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Multiphoton processes and photocontrol of biochemical reaction pathways

  • Die vorliegende Arbeit mit dem Titel Multiphoton Processes and Photocontrol of Biochemical Reaction Pathways befasst sich mit verschiedenen Strategien zur Implementierung von optischer Kontrolle in biochemisch relevanten Systemen. Auf systemischer Ebene wurde einerseits die Licht-getriebene Natriumpumpe Krokinobacter Eikastus Rhodopsin 2 (KR2) vor dem Hintergrund optogenetischer Anwendungen untersucht, und andererseits die Optimierung der wichtigsten photochemischen Parameter von photolabilen Schutzgruppen (PPG, engl. photolabile protecting group) angestrebt. Von der technisch-photophysikalischen Seite wurde ein weiterer Fokus auf den Aktivierungs- und Deaktivierungsschritt gelegt. Hierbei wurden vor allem Mehrphotonen-Prozesse betrachtet, die entweder durch simultane Absorption zweier Photonen zu einer spezifischen hoch-energetischen Anregung führen, oder durch sequentielle Absorption eine sukzessive Aktivierung und Deaktivierung eines Systems bewerkstelligen können. Auch wenn der Schwerpunkt dieser schriftlichen Arbeit auf den spektroskopischen Ergebnissen liegt, waren alle hier diskutierten Projekte stark kollaborativ und umfassten eine große Bandbreite verschiedener Techniken. Dies spiegelt den interdisziplinären Charakter vieler aktueller Fragestellungen in der photochemischen Forschung wider, die - in vielen Fällen - letztlich auf medizinische oder pharmazeutische Fortschritte abzielen. Zunächst wurde die lichtgetriebene Natriumpumpe KR2 untersucht, die durch ihre mögliche Anwendung als optogenetisches Werkzeug bekannt wurde. In einer vergleichenden Studie der Natrium- und Protonenpumpmodi von KR2 konnten wichtige mechanistische Prinzipien für die Funktionalität des Proteins identifiziert werden. Dazu gehört die direkte Beteiligung spezifischer Strukturmerkmale wie die Aminosäure N112 und/oder der ECL1-Domäne am Ionen-Translokationsweg, sowie das enge Zusammenspiel zwischen dem Retinal und seinem Gegenion D116. Gleichzeitig bot diese IR-Studie einen der ersten mechanistischen Einblicke in den Protonenpump-Photozyklus in KR2, der deutlich weniger erforscht war. In Zusammenarbeit mit dem Arbeitskreis Glaubitz wurden die strukturellen Veränderungen des Chromophors und seiner Umgebung während der verschiedenen Photointermediate mittels DNP-verstärkter Festkörper-NMR und optischer Spektroskopie näher untersucht. Hier trugen zeitaufgelöste IR-Messungen in der HOOP (engl. hydrogen out of plane)-Moden-Region dazu bei, die dynamischen Veränderungen der Chromophorkonfiguration und -Verdrillung zu verfolgen. Es konnte gezeigt werden, dass Retinal im O-Intermediat tatsächlich zu seiner all-trans-Konfiguration reisomerisiert wird, aber im Vergleich zu seiner Dunkelzustandskonfiguration deutlich stärker verdreht vorliegt. Dies wurde auch durch die Ergebnisse im nahen UV-Bereich bestätigt, welcher bei der Charakterisierung von mikrobiellen Rhodopsinen oft ausgelassen wird. Die neu gefundene Signatur erwies sich als SBS (engl. second bright state) der 13-cis-Konfiguration des Retinals, die mit der Bildung des O-Intermediats in KR2 verschwindet. Neben der offensichtlichen Verwendung als spektraler Marker wurde der SBS-Übergang auch bezüglich seiner Anwendbarkeit für optische Kontrollexperimente untersucht. Ähnlich wie beim BLQ (engl. blue light quenching)-Effekt war es möglich, den KR2-Dunkelzustand durch Anwendung von fs-Pulsen im nahen UV - ausgehend von einem photostationären Zustand - zu regenerieren. Durch Variation der Probenbedingungen war es möglich, gezielt K (pH~5) oder M (pH~9) anzusteuern, was sich auch in unterschiedlichen Deaktivierungs-Dynamiken äußerte. Diese Ergebnisse können zusammen mit dem hier vorgeschlagenen experimentellen Konzept als Grundlage für komplexere Multiphotonen-Sequenzen im Zusammenhang optogenetischer Fragestellungen verwendet werden. Im Gegensatz zu den recht großen und komplexen Photorezeptoren bieten unter anderem PPGs einen feineren Weg, um biochemische Reaktionen gezielt zu steuern und auszulesen. In diesem Zusammenhang sind zwei Eigenschaften von großer Bedeutung: Einerseits die Fähigkeit der PPG, Photonen bestimmter Wellenlängen zu absorbieren, und andererseits die Effizienz der gewünschten photochemischen Reaktion. Der letztgenannte Aspekt wurde unter der Hypothese untersucht, dass die Verringerung der konkurrierenden Deaktivierungskanäle in PPGs zu einer höheren Quantenffizienz der Freisetzung führt. Dies wurde an DEACM-basierten Modellverbindungen getestet, die systematisch modifiziert wurden, um verschiedene Deaktivierungsprozesse des angeregten Zustands zu identifizieren. Durch das Hinzufügen eines zusätzlichen sechsgliedrigen Rings wurde die Freisetzungsausbeute im Vergleich zu DEACM um das 2- bis 3-fache erhöht. Dies konnte durch eine weitere Planarisierung des Systems mit einer zusätzlichen Doppelbindung an der C6-Position sogar noch weiter verbessert werden (bis zu einem Faktor von 5-6). Die Anregung des Cumarin-Rückgrats führt zu einem lokal-angeregten Zustand, der sich im Gleichgewicht mit einem Ladungstransferzustand befindet. In Abhängigkeit der lokalen Umgebung, die vor allem durch die Protizität und Polarität des Lösungsmittels bestimmt wird, wird der Ladungstransfercharakter eher stabilisiert oder gar destabilisiert. Die Ladungsverschiebung führt auch zu einer Abschwächung der spaltbaren C-C-Bindung, die eine Voraussetzung für die Freisetzungsreaktion ist. Darüber hinaus wurde gezeigt, dass der mit der Freisetzungsreaktion verbundene zusätzliche Zerfallskanal zu einer mehr als 2-fachen Verringerung der Lebensdauer des angeregten Zustands in den funktionalisierten PPGs führt. Diese Eigenschaft ist ein vielversprechender photophysikalischer Indikator für die Freisetzung der Abgangsgruppe, der durch spektroskopische oder - mit zusätzlicher räumlicher Auflösung - auch durch mikroskopische Techniken wie in der Fluoreszenzlebensdauer-Mikroskopie ausgelesen werden könnte...

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Metadaten
Author:Marvin Phil Ronald AsidoORCiDGND
URN:urn:nbn:de:hebis:30:3-718198
DOI:https://doi.org/10.21248/gups.71819
Place of publication:Frankfurt am Main
Referee:Josef WachtveitlORCiDGND, Alexander HeckelORCiDGND
Advisor:Josef Wachtveitl
Document Type:Doctoral Thesis
Language:English
Date of Publication (online):2023/02/28
Publishing Institution:Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg
Granting Institution:Johann Wolfgang Goethe-Universität
Date of final exam:2023/01/20
Release Date:2023/02/28
Page Number:192
Note:
Kumulative Dissertation – enthält die Verlagsversionen (Versions of Record) der folgenden Artikel:

Klimek, Robin; Asido, Marvin; Hermanns, Volker; Junek, Stephan; Wachtveitl, Josef; Heckel, Alexander (2022): Inactivation of competitive decay channels leads to enhanced coumarin photochemistry. Chemistry - a european journal, 2022, 28 (35), ISSN 0947-6539, DOI http://dx.doi.org/10.1002/chem.202200647

Asido, Marvin; Hamerla, Carstan; Weber, Rebekka; Horz, Maximiliane; Niraghatam, Madhava Shyam; Heckel, Alexander; Burghardt, Irene; Wachtveitl, Josef (2022): Ultrafast and efficient energy transfer in a one- and two-photon sensitized rhodamine-
BODIPY dyad: a perspective for broadly absorbing photocages. Physical chemistry, chemical physics, 2022, 24, 1795, ISSN 1463-9076, DOI 10.1039/d1cp04528h

Asido, Marvin; Kar, Rajiv K; Kriebel, Clara Nassrin; Braun, Markus; Glaubitz, Clemens; Schapiro, Igor; Wachtveitl, Josef (2021): Transient near-UV absorption of the light-driven sodium pump Krokinobacter eikastus Rhodopsin 2: a spectroscopic marker for retinal configuration. Journal of physical chemistry letters, 2021, 12, 6284-6291. eISSN 1948-7185, https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.1c01436

Asido, Marvin; Eberhardt, Peter; Kriebel, Clara Nassrin; Braun, Markus; Glaubitz, Clemens; Wachtveitl, Josef (2019): Time-resolved IR spectroscopy reveals mechanistic details of ion transport in the sodium pump Krokinobacter eikastus Rhodopsin 2. Physical chemistry, chemical physics, 2019, 21, S. 4461-4471, ISSN 1463-9076, DOI: 10.1039/c8cp07418f

Jakdetchai, Orawan; Eberhardt, Peter; Asido, Marvin; Kaur, Jagdeep; Kriebel, Clara Nassrin; Mao, Jiafei; Leeder, Alexander J.;  Brown, Lynda J.;  Brown, Richard C. D.; Becker-Baldus, Johanna; Bamann, Christian; Wachtveitl, Josef; Glaubitz, Clemens (2021): Probing the photointermediates of light-driven sodium ion pump KR2 by DNP-enhanced solid-state NMR. Science advance, 2021,7 (11), eISSN 2375-2548. https://doi.org/10.1126/sciadv.abf4213

Krüger, Heike; Asido, Marvin; Wachtveitl, Josef; Tampé, Robert; Wieneke; Ralph (2022): Sensitizer-enhanced two-photon patterning of biomolecules in photoinstructive hydrogels. Nature communication materials 3, Article number: 9 (2022) https://doi.org/10.1038/s43246-022-00230-w
HeBIS-PPN:505049783
Institutes:Biochemie, Chemie und Pharmazie
Dewey Decimal Classification:5 Naturwissenschaften und Mathematik / 54 Chemie / 540 Chemie und zugeordnete Wissenschaften
5 Naturwissenschaften und Mathematik / 57 Biowissenschaften; Biologie / 570 Biowissenschaften; Biologie
Sammlungen:Universitätspublikationen
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