operational risk. The alleged incentive suggested by the New Basel Capital Accord (Basel II), amely decreasing minimum capital requirements by allowing for less than perfect correlation, may not necessarily be attainable.