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The pT-differential non-linear flow modes, v4,22, v5,32, v6,33 and v6,222 for π±, K± , K0S , p + p¯¯¯, Λ + Λ¯¯¯¯ and ϕ-meson have been measured for the first time at sNN−−−√ = 5.02 TeV in Pb-Pb collisions with the ALICE detector at the Large Hadron Collider. The results were obtained with a multi-particle technique, correlating the identified hadrons with reference charged particles from a different pseudorapidity region. These non-linear observables probe the contribution from the second and third order initial spatial anisotropy coefficients to higher flow harmonics. All the characteristic features observed in previous pT-differential anisotropic flow measurements for various particle species are also present in the non-linear flow modes, i.e. increase of magnitude with increasing centrality percentile, mass ordering at low pT and particle type grouping in the intermediate pT range. Hydrodynamical calculations (iEBE-VISHNU) that use different initial conditions and values of shear and bulk viscosity to entropy density ratios are confronted with the data at low transverse momenta. These calculations exhibit a better agreement with the anisotropic flow coefficients than the non-linear flow modes. These observations indicate that non-linear flow modes can provide additional discriminatory power in the study of initial conditions as well as new stringent constraints to hydrodynamical calculations.
The pT-differential non-linear flow modes, v4,22, v5,32, v6,33 and v6,222 for π±, K± , K0S , p + p¯¯¯, Λ + Λ¯¯¯¯ and ϕ-meson have been measured for the first time at sNN−−−√ = 5.02 TeV in Pb-Pb collisions with the ALICE detector at the Large Hadron Collider. The results were obtained with a multi-particle technique, correlating the identified hadrons with reference charged particles from a different pseudorapidity region. These non-linear observables probe the contribution from the second and third order initial spatial anisotropy coefficients to higher flow harmonics. All the characteristic features observed in previous pT-differential anisotropic flow measurements for various particle species are also present in the non-linear flow modes, i.e. increase of magnitude with increasing centrality percentile, mass ordering at low pT and particle type grouping in the intermediate pT range. Hydrodynamical calculations (iEBE-VISHNU) that use different initial conditions and values of shear and bulk viscosity to entropy density ratios are confronted with the data at low transverse momenta. These calculations exhibit a better agreement with the anisotropic flow coefficients than the non-linear flow modes. These observations indicate that non-linear flow modes can provide additional discriminatory power in the study of initial conditions as well as new stringent constraints to hydrodynamical calculations.
Higher harmonic non-linear flow modes of charged hadrons in Pb–Pb collisions at √sNN = 5.02 TeV
(2020)
Anisotropic flow coefficients, vn, non-linear flow mode coefficients, χn,mk, and correlations among different symmetry planes, ρn,mk are measured in Pb-Pb collisions at sNN−−−√=5.02 TeV. Results obtained with multi-particle correlations are reported for the transverse momentum interval 0.2<pT<5.0 GeV/c within the pseudorapidity interval 0.4<|η|<0.8 as a function of collision centrality. The vn coefficients and χn,mk and ρn,mk are presented up to the ninth and seventh harmonic order, respectively. Calculations suggest that the correlations measured in different symmetry planes and the non-linear flow mode coefficients are dependent on the shear and bulk viscosity to entropy ratios of the medium created in heavy-ion collisions. The comparison between these measurements and those at lower energies and calculations from hydrodynamic models places strong constraints on the initial conditions and transport properties of the system.
Higher harmonic non-linear flow modes of charged hadrons in Pb–Pb collisions at √sNN =5.02 TeV
(2020)
Anisotropic flow coefficients, vn, non-linear flow mode coefficients, χn,mk, and correlations among different symmetry planes, ρn,mk are measured in Pb-Pb collisions at sNN−−−√=5.02 TeV. Results obtained with multi-particle correlations are reported for the transverse momentum interval 0.2<pT<5.0 GeV/c within the pseudorapidity interval 0.4<|η|<0.8 as a function of collision centrality. The vn coefficients and χn,mk and ρn,mk are presented up to the ninth and seventh harmonic order, respectively. Calculations suggest that the correlations measured in different symmetry planes and the non-linear flow mode coefficients are dependent on the shear and bulk viscosity to entropy ratios of the medium created in heavy-ion collisions. The comparison between these measurements and those at lower energies and calculations from hydrodynamic models places strong constraints on the initial conditions and transport properties of the system.
Jet fragmentation transverse momentum distributions in pp and p–Pb collisions at √s, √sNN = 5.02 TeV
(2021)
Jet fragmentation transverse momentum (jT) distributions are measured in proton-proton (pp) and proton-lead (p-Pb) collisions at sNN−−−√ = 5.02 TeV with the ALICE experiment at the LHC. Jets are reconstructed with the ALICE tracking detectors and electromagnetic calorimeter using the anti-kT algorithm with resolution parameter R=0.4 in the pseudorapidity range |η|<0.25. The jT values are calculated for charged particles inside a fixed cone with a radius R=0.4 around the reconstructed jet axis. The measured jT distributions are compared with a variety of parton-shower models. Herwig and PYTHIA 8 based models describe the data well for the higher jT region, while they underestimate the lower jT region. The jT distributions are further characterised by fitting them with a function composed of an inverse gamma function for higher jT values (called the "wide component"), related to the perturbative component of the fragmentation process, and with a Gaussian for lower jT values (called the "narrow component"), predominantly connected to the hadronisation process. The width of the Gaussian has only a weak dependence on jet transverse momentum, while that of the inverse gamma function increases with increasing jet transverse momentum. For the narrow component, the measured trends are successfully described by all models except for Herwig. For the wide component, Herwig and PYTHIA 8 based models slightly underestimate the data for the higher jet transverse momentum region. These measurements set constraints on models of jet fragmentation and hadronisation.
Bericht der Arbeitsgruppe Technik zur Vorbereitung des Programms "Retrospektive Digitalisierung von Bibliotheksbeständen" im Förderbereich "Verteilte Digitale Forschungsbibliothek" Arbeitssitzungen am 14. Mai 1996 (Frankfurt a. M.), 29.-30. Juli 1996 (München), 12.-13. Dezember 1996 (Göttingen) Mitglieder der Arbeitsgruppe: Prof. Dr. Rudolf Bayer, Technische Universität München, Fakultät für Informatik Dr. Jürgen Bunzel, Deutsche Forschungsgemeinschaft, Bonn Dr. Marianne Dörr, Bayerische Staatsbibliothek München Dr. Reinhard Ecker, Beilstein-Institut bzw. ABC Datenservice GmbH, Frankfurt/Main Dipl.-Math. Heinz-Werner Hoffmann, Hochschulbibliothekszentrum NRW, Köln (als Gast für die AG der Verbundsysteme) Dr. Norbert Lossau, Niedersächsische Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen (DFG-Projekt ‘Verteilte Digitale Forschungsbibliothek’) Prof. Dr. Elmar Mittler, Niedersächsische Staats- und Universitätsbibliothek Göttingen Dipl.-Inf. Christian Mönch, FB Informatik der J.W. Goethe-Universität Frankfurt Dr. Wilhelm R. Schmidt, Stadt- und Universitätsbibliothek Frankfurt Dr. Hartmut Weber, Landesarchivdirektion, Stuttgart
Neben dem Erregernachweis beruht die Labordiagnose der Cytomegalie auf der Bestimmung HCMV spezifischer IgG-, IgM- und IgAAntikörper. Von der Industrie werden jedes Jahr neue Antikörpertests basierend auf der ELISA-Technologie angeboten. In der vorliegenden Studie wurden ein neues Testverfahren (Freka CMV-M-ELISA, Fresenius, Bad Homburg) mit bereits seit mehreren Jahren etablierten und zugelassenen ELISAs (Enzygnost CMVIgM; Behringwerke, Marburg und CMV-ELA, Medac, Hamburg) verglichen. Zur Bestimmung der Sensitivität wurden Verlaufsproben von 15 Organtransplantierten mit einer aktiven HCMV-Infektion, welche in den meisten Fällen über ein positives Ergebnis in der HCMV-DNA-PCR und/oder Virusisolierung und/oder quantitative pp65-Antigenbestimmung bestätigt wurde, untersucht. Zur Ermittlung der Spezifität wurde ein Kollektiv von bekannten HCMV-IgM-negativen Serumproben sowie potentiell kreuzreaktive Seren mit Antikörpern gegen andere Herpesviren und Rheumafaktor- bzw. Antinuklear-Antikörper-positive Seren untersucht. Die höchste Sensitivität wurde für den Medac-ELA ermittelt. Der Freka CMV-M ELISA zeigte eine ähnliche Sensitivität und Spezifität wie der Enzygnost CMV-IgM. Relativ zum Erregernachweis über PCR, Virusisolierung und quantitative pp65-Antigenbestimmung dauerte es bei vielen Patienten bis zu mehreren Wochen, ehe eine humorale Immunantwort über die Bildung von spezifischem IgM nachweisbar war. Bei zwei Patienten waren trotz dem Vorliegen einer floriden Cytomegalie keine HCMV-IgM-Antikörper bis zum Ende des Beobachtungszeitraums nachweisbar. Die Ergebnisse unserer Studie zeigen, daß es relativ große Unterschiede in bezug auf die Sensitivität der verschiedenen ELISAs gibt.
Insgesamt 311 Stämme gramnegativer harnwegspathogener Enterobacteriaceen und Nonfermenter, davon 200 Isolate aus frischem Urin der täglichen Routine und 111 ausgewählte, bezüglich ihrer Identifikation problematische Keime aus der Stammsammlung des Zentrums der Hygiene, Frankfurt/Main, wurden mit den Systemen RAS-ID-Gramne9, und API 20 E bzw. NE, vergleichend getestet. Das RAS~ID-Gramne9-System benutzt 10 biochemische Reaktionen zur Identifizierung gramnegativer Bakterien sowie 10 Chemotherapeutika zur Resistenzbestimmung. Von den 200 Routinestämmen zeigten 196 (98%), von den 111 Stämmen aus der Stammsammlung 98 (88,3 %) Übereinstimmung. Die gute Übereinstimmung und die schnelle und einfache Handhabung läßt das RAS-ID-Gramne9-System für die Identifizierung harnwegs-pathogener Routinekeime als kostengünstige Alternative zu anderen aufwendigeren Identifizierungssystemen erscheinen.
A wide variety of enzymatic pathways that produce specialized metabolites in bacteria, fungi and plants are known to be encoded in biosynthetic gene clusters. Information about these clusters, pathways and metabolites is currently dispersed throughout the literature, making it difficult to exploit. To facilitate consistent and systematic deposition and retrieval of data on biosynthetic gene clusters, we propose the Minimum Information about a Biosynthetic Gene cluster (MIBiG) data standard.
Six p53 wild-type cancer cell lines from infrequently p53-mutated entities (neuroblastoma, rhabdomyosarcoma, and melanoma) were continuously exposed to increasing concentrations of the murine double minute 2 inhibitor nutlin-3, resulting in the emergence of nutlin-3-resistant, p53-mutated sublines displaying a multi-drug resistance phenotype. Only 2 out of 28 sublines adapted to various cytotoxic drugs harboured p53 mutations. Nutlin-3-adapted UKF-NB-3 cells (UKF-NB-3rNutlin10 μM, harbouring a G245C mutation) were also radiation resistant. Analysis of UKF-NB-3 and UKF-NB-3rNutlin10 μM cells by RNA interference experiments and lentiviral transduction of wild-type p53 into p53-mutated UKF-NB-3rNutlin10 μM cells revealed that the loss of p53 function contributes to the multi-drug resistance of UKF-NB-3rNutlin10 μM cells. Bioinformatics PANTHER pathway analysis based on microarray measurements of mRNA abundance indicated a substantial overlap in the signalling pathways differentially regulated between UKF-NB-3rNutlin10 μM and UKF-NB-3 and between UKF-NB-3 and its cisplatin-, doxorubicin-, or vincristine-resistant sublines. Repeated nutlin-3 adaptation of neuroblastoma cells resulted in sublines harbouring various p53 mutations with high frequency. A p53 wild-type single cell-derived UKF-NB-3 clone was adapted to nutlin-3 in independent experiments. Eight out of ten resulting sublines were p53-mutated harbouring six different p53 mutations. This indicates that nutlin-3 induces de novo p53 mutations not initially present in the original cell population. Therefore, nutlin-3-treated cancer patients should be carefully monitored for the emergence of p53-mutated, multi-drug-resistant cells.
Die quantitative Bestimmung der Hepatitis B Virus (HBV) DNA mit Hilfe der Hybridisierung wird neben der klassischen Serologie zur Verlaufskontrolle der chronischen Hepatitis B seil längerer Zeit eingesetzt. Dagegen sind erst seit kurzem molekularbiologische Verfahren zur Quantifizierung der „Virus-Last bei der HIV- und Hepatitis C Virus (HCV) Infektion in Form kommerzieller Testkits verfügbar . Die HI V-1 RNA Kopienzahl stellt neben der CD4*-Zellzahl den zuverlässigsten prognostischen Marker, mit einer vergleichbar hohen Aussagekraft wie onkologische Stadieneinteilungen, dar. Dennoch bedürfen die aktuellen Testkits einiger Verbesserungen. Mangelhafte Reproduzierbarkeit im unteren Meßbereich, fehlende Standardisierung sowie eine schlechte Sensitivität für Non-B HIV-1 Subtypen stellen neben den hohen Reagenzienkosten die wichtigsten Nachteile der meisten zur Zeit verfügbaren Testkits dar. Bei der Verlaufskontrolle der chronischen Hepatitis B nimmt die Quantifizierung der HBV-DNA über Hybridisierung oder PCR nur eine untergeordnete Rolle ein. Der qualitative HBV-DNA-Nachweis wird bevorzugt zur Überprüfung der Infektiosität oder zur Abklärung ungewöhnlicher Serokonstellationen eingesetzt. Nach neueren Erkenntnissen wird der Verlauf der HCV-Infektion nicht oder nur unwesentlich vom Ausmaß der Viruslast beeinflußt. Als prognostische Faktoren spielen vor allem Alter, Geschlecht und Alkoholkonsum eine wesentliche Rolle. Dagegen scheint die Erfolgsaussicht der antiviralen Therapie mit der vor Behandlungsbeginn gemessenen Kopienzahl zu korrelieren.
Herpes simplex virus type 2 (HSV-2) is the main cause of herpes genitalis, a recurrent sexually transmitted disease. By the use of routine Serologie methods (complement fixation test, enzyme immunoassay), virus carriers are difficult to identify because of strong antibody cross reactions with antigens of HSV-1 which is ubiquitously spread throughout the population. We introduce a microtechnique Western blot system loaded with HSV-1 and HSV-2 type-specific and common antigens on separated nitrocellulose strips. By the simultaneous evaluation of Immunologie reactions with both strips, the occurrence of HSV-2 specific antibodies can be sensitively detected in serum specimens containing antibodies to HSV-1. A total of 158 serum specimens were analyzed and the results obtained by Western blot were compared to those of a screening ELISA and virus isolation performed with smears of herpes lesions.
An agreement of 97.9 % was assessed between Western blot and virus isolation to detect an HSV-1 and HSV-2 infection. Less specific serologic results were produced by the screening ELISA on HSV-2 antibodies which correlated in 85.4 % (41/48) with virus isolation and typing. Concerning HSV-2 antibody testing, Western blot and ELISA showed an overall agreement in 89.8 % of the sera investigated.
As shown by our data, the HSV type specific Western blot proved to be a specific, reproducible and standardized technique. It can be utilized for both sero-epidemiological surveys and determination of the HSV immune status.
Trotz der Spenderauswahl, des serologischen Screenings der Blutspenden auf antiHIV-1, anti-HIV-2, anti-HCV und HBsAg, Inaktivierungs- und Eliminierungsverfahren bleibt ein Restrisiko für hämatogen übertragbare Viren bei Plasmapools und den daraus hergestellten Präparaten. Als zusätzliche Screeningmethode zur Erhöhung der Virussicherheit wird inzwischen die Testung der Einzelspende bzw. von Minipools auf HCV-RNA verlangt. In der vorliegenden Arbeit wurden 142 HBsAg, anti-HCV- und anti-HIV-11-2 negative Plasmapools, sowie Plasmapräparate (Immunglobulinpräparat und F IX Präparat), welche zum Teil aus für HGV-RNA PCR-positiven Ausgangspools hergestellt worden waren, mittels PCR auf das Vorhandensein von HGV-Nukleinsäure untersucht. Alle untersuchten Pools bzw. Plasmapräparate stammten von Spenden zwischen 1994 und 1996, also vor der Einführung der genannten Pflichttestung auf HCV-RNA. HGV-RNA wurde in 117 der 142 Plasmapools (82,4%) amplifiziert. Allerdings war HGV-RNA nur in einer (6,3%) von 16 IgG-Chargen aus für HGV-Nukleinsäure positiven Kryoüberständen nachweisbar. In 2 (6,5%) von 31 unselektierten Immunglobulinpräparaten war eine HGV- Kontamination vorhanden. Eine routinemäßige Anwendung der PCR ist zur Zeit aus technischen sowie Kosten-Nutzen-Überlegungen für HGV nicht zu empfehlen, solange die klinische Relevanz nicht gesichert ist. Die Ergebnisse unterstreichen die Wichtigkeit der im Herstellungsprozeß integrierten Viruseliminierungsverfahren, denn bei der vorliegenden Studie konnte nur in einem geringen Anteil der Endproduktchargen HGV-Nukleinsäure nachgewiesen werden.
Der Nachweis von IgM-Antikörpern gegen das Hepatitis B Virus (HBV) "core" Protein wird für die Labordiagnose der akuten Hepatitis B sowie zur Verlaufskontrolle der chronischen HBV-lnfeklion eingesetzt. In letzter Zeit wurden sensitivere Enzymimmunoassays (EIA) entwickelt, welche den Nachweis einer geringen anti-HBc-IgM-Aktivität im Serum (10 lU/ml) ermöglichen. Über eine quantitative Bestimmung von anti-HBc-lgM mit Hilfe dieser EIAs ist die Differenzierung einer akuten und chronischen Infektion bzw. einer HBV-Reaktivierung in über 90% der Fälle möglich. Neben dem Nachweis der viralen DNA stellt anti-HBc-IgM einen prognostischen Marker für den Verlauf und die Therapie der chronischen Hepatitis B dar. Allerdings wird die Korrelation zwischen anti-HBc-IgM und HBV-Replikation kontrovers diskutiert. Es empfiehlt sich deshalb, insbesondere zur Therapiekontrolle eine quantitative HBV-DNA- und HBsAg-Bestimmung sowie den qualitativen HBeAg-Nachweis in monatlichen Intervallen durchzuführen. Eine weitere Einsatzmöglichkeit der anti-HBc-IgM-Bestimmung ist die Abklärung ungewöhnlicher Befundkonstellationen wie zum Beispiel eine HBsAg-negative akute Hepatitis B oder isolierte anti-HBc-Seropositivität.
Der Nachweis von Chlamydia trachomatis Genomsequenzen ist seit einigen Jahren mit Hilfe kommerzieller Testkits, welche auf dem Prinzip der Polymerase-Ketten-Reaktion (PCR) oder Ligase-Kettenreaktion (LCR) beruhen, möglich. Vor kurzem wurde ein neues Verfahren, die Transcription Mediated Amplification (TMA), etabliert. In der vorliegenden Studie wurden drei Nukleinsäure Amplifikations-Techniken, die PCR, die LCR und die TMA für den Nachweis von Chlamydia trachomatis aus Urinproben miteinander bezüglich Sensitivität und Spezifität verglichen und einem Enzym-Immuno-Assay (EIA) zum C. trachomatis-Antigen-Nachweis aus endozervikalen Abstrichen gegenübergestellt. PCR, LCR und TMA zeigten eine vergleichbare Sensitivität und Spezifität. Diskrepante Ergebnisse ergaben sich im Vergleich mit dem C. trachomatis-Antigen-Nachweis. In 22 Abstrichen war Chlamydien-Antigen nachzuweisen. Nur bei 12 bzw. 11 der untersuchten Prostituierten konnten bei positivem zervikalen Abstrich Chlamydia trachomatis Genomsequenzen im Urin nachgewiesen werden. Bei 5 bzw. 4 Frauen wurde bei negativem Abstrichbefund C. trachomatis DNA bzw. RNA im Urin gefunden. Um bei Frauen eine hohe diagnostische Sensitivität zu erreichen, .sollten Urin und endozervikale Abstriche untersucht werden, da C. trachomatis nicht immer in beiden Probematerialien nachweisbar ist.